埃塞俄比亚东北部地区新冠病毒-19感染的升级程度：一项基于社区的横断面研究

摘要

背景．新型冠状病毒疾病(COVID-19)是致命的，传染性极强，全球发病率迅速上升。世界卫生组织已宣布疫情为全球大流行;据报道，它已经传播到世界上几乎每个国家。然而，在不同的发达国家和发展中国家，以及同一国家的不同区域内，患病率各不相同。从社区调查中估计COVID-19感染的程度对公共卫生决策者做出应对疫情、优化措施和设计缓解计划至关重要，这一点是显而易见的。方法．2020年7月1日至8月31日在埃塞俄比亚东北部地区开展了一项基于社区的横断面研究。采用简单随机抽样技术从社区调查中选择研究参与者，从确诊病例和感染嫌疑人中选择接触痕迹。从口咽标本中提取病毒核酸后，采用实时荧光聚合酶链反应(RT-PCR)试剂盒检测新型冠状病毒。结果．共有8752名研究参与者被纳入本研究。其中男性占63.6%，女性占36.4%。在8752名研究参与者中，291名(3.3%)被发现感染了病毒。第一例实验室确诊的COVID-19病例是在研究期间的第四周发现的，即2020年7月24日至7月31日，并在最后两周观察到流行高峰。COVID-19感染以男性和36-52岁年龄组为主。通过接触痕迹检测的参与者有1.65倍(AOR = 1.65, 95% CI = 1.09-2.51， ）与其他形式的社区调查相比，新冠病毒-19感染的可能性。结论．东北地区2019冠状病毒病(COVID-19)感染流行趋势呈上升趋势，提高检测能力更有利于早期发现感染，预防、治疗和控制国际大流行。

1.介绍

新型冠状病毒疾病(现称COVID-19)是一种由新型冠状病毒(现称严重急性呼吸综合征冠状病毒2 (SARS-CoV-2))引起的致命且极具传染性的呼吸道疾病。[1- - - - - -3.]．它已成为当前全球卫生威胁和国际公共卫生紧急事件[4新型冠状病毒首次在2019年12月下旬被发现，并认为起源于中国湖北武汉的蝙蝠、蛇和不同的原始海产食品。5，6]。世界卫生组织（WHO）于2020年3月11日宣布新冠病毒-19为大流行性疾病[7]．目前，据报道，COVID-19已蔓延至世界上几乎所有国家，在全球引发了严重的公共卫生担忧，自疫情爆发以来，全球大流行病例超过1.24亿例，死亡人数超过270万[8]．自非洲第一例COVID-19病例于2020年2月14日在埃及记录以来，随后于2020年2月25日在阿尔及利亚记录[9]，截至2021年3月19日，非洲大陆已报告确诊病例290多万例，死亡人数超过7.5万人[10].这是一个很大的总数，但低于预计的高数字[11，12在大流行开始时尽管非洲人口占全球的17%，但非洲仅占全球COVID-19确诊病例的5%和全球COVID-19死亡病例的3% [13- - - - - -15]．非洲南部和东部地区继续报告2019冠状病毒病病例，数量不一，主要原因是经济脆弱性和个人防护装备获取不足[16- - - - - -18]．到目前为止，非洲国家报告的病例较少，这是有争议的。一些猜测是较低的检测率、不良的报告习惯，以及来自高负担国家的旅客人数减少[12，13，19- - - - - -21]．

在埃塞俄比亚，2020年3月13日报告了首例COVID-19病例[22]．目前，感染率正在迅速上升，埃塞俄比亚报告的总病例超过19万例，死亡人数超过2693人[10]。与其他国家相比，这可能看起来是一个小数字；但是，这一数字是从总共120万次检测中报告的。在埃塞俄比亚等发展中国家，主要由于检测能力不足，病例总数可能被低估，预计将超过报告的数量因此，通过提高该国不同地区的检测能力，需要知道当前的确切数字，并确定该国各地区之间的分布情况。因此，该国需要基于社区的大规模新冠病毒-19检测服务和卫生动员D-19的流行率尚不清楚，而且可能因地区而异。但是，公共卫生决策者需要了解感染的严重程度，以便就如何应对疫情、优化措施以及设计预防和控制的缓解计划做出决策。因此，我们旨在估计新冠病毒的严重程度-19使用沃尔洛大学新冠病毒-19检测实验室的冠状病毒社区检测数据，在该国东北部地区进行感染。

