文摘

结节病是一种炎性肉芽肿性疾病病因不明由细胞因子和趋化因子。有限信息的细胞因子/趋化因子受体网络监管支气管肺泡灌洗(BAL)细胞在肺结节病,建议microrna基因和转录因子的贡献。因此,我们调查了25个炎症相关的microrna基因表达,27个细胞因子/趋化因子受体,和一个Th1-transcription因素T-bet在未分离的BAL细胞获得48结节病病人使用定量rt - pcr和14个对照组。然后我们检查了两个miRNA-mRNA表情丰富相关关系。第一个研究microrna在肉质的BAL细胞检测到放松管制mir - 146 a,mir - 150,mir - 202,mir - 204,mir - 222表达式比较控制。Subanalysis透露更多的mir - 155,let-7c成绩单在进步()比较回归()疾病如2年随访评估。相关性分析显示小分子核糖核酸之间的关系网络,转录因子T-bet和放松管制的细胞因子/趋化因子受体在肉质的BAL细胞网络。此外,T-bet显示出更明显的监管能力比microrna sarcoidosis-associated细胞因子/趋化因子受体,这可能函数,而作为“fine-tuners”细胞因子/趋化因子的表达。我们的相关网络研究意味着小分子核糖核酸和Th1-transcription影响因素T-bet细胞因子/趋化因子受体的调控网络BAL细胞结节病。需要功能的研究来证实生物获得的关系的重要性。

1。介绍

肺结节病是一种炎症性疾病的病因不明的特点是激活的积累Th1 / Th17淋巴细胞和肺泡巨噬细胞和随后的肉芽肿形成(1- - - - - -3]。在结节病的发病机制中起到的关键作用是通过促炎细胞因子和趋化因子,分子至关重要的是参与免疫和炎症细胞的活化和贩卖他们的疾病的网站(4]。然而,仍有有限的信息监管肺结节病的细胞因子/趋化因子受体网络及其表型。

越来越多的证据表明,炎症反应的调节是一个非常复杂的过程,涉及协调参与多个监管系统,比如一个集成的网络小分子核糖核酸(microrna)和转录因子(5,6]。microrna的新兴角色,一个类19-25核苷酸单链非编码rna的长度,在炎症反应的监管已经报道在慢性肺疾病如哮喘7)和慢性阻塞性肺疾病(8]。在结节病,改变microrna的模式已经被报道在肺组织(9),外周血单核细胞(9- - - - - -11),而血清(10]。然而,没有信息的microrna的模式支气管肺泡灌洗(BAL)细胞和其监管能力相关的细胞因子/趋化因子受体网络在肺结节病。此外,一个Th1-transcription因素T-bet已成为至关重要的免疫基因的关键调节器如干扰素(IFN)γ和趋化因子受体CXCR3在肉质的炎症12- - - - - -14),以及在其他炎症条件(15- - - - - -17]。但是,没有信息的可能的合作Th1-transcription因子和炎症相关的小分子核糖核酸在细胞因子/趋化因子受体网络监管BAL细胞结节病的存在。

在这项研究中,我们旨在调查候选炎症相关的基因表达模式microrna在平衡细胞结节病病人和对照组。为了评估转录后的监管机构和microrna的可能贡献T-bet作为一个司机Th1-transcription肉质的炎症因子,我们寻找microrna和之间的关系T-betsarcoidosis-associated细胞因子/趋化因子受体网络BAL患者细胞结节病和子组和回归疾病进展评估的两年随访。我们相信理解细胞因子/趋化因子受体的转录和转录后的调控网络可能的原因和进展肺结节病和其他炎症和自身免疫性疾病,最终奠定了基础治疗的选择。

2。材料和方法

2.1。主题

患者进一步细分根据疾病发展评估的两年随访。根据标准协议[落下帷幕了18在48例肺结节病(S)和14个对照组(C)捷克的来源。结节病的诊断是确定符合标准声明的结节病(19]。没有病人接受皮质类固醇治疗前落下帷幕。患者进一步细分根据疾病发展评估的2年随访:(i)患者疾病进展(掠夺,)和(2)实现那些回归(Reg,)。对照组由14个科目落下帷幕的一部分进行临床研究为心因性咳嗽,咳嗽肺与胃食管返流疾病和高血压。登记患者的临床和实验室特征和控制对象,见下表1。

