复杂生态相互作用的反应网络模型:内共生和多级调节

摘要

内共生是一种共生类型，其中一种微观规模的物种栖息在另一种规模更大的物种的细胞中，因此代谢副产物的交换产生互惠互利。这些好处可以发生在不同的生物学水平上。例如，内共生促进了细胞代谢、细胞复制的效率，以及保护生物体免受捕食者侵害的宏观层的生成。因此，内共生的建模需要一个复杂的系统和多层次的方法。我们提出了一个基于反应网络的内共生模型，其中反应网络中的物种代表生态物种、资源或生态相互作用发生的条件，内共生相互作用机制由反应网络中不同的反应（过程）序列表示。作为一个例子，我们开发了一个珊瑚内共生相互作用的玩具模型。该模型考虑两个反应网络，分别代表生化流量和细胞增殖水平。此外，该模型结合了自上而下和自下而上的调节机制，以稳定内共生相互作用。

1.介绍

硫代菌病是一种特殊的共生，当生物（endosymbiont）在互相关系中存在于另一（主持人）内时发生。通过交换有用的代谢物，通过宿主和胚乳的新陈代谢的偶联给出这种关系[1那2]．内共生的概念是由Lynn Margulis提出的连续内联病理论（设定）解释塑体和线粒体的起源作为真核细胞中的细胞器，促进真核细胞复杂性的出现[3.]．胚生性质被认为是本质上的广泛机制，并将其作为不同谱系中的进化机制与进化机制相关[4.]．共生相互作用允许替代的演化方式，例如通过自然选择，在不断变化的个体群体中的复杂性。胚生症意味着两种或更多种物种在亲密关系中的偶联。这种关系导致基因组，生理和形态水平的表型复杂性增加。因此，硫代菌病使生态扩张能够进入不同和新的利基。正如达尔文在他的书中说物种的起源：“自然选择不能专门为其他物种的良好产生任何修改;虽然在整个自然界中，但是，一个物种不断利用，其他人的结构” [5.]．

内联菌病的一个例子对应于珊瑚（CNIDaria，AnthozoA）和属的光合藻类之间的关系ysmbiodinium或者黄藻[6.[其中后者生活在胃肠杆菌细胞内。当环境食物稀缺时，这种关系是典型的[7.那8.]，他们（ysmbiodinium并且珊瑚）可以通过通过循环的有机化合物循环给endosymbiont和宿主提供额外的有机化合物循环来喂回它们的新陈代谢。后者提供了生态优势，从而促进生存，因为珊瑚细胞和珊瑚细胞之间的代谢偶联ysmbiodinium促进细胞增殖意味着珊瑚的生长。有趣的是，这种生长过程受内共生体释放抑制因子的调节。也就是说，当能量产生过程中可能伤害细胞的某些副产物超过阈值时，抑制因子就会释放，停止生长过程[9.那10.]．因此，内共生是一个多层次、自我调节的过程。

内联的建立产生了新的结构和形态学性质，从而引起了新的进化能力。然而，硫生物系统的实验研究是非常复杂的，并且不能通过分开分析相互作用的物种来适当地实现[1]．因此，用于建立内联关系的建模框架是从生态学视角下至关重要的重要性[11.]．

这种模拟骨内血症术框架应包括相互作用发生的多个水平以及自下而上和自上而下的调节机制。有趣的是，这些特征不仅与胚生发育也相关[12.、生态营养网络[13.[在进化过程中还在进化过程中[14.那15.]．由于这个原因，我们旨在提出基于过程的基于过程和多级方法，以代表内同聚合物。

反应网络和等价语言，如Petri网[16.]，系统生物学的主要代表语言[17.那18.]．它们允许描述多级性质的复杂生化反应系统的动态特性，使用利用网络的结构和化学计量的方法[19.那20.]．反应网络也可以描述其实体不仅是生化的过程[21.]．实际上，反应网络已应用于模拟经济物品的交流[22.]，政治决定的影响[23.]，合作的演变[24.和其他游戏理论背景[25.]．因此，反应网络不仅可以应用于外部生化环境，而且还有可能成为一种直观的语言来描述和研究从系统性角度来描述和研究多学科性质的问题[26.那27.]．后者可以具有新颖，强大的应用，特别是在生态互动的建模中[28.]．

在本研究中，我们提供了一个简单的数学模型，珊瑚虫珊瑚和共生藻类之间的相互作用ysmbiodinium通过用反应网络表示它们的内共生相互作用机制。特别地，我们提出了两个反应网络，分别模拟生化交通(低水平)和细胞增殖(高水平)的内共生关系。我们指出内共生是如何在每个层次发生的，并专注于表示已知发生在这两层相互作用过程中的多级调节机制。

