在过去几十年里，非传染性疾病已经超过传染性疾病，成为世界上主要的疾病和死亡原因。数以万亿计的共生微生物生活在我们的身体内和身体上，构成了人类的微生物群落。微生物居住在肠道中，在那里它们执行着对我们全球健康至关重要的功能，包括食物摄入和消化、脂质积累、脂多糖含量、胰岛素信号、药物激活和代谢、多功能性饮食中间体(短链脂肪酸)的生产和抗炎介质的生成。

肠道微生物在控制局部或全身对外来或自身抗原的免疫反应中起着关键的生理作用，因此，在慢性炎症疾病、自身免疫和感染的易感性或各种治疗的有效性方面，肠道微生物已成为越来越重要的因素。肠道微生物群紊乱也参与了人类其他各种疾病的发病机制，包括代谢紊乱、癌症、心理行为、胃肠道感染、炎症性肠病以及1型糖尿病(T1D)和多发性硬化症(MS)等系统性和器官相关自身免疫疾病。

大量证据表明，外源性药物可以积极调节肠道黏膜部位的复杂炎症通路，起到抗炎剂的作用。外源性药物可能会干扰粘膜免疫成分，导致抗炎途径的激活和几种炎症介质的抑制。研究肠道免疫组分与外源性物质之间的复杂相互作用，将为炎症病理的认识和治疗开辟新的视野。

微生物的性质，它们的组成部分，或改变肠道环境内外生物过程的代谢物仍然不清楚。人们已经开发了几种改变肠道微生物群的策略，如益生元、益生菌或粪便微生物群移植，它们对身体的免疫系统和代谢有不同的影响，并开启疾病的发展。

本特刊的目的是发表高质量的研究文章和综述，以促进继续努力了解健康稳态和人类病理中免疫和微生物群之间的相互作用。

潜在的主题包括但不限于以下内容:

• 外源性药物和膳食对微生物群的影响
• 各种系统(如肠/肠、肝和脑)的炎症性疾病
• 自身免疫性疾病(如1型糖尿病)
• 机会性感染(如艰难梭菌)
• 免疫衰老和脆弱
• 肥胖、代谢综合症和2型糖尿病
• 癌症