评论文章

在计算机模型Anti-COVID-19药物发现:系统回顾

表1

描述的研究包括在审查,包括方法或软件申请在网上发现anti-COVID-19药物。

标题 参考 方法/软件或数据库应用 药物的目标 领先候选人 实验技术

一些benzofused Anti-COVID-19活动1 2 3-triazolesulfonamide混合动力车使用在网上在体外分析 Alzahrani et al。13] 化学合成/铜(I)催化单击1,3-dipolar环加成反应 依赖RNA的RNA聚合酶 (Bis) - 1、2, 3-triazole-sulfadrug混合动力车携带苯并咪唑啉(4 b和c)对依赖RNA的RNA聚合酶 在体外抗病毒活性
分子对接/ MOE 2019 高峰S1蛋白主要蛋白酶(3 clpro) 4 c对SARS-CoV-2峰值蛋白质
物理化学性质和drug-likeness测试/ molinspiration Mol-Soft软件 2′-O-methyltransferase (nsp16) 4 b和4 c SARS-CoV-2 3 clpro nsp16
Chemical-informatics COVID-19药物发现方法:探索的重要片段和基于数据挖掘预测一些点击率自然起源的主要蛋白酶抑制剂(Mpro) Ghosh et al。14] 构象/形貌工具 SARS-CoV-2米 二唑、呋喃、吡啶 没有一个

计算调查强有力的抑制剂对SARS-CoV-2 2′-O-methyltransferase (nsp16):基于结构的药效团模型,分子对接、分子动力学模拟,结合自由能计算 施等。15] 药效团模型/阶段 SARSCoV-2 2′-O-methyltransferase (nsp16) C1和中科院ID 1224032-33-0 C2与中科院ID 1224020-56-7 没有一个
Pharmacophore-based虚拟筛选/阶段
分子对接/滑移
分子动力学模拟/ Gromacs 2021

新发现的药物适应症COVID-19:药物再利用的方法 Kumari et al。16] 化工和chemical-protein交互/针数据库 SARS-CoV-2米 阿霉素和buedesonide (pulmicort) 没有一个
随机测试/ SWISSADME
分子对接/ Autodock 4工具

发现小说在硅片fragment-based TMPRSS2抑制剂COVID-19使用药物设计、分子对接、分子动力学和量子力学的研究 Alzain et al ., (17] 同源建模使用薛定谔 TMPRSS2 结合1、2和3 没有一个
程序
高通量虚拟筛选
分子对接
分子动力学模拟

探索治疗COVID-19基于网络药理学与银粉末 林et al ., (18] 虚拟筛选 SARS-CoV-2 银桥粉 SPR检测
蛋白质相互作用网络建设
分子对接

建立大规模筛选确定药物SARS-CoV-2 PLpro抑制剂 赵et al ., (19] 虚拟筛选 SARS-CoV-2 papain-like蛋白酶(PLpro) YM155 基于单元的化验
SARS-CoV-2主要蛋白酶

在硅药物发现的主要代谢物从香料SARS-CoV-2主要蛋白酶抑制剂 易卜拉欣et al ., (20.] 分子对接 SARS-CoV-2主要蛋白酶 Salvianolic酸和姜黄素 没有一个
分子动力学模拟
Drug-likeness
蛋白质相互作用

在网上评价潜在anti-COVID-19药物主要候选人作为潜在SARS-CoV-2蛋白酶抑制剂 易卜拉欣et al ., (21] 分子对接 SARS-CoV-2主要蛋白酶 tmc - 310911,例如 没有一个
分子动力学模拟

ACE2的网上调查的主要蛋白酶SARS-CoV-2肉豆蔻的植物化学物质,桂花(Houtt)。小说COVID-19药物的发现 Ongtanasup et al ., (22] 分子对接 ACE2 SARS-CoV-2的主要蛋白酶 肉豆蔻,桂花化合物 没有一个
分子动力学模拟
Drug-likeness和吸收,分布,代谢,排泄,毒性(ADMET)预测

在硅片筛选天然产物隔绝墨西哥对COVID-19草药 Rivero-Segura和Gomez-Verjan23] 虚拟筛选 SARS-CoV-2蛋白质 Cichoriin 没有一个
分子对接
药代动力学评价

