周期性火灾对巴西塞拉多土壤古菌群落的长期影响

摘要

塞拉多生态区与巴西广阔的区域相对应，被认为是生物多样性热点地区。频繁的火灾是该生物群落的自然特征，对植被的结构和组成有影响。然而，持续的人类活动正在促进火灾发生频率和季节性的变化。尽管塞拉多的生物多样性很高，但人们对其微生物群知之甚少，很少有出版物描述在该生物群中发现的细菌和真菌群落的某些方面，几乎没有关于古菌的参考文献。在本研究中，我们描述了塞拉多地区的古生物多样性美国这篇利用16S rRNA和16S rRNA，比较了长期受火保护地区和两年一次受火的地区土壤中的古菌群落amoA基因作为分子标记。两个研究区域的16S rRNA序列几乎都与I.1b和1.1c有关Thaumarchaeota，通常在陆地环境中发现。尽管在不同区域间的古菌16S rRNA丰富度和多样性差异无统计学意义，但在频繁烧伤区域发现了较高的I.1b thaumarchaeal亚群。许多氨氧化古菌(AOA)都隶属于该类群，这与较高的类群是一致的amoA在周期性烧毁的区域中检测到的多样性和OTU编号。我们的结果表明，虽然古老社区的总体丰富和多样性在调查条件之间似乎并不大大差异，但由频繁火灾造成的木质覆盖和植被结构的变化可能导致Cerrado土壤中的AOA多样性的长期影响。

1.介绍

众所周知，地球上的生物archaea.域是普遍分布的，并且代表水生和陆地生态系统中发现的原核细胞的大部分[1，2]．一般说来，古菌占中等好氧土壤原核生物总数的1-2% [3.]，在沙质土壤中可达5% [4在酸性森林土壤中甚至达到38% [5]．此外，土壤古核在氮循环中的作用越来越讨论了[6- - - - - -8]，随着这些环境中氨氧化古菌(AOA)的频繁检测[9，10.]．尽管在土壤(和其他中亲环境)中发现的大多数古菌最初被归类为第I类Crenarchaeota [11.]，它们现在被归为古菌门的成员[12.]，包括目前已知的所有AOA [13.]．

巴西是一个以其大陆比例而闻名的国家，有许多不同的陆地景观和生物群落。然而，尽管巴西具有显著的生物多样性，但专注于巴西自然环境中古生菌多样性的研究仍然很少，根据Rodrigues等人最近的一项综述，在过去20年里只有大约50项研究发表。[14.]．这些研究大多调查了亚马逊或大西洋森林生物群落的土壤中的古菌群落，但很少关注巴西稀树草原(也被称为塞拉多)的古菌多样性[15.- - - - - -19.]．这个生物群落非常广泛和多样化，最初约占该国领土的22%。由于塞拉多特有物种数量众多，其栖息地不断退化，塞拉多被认为是优先保护的热点地区[20.]．该生物群系呈现不同的地貌形式，从草原到森林样植被[21.]．最常见的地貌是塞拉多美国这篇，是一种稀树草原林地，其草本层绵延不断，散布着乔木和灌木，树冠封闭程度从20%至50%不等[21.]．雨季、贫瘠的土壤和火灾的季节性被认为是这个生物群落植被的决定因素[22.，23.]．

千禧年的Cerrado发生自然火灾[24.]，大部分在旱季向雨季过渡期间仍存在[25.，26.]．然而，塞拉多的大片地区不断被占领并转为农业和牧场，增加了火灾频率，改变了火灾季节。尽管许多塞拉多物种都有适应火灾的能力[22.]，火灾制度的变化强烈地影响塞拉多植被的结构和组成，主要是由于死亡率[27.，28.]，从地下器官的Topkill和Resprouting [29.，30.]，由于丧失繁殖投入和幼苗死亡而引起的种群动态变化[31.，32.]，以及草地覆盖显著增加[33.]．冠层覆盖面积的大幅减少，主要是由于凋落物形成的减少而导致养分循环的改变[34.]，由于草本层植被的缝隙而引起的温度变化[35.，土壤湿度的变化[36.，37.，所有这些都可能改变古菌群落的组成[38.- - - - - -40]．

在本研究中，我们以典型塞拉多地区的古菌群落为研究对象美国这篇有长期防火保护的地区与那些在旱季中期遭受两年一次火灾的地区不同。土壤样品是从有著名火灾史的地区采集的。获得12个DNA库并测序，其中6个用16S rRNA测序archaea.-特异性基因和6个利用古菌amoA基因。对序列进行分析，评价塞拉多古菌群落间的差异美国这篇来自经常焚烧和防火区域的土壤。

2.材料和方法

2．1．研究场地和土壤取样

研究区域位于巴西地理和统计研究所(record - ibge)的生态保护区，距离巴西利亚南部35公里，DF(15°55)S，47°51保护区面积1360公顷，包括最常见的塞拉多地貌。在Köppen的分类中，该地区的气候为Cwa，有两个明确的季节:从6月到10月的旱季和平均降水量为1436毫米的大部分发生的雨季。平均气温在21°C左右，海拔在1048 - 1150米之间。土壤是典型的黄红砖红壤(根据美国分类为Acrustox) [41.]．

