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古生菌

1472 - 3654 1472 - 3646

Hindawi

10.1155 / 2019/6957210 6957210

研究文章

长期影响期刊火灾从巴西Cerrado古社区土壤

http://orcid.org/0000 - 0002 - 8524 - 3727 Belmok 艾琳 ¹

http://orcid.org/0000 - 0001 - 7782 - 9333 Rodrigues-Oliveira 蒂亚戈 ¹

http://orcid.org/0000 - 0002 - 4565 - 9103 洛佩斯 Fabyano a . C。 ¹ ²

http://orcid.org/0000 - 0003 - 1417 - 4215 米兰达 Heloisa年代。 ³

http://orcid.org/0000 - 0002 - 8443 - 9402 克鲁格里卡多·H。 ¹

http://orcid.org/0000 - 0002 - 0876 - 9717 觉辛西娅·M。 ¹

惠特曼威廉·B。

^{1

生物科学学院

细胞生物学系

巴西利亚大学

70910 - 900年巴西利亚

DF

巴西

unb.br} ^{2

生物科学学院

生物化学和分子生物学

戈亚斯联邦大学的

74690 - 900年哥亚尼亚

去

巴西

ufg.br} ^{3

生物科学学院

生态学系

巴西利亚大学

70910 - 900年巴西利亚

DF

巴西

unb.br}

2019年

27 1 2019年

2019年 31日 08年 2018年 11 10 2018年 18 11 2018年 27 1 2019年

这是一个开放的文章在知识共享归属许可下发布的,它允许无限制的使用,分布和繁殖在任何媒介,提供最初的工作是正确的引用。

塞拉多生态区对应于一个广泛的巴西和被认为是生物多样性热点地区。频繁的火灾在这个生物群落自然特性和影响植被结构和组成。然而,连续人为行动促进火灾频率和季节性的变化。尽管高生物多样性的塞拉多,对其微生物所知甚少,很少有出版物描述细菌和真菌的社区发现的某些方面在这个生物群落对古生菌和几乎没有引用。在这项研究中,我们描述了在塞拉多古细菌多样性美国这篇土壤,比较热点的社区从土壤。长期以来,该地区免受火灾暴露于两年一次火灾,使用16 s rRNA和 amoA基因的分子标记。几乎所有的16 s rRNA序列研究地区隶属于I.1b和1.1摄氏度 Thaumarchaeota,一般组在陆地环境中检测到。更高的相对丰度I.1b thaumarchaeal子群发现频繁烧毁地区虽然没有统计上显著的差异在古细菌16 s rRNA研究领域之间的丰富性和多样性。许多ammonia-oxidizing古生菌(AOA)是隶属于这个群体,这是符合更高 amoA多样性和OTU数字检测到在该地区定期焚烧。综上所述,我们的研究结果表明,虽然总古社区丰富性和多样性似乎并不大调查之间的差异条件下,改变木头盖和植被结构引起的频繁的火灾可能造成长期影响农产品协定的多样性在塞拉多土壤。 Fundacao de Apoio尽管做联邦直辖区 Coordenacao de Aperfeicoamento de Pessoal de含量优越慰问Nacional de Desenvolvimento Cientifico e学府 1。介绍</tgydF4y2Baitle> <p>建立的生物<gydF4y2Baitalic> 古生菌</gydF4y2Baitalic>领域无所不在地分布和代表原核细胞中发现的一个重要部分水生和陆地生态系统<gydF4y2Baxref ref-type="bibr" rid="B1"> 1</gydF4y2Baxref>,<gydF4y2Baxref ref-type="bibr" rid="B2"> 2</gydF4y2Baxref>]。一般来说,古生菌可以占总量的1 - 2%原核生物在温和的有氧土壤<gydF4y2Baxref ref-type="bibr" rid="B3"> 3</gydF4y2Baxref>在沙土[],达到5%<gydF4y2Baxref ref-type="bibr" rid="B4"> 4</gydF4y2Baxref>)甚至酸性森林土壤的38% (<gydF4y2Baxref ref-type="bibr" rid="B5"> 5</gydF4y2Baxref>]。此外,土壤古菌在氮循环的角色越来越讨论(<gydF4y2Baxref ref-type="bibr" rid="B6"> 6</gydF4y2Baxref>- - - - - -<gydF4y2Baxref ref-type="bibr" rid="B8"> 8</gydF4y2Baxref>),频繁检测ammonia-oxidizing古生菌(AOA)在这些环境中<gydF4y2Baxref ref-type="bibr" rid="B9"> 9</gydF4y2Baxref>,<gydF4y2Baxref ref-type="bibr" rid="B10"> 10</gydF4y2Baxref>]。尽管大多数古生菌土壤中发现(和其他嗜中温环境)最初分为集团我Crenarchaeota (<gydF4y2Baxref ref-type="bibr" rid="B11"> 11</gydF4y2Baxref>),他们现在分为成员Thaumarchaeota门(<gydF4y2Baxref ref-type="bibr" rid="B12"> 12</gydF4y2Baxref>),它包含所有已知AOA迄今为止(<gydF4y2Baxref ref-type="bibr" rid="B13"> 13</gydF4y2Baxref>]。</pgydF4y2Ba> <p>巴西是一个广为人知的大陆国家,有许多不同的陆地景观和生物群落。然而,尽管它的引人注目的生物多样性,研究关注巴西古细菌多样性的自然环境仍然匮乏,只有大约50个研究发表在过去的20年里根据最近的一项评估罗德里格斯et al。<gydF4y2Baxref ref-type="bibr" rid="B14"> 14</gydF4y2Baxref>]。大多数这些研究热点调查社区土壤从亚马逊或大西洋森林生物群落,但很少关注热点的多样性巴西的热带稀树草原,也称为塞拉多(<gydF4y2Baxref ref-type="bibr" rid="B15"> 15</gydF4y2Baxref>- - - - - -<gydF4y2Baxref ref-type="bibr" rid="B19"> 19</gydF4y2Baxref>]。这个生物群落是广泛和多样的,相应的最初大约22%的国家的领土。由于大量的地方性物种及其栖息地的不断退化,塞拉多被认为是一个热点保护优先级<gydF4y2Baxref ref-type="bibr" rid="B20"> 20.</gydF4y2Baxref>]。生物群落介绍不同的相术的形式,从草原到森林像植被(<gydF4y2Baxref ref-type="bibr" rid="B21"> 21</gydF4y2Baxref>]。最常见的地貌是塞拉多<gydF4y2Baitalic> 美国这篇</gydF4y2Baitalic>草原林地,持续分散的树木和灌木草本层和郁闭从20到50%<gydF4y2Baxref ref-type="bibr" rid="B21"> 21</gydF4y2Baxref>]。的季节性降雨、土壤养分差和火灾被认为是生物群落植被的决定因素(<gydF4y2Baxref ref-type="bibr" rid="B22"> 22</gydF4y2Baxref>,<gydF4y2Baxref ref-type="bibr" rid="B23"> 23</gydF4y2Baxref>]。</pgydF4y2Ba> <p>几千年来自然火灾发生在塞拉多(<gydF4y2Baxref ref-type="bibr" rid="B24"> 24</gydF4y2Baxref>),现在仍在转换过程中主要从干雨季(<gydF4y2Baxref ref-type="bibr" rid="B25"> 25</gydF4y2Baxref>,<gydF4y2Baxref ref-type="bibr" rid="B26"> 26</gydF4y2Baxref>]。然而,持续的占领和转换塞拉多大面积的农业和牧场增加了火频率和改变了火的季节。尽管许多塞拉多物种适应火(<gydF4y2Baxref ref-type="bibr" rid="B22"> 22</gydF4y2Baxref>),消防制度的变化强烈影响塞拉多的植被的结构和组成,主要是由于死亡率(<gydF4y2Baxref ref-type="bibr" rid="B27"> 27</gydF4y2Baxref>,<gydF4y2Baxref ref-type="bibr" rid="B28"> 28</gydF4y2Baxref>],topkill和它们从地下器官[<gydF4y2Baxref ref-type="bibr" rid="B29"> 29日</gydF4y2Baxref>,<gydF4y2Baxref ref-type="bibr" rid="B30"> 30.</gydF4y2Baxref>],在种群动态变化造成的损失繁殖投资和幼苗死亡率(<gydF4y2Baxref ref-type="bibr" rid="B31"> 31日</gydF4y2Baxref>,<gydF4y2Baxref ref-type="bibr" rid="B32"> 32</gydF4y2Baxref>),和显著增加草覆盖<gydF4y2Baxref ref-type="bibr" rid="B33"> 33</gydF4y2Baxref>]。大树冠覆盖的减少可以改变养分循环的减少主要是由于垃圾形成(<gydF4y2Baxref ref-type="bibr" rid="B34"> 34</gydF4y2Baxref>),温度变化由于草本层植物的差距(<gydF4y2Baxref ref-type="bibr" rid="B35"> 35</gydF4y2Baxref>),因此,土壤湿度的变化(<gydF4y2Baxref ref-type="bibr" rid="B36"> 36</gydF4y2Baxref>,<gydF4y2Baxref ref-type="bibr" rid="B37"> 37</gydF4y2Baxref>),所有这些都可能改变作文的热点社区(<gydF4y2Baxref ref-type="bibr" rid="B38"> 38</gydF4y2Baxref>- - - - - -<gydF4y2Baxref ref-type="bibr" rid="B40"> 40</gydF4y2Baxref>]。