在硅片筛选COVID-19小说TMPRSS2抑制剂治疗 王et al ., (24] 同源建模和虚拟筛选 TMPRSS2 Lumacaftor和麦角胺 没有一个
分子动力学模拟

在硅片筛选潜在的anti-COVID-19从食物来源生物活性天然成分分子对接 徐et al ., (25] 虚拟筛选 SARS-CoV-2 CL 红酒,中国山楂,和黑莓 没有一个
分子对接 人类ACE2
ADME分析
药物相似

阿比特龙cetilistat fda批准的药物,抑制活动,二碘羟基喹啉,bexarotene, remdesivir,和羟氯喹COVID-19主要蛋白酶和人类ACE2受体:硅的方法的比较 Shahabadi et al ., (26] 分子对接 SARS-CoV-2主要蛋白酶 阿比特龙Cetilistat,, di-iodo羟基喹啉,bexarotene 没有一个
分子动力学模拟 ACE2

In-silico药物再利用和分子动力学迷惑潜在SARS-CoV-2主要蛋白酶抑制剂 易卜拉欣et al ., (27] 分子对接 SARS-CoV-2主要蛋白酶 DB02388和cobicistat 没有一个
分子动力学模拟

调查华世XuanFei公式的活性化合物和机制对预防和治疗COVID-19基于网络药理学和分子对接分析 王et al ., (28] 虚拟筛选 3 c (3 cl)蛋白酶水解酶、血管紧张素转换酶2 (ACE2) 华世XuanFei 没有一个
使用Cytoscape分子间相互作用的网络 公式(HSXFF)
蛋白质相互作用网络建设(PPI)
基因本体论浓缩分析和KEGG途径分析
分子对接
分子动力学(MD)模拟

毛地黄黄酮和abyssinone II的潜在抑制剂SARS-CoV-2:一个在硅分子建模方法对抗COVID-19爆发 沙湾et al ., (29日] 黄酮类化合物库的创建 ACE2的人类宿主和Mpro / 3 clpro PLpro SARS-CoV-2 毛地黄黄酮和abyssinone二世 没有一个
药物相似/药效团和ADMET概要分析
虚拟筛选和分子对接
分子动力学模拟
ADMET概要分析

海洋藻类拮抗剂针对3 cl蛋白酶和飙升的糖蛋白SARS-CoV-2: anti-COVID-19药物发现的计算方法 Arunkumar et al ., (30.] 分子对接工具(AutoDockTools) 3 cl蛋白酶和峰值SARS-CoV-2糖蛋白 海带多糖,k-Carrageenan eckol、trifucol b-D-galactose 没有一个
分子动态模拟、ADMET和密度泛函理论计算

监控化学品:识别基于模式的方法,快速发现anti-SARS-CoV-2药物 冯et al ., (31日] 虚拟筛选的监控化学品 3氯在SARS-CoV-2 Lopinavir、替诺福韦disoproxil fosamprenavir和更昔洛韦 没有一个
拉米韦和扎那米韦
Sofosbuvir

分子反对Covid-19:药物开发的计算机方法 Bharti和舒克拉32] 分子对接 SARS-CoV-2核糖核酸(RNA)端依赖RNA聚合酶(RdRp) Ellipticine ecteinascidin, homo三尖杉酯碱、dolastatin 10下,plicamycin 没有一个
吸收、分布、代谢和排泄(ADME)分析
Drug-likeness测试

多维在硅片战略识别自然polyphenols-based SARS-CoV-2主要蛋白酶(Mpro)抑制剂对COVID-19推出一个希望 亚当et al ., (33] 量子力学 SARS-CoV-2主要蛋白酶(M) 橘皮苷、芦丁、地奥司明,芹菜苷 没有一个
分子对接
分子动力学模拟

多步骤在网上发现的天然药物对COVID-19针对主要蛋白酶 Elkaeed et al ., (34] 分子相似性检测使用 SARS-CoV-2主要蛋白酶 Luteoside C, kahalalide E, streptovaricin B 没有一个
发现软件工作室
分子指纹检测使用
发现软件工作室
对接研究使用MOE.14软件
毒性研究发现使用
Studio 4.0
分子动力学(MD)模拟使用格罗宁根机器