所有患者把他们的知情同意使用落下帷幕,主要用于诊断评估,本研究的目的。当地伦理委员会深造大学和学院医院,奥,批准了这项研究。

2.2。BAL样品处理,microrna / mRNA隔离和反转录

BAL细胞被离心分离液体和细胞总RNA是分不开的隔绝BAL mirVana microrna的工具包(美国奥斯汀Ambion);RNA质量和数量由2100生物分析仪使用RNA 6000纳米化验(美国帕洛阿尔托安捷伦科技)。microRNA的执行的逆转录TaqMan微rna逆转录工具包(应用生物系统公司,培育城市,CA)使用RT引物茎环结构,确保效率和特异性RT (20.根据制造商的指示。30分钟的反应是孵化16°C,在42°C, 30分钟和5分钟85°C。由此产生的cDNA存放在−20°C到使用。的mRNA进行逆转录Transcriptor与锚定dT引物合成第一链cDNA工具包(美国印第安纳波利斯罗氏应用科学)根据制造商的建议。10分钟的反应是孵化在65°C, 60分钟50°C, 5分钟在85°C。由此产生的cDNA存放在−20°C到使用。

2.3。测量定量rt - pcr的microrna / mRNA的表达

每个microrna的基因表达和mRNA在BAL研究了细胞中存在使用特定的引物和探针(见表S1和S2表,在网上补充材料http://dx.doi.org/10.1155/2015/121378)。执行中存在为每个单独的microrna在20μL反应混合物,包括1.3μL(稀释RT产品,1μL 20 x TaqMan个人微rna检测,10μL 2 x TaqMan普遍PCR大师混合,没有AmpErase)(应用生物系统公司)和7.7μL nuclease-free水。执行中存在为每个单独的mRNA表达如前所述[21]。所有的反应是RotorGene3000系统上执行(试剂盒Inc .)、瓦伦西亚、钙、美国);反应步骤如下:95°C 10分钟,其次是40周期在95°C 1分钟15秒和60°C。相对microrna和信使rna表达水平的计算是通过一个二阶导数方法(RotorGene软件6.1.81 Corbett,悉尼,澳大利亚);互补脱氧核糖核酸RNA从人类普遍引用(美国Stratagene拉霍亚,CA)是用作校准器。参考microrna基因分析内生控制哺乳动物U6,信使rna基因的引用PSMB2(21]。表达水平的变化表现为平均相对与95%可信区间(CI)表达式。

2.4。选择候选microrna和结合位点的识别

microrna的通路分析web服务器DIANA-mirPath v。3 (http://www.microrna.gr/miRPathv3/)[22)是用于提名候选人炎症相关的microrna基于他们可能参与cytokine-chemokine交互途径。之间的结合位点识别候选人microrna mrna,我们使用了mirSystem [23)(表S3,补充材料)。这个基于网络的工具集成了七个最常用的目标基因预测算法:戴安娜,米兰达,miRBridge, PicTar,皮塔饼,rna22, TargetScan。此外,它包含验证数据的特定的microrna及其目标基因之间的相互作用TarBase和miRecords数据库。

2.5。使用Kohonen自组织神经网络聚类

Kohonen自组织神经网络(SOM自组织映射),一个聚类工具,应用于发现集群非常接近彼此的输入数据(24]。输入数据(整个数据集包括所有研究分子的microrna和mRNA表达)转化为向量,每个结节病病例记载的神经网络。在2 d神经元在大脑皮层组织;只有相邻的神经元相连。如果数据集群神经元在SOM显示相对应的内部集群结构分析子组(在我们的例子中进步和回归疾病),相关的数据集可能包含高生物关系。

2.6。microrna /信使rna相关分析

相关矩阵计算调查microrna的表达和mRNA的表达之间的关系T-bet和sarcoidosis-associated细胞因子/趋化因子受体网络由斯皮尔曼相关系数表示。相关矩阵使用热点图以图形方式呈现,在分层烧结的聚类分析显示执行组microrna的之间的关系和mRNA的集群。热图的每个单元格的颜色对应的价值之间的斯皮尔曼相关系数给定microrna和相应的信使rna。

2.7。圆环图可视化的microrna / mRNA的关系

microrna之间的关系的图形化表述,mrna,T-bet在圆环,和弦图生成系统(25)(http://mkweb.bcgsc.ca/tableviewer/)申请(i)结节病病人和子组的患者(ii)结节病、(3)回归结节病发展。在图中,只有重要的相关性描述()。相关性的强度()个人miRNA-mRNA对对应的斯皮尔曼相关系数的绝对值(),数学变换进行突出强度的相关性的差异。为转换,使用下面的公式: 在哪里代表的门槛最高的意义重大价值。

