研究文章|开放获取
Sandrine Cabantous, Belco Poudiougou, Aurelie Bergon, Abdoulaye Barry,别a . Oumar Abdoulaye m·特拉奥雷Christophe Chevillard Ogobara Doumbo,阿兰Dessein Sandrine Marquet, ”理解人类通过血脑型疟疾转录组签名:依据红细胞变更、免疫/炎症失调,大脑功能障碍”,炎症介质, 卷。2020年, 文章的ID3280689, 15 页面, 2020年。 https://doi.org/10.1155/2020/3280689
理解人类通过血脑型疟疾转录组签名:依据红细胞变更、免疫/炎症失调,大脑功能障碍
文摘
背景。脑型疟疾(CM),一个可逆脑病影响年幼的孩子,是一个医疗紧急情况需要快速临床评估和治疗。然而,了解基因/蛋白质和生物通路参与了疾病的结果仍然是有限的。方法。我们进行了全转录组分析血液样本马里厘米或简单的疟疾患儿(嗯)。层次聚类和途径、网络和上游监管机构分析探讨差异表达基因(度)。我们验证基因表达8基因用实时定量PCR (RT-qPCR)。等离子体水平测量IP-10 / CXCL10和地震。结果。血液RNA签名包括538度( ,调整值≤0.01)允许区分厘米,嗯。创新路径分析(IPA)和京都基因和基因组的百科全书(KEGG)揭示小说免疫/炎症反应相关基因和生物通路,红细胞改变和神经退行性疾病。基因表达CXCL10 IL12RB2、IL18BP IL2RA, AXIN2,净在CM中显著降低而__arg1和SLC6A9嗯相比,厘米高。血浆蛋白水平的IP-10 /在CM CXCL10明显低于嗯在地震水平更高。有趣的是,儿童与CM,那些死于疟疾的并发症往往IP-10 / CXCL10和干扰素-的浓度更高γ比那些恢复。结论。本研究发现了一些新的因素和机制,在CM中发挥重要作用,具有各自的生物学途径以及一些上游的监管机构。
1。介绍
疟疾仍然是全世界一个主要卫生问题,大约一半的世界人口的风险感染,占32亿人,每年导致约2.19亿例(,2018)。虽然大多数疟疾病例都不复杂,其中一小部分(1% - -3%),主要是儿童,发展为严重疾病,危及生命形式具有更高的死亡率比嗯。在2017年大约有435000人死于疟疾,其中91%是撒哈拉以南非洲地区的居民。因此,迫切需要有可靠的诊断和有效的治疗。
脑型疟疾(CM)是一种最严重形式的疾病病因复杂。厘米是一种神经系统并发症由于恶性疟原虫感染,造成部分封存的寄生的大脑微血管中红细胞、白细胞粘附微脉管系统,细胞毒性淋巴细胞激活,一个不受监管的炎症反应(1,2]。这种炎症过程的一些关键介质包括TNF -α、il - 6、il - 1β、白介素、干扰素-γ参与了厘米(3- - - - - -6]。此外,一些多态性与易感性相关/ CM阻力[7]。本地化这些多态性基因在三个生物功能的作用,红细胞生理、感染红细胞的cytoadhesion,免疫应答。尽管获得的进步和见解遗传和免疫研究,我们机械的理解人类CM的生理和分子的变化仍然是有限的。因此,需要取得进一步进展在致病机制的理解和识别的分子生物标记物来帮助更好更快的医疗护理,不仅会降低死亡率也降低医疗成本和疾病的经济负担。随着分子流程驱动复杂疾病通常影响套基因行动一致,一个策略是使用高通量“组学”技术在病理背景调查几个同时成千上万的基因。因此,转录组分析是一种强大的工具,可以用来实现这个以前无法实现的目标的研究复杂的传染病。最近,我们进行了一项研究转录组的厘米,孩子,我们探索的只有一些途径和基因相关的神经退行性疾病,以验证我们的实验方法(8]。在此,我们假设从外周血基因表达分析可能足够强劲,能够识别特定分子RNA签名的CM对象允许阐明信号通路,上游基因相互作用网络和监管机构扮演重要角色在CM的发病机制。我们也试图识别新的潜在生物标志物为厘米。
2。材料和方法
2.1。伦理审查和批准
本研究经当地伦理委员会批准的医学院、制药、和Odonto-Stomatology巴马科,由法国大学的伦理委员会,其中包括由拉西德保护des人(协议212二氧化碳),Ministere de l 'Enseignement特级et de la矫揉造作的(协议dc - 2011 - 1426)和欧盟委员会国家de l 'Informatique et des自由协议(1564177)。所有的实验方法进行了符合赫尔辛基宣言。从所有的父母得到书面知情同意。
2.2。病人
厘米是根据世界卫生组织的标准定义为unarousable昏迷状态的布兰太尔昏迷量表得分< 2,红细胞容积> 16%,并与无性阶段的寄生虫血症恶性疟原虫。脑膜炎是排除通过腰椎穿刺。主题与简单的疟疾(嗯)有一个厚厚的血涂片阳性恶性疟原虫布兰太尔昏迷评分5分,> 26%的红细胞比容。孩子们与嗯从未发达厘米。马里孩子们招募了通过巴马科加布里埃尔·图雷医院儿科部门作为一个更大的潜在领域研究的一部分。所有血液样本采集后立即入院,诊断和治疗前的孩子。
2.3。RNA提取
总共13厘米的患者(男女比例7:6;平均年龄(±SD), 年)患者和12嗯对年龄和性别匹配(男女比例,6:6;平均年龄(±SD), 年)被选为基因表达分析;在这两组没有患者死亡。在这些样本中,7厘米,8嗯被用于微阵列研究。样本选择的根据一个非常严格的标准和均质表型获得足够的统计能力尽管数量有限的样本。外周血单核细胞(PBMCs)后1小时内孤立样本收集。生活总RNA提取试剂盒试剂(技术)根据制造商的指示,但额外的纯化步骤进行RNA清洁和集中器设备(Zymo研究)。高质量的RNA样品与完整性的值> 8(安捷伦2100生物分析仪,安捷伦科技)作为标准来选择对象用于微阵列分析(7厘米,8 UM)。