</pgydF4y2Ba> <p>在这项工作中,我们提出一个案例研究调查如果从典型的塞拉多古社区<gydF4y2Baitalic> 美国这篇</gydF4y2Baitalic>长期保护的地区从火灾不同于那些地区报两年一次的火灾在旱季。土壤样本来自的地区知名的火灾历史。十二个DNA库和测序,获得使用16 s rRNA 6<gydF4y2Baitalic> 古生菌</gydF4y2Baitalic>您使用古细菌基因和6<gydF4y2Baitalic> amoA</gydF4y2Baitalic>基因。由此产生的序列进行了分析评估在塞拉多古社区之间的差异<gydF4y2Baitalic> 美国这篇</gydF4y2Baitalic>从经常烧毁和耐火地区土壤。</pgydF4y2Ba> </sec> <sec id="sec2"> <title>2。材料和方法</tgydF4y2Baitle> <sec id="sec2.1"> <title>2.1。学习网站和土壤采样</tgydF4y2Baitle> <p>研究区域位于巴西的生态保护区地理和统计研究所(RECOR-IBGE), 35公里的巴西利亚,DF (15°55<gydF4y2Bainline-formula> <mml:math xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" id="M1"> <mml:msup> <mml:mrow></mml:mrow> <mml:mrow> <mml:mo> ′</米米l:mo> </mml:mrow> </mml:msup> </mml:math> </inline-formula>年代,47°51<gydF4y2Bainline-formula> <mml:math xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" id="M2"> <mml:msup> <mml:mrow></mml:mrow> <mml:mrow> <mml:mo> ′</米米l:mo> </mml:mrow> </mml:msup> </mml:math> </inline-formula>W)。保护区面积1360公顷,包括最常见的塞拉多如若。气候地区的Cwa Koppen的分类有两个定义良好的季节:旱季持续从6月到10月,雨季时发生的平均降水量1436毫米。平均温度在21°C,海拔从1048到1150不等。土壤通常是橙色系砖红壤(根据美国Acrustox分类)<gydF4y2Baxref ref-type="bibr" rid="B41"> 41</gydF4y2Baxref>]。</pgydF4y2Ba> <p>2013年9月,两个塞拉多<gydF4y2Baitalic> 美国这篇</gydF4y2Baitalic>地区对比和著名的火灾历史选择这项工作。20年来第一个区域是防止火灾(控制区= C),第二,4 m,提交中期两年一次的火政权旱季(8月)从1992年到2008年(燃烧面积=问,从葡萄牙语里的意思是燃烧-<gydF4y2Baitalic> Queimada</gydF4y2Baitalic>)(图<gydF4y2Baxref rid="fig1" ref-type="fig"> 1</gydF4y2Baxref>)。2011年9月,野火烧问而不影响c .因此,问从火保护2年之前,我们的研究。林冠覆盖在C和Q从32%变化到84%,从28%降至64%。草本层的地上部生物量C<gydF4y2Bainline-formula> <mml:math xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" id="M3"> <mml:mn> 6.3</米米l:mn> <mml:mo> ±</米米l:mo> <mml:mn> 1。4</米米l:mn> <mml:mtext> </mml:mtext> <mml:mi mathvariant="normal"> 米</米米l:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> g</米米l:mi> <mml:mo> /</米米l:mo> <mml:msup> <mml:mrow> <mml:mi mathvariant="normal"> 米</米米l:mi> </mml:mrow> <mml:mrow> <mml:mn> 2</米米l:mn> </mml:mrow> </mml:msup> </mml:math> </inline-formula>,草和福布斯代表总数的3%和12%。垃圾的干质量为5.4 Mg /公顷。总草本生物量在问<gydF4y2Bainline-formula> <mml:math xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" id="M4"> <mml:mn> 7.7</米米l:mn> <mml:mo> ±</米米l:mo> <mml:mn> 1。1</米米l:mn> <mml:mtext> </mml:mtext> <mml:mi mathvariant="normal"> 米</米米l:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> g</米米l:mi> <mml:mo> /</米米l:mo> <mml:msup> <mml:mrow> <mml:mi mathvariant="normal"> 米</米米l:mi> </mml:mrow> <mml:mrow> <mml:mn> 2</米米l:mn> </mml:mrow> </mml:msup> </mml:math> </inline-formula>,草和福布斯代表总数的35%和26%,和垃圾的干质量为3.0 Mg /公顷。</pgydF4y2Ba> <fig id="fig1"> <label>图1</gydF4y2Balabel> <p>塞拉多的位置<gydF4y2Baitalic> 美国这篇</gydF4y2Baitalic>抽样地点(用红色表示),在珍藏Ecologica IBGE,巴西利亚,巴西。塞拉多生物群落的分布在地图上用绿色表示。控制区域(C,左边),20年来一直免受火灾,燃烧面积,提交给两年一次的消防制度自1992年以来(Q,右边),突出显示。</pgydF4y2Ba> <graphic xlink:href="//www.newsama.com/downloads/journals/archaea/2019/6957210.fig.001"></graphic> </fig> <p>在每个领域中,三个土壤样本随机收集,在一个10 m×10 m情节,至少1米除了对方。土壤收集10厘米的深度与PVC管,直径10厘米,储存在−20°C到使用。每个区域土壤样品的理化性质由SoloQuimica注意de Ltda独奏。主成分分析(PCA)进行大量措施使用相关矩阵Factoextra v.1.0.3包由R v.3.2.2实现(<gydF4y2Baxref ref-type="bibr" rid="B42"> 42</gydF4y2Baxref>]。土壤理化性质的统计差异被韦尔奇的相比<gydF4y2Bainline-formula> <mml:math xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" id="M5"> <mml:mi> t</米米l:mi> </mml:math> </inline-formula>以及(<gydF4y2Bainline-formula> <mml:math xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" id="M6"> <mml:mi> α</米米l:mi> <mml:mo> <</米米l:mo> <mml:mn> 0.05</米米l:mn> </mml:math> </inline-formula>)使用R统计软件v.3.2.2 [<gydF4y2Baxref ref-type="bibr" rid="B42"> 42</gydF4y2Baxref>]。</pgydF4y2Ba> </sec> <sec id="sec2.2"> <title>2.2。DNA提取和16 s rRNA和<斜体> amoA < /斜体>基因图书馆建设</tgydF4y2Baitle> <p>土壤总DNA提取0.5 g的每个样本DNA PowerSoil隔离设备(莫生物实验室Inc .)根据制造商的指示。与引物进行PCR检测对21 f / 958 r (<gydF4y2Baxref ref-type="bibr" rid="B43"> 43</gydF4y2Baxref>)和拱amoAf /拱amoAr [<gydF4y2Baxref ref-type="bibr" rid="B44"> 44</gydF4y2Baxref>),和古细菌16 s rRNA<gydF4y2Baitalic> amoA</gydF4y2Baitalic>基因,分别。PCR检测都是在50<gydF4y2Baitalic> μ</gydF4y2Baitalic>L反应混合物,包含1到100 ng模板DNA, 1 x反应缓冲区(表达载体<gydF4y2Basup>®</gydF4y2Basup>),1.5毫米MgCl<gydF4y2Basub>2</gydF4y2Basub>(表达载体<gydF4y2Basup>®</gydF4y2Basup>),400 ng /<gydF4y2Baitalic> μ</gydF4y2Baitalic>牛血清白蛋白,0.5<gydF4y2Baitalic> μ</gydF4y2Baitalic>每个引物,200<gydF4y2Baitalic> μ</gydF4y2Baitalic>核苷酸(表达载体<gydF4y2Basup>®</gydF4y2Basup>),1.25 U<gydF4y2Baitalic> Taq</gydF4y2Baitalic>DNA聚合酶(表达载体<gydF4y2Basup>®</gydF4y2Basup>)。PCR实验在乔丹ptc - 100执行<gydF4y2Basup>®</gydF4y2Basup>(珀尔帖热周期)thermocycler,与先前描述[循环条件<gydF4y2Baxref ref-type="bibr" rid="B43"> 43</gydF4y2Baxref>,<gydF4y2Baxref ref-type="bibr" rid="B44"> 44</gydF4y2Baxref>]。放大DNA可视化在1%琼脂糖凝胶电泳和溴化乙锭染色(10毫克/毫升)。