1。介绍
疟疾仍然是全世界一个主要卫生问题,大约一半的世界人口的风险感染,占32亿人,每年导致约2.19亿例(,2018)。虽然大多数疟疾病例都不复杂,其中一小部分(1% - -3%),主要是儿童,发展为严重疾病,危及生命形式具有更高的死亡率比嗯。在2017年大约有435000人死于疟疾,其中91%是撒哈拉以南非洲地区的居民。因此,迫切需要有可靠的诊断和有效的治疗。
脑型疟疾(CM)是一种最严重形式的疾病病因复杂。厘米是一种神经系统并发症由于
恶性疟原虫 感染,造成部分封存的寄生的大脑微血管中红细胞、白细胞粘附微脉管系统,细胞毒性淋巴细胞激活,一个不受监管的炎症反应(
1 ,
2 ]。这种炎症过程的一些关键介质包括TNF -
α 、il - 6、il - 1
β 、白介素、干扰素-
γ 参与了厘米(
3 - - - - - -
6 ]。此外,一些多态性与易感性相关/ CM阻力[
7 ]。本地化这些多态性基因在三个生物功能的作用,红细胞生理、感染红细胞的cytoadhesion,免疫应答。尽管获得的进步和见解遗传和免疫研究,我们机械的理解人类CM的生理和分子的变化仍然是有限的。因此,需要取得进一步进展在致病机制的理解和识别的分子生物标记物来帮助更好更快的医疗护理,不仅会降低死亡率也降低医疗成本和疾病的经济负担。随着分子流程驱动复杂疾病通常影响套基因行动一致,一个策略是使用高通量“组学”技术在病理背景调查几个同时成千上万的基因。因此,转录组分析是一种强大的工具,可以用来实现这个以前无法实现的目标的研究复杂的传染病。最近,我们进行了一项研究转录组的厘米,孩子,我们探索的只有一些途径和基因相关的神经退行性疾病,以验证我们的实验方法(
8 ]。在此,我们假设从外周血基因表达分析可能足够强劲,能够识别特定分子RNA签名的CM对象允许阐明信号通路,上游基因相互作用网络和监管机构扮演重要角色在CM的发病机制。我们也试图识别新的潜在生物标志物为厘米。
2。材料和方法
2.1。伦理审查和批准
本研究经当地伦理委员会批准的医学院、制药、和Odonto-Stomatology巴马科,由法国大学的伦理委员会,其中包括由拉西德保护des人(协议212二氧化碳),Ministere de l 'Enseignement特级et de la矫揉造作的(协议dc - 2011 - 1426)和欧盟委员会国家de l 'Informatique et des自由协议(1564177)。所有的实验方法进行了符合赫尔辛基宣言。从所有的父母得到书面知情同意。
2.2。病人
厘米是根据世界卫生组织的标准定义为unarousable昏迷状态的布兰太尔昏迷量表得分< 2,红细胞容积> 16%,并与无性阶段的寄生虫血症
恶性疟原虫 。脑膜炎是排除通过腰椎穿刺。主题与简单的疟疾(嗯)有一个厚厚的血涂片阳性
恶性疟原虫 布兰太尔昏迷评分5分,> 26%的红细胞比容。孩子们与嗯从未发达厘米。马里孩子们招募了通过巴马科加布里埃尔·图雷医院儿科部门作为一个更大的潜在领域研究的一部分。所有血液样本采集后立即入院,诊断和治疗前的孩子。
2.3。RNA提取
总共13厘米的患者(男女比例7:6;平均年龄(±SD),
6.2
±
3所示。8
年)患者和12嗯对年龄和性别匹配(男女比例,6:6;平均年龄(±SD),
6.5
±
3所示。6
年)被选为基因表达分析;在这两组没有患者死亡。在这些样本中,7厘米,8嗯被用于微阵列研究。样本选择的根据一个非常严格的标准和均质表型获得足够的统计能力尽管数量有限的样本。外周血单核细胞(PBMCs)后1小时内孤立样本收集。生活总RNA提取试剂盒试剂(技术)根据制造商的指示,但额外的纯化步骤进行RNA清洁和集中器设备(Zymo研究)。高质量的RNA样品与完整性的值> 8(安捷伦2100生物分析仪,安捷伦科技)作为标准来选择对象用于微阵列分析(7厘米,8 UM)。