2.4。Whole-Transcriptome分析
whole-transcriptome分析是由使用安捷伦技术,如前所述[8]。基于RefSeq每个微阵列包含约22700个基因和7419个大型基因间的非编码rna。Fold-changes (FC)和为每个基因值计算,使用GeneSpring软件(安捷伦)。的主持测试和多个Benjamini-Hochberg校正测试被用来获得调整值。被认为是显著差异表达基因如果提出一个绝对的FC组间大于2.0 ( )和调整值≤0.05)。
2.5。生物信息学和统计分析
进行了分层聚类与TMEV软件4.9.0显示的记录样本中表达模式使用等级平均连锁聚类(HCL)皮尔森相关系数。层次聚类热图包括最重要的探测器( )和调整值≤0.01 Benjamini-Hochberg后修正。规范的途径,网络分析,上游监管机构分析与创新途径进行分析(异丙醇,试剂盒)9]。重要度( 和调整值≤0.05)被用于功能注释出来的工具。这种分析使我们能够确定相关的生物学途径和其他关联连接差异表达记录。规范途径重要的输入数据集从图书馆被识别出来的规范化途径基于两个参数,(1)内的基因数量的比例数据集映射到路径除以总数量的基因映射规范化路径和(2)一个确切值(计算基于费歇尔法)确定每个biofunction分配给数据集的概率,规范化路径并不是由于单独的机会。规范的途径是理想化或广义路径表示模块或一个特定信号通路的共同属性。网络生成基于算法来生成分数基于基因之间的连接。一个数值( - - - - - -分数)用于网络排名根据他们是如何相关的上游基因数据集内。监管机构的基因影响许多其他基因的表达。网络分析揭示了在数据集提出了分子之间的相互作用图。此外,我们还发现了度的极大地丰富KEGG通路(调整值≤0.05和 )6.8使用大卫。
2.6。定量逆转录聚合酶链反应(RT-qPCR)
我们reverse-transcribed 400 ng总RNA使用高容量的cDNA档案箱(应用生物系统公司,热费希尔科学)根据制造商的协议。选择基因的表达被TaqMan PCR分析,ABI 7900实时PCR thermocycler(技术),根据制造商的指示。的相对折叠变化通过qPCR候选基因决定使用2- - - - - -ΔΔCt方法与GAPDH正常化后。
2.7。蛋白定量
定量测定IP-10 / CXCL10和等离子体的地震的孩子是由ELISA(分别BD生物科学和Abcys)根据制造商的指示。总共有99名儿童被包括对应于致命17厘米,39非致命的厘米,41。17个孩子死了几个小时后进入医院。无与伦比的Mann-Whitney组比较测试,值≤0.05被认为是重要的。为分析IP-10 / CXCL10和干扰素-之间的相关性γ使用了,斯皮尔曼相关系数测试。测试都是由使用SPSS (SPSS 10.1版)。
3所示。结果
3.1。血液在CM中转录组签名
总共7厘米,8嗯学科质量很好的RNA被用来执行基因表达图谱分析。这一分析显示,有1366厘米之间的显著差异表达探针和嗯绝对褶皱的变化 和调整值≤0.05 Benjamini-Hochberg后修正。因此,我们确定了1044年调节和322厘米之间的表达下调探针,嗯。层次聚类热图(图1(一))证明的具体表达式538最重要的探测器( 和调整值≤0.01 Benjamini-Hochberg校正后)和显示之间的分离程度,厘米,嗯。这些探测器,432被调节,106被下调。这个层次聚类允许我们得到一个RNA签名厘米之间的歧视和嗯(图1(一))。有趣的是,在差异表达基因(度),这个签名,一些以前从未参与疟疾发病机理和/或严重程度。值得注意的是,调节基因GPR88、EPB42 GPNMB, S100P, GMPR, CRYAA, OSBP2, SLC6A9, MSR1, SAMD12 SMOX以及表达下调的基因,SPON1, IL12RB2, NET1, AXIN2, IL18BP, TNFRSF25, TRAP1吸引了我们的注意力,因为他们的生物功能(图1(一)、表1)。基因之间的注意,包括在这签名,一些已经参与临床的发展形式的疟疾,以及编码蛋白的红细胞的表面膜ANK1 GYPC(表1)或炎症/免疫组件CXCL10 CCL2, CXCR2, VWA1, CD177, IL1R2, __arg1、IL2RA, CXCL2(图1(一)、表1)。
(一)
(b)
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
偏度列表包含在RNA签名。有趣的候选基因识别人类的新球员CM(顶部的表)或之前参与疟疾(底部的表)。绝对FC值显示。八个基因选择qPCR验证由星号表示(
)。
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3.2。规范度的通路富集分析