扩增子使用GeneJET纯化PCR净化设备(热科学<gydF4y2Basup>®</gydF4y2Basup>),克隆到pGEM-T容易<gydF4y2Basup>®</gydF4y2Basup>(Promega)向量,根据制造商的指示,变成了<gydF4y2Baitalic> 大肠杆菌</gydF4y2Baitalic>DH5<gydF4y2Baitalic> α</gydF4y2Baitalic>主管细胞热休克治疗。phenol-chloroform-isoamyl Plasmidial重组克隆的DNA提取的酒精在25岁:24:1(卷/卷/期)和被桑格测序方法Macrogen Inc .(韩国)。</pgydF4y2Ba> </sec> <sec id="sec2.3"> <title>2.3。系统和统计分析</tgydF4y2Baitle> <p>所有序列都将按照phr质量优于20多400个核苷酸。16 s rRNA基因序列被用于比较分析与绿色煤电分类数据库(<gydF4y2Baxref ref-type="bibr" rid="B45"> 45</gydF4y2Baxref>)使用Mothur v.1.24.1 [<gydF4y2Baxref ref-type="bibr" rid="B46"> 46</gydF4y2Baxref>身份阈值为90%或更高。尽管绿色煤电不考虑Thaumarchaeota作为一个单独的门(它被认为是一个crenarchaeotal类),在这项工作,我们认为在门分类学水平所显示Brochier-Armanet et al。<gydF4y2Baxref ref-type="bibr" rid="B12"> 12</gydF4y2Baxref>]。多个16 s rRNA和比对<gydF4y2Baitalic> amoA</gydF4y2Baitalic>基因序列进行Clustal X v . 2.1 [<gydF4y2Baxref ref-type="bibr" rid="B47"> 47</gydF4y2Baxref>]。差距产生的列对齐过程过滤使用Mothur v.1.24。也用于稀疏曲线估计。覆盖率的计算、丰富性和多样性indexes-Ace,曹国伟,香农(<gydF4y2Baxref ref-type="bibr" rid="B48"> 48</gydF4y2Baxref>- - - - - -<gydF4y2Baxref ref-type="bibr" rid="B50"> 50</gydF4y2Baxref>图书馆是归一化的组合数的最小数据集对于每个基因(<gydF4y2Bainline-formula> <mml:math xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" id="M7"> <mml:mi> n</米米l:mi> <mml:mo> =</米米l:mo> <mml:mn> 50</米米l:mn> </mml:math> </inline-formula>16 s rRNA<gydF4y2Bainline-formula> <mml:math xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" id="M8"> <mml:mi> n</米米l:mi> <mml:mo> =</米米l:mo> <mml:mn> 30.</米米l:mn> </mml:math> </inline-formula>为<gydF4y2Baitalic> amoA</gydF4y2Baitalic>)和显著差异在韦尔奇的指标进行评估<gydF4y2Bainline-formula> <mml:math xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" id="M9"> <mml:mi> t</米米l:mi> </mml:math> </inline-formula>以及(<gydF4y2Bainline-formula> <mml:math xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" id="M10"> <mml:mi> p</米米l:mi> <mml:mo> <</米米l:mo> <mml:mn> 0.05</米米l:mn> </mml:math> </inline-formula>)。16 s rRNA和分析<gydF4y2Baitalic> amoA</gydF4y2Baitalic>基因序列是OTU-based和标识阈值采用97%核苷酸序列相似性<gydF4y2Baxref ref-type="bibr" rid="B13"> 13</gydF4y2Baxref>,<gydF4y2Baxref ref-type="bibr" rid="B51"> 51</gydF4y2Baxref>]。</pgydF4y2Ba> <p>从每个区域16 s rRNA辣子鸡的相对丰度进行评估使用邮票v.2.1.3 [<gydF4y2Baxref ref-type="bibr" rid="B52"> 52</gydF4y2Baxref>]。韦尔奇的地区比较<gydF4y2Bainline-formula> <mml:math xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" id="M11"> <mml:mi> t</米米l:mi> </mml:math> </inline-formula>以及(<gydF4y2Bainline-formula> <mml:math xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" id="M12"> <mml:mi> p</米米l:mi> <mml:mo> <</米米l:mo> <mml:mn> 0.05</米米l:mn> </mml:math> </inline-formula>),而非度量多维标度(nmd)为每个概要文件都使用了Bray-Curtis相似性指数R软件(<gydF4y2Baxref ref-type="bibr" rid="B42"> 42</gydF4y2Baxref>]。构建系统发育树16 s rRNA和<gydF4y2Baitalic> amoA</gydF4y2Baitalic>基因,推导出的多个比对序列进行肌肉诉3.8.31 [<gydF4y2Baxref ref-type="bibr" rid="B53"> 53</gydF4y2Baxref>使用默认参数和手动编辑。系统发育树构建在FastTree v.2.1缺省参数和1000引导测试<gydF4y2Baxref ref-type="bibr" rid="B54"> 54</gydF4y2Baxref>]。</pgydF4y2Ba> </sec> </sec> <sec id="sec3"> <title>3所示。结果</tgydF4y2Baitle> <sec id="sec3.1"> <title>3.1。土壤理化特性</tgydF4y2Baitle> <p>塞拉多的物理化学性质<gydF4y2Baitalic> 美国这篇</gydF4y2Baitalic>土壤(补充表<gydF4y2Baxref ref-type="sec" rid="supplementary-material-1"> 1</gydF4y2Baxref>)显示酸性pH值(约4.9)控制和燃烧区域。主成分分析(PCA)的土壤物理化学数据(图<gydF4y2Baxref rid="fig2a" ref-type="fig"> 2(一个)</gydF4y2Baxref>)表示土壤样本的分离控制和燃烧区域在第一维度轴,表明高锰的影响土壤的地区和铁铵样本的控制区域。然而,韦尔奇的<gydF4y2Bainline-formula> <mml:math xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" id="M13"> <mml:mi> t</米米l:mi> </mml:math> </inline-formula>以及显示,在所有物理化学参数分析中,只有NH<gydF4y2Basub>4</gydF4y2Basub><sup>+</gydF4y2Basup>- n明显不同的学习网站,与更高的浓度控制区域(图<gydF4y2Baxref rid="fig2b" ref-type="fig"> 2 (b)</gydF4y2Baxref>)。</pgydF4y2Ba> <fig-group id="fig2"> <label>图2</gydF4y2Balabel> <p>主成分分析(PCA)的土壤理化性质基于相关矩阵进行Factoextra R包v.1.0.3 (a)。OM:有机物质;CEC:阳离子交换容量。(b) NH<gydF4y2Basub>4</gydF4y2Basub><sup>+</gydF4y2Basup>在土壤- n浓度控制和燃烧区域,用星号表示在韦尔奇的发现显著差异<gydF4y2Bainline-formula> <mml:math xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" id="M14"> <mml:mi> t</米米l:mi> </mml:math> </inline-formula>以及。</pgydF4y2Ba> <fig id="fig2a"> <label>(一)</gydF4y2Balabel> <graphic xlink:href="//www.newsama.com/downloads/journals/archaea/2019/6957210.fig.002a"></graphic> </fig> <fig id="fig2b"> <label>(b)</gydF4y2Balabel> <graphic xlink:href="//www.newsama.com/downloads/journals/archaea/2019/6957210.fig.002b"></graphic> </fig> </fig-group> </sec> <sec id="sec3.2"> <title>3.2。古细菌16 s rRNA基因分析</tgydF4y2Baitle> <p>古细菌的DNA扩增16 s rRNA基因导致六个克隆库:三个复制从控制区域(Ca、Cb和Cc)和三个从每两年烧伤面积(Qb, Qa和Qc)。总共有466序列phr质量高(> 20)超过400个基点从这六个图书馆(补充表<gydF4y2Baxref ref-type="sec" rid="supplementary-material-1"> 2</gydF4y2Baxref>),所有分类<gydF4y2Baitalic> 古生菌</gydF4y2Baitalic>根据绿色煤电分类数据库,导致32辣子鸡97%的序列相似性截止。