识别和验证的一个潜在的Stemness-Associated在肝细胞癌生物标志物

文摘

背景。癌症干细胞(二者)通常与转移、复发和恶性肿瘤的耐药性。然而,二者的生物标志物和机制需要进一步探索。本研究旨在全面描绘具备干细胞特征和识别潜在stemness-associated生物标志物在肝细胞癌(HCC)。方法。肝癌患者癌症基因组图谱的数据收集(TCGA)具备干细胞和划分基于mRNA表达式索引(mRNAsi)在这项研究。加权基因coexpression网络分析(WGCNA)和(PPI)蛋白质间交互作用网络进行,并通过Cytoscape基因筛选软件。然后,我们构建了一个预后表情签名使用多变量Cox使用地理和ICGC数据库分析和验证。更重要的是,我们使用了三维(3 d)纤维蛋白凝胶丰富tumor-repopulating细胞(委员会)来验证签名的表达二者的定量rt - pcr。结果。mRNAsi显著升高在肿瘤和high-mRNAsi得分在HCC相关总体存活率较差。积极的stemness-associated(蓝色)与737个基因筛选模块基于WGCNA,初露头角的不羁,苯并咪唑1 (BUB1)被确认为中心具备干细胞在肝细胞癌基因高度相关。然后,预后价值和具备干细胞特征充分验证ICGC和GSE14520军团。进一步分析显示BUB1的表达在继续升高。结论。BUB1 stemness-associated潜在生物标志物,可以作为治疗CSCs-target和预测肝癌患者的临床结果。

1。介绍

肝癌,第四个癌症相关死亡的主要原因,严重危及健康全球估计有100000多例的发病率在2025年(1]。肝细胞癌(HCC)是最常见的扭结的肝癌,占超过90%的病例。慢性饮酒、糖尿病或肥胖引起的非酒精性脂肪肝炎(纳什),和乙肝病毒和丙肝病毒感染的主要危险因素是肝细胞癌(1]。在过去的几十年中,一些分子疗法,如索拉非尼和免疫疗法已证明其有效性2]。然而,大部分患者对这些疗法,因为复发和转移3]。

癌症干细胞(二者),肿瘤细胞的子群有能力自我更新和产生不同种类的肿瘤细胞,负责癌症转移,复发和耐药4,5]。最近,越来越多的证据表明,CSCs-target疗法是有前途的肿瘤治疗6,7]。因此,迫切需要开发新的疗法可以有效地抑制二者在肝细胞癌。马耳他et al。8)使用逻辑回归的看到下面成了机器学习算法(OCLR)的mRNA表达式的具备干细胞指数(mRNAsi)和epigenetically regulated-mRNAsi (EREG-mRNAsi)肿瘤TGCA数据库中。他们的研究主要表明具备干细胞特性从转录组数据中提取TCGA肿瘤可能揭示新的抗癌治疗靶点[8]。许多研究人员最近使用这个索引研究二者的特点在各种肿瘤和治疗目标,如结肠直肠癌(9),肺腺癌(10),胰腺导管腺癌(11)、胃癌和食道癌(12,13]。mRNAsi发现的生物标志物在这些研究主要与肿瘤的进展和患者的预后不良。

加权基因coexpression网络分析(WGCNA)是一种生物的方法探索高度相关的基因有不同的表型。在这项研究中,我们使用WGCNA旨在筛选出stemness-associated生物标志物在肝细胞癌。BUB1(出芽的苯并咪唑1)被确认为感兴趣的基因高度与具备干细胞和作为肝癌的预后预测指标。丝氨酸/苏氨酸激酶,BUB1被形容为主轴的核心组件组装检查点(囊)14)防止染色体分离错误(15,16]。虽然研究已经报道的异常BUB1表达式与贫穷有关肝细胞癌患者的生存,没有人深入异常表达之间的联系和具备干细胞特性在肝细胞癌(17- - - - - -20.]。

我们使用three-diameter (3 d)纤维蛋白凝胶培养肿瘤细胞在我们先前的研究。我们表明,90 Pa(1毫克/毫升)纤维蛋白凝胶能促进黑色素瘤的多细胞的增长和选择殖民地21]。这些肿瘤细胞有相似的特征,二者也称为肿瘤细胞重新繁衍(继续)21]。然后,我们还使用了三维纤维蛋白凝胶成功丰富结肠继续检查的集落形成,致瘤性,和耐药性,和具备干细胞标志物CD133等CD44, SOX2, OCT4,也验证了调节(22,23]。已经有报道称二者促进肝癌的恶性特征,阐明二者在治疗的重要性24]。但是,调查的特点和潜在的生物标记物在肝细胞癌二者仍然缺乏。因此,我们目前的研究发现BUB1高度相关mRNAsi通过生物信息学分析,证实了upregulation BUB1表达在继续实验在体外。这些结果暗示BUB1可以作为一个潜在的stemness-associated预后相关生物标志物和CSCs-target肝癌的治疗策略。