为了更好了解特定的病理生理过程,丰富通路和功能分类的分析度进行了使用异丙醇。这与度表现出进行了分析 和调整值≤0.05 Benjamini-Hochberg后修正。总共24规范化路径明显改变(图1 (b))。有趣的是,顶部4正则路径粒细胞粘附和血球渗出12%(20/167)和2%(4/167)的基因调节和表达下调,分别在厘米,精氨酸的降解(33%和17%),LXR / RXR激活(11%,2%),无颗粒白细胞粘附和血球渗出(10%和3%)。额外的重要途径也特别感兴趣,如引发信号(6th位列通路显著),THOP1在阿尔茨海默病的神经保护作用(13th(17),il - 10信号th),IL-17A在关节炎(18th),因为他们的参与脑部疾病和炎症/免疫反应。属重大基因重叠的规范化途径,绝大多数(146比51)显示高表达患者CM相比那些嗯。在这些基因中,一些以前在重症疟疾中发挥作用,特别是CXCL10, __arg1、ATP2B4, MMP9。MMP9、__arg1 CXCL10很常见的至少3 24重要的规范途径。其中,MMP9和__arg1调节在CM中当意外CXCL10表达下调。
3.3。度的KEGG通路富集分析
KEGG通路富集分析基于1366重要的探测器 (994年这些基因的ID)透露,“疟疾”通路(hsa05144)是第一个最重要的。在前7通路,六之前被别人利用转录组分析在疟疾10,11),包括疟疾(hsa05144) cytokine-cytokine受体相互作用(hsa04060)、肿瘤坏死因子信号通路(hsa04668)趋化因子信号通路(hsa04062),沙门氏菌感染(hsa05132)和细胞周期(hsa04110)。重要的是,这部小说确定通路是一个“nod样受体信号通路”(has04621),强调了在CM inflammasome发展的关键作用。
3.4。相互作用网络分析
发现潜在的小说监管网络和因果关系与我们的度,我们构建和探索转录网络使用异丙醇。我们获得5互动基因网络与厘米(显著相关 ):(1)结缔组织发育和功能,组织形态学和结缔组织疾病( )(图2(一个))、(2)细胞死亡和生存、结缔组织疾病、血液疾病( )(图2 (b)),(3)消化系统发育和功能,生物的开发( ),(4)细胞运动、炎症反应和细胞间信号传递和交互( ),(5)免疫和皮肤疾病和条件和炎性疾病 )。顶部2网络图表示,大多数度显然是参与宿主反应和红细胞发育和功能。在基因网络1中,只有一个是表达下调(CCL2)和28基因调节(图2(一个))。集体,调节基因网络的2是由基因编码血红细胞的蛋白质与SLC4A1中心与il - 4基因而表达下调基因的组中心基因参与了免疫反应(图2 (b))。有趣的是,IL-18BP(白介素18-binding蛋白质),编码一个诱饵受体的地震,是表达下调。重要的是,这种细胞因子的表达式是由inflammasome先天和适应性免疫具有重要的功能。
(一)
(b)
(c)
3.5。上游监管机构
根据音标,五个上游监管机构包括肿瘤坏死因子( ),il - 6 ( ),IL-1B ( ),STAT3 ( ),和SLC4A1 ( )在CM中参与调节度(图2 (c))。TNF、il - 6、IL-1B和STAT3并不在我们的数据集而SLC4A1是调节在CM中特异表达。共有55个基因受到至少一个上游调节器;其中,分别39和16日调节和表达下调。
3.6。由RT-qPCR微阵列数据验证
总共有八个候选基因选择qPCR RNA签名的验证。我们故意选择基因(__arg1和SLC6A9)增加或减少(IP-10 / CXCL10 IL-12RB2, IL-18BP, IL-2RA, AXIN2,和NET1)在CM中基因表达的孩子(表1和图2 (b))最近通过包括基因参与厘米。大多数选择基因参与的炎症反应中起关键作用CM如下所示。所有选定的基因显示厘米之间的显著变化,嗯与所观察到的微阵列(图一致3)。
3.7。等离子体浓度IP-10 / CXCL10和地震
令人惊讶的是,我们观察到一个较低的转录水平IP-10 / CXCL10在CM相比嗯住进医院通过微阵列和RT-qPCR而大多数研究表明CXCL10严重疾病的危险因素。确定蛋白质水平是否与转录水平一致,我们测量等离子体IP-10 / CXCL10浓度(图4(一))。在CM中,等离子体中位数IP-10 / CXCL10浓度显著低于嗯(分别为583和1250 pg / mL; )。在CM的孩子,那些死于疟疾的并发症往往IP-10浓度高于那些恢复(962和440 pg / mL; )(图4 (b))。IP-10浓度中位数是1250 pg / mL的孩子哦,440 pg / mL ( )在那些从CM中恢复过来。因为IP-10趋化因子的分泌干扰素,各种各样的细胞反应γ(IFN -γ),我们测试了等离子IP-10和干扰素水平之间的相关性γ总共有95名儿童(数字4 (b)和4 (c))。分析结果表明IP-10和干扰素-之间显著正相关γ等离子体水平上执行时整体儿童(斯皮尔曼相关系数, ; )。积极显著的两种蛋白质含量之间的相关性也观察到在致命的厘米( ; ),CM恢复( ; ),嗯( ; )。我们也量化等离子体的地震,一个细胞因子的诱导干扰素-γ和Th1反应(12]。地震-浓度明显高于在儿童厘米(中位数,338 pg / mL)比恩(中位数,86 pg / mL) ( )(图4(一))。有趣的是,而地震的血浆浓度高的孩子厘米,IL-18BP更低的基因表达这些孩子。
(一)
(b)
(c)
4所示。讨论