自然产品潜在SARS-CoV-2 Mpro抑制剂:in-silico药物发现 易卜拉欣et al ., (35] 虚拟筛选MolPort数据库 SARS-CoV-2米 四个国际清算银行[1,3]dioxolo pyran-5-carboxamide衍生品 没有一个
分子对接
分子
动力学(MD)模拟
Drug-likeness预测

的毒性作用taroxaz - 104的复制SARS-CoV-2粒子 拉比(37] 计算分子对接研究 依赖RNA的RNA聚合酶(nCoV-RdRp) taroxaz - 104 在体外anti-COVID-19 taroxaz - 104的生物活性
在体外anti-COVID-19 taroxaz - 104的生物活性

有前途的萜烯作为SARS-CoV-2飙升受体结合域(RBD)附件对人类ACE2受体抑制剂:一个集成的计算方法 Muhseen et al ., (38] 基于结构的虚拟筛选 SARS-CoV-2飙升受体结合域(RBD) NPACT01552, NPACT01557 NPACT00631 没有一个
分子动力学(MD)模拟

设计合理的有效的anti-COVID-19主要蛋白酶药物:一个广泛的多光谱在硅片的方法 Ahmad et al ., (36] 基于结构的虚拟筛选(越南)ASINEX抗病毒图书馆 SARS-CoV-2米 SCHEMBL 12616233, SCHEMBL 18616095, SCHEMBL 20148701 没有一个
Drug-likeness和铅肖像注释
药物动力学分析
分子动力学(MD)模拟

芸香苷和黄酮类似物作为潜在SARS-CoV-2主要蛋白酶抑制剂:在硅药物发现研究 易卜拉欣et al ., (39] 虚拟筛选 SARS-CoV-2米 pubchem - 129 - 716 - 607和pubchem - 885 - 071 - 27所示 没有一个
分子对接
分子动力学模拟
Drug-likeness评价

筛选、分子模拟和在网上几乎动力学设计Covid-19主要蛋白酶抑制剂 Aleissa et al ., (40] 虚拟筛选 SARS-CoV-2米 达到1和2 没有一个
分子对接
分子动力学(MD)模拟
ADME计算

基于结构的天然产物库的筛选寻找潜在的抗病毒药物先导物作为一线治疗COVID-19感染 饶,谢蒂(41] 虚拟筛选 冠NSP12聚合酶 12,28-Oxa-8-hydroxy-manzamine 没有一个
药代动力学和药效学特性分析
分子对接
分子动力学模拟

针对SARS-CoV-2依赖RNA的RNA聚合酶:一个在网上药品再利用COVID-19(版本1;同行审查批准2): 婴儿et al ., (42] 分子对接 SARS-CoV-2依赖RNA的RNA聚合酶 Pitavastatin、ridogrel rosoxacin 没有一个
分子动力学模拟

针对SARS-CoV-2 COVID-19突起蛋白与天然植物化学物质:药物开发的计算机研究中 Pandey et al ., (43] 分子对接 SARS-CoV-2突起蛋白 非瑟酮、槲皮素和山柰酚 没有一个
分子动力学(MD)模拟
ADME分析

SARS-CoV-2临床抗糖尿病的药物的潜在影响 瞿et al ., (44] 分子动力学模拟 SARS-CoV-2米 Repaglinide canagliflozin,格列吡嗪、gliquidone glimepiride, linagliptin 在体外研究
分子对接研究
在体外研究

虚拟screening-driven SARS-CoV2酶抑制剂的药物发现针对病毒附件,复制,翻译修饰和感染宿主免疫逃避机制 Quimque et al ., (45] 分子对接 SARS-CoV2 PLpro 三个fumiquinazoline生物碱scedapin C, quinadoline B, norquinadoline 没有一个
分子动力学模拟 Chymotrypsin-like蛋白酶(3 clpro) 酮化合物的iso-chaetochromin
Drug-likeness、ADME和毒性预测 SARS-CoV-2 RdRp 萜类化合物11一德羟基isoterreulactone
SARS-CoV-2 nsp15
SARS-CoV-2 S蛋白(峰值)