论文组织如下。节2，我们详细审查了迄今为止已知的内骨生物机制。在第三节，我们介绍了使用反应网络进行生态建模的基础知识。在里面第四节，我们提出了硫生物的玩具模型以及多级监管机制ysmbiodinium．我们还讨论了如何扩展到更现实的交互模型，最后得出结论。

2.内共生机制及其相互作用水平

珊瑚是仅由四个上皮层形成的祖先动物：口腔外胚层，口腔内胚状，肾内胚层和钙胺（图1)．在食物有限的情况下，珊瑚(刺胞虫)可以吞噬该属的光合甲藻(藻类)ysmbiodinium从周围的水。ysmbiodinium被珊瑚包围的细胞位于珊瑚的胃底皮层，包围着胃(口腔内胚层)，在那里它们仍然可以进行光合作用。即ysmbiodinium从宿主获取营养和代谢残留化合物并产生有机化合物。这些有机化合物是光合作用的产物不仅促进了内酯的生长和呼吸，而且还用于产生近似高达95％的主机能量需求[29.]．

后一种现象发生在口腔内胚层（黄层）中，称为Symbiosome（白色层），由主机和ysmbiodinium（绿色层）如图所示1．

内共生作用发生在不同阶段:(1)初始接触;(2)吞没;(3)排序;(4)扩散;(5)动态稳定性;(6)功能障碍(图2)．初始接触阶段的特征在于主机与Symbiont之间的兼容性识别（图2(a))。也就是说，每个珊瑚谱系与一个或多个相兼容ysmbiodinium血统(31]．兼容时，珊瑚吞噬藻类（图2（b））。在成功吞噬后，开发了酶组合膜，促进了珊瑚细胞内的Symbiont的稳定和持续性[32]．接下来，共生的持久性取决于宿主细胞生长与共生群体增殖之间的平衡。后者的平衡可以通过一系列分类和增殖步骤来实现，达到动态稳定性阶段（图2(c))。最后一个阶段以代谢交换和营养运输为特征，由甲藻产生的产物支持珊瑚的新陈代谢、生长、繁殖和生存，并促进必需营养物质的保存和循环。在这个阶段，珊瑚礁发生了典型的钙沉积。这一现象受到内共生的强烈推动[33]．这种钙矩阵沉积保护珊瑚抵抗捕食者，降低海洋环境的机械侵蚀，进一步促进其持久性和生长[34] （数字2)．内胞菌相互作用的最后阶段是功能障碍，与钙层的漂白有关，这是由钙层的漂白ysmbiodinium由胞外分泌和珊瑚死亡、宿主细胞脱离或宿主细胞凋亡而排出，通常是由于活性氧的产生或细胞信号[35]．珊瑚礁漂白越来越多地威胁到近期盐度，更高的太阳辐射，增加沉降或污染物，升高的海表面温度和全球变暖的变化36]．

在动态稳定阶段，珊瑚和藻类的代谢相互作用，控制彼此的生长，提高功能效率[37那38]．通常情况下，珊瑚的地下皮层会调节密度，最多维持两层ysmbiodinium每单元[39那40]．这种调节包括各种机制，例如驱逐和降解ysmbiodinium，影响蜂窝周期的信号因子，例如宿主释放因子（HRF）[9.那10.]，以及宿主释放的其他作为抑制因子(IFs)的过程和生化因子，从而阻碍共生体的生长[41-43]．IFs的释放依赖于内共生体代谢过程中光合作用副产物的浓度。因此，该因子与实现稳定的生长和营养交通状态有关。

在稳定状态下，ysmbiodinium是由于珊瑚获得无机碳、无机氮和无机磷酸盐而受益的ysmbiodinium这些营养素的更大可用性造成其自身的生长。反过来，作为光合作用的产物ysmbiodinium，产生多种化合物，以滋养珊瑚，例如甘油，氨基酸，葡萄糖，麦芽糖，克雷布循环分子，丙酮酸，ZoOxtheLatam和Zooxanthellatoxins [44]. 通过这种方式，珊瑚形成了有益于内共生体的机制和过程，反之亦然。这些机制可以影响在宿主的其他细胞层发生的其他过程。例如，在碳代谢过程中，珊瑚积极地将碳从外部运输到胃真皮细胞和浓缩物内共生体附近的碳酸酐酶(CA)位于共生体周围，促进藻类的光合作用过程。另一个例子是氮代谢，氮代谢以铵的形式对藻类是必需的( ）和硝酸盐 那形成氨基酸，而氨基酸也是珊瑚的资源，因为它们作为营养物质被运送回宿主。钙化也作为两种生物代谢耦合的结果而被促进，因为溶解的无机碳是光合作用所必需的ysmbiodinium也是产生钙骨架所必需的，钙骨架主要由碳酸钙( ）在有机基质中结晶。在存在的情况下，钙化得到了增强ysmbiodinium，这会影响溶解无机碳的平衡，服用对于光合作用，它直接促进降水 ．此外，光合作用的有机产物是有机基质合成的前体，并且对宿主的能量和氧气补充增加其新陈代谢并促进更快的钙化[33那45]．而且，珊瑚呈现ysmbiodinium它们能够生活在清澈和浅水中，在那里它们经常受到高强度太阳辐射的威胁。尽管光照是有害的，但共生体会产生紫外线吸收的防晒化合物，如霉孢子素氨基酸（MAAs），它们可以作为采光色素和自由基清除剂[46]．