2.方法

2.1.研究设计、区域和周期

2020年7月1日至8月31日在埃塞俄比亚东北部开展了一项基于社区的横断面研究。研究区域包括三个区域:南沃罗区、阿法尔地区州(最靠近东北地区)和埃塞俄比亚东北部的奥罗米亚特区。在该国该地区有两个COVID-19检测中心:卧罗大学COVID-19实验室检测中心和阿姆哈拉公共卫生研究所(APHI)德西分部。此外，每个沃里达和每个城市都有COVID-19筛查、样本采集、隔离和隔离中心。本研究涉及的地理位置的流域人口估计超过1000万人。

2．2.研究人群

来源人口包括埃塞俄比亚东北部地区的所有社区。研究参与者是通过简单的随机抽样技术从疑似COVID-19患者、与已知COVID-19病例有接触、有急性呼吸道疾病症状、他们显然是健康的个体，在研究期间参与了埃塞俄比亚东北部地区的社区监测。

2.3。数据及标本收集

世卫组织标准化检查表用于获取研究参与者与社会人口特征、临床和风险因素数据相关的信息[23]．用无菌棉签采集口咽标本，立即放入(蘸取)预先标记的(日期、时间和标识码)防漏、无菌、螺旋盖塑料运输管，内含2-3毫升病毒运输介质(VTM)，由经过培训的医疗保健提供者遵循适当的感染控制策略并使用推荐的个人防护装备(PPE)。所有为实验室调查收集的标本都被认为具有潜在传染性，在标本采集和处理过程中保持了适当的预防安全程序和标准操作程序。

２.４.样品包装、储存和运输

然后将收集的标本放置在管架中，并保存在2-8°C的冷冻箱中，保持三重包装程序。然后将妥善包装的口咽标本从采集地点运送到月罗大学COVID-19实验室。当样品在实验室中测试可能出现不可避免的延迟时，将样品保存在2-8°C的冰箱中，直到进行处理。

2．5．提取病毒核酸

约200μ将采集的口咽标本L与制备的裂解工作液和蛋白酶K混合在1.5 mL无菌离心管中，快速溶解蛋白，使核酸解离。然后，将解离的核酸组分加入乙醇后与自旋柱硅胶膜结合。加入抑制剂去除剂和去离子液，通过洗涤和离心级联步骤去除蛋白质、无机盐离子和许多有机杂质，再加入洗脱液洗脱纯核酸。最终的纯核酸溶液立即进行病毒检测，剩余的保存在−20^°C、 万一有必要重复测试[24]．

2.6.检测和放大

采用实时荧光聚合酶链反应（RT-PCR）试剂盒检测新型冠状病毒（COVID-19）。它基于一种定性的体外核酸扩增分析，旨在使用逆转录PCR结合荧光探针检测新冠病毒-19的ORF1ab基因。设计的引物和序列特异性荧光探针适用于新冠病毒-19基因组的高度保守区。探针为寡核苷酸连接荧光团，5′端以FAM为报告，3′端以猝灭剂。同时，开发了特异性引物和探针作为内部参照物，5′端连接的荧光团VIC作为报告物。刚从医院出来−20^°C贮藏时，除酶混合物外，试剂盒内容物在室温下彻底解冻。约20μ制备L pcr混合成分(主混合)，与10μ将之前提取的核酸溶液L放入96孔PCR板中，然后将板装入RT-PCR机，自动完成剩余的检测步骤。在自动RT-PCR过程中，通过监测荧光强度、FAM和VIC荧光团形状以及周期阈值(Ct值)，可以将COVID-19定性检测为阳性或阴性[25- - - - - -27]．

2.7。质量保证

为了生成质量可靠的数据，在整个数据收集过程中进行了所有的质量控制检查。标本采集、运输规程和特殊安全措施都提供了必要的工作辅助，以监控被研究设施的过程质量。此外，所有的实验室分析都是通过保持质量控制程序进行的。在标本采集、处理、检测和感染控制等各方面均严格遵循标准操作程序(sop)。没有模板控制(NTC)，它是由核酸酶无水组成的，在每次运行中，以监测试剂和系统污染的RNA提取过程。