2013年9月，两个塞拉多美国这篇该作品选择了具有鲜明对比和著名火灾历史的地区。第一个区域受火保护20年(控制区= C)，第二个区域相隔4米，在1992年至2008年的旱季中期(8月)每两年受火保护一次(烧伤面积= Q，来自葡萄牙语，意为烧伤-)Queimada)(图1).2011年9月，一场野火烧毁了Q，但没有影响C。因此，在我们的研究之前，Q已防火2年。C和Q的冠层覆盖率从32%到84%不等，从28%到64%不等。草本层地上生物量在C ，与草和福尔斯州代表总数的3％和12％。干燥质量的垃圾是5.4mg / ha。Q中的草本生物量总数是 ，草地和杂类草分别占总面积的35%和26%，枯落物干质量为3.0 毫克/公顷。

在每个区域，随机采集3个土壤样品，在10 m × 10 m的地块内，间隔至少1 m。用直径10厘米的PVC管将土壤收集至10厘米深度，并在−20℃下保存直至使用。每个区域的土壤样品的物理化学性质由SoloQuímica Análises de Solo ltd进行测定。使用R .3.2.2实现的Factoextra v.1.0.3软件包中的相关矩阵对丰度测量进行主成分分析(PCA) [42.]．土壤理化性质的统计差异用Welch 's进行比较 -测试( ）使用R统计软件v.3.2.2 [42.]．

2．2．DNA的提取和16S rRNA的提取amoA基因文库建设

使用PowerSoil DNA分离试剂盒(MO Bio Laboratories Inc.)，根据制造商的说明从每个样品的0.5 g中提取土壤总DNA。引物对21f/958r进行PCR检测[43.]和Arch amoAf/Arch amoAr [44.，为古菌16S rRNA和amoA基因,分别。所有PCR检测均在50例中进行μL反应混合物，含1 ~ 100ng模板DNA, 1X反应缓冲液(Invitrogen^®)， 1.5 mM氯化镁₂(表达载体^®), 400 ng /μL牛血清白蛋白，0.5μ每个引物的M, 200μ核苷酸(表达载体^®），1.25 uTaqDNA聚合酶(表达载体^®)．PCR实验在MJ PTC-100上进行^®(Peltier Thermal Cycles)热循环器，具有先前描述的循环条件[43.，44.]．扩增DNA用1%琼脂糖凝胶电泳，溴化乙锭(10 mg/mL)染色。扩增产物用GeneJET PCR纯化试剂盒(Thermo Scientific^®)，克隆到pGEM-T Easy^®(Promega)矢量，根据厂家说明书，转换成大肠杆菌DH5α感受态细胞通过热休克处理。重组克隆的质粒DNA在25:24:1 (vol/vol/vol)用苯酚-氯仿-异戊醇提取，并采用韩国Macrogen公司的Sanger方法进行测序。

２．３．系统发育和统计分析

所有序列均根据Phred质量进行修剪，在400多个核苷酸中优于20个。16S rRNA基因序列用于与Greengenes分类数据库的比较分析[45.使用Mothur v.1.24.1 [46.，标识阈值为90%或更高。虽然Greengenes不认为Thaumarchaeota是一个单独的门(它被认为是一个crenarchaeota纲)，但在本研究中，我们按照Brochier-Armanet et al. [12.]．16S rRNA和amoAClustal X v. 2.1基因序列测定[47]．使用Mothur v.1.24对比对过程生成的间隙柱进行过滤。，也用于稀疏曲线估计。用于计算覆盖度、丰富度和多样性指数- ace, Chao，和Shannon [48- - - - - -50-每个基因的最小数据集的序列数归一化( 16S rRNA和 为amoA)和指标的显著差异由Welch’s进行评价 -测试( )．16S rRNA和amoA基因序列是基于OTU的，所采用的身份阈值为97％核苷酸序列相似度[13.，51]．

使用STAMP v.2.1.3评估每个地区16S rRNA OTUs的相对丰度[52]．韦尔奇对这些区域进行了比较 -测试( ),使用R软件中的Bray-Curtis相似性指数对每个剖面进行非度量多维标度(NMDS) [42.]．构建16S rRNA和16S rRNA的系统发育树amoA在MUSCLE v. 3.8.31中进行多重比对[53]使用默认参数并手动编辑。在FastTree v.2.1中使用默认参数和1000 bootstrap测试构建系统发育树[54]．

3.结果

３．１．土壤理化特性

塞拉多的物理化学性质美国这篇土壤（补充表1)显示在控制区和烧伤区均呈酸性pH值(约4.9)。土壤理化数据的主成分分析(PCA)(图2(一个))表示土壤样品在第1维轴上与对照区和焚烧区分离，表明焚烧区土壤中Mn和对照区土壤中Fe和铵的影响较大。然而,韦尔奇的 -结果表明，在分析的所有理化参数中，只有NH₄⁺-N在研究区存在显著差异，对照区浓度较高(图2)2 (b))．

３．２．古菌16S rRNA基因分析

对古菌16S rRNA基因进行DNA扩增，得到6个克隆库:3个来自对照区(Ca、Cb和Cc)， 3个来自两年一次燃烧区(Qa、Qb和Qc)。从这6个文库中共获得466条Phred质量(>20)超过400 bp的序列(Supplementary Table)2)，均归为archaea.根据Greengenes分类数据库，得到32个OTUs，序列相似性截断率为97%。