2.4。Whole-Transcriptome分析
whole-transcriptome分析是由使用安捷伦技术,如前所述[
8 ]。基于RefSeq每个微阵列包含约22700个基因和7419个大型基因间的非编码rna。Fold-changes (FC)和
P
为每个基因值计算,使用GeneSpring软件(安捷伦)。的主持
t
测试和多个Benjamini-Hochberg校正测试被用来获得调整
P
值。被认为是显著差异表达基因如果提出一个绝对的FC组间大于2.0 (
∣
足球俱乐部
∣
≥
2。0
)和调整
P
值≤0.05)。
2.5。生物信息学和统计分析
进行了分层聚类与TMEV软件4.9.0显示的记录样本中表达模式使用等级平均连锁聚类(HCL)皮尔森相关系数。层次聚类热图包括最重要的探测器(
∣
足球俱乐部
∣
≥
2。0
)和调整
P
值≤0.01 Benjamini-Hochberg后修正。规范的途径,网络分析,上游监管机构分析与创新途径进行分析(异丙醇,试剂盒)
9 ]。重要度(
∣
足球俱乐部
∣
≥
2。0
和调整
P
值≤0.05)被用于功能注释出来的工具。这种分析使我们能够确定相关的生物学途径和其他关联连接差异表达记录。规范途径重要的输入数据集从图书馆被识别出来的规范化途径基于两个参数,(1)内的基因数量的比例数据集映射到路径除以总数量的基因映射规范化路径和(2)一个
P
确切值(计算基于费歇尔法)确定每个biofunction分配给数据集的概率,规范化路径并不是由于单独的机会。规范的途径是理想化或广义路径表示模块或一个特定信号通路的共同属性。网络生成基于算法来生成分数基于基因之间的连接。一个数值(
Z
分数)是用于网络排名根据他们是如何相关的上游基因数据集内。监管机构的基因影响许多其他基因的表达。网络分析揭示了在数据集提出了分子之间的相互作用图。此外,我们还发现了度的极大地丰富KEGG通路(调整
P
值≤0.05和
∣
足球俱乐部
∣
≥
2。0
6.8)使用大卫。
2.6。定量逆转录聚合酶链反应(RT-qPCR)
我们reverse-transcribed 400 ng总RNA使用高容量的cDNA档案箱(应用生物系统公司,热费希尔科学)根据制造商的协议。选择基因的表达被TaqMan PCR分析,ABI 7900实时PCR thermocycler(技术),根据制造商的指示。的相对折叠变化通过qPCR候选基因决定使用2- - - - - -
ΔΔ Ct 方法与GAPDH正常化后。
2.7。蛋白定量
定量测定IP-10 / CXCL10和等离子体的地震的孩子是由ELISA(分别BD生物科学和Abcys)根据制造商的指示。总共有99名儿童被包括对应于致命17厘米,39非致命的厘米,41。17个孩子死了几个小时后进入医院。无与伦比的Mann-Whitney组比较
U
测试,
P
值≤0.05被认为是重要的。为分析IP-10 / CXCL10和干扰素-之间的相关性
γ 使用了,斯皮尔曼相关系数测试。测试都是由使用SPSS (SPSS 10.1版)。
3所示。结果
3.1。血液在CM中转录组签名
总共7厘米,8嗯学科质量很好的RNA被用来执行基因表达图谱分析。这一分析显示,有1366厘米之间的显著差异表达探针和嗯绝对褶皱的变化
∣
足球俱乐部
∣
≥
2。0
和调整
P
值≤0.05 Benjamini-Hochberg后修正。因此,我们确定了1044年调节和322厘米之间的表达下调探针,嗯。层次聚类热图(图
1(一) )证明的具体表达式538最重要的探测器(
∣
足球俱乐部
∣
≥
2。0
和调整
P
值≤0.01 Benjamini-Hochberg校正后)和显示之间的分离程度,厘米,嗯。这些探测器,432被调节,106被下调。这个层次聚类允许我们得到一个RNA签名厘米之间的歧视和嗯(图