2.8。microrna的信使rna /T-bet网络分析

microrna之间关系的示意图表示,T-bet细胞因子/趋化因子受体,我们构造加权基因coexpression网络(26]。此外,一个算法分析的基础上研究分子之间的最近的邻居(表示为顶点)应用27]。较大的顶点(球体)网络中基于相关分析最近的邻居比小的顶点。只有边缘连接最近的邻居(对相关性最高的)保存。换句话说,顶点的大小(球)和连接顶点之间显示调查分子网络之间的关系。

2.9。统计分析

数据分析使用GraphPad Prism 5.01(美国GraphPad软件,拉霍亚,CA)和SPSS 16.0(美国SPSS Inc .,芝加哥,IL)。microrna的mRNA水平组之间的差异是由非参数评估克鲁斯卡尔-沃利斯单向analysis-of-variance-by-ranks测试;非参数Mann-Whitney测试是用来确定两组之间的显著差异。斯皮尔曼相关系数及其相应的值是计算使用R统计软件(http://www.r-project.org/)。一个值< 0.05被认为是显著的。

3所示。结果

3.1。microrna的选择研究

候选人microrna选择基于他们可能参与炎症反应的规定,特别是细胞因子/趋化因子受体网络。使用DIANA-mirPath v。3,we nominated 25 candidate miRNAs (miR-let-7c、let-7d miR-21、miR-24 miR-25,mir - 92 a,mir - 125 a,mir - 126,mir - 133 a,mir - 146 a,mir - 148 a,mir - 150,mir - 155,mir - 181 a,mir - 199 a,mir - 202,mir - 204,mir - 206,mir - 212,mir - 214,米尔- - - - - -222年,mir - 223,mir - 302 c,mir - 424,mir - 503)针对细胞因子/趋化因子受体网络(见图S1,补充材料),涉及许多细胞因子/趋化因子及其受体与结节病有关。miRBase ID数字的列表和其他细节研究microrna在表S1(补充材料);microrna在(3′utr)“种子区域”绑定的信使rna研究表示在表S3(补充材料)。

3.2。microrna的表达分析

3.2.1之上。分析结节病病人和对照组的microrna的表达

为了调查microrna的表达模式,的表达水平miR-let-7c,let-7d,miR-21,miR-24,miR-25,mir - 92 a,mir - 125 a,mir - 126,mir - 133 a,mir - 146 a,mir - 148 a,mir - 150,mir - 155,mir - 181 a,mir - 199 a,mir - 202,mir - 204,mir - 206,mir - 212,mir - 214,mir - 222,mir - 223,mir - 302 c,mir - 424,mir - 503测定BAL细胞结节病病人和对照组。

与对照组相比,高数量的mir - 150(),mir - 146 a()(表2,图2(一个))成绩单和低mir - 202(),mir - 204(),mir - 222()(表2,图2(一个))在结节病病人表达检测。没有区别其他研究种microrna的表达水平观察结节病和对照组之间(图1(一))。

3.2.2。microrna的表达分析在结节病的患者疾病进展/回归

为了调查microrna的表达模式在结节病病人细分根据疾病结果2年随访后,一组候选人microrna的表达水平确定BAL细胞进展和回归结节病。排除的观念变化在转录水平的表达可能与细胞数量的变化,我们调查的绝对和相对数量的分布BAL巨噬细胞和淋巴细胞,显示没有子组患者的进步和回归结节病的区别()。

当比较回归结节病,表达升高mir - 155(),let-7c()(表2,图2 (b))中检测出疾病进展。其他研究种microrna的表达水平没有区别患者进展至回归结节病(图1(一))。

3.3。信使rna表达分析

3.3.1。分析结节病病人和对照组的mRNA表达

为了探讨mRNA表达模式在结节病,CCL2的表达水平,CCL3,亚兰,CCL5, CCL7, CCL8, CCL13, CCL19, CXCL2, CXCL3, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CXCL12, CXCL16, CCR1, CCR2A, CCR2B, CCR5, CXCR3,趋化因子受体CXCR4, CXCR6, CXCR7, IL2 IL2RA, IL2RB, IL15RA IFNG,T-bet测定BAL细胞结节病病人和对照组。