2。材料和方法

2.1。数据收集和处理

我们收集了基因表达、突变和临床的细节374名肝癌患者和50正常样本UCSC齐娜网站(https://xenabrowser.net/)。mRNAsi指数368肝癌患者从马耳他等人发表的研究下载表中列出S1(8]。我们HCC患者分为high-mRNAsi low-mRNAsi团体基于中位数mRNAsi指数(表S2)。GSE14520的原始基因芯片表达数据,国际癌症基因组协会(ICGC-LIRI-JP)和相关的临床信息从NCBI下载基因表达综合(GEO) (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/)与国际癌症基因组协会(ICGChttp://www.icgc.org)。数据集与失踪的临床信息被排除在外。我们计算的平均价值这些基因对应多个探针和消除了探测器与多个基因。

2.2。加权基因Coexpression网络建设

我们进行了基因coexpression网络使用“WGCNA”R包(25)来分析和确定基因模块与mRNAsi密切相关。基因排序基于平均绝对偏差(疯了) 和排名前5000的基因被用于分析。独立的程度高于0.9时,平均连接度相对较高,相应的软阈值功率参数( )确定(25]。模块具有相似表达的模样被合并的合并阈值为0.25。最小数量的基因在每个模块设置为30。

2.3。基因识别Stemness-Based模块和中心

eigengenes mRNAsi / EGFR-mRNAsi和模块之间的关系(MEs)被用来评估module-trait关联。MEs的主要组件被认为是每个模块的主成分分析。然后,我们计算了MEs与mRNAsi之间的相关性来确定相关的模块。基因的意义(GS),这是由负对数的定义基因表达值之间的线性回归和mRNAsi,测量评估相关强度(25]。积极的模块高度相关mRNAsi被选为关键模块。探索如何的潜在机制模块具备干细胞基因调节癌细胞,我们上传的基因在关键模块到Metascape数据库(26)和执行路径和浓缩过程分析。

候选基因被定义的模块连接,以皮尔森的绝对值的相关性(cor.模块 ),mRNAsi和临床特征的关系,通过测量的绝对值皮尔逊相关性(cor.基因 )。然后,我们上传这些基因相互作用基因的检索的搜索工具(STRING)数据库(https://string-db.org/)和构建蛋白质相互作用(PPI)网络(27]。随后,我们使用了“CytoHubba”和“MCODE”Cytoscape应用软件(版本3.8.2)提供了计算结果的最大社区组件(跨国公司),学位,瓶颈,压力,radiality和亲密方法来识别基因从PPI网络中心(28]。

2.4。中心基因验证

验证的可靠性中心基因,GSE14520和ICGC数据库被下载。te中心基因的信使rna表达水平差在各种癌症和肿瘤与正常组织之间相关性与TP53突变从肿瘤免疫评估检索资源(2.0定时器)(http://timer.comp-genomics.org/)[29日]。我们分析了基因对病人的预后影响中心,这是使用Sangerbox工具执行(http://www.sangerbox.com/tool)。

2.5。GSEA和GSVA中心基因

进一步理解BUB1在肝细胞癌的生物学功能,执行GSEA使用“ClusterProfiler”R包(30.]。去KEGG项目被浓缩成绩排名,和 被认为是显著的。GSVA [31日)是一个方法来计算某种途径或签名的分数通过转录组数据。所有特征基因集从分子签名数据库下载(MSigDB,http://www.gsea-msigdb.org/gsea)。利用“GSVA”和“limma”R包,随后进行了基于微分分析分数,和签名 被定义为显著差异表达的签名。结果可视化通过使用“热图”R包。

2.6。多变量预测模型建设

中心基因的表达和临床特征相结合进行分析使用多变量Cox回归分析来确定基因中心是一个独立的危险因素,TCGA和ICGC数据库。我们使用了“rms”R包建立预后诺模图和绘制校准曲线比较预期的和观察到的生存概率。

2.7。细胞系,细胞培养

人类肝癌细胞系Hep3B Huh7和结肠癌细胞株HT29 HCT116从中国得到类型文化中心集合(CTCC,武汉,中国)。细胞被播种在刚性瓶DMEM(美国HyClone)或RPMI 1640(美国HyClone)含10%胎牛血清(的边后卫)(美国Gibico) 37°C公司为5%₂。