1(一) )。有趣的是,在差异表达基因(度),这个签名,一些以前从未参与疟疾发病机理和/或严重程度。值得注意的是,调节基因GPR88、EPB42 GPNMB, S100P, GMPR, CRYAA, OSBP2, SLC6A9, MSR1, SAMD12 SMOX以及表达下调的基因,SPON1, IL12RB2, NET1, AXIN2, IL18BP, TNFRSF25, TRAP1吸引了我们的注意力,因为他们的生物功能(图
1(一) 、表
1 )。基因之间的注意,包括在这签名,一些已经参与临床的发展形式的疟疾,以及编码蛋白的红细胞的表面膜ANK1 GYPC(表
1 )或炎症/免疫组件CXCL10 CCL2, CXCR2, VWA1, CD177, IL1R2, __arg1、IL2RA, CXCL2(图
1(一) 、表
1 )。
图1
(一)之间的差异表达基因的热图脑型疟疾(CM)和简单的疟疾(嗯)的孩子。层次聚类的微阵列获得使用皮尔逊相关探针与褶皱变化大于两个和调整
P
值≤0.01。红色代表高表达,而绿色代表低表达。顶部的蓝色和紫色酒吧代表CM和儿童,分别。一些有趣的候选基因,表示红色的新球员厘米病理生理学,黑色的基因以前描述的疟疾。(b)堆积条形图显示最高规范途径发现不同代表比较基因表达在CM和嗯孩子绝对褶皱变化≥2,调整
P
值≤0.05。每个通路的基因总数显示上面的每一个酒吧。通路是统计学意义;橙色圆点显示日志(
P
值)。特异表达基因的百分比表示对于每个通路,绿色,表达下调基因和调节基因是红色的。度的数量比通路中的基因总数从9%到100%不等。
(一)
![]()
(b)
![]()
表1
重要基因区分厘米,嗯(
∣
足球俱乐部
∣
>
2
和调整
P
≤
0.01
)。
探针的名字
基因符号(基因名称)
监管状态
绝对的足球俱乐部
新脑型疟疾的关键球员
A_33_P3380462
GPR88 (G protein-coupled受体88)
向上
9.1
A_23_P140675
EPB42(4.2蛋白,红细胞的)
向上
6.1
A_23_P134426
GPNMB(糖蛋白NMB)
向上
6
A_23_P58266
S100P (S100钙结合蛋白P)
向上
4.6
A_24_P277657
GMPR(鸟苷酸还原酶)
向上
4.1
A_33_P3323559
CRYAA(晶状体蛋白、α)
向上
4
A_23_P321935
OSBP2 (oxysterol-binding蛋白质2)
向上
4
A_33_P3326225
SAMD12(无菌阿尔法主题domain-containing蛋白质12)
下来
3所示。6
A_32_P133072
SPON1 (spondin 1)
下来
3所示。5
A_33_P3402615
SLC6A9
∗
(溶质载体家庭6,9)
向上
3所示。4
A_23_P72077
IL12RB2
∗
(白介素12受体β2)
下来
3所示。1
A_23_P392942
MSR1(巨噬细胞清道夫受体1)
向上
2。9
A_23_P102731
SMOX(精胺氧化酶)
向上
2。6
A_23_P83931
NET1
∗
(神经上皮细胞转化gene1)
下来
2。1
A_24_P298027
AXIN2
∗
(轴抑制剂2)
下来
2。1
A_33_P3228322
IL18BP
∗
(白介素18结合蛋白)
下来
2。1
A_33_P3234530
TNFRSF25(肿瘤坏死因子受体超家族,成员25)
下来
2
A_23_P126844
2。2
A_23_P3849
TRAP1(肿瘤坏死因子receptor-associated蛋白1)
下来
2
曾参与疟疾
A_33_P3343175
CXCL10
∗