稀疏分析(补充图1)和高覆盖率估计值(表1)表明在典型塞拉多地区存在古菌群落美国这篇即使在97％序列相似性的Otus，两个研究部位的土壤也很好。在每个区域中观察到相当数量的OTU，在ACE，Chao1和Shannon价值中没有检测到统计学上显着的差异，表明两个地区的土壤中的相似古富力和多样性（表1)此外，在对照区土壤中鉴定的大多数OTU（15）（代表获得的大部分序列）也在燃烧区的土壤中观察到，这加强了从两种分析条件下土壤中的16S rRNA基因推断的古细菌群落的相似性（图1）3（a）)．这些结果与用该标记基因进行的非度量多维尺度(NMDS)分析的结果一致，在对照和烧毁土壤的重复之间没有明确的聚类模式(补充图)2)．

几乎所有16S rRNA基因序列(99.36%)都隶属于Thaumarchaeota门的I.1b或I.1c亚群，只有3个序列(0.64%)都来自复制子Cb，被鉴定为深海archaeota门(图)4)．值得注意的是，尽管丰富度指数相似(表1)以及两种研究条件下共有的观察到的OTU数量（图3（a）)，对照区土壤样品中I.1c型thaumarchaeal亚群序列相对丰度较高(77.68%)。而在常烧区土壤中检测到的大部分序列都属于I.1b Thaumarchaeota(58.80%)，如图所示4．此外，除Cb 54外，所有OTUs都是由聚集在I.1c thaumarchaeal演化枝内的Control土壤中获得的序列组成(图1)4)．

３．３．古细菌amoA基因分析

古细菌amoA从相同土壤样品中获得251条Phred质量(>20)超过400 bp的序列(补充表)2)．共鉴定了12个otu，序列相似性截断率为97%。覆盖率估计表明，当使用该基因时，取样工作也令人满意(表2)与16S rRNA序列的结果不同，该标记基因的香农指数值存在显著差异（表1）2),这意味着更高的amoA两年焚烧区土壤的多样性。此外，尽管事实是大部分的古生菌amoA在对照土壤和烧焦土壤中均可检测到分组在三个具有高度代表性的otu中的序列(图)3（b）），只观察到许多OTU在烧毁区域的土壤中，表明在提交给两年内火灾制度的土壤中可能出现独特的AOA。

系统发育树用amoAOTUS显示大多数序列与来自I.1b子组的AOA聚集，除CB 48外（图5)．奇怪的是，虽然没有16S rRNA基因序列被归类为I.1a thaumarchaeota，但这个amoA奥图隶属于这个亚组。不包括QB 23和QC 19，两个OTU仅代表烧毁区域的序列，与之密切相关Nitrososphaera所有其他OTUs聚集在枝只由未培养的AOA组成。值得注意的是，在这些OTUs中，Ca 01包含85.03%的Control area sequences，极具代表性的是该区域的AOA多样性。

4.讨论

在本研究中，我们评估了频繁火灾对巴西塞拉多土壤古菌群落的长期影响。火是这个生物群落的一个决定性因素，有记录的重大野火和当地人口的火灾利用可追溯到几千年前[55]．然而，在过去的几十年里，不断增加的人类职业和农业活动导致了火灾频率和季节性的变化，尽管塞拉多的植被结构和组成发生了许多变化[27.，33.，56]，关于周期性火灾对土壤微生物群落的长期影响的信息仍然很少。

本研究中调查的土壤是在众所周知的火灾历史地区取样的，自1990年以来，在该地区进行了一项关于规定燃烧影响的大型试验。除铵浓度外，控制区和燃烧区土壤的大多数物理化学性质均未发现显著差异（补充表1)，这是根据以往在该生态保护区类似地点进行的研究结果而定[33.]．虽然已经描述了火灾后土壤养分有效性的短期变化[22.，57，塞拉多的土壤具有很强的弹性[22.]．由于这项工作的目的是研究频繁的火灾的长期影响，从燃烧地区的土壤取样后两年的最后一次火灾事件，这可以解释从两个分析地区观察到的大多数土壤性质的相似性。

本研究获得的16S rRNA基因序列几乎都属于Thaumarchaeota的I.1b和I.1c亚群。I.1b thaumarchaeotes在许多陆地栖息地占主导地位[1，39.]，并且已经在它的许多成员中发现了氧化氨的能力，这表明该群体在这些环境中的氮循环中扮演着重要的角色[8，10.，58]．I.1c thaumarchaeal谱系最初是在芬兰北部森林土壤中被描述的[59]，后来与这一组相关的16S rRNA序列已在许多其他酸性土壤中检测到[60- - - - - -62]是塞拉多的一大特色[63]到目前为止，还没有这一组的培养代表，尽管原位微观实验表明这些thaumarchaeotes与氨氧化无关[64，它们的生态作用仍不清楚。值得一提的是，在其他塞拉多植被地貌的土壤中已检测到与I.1b和I.1c类群相关的序列，这表明这些生物可能在这些土壤中很常见[15.]．

在对照区检测到的单个OTU，代表了16S rRNA序列的一小部分(0.64%)，与从塞拉多湖沉积物中检索到的深海古细菌克隆密切相关[65]．深海古菌(以前称为杂项Crenarchaeotic Group: MCG)序列在缺氧的陆地和水生环境中非常丰富[66，67]尽管目前缺乏培养的代表，但偏心组织已经提出了这一场理成员的众多代谢能力[68]，包括可能参与芳香化合物降解[69，蛋白质再矿化[70]和甲烷新陈代谢[71]．尽管深海古菌16S rRNA基因序列已在巴西其他生物群落土壤中被鉴定，如大西洋森林泥炭地[16.]和亚马逊原生森林[19.之前从未在塞拉多的土壤中发现过这一门的成员。这一事实与本研究中检测到的该类群的少量序列相结合，可能表明这些土壤中深古菌的丰度较低。然而，值得强调的是，采样深度和采样周期(干燥或雨季)可能会影响这些结果，因为该门的成员似乎在更深或高度湿润的土壤中占优势[66]．

