研究文章
催化中间晶体结构的半胱氨酸Desulfurase ArchaeonThermococcus onnurineusNA1
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| 数据收集 |
NAT / NAT(水晶) |
GD / GD(水晶II) |
第三IAA / GD(水晶) |
PSF / PSF(水晶(四) |
| PDB加入代码 |
5 b7 |
5 b87 |
5 b89 |
5 b7u |
| x射线源 |
PAL7A |
PAL5C |
PAL5C |
PAL5C |
| 空间群 |
P212121 |
P212121 |
P212121 |
P212121 |
| 晶胞参数a, b, c (a) |
67.0,92.5,145.4 |
67.1,93.6,145.0 |
62.9,78.7,171.9 |
62.8,78.5,171.3 |
| 分辨率范围(一) |
50.0 - -2.6 |
50.0 - -2.3 |
50.0 - -1.5 |
50.0 - -1.9 |
| 数量的观察思考(独特的) |
198476 (28968) |
261138 (40955) |
1605206 (128579) |
635661 (66011) |
| 完整性(%) |
99.9 (100) |
96.0 (100) |
94.1 (91.9) |
97.0 (91.9) |
| R合并(%) |
11.9 (41.6) |
9.5 (38.0) |
8.9 (56.6) |
6.2 (30.6) |
| 平均我/σ(我) |
29.1 (7.1) |
44.6 (5.3) |
62.9 (6.5) |
52.9 (12.2) |
| 细化 |
| 分辨率(一个) |
36.4 (2.6) |
49.4 (2.3) |
49。6 (1.5) |
38.3 (1.9) |
| 反射(F奥林匹克广播服务公司> 0σ(F奥林匹克广播服务公司)) |
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| 工作集 |
27449年 |
38845年 |
122068年 |
62613年 |
| 免费的R集 |
1465年 |
2040年 |
6444年 |
3326年 |
| R/R免费的(%)c |
19.3 (25.9) |
17.7 (21.3) |
16.7 (19.4) |
16.5 (20.2) |
| 蛋白质的原子数 |
6270年 |
6215年 |
6256年 |
6286年 |
| 配位原子数 |
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| 丙氨酸 |
0 |
12 |
12 |
0 |
| PLP |
0 |
30. |
30. |
0 |
| 半胱氨酸 |
0 |
0 |
0 |
7 |
| 异丙醇 |
0 |
0 |
0 |
4 |
| 甘油 |
0 |
0 |
6 |
0 |
| 1,2-Ethanediol |
0 |
0 |
4 |
0 |
| 水分子 |
0 |
137年 |
545年 |
259年 |
| 表示键的长度(A) |
0.013 |
0.029 |
0.027 |
0.020 |
| 表示键角(o) |
1.676 |
2.776 |
2.418 |
1.889 |
| 意味着B因子(A2) |
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| 主链原子 |
50.9 |
39.9 |
17.1 |
21.0 |
| 侧链原子 |
56.2 |
46.4 |
22.3 |
26.6 |
| 配位体 |
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| 丙氨酸 |
厦门市。 |
51.8 |
32.1 |
厦门市。 |
| PLP |
厦门市。 |
32.5 |
22.9 |
厦门市。 |
| 半胱氨酸 |
厦门市。 |
厦门市。 |
厦门市。 |
46.6 |
| 异丙醇 |
厦门市。 |
厦门市。 |
厦门市。 |
36.7 |
| 水的原子 |
厦门市。 |
42.7 |
34.0 |
30.6 |
| 甘油 |
厦门市。 |
厦门市。 |
23.9 |
厦门市。 |
| 1,2-Ethanediol |
厦门市。 |
厦门市。 |
31.6 |
厦门市。 |
| 拉马钱德兰情节(%) |
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| 支持地区 |
96.0 |
96.5 |
97.7 |
97.1 |
| 允许地区 |
2.9 |
2.8 |
1.8 |
2.4 |
| 离群值区域 |
1.1 |
0.7 |
0.5 |
0.5 |
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括号中的值是最高的分辨率壳。NAT代表了原生结构,GD gem-diamine结构、IAA的内部醛亚胺结构产品丙氨酸,和PSF persulfide-bound结构。,在那里的平均强度吗我观察symmetry-related反射hkl。我/σ(我)代表一个反射的信号噪声。
在哪里从原子模型计算蛋白质结构因素(计算与随机选择5%的反射)。剩下的95%计算的反射在同一个方程。RMSD代表均方根偏差。厦门市。:不是可用的。
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