总之，在代谢耦合和调节中ysmbiodinium和宿主细胞。后者促进了不同组织层面的生长，繁殖和生存。我们根据下面组织内胞胎相互作用的相互作用水平（见表1):（1）生化交通水平：与珊瑚细胞内部的生化关系和营养交通相关，珊瑚与ysmbiodinium细胞。(2)细胞增殖水平:与细胞繁殖有关，以达到双方细胞生物量之间的动态稳定状态。（3）有机级：由于钙二种蛋白质产生的钙质和机械侵蚀而导致珊瑚的生长和保护免受较低水平的产生相关。

因此，当内共生相互作用建立后，上述三个层次上的解释过程相互交织，有利于内共生的持续。

3.生态相互作用的反应网络模型

反应网络由一对定义 那在哪里 是一组分子物种，并且 是一组反应，在哪里表示一组多重 ．例如，考虑

请注意,反应 代表物种的自我繁殖过程 那反应 代表物种的毁灭在物种的相互作用之外和 那和 代表物种的繁殖催化 ．同样的，破坏和消失和由代表和 那分别和互相破坏和是由 ．

反应网络的动力学可以用差分、随机或微分方程来建模[47]，大量的文献致力于用网络的结构分析来补充这些方法[18.-20.]．

最近，已提出反应网络代表生态互动和生态系统[28.那48]．特别是与传统的网络方法相反，这代表了不同类型的链路的不同生态相互作用，反应网络通过输入的组合产生输出组合的方式表征生态交互类型。这使得更广泛更广泛的相互作用过程。诸如虐待，合作和寄生派等典型生态互动容易通过反应网络表达。例如，反应 的反应网络方程(1)对应于一种经期性相互作用，因为在存在的情况下被摧毁没有改变 ．同样地， 是一种互惠关系，因为与其互动的好处没有改变 ．在表格中1，我们代表使用最小反应网络的生态相互作用。

有趣的是，当一个人有兴趣更详细地表示生态相互作用时，相互作用的模型是由代表相互作用机制的一系列反应组成的。由于不同相互作用的相互作用机制可能在资源和产品水平上共享某些物种，生态系统是由多个子网络耦合组成的大型反应网络模型，每个子网络代表生态系统的一种生态相互作用[28.]．

除了由反应指定的结构变革关系之外，通常通常是一个参数，表示其可能发生的可能性。该值，称为动力学参数或动力速率，在箭头上方表示指定反应。例如，在竞争的情况下，反应 约束 会表明这一点具有竞争优势 那作为反应更有可能发生 ．

而且，空集符号表示环境，即不属于所研究系统的部分。因此，反应和指示流入（出生，入口，自发形成）在系统中指示流出(死亡，退出，腐烂)从系统。

4.内胞间相互作用的多级反应网络模型

在本节中，我们开发了生化流量和内共生相互作用细胞增殖水平的反应网络模型，如表所示2．接下来，我们将解释如何表示这两个层次之间的调节机制。这个模型扩展了以前的工作[49]．

4.1. 生化交通水平

在这个水平上，内共生的特征是有可能代谢珊瑚细胞本身无法代谢的元素，并通过钙产量的增加，这导致宏观的钙层，保护宏观的珊瑚免受捕食者和侵蚀。以下反应网络以简化的方式表示了生物化学交通水平上的内共生相互作用:种类: ：宿主细胞资源 ：活力 ：资源形成钙层 ：钙生成反应的产物 ：钙细胞的反应ysmbiodinium在它

请注意，在等式给出的模型中（2）反应序列提供了一种能量产生途径 那进而激活钙形成途径 ．为简单起见，能量消耗途径由 ．注意,如果太小了，这意味着还有足够的可在环境中，能源生成过程驱动可能无法补偿 ．