</pgydF4y2Ba> <p>(补充图稀疏分析<gydF4y2Baxref ref-type="sec" rid="supplementary-material-1"> 1</gydF4y2Baxref>)和高覆盖率估计(表<gydF4y2Baxref rid="tab1" ref-type="table"> 1</gydF4y2Baxref>)表明,古典型的塞拉多的社区<gydF4y2Baitalic> 美国这篇</gydF4y2Baitalic>土壤的研究地点都覆盖,即使在辣子鸡序列相似性为97%。相当数量的辣子鸡观察每个地区在Ace发现没有明显的统计学差异,Chao1,和香农值,表明类似的古土壤从这两个方面(表形式的丰富性和多样性<gydF4y2Baxref rid="tab1" ref-type="table"> 1</gydF4y2Baxref>)。此外,大多数的辣子鸡(15)中确定土壤从控制区域(代表大多数的序列获得)也观察到在土壤的区域,强化社区热点的相似性推断通过16 s rRNA基因在土壤条件分析(图<gydF4y2Baxref rid="fig3a" ref-type="fig"> 3(一个)</gydF4y2Baxref>)。这些结果按照获得的非度量多维标度(nmd)分析执行标志基因,在没有明确的集群模式复制从控制和燃烧土壤中可以检测到(补充图<gydF4y2Baxref ref-type="sec" rid="supplementary-material-1"> 2</gydF4y2Baxref>)。</pgydF4y2Ba> <table-wrap id="tab1"> <label>表1</gydF4y2Balabel> <p> <italic> α</gydF4y2Baitalic>多样性分析的热点16 s rRNA从塞拉多基因序列<gydF4y2Baitalic> 美国这篇</gydF4y2Baitalic>本研究在两种条件下的土壤分析。C =控制区,免受火20年来,和Q =燃烧区域,每两年烧伤。措施是独立计算为每个复制和平均值和标准偏差(SD)的指标。</pgydF4y2Ba> <table> <thead> <tr> <th align="left">区域</tgydF4y2Bah> <th align="center">OTU观察</tgydF4y2Bah> <th align="center">Chao1</tgydF4y2Bah> <th align="center">王牌</tgydF4y2Bah> <th align="center">香农</tgydF4y2Bah> <th align="center">覆盖率(%)</tgydF4y2Bah> </tr> </thead> <tbody> <tr> <td align="left">C</tgydF4y2Bad> <td align="center"> <inline-formula> <mml:math display="block" xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" id="M15"> <mml:mn> 11.0</米米l:mn> <mml:mo> ±</米米l:mo> <mml:mn> 2.0</米米l:mn> </mml:math> </inline-formula></td> <td align="center"> <inline-formula> <mml:math display="block" xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" id="M16"> <mml:mn> 18.8</米米l:mn> <mml:mo> ±</米米l:mo> <mml:mn> 13.3</米米l:mn> </mml:math> </inline-formula></td> <td align="center"> <inline-formula> <mml:math display="block" xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" id="M17"> <mml:mn> 22.7</米米l:mn> <mml:mo> ±</米米l:mo> <mml:mn> 15.3</米米l:mn> </mml:math> </inline-formula></td> <td align="center"> <inline-formula> <mml:math display="block" xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" id="M18"> <mml:mn> 1.958</米米l:mn> <mml:mo> ±</米米l:mo> <mml:mn> 0.13</米米l:mn> </mml:math> </inline-formula></td> <td align="center"> <inline-formula> <mml:math display="block" xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" id="M19"> <mml:mn> 91.3</米米l:mn> <mml:mo> ±</米米l:mo> <mml:mn> 5。0</米米l:mn> </mml:math> </inline-formula></td> </tr> <tr> <td align="left">问</tgydF4y2Bad> <td align="center"> <inline-formula> <mml:math display="block" xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" id="M20"> <mml:mn> 11.3</米米l:mn> <mml:mo> ±</米米l:mo> <mml:mn> 2.1</米米l:mn> </mml:math> </inline-formula></td> <td align="center"> <inline-formula> <mml:math display="block" xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" id="M21"> <mml:mn> 16.0</米米l:mn> <mml:mo> ±</米米l:mo> <mml:mn> 6.2</米米l:mn> </mml:math> </inline-formula></td> <td align="center"> <inline-formula> <mml:math display="block" xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" id="M22"> <mml:mn> 15.8</米米l:mn> <mml:mo> ±</米米l:mo> <mml:mn> 1。6</米米l:mn> </mml:math> </inline-formula></td> <td align="center"> <inline-formula> <mml:math display="block" xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" id="M23"> <mml:mn> 1.948</米米l:mn> <mml:mo> ±</米米l:mo> <mml:mn> 0.43</米米l:mn> </mml:math> </inline-formula></td> <td align="center"> <inline-formula> <mml:math display="block" xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" id="M24"> <mml:mn> 91.3</米米l:mn> <mml:mo> ±</米米l:mo> <mml:mn> 1。2</米米l:mn> </mml:math> </inline-formula></td> </tr> </tbody> </table> </table-wrap> <fig-group id="fig3"> <label>图3</gydF4y2Balabel> <p>维恩图显示独特和古细菌16 s rRNA (a)和共享<gydF4y2Baitalic> amoA</gydF4y2Baitalic>(b)塞拉多之间的辣子鸡(序列相似度97%)<gydF4y2Baitalic> 美国这篇</gydF4y2Baitalic>20年来从该地区土壤免受火灾(控制)和区域提交双年展火政权(燃烧)。</pgydF4y2Ba> <fig id="fig3a"> <label>(一)</gydF4y2Balabel> <graphic xlink:href="//www.newsama.com/downloads/journals/archaea/2019/6957210.fig.003a"></graphic> </fig> <fig id="fig3b"> <label>(b)</gydF4y2Balabel> <graphic xlink:href="//www.newsama.com/downloads/journals/archaea/2019/6957210.fig.003b"></graphic> </fig> </fig-group> <p>几乎所有的16 s rRNA基因序列(99.36%)附属I.1b或I.1c子组的门Thaumarchaeota和只有三个序列(0.64%),从复制Cb,都认定为属于Bathyarchaeota门(图<gydF4y2Baxref rid="fig4" ref-type="fig"> 4</gydF4y2Baxref>)。值得注意的是,尽管丰富相似(表索引<gydF4y2Baxref rid="tab1" ref-type="table"> 1</gydF4y2Baxref>)和数量的观察研究条件(图辣子鸡之间共享<gydF4y2Baxref rid="fig3a" ref-type="fig"> 3(一个)</gydF4y2Baxref>),更高的相对丰度I.1c thaumarchaeal群序列(77.68%)从土壤采样控制地区的检索。相比之下,大多数的序列中发现经常燃烧区域的土壤隶属于I.1b Thaumarchaeota(58.80%),正如在图<gydF4y2Baxref rid="fig4" ref-type="fig"> 4</gydF4y2Baxref>。此外,除了Cb 54,辣子鸡组成由序列获得独家控制土壤集群内I.1c thaumarchaeal进化枝(图<gydF4y2Baxref rid="fig4" ref-type="fig"> 4</gydF4y2Baxref>)。