研究文章
Site-Selective人工核糖核酸酶:寡核苷酸轭合物包含多个咪唑残留在催化领域
表2
轭合物的活性中心之间的距离B-Im (4 / m)和RNA靶原子。
|
| 分子 |
最终的结构 |
能量(千卡每摩尔) |
ΔE(千卡每摩尔) |
Dist。对1 (E) |
Dist。对2 (E) |
| 对O1群 |
为氧气 |
Im1-OH(一) |
Im2-OP(b) |
Im1-OH |
Im2-OP |
|
| M-Im (4/1) |
F1 - Im (4/1) |
47.3 |
18.2 |
13 |
6.2 |
11.4 |
26.6 |
21 |
| F2 - Im (4/1) |
66.7 |
37.6 |
32.4 |
6.2 |
14.3 |
21.1 |
22.9 |
| F3 - Im (4/1) |
48.3 |
19.2 |
14.0 |
6.6 |
16.3 |
23.0 |
33.9 |
| F4 - Im (4/1) |
28.6 |
−0.6 |
−5.8 |
7.1 |
7.0 |
2.9 |
7.5 |
| F5 - Im (4/1) |
60.2 |
31.1 |
25.9 |
7.5 |
17.2 |
11.8 |
11.5 |
| F6 - Im (4/1) |
42.6 |
13.5 |
8.3 |
12.8 |
9 |
23.1 |
13.4 |
| F7 - Im (4/1) |
54.9 |
25.8 |
20.5 |
11.9 |
12.7 |
15.7 |
25.9 |
| F8 - Im (4/1) |
47.3 |
18.2 |
13.0 |
7.3 |
15.0 |
24.8 |
21.0 |
| F9 - Im (4/1) |
49.8 |
20.7 |
15.5 |
10.7 |
17.0 |
16.5 |
23.7 |
| O1 - Im (4/1) |
29.1 |
- - - - - - |
- - - - - - |
3.0 |
3.0 |
12.9 |
23.1 |
| O2 - Im (4/1) |
34.3 |
- - - - - - |
- - - - - - |
23.5 |
25.7 |
3.2 |
3.3 |
|
| M-Im (4/2a) |
F1 - Im (4/2a) |
−6.7 |
−4.3 |
−5.8 |
12.4 |
25.1 |
26.4 |
19.8 |
| F2 - Im (4/2a) |
24.0 |
26.3 |
24.8 |
23.1 |
15.6 |
23.2 |
34.8 |
| F3 - Im (4/2a) |
0.5 |
2.9 |
1.4 |
21.1 |
11.6 |
21.3 |
19.8 |
| F4 - Im (4/2a) |
9.7 |
12.0 |
10.5 |
6.4 |
15.8 |
23.3 |
27.8 |
| F5 - Im (4/2a) |
1.7 |
4.0 |
2.5 |
5.6 |
10.1 |
21.6 |
26.7 |
| F6 - Im (4/2a) |
23.4 |
25.8 |
24.3 |
26.1 |
30.6 |
16.2 |
8.6 |
| F7 - Im (4/2a) |
23.4 |
25.8 |
24.3 |
26.1 |
30.6 |
16.2 |
8.6 |
| F8 - Im (4/2a) |
0.5 |
2.9 |
1.4 |
21.2 |
11.6 |
24.4 |
17.4 |
| F9 - Im (4/2a) |
13.3 |
15.6 |
14.1 |
14.4 |
18.4 |
28.2 |
27.8 |
| O1 - Im (4/2a) |
−2.4 |
- - - - - - |
- - - - - - |
3.17 |
3.0 |
20.1 |
33.7 |
| O2 - Im (4/2a) |
−0.9 |
- - - - - - |
- - - - - - |
17.7 |
17.6 |
3.0 |
3.2 |
|
| M-Im (4/2b) |
F1 - Im (4/2b) |
−4.7 |
6.9 |
−16.2 |
23.7 |
15.9 |
21.4 |
19.9 |
| F2 - Im (4/2b) |
−17.9 |
−6.3 |
−29.3 |
30.9 |
32.7 |
21.9 |
30.7 |
| F3 - Im (4/2b) |
−17.8 |
−6.2 |
−29.2 |
27.6 |
36.0 |
25.9 |
21.9 |
| F4 - Im (4/2b) |
0.1 |
11.7 |
−11.3 |
5.3 |
23.3 |
14.5 |
14.3 |
| F5 - Im (4/2b) |
−9.1 |
2.5 |
−20.5 |
21.1 |
26.2 |
23.5 |
25.8 |
| F6 - Im (4/2b) |
0.1 |
11.7 |
−11.3 |
18.5 |
9.2 |
11.3 |
19.7 |
| F7 - Im (4/2b) |
0.1 |
11.7 |
−11.3 |
18.5 |
9.2 |
11.3 |
19.7 |
| F8 - Im (4/2b) |
−6.7 |
4.9 |
−18.1 |
9.0 |
10.6 |
20.7 |
23.3 |
| F9 - Im (4/2b) |
−2.5 |
9.1 |
−13.9 |
14.9 |
30.4 |
27.9 |
31.8 |
| O1-Type3 |
−11.6 |
- - - - - - |
- - - - - - |
3.1 |
3.0 |
13.4 |
14.9 |
| O2-Type3 |
11.4 |
- - - - - - |
- - - - - - |
25.2 |
27.2 |
3.0 |
3.0 |
|
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(一)Im1-OH代表之间的距离的N1咪唑残留和2′哦组C63年。
(b)Im2-OP代表之间的距离N1的咪唑残留的氧气磷酸基连接C63年和一个64年。
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