国际微生物学杂志
研究文章

IV型分泌系统没有参与柑橘感染过程

表1

T3SS一般特征和T4SS引物序列。
XAC ID 基因 基因身份证 产品(NCBI注释) 引物(向前) 引物(反向) 扩增子(bp) 系统
XAC0293 hrpB 1154364 ATP-dependent RNA解旋酶 GCCGTATCCCGTTGACCTT ACCGCCCCTTCATCTCTTTT 81年 T3SS
XAC0393 hpaF 1154464 HpaF蛋白质 GGCGAGCGTTTTGACAA CCGGAGATCCTGGCAGTTT 57 T3SS
XAC0394 hrpF 1154465 HrpF蛋白质 GCCGCGACGCAGTTG CGGTGATCGAGTTGTTCAA 62年 T3SS
XAC0396 hpaB 1154467 HpaB蛋白质 GTCCGTGTACGCGCAAGAC TGACGCCGGCATCATTG 53 T3SS
XAC0397 hrpE 1154468 HrpE蛋白质 ACGAGGCCCAGAAGTCCAT CCACGTTGAAGTCCAGATCATTT 66年 T3SS
XAC0398 hrpD6 1154469 HrpD6蛋白质 ACCGATACGGTCACCCAAGA GATCCGCCGCCTTGGT 55 T3SS
XAC0399 hrpD5 1154470 HrpD5蛋白质 GCCCTGAAGTGCGTTCGTTA TCACGGACGGGTCTTGCT 54 T3SS
XAC0400 hpaA 1154471 HpaA蛋白质 CGCCACCCCAACAGAAAA ACGGCATCAGCTCCATCAA 59 T3SS
XAC0401 人权组织 1154472 人权组织蛋白 CGACGATCTAGTGCGATTTACCT CGACCACCGGCAAGGA 68年 T3SS
XAC0402 hrcR 1154473 蛋白质T3SS ACACGGGAACGCGAAAAA CCTTGGGCCAGATCTGTTGT 58 T3SS
XAC0403 hrcQ 1154474 HrcQ蛋白质 GCAGCTGGAAGTGGACCAA GGCTGCAAACCCGACAAC 57 T3SS
XAC0404 hpaP 1154475 HpaP蛋白质 TGTCGATGGCACGAAATACC CCCAACCGCGCCATT 58 T3SS
XAC0405 hrcV 1154476 HrcV蛋白质 GCCGCAAGTTGGTCGAGTT CTCTGCCATATCGCGATTCC 58 T3SS
XAC0406 hrcU 1154477 HrcU蛋白质T3SS AGCCGCGGTGCTCTTTG TAGTCGCCGGCCGATTT 51 T3SS
XAC0407 hrpB1 1154478 HrpB1蛋白质 CTGCGGCCAGAGCTGAAG ACCGCGCTTGATGGAAATC 60 T3SS
XAC0408 hrpB2 1154479 HrpB2蛋白质 CAGCGCAGCAGATCAAGTTG CGCCGACGCTGACATTG 69年 T3SS
XAC0409 hrcJ 1154480 HrcJ蛋白质 GAGCGGCACGCCAATC TGTCGAGATCAAGCCATCCTT 54 T3SS
XAC0410 hrpB4 1154481 HrpB4蛋白质 GGACAACACGCGGATCGA GTCCGTCCAGCGCTGAA 52 T3SS
XAC0411 hrpB5 1154482 蛋白质T3SS HrpB CGCACGCCTGGGATATG AGGCCGGATTCGTTCCA 63年 T3SS
XAC0412 hrcN 1154483 T3SS atp酶蛋白 TCGATGGGCACCTGATTCTC CGTCGATTGCCGGGTACT 63年 T3SS
XAC0413 hrpB7 1154484 HrpB7蛋白质 CCGCGCTGATGGACAAG GCTGCAGGATCGTGTCGATA 60 T3SS
XAC0414 hrcT 1154485 HrcT蛋白质 ATCCAGCAATCCGACAGCAT CACCGGTGCGGACAGTTT 54 T3SS
XAC0415 hrcC 1154486 HrcC蛋白质 CAGATGCGGCTGGATGTG CCGTCCACGGTGTTGGAT 59 T3SS
XAC0416 hpa1 1154487 Hpa1蛋白质 GCAGCAGGCCGGTCAGT TTCATCAGCATCTGGGTGTATTG 57 T3SS
XAC0459 阶段 1154530 单价阳离子/ H +逆向转运子单元E CCATCCCGGCTTCATCTG GCGATGCCGTGAATGTTG 54 T3SS
XAC0618 hrpM 1154689 葡糖基转移酶MdoH CAAGGGCCTGCACTGGAT GCATCAACAGACCCCACATC 86年 T3SS
XAC1265 hrpG 1155336 HrpG蛋白质 CGGCAAGCCGATCGTATT GAAAAGAGCAGCCAGGCAAT 54 T3SS
XAC1266 hrpXct 1155337 HrpX蛋白质 GCCTACAGCTACATGATCACCAAT TGCGGCCACTTCGTTGA 63年 T3SS
XAC1520 hrcA 1155591 Heat-inducible转录抑制因子 AGTTCGCGTTTCGGCATATC CGGTTCTGCACCTCGTTGT 91年 T3SS
XAC1994 hrpX 1156064 HrpX-like蛋白质 CTGGTCTGATGCGAGCTTTCT GCGTACTCGTCCACGATCAA 90年 T3SS
XAC2047 阶段 1156118 PHA合酶亚基 AGCAGGGTGCATCGAAGAAG TTTTCGGAGCCGCCTTTT 63年 T3SS
XAC2606 - - - - - - 1156677 假设蛋白质 CCCTCAGTGTGGGCCAGAT AGGAGGCGGTTGAGGGATA 58 H_T4SS_C