当ysmbiodinium存在于细胞中，我们将以下反应添加到模型： 这意味着ysmbiodinium能够从资源生成细胞的能量并创造 那与藻类代谢的光合副产品相对应，可以被宿主感知。最后一个反应激活了一个新的能量产生途径 通过使用副产品的 那因此代谢生产更多 ．后者改变了之间的化学平衡和通过占用更多的空间对于它的光合新陈代谢，直接有利于降水根据勒夏特列原理[33]．

4.2. 细胞增殖水平

在细胞增殖水平，我们确定了三种类型的细胞: ：主持人 ：ysmbiodinium ：symbiont（主持人和ysmbiodinium内共生互动)

与前一个案例类似，我们将保持模型非常简单，因此我们引入反应，解释细胞之间最基本的相互作用、细胞增殖和内共生。其他方面，如细胞死亡的多种方式，或促进其繁殖的环境条件，则不包括在内。

在适当的细胞内部增殖条件下 那和 ．这是因为ysmbiodinium由于其更有效的代谢活动，应该具有更多的能量。相似地， 那 因为有一个较大的钙层，可从掠食者身上保护它，因为有更多样化的新陈代谢。另一方面，在细胞增殖的条件下，我们认为对珊瑚有害 那和 因为有机体会释放抑制因子减少繁殖的倾向，而且 那和 由于ysmbiodinium细胞排出或降解 ．

4．3．关联级别和规则:一个例子

如所示第二节，可以在一个级别中识别变量，该级别限制或促进其他级别的活动。在该模型中，我们只考虑一个自上而下的约束和一个自下而上的启动子，通过修改动力学参数作为如何表示多级控制机制的示例。

对于自下而上的控制机制，我们有营养流量水平的反应和产生能量，而这种能量被反应所消耗和代谢生存。因此，当能量的生产不足以补偿其消耗，细胞不会重现，所以变得不活跃。类似地，当能源的生产超过消耗时，变得活跃。因此，我们考虑在较低水平的总能量生产的阈值 那当营养运输水平中的能量超过这个阈值，动力学参数激活。

对于自上而下的方向，我们考虑一种已知的调节细胞增殖的信号转导物种。ysmbiodinium根据对某些光合副产品的敏感性。光合产物在这种情况下由物种代表在营养流量水平(见在等式（2）））。让信令种类成为 那代表endosymbiont副产品释放的因素超过一个阈值 那这被宿主感知，使反应失效 ．

为了提供正式规范的自下而上和自上而下的监管机制在繁殖过程中，我们在生物体的水平上引入以下反应: 在哪里 那和是已知的亥维赛-step函数，如果是零 和一个参考值（一个简单起见）如果 ．因此，反应是不活跃的低于阈值一旦浓度超过阈值抑制因子被释放，而是一个恒定的速率控制退化 ．

接下来是动力学参数变得明确依赖来控制额外的能量和 ： 在哪里是个持续超过额外能量的产量阈值受到抑制。

最后，我们修改 那使它依赖于如下:

因此，当通过存在的存在加剧营养交通ysmbiodinium，产生的额外能量以自下而上的方式调节动力学参数对细胞增殖水平的末端相互作用，激活其增殖。相反，当增殖时ysmbiodinium超越操作其新陈代谢所需的副产品的量，被释放，以自上而下的方式抑制动力学参数 ．我们代表了这些相互关系3.，特别是调节 ．

5.讨论

生物复杂性的关键概念是核心核心在不同水平发生的过程持续存在的性质的出现，并且有机体所需的生物能够生活和繁殖。从这个意义上讲，生物现象的代表作为交织动态过程的等级是一个重要的挑战，以提高我们对生物学复杂性的理解。

珊瑚底栖生物源是研究这个问题的有趣机会。首先，有一种具体证据证明了微观相互作用ysmbiodinium以及珊瑚宿主细胞，以及这种相互作用的微观和宏观后果的证据。其次，相互作用的层次可以清楚地描述出来。也就是说，在我们的模型中，我们考虑了营养流量和细胞增殖水平，其中前者无疑嵌套于另一个水平。第三，正如第4.3节，即使在我们简单的两级模型中，也会发生自下而上和自上而下的调节机制。因此，珊瑚 -ysmbiodinium内共生相互作用的结构特征允许一个简单但解释的机制模型。