相比对照组,CC趋化因子的表达水平CCL3 ()、亚兰(),CCL5 ()和CCL8 ()和科学家趋化因子CXCL9 (),CXCL10 ()和CXCL11 ()被发现在结节病病人升高(表3,图1 (b))。在趋化因子受体,CCR2-var mRNA表达。一个()、CCR5 ()、CXCR3 ()和CXCR6 ()在结节病病人升高(表3,图1 (b))。在细胞因子/细胞因子受体的表达水平IL2 (),IL2RB (),IL15RA ()和IFNG ()在结节病病人升高(表3,图1 (b))。T-bet信使rna表达还发现在结节病病人(高对照组(表)进行比较3,图1 (b))。

3.4。自组织神经网络对结节病病人

为了评估的内部数据结构的数据集,我们应用Kohonen SOM。结节病病人的无监督聚类分析划分为以下由神经元集群(六边形):(1)绿色神经元只包括患者进展,(2)红色神经元只包括患者回归;和(3)神经元包括类可视化为插值(图红色和绿色之间的颜色3)。

分析支持内部结构的存在患者亚组评估疾病的结果,因此支持子组不同的microrna / mRNA的概要文件。三个集群完全匹配的患者回归结节病(25%)和一个集群发展疾病患者(10.4%)。两个集群或多或少地对应于患者回归结节病(27.1%),而一个集群或多或少地对应于疾病进展的患者(16.7%)。另一方面,两个集群的病人(20.8%)没有对应于任何类。有趣的是,患者回归形成集群比进展患者,因此表明这群更异构关于学习microrna和mrna的表达谱比较发展疾病。

3.5。microrna的相关分析,T-bet网络和细胞因子/趋化因子受体

为了评估microrna与mrna BAL研究细胞之间的关系,我们进行了相关分析。区分之间的相关程度,miRNA-mRNA对,我们设置截止斯皮尔曼相关系数对应于意义重大值()。自研究分子之间没有显著的相关性被发现在对照组,这组的和弦图不是。

最重要的作为一个整体在结节病的相关性观察下列miRNA-mRNA双:mir - 212-CXCL10 (),miR-24趋化因子受体cxcr4 (),mir - 125 a-CCL7 (),mir - 146 a-CCL19 (),miR-25ccl2 (),mir - 214 -CCL2 (),miR-24-CCL5 (),miR-24-CXCR3 (),miR-21-CXCR7 (),mir - 204-IFNG (),mir - 148 a趋化因子受体cxcr4 (),mir - 155趋化因子受体cxcr4 ()(图4(一))。关于T-bet,我们观察到的相关性与CCL5 ()、CXCR3 (),趋化因子受体CXCR4 (),CXCR6 (IL2 (),),IL2RA (),IL2RB (),IL15RA (),IFNG (),CCR2B (),CXCL10 ()和CCR5 ()(图4(一))。

在疾病进展关系miRNA-mRNA对观察如下:miR-25 -CCL2 (),mir - 126 -CCL2 (),mir - 214 -CCL2 (),mir - 125 a-CCL7 (),mir - 126 -CCL7 (),let-7d-CXCR7 (),mir - 126-CXCR7 ()(图4 (b))。T-bet与CCL5 ()、CXCR3 (),趋化因子受体CXCR4 (),IL2RB (),IL15RA (),IFNG (),CXCR6 (),CXCL10 (),CCR2B (IL2 (),)和IL2RA ()(图4 (b))。

在回归结节病,我们发现以下miRNA-mRNA双:之间的相关性mir - 146 a-CCL19 (),let-7c -CCL19 (),mir - 202-CXCL10 (),mir - 212 -CXCL10 (),mir - 92 a-CXCL12 (),mir - 148 a趋化因子受体cxcr4 (),miR-24-IL2RB (),miR-25-IL2RB ()(图4 (c))。此外,T-bet与CXCR3 (IL2 (),),IL2RA (),IL2RB (),IL15RA (),IFNG (),CCL13 (),CXCL2 (),CXCR6 (),CXCL11 (),CCL5 (),CCR2A (),CCR2B ()和趋化因子受体CXCR4 ()(图4 (c))。