由于生物分子之间的相互作用在疾病发展发挥着重要的作用的理解生物网络的拓扑和通路可能是最强大的战略找到分子生物学和临床应用。然而,破译病理生理途径在人类大脑的复杂的监管过程仍然是一个挑战由于无法理解临死前的组织。幸运的是,研究外周血可以提供重要的机械知识,可能有治疗意义(13- - - - - -15)所示之前成各种传染病和神经系统疾病(16- - - - - -19]。因此,我们推测,多个通路可能会更青睐厘米和特异表达,我们是能够识别他们中的大多数在外周血。我们进行了基因表达分析使用微阵列的遗传损伤样本从CM,嗯孩子,我们表明,我们的数据足够健壮的检测CM的新球员。
我们首先评估了转录资料通过分层聚类,确定了一系列基因提供转录组签名允许区分厘米和嗯孩子。即使大多数的度相关的预期功能,如红细胞变更、免疫/炎症反应,和大脑功能障碍,我们的分析提供了进一步了解疾病的发展和确定小说描述的基因没有疟疾发病机理。其次,通路富集分析显示,我们的数据是非常健壮的,因为有些特异表达的途径先前的报道也提供在这个研究包括通路与免疫系统有关,如cytokine-cytokine受体相互作用,肿瘤坏死因子信号通路,趋化因子信号通路(10]。别人提供通路也符合我们的知识CM的发病机理,为例,粒细胞粘附和血球渗出以及精氨酸降解。
在基因可能参与免疫反应,__arg1强烈表达在CM中相比,嗯这是与以前的结果一致。事实上,之前的报告显示,M2-like激活单核细胞表型与hypoargininemia,没有不足,更高的单核细胞精氨酸酶1 mRNA,在坦桑尼亚的孩子和疾病严重程度恶性疟原虫疟疾(20.]。它提出了M2细胞产生精氨酸酶1,将精氨酸鸟氨酸和尿素,造成损耗的精氨酸和减少。没有任何原因增加内皮细胞粘附分子表达和依从性寄生的红细胞内皮,结果血流的阻塞和远端组织缺血。此外,增加极化对M2表型和精氨酸酶活动的增加也可能影响免疫反应在疟疾通过改变代谢基质用于淋巴细胞和其他免疫细胞。此外,我们表明,新的关键通路调节脂质代谢(LXR / RXR激活)和inflammasome (nod样受体信号通路)改变在我们的研究中。有趣的是,nod样受体的胞质蛋白(NLRs)是一个家庭在炎症和免疫起着重要的作用,而且其在炎症,建立角色LXR / RXR系统已成为一个关键调节器的胆固醇、脂肪酸和葡萄糖体内平衡,神经保护(21- - - - - -23]。通路和网络分析使我们能够确认大部分度确定这里是参与免疫/炎症反应和显示inflammasome的至关重要的作用。Inflammasome-mediated分泌il - 1β地震是旨在消除传染病病原体通过感应二次介质和招聘更多的免疫细胞感染的网站和/或pyroptosis感染细胞。虽然inflammasome-mediated反应有利于宿主,它必须严格监管;否则,它可能与病理相关。众所周知,IL-18BP能够结合成熟的地震和防止对地震-受体。这里,我们观察到更高级别的地震- CM等离子体的孩子相比,嗯,IL-18BP CM表明疾病的低表达可能与地震的失衡和IL-18BP导致不恰当的inflammasome激活。虽然地震-更高的水平在厘米,无显著差异表达之间的观察记录两组。描述,记录水平和同源蛋白质水平不一定相关由于翻译的规定(24]。地震- / IL-18BP可能被视为有治疗潜力的几25]。这个假说是一致的最新发现表明IL-33,可减少inflammasome激活和il - 1β生产小胶质细胞,在大脑表达下调是致命的ECM(实验厘米)(26]。作者证明操纵IL-33-NLRP3轴可能是一种有效的治疗和抑制神经炎症改善厘米抗疟药物治疗的疗效。此外,特定的基因突变在inflammasome导致本构或不适当的激活inflammasome一直与神经系统疾病有关。因此,inflammasome最近新兴的致病性和神经系统疾病的治疗目标27- - - - - -29日),我们相信它的激活也可以在CM中有重要影响。另一个基因与炎症有关,AXIN2显示不太用厘米表示,作为负调节的Wnt /β连环蛋白信号通路中起着至关重要的作用在许多方面的细胞分化和免疫细胞的功能(30.]。事实上Wnt /β连环蛋白信号已经被证明可以发挥重要作用在感染期间,一些炎性分子的表达31日,异常的信号已经被报道在神经退行性疾病如阿尔茨海默氏症和帕金森疾病。
有趣的是,上游5监管者TNF、il - 6 IL-1B, STAT3,我们已经确定了SLC4A1这里都是分子已经参与疟疾,其中一些是关键球员在多元化的早期先天宿主防御机制的结果的关键疟原虫感染。我们的研究提供了进一步的证据作用,允许二级调解人的身份厘米。总共55分子被证明是提供这些上游监管者然后可能有利于疾病的发展。尽管TNF不是差异表达,肿瘤坏死因子已经被别人的危险因素的发展严重的形式(4,32- - - - - -34]。然而,它的作用方式和因果监管变异并没有明确指出因为基因研究显示矛盾的结果在研究人口(7,35,36]。在这里,建议TNF可能发挥关键作用通过其监管效果在许多其他分子致病机制。IP-10 / CXCL0是这些效应分子的一部分。令人惊讶的是,我们发现IP-10 / CXCL10嗯的基因表达和蛋白质含量高于那些从CM中恢复过来,建议保护作用,这些水平是高致命的CM与CM幸存者赞成致病作用。始终与我们的发现,先前的研究表明,IP-10 / CXCL10水平升高在致命的厘米,紧密与CM的死亡率(37,38]。此外,有越来越多的证据表明,IP-10 / CXCL10扮演了一个角色在传染性和非传染性的中枢神经系统神经元损伤的原因,老年痴呆症,和血管生成的抑制作用。