最近才研究了生物相互作用的反应网络样模型[28.那48那49]但似乎提供了以明智的方式纳入多级监管机制的必要多才性。但是，这种方法处于起步性，需要扩展。

我们提出了两种方式，我们的模型可以扩展。首先是提供更详细的说明每个级别发生的内容，第二个是包含更多级别。对于前案例，可以开发更详细地说明在内奥巴替硝酸内的共生的再现。例如，我们可以介绍一个新的物种意味着宿主在其中有两种内酯，并包含反应 和 代表内序的复制过程。类似地，可以结合其他必要的步骤，以提供更现实的对识别水平规定的现象[50]，Symbiosome成熟[51[Symbiont Desulion和DRADATION和解分析生物质的调节[32那52]．对于后一种情况，我们可以在我们的模型中纳入宏观的生物水平，涉及珊瑚的生长和生存。胚胎生物活动的最简单模型在于比较珊瑚的生长能力，有和没有ysmbiodinium(名为和 那分别在机械和生物侵蚀下（ ),及其复制的能力。珊瑚的生长能力与营养交通和钙胺米的能力直接相关，如图所示4.．为简单起见，我们将提供一个专注于增长的示例 那在…面前 那和侵蚀 ．其他方面，例如侵蚀因素的再现（例如，鱼类，珊瑚的鱼）或自然死亡和 那不整合。

价值 和 机械和生物侵蚀和生长速度是多少和 那分别。

注意，在这种情况下和与其他物种有着平等的关系。因此,参数 调节它们被环境现象或捕食破坏的易感性，同时 调节他们的增长率。对于更精确的一般机构局势模型，有必要将机能水平与较低水平的参数相关联，例如钙层的生产速率（ ),体内的自由代谢能(与生化流量的增加有关)，以及细胞增殖的速率。

从更技术性的角度来看，未来的模型应该应用嵌套在隔间中的反应网络[53那54]而不是传统的反应网络。这些模型应该更加逼真，但也增长了大小和复杂性。因此，有必要应用途径分析方法，例如助势平衡分析[55和化学组织理论[19.[识别可以与交互性质相关联的动态特征，并研究如何对系统的结构扰动如何，例如添加新的生物化学成分或新的宏观物种，影响系统的稳定景观。

6.结论

生物过程的复杂性与它们发生的不同水平的整合有关，以及表征这些水平之间的间隙的出息特性。为了解决这一点，不仅需要模型，而且通过多级调节机制，这些水平之间的相互作用也是模型。我们开发了一种简单的机制模型，用于珊瑚和藻类之间的内胞生成相互作用（ysmbiodinium)使用反应网络。

在我们的模型中，它补充了珊瑚和甲藻属之间的内共生反应网络模型ysmbiodinium[49]，我们纳入生化物种（ 那 那 那 那和 ),热力学物种( ),细胞物种（ 那 那和 ),和监管因素（ )．此外，我们纳入了一种用于硫生物细胞增殖的胆纤维调节机制由其能量的增加（在营养交通水平上发生）促进了这一点，但也受到释放当副产品能量产生超过阈值（在细胞增殖水平上发生）。这种机制促进了受控的生物体的繁殖，并与这种互动的知识相干[11.那56]．

为生态相互作用发展多层次相互作用模型的想法在理论生物学中是相对较新的，因为没有很多工作从不同层次的系统物种浓度来调节动力学参数[17.]．这项工作的主要创新是考虑一种级别的动力学参数可以通过在其他水平的物种（生物或非生物态）的存在下进行调节，从而提供第一种方法以产生胃肠炎的多级性质的整合视图关系。

作为最终的评论，我们认为这种方法有可能描述不仅是患有内联病的复杂性，还具有诸如多尺度系统生物学中的生理方法等其他复杂的多级生物学相互作用[57那58]，癌症生物学[59]，以及多尺度生态方法[60那61]．

数据可用性

我们的研究是理论上的。因此，没有使用数据来支持这项研究。

的利益冲突

作者声明他们没有利益冲突。

致谢

第一作者是由约翰邓普顿基金会资助的“目标定向的起源:基于化学组织理论和控制论的正式场景”，Grant ID# 61733。第二作者获得了ANID-PFCHA/Doctorado Nacional/2019的资助。21191885.

