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结核分枝杆菌新一代全基因组测序:机遇和挑战
表2
总结开发的方法直接从痰液样本的DNA提取结核分枝杆菌新一代的全基因组测序。
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| 参考 |
样本 |
样品制备的测序 |
测序平台 |
全基因组测序的成功率(
) |
覆盖;平均深度的报道 |
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| 柯南道尔et al ., 201824] |
痰 |
SureSelectXT目标浓缩系统(安捷伦科技) |
Illumina公司MiSeq或NextSeq音序器 |
74.4% |
> 85%;25 x 300 x |
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| Votinseva et al ., 201725] |
痰涂片阳性 |
盐水洗,MolYsis Basic5工具包(Molzym、德国)消耗人体细胞/ DNA,乙醇沉淀的方法。 |
Illumina公司MiSeq编曲 |
62% |
> 90%;> 12 x |
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| 勇敢的et al ., 201426] |
痰涂片阳性 |
微分溶菌作用协议随后DNA提取使用NucleoSpin Tissue-Kit (Machery-Nagel Duren,德国) |
Illumina公司MiSeq编曲 |
87% |
20%到99%;0.002 x 0.7 x |
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| 布朗et al ., 201527] |
痰涂片阳性 |
SureSelectXT目标浓缩系统(安捷伦科技) |
Illumina公司MiSeq编曲 |
83% |
90%;> 20 x |
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