IP-10干扰素-γ全身的Th1激活淋巴细胞趋化因子和趋化现象的活动(38)这是很符合干扰素-之间的相关性γ和IP-10我们观察到病人。因此,我们的研究结果提出了一个复杂的调控基因的双重角色IP-10(保护和加重),因为它已被证明为IFN -γ在这两种疟疾(39和恰加斯病40]。本条例可以部分通过上游监管机构确定,TNF、il - 6, STAT3 IL-1B。总的来说,我们可以认为高水平的CXCL10可能导致血管损伤导致血脑屏障(BBB)的崩溃可能会导致白细胞,引起当地hyperinflammation积累和致命的神经病理综合症。所有这些数据的基础上,我们可以假设感染恶性疟原虫必须开发一个有效的免疫反应产生趋化因子如IP-10 / CXCL10和炎性细胞因子,如干扰素-γ可以控制感染。不幸的是,这种免疫反应不能正确规范在某些人,和过度炎症反应可引起组织损害和死亡。因此,这种过度生产似乎在到达医院诊断为可怜的临床过程。此外,生产动力学的分子参与炎症反应和确定病人的临床结果显示最近的干扰素-γ生产是至关重要的(41]。然而,这仍有待建立这个趋化因子如何有助于防止厘米。
最后,再次分析支持,通路和基因在神经退行性疾病有作用在CM中特异表达,我们曾指出8)和其他已确认(11]。在这里,我们强调的作用3基因(GPR88、GPNMB GMPR)显示高表达在厘米( )那可能是有趣的CM因为更高的表达他们的关键球员也对帕金森症和阿尔茨海默疾病有关。这两种神经退行性疾病与厘米都分享一些临床症状,如记忆力减退或血管收缩和一些病理生理特征,如血脑屏障的修改和增加ICAM-1的表达42,43]。GPR88是顶部的一部分基因的褶皱增加9.1。这个基因编码一个brain-specific G protein-coupled受体在多巴胺功能中扮演了重要的角色。这个细胞表面受体参与识别iRBCs(感染红细胞)[44)也成为一种新型药物对中枢神经系统疾病包括精神分裂症、帕金森病(PD),和焦虑45]。厘米的另一个新的关键球员是糖蛋白nonmetastatic黑色素瘤蛋白B (GPNMB)糖蛋白观察到在组织损伤和炎症与星形胶质细胞有关,小胶质细胞和巨噬细胞。它已被确认为一种新颖的阿尔茨海默氏症——(广告)转基因小鼠和零星的AD患者相关因素的表达分析(46]。此外,基因变异GPNMB也与PD的风险和显著增加表达GPNMB [47]。最后,GMPR基因,编码蛋白质GMPR1,是调节在CM中观察到广告案例,展示和广告发展逐渐增加。重要的是,GMPR表达的增加使产品GMPR (GMPR1)的一种很有潜力的治疗目标48]。
最后,几项研究使用微阵列基因表达分析显示有前景的结果甚至通过使用少量的样品(10,16,49]。这里,尽管有限数量的学科研究转录组分析,我们得到足够的统计能力识别血液转录组签名区分CM,嗯。显然,进一步的研究进行了大量的主题,并使用RNAseq技术将是非常有用的来确认一些基因识别的作用。
总之,我们的研究提供了基本的知识分子形象特征厘米。在这项工作中,我们已经确定了一组新的基因关键信号分子和监管的病理生理学厘米。我们表明,转录分析在全血是强大到足以允许主机生理学在CM的综合分析和生物标志物的鉴定可能潜在的治疗靶点。
数据可用性
使用的数据来支持这个研究的发现可以从相应的作者。
的利益冲突
作者没有商业或其他的联系可能构成利益冲突。
确认
这项工作是支持的法国研究部门,由国家卫生研究所et de la医学研究院(INSERM),由欧盟(IC18-CT98 0373),和ParaFrap“法国寄生虫学医疗联盟”(anr - 11 - labx - 0024 - 01)。这项工作没有了之前的一次科学会议上。我们感谢公关Edecio Cunha-Neto有用的建议。作者感谢所有的孩子和他们的父母为他们参与这项研究。这项工作是纪念Ogobara Doumbo和Belco Poudiougou。
引用
- l·h·米勒·d·巴鲁克,k .沼泽和o . k . Doumbo“疟疾的发病基础,”自然,卷415,不。6872年,第679 - 673页,2002年。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
- l·h·米勒,h·c·阿克曼x z苏,和t . e .银器,“疟疾生物学和疾病发病机理:见解新的治疗方法,“自然医学,19卷,不。2、156 - 167年,2013页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
- m·e·莫利纽克斯·h·恩格尔曼氏,t·e·泰勒et al .,“循环血浆肿瘤坏死因子受体的马拉维儿童严重的恶性疟疾,”细胞因子,5卷,不。6,604 - 609年,1993页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
- d . Kwiatkowski Sambou, p . Twumasi et al .,“TNF浓度致命的脑,非致命的脑,无并发症恶性疟原虫疟疾,”《柳叶刀》,卷336,不。8725年,第1204 - 1201页,1990年。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
- n·h·亨特和g·e·格劳”,细胞因子:加速器在脑型疟疾的发病机制和刹车,”免疫学的趋势,24卷,不。9日,第499 - 491页,2003年。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