值得一提的是，尽管通过16S rRNA基因分析发现古菌丰富度和多样性存在相似性(表1)1)，对照区和火烧区的thaumarchaeal序列表明，在长期受火保护的遗址中，I.1c群相对丰度较高。在酸性较强的土壤中，i.c型thaumarcheota的优势已被普遍报道[60，72]，但由于两个调查地点的pH值高度相似(补充表1)，这一因素似乎不可能与对照土壤中检测到的较高数量的I.1c序列相关。Lanzén等人[73]报告了与最近清除的遗址相比，在被较密集植被覆盖的土壤中，I.1c型thaumarchaeota的丰度更高，并且考虑到频繁的火灾极大地改变了塞拉多的植被结构和组成[33.]，较密的木材覆盖可能导致长期受火灾保护的地点土壤中较高的I.1c亚群丰度。然而，为了更好地了解火灾对塞拉多土壤中不同Thaumarchaeota亚群丰度的可能作用，定量研究是必要的。

有趣的是，amoA比较表明，AOA多样性较高（表1）2)和更多的单独otu(图3（b）)尽管对16S rRNA基因序列的分析未显示出这种差异，但在频繁燃烧现场的土壤中（表1）1,图3（a）)．此外，尽管所有的thaumarchaeal 16S rRNA序列都聚集在I.1b和I.1c亚群中amoA对照样品中鉴定的OTU与Ca．亚硝基索talea devanaterra，一种与I.1a谱系相关的生物。这些结果强调了使用不同的分子标记来更好地描述环境微生物群落的重要性，这是一个正在越来越多地被讨论的方面[12.，74，75]．发现许多amoA序列没有与任何以前培养的AOA分组，特别是在对照区土壤(图5)，表明塞拉多土壤中存在未知的AOA。

估计更大amoA在同样的条件下，由于I.1b 16S rRNA thaumarchaeal序列广泛与陆地生境的氨氧化有关，因此，灼烧区土壤的多样性和OTU数与较高数量的I.1b 16S rRNA thaumarchaeal序列检测结果一致[58，76，77]．此外，在两年焚烧区土壤中检测到较低的铵态氮浓度，考虑到较低的铵态氮有效性有利于土壤中AOA的生长[78，79，这个因素可能导致了更高amoA在这个地点发现了多样性。

在澳大利亚湿硬叶林区(受火灾保护或两年一次的燃烧处理)检测到土壤AOA和AOB(氨氧化细菌)群落的组成差异[80]，随着古细菌的变化amoA结果表明，AOB群落的丰度和基因型变化可能导致氮素循环紊乱。然而，观测到的差异主要是由于在评估站点之间的土壤关键参数检测到的变化。因此，不同生态系统的频繁火灾可能通过不同的机制对土壤AOA群落产生长期影响。

塞拉多生境中AOA活性和多样性的研究较少。研究表明，来自该生物群落的土壤的硝化速率通常较低[81]和低AOA和AOB丰度的土壤已被报道来自塞拉多植物地貌的本地土地Campo Sujo.［82]然而，值得指出的是，尽管在Cerrado生物群落内的管理系统中发现了氨氧化剂丰度和土壤N动态的短期变化[82]，目前还没有研究探讨自然生态事件对塞拉多土壤硝化菌群落的影响，特别是对AOA的影响。因此，本研究提出了重复火灾引起的植被覆盖变化可能对这些群落产生的影响。需要更多的研究来确定自然生态事件，如季节性和不同的火灾制度对该生物群落的作用，以及它们的生态作用。

5.结论

我们的研究表明，在典型的塞拉多地区，I.1b和I.1c Thaumarchaeota占优势美国这篇来自长期受火灾保护或经常受火灾影响地区的土壤。虽然16S rRNA基因推断的古菌群落总体丰富度和多样性在研究条件之间似乎没有很大差异，amoA基因分析表明，两年焚烧区土壤具有较高的多样性和独特的OTU数量。此外，我们还观察到thaumarchaeal亚群I.1b和I.1c的相对丰度可能存在差异，在长期受火灾保护的土壤中检测到较多的I.1c序列，在经常被烧毁的地区检测到较多的I.1b序列。我们的结果表明，频繁的火灾引起的植被结构的改变可能会对塞拉多土壤的古菌群落组成造成长期影响，特别是潜在的氨氧化剂。需要进一步的研究来确定频繁的火灾会在多大程度上影响这一独特的巴西生物群落的土壤中古菌丰度和氮循环的潜在作用。

数据可用性

本研究获得的序列保存在GenBank数据库中，登录号为KR828099-KR828564 (16S rRNA基因)和KR828565-KR828812 (16S rRNA基因)。amoA基因)。

的利益冲突

作者声明他们没有利益冲突。

致谢

该研究得到了全国科技发展委员会（CNPQ），巴西联邦委员会支持和评估研究生教育（CAPES），以及Distrito Federal（FAPDF）的研究支持基金会的支持。A. Belmok和F. A. C. Lopes致谢披肩。