(科学家图案,趋化因子配体10)
下来
7.7
A_24_P303091
7.8
A_23_P89431
CCL2 (CC主题,趋化因子配体2)
下来
7
A_33_P3416668
VWA1(血管性血友病因子domain-containing蛋白1)
向上
6.6
A_21_P0011751
CD177 (CD177抗原)
向上
5.8
A_24_P63019
IL1R2(白介素1受体,II型)
向上
5.2
A_33_P3352382
__arg1
∗
(精氨酸酶1)
向上
4.6
A_33_P3319967
4.5
A_33_P3376321
ANK1(锚蛋白1)
向上
3所示。2
A_23_P216108
3所示。5
A_23_P127288
IL2RA
∗
(白介素2受体α)
下来
3
A_24_P139901
GYPC(血型糖蛋白C)
向上
2。9
A_33_P3214550
CXCR2(科学家图案,趋化因子受体2)
向上
2。6
A_24_P257416
CXCL2(科学家图案,趋化因子配体2)
向上
2。1
A_23_P315364
2。5
偏度列表包含在RNA签名。有趣的候选基因识别人类的新球员CM(顶部的表)或之前参与疟疾(底部的表)。绝对FC值显示。八个基因选择qPCR验证由星号表示(
∗
)。
3.2。规范度的通路富集分析
为了更好了解特定的病理生理过程,丰富通路和功能分类的分析度进行了使用异丙醇。这与度表现出进行了分析
∣
足球俱乐部
∣
≥
2
和调整
P
值≤0.05 Benjamini-Hochberg后修正。总共24规范化路径明显改变(图
1 (b) )。有趣的是,顶部4正则路径粒细胞粘附和血球渗出12%(20/167)和2%(4/167)的基因调节和表达下调,分别在厘米,精氨酸的降解(33%和17%),LXR / RXR激活(11%,2%),无颗粒白细胞粘附和血球渗出(10%和3%)。额外的重要途径也特别感兴趣,如引发信号(6th 位列通路显著),THOP1在阿尔茨海默病的神经保护作用(13th (17),il - 10信号th ),IL-17A在关节炎(18th ),因为他们的参与脑部疾病和炎症/免疫反应。属重大基因重叠的规范化途径,绝大多数(146比51)显示高表达患者CM相比那些嗯。在这些基因中,一些以前在重症疟疾中发挥作用,特别是CXCL10, __arg1、ATP2B4, MMP9。MMP9、__arg1 CXCL10很常见的至少3 24重要的规范途径。其中,MMP9和__arg1调节在CM中当意外CXCL10表达下调。
3.3。度的KEGG通路富集分析
KEGG通路富集分析基于1366重要的探测器
∣
足球俱乐部
∣
≥
2
(994年这些基因的ID)透露,“疟疾”通路(hsa05144)是第一个最重要的。在前7通路,六之前被别人利用转录组分析在疟疾
10 ,
11 ),包括疟疾(hsa05144) cytokine-cytokine受体相互作用(hsa04060)、肿瘤坏死因子信号通路(hsa04668)趋化因子信号通路(hsa04062),
沙门氏菌 感染(hsa05132)和细胞周期(hsa04110)。重要的是,这部小说确定通路是一个“nod样受体信号通路”(has04621),强调了在CM inflammasome发展的关键作用。
3.4。相互作用网络分析
发现潜在的小说监管网络和因果关系与我们的度,我们构建和探索转录网络使用异丙醇。我们获得5互动基因网络与厘米(显著相关
异丙醇
分数
>
20.
):(1)结缔组织发育和功能,组织形态学和结缔组织疾病(
分数
=
36
)(图
2(一个) )、(2)细胞死亡和生存、结缔组织疾病、血液疾病(
分数
=
36
)(图
2 (b) ),(3)消化系统发育和功能,生物的开发(
分数
=
30.
