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彼得亚雷k . Janicki索尼娅•Vaida哈米德·a·b·AL-MondhirygydF4y2Ba,gydF4y2Ba ”gydF4y2Ba针对下一代排序的gydF4y2Ba基因识别小说多重变异模式V缺陷严重的遗传因素gydF4y2Ba”,gydF4y2Ba案例报告遗传学gydF4y2Ba,gydF4y2Ba 卷。gydF4y2Ba2013年gydF4y2Ba,gydF4y2Ba 文章的IDgydF4y2Ba941684年gydF4y2Ba,gydF4y2Ba 7gydF4y2Ba 页面gydF4y2Ba,gydF4y2Ba 2013年gydF4y2Ba。gydF4y2Ba https://doi.org/10.1155/2013/941684gydF4y2Ba
针对下一代排序的gydF4y2Ba基因识别小说多重变异模式V缺陷严重的遗传因素gydF4y2Ba
彼得亚雷k JanickigydF4y2Ba
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索尼娅VaidagydF4y2Ba,gydF4y2Ba1gydF4y2Ba
和gydF4y2Ba
哈米德·a·b·AL-MondhirygydF4y2Ba2gydF4y2Ba
1gydF4y2Ba围手术期基因组学实验室,麻醉学,宾州州立大学医学院女士好医疗中心H187, 500大学博士,好时,PA 17033,美国gydF4y2Ba
2gydF4y2BaHematology-Oncology分工,宾州州立大学医学院女士好医疗中心,好时,PA 17033,美国gydF4y2Ba
文摘gydF4y2Ba
本研究调查了遗传缺陷潜在严重因子V缺乏一个26岁的哥伦比亚(南美)女和她的直系亲属(父母和新生儿)下一代测序(门店)的整个gydF4y2Ba基因位点。五个编码序列的突变gydF4y2Ba,包括三个错义单核苷酸变异(R2102H、R513K D107H)和两个同义变体(A135A S184S),被Sanger测序识别和确认的研究渊源者(所有检测到突变纯合子),她的父母,她的新生儿(确定突变杂合的运营商)。这三个错义变异之前与单独的表型相关,包括因子V缺陷(R2102H),血栓形成(R513K)和频繁的流产(D107H)。此外,至少75额外的单核苷酸变异(包括六部小说)的翻译区中gydF4y2Ba。gydF4y2Ba
1。介绍gydF4y2Ba
凝血因子V是一个大型330 - kd糖蛋白由2224氨基酸残基包括28-residue前导肽,在结构上和功能上同源第八凝血因子(gydF4y2Ba1gydF4y2Ba,gydF4y2Ba2gydF4y2Ba]。人为因素V基因(正式名称gydF4y2Ba)映射到染色体1 q23处,包含25个外显子(8)。V缺陷的因素是一种罕见的常染色体隐性疾病(发生率< 1 100万年),特点是低水平的抗原和活动(gydF4y2Ba3gydF4y2Ba]。目前,一百多名deficiency-causing突变gydF4y2Ba描述了轨迹,虽然大多数都是私人的,几是常见的,被发现在几个人的欧洲、中东和亚洲下降。在目前的研究中,我们第一次使用下一代DNA序列(上天)分析检测突变模式在整个gydF4y2Ba轨迹的26岁的西班牙裔产妇V缺陷严重的因素,以及她的父母和新生儿无症状。突变和临床表型的关系组合评估。gydF4y2Ba
2。案例展示gydF4y2Ba
研究协议是通过IRB在事业单位好医学院。这是在遵守赫尔辛基宣言的原则。从所有参与者获得书面知情同意。调查患者26岁的西班牙裔(出生在哥伦比亚、南美)产妇(G4P1)和一些流血事件之前和期间怀孕,多个新鲜冷冻血浆(FFP)输血,和三个流产在过去的历史。病人以前诊断临床严重因素V缺陷的基础上,一些以前的出血和实验室研究证明与中度到重度减少凝血障碍因子V活动。其余过去病史是不起眼的。家族病史显示两个亲生父母没有出血史或其他凝血症状和正常因素V活动报道。此外,她有两个兄弟姐妹,显然没有任何临床凝血障碍的迹象。怀孕过程中当前病人提供健康男性新生儿,没有显示出来,这种分析的时候,任何凝血异常的迹象,除了减少(36%)水平的因素诉本调查的目的,我们收集血液样本(渊源者和刚出生的儿子)和唾液(亲生父母和渊源者的丈夫)进行DNA分析(图gydF4y2Ba1gydF4y2Ba)。gydF4y2Ba