补充材料

补充表1：巴西巴西利亚Ecológica do IBGE保护区控制区（C）和燃烧区（Q）的Cerrado sensu stricto土壤的物理化学参数。星号表示Welch的统计差异 -测试分析。补充表2:本研究评估的每个16S rRNA和amoA基因库的高质量序列数。补充图1:巴西巴西利亚Reserva Ecológica do IBGE控制区(C)和烧毁区(Q) Cerrado sensu stricto土壤样品中古菌16S rRNA基因序列的稀疏曲线(序列相似性为97%)。补充图2:巴西巴西利亚Reserva Ecológica do IBGE的古菌群落(由16S rRNA基因推断)非测量多维尺度(NMDS)图，该图取自Cerrado sensu stricto受火灾保护的土壤(C)和遭受两年一次火灾的土壤(Q)。（补充材料）

参考文献

1. J. C. Auguet, A. Barberan, E. O. Casamayor，《未培养古菌的全球生态模式》，ISME日报，第4卷，第4期。2，页182-190,2010。视图:出版商网站|谷歌学者
2. C. Schleper, G. Jurgens, M. Jonuscheit，《未培养古菌的基因组研究》，自然评论微生物学，第3卷，第2期。6，页479-488,2005。视图:出版商网站|谷歌学者
3. D.H.Buckley，J.R.Graber和T.M.Schmidt，“克纳契奥塔王国非嗜热成员的系统发育分析及其在土壤中的多样性和丰度，”应用与环境微生物学号，第64卷。11、1998年。视图:谷歌学者
4. T. Ochsenreiter, D. Selezi, A. Quaiser, L. Bonch-Osmolovskaya, C. Schleper，“通过16S RNA调查和实时PCR研究陆生克雷古菌的多样性和丰度”，环境微生物学，第5卷，第9期，第787-797页，2003年。视图:出版商网站|谷歌学者
5. D. Kemnitz, S. Kolb，和R. Conrad， "丰富的Crenarchaeota在温带酸性森林土壤中《微生物生态学，第60卷，第2期3，页442-448,2007。视图:出版商网站|谷歌学者
6. “土壤pH值对氨氧化古菌和细菌多样性、丰度和转录活性的影响”，环境微生物学，第10卷，第5期。11, pp. 2966-2978, 2008。视图:出版商网站|谷歌学者
7. K.Zhalnina，P.D.de Quadros，F.A.O.Camargo和E.W.Triplett，“土壤中古细菌氨氧化群落的驱动因素，”微生物学前沿， 2012年第3期。视图:出版商网站|谷歌学者
8. 张丽敏，P. R. Offre，何建中，D. T. Verhamme, G. W. Nicol, J. I. proser，“土壤中细菌自养氨氧化”，美国国家科学院的诉讼程序，第107卷，第2期40，页17240 - 17245,2010。视图:出版商网站|谷歌学者
9. A. Spang, A. Weidler, A. Lanzen, C. Schleper，“土壤类群中氨氧化古菌的宏基因组分析”，微生物学前沿， 2012年第3期。视图:出版商网站|谷歌学者
10. M.Pester、T.Rattei、S.Flechl等人，”amoA基于共识的氨氧化古菌系统发育和深度测序amoA来自四个不同地理区域的土壤的基因，“环境微生物学第14卷第2期2, pp. 525-539, 2012。视图:出版商网站|谷歌学者
11. E. F. DeLong，《万物适度:古菌作为‘非极端微生物’》遗传学与发展的最新观点，第8卷，第2期6、1998年。视图:出版商网站|谷歌学者
12. C. Brochier-Armanet, B. Boussau, S. Gribaldo，和P. Forterre，“中亲Crenarchaeota:第三个古生菌门，Thaumarchaeota的建议”，自然评论微生物学，第6卷，第2期3，页245-252,2008。视图:出版商网站|谷歌学者
13. R. J. E. Alves, B. Q. Minh, T. Urich, A. von Haeseler，和C. Schleper，“统一氨氧化古菌的全球系统发育和环境分布基于amoA基因。”自然通讯，第9卷，第5期。1、2018年第1517条。视图:出版商网站|谷歌学者
14. T. Rodrigues, A. Belmok, E. Catão，和C. M. Kyaw，“自然环境中的古生菌和对巴西环境的影响，”archaea.， 2016年第1期，文章编号1259608,14页，2016年。视图:出版商网站|谷歌学者
15. E. Catão, A. P. Castro, C. C. Barreto, R. H. Krüger, C. M. Kyaw，“巴西稀树草原土壤中古菌的多样性”，档案的微生物学第195卷第1期7, pp. 507-512, 2013。视图:出版商网站|谷歌学者
16. R. M. Etto, L. M. Cruz, E. C. Jesus等人，“巴西南部大西洋森林酸性泥炭地的原核生物群落”，巴西微生物学杂志号，第43卷。2, pp. 661-674, 2012。视图:出版商网站|谷歌学者
17. J. E. Lima-Perim, E. M. Romagnoli, F. Dini-Andreote, A. Durrer, A. C. F. Dias，和F. D. Andreote，“将大西洋热带雨林中细菌和古细菌群落的组成与土壤和植物群组成的特征联系起来”，普罗斯一体，第11卷，第5期。1, article e0146566, 2016。视图:出版商网站|谷歌学者
18. R. G. Taketani和S. M. Tsai，“基于16S rRNA的亚马逊人类土中不同土地使用对古菌群落结构的影响amoA基因。”微生物生态学，第59卷，第4期，第734-743页，2010年。视图:出版商网站|谷歌学者