在结节病病人,与某些基因相关T-bet同时,microrna(图4 (d))。相关与T-betCXCL10, microrna是观察CCL5 CXCR3,趋化因子受体CXCR4, CXCR6, IL2 IL15RA, IFNG。在结节病进展相关的T-bet观察和microrna CXCR3和IL2RB(图4 (b),图S2,补充材料),而在回归结节病T-bet与CCL5、CCL13 CXCL11、CCR2A CCR2B, CXCR3,趋化因子受体CXCR4, IL2 IL2RB IL15RA, IFNG(图4 (c),图S2,补充材料)。

3.6。加权基因Coexpression miRNA-mRNA关系网络分析

为了更好地描述之间的关系研究microrna, mrna,T-bet,我们执行加权基因coexpression网络分析。

结节病的亲密关系作为一个整体被发现T-bet,IL15RA IL2RB和CXCR3与CXCR6和IFNG(图5(一个))。IFNG IL2和CCL5也有关mir - 204。我们也观察到的关系之间mir - 212-CXCL10和miR-21ccr5。考虑到microrna,我们发现之间的关系let-7d, mir - 155,miR-24,miR-25和之间的mir - 202,mir - 212,mir - 424,mir - 503(图5(一个))。

在结节病进展T-bet有关CCL5、IL2RB IL15RA, IFNG(图5 (b))。之间的关系也被观察到mir - 212和IFNG-induced趋化因子CXCL9 CXCL11。此外,CXCL11相关mir - 204。之间的关系也被观察到mir - 424亚兰和CXCL10,而mir - 148 aCCR2A有关。microrna之一,被发现之间的关系miR-21,miR-25,mir - 148 a,mir - 92 a,let-7d和之间的mir - 146 a,mir - 222,let-7c(图5 (b))。

在回归结节病,观察之间的关系T-bet,IL15RA IL2RB CXCR3 IL2, IFNG(图5 (c))。我们也观察到的关系之间mir - 212和CXCL10之间mir - 503和CCR2A。microrna当中,发现之间的关系let-7d, mir - 148 a,miR-24,miR-25之间,mir - 146 a, mir - 150,mir - 222,let-7c,和之间的mir - 212,mir - 202,mir - 503(图5 (c))。

对于对照组,研究分子没有彼此密切相关(小顶点)和他们的关系模式不同于sarcoidosis-associated模式(图5 (d))。

4所示。讨论

这是第一个研究调查的建议贡献转录和转录后的调控对细胞因子/趋化因子受体网络在肺结节病。我们的相关网络分析表明Th1-transcription inflammatory-related小分子核糖核酸和关键因素T-bet可能导致管制在肉质的BAL细胞细胞因子/趋化因子受体网络,而转录和转录后的调控不同贡献的进展和回归疾病之间由2年随访评估。我们也第一次调查落下帷幕细胞和炎症相关的microrna基因资料的显示改变microrna模式BAL患者细胞结节病比较对照组和同样来自患者疾病进展与回归。

结节病发病机理的关键作用是由于炎性细胞因子和趋化因子,直接循环白细胞炎症和控制网站的白细胞激活及细胞因子生产,血管生成,Th细胞极化(4,28,29日]。的关键作用的细胞因子,趋化因子,及其受体在结节病的发病机制中,一个基本的问题:细胞因子/趋化因子受体网络是如何监管。第一次有证据表明,细胞因子和趋化因子是由转录和转录后的监管机制允许快速响应和瞬态生产各种刺激(30.,31日]。符合这个观察,我们假设BAL细胞细胞因子/趋化因子受体网络的规定还包括协调参与多个监管系统,包括microrna和关键sarcoidosis-associated Th1-transcription因素T-bet。

然而,microrna模式BAL细胞尚未研究。因此我们调查第一次落下帷幕细胞和炎症相关的microrna的表达模式显示表达下调mir - 202和mir - 204和调节mir - 146 a,mir - 150,mir - 222在结节病比较控制表达式。当比较发展到回归结节病,更高的数量mir - 155和let-7c成绩单是在进展中发现结节病。所有检测到的microrna与结节病已经与调节炎症反应有关。炎症mir - 155和mir - 146 a被发现是调节NF -κB (32,33),mir - 150参与肺部炎症(34),mir - 202在类风湿性关节炎(35),而mir - 204生产的炎症介质和细胞凋亡36]。mir - 222导致inflammation-mediated neovessel形成(37),而let-7c监管过敏性气道炎症(38]。此外,mir - 204还发现在肉质的管制克劳斯报告的肺组织et al。9]。有趣的是,当比较microrna在肉质的平衡这一研究获得的细胞与肉质的肺组织中的概要报告(9),我们获得了不同模式的top-deregulated microrna (mir - 92 a, mir - 125 a, mir - 126, mir - 181 a, mir - 206,mir - 302)中发现的肉质的肺组织,从而支持这一事实microrna的表达特征取决于检查的组织和细胞类型。