每次检测均采用阴性对照和阳性对照，以验证样品处理、扩增和检测步骤是否正确。病毒RNA基因组提取在二级生物安全箱(BSL-2)中进行。为了去除污染，根据操作手册中的去污染和清洁协议，对样品制备(BSC II, A2型)和放大仪器进行定期清洗。对标准化检查表中的数据进行了完整性和准确性检查。并采用数据清理和双数据录入等方法保证数据质量。

2.8。统计分析

数据输入到Microsoft Excel并导出到SPSS 22版软件（IBM，美国）并进行分析。以表格和图表总结描述性统计。使用因变量和自变量之间关联的卡方检验。采用二元逻辑回归显示每个变量与因变量之间的关联。此外，计算多变量分析以确定影响因素at独立影响因变量的发生。显著性水平设置为0.05(α = 5%），具有相应的95%置信区间。

2.9。道德的考虑

获得了卧罗大学医学和健康科学学院医学检验科学系的伦理审查。此外，每个研究参与者或无法自行同意的参与者的父母/监护人都获得了知情同意。数据收集者向参与者解释了研究的目的。这项研究是根据《赫尔辛基宣言》所表达的原则进行的。研究参与者意识到大流行带来的威胁和接受测试的重要性。与会者还被告知，已将阳性结果通报给地区和地区卫生办公室，以便进一步追踪阳性个人的接触者，并对阳性个人进行适当管理，包括隔离、隔离或危重病人护理。

3.结果

3．1.社会人口特征

在2020年7月1日至8月31日期间，约有8752人接受了实验室检测。研究参与者的平均(±SD)年龄为31.6(±13.6)岁。60%的研究参与者年龄在36岁到52岁之间。性别比例向男性倾斜。超过50%(52.2%)的人永久居住在南Wollo区，几乎所有研究参与者都来自阿姆哈拉州的不同地区(见表)1).

3．2.研究参与者中COVID-19感染的患病率

实验室确诊的COVID-19感染病例在男性和36-52岁年龄组中较高，但在87-104岁年龄组中更普遍(5%)。33名研究参与者有去过邻国吉布提的旅行史，但他们都没有感染COVID-19。在COVID-19筛查的总参与者中，大多数阳性病例来自社区监测，占2.2%。在研究期间的最后一个季度发现了约233/291例COVID-19感染，占3.3%总感染率的大多数(2.7%)(见表)2).

3．3.研究参与者中COVID-19感染趋势

在研究期间的第四周，即2020年7月24日至31日，COVID-19感染的流行率开始上升，最后两周出现了流行率高峰。在COVID-19感染大规模检测期的前三周未发现阳性病例。然而，从第4周到第6周，男性的感染阳性率高于女性。另一方面，女性研究参与者在过去两周的COVID-19感染患病率高于男性(图)1).

如表所示3.在美国，COVID-19检测的趋势一般在大规模筛查期间的所有周和年龄组中都有所增加，在第7周进行的检测数量最高。随着检测能力的提高，感染COVID-19的人数也相应增加。在第7周，进行了更多的检测，发现了更多感染COVID-19的人。每个地区接受COVID-19感染检测人数的趋势也有所增加。在研究参与者中发现阳性病例，并在随访中心进一步定期筛查。随访检测在第6周开始，而大规模筛查在第5周(2020年8月1日)开始。

3．4．研究参与者的COVID-19感染和相关因素

除性别参数外，本研究中其他变量与COVID-19筛查实验室检测结果存在统计学显著相关性。87-104岁的参与者为6倍(AOR = 6.03, 95% CI = 1.19-30.4， ）比1-35岁的人更容易感染COVID-19。居住在南卧罗地区(AOR = 0.56, 95% CI = 0.39-0.79， ）和Wag Hemra (AOR = 0.59, 95% CI = 0.36-0.99， ）多因素logistic回归分析显示，永久居民与COVID-19感染呈负相关。通过接触痕迹检测的参与者有1.65倍(AOR = 1.65, 95% CI = 1.09-2.51， ）与其他形式的社区调查相比，COVID-19感染的可能性(表4).