19. D. D. Tupinambá， M. E. Cantão, O. Y. A. Costa等人，“与亚马逊森林土壤油棕种植相关的古菌群落变化”，archaea.， 2016年第3期，文章编号3762159,14页，2016年。视图:出版商网站|谷歌学者
20. N. Myers，R. A. Mittermeier，C. G. Mittermeier，G. A. B.Da Fonseca和J. Kent，“生物多样性热点，用于保护优先事项”，自然第403卷第4期2000年。视图:出版商网站|谷歌学者
21. J. F. Ribeiro和B. M. T. Walter的《Fitofisionomias do biooma Cerrado》塞拉多环境植物群萨诺(s.m. Sano)和阿尔梅达(s.p. Almeida)。，pp. 89–168, DF: Embrapa-CPAC, Planaltina, Brazil, 1998.视图:谷歌学者
22. l·m·库蒂尼奥(L. M. Coutinho)，《巴西塞拉多的生态之火》(Fire in the ecology of the Brazilian Cerrado)热带生物群-生态系统的火灾过程和全球挑战， J. G. Goldammer, Ed.，第82-105页，施普林格，1990。视图:出版商网站|谷歌学者
23. G. Eiten，“Vegetação do Cerrado”在塞拉多:caracterização, ocupação e perspective， M. novaespinto, Ed.，第17-73页，巴西利亚大学出版社，Brasília, 1994。视图:谷歌学者
24. M. F. Simon, R. Grether, L. P. de Queiroz, C. Skema, R. T. Pennington，和C. E. Hughes，“塞拉多是一个新热带植物多样性热点，通过适应火灾的就地进化，”美国国家科学院的诉讼程序，第106卷，第48号，第20359-20364页，2009年。视图:出版商网站|谷歌学者
25. M. B. Ramos-Neto和V.R.Pivello，“闪电在巴西大草原国家公园：重新思考的管理策略”，“环境管理第26卷第2期6，页675 - 684,2000。视图:出版商网站|谷歌学者
26. H. França, M. B. Ramos-Neto，和A. Setzer，《O fogo no Parque Nacional das Emas》联赛Biodiversidade， vol. 27, pp. 1-140, Ministério do Meio Ambiente, Brasília，巴西，2007。视图:谷歌学者
27. H. S. Miranda, M. N. Sato, W. N. Neto，和F. S. Aires，《巴西热带草原塞拉多的火灾》热带火生态学:气候变化、土地利用和生态系统动态，第427-450页，Springer Praxis，2009年。视图:出版商网站|谷歌学者
28. M. N. Sato和H. S. Miranda，《植物的死亡期限》对凯玛达斯的影响是áreas的H. S. Miranda, C. H. Saito，和B. F. S. Dias, Eds。，pp. 102–111, ECL/University of Brasília, Brasília, Brazil, 1996.视图:谷歌学者
29. w·a·霍夫曼(W. A. Hoffmann)和o·t·索布里格(O. T. Solbrig)，“顶杀在热带稀树草原木本物种对火灾的不同反应中的作用，”森林生态与经营，第180卷，第1期。1-3页，273-286,2003。视图:出版商网站|谷歌学者
30. M.B.Medeiros和H.S.Miranda，“三年内塞拉多木本植物物种的火灾后再呼吸和死亡，”爱丁堡植物学杂志，第65卷，第5期1，页53-68,2008。视图:出版商网站|谷歌学者
31. P. Cirne和H. S. Miranda， "规定的火灾对种子的存活和释放的影响科里亚克尔梅耶拉酒店(Spr)。集市。(藤萝科)产于巴西中部的热带稀树草原，”巴西植物生理学杂志，第20卷，第2期。3，页197 - 204,2008。视图:出版商网站|谷歌学者
32. W. a . Hoffmann，“新热带稀树草原木本植物燃烧后的繁殖:有性繁殖和营养繁殖的相对重要性”，应用生态学杂志第35期3，第422-433页，1998。视图:出版商网站|谷歌学者
33. A. G. Moreira，“火灾保护对巴西中部草原结构的影响”，中国生物地理学杂志第27卷第2期4、2000年。视图:出版商网站|谷歌学者
34. G. B. Nardoto, M. M. da Cunha Bustamante, A. S. Pinto, C. A. Klink，“巴西中部稀树草原地区生态系统和物种层面的养分利用效率和火灾的影响”，热带生态学杂志第22卷第2期2，pp。191-201,2006。视图:出版商网站|谷歌学者
35. L. F. Daibes, T. Zupo, F. A. O. Silveira，和A. Fidelis，“火灾和温度波动对塞拉多豆科植物种子影响的实地观察”，种子科学研究第27卷第2期2, pp. 74-83, 2017。视图:出版商网站|谷歌学者
36. D.C.Close，N.J.Davidson，D.W.Johnson等人，“在澳大利亚一些森林中，在没有火灾的情况下，桉树的过早衰退和生态系统过程的改变，”植物评论，第75卷，第5期2，页191-202,2009。视图:出版商网站|谷歌学者
37. S. C. Hart, T. H. DeLuca, G. S. Newman, M. D. MacKenzie, and S. I. Boyle，“火灾后植被动态作为森林土壤微生物群落结构和功能的驱动因素”，森林生态与经营号，第220卷。1-3，页166 - 184,2005。视图:出版商网站|谷歌学者