- w·l·曼荼罗c . l . Msefula e . n . Gondwe有效m·t·德雷森m·e·莫利纽克斯和c a .•麦乐伦“细胞因子在马拉维儿童呈现与简单的疟疾,疟疾严重贫血,脑型疟疾,”临床和疫苗免疫学,24卷,不。4、2017。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
- 美国Marquet”,人类遗传易感性疟疾的概述:从寄生虫血症控制严重疾病,”感染、遗传与进化卷,66年,第409 - 399页,2018年。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
- s . Cabantous o . Doumbo b Poudiougou et al .,“基因表达分析显示脑型疟疾常见的基因和神经退行性疾病,”《传染病杂志》上,卷216,不。6,771 - 775年,2017页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
- a·克雷默j .绿色,j·波拉德,s . Tugendreich“因果分析方法创新路径分析,生物信息学,30卷,不。4、523 - 530年,2014页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
- r . s . Sobota a·达拉j·e·曼宁et al .,“补充和toll样受体通路基因的表达与马里疟疾严重程度:一个试点病例对照研究中,“《疟疾杂志》上,15卷,不。1,2016。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
- s Nallandhighal g . s .公园,y y Ho r . o .蛋白土c . c .约翰,和t . m . Tran”遗传转录由红血球生成的签名和NRF2-Regulated基因在不同脑型疟疾和严重疟疾贫血,”《传染病杂志》上,卷219,不。1,第164 - 154页,2019。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
- f . Biet c Locht, l·克雷默”白介素18的免疫调节功能及其作用,防御细菌病原体,”分子医学杂志》(德国柏林),卷80,不。3、147 - 162年,2002页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
- b, c . Gaiteri l . g . Bodea et al .,“集成系统方法识别基因节点和网络——年末出现阿尔茨海默氏症,”细胞,卷153,不。3、707 - 720年,2013页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
- 莫尔和c·c·刘,外周血转录组:新见解疾病和风险评估”分子医学的趋势,13卷,不。10日,422 - 432年,2007页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
- c·c·刘,j .妈,r .郑h . c . Tang和a·a·邓普西,“外周血转录组动态地反映了生物学系统范围:一个潜在的诊断工具,”实验室和临床医学杂志上,卷147,不。3、126 - 132年,2006页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
- p .的卡,m . Kaforou g . Pollara et al .,“全血基因表达揭示特定转录组新生儿脑病的变化,“新生儿学,卷115,不。1,第76 - 68页,2019。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
- r·沙米尔·c·克莱恩,d . Amar et al .,“分析blood-based特发性帕金森病基因的表达情况,”神经学,卷89,不。16,1676 - 1683年,2017页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
- 王许y, y姚明Shugart, g . et al .,“mRNA的表达变化情况,在早发性精神分裂症的血,”科学报告》第六卷,没有。1,第16767条,2016。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
- Nikolayeva, p .泊斯德,即Casademont et al .,“血RNA签名检测严重疾病在年轻登革热患者在医院的到来,“《传染病杂志》上,卷217,不。11日,第1698 - 1690页,2018年。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
- j·b·温伯格公元Volkheimer, m . p . Rubach et al .,“单核细胞极化在儿童恶性疟疾:与一氧化氮的关系不足和疾病的严重程度,”科学报告》第六卷,没有。1,第29151条,2016。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