</pgydF4y2Ba> <fig id="fig4"> <label>图4</gydF4y2Balabel> <p>系统树的热点16 s rRNA基因辣子鸡(97%序列相似性)获得典型的塞拉多<gydF4y2Baitalic> 美国这篇</gydF4y2Baitalic>的土壤。序列的数量由每个OTU括号所示,与对照区(C)表示的蓝色方块和烧毁了红圈区域(Q)。单序列并不包括在内。树构建使用FastTree v . 2.1 (<gydF4y2Baxref ref-type="bibr" rid="B54"> 54</gydF4y2Baxref>与1000年],引导测试。没有显示值低于70%。HWCG III:热水crenarchaeotic小组第三。</pgydF4y2Ba> <graphic xlink:href="//www.newsama.com/downloads/journals/archaea/2019/6957210.fig.004"></graphic> </fig> </sec> <sec id="sec3.3"> <title>3.3。古细菌<斜体> amoA < /斜体>基因分析</tgydF4y2Baitle> <p>古细菌<gydF4y2Baitalic> amoA</gydF4y2Baitalic>基因图书馆获得相同的土壤样本,导致251序列phr高质量(> 20)超过400个基点(补充表<gydF4y2Baxref ref-type="sec" rid="supplementary-material-1"> 2</gydF4y2Baxref>)。总共12个辣子鸡,使用97%的序列相似性截止。报道估计表明,采样工作使用这个基因(表时也令人满意<gydF4y2Baxref rid="tab2" ref-type="table"> 2</gydF4y2Baxref>)。不像16 s rRNA序列的结果,发现了显著差异在香农指数为这个标志基因(表值<gydF4y2Baxref rid="tab2" ref-type="table"> 2</gydF4y2Baxref>),这意味着更高的<gydF4y2Baitalic> amoA</gydF4y2Baitalic>多样性的土壤中每两年燃烧区域。此外,尽管大部分的热点<gydF4y2Baitalic> amoA</gydF4y2Baitalic>序列分组在三个高度代表辣子鸡可以检测到控制和燃烧土壤(图<gydF4y2Baxref rid="fig3b" ref-type="fig"> 3 (b)</gydF4y2Baxref>),大量的辣子鸡观察只有在土壤的区域,表明可能出现独特的AOA土壤中提交给两年一次的消防制度。</pgydF4y2Ba> <table-wrap id="tab2"> <label>表2</gydF4y2Balabel> <p> <italic> α</gydF4y2Baitalic>多样性分析的热点<gydF4y2Baitalic> amoA</gydF4y2Baitalic>从塞拉多基因序列<gydF4y2Baitalic> 美国这篇</gydF4y2Baitalic>本研究在两种条件下的土壤分析。C =控制区,免受火20多年;Q =燃烧区域,每两年烧伤。措施是独立计算为每个复制和平均值和标准偏差(SD)的指标。</pgydF4y2Ba> <table> <thead> <tr> <th align="left">区域</tgydF4y2Bah> <th align="center">OTU观察</tgydF4y2Bah> <th align="center">Chao1</tgydF4y2Bah> <th align="center">王牌</tgydF4y2Bah> <th align="center">香农</tgydF4y2Bah> <th align="center">覆盖率(%)</tgydF4y2Bah> </tr> </thead> <tbody> <tr> <td align="left">C</tgydF4y2Bad> <td align="center"> <inline-formula> <mml:math display="block" xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" id="M25"> <mml:mn> 2.3</米米l:mn> <mml:mo> ±</米米l:mo> <mml:mn> 0.6</米米l:mn> </mml:math> </inline-formula></td> <td align="center"> <inline-formula> <mml:math display="block" xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" id="M26"> <mml:mn> 2.3</米米l:mn> <mml:mo> ±</米米l:mo> <mml:mn> 0.6</米米l:mn> </mml:math> </inline-formula></td> <td align="center"> <inline-formula> <mml:math display="block" xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" id="M27"> <mml:mn> 2.3</米米l:mn> <mml:mo> ±</米米l:mo> <mml:mn> 0.6</米米l:mn> </mml:math> </inline-formula></td> <td align="center"> <inline-formula> <mml:math display="block" xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" id="M28"> <mml:mn> 0.400</米米l:mn> <mml:mo> ±</米米l:mo> <mml:mn> 0.16</米米l:mn> </mml:math> </inline-formula></td> <td align="center"> <inline-formula> <mml:math display="block" xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" id="M29"> <mml:mn> 95.3</米米l:mn> <mml:mo> ±</米米l:mo> <mml:mn> 8.1</米米l:mn> </mml:math> </inline-formula></td> </tr> <tr> <td align="left">问</tgydF4y2Bad> <td align="center"> <inline-formula> <mml:math display="block" xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" id="M30"> <mml:mn> 5。7</米米l:mn> <mml:mo> ±</米米l:mo> <mml:mn> 2.1</米米l:mn> </mml:math> </inline-formula></td> <td align="center"> <inline-formula> <mml:math display="block" xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" id="M31"> <mml:mn> 6.4</米米l:mn> <mml:mo> ±</米米l:mo> <mml:mn> 3所示。2</米米l:mn> </mml:math> </inline-formula></td> <td align="center"> <inline-formula> <mml:math display="block" xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" id="M32"> <mml:mn> 8.0</米米l:mn> <mml:mo> ±</米米l:mo> <mml:mn> 4.7</米米l:mn> </mml:math> </inline-formula></td> <td align="center"> <inline-formula> <mml:math display="block" xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" id="M33"> <mml:mn mathvariant="bold"> 1.104</米米l:mn> <mml:mo> ±</米米l:mo> <mml:msup> <mml:mrow> <mml:mn mathvariant="bold"> 0.32</米米l:mn> </mml:mrow> <mml:mrow> <mml:mo> ∗</米米l:mo> </mml:mrow> </mml:msup> </mml:math> </inline-formula></td> <td align="center"> <inline-formula> <mml:math display="block" xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" id="M34"> <mml:mn> 93.0</米米l:mn> <mml:mo> ±</米米l:mo> <mml:mn> 7.0</米米l:mn> </mml:math> </inline-formula></td> </tr> </tbody> </table> <table-wrap-foot> <fn> <p> <inline-formula> <mml:math xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" id="M35"> <mml:msup> <mml:mrow></mml:mrow> <mml:mrow> <mml:mo> ∗</米米l:mo> </mml:mrow> </mml:msup> </mml:math> </inline-formula>在韦尔奇发现显著差异<gydF4y2Bainline-formula> <mml:math xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" id="M36"> <mml:mi> t</米米l:mi> </mml:math> </inline-formula>以及(<gydF4y2Bainline-formula> <mml:math xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" id="M37"> <mml:mi> p</米米l:mi> <mml:mo> <</米米l:mo> <mml:mn> 0.05</米米l:mn> </mml:math> </inline-formula>)。