),(4)细胞运动,炎症反应和细胞间信号传导和交互(
分数
=
23
),(5)免疫学和皮肤疾病和条件和炎性疾病
分数
=
23
)。顶部2网络图表示,大多数度显然是参与宿主反应和红细胞发育和功能。在基因网络1中,只有一个是表达下调(CCL2)和28基因调节(图
2(一个) )。集体,调节基因网络的2是由基因编码血红细胞的蛋白质与SLC4A1中心与il - 4基因而表达下调基因的组中心基因参与了免疫反应(图
2 (b) )。有趣的是,IL-18BP(白介素18-binding蛋白质),编码一个诱饵受体的地震,是表达下调。重要的是,这种细胞因子的表达式是由inflammasome先天和适应性免疫具有重要的功能。
图2
上游基因网络和独创性的分析路径分析(异丙醇;试剂盒Inc .)。基因网络突显出候选基因及其与基因的交互作为节点和两个显示为一条线之间的关系。上游允许识别转录监管机构和监管机构分析目标基因特异表达在我们的数据集。(a)为结缔组织发育和功能基因网络,组织形态学及结缔组织疾病。(b)基因网络细胞死亡和生存、结缔组织疾病、血液疾病。(c)转录监管机构TNF是上游监管机构中排名第一,和38基因预测被激活或抑制肿瘤坏死因子。四个额外的上游监管者SLC4A1 IL-1B, STAT3和il - 6已确定。
(一)
![]()
(b)
![]()
(c)
![]()
3.5。上游监管机构
根据音标,五个上游监管机构包括肿瘤坏死因子(
P
=
1。4
×
10
−
7
)、il - 6 (
P
=
2。3
×
10
−
4
),IL-1B (
P
=
1。4
×
10
−
5
),STAT3 (
P
=
5.3
×
10
−
5
)和SLC4A1 (
P
=
8.6
×
10
−
6
)参与调节度在CM(图
2 (c) )。TNF、il - 6、IL-1B和STAT3并不在我们的数据集而SLC4A1是调节在CM中特异表达。共有55个基因受到至少一个上游调节器;其中,分别39和16日调节和表达下调。
3.6。由RT-qPCR微阵列数据验证
总共有八个候选基因选择qPCR RNA签名的验证。我们故意选择基因(__arg1和SLC6A9)增加或减少(IP-10 / CXCL10 IL-12RB2, IL-18BP, IL-2RA, AXIN2,和NET1)在CM中基因表达的孩子(表
1 和图
2 (b) )最近通过包括基因参与厘米。大多数选择基因参与的炎症反应中起关键作用CM如下所示。所有选定的基因显示厘米之间的显著变化,嗯与所观察到的微阵列(图一致
3 )。
图3
实时聚合酶链反应验证信使RNA水平8厘米之间明显特异表达基因,嗯。样品从13个孩子脑型疟疾(CM)和12个简单的疟疾(嗯)进行了分析。从2相对表达水平计算- - - - - -
ΔΔ Ct 值。值厘米由黑色方块,儿童和儿童价值观嗯由灰色圆圈表示。水平线表示中位数的值。我们使用了Mann-Whitney
U
测试比较结果为CM和嗯组。
![]()
3.7。等离子体浓度IP-10 / CXCL10和地震
令人惊讶的是,我们观察到一个较低的转录水平IP-10 / CXCL10在CM相比嗯住进医院通过微阵列和RT-qPCR而大多数研究表明CXCL10严重疾病的危险因素。确定蛋白质水平是否与转录水平一致,我们测量等离子体IP-10 / CXCL10浓度(图
4(一) )。在CM中,等离子体中位数IP-10 / CXCL10浓度显著低于嗯(分别为583和1250 pg / mL;
P
=
1。7
×
10
−
2
)。在CM的孩子,那些死于疟疾的并发症往往IP-10浓度高于那些恢复(962和440 pg / mL;
P
=