4.讨论

在目前于2020年7月01日至8月31日进行的基于社区的横断面研究中，共有8752名研究参与者参与。在全部研究参与者中，发现291人(3.3%)感染了该病毒，总体患病率为3.3%，这与在埃塞俄比亚东北部Ataye进行的一项基于设施的研究(3.3%)一致[28]．然而，这一患病率高于冰岛人口调查报告(0.6%)[29]、卢森堡(0.3%)[30]，斯洛文尼亚(0.15%)[31].相反，当前研究中的新冠病毒-19流行率低于在巴基斯坦进行的研究（14.3%）[32]和吉布提（8%）[33]及苏丹人口调查报告(42.9%)[34].患病率的差异可能是由于人群、研究周期、测试能力和研究对象的差异。

在目前的研究中，感染率随着时间的推移呈上升趋势。在研究的前15天（2020年7月1日至15日），没有任何实验室确认的阳性病例第二天、第三天和第四天的感染率分别达到1.1%、2.1%和4.3%。这一发现与冰岛的人口筛查报告不一致，冰岛的受感染者比例在筛查期间保持稳定[29]。随着时间的推移，感染率的增加可能是由于社区坚持埃塞俄比亚卫生当局实施的遏制措施的习惯减少。众所周知，埃塞俄比亚是低收入国家之一，因此，人口可能无法充分实施预防措施bat流感大流行，如家庭隔离、自我隔离和其他可能有助于防止感染率上升的社会疏远措施。感染率上升的另一个可能的理由可能是在研究期间对新冠病毒-19进行全国监测。这反过来表明，病毒我们已经在社区中传播和传播。

在巴基斯坦进行的一项研究报告称，85名男性研究参与者(70.25%)比女性参与者更容易受到大流行的影响，36名男性参与者(29.8%)的影响显著不同( ）［32]．相反，在中国进行的一项研究表明，女性确诊病例的比例高于同行，但男性更有可能患有严重或危重疾病[35]．虽然差异无统计学意义，但本研究中男性COVID-19感染阳性率略高于女性(3.5% vs. 3%)。关于男性和女性研究参与者之间COVID-19阳性率偏倚的可能原因，有一些研究。在埃塞俄比亚进行的一项研究表明，男性可能比他们的女性同行更有知识[36]．最近在埃塞俄比亚东北部地区进行的一项研究也显示，女性与COVID-19大流行的传播、预防和控制知识水平低显著相关。根据这项研究，女性研究参与者的知识水平较低的几率是男性的32倍(AOR = 32, 95% CI: 7.66-133.7， ）［28]．民众接受与COVID-19相关的健康信息，可能会促使人们更频繁地采取各种预防行为，如在公共场合戴口罩、洗手等[37]．另一方面，在其他地方进行的一些研究[37- - - - - -39]报告说，男性研究参与者在控制和预防疫情方面的实践水平可能较低。喀麦隆的一项类似研究表明，女性的练习分数低于男性[40]．然而，其他研究并未揭示性别与研究参与者在COVID-19预防和控制措施方面的实践水平之间存在统计学上显著的关联[28，41]．

在本研究中，COVID-19的流行率在各个年龄段都在上升。年龄在1-35岁、36-52岁、53-69岁、70-86岁和87-104岁的研究参与者中，患病率分别为27(2.7%)、174(3.3%)、60(3.2%)、22(3.8%)和8(5.0%)。同样，老年研究参与者被发现更容易受到COVID-19的影响，阳性率也更高[32]．整个年龄组的阳性率上升可能归因于不同的变量，如知识、实践和可能接触多种慢性疾病。此外，多项研究表明，老年是慢性病发生的最重要决定因素之一[42- - - - - -44].大多数由新冠病毒-19引起的死亡病例和严重疾病发生在老年人和患有糖尿病、癌症、高血压、心脏病、肺病和肾病等潜在疾病的人身上[45，46]．

在全部研究参与者中，33人(0.38%)有来自吉布提的旅行史，但没有人被发现为COVID-19确诊(阳性)病例。吉布提第一例确诊病例于2020年3月18日报告;截至2020年4月18日，该国确诊病例总数为732例，而埃塞俄比亚仅为96例[12]．自2019冠状病毒病大流行开始以来，主要由于地理位置邻近，包括埃塞俄比亚长途汽车司机、贸易商和其他人在内的许多人通过与阿姆哈拉地区，特别是南沃罗区和奥罗米亚特区相连的路线从吉布提迁移到埃塞俄比亚。有往来吉布提旅行史的研究参与者报告的COVID-19感染率较低，这在一定程度上可能表明，研究参与者由于害怕社区污名而倾向于隐藏自己的旅行史[47，部分原因是他们在COVID-19防控措施方面的良好做法。在其他方面，最近前往高风险国家的旅行史，而不是任何简单的旅行史，可能与COVID-19传播的潜在高风险有关[29]．

