古

海草定植通过沉积海草纤维和从根部释放有机碳和氧来改变沉积物的物理化学性质。这种海草定殖诱导的空间异质性如何影响古菌群落结构和丰度仍不清楚。在这项研究中，我们调查了古细菌的丰度、多样性和组成，包括植被和邻近的裸表面沉积物大叶藻草地。16S rDNA高通量测序表明Woesearchaeota，Bathyarchaeota,Thaumarchaeota是所有样本中最丰富的门，分别约占古菌群落总数的42%、21%和17%。就相对丰度而言，Woesearchaeota和Bathyarchaeota分别为这两个壁龛之间不显著不同;然而，具体的亚类型（Woese-3，Woese-21，BATHY-6，BATHY-18）分别在显著植被沉积物富集的（ ）而Thaumarchaeota在无植物的地方( ）。古菌16S rRNA基因定量表明，绝对丰富了整个古界，Bathyarchaeota，而在植被覆盖的沉积物中，Woese-3、Woese-10、Woese-13和Woese-21的含量显著高于裸地( ）。我们的研究扩展了古菌在海草系统中的分布模式和生态位偏好的现有知识，特别是对于不同的亚支Woesearchaeota和Bathyarchaeota，包括相对比例和绝对数量。

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接种源起着废水的厌氧处理了至关重要的作用。脂质是存在于各种废水和具有高的产甲烷潜力，但它们的水解导致产生的长链脂肪酸（LCFAs）是抑制性的厌氧微生物。对于含有长链脂肪酸-废水的厌氧处理的接种物筛选已在嗜温和嗜热条件被执行。然而，接种的用于从含有长链脂肪酸的废水产生甲烷的评价还未在低温和需要进行的将要进行。在这项研究中，三次接种（一种颗粒状污泥和两个市政污泥消化器）是从在低温下（10和20℃）含有长链脂肪酸合成乳品废水（SDW）评估甲烷产生。甲烷产率（基于ML-CH₄/ g-COD_添加)未经驯化的颗粒污泥可在10天内产生86-65%的乙酸盐和45-20%的SDW，而城市消化池污泥仅在20℃时产生甲烷，即使经过200天的孵化也不能在10℃时产生甲烷。研究发现，接种物中的醋酸营养活性对低温条件下LCFA产甲烷起着至关重要的作用Methanosaeta（乙酸分解古细菌）在低温下。细菌类群的来自家庭的存在Syntrophaceae（Syntrophus未培养的类群)在接种物中被发现对10℃下SDW产甲烷有重要作用。本研究建议通过高通量扩增子测序来评价醋酸营养化活性和初始微生物群落特征，以选择在低温(10°C以下)从含脂废水中生产甲烷的接种物。

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微生物很好地适应了它们的栖息地，但对其他生物体分泌的有毒代谢物或非生物化合物或在各自环境条件下化学形成的化合物部分敏感。嗜热嗜酸菌受到焦谷氨酸盐的挑战，焦谷氨酸盐是在好氧嗜热嗜酸条件下由谷氨酸环化自发形成的内酰胺。已知，生长的热嗜酸古菜Saccharolobus solfataricus（以前硫化叶菌solfataricus）由焦谷氨酸完全抑制。在本研究中，我们调查的生长焦谷氨酸的作用S.叶菌和近亲crenarchaeon硫化叶菌acidocaldarius。相比S.叶菌，酸杆菌S.以焦谷氨酸为唯一碳源成功栽培。生物信息学分析表明，这两个成员Sulfolobaceae至少有一个5-氧脯氨酸酶的候选，它催化atp依赖的焦谷氨酸转化为谷氨酸。在S.叶菌中，我们观察表明焦谷氨酸不太有效的降解焦谷氨酸和粗细胞提取物测定法的胞内积累。显然，酸杆菌S.在碳水化合物方面似乎没有那么多用途，而且相比于S.叶菌。Concludingly，酸杆菌S.显示出更有效的利用焦谷氨酸，不受这种化合物的抑制，使它成为一个更好的候选人，在高温含谷氨酸介质的应用。

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关于形成在太平洋中部海底繁荣的古菌群的环境条件的资料是有限的。本研究旨在研究太平洋深海沉积物中整个古细菌群落和潜在的活跃古细菌群落的多样性、组成和功能。为此目的，沿太平洋中部180°子午线采集了沉积物样品。利用针对古菌16S rRNA基因和转录本的Illumina标记测序，对群落组成和多样性进行了评价。古菌群落以念珠菌为主Nitrosopumilus（Thaumarchaeota)和其他成员Nitrosopumilaceae（Thaumarchaeota)，但第二组海洋生物的相对丰度较高(Euryarchaeota）在活性中观察到相比于整个古细菌群落。整个和有源古细菌群落的组合物密切相关的初级生产（叶绿素含量），解释方差的40％以上。此外，我们发现在整个古细菌群落的组成，以纬度和硅酸含量的强相关性，而活性社区被显著与初级生产和氧化铁含量相关。我们预测来自的16S rRNA数据的功能配置文件，以评估古社区功能。纬度与整个社区的功能简被显著相关，而这些活性区域被显著用硝酸和叶绿素含量相关。本研究结果提供了第一个见解在太平洋和环境条件的底栖生物群落古塑造他们的多样性，分布和功能。此外，他们可能会作为进一步研究的调查古殖民深海沉积物中的模板。

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描述了一种允许有效合成蛋白质的系统在体外在高温度。它是基于使用未分离的细胞裂解液(S30)硫化叶菌solfataricus以前在我们的实验室中，转录前mrna的翻译已经得到了很好的表征，现在已经可以进行耦合转录和翻译。该表达系统的基本元素是一个强启动子S.叶菌编码的rRNA-16S / 23S基因，从该特异性mRNA可以高效率地转录。两种不同蛋白质的合成的报道，其中包括S.叶菌DNA-alkylguanine-DNA-alkyl-transferase蛋白(党卫军结果表明，适当的荧光底物可以成功地标记和显示在细胞提取物中。实验过程的简单性和蛋白质的特异性活性为研究蛋白质的结构-功能关系提供了多种可能性。

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塞拉多生物群落与巴西的大片区域相对应，被认为是生物多样性的热点地区。频繁的火灾是该生物群落的自然特征，对植被的结构和组成有一定的影响。然而，持续的人为活动正在促进火灾频率和季节性的变化。尽管塞拉多具有高度的生物多样性，但人们对它的微生物群落了解甚少，很少有出版物描述在这个生物群落中发现的细菌和真菌群落的某些方面，几乎没有关于古菌的文献。在这项研究中，我们描述了塞拉多古细菌的多样性狭义土壤:使用16S rRNA和16S rRNA，比较长期不受火灾影响地区的古细菌群落和两年一度受火灾影响地区的古细菌群落amoA基因作为分子标记。几乎所有来自这两个研究区域的16S rRNA序列都与I.1b和1.1 1c有关Thaumarchaeota在地球环境中经常发现的群体。虽然在研究区域间的始祖鸟16S rRNA的丰富度和多样性没有统计学上的显著差异，但在频繁烧伤区域发现了较高的I.1b始祖鸟亚群相对丰度。许多氨化氧化古菌(AOA)属于这一类群，这与较高的类群一致amoA多样性和OTU号码定期烧毁面积检测。总之，我们的结果表明，尽管总的古社区的丰富性和多样性似乎并没有被调查的条件之间有很大的不同，木材及植物结构的变化引起的火灾频发在塞拉多土壤AOA多样性可能造成长期的影响。

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