38. B. Stres，T.Danevčič，L. Pal等，“温度和土壤水分含量对细菌，古物和反硝化微生物群落的影响，芬兰草原土壤微古满复及”《微生物生态学第66期1，页110-122,2008。视图:出版商网站|谷歌学者
39. S. T. Bates, D. Berg-Lyons, J. G. Caporaso, W. A. Walters, R. Knight，和N. Fierer，“研究土壤中占优势的古细菌种群的全球分布”，ISME日报，第5卷，第5期。5, pp. 908-917, 2011。视图:出版商网站|谷歌学者
40. Y. Shi，J.M. Adams，Y.Ni等，“藏藏高原地区土壤古群落的生物地理”，科学报告，第6卷，第2期1、2016年第38893条。视图:出版商网站|谷歌学者
41. IBGE,IBGE生态保护区-血管性足底环境， Instituto Brasileiro de Geografia e Estatística, Estudos e Pesquisas, Informação Geográfica 3，里约热内卢de Janeiro，巴西，2004。
42. R核心团队,R:统计计算的语言和环境， R统计计算基金会，奥地利维也纳，2018。
43. E. F. DeLong，《沿海海洋环境中的古生菌》，美国国家科学院的诉讼程序，第89卷，第89期。12，PP。5685-5689,1992。视图:出版商网站|谷歌学者
44. C.A.Francis、K.J.Roberts、J.M.Beman、A.E.Santoro和B.B.Oakley，“氨氧化古菌在海洋水柱和沉积物中的普遍性和多样性，”美国国家科学院的诉讼程序，卷。102，没有。41，PP。14683-14688,2005。视图:出版商网站|谷歌学者
45. T.Z.DeSantis，P.Hugenholtz，N.Larsen等人，“Greengenes，一个嵌合体检查的16S rRNA基因数据库和与ARB兼容的工作台，”应用与环境微生物学第72卷第2期7, pp. 5069-5072, 2006。视图:出版商网站|谷歌学者
46. P. D. Schloss，S.L.Westcott，T. Ryabin等，“介绍Mothur：Open-Source，独立，独立的社区支持的软件，用于描述和比较微生物社区，”应用与环境微生物学，第75卷，第5期23, pp. 7537-7541, 2009。视图:出版商网站|谷歌学者
47. M. A. Larkin, G. Blackshields, N. P. Brown等，“Clustal W and Clustal X version 2.0”，生物信息学，第23卷，第2期。21，页2947-2948,2007。视图:出版商网站|谷歌学者
48. a . Chao，“种群中类数的非参数估计”，斯堪的纳维亚统计杂志， 1984年，第11卷，265-270页。视图:谷歌学者
49. A. Chao和S. M. Lee，《通过样本覆盖估计班级数量》，美国统计协会杂志，第87卷，第2期417页，第210-217页，1992。视图:出版商网站|谷歌学者
50. c·e·香农和w·韦弗，传播的数学理论，伊利诺斯大学出版社，伊利诺斯州厄巴纳，美国，1949。
51. P. D. Schloss和J. Handelsman，《微生物普查现状》，微生物学与分子生物学评论，第68卷，第4期，第686-6912004页。视图:出版商网站|谷歌学者
52. D. H. Parks, G. W. Tyson, P. Hugenholtz，和R. G. Beiko，《STAMP:分类和功能概况的统计分析》，生物信息学，第30卷，第2期21, pp. 3123-3124, 2014。视图:出版商网站|谷歌学者
53. R. C. Edgar，“MUSCLE:高精度、高通量的多序列比对”，核酸研究，卷。32，不。5，PP。1792-1797,2004。视图:出版商网站|谷歌学者
54. M. N. Price, P. S. Dehal, and A. P. Arkin，“FastTree 2 -用于大对齐的近似最大似然树”，普罗斯一体，第5卷，第5期。3，文章e9490, 2010。视图:出版商网站|谷歌学者
55. J. Mistry，《巴西塞拉多(热带草原)的火灾:生态评论》，自然地理学进展第22卷第2期4, 1998。视图:出版商网站|谷歌学者
56. V. R. Pivello，“巴西塞拉多和亚马逊雨林的火的使用:过去和现在，”火灾生态学，第7卷，第5期1, pp. 24-39, 2011。视图:出版商网站|谷歌学者
57. J. B.考夫曼，D. L.卡明斯，D. E.沃德，“巴西塞拉多植被梯度上的火、生物量和养分动态关系”，《生态学杂志》，第82卷，第2期3，页519-531,1994。视图:出版商网站|谷歌学者
58. Wu Y.， R. Conrad，“a .1b类群Thaumarchaeota在酸性红壤中的氨氧化依赖性生长”，《微生物生态学，第89卷，第89期。1, pp. 127-134, 2014。视图:出版商网站|谷歌学者
59. G. Jurgens, K. Lindström和A. Saano，《北方森林土壤中的Crenarchaeota王国的新群体》，应用与环境微生物学，第63卷，第2期2，第803-805页，1997。视图:谷歌学者
60. L. E. Lehtovirta, J. I. Prosser, G. W. Nicol，“土壤pH值调节1.1c群Crenarchaeota的丰度和多样性”，《微生物生态学，第70卷，第2期3, pp. 367-376, 2009。视图:出版商网站|谷歌学者
