对于依赖系统生物学方法的生物医学研究，有两个主要子领域可能会产生深远的影响:理解多层次规则原理的分子网络和研究小分子对基因动力学的影响的网络药理学。

随着基因、蛋白质和代谢产物的高通量测序和分析技术的发展，生物医学研究，特别是癌症、消化系统疾病和呼吸系统疾病的临床实践中，快速积累了大量的组学数据。分子网络代表了从系统生物学角度对这些生物医学大数据进行整合和解释的主要方法。例如，基因调控网络将包含关于基因-基因调控动态及其与疾病的关系的丰富信息。对这些分子网络的生物信息学分析也将揭示隐藏在生物医学大数据中的重要生物学原理。

网络药理学方法主要研究了网络上的小分子，这将是药物筛选的重要的“扰动”。这种方法对于理解通过网络针对这些小分子物质，如化学药物手段的复杂的分子网络非常有用，但目前的分析方法缺乏，使得药物筛选仍然费力。

因此，我们强调对分子网络和网络药理学分析方法开发了广泛的应用领域。有关网络药理学对分子网络更好地诠释任何计算方法，以及这些方法，将所需。

我们邀请研究者提交的研究论文和评论文章，这将刺激在以下几个方面继续努力。

该特刊还将与2016年12月15日至18日在中国广东深圳麒麟山庄举行的IEEE生物信息学与生物医学国际会议(BIBM)的分子网络与网络药理学研讨会相关联。

可能的主题包括但不限于以下内容:

• 理解基因-基因调控网络的方法
• 理解蛋白质-蛋白质相互作用网络的方法
• 为了解物种的物种相互作用网络为社区的方法
• 解码小分子-基因协同调控网络的算法
• 的分子网络方法的应用程序的理解关键的生物医学问题
• 解决问题的方法与细胞或细胞与细胞外组件之间的通信相关
• 利用网络药理学方法进行药物筛选