</pgydF4y2Ba> </fn> </table-wrap-foot> </table-wrap> <p>系统发育树的构建<gydF4y2Baitalic> amoA</gydF4y2Baitalic>辣子鸡显示大部分序列集中的AOA I.1b子群,除了Cb 48(图<gydF4y2Baxref rid="fig5" ref-type="fig"> 5</gydF4y2Baxref>)。奇怪的是,尽管没有16 s rRNA基因序列被列为I.1a thaumarchaeota,<gydF4y2Baitalic> amoA</gydF4y2Baitalic>OTU是附属于这个组。扣除Qb 23和Qc 19日两个辣子鸡只代表序列的区域是密切相关的<gydF4y2Baitalic> Nitrososphaera</gydF4y2Baitalic>spp。所有其他的辣子鸡集群演化支由专门的无教养的AOA。值得强调的是,在这些辣子鸡,01包含控制区序列的85.03%,极为代表这个地区的农产品协定的多样性。</pgydF4y2Ba> <fig id="fig5"> <label>图5</gydF4y2Balabel> <p>系统发育树的热点<gydF4y2Baitalic> amoA</gydF4y2Baitalic>基因辣子鸡(基因序列相似度97%)来自典型的塞拉多<gydF4y2Baitalic> 美国这篇</gydF4y2Baitalic>的土壤。序列的数量由每个OTU括号所示,与对照区(C)表示的蓝色方块和烧毁了红圈区域(Q)。树构建使用FastTree v . 2.1 (<gydF4y2Baxref ref-type="bibr" rid="B54"> 54</gydF4y2Baxref>与1000年],引导测试。没有显示值低于70%。</pgydF4y2Ba> <graphic xlink:href="//www.newsama.com/downloads/journals/archaea/2019/6957210.fig.005"></graphic> </fig> </sec> </sec> <sec id="sec4"> <title>4所示。讨论</tgydF4y2Baitle> <p>在这项研究中,我们评估了长期频繁的火灾对土壤的影响从巴西Cerrado古社区。火是一个行列式生态区,记录重大火灾和火灾利用率的本地人口追溯到几千年(<gydF4y2Baxref ref-type="bibr" rid="B55"> 55</gydF4y2Baxref>]。然而,增加人类占领和农业活动在过去几十年已导致火灾频率和季节性的变化,尽管许多改变在塞拉多已报告的植被结构和组成(<gydF4y2Baxref ref-type="bibr" rid="B27"> 27</gydF4y2Baxref>,<gydF4y2Baxref ref-type="bibr" rid="B33"> 33</gydF4y2Baxref>,<gydF4y2Baxref ref-type="bibr" rid="B56"> 56</gydF4y2Baxref>),信息的长期影响期刊火灾从土壤微生物群落仍然稀缺。</pgydF4y2Ba> <p>本研究采样的土壤调查领域的著名的火灾历史,在一个大型实验的影响焚烧规定自1990年以来进行的。除了铵的浓度,未发现显著差异在大多数土壤的理化性质控制和燃烧区域(补充表<gydF4y2Baxref ref-type="sec" rid="supplementary-material-1"> 1</gydF4y2Baxref>),这是根据先前的研究,在类似的网站进行的生态保护区(<gydF4y2Baxref ref-type="bibr" rid="B33"> 33</gydF4y2Baxref>]。虽然短期内土壤养分变化描述了火灾后的可用性(<gydF4y2Baxref ref-type="bibr" rid="B22"> 22</gydF4y2Baxref>,<gydF4y2Baxref ref-type="bibr" rid="B57"> 57</gydF4y2Baxref>),塞拉多土壤非常有弹性的(<gydF4y2Baxref ref-type="bibr" rid="B22"> 22</gydF4y2Baxref>]。这项工作的目的是研究长期以来频繁的火灾的影响,燃烧区域的土壤采样两年后最后燃烧事件,这就可以解释观察到的相似在大多数土壤属性两方面分析。</pgydF4y2Ba> <p>几乎所有的16 s rRNA这一研究获得的基因序列被附属I.1b Thaumarchaeota I.1c子组。在许多陆生生境(I.1b thaumarchaeotes占主导地位<gydF4y2Baxref ref-type="bibr" rid="B1"> 1</gydF4y2Baxref>,<gydF4y2Baxref ref-type="bibr" rid="B39"> 39</gydF4y2Baxref>),和氧化氨的能力已被确定在它的许多成员,建议这个群体的一个重要的角色在这些环境中氮循环(<gydF4y2Baxref ref-type="bibr" rid="B8"> 8</gydF4y2Baxref>,<gydF4y2Baxref ref-type="bibr" rid="B10"> 10</gydF4y2Baxref>,<gydF4y2Baxref ref-type="bibr" rid="B58"> 58</gydF4y2Baxref>]。中描述的I.1c thaumarchaeal血统最初是北方芬兰森林土壤(<gydF4y2Baxref ref-type="bibr" rid="B59"> 59</gydF4y2Baxref>),后来16 s rRNA序列关联到这组已发现在许多其他酸性土壤<gydF4y2Baxref ref-type="bibr" rid="B60"> 60</gydF4y2Baxref>- - - - - -<gydF4y2Baxref ref-type="bibr" rid="B62"> 62年</gydF4y2Baxref>),塞拉多(的特征<gydF4y2Baxref ref-type="bibr" rid="B63"> 63年</gydF4y2Baxref>]。到目前为止,没有培养这一群体的代表,虽然原位实验表明这些thaumarchaeotes缩影氨的氧化(不相关联<gydF4y2Baxref ref-type="bibr" rid="B64"> 64年</gydF4y2Baxref>),它们的生态角色仍然是模糊的。值得一提的是,隶属于I.1b序列和I.1c团体已发现从其他塞拉多的植被如若在土壤,表明这些生物可以在这些常见的土壤(<gydF4y2Baxref ref-type="bibr" rid="B15"> 15</gydF4y2Baxref>]。</pgydF4y2Ba> <p>单个OTU检测控制区,代表16 s rRNA序列的一小部分(0.64%),是密切关联bathyarchaeote克隆从塞拉多检索湖泊沉积物(<gydF4y2Baxref ref-type="bibr" rid="B65"> 65年</gydF4y2Baxref>]。Bathyarchaeota(以前称为杂Crenarchaeotic组:MCG)序列是丰富缺氧陆生、水生环境中(<gydF4y2Baxref ref-type="bibr" rid="B66"> 66年</gydF4y2Baxref>,<gydF4y2Baxref ref-type="bibr" rid="B67"> 67年</gydF4y2Baxref>],尽管目前缺乏培养代表、宏基因组数据建议广泛代谢功能在这个门的成员<gydF4y2Baxref ref-type="bibr" rid="B68"> 68年</gydF4y2Baxref>),包括可能参与芳香族化合物降解[<gydF4y2Baxref ref-type="bibr" rid="B69"> 69年</gydF4y2Baxref>],蛋白质补充矿质[<gydF4y2Baxref ref-type="bibr" rid="B70"> 70年</gydF4y2Baxref>],和甲烷代谢[<gydF4y2Baxref ref-type="bibr" rid="B71"> 71年</gydF4y2Baxref>]。尽管bathyarchaeote 16 s rRNA基因序列已确定在其他巴西生物群落土壤,如大西洋森林泥炭地(<gydF4y2Baxref ref-type="bibr" rid="B16"> 16</gydF4y2Baxref>和本地亚马逊森林<gydF4y2Baxref ref-type="bibr" rid="B19"> 19</gydF4y2Baxref>),这个门的成员没有以前在塞拉多发现土壤。这一事实盟军的少量的这组序列中发现本研究可能表明低丰度的Bathyarchaeota在这些土壤。然而,重要的是要强调取样深度和时间(干或雨季)可能会影响这些结果,因为这个门的成员似乎更深或高度潮湿的土壤中占主导地位(<gydF4y2Baxref ref-type="bibr" rid="B66"> 66年</gydF4y2Baxref>]。</pgydF4y2Ba> <p>值得一提的是,尽管相似之处观察到古推断由16 s rRNA基因丰富性和多样性分析(表<gydF4y2Baxref rid="tab1" ref-type="table"> 1</gydF4y2Baxref>),thaumarchaeal序列的分布控制和燃烧领域提出了一个更高的相对丰度I.1c集团的网站长期受火。一般的优势I.1c thaumarcheota一直报道更多的酸性土壤<gydF4y2Baxref ref-type="bibr" rid="B60"> 60</gydF4y2Baxref>,<gydF4y2Baxref ref-type="bibr" rid="B72"> 72年</gydF4y2Baxref>),但随着pH值是高度相似的调查网站(补充表<gydF4y2Baxref ref-type="sec" rid="supplementary-material-1"> 1</gydF4y2Baxref>),这似乎不可能因素是相关的更多I.1c序列中发现控制土壤。Lanzen et al。<gydF4y2Baxref ref-type="bibr" rid="B73"> 73年</gydF4y2Baxref>]报道的丰度更高I.1c thaumarchaeota在密集的植被覆盖的土壤相比,最近清除网站,和考虑到频繁的火灾彻底改变塞拉多的植被结构和组成<gydF4y2Baxref ref-type="bibr" rid="B33"> 33</gydF4y2Baxref>),有可能是密集的木头覆盖可能导致更高的I.1c群丰富土壤的网站长免受火灾。