- m·巴拉诺维斯基生物肝X受体的作用,“生理学和药理学杂志》上,补充7卷59 31-55,2008页。视图:谷歌学术搜索
- b·a·拉·l·c·曹国伟,j·李et al .,“激活肝X受体改善葡萄糖耐量通过协同调节葡萄糖代谢的肝脏和脂肪组织,”美国国家科学院院刊》上的美利坚合众国,卷100,不。9日,第5424 - 5419页,2003年。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
- g . Cermenati f .阿比亚蒂,s Cermenati et al .,“Diabetes-induced髓磷脂相关异常改变了脂质模式:保护LXR活化的影响,“脂质研究期刊》的研究,53卷,不。2、300 - 310年,2012页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
- c·p·莫里茨t . Muhlhaus s Tenzer t . Schulenborg e . Friauf,“贫穷transcript-protein大脑中的相关:负面关联基因产物揭示神经元极性作为一个潜在的原因,“神经化学杂志,卷149,不。5,582 - 604年,2019页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
- h . Muhl m·巴赫曼,“地震/ IL-18BP和il - 22生成/ IL-22BP:两个相互关联的夫妻治疗潜力,”细胞信号第109388条,卷。63年,2019年。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
- p . Strangward m·j·哈雷·m·g . Albornoz et al .,“针对IL33-NLRP3轴提高治疗实验性脑型疟疾,”美国国家科学院院刊》上的美利坚合众国,卷115,不。28日,第7409 - 7404页,2018年。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
- m . k . Mamik和c .权力”Inflammasomes在神经系统疾病:新兴致病性和治疗的概念,“大脑,卷140,不。9日,第2285 - 2273页,2017年。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
- m . s .沃特,美国斯里尼瓦桑Lamkanfi, g .厕所”Inflammasomes神经炎症和神经退行性疾病,”EMBO分子医学,11卷,不。6、2019。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
- d·a·j·g·沃尔什Muruve, c .权力“Inflammasomes在中枢神经系统,自然评论。神经科学,15卷,不。2、84 - 97年,2014页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
- a . Suryawanshi r·k·Tadagavadi d . Swafford和美国Manicassamy调制Wnt /的炎症反应β连环蛋白信号在树突细胞:一种新的免疫治疗自身免疫和癌症的目标,“免疫学前沿7卷,2016。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
- o . Silva-Garcia j。j Valdez-Alarcon, v . m . Baizabal-Aguirre“Wnt /β连环蛋白信号通路控制病原菌引起的感染的炎症反应,”炎症介质ID 310183条,卷。2014年,7页,2014。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
- g·e·格劳t·e·泰勒·m·e·莫利纽克斯et al .,“肿瘤坏死因子与疾病严重程度与恶性疟疾儿童,”《新英格兰医学杂志》上,卷320,不。24日,第1591 - 1586页,1989年。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
- w·麦奎尔,a . v . s .希尔律师c·e·m·奥尔索普b·m·格林伍德,d . Kwiatkowski变化TNF -α启动子区域与易感性相关脑型疟疾。”自然,卷371,不。6497年,第511 - 508页,1994年。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
- s . a . Olaniyan o . k . Amodu a . a . Bakare m . Troye-Blomberg o . o . Omotade和k·a·罗基特“肿瘤坏死因子α启动子多态性,tnf - 238与严重的恶性疟疾的临床结果西南尼日利亚伊巴丹,”Acta Tropica卷,161年,第67 - 62页,2016年。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