3所示。突变分析gydF4y2Ba
从静脉EDTA-whole提取的基因组DNA (gDNA)血液样本(渊源者)或脐带血(新生儿)采用膜超滤法(富士胶片Autogene分发的生命科学,Holliston,妈,美国),根据制造商的建议。父母双方的唾液样本收集和渊源者/ s的丈夫Oragene容器(DNA Genotek、加拿大)和提取根据制造商的建议。随后两gDNA样本渊源者提交Otogenetics公司(美国佐治亚州诺)目标捕获和测序。简而言之,gDNA受到琼脂糖凝胶和光学密度比Covaris前测试,以证实纯度和浓度(沃本Covaris, Inc .,妈,美国)的碎片。分散gDNAs测试粒径分布和浓度使用安捷伦2100年生物分析仪(美国安捷伦科技,圣克拉拉,CA)和Nanodrop(美国威明顿德热费希尔科学)。Illumina公司图书馆是由合格的分散gDNA使用NEBNext试剂(美国新英格兰生物学实验室,伊普斯维奇,MA)和生成的库受到外显子组浓缩使用自定义探测目标瞄准75 kb 1号染色体上(169年、481年、192年- 169年,555年,469年由GRCh 37岁Hg19)。合成库被qPCR检测浓缩、粒径分布和浓度的安捷伦2100年生物分析仪。然后样本测序的Illumina公司HiSeq2000(美国Illumina公司,圣地亚哥,CA)产生paired-end读取90或100个核苷酸。数据分析数据质量,外显子组报道,exome-wide SNP / InDel使用平台提供的DNAnexus (DNAnexus公司、山景、钙、美国)。的编码序列的多态性检测gydF4y2Ba轨迹随后被验证使用古典桑格使用外显子测序引物被范Wijk et al。gydF4y2Ba4gydF4y2Ba]。这个分析是由直接DNA测序基因分析仪使用ABI棱镜3100(美国应用生物系统公司,培育城市,CA)。gydF4y2Ba
通过门店,我们对5.49亿个碱基的序列生成pair-end 90或100核苷酸读取,其中86%能够使人类参考序列。总共23%的这些序列映射到目标区域对应于75 kb的序列gydF4y2Ba轨迹(NM_0001304.4),用540倍的意思是覆盖(表gydF4y2Ba1gydF4y2Ba)。在这个深度的报道,超过95%的目标基地覆盖通过质量控制过滤phr分数阈值的基础上调用变体(phr > 30)。八十高信任度变异注释在目标区域(3产生的单核苷酸变异和2的编码区单核苷酸变异的目标(表gydF4y2Ba2gydF4y2Ba),以及75个单核苷酸变异在非编码序列的目标(表中gydF4y2Ba3gydF4y2Ba)。错义变异位于外显子3 (D107H) 10 (R513K), 23 (R2102H)gydF4y2Ba轨迹(图gydF4y2Ba1gydF4y2Ba),调查患者是所有这些变异纯合子的载体。这些变异是另外桑格测序证实和显示完美匹配两个重复样本。额外的验证的DNA样本渊源者的刚出生的儿子和我们的病人的亲生父母使用Sanger测序显示执行都是杂合的运营商(图3错义变异gydF4y2Ba2gydF4y2Ba)。没有这些变体病人的丈夫(如所示。刚出生的孩子的亲生父亲)。gydF4y2Ba
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| 力宏:纯合子,Het:杂合子,SNP:单核苷酸多态性,德尔:删除和Ins:插入gydF4y2Ba |
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4所示。讨论gydF4y2Ba
当前的研究提出了一些新颖的发现:(i)它雇佣了门店阵线缺陷的分子诊断方法,包括翻译和翻译的区域的测序gydF4y2Ba轨迹;(2)它诊断遗传性阵线缺乏美国拉美裔种族的美国白人家庭;和(iii),它描述了详细的遗传证据为多个,coinherited突变gydF4y2Ba轨迹可能相反的表型特征(即负责。增加和减少血栓形成过程)。gydF4y2Ba