然而,定量研究是必要的,以更好地了解火灾的可能角色在不同Thaumarchaeota子群在塞拉多丰富的土壤。</pgydF4y2Ba> <p>有趣的是,<gydF4y2Baitalic> amoA</gydF4y2Baitalic>比较显示更高的AOA多样性(表<gydF4y2Baxref rid="tab2" ref-type="table"> 2</gydF4y2Baxref>)和更多的独特的辣子鸡(图<gydF4y2Baxref rid="fig3b" ref-type="fig"> 3 (b)</gydF4y2Baxref>)在土壤经常烧16 s rRNA的网站即使分析基因序列没有揭示这种差异(表<gydF4y2Baxref rid="tab1" ref-type="table"> 1</gydF4y2Baxref>,图<gydF4y2Baxref rid="fig3a" ref-type="fig"> 3(一个)</gydF4y2Baxref>)。此外,尽管所有thaumarchaeal 16 s rRNA序列集群内I.1b I.1c子组,一个<gydF4y2Baitalic> amoA</gydF4y2Baitalic>OTU强烈隶属于识别控制样品<gydF4y2Baitalic> Ca</gydF4y2Baitalic>。Nitrosotalea devanaterra,有机体与I.1a血统有关。这些结果强调使用不同的分子标记的重要性,以更好地描述环境微生物群落,正在越来越多地讨论一个方面(<gydF4y2Baxref ref-type="bibr" rid="B12"> 12</gydF4y2Baxref>,<gydF4y2Baxref ref-type="bibr" rid="B74"> 74年</gydF4y2Baxref>,<gydF4y2Baxref ref-type="bibr" rid="B75"> 75年</gydF4y2Baxref>]。的检测<gydF4y2Baitalic> amoA</gydF4y2Baitalic>序列不与任何以前培养的AOA分组,尤其是土壤从控制区域(图<gydF4y2Baxref rid="fig5" ref-type="fig"> 5</gydF4y2Baxref>),表明存在未知AOA在塞拉多土壤。</pgydF4y2Ba> <p>更大的估计<gydF4y2Baitalic> amoA</gydF4y2Baitalic>土壤的地区多样性和OTU数字符合检测更多的I.1b 16 s rRNA thaumarchaeal序列在同等条件下,考虑到这一群体是陆地广泛与氨的氧化(<gydF4y2Baxref ref-type="bibr" rid="B58"> 58</gydF4y2Baxref>,<gydF4y2Baxref ref-type="bibr" rid="B76"> 76年</gydF4y2Baxref>,<gydF4y2Baxref ref-type="bibr" rid="B77"> 77年</gydF4y2Baxref>]。此外,低浓度铵从每两年在土壤中发现燃烧区域,并考虑到低可用性往往有利于农产品协定的增长在土壤铵(<gydF4y2Baxref ref-type="bibr" rid="B78"> 78年</gydF4y2Baxref>,<gydF4y2Baxref ref-type="bibr" rid="B79"> 79年</gydF4y2Baxref>),这个因素可能会导致更高的<gydF4y2Baitalic> amoA</gydF4y2Baitalic>多样性在这个网站找到。</pgydF4y2Ba> <p>组成不同的土壤AOA和AOB (ammonia-oxidizing细菌)社区在澳大利亚发现湿硬叶森林地区免受火灾燃烧或提交双年展治疗(<gydF4y2Baxref ref-type="bibr" rid="B80"> 80年</gydF4y2Baxref>),与古细菌的变化<gydF4y2Baitalic> amoA</gydF4y2Baitalic>丰富和基因型,以及国内社区的变化,导致氮循环障碍。然而,观察到的差异主要是由于改变土壤中检测到评估网站之间的关键参数。因此,频繁的火灾在不同生态系统土壤中可能导致长期影响AOA社区通过不同的机制。</pgydF4y2Ba> <p>很少有研究描述AOA活动和塞拉多栖息地的多样性。已经表明,从这个生态区土壤中硝化率通常是低(<gydF4y2Baxref ref-type="bibr" rid="B81"> 81年</gydF4y2Baxref>)和低AOA AOB丰度在土壤已报告从本地的塞拉多phytophysiognomy计价<gydF4y2Baitalic> Campo sujo</gydF4y2Baitalic>(<gydF4y2Baxref ref-type="bibr" rid="B82"> 82年</gydF4y2Baxref>]。不过,值得指出的是,尽管短期修改的氨气氧化剂丰富的识别和土壤N动态管理系统在塞拉多生物群落(<gydF4y2Baxref ref-type="bibr" rid="B82"> 82年</gydF4y2Baxref>),目前没有研究探索的影响自然生态事件在塞拉多土壤硝化细菌社区,尤其是有关农产品协定的。因此,目前的研究表明一个可能影响植被的变化重复造成的火灾在这些社区。更多的研究是必要的维护自然生态事件的角色,如季节性和不同的防火制度古社区在这个生物群落,以及他们的生态角色。</pgydF4y2Ba> </sec> <sec id="sec5"> <title>5。结论</tgydF4y2Baitle> <p>我们的研究表明,I.1b和I.1c Thaumarchaeota是典型的塞拉多占主导地位<gydF4y2Baitalic> 美国这篇</gydF4y2Baitalic>土壤地区长期受火灾或提交频繁的政权。虽然总古社区丰富性和多样性推断通过16 s rRNA基因似乎并不大大调查条件之间的差异,<gydF4y2Baitalic> amoA</gydF4y2Baitalic>基因分析显示更高的多样性和独特OTU数字从每两年在土壤燃烧区域。I.1b thaumarchaeal子组的相对丰度的差异和I.1c也观察到,高数量的I.1c序列中发现土壤长期在该地区免受火灾和I.1b序列经常烧毁。我们的研究结果表明,植被结构变化引起的频繁的火灾可能造成长期影响古细菌的组成社区塞拉多土壤,特别是关于潜在的氨氧化剂。还需要进一步的研究来确定在多大程度上频繁的火灾可能影响古细菌丰度和土壤氮循环中潜在的角色从这个独特的巴西的生物群落。</pgydF4y2Ba> </sec> <back> <sec sec-type="data-availability"> <title>数据可用性</tgydF4y2Baitle> <p>这一研究获得的序列存入基因库数据集在加入数字KR828099-KR828564 (16 s rRNA基因)和KR828565-KR828812 (<gydF4y2Baitalic> amoA</gydF4y2Baitalic>基因)。</pgydF4y2Ba> </sec> <sec> <title>的利益冲突</tgydF4y2Baitle> <p>作者宣称没有利益冲突。</pgydF4y2Ba> </sec> <ack> <title>确认</tgydF4y2Baitle> <p>这项研究支持了由美国国家科学和技术发展委员会(CNPq),巴西联邦机构对研究生教育的支持和评估(披肩)和基础研究支持联邦直辖区(FAPDF)。a . Belmok和f·a·c·洛佩斯承认斗篷的奖学金。</pgydF4y2Ba> </ack> <sec sec-type="supplementary-material" id="supplementary-material-1"> <title>补充材料</tgydF4y2Baitle> <supplementary-material xlink:href="//www.newsama.com/downloads/journals/archaea/2019/6957210.f1.docx" id="supp-1"> <label>补充材料</gydF4y2Balabel> <p>补充表1:物理化学参数的塞拉多理智这篇土壤从控制区域(C)和燃烧区(Q)珍藏Ecologica IBGE,巴西利亚,巴西。星号指示标识在韦尔奇的统计差异<gydF4y2Bainline-formula> <mml:math xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" id="M38"> <mml:mi> t</米米l:mi> </mml:math> </inline-formula>以及分析。补充表2:高质量的组合数为每个16 s rRNA和amoA基因文库在本研究评估。补充图1:稀疏曲线(序列相似性为97%)热点16 s rRNA基因序列从塞拉多理智这篇土壤采样控制(C)和燃烧(Q)地区的珍藏Ecologica IBGE,巴西利亚,巴西。补充图2:非度量多维标度(nmd)情节的热点社区(推断通过16 s rRNA基因)从土壤的塞拉多理智这篇免受火灾(C),报两年一次的火灾(Q)珍藏Ecologica IBGE,巴西利亚,巴西。</pgydF4y2Ba> </supplementary-material> </sec> <ref-list> <ref id="B1" content-type="article"> <label>1</gydF4y2Balabel> <element-citation publication-type="journal"> <person-group person-group-type="author"> <name> <surname> Auguet</gydF4y2Basurname> <given-names> j . C。</ggydF4y2Baiven-names> </name> <name> <surname> Barberan</gydF4y2Basurname> <given-names> 一个。</ggydF4y2Baiven-names> </name> <name> <surname> Casamayor</gydF4y2Basurname> <given-names> e . O。