参考文献

1. U. Kutschera和K. J. Niklas，《内共生、细胞进化和物种形成》，生物科学理论，卷。124，没有。1，pp。1-24,2005。查看在：出版商的网站|谷歌学者
2. D. M. Wilkinson，“以交叉目的”，自然，第412卷，第2期。6846页，485页，2001。查看在：出版商的网站|谷歌学者
3. J.M. Archibald，“硫代肾值然和真核细胞演进”，当代生物学，第25卷，第2期19，PP。R911-R921,2015。查看在：出版商的网站|谷歌学者
4. J. J. Wernegreen，“内联症：冲突解决的课程”，PLoS生物学，第2卷，第3号，第。E682004。查看在：出版商的网站|谷歌学者
5. C. Darwin和J. W. Burrow，“物种的起源”，1859年。查看在：谷歌学者
6. R. Rowan，“珊瑚礁上虫黄藻的多样性和生态”，中国植物学杂志CHINESE，第34卷，第3期，第407-417页，1998年。查看在：出版商的网站|谷歌学者
7. A. C.贝克，《珊瑚礁的共生多样性及其与抗白化和恢复力的关系》，珊瑚健康与疾病。在珊瑚健康和疾病中， vol. 1, pp. 177-194, 2004。查看在：出版商的网站|谷歌学者
8. D.黄色，T. A. V. Rees和W. Leggat，藻类与藻类和无脊椎动物之间的代谢相互作用，“植物，细胞与环境，卷。31，不。5，pp。679-694,2008。查看在：出版商的网站|谷歌学者
9. P. J.Mcauley，“共生小球藻的细胞周期。I.宿主喂养和藻类细胞生长与划分之间的关​​系，“细胞科学杂志第77期1，页225-239,1985。查看在：出版商的网站|谷歌学者
10. P. J. McAuley，“绿色水螅共生中寄主细胞和藻类有丝分裂的时间关系”，细胞科学杂志，卷。58，不。1，pp。423-431,1982。查看在：出版商的网站|谷歌学者
11. P.L.Antonelli，S.F.Rutz，P.W. Sammarco，和K.B. Strychar，“血栓冠中的共生中共源的演变：过去，现在和未来的模型，”非线性分析：现实世界应用，卷。32，pp。389-402,2016。查看在：出版商的网站|谷歌学者
12. P. Beldade，K. Koops和P. M. Brakefield，“发育限制与形态演化的灵活性”，自然，第416卷，第2期。2002年，第844-847页。查看在：出版商的网站|谷歌学者
13. J. Sánchez-Hernández, F. Cobo和P. A. Amundsen，《高山湖泊中的食物网拓扑结构》，普罗斯一体，第10卷，第5期。11、文章编号e0143016, 2015。查看在：出版商的网站|谷歌学者
14. S. J. Arnold，“对表型进化的约束，”美国博物馆，第140卷，S85-S107页，1992。查看在：出版商的网站|谷歌学者
15. D.T.Faebel，H.Mickalide，D. Schnitkey，J.Merritt，T.E.Kuhlman和S. Kuehn，“环境确定了一个受限制的表型空间中的进化轨迹”Elife，第6卷，文章编号e24669，2017年。查看在：出版商的网站|谷歌学者
16. vN雷迪，M。LMavrovouniotis和M。NLiebman，“代谢途径中的Petri网表示，”ISMB-印度标准中等重量梁，第93卷，第328-3361993页。查看在：谷歌学者
17. R. Bardini, G. Politano, A. Benso, and S. Di Carlo，“多层次和混合的系统生物学建模方法”，计算和结构生物技术杂志，卷。15，pp。396-402，2017。查看在：出版商的网站|谷歌学者
18. D. J. Wilkinson，系统生物学的随机建模，CRC印刷机，博卡拉顿，佛罗兰州，美国，2011年。
19. P. Dittrich和P. S. Di Fenizio，“化学组织理论”，数学生物学通报，第69卷，第2期4，页1199-1231,2007。查看在：出版商的网站|谷歌学者
20. D. a . Fell，《代谢控制分析:理论和实验发展概况》，生物化学杂志第286卷第2期2，第313页，1992年。查看在：出版商的网站|谷歌学者
21. M.Feinberg和F. J. M. Horn，“开放式化学系统的动态和潜在反应网络的代数结构”，化学工程科学，卷。29，不。3，pp。775-787，1974。查看在：出版商的网站|谷歌学者
22. P. Dittrich和L. Winter，“反应网络作为一种解释社会现象的正式机制”，发表于第四届经济和社会复杂系统中基于agent方法国际研讨会论文集，PP。9-13，纽约，纽约，美国，2005年5月。查看在：谷歌学者
23. P.迪特里希和L.温特，《政治系统玩具模型中的化学组织》复杂系统的进步，第11卷，第5期。4, pp. 609-627, 2008。查看在：出版商的网站|谷歌学者
