CD44 pre-mRNA可变剪接。CD44 pre-mRNA由20个外显子编码。共同cd44(造血)形式不包含额外的外显子,和蛋白质可能有丝氨酸图案编码外显子5启动合成硫酸软骨素或硫酸dermatan链。可变剪接的CD44主要涉及变量插入10个额外的外显子与外显子的组合6 - 15和拼接v1 -v10到阀杆区域,其中v3编码替代硫酸乙酰肝素链的网站。变量的数量v外显子拼接在上皮细胞,内皮细胞,在肿瘤和炎症性单核细胞和调节通常转换取决于组织。