</ggydF4y2Baiven-names> </name> </person-group> <article-title> 全球生态模式在无教养的古生菌</gydF4y2Baarticle-title> <source> <italic> ISME日报</gydF4y2Baitalic> <year> 2010年</gydF4y2Bayear> <volume> 4</gydF4y2Bavolume> <issue> 2</gydF4y2Baissue> <fpage> 182年</gydF4y2Bafpage> <lpage> 190年</gydF4y2Balpage> <pub-id pub-id-type="doi"> 10.1038 / ismej.2009.109</pgydF4y2Baub-id> <pub-id pub-id-type="other"> 2 - s2.0 - 76349125984</pgydF4y2Baub-id> <pub-id pub-id-type="pmid"> 19847207</pgydF4y2Baub-id> </element-citation> </ref> <ref id="B2" content-type="article"> <label>2</gydF4y2Balabel> <element-citation publication-type="journal"> <person-group person-group-type="author"> <name> <surname> 无用的人</gydF4y2Basurname> <given-names> C。</ggydF4y2Baiven-names> </name> <name> <surname> 更加与众不同</gydF4y2Basurname> <given-names> G。</ggydF4y2Baiven-names> </name> <name> <surname> Jonuscheit</gydF4y2Basurname> <given-names> M。</ggydF4y2Baiven-names> </name> </person-group> <article-title> 不文明的古菌基因组的研究</gydF4y2Baarticle-title> <source> <italic> 自然评论微生物学</gydF4y2Baitalic> <year> 2005年</gydF4y2Bayear> <volume> 3</gydF4y2Bavolume> <issue> 6</gydF4y2Baissue> <fpage> 479年</gydF4y2Bafpage> <lpage> 488年</gydF4y2Balpage> <pub-id pub-id-type="doi"> 10.1038 / nrmicro1159</pgydF4y2Baub-id> <pub-id pub-id-type="other"> 2 - s2.0 - 19144373707</pgydF4y2Baub-id> <pub-id pub-id-type="pmid"> 15931166</pgydF4y2Baub-id> </element-citation> </ref> <ref id="B3" content-type="article"> <label>3</gydF4y2Balabel> <element-citation publication-type="journal"> <person-group person-group-type="author"> <name> <surname> 巴克利</gydF4y2Basurname> <given-names> d . H。</ggydF4y2Baiven-names> </name> <name> <surname> Graber</gydF4y2Basurname> <given-names> j . R。</ggydF4y2Baiven-names> </name> <name> <surname> 施密特</gydF4y2Basurname> <given-names> t M。</ggydF4y2Baiven-names> </name> </person-group> <article-title> 系统发育分析nonthermophilic crenarchaeota王国的成员和他们的多样性和丰富的土壤</gydF4y2Baarticle-title> <source> <italic> 应用与环境微生物学</gydF4y2Baitalic> <year> 1998年</gydF4y2Bayear> <volume> 64年</gydF4y2Bavolume> <issue> 11</gydF4y2Baissue> <fpage> 4333年</gydF4y2Bafpage> <lpage> 4339年</gydF4y2Balpage> <pub-id pub-id-type="pmid"> 9797286</pgydF4y2Baub-id> </element-citation> </ref> <ref id="B4" content-type="article"> <label>4</gydF4y2Balabel> <element-citation publication-type="journal"> <person-group person-group-type="author"> <name> <surname> Ochsenreiter</gydF4y2Basurname> <given-names> T。</ggydF4y2Baiven-names> </name> <name> <surname> Selezi</gydF4y2Basurname> <given-names> D。</ggydF4y2Baiven-names> </name> <name> <surname> Quaiser</gydF4y2Basurname> <given-names> 一个。</ggydF4y2Baiven-names> </name> <name> <surname> Bonch-Osmolovskaya</gydF4y2Basurname> <given-names> l</ggydF4y2Baiven-names> </name> <name> <surname> 无用的人</gydF4y2Basurname> <given-names> C。</ggydF4y2Baiven-names> </name> </person-group> <article-title> 多样性和丰富的陆地Crenarchaeota 16 s RNA研究的调查和实时PCR</gydF4y2Baarticle-title> <source> <italic> 环境微生物学</gydF4y2Baitalic> <year> 2003年</gydF4y2Bayear> <volume> 5</gydF4y2Bavolume> <issue> 9</gydF4y2Baissue> <fpage> 787年</gydF4y2Bafpage> <lpage> 797年</gydF4y2Balpage> <pub-id pub-id-type="doi"> 10.1046 / j.1462-2920.2003.00476.x</pgydF4y2Baub-id> <pub-id pub-id-type="other"> 2 - s2.0 - 0042853314</pgydF4y2Baub-id> <pub-id pub-id-type="pmid"> 12919414</pgydF4y2Baub-id> </element-citation> </ref> <ref id="B5" content-type="article"> <label>5</gydF4y2Balabel> <element-citation publication-type="journal"> <person-group person-group-type="author"> <name> <surname> Kemnitz</gydF4y2Basurname> <given-names> D。</ggydF4y2Baiven-names> </name> <name> <surname> 科尔布</gydF4y2Basurname> <given-names> 年代。</ggydF4y2Baiven-names> </name> <name> <surname> 康拉德</gydF4y2Basurname> <given-names> R。</ggydF4y2Baiven-names> </name> </person-group> <article-title> 大量的高<gydF4y2Baitalic> Crenarchaeota</gydF4y2Baitalic>在温和的酸性森林土壤</gydF4y2Baarticle-title> <source> <italic> 《微生物生态学</gydF4y2Baitalic> <year> 2007年</gydF4y2Bayear> <volume> 60</gydF4y2Bavolume> <issue> 3</gydF4y2Baissue> <fpage> 442年</gydF4y2Bafpage> <lpage> 448年</gydF4y2Balpage> <pub-id pub-id-type="doi"> 10.1111 / j.1574-6941.2007.00310.x</pgydF4y2Baub-id> <pub-id pub-id-type="other"> 2 - s2.0 - 34249106390</pgydF4y2Baub-id> <pub-id pub-id-type="pmid"> 17391330</pgydF4y2Baub-id> </element-citation> </ref> <ref id="B6" content-type="article"> <label>6</gydF4y2Balabel> <element-citation publication-type="journal"> <person-group person-group-type="author"> <name> <surname> 考</gydF4y2Basurname> <given-names> g·W。</ggydF4y2Baiven-names> </name> <name> <surname> 林文杰</gydF4y2Basurname> <given-names> 年代。</ggydF4y2Baiven-names> </name> <name> <surname> 无用的人</gydF4y2Basurname> <given-names> C。</ggydF4y2Baiven-names> </name> <name> <surname> 普罗塞</gydF4y2Basurname> <given-names> j . 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