5.5
×
10
−
2
)(图
4 (b) )。IP-10浓度中位数是1250 pg / mL的孩子哦,440 pg / mL (
P
=
2
×
10
−
3
在那些从CM中恢复过来。因为IP-10趋化因子的分泌干扰素,各种各样的细胞反应
γ (IFN -
γ ),我们测试了等离子IP-10和干扰素水平之间的相关性
γ 总共有95名儿童(数字
4 (b) 和
4 (c) )。分析结果表明IP-10和干扰素-之间显著正相关
γ 等离子体水平上执行时整体儿童(斯皮尔曼相关系数,
r
=
0.475
;
P
=
1
×
10
−
6
)。积极显著的两种蛋白质含量之间的相关性也观察到在致命的厘米(
r
=
0.584
;
P
=
1。4
×
10
−
2
恢复()厘米
r
=
0.492
;
P
=
1
×
10
−
3
),嗯(
r
=
0.402
;
P
=
1。1
×
10
−
2
)。我们也量化等离子体的地震,一个细胞因子的诱导干扰素-
γ 和Th1反应(
12 ]。地震-浓度明显高于在儿童厘米(中位数,338 pg / mL)比恩(中位数,86 pg / mL) (
P
=
1
×
10
−
5
)(图
4(一) )。有趣的是,而地震的血浆浓度高的孩子厘米,IL-18BP更低的基因表达这些孩子。
图4
(一)等离子体IP-10和地震-浓度厘米(儿童
n
=
58
,黑色方块)和嗯(
n
=
41
、灰色圆圈)。的非参数Mann-Whitney
U
测试是用来评估的差异。(b)等离子IP-10和干扰素-
γ 浓度与儿童致命的和非致命的CM,嗯。水平在日志中。(c)等离子IP-10和干扰素-
γ 为每个孩子与厘米或嗯浓度。水平在日志中。我们用斯皮尔曼相关系数。
(一)
![]()
(b)
![]()
(c)
![]()
4所示。讨论
由于生物分子之间的相互作用在疾病发展发挥着重要的作用的理解生物网络的拓扑和通路可能是最强大的战略找到分子生物学和临床应用。然而,破译病理生理途径在人类大脑的复杂的监管过程仍然是一个挑战由于无法理解临死前的组织。幸运的是,研究外周血可以提供重要的机械知识,可能有治疗意义(
13 - - - - - -
15 )所示之前成各种传染病和神经系统疾病(
16 - - - - - -
19 ]。因此,我们推测,多个通路可能会更青睐厘米和特异表达,我们是能够识别他们中的大多数在外周血。我们进行了基因表达分析使用微阵列的遗传损伤样本从CM,嗯孩子,我们表明,我们的数据足够健壮的检测CM的新球员。
我们首先评估了转录资料通过分层聚类,确定了一系列基因提供转录组签名允许区分厘米和嗯孩子。即使大多数的度相关的预期功能,如红细胞变更、免疫/炎症反应,和大脑功能障碍,我们的分析提供了进一步了解疾病的发展和确定小说描述的基因没有疟疾发病机理。其次,通路富集分析显示,我们的数据是非常健壮的,因为有些特异表达的途径先前的报道也提供在这个研究包括通路与免疫系统有关,如cytokine-cytokine受体相互作用,肿瘤坏死因子信号通路,趋化因子信号通路(
10 ]。别人提供通路也符合我们的知识CM的发病机理,为例,粒细胞粘附和血球渗出以及精氨酸降解。
在基因可能参与免疫反应,__arg1强烈表达在CM中相比,嗯这是与以前的结果一致。事实上,之前的报告显示,M2-like激活单核细胞表型与hypoargininemia,没有不足,更高的单核细胞精氨酸酶1 mRNA,在坦桑尼亚的孩子和疾病严重程度
恶性疟原虫 疟疾(