61. N. Stopnišek, C. Gubry-Rangin, S. Höfferle, G. W. Nicol, I. Mandič-Mulec，和J. I. Prosser，“酸性森林泥炭土壤中Thaumarchaeal氨氧化不受铵盐修正的影响”，应用与环境微生物学，第76卷，第76期22页，7626-7634,2010。视图:出版商网站|谷歌学者
62. S. Timonen和M. Bomberg，“干燥土壤环境中的古生菌”，植物化学评论，第8卷，第2期3，页505-518,2009。视图:出版商网站|谷歌学者
63. M. Haridasan，“酸性土壤中塞拉多生物群落原生植物的营养适应性”，巴西植物生理学杂志，第20卷，第2期。3，页183 - 195,2008。视图:出版商网站|谷歌学者
64. E. B. Weber, L. E. Lehtovirta-Morley, J. I. Prosser, C. Gubry-Rangin，“1.1c组土壤Thaumarchaeota的生长不需要氨氧化，”《微生物生态学第91卷第1期3, 2015。视图:出版商网站|谷歌学者
65. T. Rodrigues, E. Catão, M. M. C. Bustamante, B. F. Quirino, R. H. Kruger，和C. M. Kyaw，“巴西大草原湖泊沉积物古菌群落的季节效应”，archaea.， 2014年，第957145篇，9页，2014。视图:出版商网站|谷歌学者
66. 王瑞祥，王宏，龚磊，满斌，徐勇，“深海古菌群落在不同陆地环境中的分布及其潜在生态功能”，科学报告，第7卷，第5期第45028条，2017年。视图:出版商网站|谷歌学者
67. Yu T.， Liang Q.， Niu M.， and F. Wang，“利用新设计的PCR引物定量分析南海深海沉积物中深海古菌(MCG)的高出现率”，环境微生物学报告，第9卷，第5期。4, pp. 374-382, 2017。视图:出版商网站|谷歌学者
68. Z. Zhou，J.Pan，F. Wang，J. D.Gu和M. Li，“Bathyarchaeota：缺氧环境中的全球分布代谢通用者”《微生物学检查，第42卷，第2期5，第639-655页，2018。视图:出版商网站|谷歌学者
69. 孟，徐，秦，何Y，肖X和王F，“通过元基因组和基因表达分析评估未培养MCG古菌的遗传和功能特性，”ISME日报，第8卷，第3期，第650-6592014页。视图:出版商网站|谷歌学者
70. K. G. Lloyd, L. Schreiber, D. G. Petersen等人，“海洋沉积物中的主要古菌降解碎屑蛋白，”自然，第496卷，第2期。2013年。视图:出版商网站|谷歌学者
71. P. N. Evans, D. H. Parks, G. L. Chadwick等人，“由基因组中心宏基因组揭示的古生菌门深海古生菌中的甲烷代谢”科学，第350卷，第6259号，第434-438页，2015年。视图:出版商网站|谷歌学者
72. M.邦伯格，《难以捉摸的北方森林Thaumarchaeota》农学，第6卷，第2期2，第36页，2016。视图:出版商网站|谷歌学者
73. A. Lanzén, L. Epelde, C. Garbisu等人，“山地牧场土壤中原核生物和真菌的群落结构高度相关，主要受pH的影响，”微生物学前沿， 2015年第6卷，第1321条。视图:出版商网站|谷歌学者
74. J. R. Freeland，“分子标记和引物设计在从环境DNA描述生物多样性时的重要性”，基因组，第60卷，第2期4, pp. 358 - 372, 2017。视图:出版商网站|谷歌学者
75. A. Patardhan，S. Ray和A. Roy，“系统发育研究中的分子标记 - 审查”系统发育与进化生物学杂志，第2卷，第2期2, p. 131, 2014。视图:出版商网站|谷歌学者
76. R. Hatzenpichler，“氨氧化古菌的多样性、生理学和生态位分化”，应用与环境微生物学第78期21, pp. 7501-7510, 2012。视图:出版商网站|谷歌学者
77. J.-G.Kim，M.-y.Jung，S.-J.Park等人，“从农业土壤中培养高度富集的氨基氧化群I.1b的氨基氧化群岛，”环境微生物学第14卷第2期6, pp. 1528-1543, 2012。视图:出版商网站|谷歌学者
78. A. Daebeler, P. L. E. Bodelier, M. M. Hefting，和H. J. Laanbroek，“氨限制条件导致火山草原土壤中Thaumarchaeal优势”，《微生物生态学第91卷第1期3, 2015。视图:出版商网站|谷歌学者
79. 郑磊，赵旭东，朱国伟，杨伟，夏春来，徐廷涛，“土壤表层和地下水位以下氨氧化古菌和细菌的赋存和丰度及其对硝化作用的贡献”，微生物学，第6卷，第4期，第e00488页，2017年。视图:出版商网站|谷歌学者
80. 龙向东，陈灿，徐志宏，何建忠，“长期焚烧下湿硬叶林土壤氨氧化物质丰度和群落结构的变化”，全环境科学， vol. 470-471, pp. 578-586, 2014。视图:出版商网站|谷歌学者
81. G. B. Nardoto和M.M.Da Cunha Bustamante，“火灾对土壤氮动力学和微生物生物量的影响”中央巴西大草原，“尽管Agropecuaria Brasileira，卷。38，不。8，pp。955-962，2003。视图:出版商网站|谷歌学者
82. E. C. P. Catão, F. a . C. Lopes, M. R. Rubini, G. B. Nardoto, J. I. Prosser, R. H. Krüger，“通过耦合不同技术揭示的大豆管理对恢复中的巴西热带草原氨氧化剂的短期影响”，土壤生物学与肥力号，第52卷。3, pp. 401-412, 2016。视图:出版商网站|谷歌学者

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