研究文章
FcircSEC: R包完整circRNA序列提取和分类
表2
不同类型的circRNAs FcircSEC分类。
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| 物种/数据库名称 |
circRNA类型 |
总 |
| 其实(%) |
Intronic (%) |
其他(%) |
|
| circbase |
86267 (93.39) |
695 (0.75) |
5413 (5.86) |
92375年 |
| circRNAdb |
32690 (99.32) |
7 (0.02) |
217 (0.66) |
32914年 |
| Plantcircbase |
|
| 拟南芥 |
26643 (68.42) |
1944 (4.99) |
10351 (26.58) |
38938年 |
| 枳壳trifoliata |
242 (43.53) |
5 (0.90) |
309 (55.58) |
556年 |
| 大豆 |
2621 (49.24) |
2086 (39.19) |
616 (11.57) |
5323年 |
| 木本棉 |
138 (13.41) |
59 (5.73) |
832 (80.86) |
1029年 |
| 陆地棉 |
231 (46.29) |
11 (2.20) |
257 (51.50) |
499年 |
| Gossypium raimondii就 |
1231 (83.29) |
10 (0.68) |
237 (16.04) |
1478年 |
| 大麦芽 |
18 (46.15) |
1 (2.56) |
20 (51.28) |
39 |
| 栽培稻 |
21849 (54.20) |
9785 (24.27) |
8677 (21.53) |
40311年 |
| 栽培稻(验证) |
42 (62.69) |
0 (0) |
25 (37.31) |
67年 |
| 茄属植物lycopersicum |
1063 (55.83) |
41 (2.15) |
800 (42.02) |
1904年 |
| 茄属植物tuberosum |
584 (33.80) |
3 (0.17) |
1141 (66.03) |
1728年 |
| 小麦 |
14 (15.91) |
2 (2.27) |
72 (81.82) |
88年 |
| 玉米 |
671 (20.72) |
5 (0.15) |
2562 (79.12) |
3238年 |
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