24. T.Veloz，P.Razeto-Barry，P. Dittrich和A. Fajardo，“反应网络和进化博弈论”数学生物学杂志，第68卷，第1-2期，第181-206页，2014年。查看在：出版商的网站|谷歌学者
25. D. Velegol，P. Suhey，J. Connolly，N. Morrissey和L. Cook，“化学博弈论”工业与工程化学研究(第57卷)41, pp. 13593-13607, 2018。查看在：出版商的网站|谷歌学者
26. T. Veloz，“Teoría de organizacones químicas: un lenguaje formal para la autopoiesis y el el medio ambiente”联合国Concepto体内P拉泽托·巴里和R。拉莫斯·吉利贝托编辑，第229-245页，《新文明》社论，智利圣地亚哥，2013年。查看在：谷歌学者
27. T维洛兹和P。Razeto Barry，“作为系统建模语言的反应网络：基础和示例，”系统，第5卷，第5期。1, p. 11, 2017。查看在：出版商的网站|谷歌学者
28. TVeloz，“复杂性稳定性辩论，化学组织理论，以及生态学中非经典结构的鉴定，”科学基金会，第25卷，第2期1，页259-273,2019。查看在：出版商的网站|谷歌学者
29. P. S. Davies，“日光变化对浅水珊瑚能源预算的影响”海洋生物学，卷。108，没有。1，pp。137-144,1991。查看在：出版商的网站|谷歌学者
30. S. K. Davy，D. Allemand和V.M.Weis，“Cnidarian-Dinoflagelate共生的细胞生物学”，微生物学和分子生物学评论，第76卷，第76期2, pp. 229-261, 2012。查看在：出版商的网站|谷歌学者
31. J. E. Loram, H. G. Trapido-Rosenthal, and a . E. Douglas，“遗传上不同共生藻类共生菌在珊瑚礁共生中的功能意义”，分子生态学，卷。16，不。22，pp。4849-4857，2007。查看在：出版商的网站|谷歌学者
32. W. FIT，“宿主细胞生长和患有Cnidarian-Zooxanthellar共生，”生物公告第198卷第2期1，页110 - 120,2000。查看在：出版商的网站|谷歌学者
33. S. Tambutté， M. Holcomb, C. Ferrier-Pagès et al，“珊瑚生物矿化:从基因到环境”实验海洋生物学与生态学报，卷。408，没有。1-2，pp。58-78，2011。查看在：出版商的网站|谷歌学者
34. J.P。Gattuso，D.同位和M. Frankignoulle，“珊瑚礁细胞，组织和群落水平的光合作用和钙化：碳酸盐化学的相互作用和控制综述”美国动物学家，卷。39，没有。1，pp。160-183,1999。查看在：出版商的网站|谷歌学者
35. vMWeis，“蛇床子漂白的细胞机制：压力导致共生崩溃，”实验生物学杂志，卷。211，没有。19，pp。3059-3066，2008。查看在：出版商的网站|谷歌学者
36. T. P.休斯，J. T.克里，M. Álvarez-Noriega等人，“全球变暖和珊瑚周期性大规模白化，”自然，卷。543，没有。7645，pp。373-377,2017。查看在：出版商的网站|谷歌学者
37. N内克曼和L。马斯卡廷，“维持水螅-小球藻共生的调节机制，”伦敦皇家学会的诉讼程序。B. B.生物科学，卷。219，没有。1215，pp。193-210，1983。查看在：出版商的网站|谷歌学者
38. CE泰勒，L。马斯卡廷和D。RJefferson，“Hydra–小球藻共生系统的维护和故障：计算机模型，”伦敦皇家学会诉讼程序B生物科学第238卷1292，第277-289页，1989。查看在：出版商的网站|谷歌学者
39. RD盖茨和L。Muscatine，“分离活珊瑚虫内胚层细胞及其细胞内共生甲藻的三种方法，”珊瑚礁，第11卷，第5期。3，pp。143-145,1992。查看在：出版商的网站|谷歌学者
40. L. Muscatine, C. Ferrier-Pages, A. Blackburn, R. D. Gates, G. Baghdasarian，和D. Allemand，“热带珊瑚虫中共生鞭毛藻的细胞特异性密度”，珊瑚礁，卷。17，不。4，pp。329-337,1998。查看在：出版商的网站|谷歌学者
41. 道格拉斯和史密斯，《绿色水螅共生》。8共生体调控机制，"伦敦皇家学会的诉讼程序。B. B.生物科学，卷。221，没有。1224，pp。291-319,1984。查看在：出版商的网站|谷歌学者
42. P. G. Falkowski, Z. Dubinsky, L. Muscatine, and L. McCloskey，《共生珊瑚的人口控制》生物科学，卷。43，不。9，pp。606-611,1993。查看在：出版商的网站|谷歌学者