- s . Cabantous o . Doumbo s兰克et al .,“等位基因308 a和238 a的肿瘤坏死因子α基因启动子不增加儿童重症疟疾的风险恶性疟原虫感染在马里。”感染和免疫,卷74,不。12日,第7042 - 7040页,2006年。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
- t·g·克拉克·m·迪亚基特,美国奥本et al .,“肿瘤坏死因子和lymphotoxin-alpha多态性和严重疟疾在非洲人口,”《传染病杂志》上,卷199,不。4、569 - 575年,2009页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
- n . o·威尔逊诉Jain, c·e·罗伯茨et al .,“CXCL4 CXCL10预测致命的脑型疟疾的风险,”疾病标记,30卷,不。1,39-49,2011页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
- 诉Jain, h·b·Armah j . e .铜仁et al .,“等离子IP-10、凋亡和血管生成与致命的脑型疟疾相关的因素在印度,”《疟疾杂志》上,7卷,不。1,2008。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
- s . Cabantous Poudiougou, a·特劳雷et al .,“证据表明,移行细胞在脑型疟疾具有保护作用,”《传染病杂志》上的研究,卷192,不。5,854 - 860年,2005页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
- c . Chevillard j . p . s . Nunes a·f·弗雷德et al .,“疾病宽容和病原体耐药性基因可能构成鲁兹锥体持久性和微分发展恰加斯病心肌病。”免疫学前沿,9卷,2018年。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
- 干扰素- t .国王和t .羔羊。γ:疟疾的双重人格者。”PLoS病原体,11卷,不。10篇文章e1005118 2015。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
- b . s .德赛,a·j·莫纳罕,p . m . Carvey b . Hendey,“血脑屏障在阿尔茨海默病和帕金森病病理学:对药物治疗的影响,“细胞移植,16卷,不。3、285 - 299年,2017页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
- m . t . Heneka和m·k·奥班宁,”阿尔茨海默病炎症过程,”神经免疫学杂志,卷184,不。1 - 2、69 - 91年,2007页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
- m·a·Terkawi r . Takano k .加藤,“人类中性粒细胞与培养的差异基因表达谱恶性疟原虫寄生红细胞。”免疫学研究期刊》的研究卷,2018篇文章ID 6709424、8页,2018。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
- 李b, n .你们,毛问:et al .,“孤儿受体GPR88作为新兴neurotherapeutic目标,“ACS的化学神经科学,10卷,不。1,第200 - 190页,2018。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
- m . Huttenrauch Ogorek, h . Klafki et al .,“糖蛋白NMB:阿尔茨海默病相关标记表达在活化的小胶质细胞的一个子集,”Acta Neuropathologica通信》第六卷,没有。1,p。108年,2018。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
- m . n .没吃,c . Blauwendraat UKBEC et al .,“大脑的表达增加GPNMB与基因组广泛重要的帕金森病7 p15.3染色体上的风险,”神经遗传学,18卷,不。3、121 - 133年,2017页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
- 罗罗k h . Liu, d .,”鸟苷酸还原酶1是一个潜在的治疗阿尔茨海默病的目标,“科学报告,8卷,不。1,2018。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
- a . Thiam m . Sanka r . Ndiaye Diallo et al .,“基因表达分析在脑型疟疾患者的血液和温和的疟疾患者住在塞内加尔,”BMC医学基因组学,12卷,不。1,p。148年,2019。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
版权
版权©2020 Sandrine Cabantous等。这是一个开放的分布式下文章知识共享归属许可,它允许无限制的使用、分配和复制在任何媒介,提供最初的工作是正确引用。