然而,目前尚不清楚如何microrna调节细胞因子,因为3′未翻译区(3′utr)大多数细胞因子缺乏mRNA绑定的关键“种子区域”(39]。当前的研究表明,细胞因子和其他免疫基因可能是受到其他元素(例如,机械组件)40)或通过高度生物功能“nonseed”microrna的目标网站,包含单不匹配,顾摇摆,插入或删除seed-match地区(41- - - - - -43]。这些“nonseed”microrna的目标站点代表50%的所有miRNA-mRNA交互,仍然发现,尽管其功能意义,使用当前的目标预测算法(39]。重要的是,microrna的规定不得直接在细胞因子/趋化因子或受体水平,而是在上游或下游的通路。这些事实可以解释我们的观察许多microrna与细胞因子之间的相关性(例如,趋化因子受体CXCR4和表达式miR-24),没有发现的结合位点预测算法以及许多microrna之间的正相关性和细胞因子和趋化因子表达式(例如,CCL2和mir - 214)也在其他的研究报道44,45]。此外,独特的microrna在炎症中的作用是microrna调节靶基因的表达一个最佳水平,而不是参与开/关的决定(40]。

除了microrna转录后的调控,还转录控制转录因子可能导致解除细胞因子/趋化因子受体网络在肺结节病。我们最近报道Th1-transcription因素至关重要的作用T-bet已经成为IFNG的关键调节器和趋化因子受体CXCR3和其他免疫基因在肉质的炎症12]。在目前的研究中,我们寻找的证据可能参与的转录和转录后的调控micrornaT-bet在控制炎症细胞结节落下帷幕。我们的相关性分析显示的关系T-bet和肉质的炎症,即其与关键sarcoidosis-associated IFNG,细胞因子和受体IL2RB, IL15RA, CXCR3和CXCR6,无论疾病的结果。

重要的是,之间的关系T-bet子组之间和特定的microrna趋化因子网络改变的患者,2年随访后在疾病不同的结果。在结节病进展T-bet与CCL5、趋化因子受体CXCR4和CXCR7。我们还观察到许多microrna与表达之间的正相关性CCL2, CCL7,与CCL5 CXCL12和负相关,CXCR3,趋化因子受体CXCR4和CXCR7表达式在疾病进展。在回归的疾病,T-bet显示不明显相关性IL2受体CXCR4, CXCR7, IL2RA进展。也microrna的模式改变;在回归相关分析显示之间的正相关关系mir - 146 a和CCL19以及mir - 148 a和趋化因子受体CXCR4。我们的分析因此提名CCL2和CCL5化学引诱物的单核细胞和肥大细胞(46),以及CCL19趋化因子与早期招聘(47),作为关键候选人趋化因子与肺结节病的预后有关。同样,趋化因子受体CXCR4和CXCR7及其配体,CXCL12,扮演一个角色在白细胞动员和交易的监管48,49,值得进一步研究。

为了更好的描述网络microrna炎症性,T-bet在肉质的BAL细胞和细胞因子/趋化因子受体网络,我们进行了加权关联网络分析。这种分析进一步支持之间的关系至关重要T-bet,IFNG CCL5 IL2RB IL15RA,一起let-7d和mir - 202在结节病。在回归的疾病,T-bet更密切相关的CXCR3和少IFNG CCL5比疾病进展。关于microrna在回归的疾病,mir - 212,mir - 146 a,let-7d被高亮显示。鉴于miRNA-mRNA-transcription因子网络的复杂性,网络成员的贡献的理解和监管机制是复杂的,需要进一步的研究可能揭示了功能相关的分子之间的相互作用的结果。

我们的研究也有一些局限性。首先,这对microrna的探索性研究和mRNA表达模式及其关系进行落下帷幕细胞分不开的。获得完整的监管过程持续的肉质的炎症,这项研究应该继续通过分析microrna / mRNA表达在不同的细胞亚群。我们也知道我们组炎症相关的microrna和趋化因子/受体基因,选择基于他们参与结节病的发病机理,并没有覆盖整个潜在的分子网络/途径导致这种疾病。进一步说,我们不需要执行功能的研究来证实的生物相关性之间的关系T-betmicrorna,趋化因子网络。然而,我们相信,我们的研究可能有助于提名有趣的关系未来的研究的监管机制参与了肺结节病的发病机制及其表型。