43. G. J. Smith和L. Muscatine，“共生甲鞭藻的细胞周期:G1期持续时间随海葵营养状况和大量营养供应的变化”，海洋生物学，卷。134，不。3，PP。405-418,1999。查看在：出版商的网站|谷歌学者
44. B. R. Gordon和W. Leggat，《共生-无脊椎动物共生和代谢组学的作用》，海洋毒品，卷。8，不。10，pp。2546-2568，2010。查看在：出版商的网站|谷歌学者
45. D. allemand，é。Tambutté，D. Zoccola和S.Tambutté，“珊瑚钙化，细胞到珊瑚礁”珊瑚礁:过渡中的生态系统，第99卷，119-150页，2011。查看在：出版商的网站|谷歌学者
46. N. N. N.玫瑰花，“体系霉菌植物孢子状氨基酸生物合成中的基因的系统发育分析”应用微生物学和生物技术，第94卷，第94期1，页29-37,2012。查看在：出版商的网站|谷歌学者
47. D. Angeli，《化学反应网络动力学教程》欧洲控制杂志，第15卷，第5期。3，第398-406页，2009。查看在：出版商的网站|谷歌学者
48. C. Gaucherel和F.Pommereau，“使用离散系统彻底地表征了综合生态系统的动态”生态学和进化论的方法，第10卷，第5期。9，pp。1615-1627,2019。查看在：出版商的网站|谷歌学者
49. T. Veloz和D. Flores，“使用反应网络的内共生模型”，软计算，第25卷，第6831-68402019页。查看在：谷歌学者
50. A. C. Baker，“珊瑚藻类共生中的灵活性和特异性：Symbiodinium的多样性，生态和生物地理，”生态学、进化与系统学年度回顾第34卷第3期1，页661-689,2003。查看在：出版商的网站|谷歌学者
51. M.-c.陈，M.-c。洪，Y.S.黄，M.-c。刘，Y.-M。cheng和l ..方，“4月1111，回收监管蛋白Rab11的Cnidarian同源物，参与了Aipsia-symbiodinium indosomnbiosis的建立和维持，”生物化学和生物物理学研究通讯号，第338卷。3，页1607-1616,2005。查看在：出版商的网站|谷歌学者
52. E. A. Titlyanov, T. V. Titlyanova, V. A. leetkin, J. Tsukahara, R. Van Woesik，和K. Yamazato，“虫黄藻的退化和它们在异性珊瑚中的密度调节”，海洋生态进展系列，第139卷，第167-178页，1996年。查看在：出版商的网站|谷歌学者
53. H. Fellermann和L.Cardelli，“DNA可寻址生物反应器中的编程化学”，英国皇家学会界面杂志，第11卷，第5期。99年,2014年。查看在：出版商的网站|谷歌学者
54. S. Peter和P. Dittrich，“关于化学反应系统中组织与限制集之间的关系，”复杂系统的进步， vol. 14, pp. 77-96, 2011。查看在：出版商的网站|谷歌学者
55. J. D. Orth，I. Thiele和B.ØØ。Palsson，“什么是Flux平衡分析？”自然生物技术第28卷第2期3，页245 - 248,2010。查看在：出版商的网站|谷歌学者
56. R. Cunning，E.B.Muller，R. D.栅格和R.M.NISBET，珊瑚辛鎓苯并和珊瑚漂白的动态生物能级模型作为交替稳定状态，“论理论生物学，卷。431，pp。49-62,2017。查看在：出版商的网站|谷歌学者
57. J.O. Dada和P. Mendes，“系统生物学的多尺度建模和仿真”，综合生物学，第3卷，第2期，第86-962011页。查看在：出版商的网站|谷歌学者
58. H.-G.Holzhütter，D. Drasdo，T.Preusser，J. Lippert和A. M. Henney，“虚拟肝脏：多学科，系统生物学的多级挑战，”威利跨学科评论:系统生物学和医学，卷。4，不。3，第221-235,2012。查看在：出版商的网站|谷歌学者
59. T. Deisboeck，Z.W​​ang，P. Macklin和V.Cristini，“MultiSscale癌症造型”，生物医学工程年度回顾，卷。13，不。1，pp。127-155,2011。查看在：出版商的网站|谷歌学者
60. N. Mayon, a . Bertrand, D. Leroy等，“鱼类对不同类型环境污染反应的多尺度方法:一个案例研究”，全环境科学，卷。367，没有。2-3，第715-731,2006。查看在：出版商的网站|谷歌学者
61. S. Rubin, T. Veloz, P. Maldonado，《超越行星尺度反馈自我调节:盖亚作为自创生系统》生物系统，第199卷，第104314条，2021。查看在：出版商的网站|谷歌学者

版权

版权所有©2021 Tomas Veloz和Daniela Flores。这是一篇发布在创意公共归因许可证，允许在任何媒介中不受限制地使用、分发和复制，前提是原作被正确引用。