目前的研究结果表明,研究的渊源者是一个纯合基因的载体三个独立的编码序列的错义突变gydF4y2Ba。令人惊讶的是,然而,只有一个3发现错义突变(R2102H)是前面描述的(当时称为R2074H,基于不同的订单号氨基酸)Schijver et al。(2002)的上下文中的不足因素V (gydF4y2Ba5gydF4y2Ba]。这种替换导致精氨酸(R)的更换由组氨酸(H) 2102年氨基酸位置位于C2-domain因子V和几行,此前报告的证据支持这一概念,这个序列变异V缺陷表型是诱发因素。有趣的是剩下的两个错义突变检测报告主要与血栓形成有关(gydF4y2Ba6gydF4y2Ba- - - - - -gydF4y2Ba8gydF4y2Ba]或早产的风险增加(D107H) [gydF4y2Ba9gydF4y2Ba]。值得注意的是两个错义突变点检测在当前渊源者以前描述的不同人群(在突尼斯人口和R513K R2102H泰国、中国人口和撒哈拉以南)。虽然因子V缺陷及其诱发突变被报道之前从欧洲白种人,是,据我们所知,第一个致病突变的详细描述gydF4y2Ba来自南美的轨迹在一个家庭和/或拉美裔种族。gydF4y2Ba
此外,我们建立的研究渊源者是一个纯合子载体两个同义单核苷酸变异:A135A (rs6029)和S184S (rs6022)之前报道在线SNP Medline数据库。没有关于潜在的这些突变表型意义的信息。除了前面描述的单点突变的编码区gydF4y2Ba基因,从渊源者捷数据的分析建立了存在额外的75年的翻译序列多态性gydF4y2Ba轨迹(3 5′utr部分,71年intronic部分,和1 3′utr基因的一部分)(表gydF4y2Ba3gydF4y2Ba)。这些变异代表六个新发现的变异,而不是先前在苏格兰民族党Medline数据库。检测到变异的类型包括单核苷酸变异(4插入和删除),以及3 indels附加短。这些多态性的表型意义因素V函数仍然是未知的。gydF4y2Ba
最近(2012年10月)访问人类基因组变异数据库(gydF4y2Bawww.hgmd.orggydF4y2Ba)列出了145个错义突变gydF4y2Ba轨迹与改变相关因素的函数诉从这个列表,94代表单点突变,突变的约80 V缺陷密切相关的因素。在这方面,目前的研究并没有向这个列表添加新的突变,但证实了先前描述的事实共同继承的几个独立的突变gydF4y2Ba轨迹(gydF4y2Ba10gydF4y2Ba,gydF4y2Ba11gydF4y2Ba),更重要的是提供了一个示例的co-inheritancegydF4y2Ba突变可能与异性表型凝固特征。类似的情况(即。,coinheritance of polymorphic variants from which one is associated with decreased Factor V activity and other with increased thrombosis) was described previously for much more frequent prothrombotic Leiden mutations, or more recently, promoter −426 G/A polymorphism [12gydF4y2Ba,gydF4y2Ba13gydF4y2Ba]。我们的发现证实了其他凝血的突变gydF4y2Ba在一个病人基因位点可能是独立遗传的。gydF4y2Ba
目前的研究展示了上天的使用方法详细的具体的临床病理学诊断和识别罕见的遗传性疾病的诱发突变。这种方法最近提倡对诊断和治疗(gydF4y2Ba14gydF4y2Ba]。这个病例的基因数据获得成功在临床上用于peripartum前面描述的病人的麻醉管理(gydF4y2Ba15gydF4y2Ba]。通过门店基础综合遗传分析方法将越来越多地帮助建立的诊断因子V缺陷(或其他遗传凝血障碍),从而改善病人的管理。gydF4y2Ba
利益冲突gydF4y2Ba
作者宣称没有利益冲突。gydF4y2Ba
引用gydF4y2Ba
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