XAC2611 - - - - - - 1156682 假设蛋白质 GGGAGCCCGCAATGTG GGAGGCGTGGGAATATCATCT 59 H_T4SS_C
XAC2612 virB6 1156683 VirB6蛋白质 TGCAGCAGGGAGGATTAGGA CGGCGGTGCGGTGAT 56 T4SS_C
XAC2613 - - - - - - 1156684 假设蛋白质 CGAAGGGAGATGGAAGCAGTT GCTCAACAGATCGGCTGGAA 59 H_T4SS_C
XAC2614 virB4 1156685 VirB4蛋白质 GACGTCGCTTGGTGGAGAAA TTCCTCGGCGCGAATCT 53 T4SS_C
XAC2615 virB3 1156686 VirB3蛋白质 GCCCCGCCATGTTTTTG CGCCCGCACCAATGAA 54 T4SS_C
XAC2616 virB2 1156687 VirB2蛋白质 TCGCCGATGCCAAAATG CAGCAACGAAATGAATAGCAATG 62年 T4SS_C
XAC2617 virB1 1156688 VirB1蛋白质 CGTATCGAGTCGTCGCGTAAT CACCAGGCGTCCACCAA 57 T4SS_C
XAC2618 virB11 1156689 VirB11蛋白质 CGCTGGTCAACCACATTCC CCTGGCGTCCTCAATCGT 56 T4SS_C
XAC2619 virB10 1156690 VirB10蛋白质 CCATTGCAGCTCTCTTGATTCTC GAATCCTCCCCGCTTTGC 61年 T4SS_C
XAC2620 virB9 1156691 VirB9蛋白质 GCTGAGCCCGAACGAAAAA GCTCCCATCCACCAGTGAA 59 T4SS_C
XAC2621 virB8 1156692 VirB8蛋白质 TCGTCATGGCAGATGCGTAT CCGAAGTTGGGCTCAAGCT 61年 T4SS_C
XAC2622 - - - - - - 1156693 假设蛋白质 GGCGGATTCCAATATGCAGTT TGGCCCGATCAAGGTGTAG 59 H_T4SS_C
XAC2623 virD4 1156694 VirD4蛋白质 TCGCTGGAATCCATTGACCTA TCAAATCCGAAACGCGAAAT 59 T4SS_C
XAC2922 hrpW 1156993 HrpW蛋白质 GGCGGACACACCGACATC TGCCTTTCAGGGTGGAGTCTT 58 T3SS
XAC3122 hrpA 1157193 ATP-dependent RNA解旋酶 TGCGCGCTCTGAATTCG GGACTGGGTAAGATCTTCATGCA 76年 T3SS
XACb0035 - - - - - - 1158522 假设蛋白质 CGAGACGAGAACGGCCATT TGTCACGCAGCAATTCGAA 55 H_T4SS_P
XACb0036 virB1 1158523 VirB1蛋白质 CGTTACAACCTCGCCAAATATG CTGCCCGCCTTGAGATTG 74年 T4SS_P
XACb0037 virB11 1158524 VirB11蛋白质 CCCGGAAGCGGTTGAGT CGTGAGCGACCCCTTGTG 58 T4SS_P
XACb0038 virB10 1158525 VirB10蛋白质 TCTACGTGAACAAAGACCTCGATT CGCTTGGCTCCGTCGAT 64年 T4SS_P
XACb0039 virB9 1158526 VirB9蛋白质 GCTCACGCGGCGAAGTT GCACTTGCTTGACACGATCATC 58 T4SS_P
XACb0040 virB8 1158527 VirB8蛋白质 CTCGAACAAGCTCAAACAGGAA AACAGCAGCAACCCGATGA 60 T4SS_P
XACb0041 virB6 1158528 VirB6蛋白质 GCGCAGCTCGTCATCGT CGCGGACACCCAACATG 55 T4SS_P
XACb0042 - - - - - - 1158529 假设蛋白质 CCGGGAACCCGCTTTTA GGAAGCCACTGCCGAAACT 52 H_T4SS_P
XACb0043 - - - - - - 1158530 假设蛋白质 TTCGCGGCCCTCATCTC AGGGCGACTTGTTGAACTTGTT 58 H_T4SS_P
XACb0044 virB5 1158531 VirB5蛋白质 CAGGCCGCCTACGAGAAG GGGATTGGCGAACAGGTCTT 57 T4SS_P
XACb0045 virB4 1158532 VirB4蛋白质 GGAACAGGCAAAAGACGTCAAC CCCGACAAGGTTTGAACGA 57 T4SS_P
XACb0046 virB3 1158533 VirB3蛋白质 TCTTGCGATGAGCTTTTATTTCC CCCAAAGTGATCGCGTGATT 59 T4SS_P
XACb0047 virB2 1158534 VirB2蛋白质 CGATCTGGCGGCTAACGT ATGCGAGCTGCGGAAGAA 56 T4SS_P
XACb0048 - - - - - - 1158535 假设蛋白质 GGCGGATGACGTTGAAGCT CGCGGTAACGACCTCATAAAC 56 H_T4SS_P
XACb0049 - - - - - - 1158536 假设蛋白质 ACCACGGATCCTGGCAAAT AGCAGCCCCCGTGAACA 51 H_T4SS_P
这个表提供引物序列,ORF的识别ID、基因的名字,和各自的黄citri无性系种群。citri分泌系统。T4SS: IV型分泌系统;T3SS: III型分泌系统;C:染色体复制;P:质粒复制;H:假设与T4SS相关联的基因。