20. ]。它提出了M2细胞产生精氨酸酶1,将精氨酸鸟氨酸和尿素,造成损耗的精氨酸和减少。没有任何原因增加内皮细胞粘附分子表达和依从性寄生的红细胞内皮,结果血流的阻塞和远端组织缺血。此外,增加极化对M2表型和精氨酸酶活动的增加也可能影响免疫反应在疟疾通过改变代谢基质用于淋巴细胞和其他免疫细胞。此外,我们表明,新的关键通路调节脂质代谢(LXR / RXR激活)和inflammasome (nod样受体信号通路)改变在我们的研究中。有趣的是,nod样受体的胞质蛋白(NLRs)是一个家庭在炎症和免疫起着重要的作用,而且其在炎症,建立角色LXR / RXR系统已成为一个关键调节器的胆固醇、脂肪酸和葡萄糖体内平衡,神经保护(
21 - - - - - -
23 ]。通路和网络分析使我们能够确认大部分度确定这里是参与免疫/炎症反应和显示inflammasome的至关重要的作用。Inflammasome-mediated分泌il - 1
β 地震是旨在消除传染病病原体通过感应二次介质和招聘更多的免疫细胞感染的网站和/或pyroptosis感染细胞。虽然inflammasome-mediated反应有利于宿主,它必须严格监管;否则,它可能与病理相关。众所周知,IL-18BP能够结合成熟的地震和防止对地震-受体。这里,我们观察到更高级别的地震- CM等离子体的孩子相比,嗯,IL-18BP CM表明疾病的低表达可能与地震的失衡和IL-18BP导致不恰当的inflammasome激活。虽然地震-更高的水平在厘米,无显著差异表达之间的观察记录两组。描述,记录水平和同源蛋白质水平不一定相关由于翻译的规定(
24 ]。地震- / IL-18BP可能被视为有治疗潜力的几
25 ]。这个假说是一致的最新发现表明IL-33,可减少inflammasome激活和il - 1
β 生产小胶质细胞,在大脑表达下调是致命的ECM(实验厘米)(
26 ]。作者证明操纵IL-33-NLRP3轴可能是一种有效的治疗和抑制神经炎症改善厘米抗疟药物治疗的疗效。此外,特定的基因突变在inflammasome导致本构或不适当的激活inflammasome一直与神经系统疾病有关。因此,inflammasome最近新兴的致病性和神经系统疾病的治疗目标
27 - - - - - -
29日 ),我们相信它的激活也可以在CM中有重要影响。另一个基因与炎症有关,AXIN2显示不太用厘米表示,作为负调节的Wnt /
β 连环蛋白信号通路中起着至关重要的作用在许多方面的细胞分化和免疫细胞的功能(
30. ]。事实上Wnt /
β 连环蛋白信号已经被证明可以发挥重要作用在感染期间,一些炎性分子的表达
31日 ,异常的信号已经被报道在神经退行性疾病如阿尔茨海默氏症和帕金森疾病。
有趣的是,上游5监管者TNF、il - 6 IL-1B, STAT3,我们已经确定了SLC4A1这里都是分子已经参与疟疾,其中一些是关键球员在多元化的早期先天宿主防御机制的结果的关键
疟原虫 感染。我们的研究提供了进一步的证据作用,允许二级调解人的身份厘米。总共55分子被证明是提供这些上游监管者然后可能有利于疾病的发展。尽管TNF不是差异表达,肿瘤坏死因子已经被别人的危险因素的发展严重的形式(
4 ,
32 - - - - - -
34 ]。然而,它的作用方式和因果监管变异并没有明确指出因为基因研究显示矛盾的结果在研究人口(
7 ,
35 ,
36 ]。在这里,建议TNF可能发挥关键作用通过其监管效果在许多其他分子致病机制。IP-10 / CXCL0是这些效应分子的一部分。令人惊讶的是,我们发现IP-10 / CXCL10嗯的基因表达和蛋白质含量高于那些从CM中恢复过来,建议保护作用,这些水平是高致命的CM与CM幸存者赞成致病作用。始终与我们的发现,先前的研究表明,IP-10 / CXCL10水平升高在致命的厘米,紧密与CM的死亡率(
