研究文章
非偶然的孤立弧菌菌株携带霍乱毒素基因从环境在印度尼西亚水域
表2
霍乱毒素基因的初步分类身份承载环境细菌隔离根据16 s rRNA基因序列和生化特点和分布CTX噬菌体编码的基因在每个隔离。
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| 没有压力。 |
由16 s rRNA基因序列分类标识身份(%)* |
表型分类单元由一个商业工具(API 20 e)身份的概率(%) |
嵌套PCR基因定位的结果
CTX噬菌体编码的 |
| rstR |
办公室 |
rstB |
cep |
orfU |
王牌 |
zot |
ctxA |
ctxB |
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| GCDV 10 - 1 |
克雷伯氏菌variicola
(99%,1317 bp / 1318个基点) |
肺炎克雷伯菌(99.92%) |
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| GCDV 10 - 2 |
Pantoea agglomerans
(99%,1312 bp / 1317个基点) |
Cirtobacter diversus(60.30%) |
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| GCDV还有 |
气单胞菌属caviae
(99%,1332 bp / 1332个基点) |
弧菌fluvialis(99.33%) |
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| GCDV 34-3 |
气单胞菌属veronii
(100%,1336 bp / 1336个基点) |
弧菌防治等(70.67%) |
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| GCDV 47-1 |
肠杆菌属下水道
(100%,1322 bp / 1322个基点) |
肠杆菌属下水道(97.69%) |
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| GCDV 28-2 |
肠杆菌属hormaechei
(100%,1304 bp / 1304个基点) |
肠杆菌属下水道(99.42%) |
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| GCDV 37-1 |
气单胞菌属hydrophila
(100%,1307 bp / 1307个基点) |
气单胞菌属hydrophila集团(99.95%) |
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| GCDV 50-6 |
弧菌parahaemolyticus
(99%,1321 bp / 1323个基点) |
气单胞菌属salmonicida(50.43%) |
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| 霍乱弧菌N16961(积极的控制) |
不确定 |
不确定 |
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类群> 98%序列身份的最近的模式菌株相比之下决定部分基因序列(约16 s rRNA。1300个基点)的婴儿床和序列中从NCBI数据库使用防爆工具。
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