5。结论

我们的相关网络分析表明小分子核糖核酸和Th1-transcription因素T-bet在调节细胞因子/趋化因子受体网络BAL细胞结节病。但是还需要未来的功能研究确认得到的生物相关性关系。相关分析显示更明显的监管能力T-bet比microrna sarcoidosis-associated趋化因子受体和细胞因子的功能,而“fine-tuners”细胞因子/趋化因子基因的表达。此外,我们改变microrna的报道模式BAL细胞获得结节病病人以及子组的患者进展和回归结节病由2年随访评估。监管机制的知识和理解的异常炎症反应在肺结节病可能的原因和进展结节病和许多炎症和自身免疫性疾病。

研究分子的缩写

CCL2 / MCP-1:	趋化因子(碳碳主题)配体2 /单核细胞化学引诱物蛋白1
CCL3 / MIP-1A:	趋化因子(碳碳主题)配体3 /巨噬细胞炎性蛋白1α
亚兰/ MIP-1B:	趋化因子(碳碳主题)配体4 /巨噬细胞炎性蛋白1β
CCL5 /咆哮:	趋化因子(碳碳主题)配体5 /监管在激活时,通常T-expressed,大概分泌
CCL7 / MCP-3:	趋化因子(碳碳主题)配体7 /单核细胞化学引诱物蛋白质3
CCL8 / MCP-2:	趋化因子(碳碳主题)配体8 /单核细胞化学引诱物protein-2
CCL13 / MCP-4:	趋化因子(碳碳主题)配体13 /单核细胞化学引诱物含有
CCL19 / MIP-3B:	趋化因子(碳碳主题)配体19 /巨噬细胞炎性蛋白质3β
CXCL2 / MIP-2A:	趋化因子配体(C-X-C主题)2 /巨噬细胞炎性protein-2α
CXCL3 / MIP-2B:	趋化因子(C-X-C主题)配体3 /巨噬细胞炎性protein-2β
CXCL9 / MIG:	趋化因子(C-X-C主题)配体9 / monokine诱导γ干扰素
CXCL10 / IP-10:	趋化因子配体(C-X-C主题)10 /干扰素射线诱发protein-10
CXCL11 / I-TAC:	趋化因子配体(C-X-C主题)11 / interferon-inducible t细胞α化学引诱物
CXCL12 / SDF-1:	趋化因子配体(C-X-C主题)12 /基质细胞衍生因子- 1
CXCL16 / SR-PSOX:	趋化因子配体(C-X-C主题)16 /清道夫受体磷脂酰丝氨酸和氧化低密度脂蛋白
CCR1:	趋化因子受体1(碳碳主题)
CCR2A:	趋化因子受体2(碳碳主题),成绩单变体
CCR2B:	趋化因子受体2(碳碳主题),成绩单变体B
CCR5:	趋化因子受体5(碳碳主题)
CXCR3:	趋化因子受体3 (C-X-C主题)
趋化因子受体CXCR4:	趋化因子受体4 (C-X-C主题)
CXCR6:	趋化因子受体(C-X-C主题)6
CXCR7:	趋化因子受体(C-X-C主题)7
IL2:	白介素- 2
IL2RA:	白介素2受体α
IL2RB:	白介素2受体β
IL15RA:	白介素15受体α
IFNG:	干扰素γ
PSMB2:	蛋白酶体(prosome macropain)亚基,β型,2
T-bet:	T-box 21日T-cell-specific T-box转录因子。

利益冲突

这项工作尚未支持的商业来源和作者没有意识到任何潜在的利益冲突。

作者的贡献

特丽莎Dyskova和雷吉娜Fillerova同样这项研究。

确认

资金从捷克获得卫生部(IGA MZ CR NT / 11117)和部分IT4创新卓越中心项目(CZ.1.05/1.1.00/02.0070),由欧洲区域发展基金和捷克共和国的国家预算通过研发创新运营计划和由学生资助体系,VŠB-Technical大学斯特拉瓦(SP2015/146)。作者升值的可能性进行试点中存在的测量研究在实验室Immunogenomics(头Petrek教授,医学博士)。

补充材料