新诊断患者中确诊病例256例(2.9%)，高于随访患者35例(0.4%)。这可能表明一种不好的印象，即病毒已经在我们的检测区社区传播，也可能表明已知阳性病例的回收率很高。在吉布提进行的一项研究中也出现了类似的情况，在那里很少的初级病例能够将病毒传播给大量社区成员[33]．与目前的研究相比，中国报告的回收率很低，41.8%的研究参与者患上了急性呼吸窘迫综合征，21.9%的COVID-19阳性病例死亡[48]．

本研究调查的四个流域是Dessie镇、南Wollo区、Oromia特区和Wag Hemra区。研究参与者的永久居住地在这些集水区之外，并在这四个区域中的任何一个提供标本，被认为有城际旅行史。因此，在德西镇拥有永久居住证的研究参与者中，有城际旅行史的研究参与者感染COVID-19的可能性比有城际旅行史的研究参与者高出2倍以上(AOR = 2.03, 95% CI = 1.03-3.99， ).这些研究参与者可能来自报告了更多COVID-19病例的地区(城市)，如亚的斯亚贝巴、冈达尔和Gojam，这表明该国没有旅行限制。中国的一项研究表明，旅行限制对推迟疫情从COVID-19开始的武汉向中国大陆传播的影响[49]．

进行这项监测是为了检查疑似病例、有接触史者、在不同机构工作者以及随访病例中大流行在社区中的传播模式。在目前的研究中，被医生怀疑患有新冠病毒-19感染的个人没有进行监测与阳性率有统计学显著相关性。由于新冠病毒-19的症状和体征与肺炎和其他类型的呼吸道疾病相似，医生（临床医生）可能怀疑患有其他疾病的个人为新冠病毒19感染，并将其标本送实验室确认。在本研究中，有接触新冠病毒19确诊病例史的人感染新冠病毒的几率高出1.65倍。患者隔离和密切接触似乎与减少感染有关相反，如果原发病例与未感染个体的接触无法控制，感染的传播将是最重要的。吉布提的一项研究证实了这一事实，该国原发病例的感染率仅为2%，而研究参与者的感染率为有过大量的接触史[33]．

5.结论

东北地区新冠肺炎流行率呈现上升趋势，与检测能力扩大同步。该病毒的流行率在老年人、城际旅行者和与确诊/临床疑似COVID-19患者有过接触的人中明显较高。然而，在调查的相对半城市或人口密度较低的地区，它的流行率非常低。尽管埃塞俄比亚已经采取了一些措施来发现、管理和控制COVID-19的传播，但仍需要更多努力来扩大检测能力，并在社区中改变行为，以阻止大流行的传播。该国需要制定替代方案，以减轻基本保健服务的中断和具有重大影响的科学研究。

5．1.限制

本研究采用横断面研究设计，无法得出因果关系和其他解释的结论。临床和危险因素数据未纳入研究。此外，本研究未涉及确诊病例的病毒核酸分子水平序列，也未包括血液学和临床化学参数的数据。

数据可用性

用于支持这项研究结果的数据包括在文章中。

的利益冲突

作者声明他们没有利益冲突。

致谢

作者谨向卫生部、埃塞俄比亚公共卫生研究所(EPHI)和沃罗大学表示感谢，感谢他们为这项研究工作提供的资金、材料和设备支持。作者特别感谢Yonas Erkihun, Minilik Yitna, Zewdu Mulatie, Fetiya Ahmed, Temesgen Fiseha, Hussen Ebrahim, Demis Bekele, Aderaw Adamu, Yeabsira Asmare, Mihreteab Alebachew, Saleamlak Sebsibe, Mihret Tilahun, Habtiye Bisetegn, Habtu Debash, Osman Abdu，和Yeshimebet Kassa在实验室分析口咽样本方面的专业贡献。

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