37 ,
38 ]。此外,有越来越多的证据表明,IP-10 / CXCL10扮演了一个角色在传染性和非传染性的中枢神经系统神经元损伤的原因,老年痴呆症,和血管生成的抑制作用。IP-10干扰素-
γ 全身的Th1激活淋巴细胞趋化因子和趋化现象的活动(
38 )这是很符合干扰素-之间的相关性
γ 和IP-10我们观察到病人。因此,我们的研究结果提出了一个复杂的调控基因的双重角色IP-10(保护和加重),因为它已被证明为IFN -
γ 在这两种疟疾(
39 和恰加斯病
40 ]。本条例可以部分通过上游监管机构确定,TNF、il - 6, STAT3 IL-1B。总的来说,我们可以认为高水平的CXCL10可能导致血管损伤导致血脑屏障(BBB)的崩溃可能会导致白细胞,引起当地hyperinflammation积累和致命的神经病理综合症。所有这些数据的基础上,我们可以假设感染
恶性疟原虫 必须开发一个有效的免疫反应产生趋化因子如IP-10 / CXCL10和炎性细胞因子,如干扰素-
γ 可以控制感染。不幸的是,这种免疫反应不能正确规范在某些人,和过度炎症反应可引起组织损害和死亡。因此,这种过度生产似乎在到达医院诊断为可怜的临床过程。此外,生产动力学的分子参与炎症反应和确定病人的临床结果显示最近的干扰素-
γ 生产是至关重要的(
41 ]。然而,这仍有待建立这个趋化因子如何有助于防止厘米。
最后,再次分析支持,通路和基因在神经退行性疾病有作用在CM中特异表达,我们曾指出
8 )和其他已确认(
11 ]。在这里,我们强调的作用3基因(GPR88、GPNMB GMPR)显示高表达在厘米(
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4
),因为这可能是有趣的关键球员厘米高的表达他们也帕金森症和阿尔茨海默疾病有关。这两种神经退行性疾病与厘米都分享一些临床症状,如记忆力减退或血管收缩和一些病理生理特征,如血脑屏障的修改和增加ICAM-1的表达
42 ,
43 ]。GPR88是顶部的一部分基因的褶皱增加9.1。这个基因编码一个brain-specific G protein-coupled受体在多巴胺功能中扮演了重要的角色。这个细胞表面受体参与识别iRBCs(感染红细胞)[
44 )也成为一种新型药物对中枢神经系统疾病包括精神分裂症、帕金森病(PD),和焦虑
45 ]。厘米的另一个新的关键球员是糖蛋白nonmetastatic黑色素瘤蛋白B (GPNMB)糖蛋白观察到在组织损伤和炎症与星形胶质细胞有关,小胶质细胞和巨噬细胞。它已被确认为一种新颖的阿尔茨海默氏症——(广告)转基因小鼠和零星的AD患者相关因素的表达分析(
46 ]。此外,基因变异GPNMB也与PD的风险和显著增加表达GPNMB [
47 ]。最后,GMPR基因,编码蛋白质GMPR1,是调节在CM中观察到广告案例,展示和广告发展逐渐增加。重要的是,GMPR表达的增加使产品GMPR (GMPR1)的一种很有潜力的治疗目标
48 ]。
最后,几项研究使用微阵列基因表达分析显示有前景的结果甚至通过使用少量的样品(
10 ,
16 ,
49 ]。这里,尽管有限数量的学科研究转录组分析,我们得到足够的统计能力识别血液转录组签名区分CM,嗯。显然,进一步的研究进行了大量的主题,并使用RNAseq技术将是非常有用的来确认一些基因识别的作用。
总之,我们的研究提供了基本的知识分子形象特征厘米。在这项工作中,我们已经确定了一组新的基因关键信号分子和监管的病理生理学厘米。我们表明,转录分析在全血是强大到足以允许主机生理学在CM的综合分析和生物标志物的鉴定可能潜在的治疗靶点。