2.8。细胞培养在三维(3 d)纤维蛋白凝胶

三维细胞培养,我们购买了鲑鱼纤维蛋白原和凝血酶从Searun控股公司(美国圣地亚哥,CA)。总之,纤维蛋白原和细胞解决方案1:1混合,使1毫克/毫升纤维蛋白原/单元解决方案,对应90 Pa弹性刚度(21]。接下来,250年μ纤维蛋白原的l /细胞混合物和5μ凝血酶的l (100 U /毫升;Searun Holdings)很好地混合外套24-well盘子,然后孵化为30分钟37°C公司为5%₂孵化器。最后,DMEM或MEM添加了10%的边后卫。肿瘤使用Dispase收获球状体Π(瑞士罗氏公司)在培养5天。肿瘤细胞培养瓶中被用作控制细胞。至少有三个独立的实验研究为每个细胞培养实验。

2.9。定量实时聚合酶链反应

传统上具备干细胞基因和基因表达中心进一步验证在mRNA水平使用定量rt - pcr(存在)。细胞总RNA提取使用试剂盒试剂根据供应商的指令(美国表达载体)。反转录进行使用记录合成第一链cDNA SuperMix(美国罗氏公司)。存在进行超SYBR混合物(Cwbio,中国)在96年罗氏LightCycler根据标准PCR条件。引物序列提供如下(人类):CD44, CTGCCGCTTTGCAGGTGTA(向前)和CATTGTGGGCAAGGTGC-TATT(反向);SOX2 TACAGCATGTCCTACTCGCAG(向前)和GAGGAAGAGGTAAC-CACAGGG(反义);NANOG CTCCAACATCCTGAACCTCAGC(向前)和CGTCACACCATTGCTATTCTTCG(反向);和BUB1 GCTCTGTCAGCAGACTTCCTTC(向前)和GCTCTGTCA-GCAGACTTCCTTC(反向)。

2.10。统计分析

双尾学生的 - - - - - -测试或方差分析被用于组织差异的重要性。统计分析与GraphPad棱镜软件(v9.0)。其他统计分析实现了R软件(v4.0.5)。被定义为统计意义 。

3所示。结果

3.1。在肝癌mRNAsi之间的相关性及临床特征

首先,流程图是描述本研究设计(图所示1)。肝细胞癌患者临床病理特征列在表中S3。如图所示,mRNAsi肿瘤明显高于正常组织,和生存分析表明高较低mRNAsi mRNAsi预测预后不良组( )(数据2(一个)和2 (b))。HCC患者分类按年龄,性别,TNM阶段,肿瘤阶段,胎蛋白值,癌症状态、申请分数,和血管侵犯,分别;为此,mRNAsi不是随着年龄显著相关( ),性别( ),T ( ), ,米( ),阶段( ),和申请分数( ),但与肿瘤级别显著相关( ),胎蛋白值( ),癌症状态( ),和血管侵犯( )(图2 (c)- - - - - -2(左))。此外,血管侵犯患者占40%,高mRNAsi子群在血管侵犯患者占13.6%低mRNAsi子群( )(图2(米))。

3.2。加权Coexpression网络建设和识别的关键模块

共有368名肝癌患者mRNAsi分数包括使用“WGCNA”R包(25]。的阈值 (无标度 )(图S1A-C)选择构建一个无标度网络(图2 (n))和7模块被确定。这些模块的绿松石模块与mRNAsi负相关(最高 , )和蓝色的模块与mRNAsi正相关(最高 , )(数据2 (o)- - - - - -2(问);图S1D)。揭示这两个模块的生物作用的基因在生物过程中,去KEGG浓缩Metascape的分析工具。,基因在蓝色的模块主要是富含“有丝分裂细胞周期,”“G2 / M检查点,”“PID PLK1通路”,“DNA构象变化”(图2(右)),和基因在绿松石模块丰富了“NABA核心MATRISOME”,“外部封装结构组织,”“组织细胞外基质,”和“血管发展”(图2(年代))。因为我们想找到一种stemness-associated生物标志物,包含737个基因,蓝色的模块mRNAsi呈正相关(表S4),被选中进行进一步分析。

3.3。识别基因中心

在毫米高于0.8的门槛和GS高于0.2,112个候选基因选择执行字符串的PPI网络数据库(最低要求交互得分:0.4)(表S5)。这些由111个节点和4342个边缘(图3(一个))。通过使用CytoHubba 9拓扑分析方法对PPI网络节点进行排序,我们发现出芽的苯并咪唑1 (BUB1)得分排名前10的9(图的算法3 (b)、表1)。此外,通过使用MCODE执行基因模块分析,BUB1集群1 (MCODE也发现了 )(表S6)。因此,BUB1基因被选为中心进行进一步的验证。此外,BUB1 mRNA水平显著增加在大多数类型的肿瘤比正常组织在计时器(图2.0数据库3 (c))。TCGA数据集,BUB1表达水平显著调节高mRNAsi较低mRNAsi子群( )(图3 (d))。

3.4。在肝癌BUB1表达之间的相关性及临床特征

同样的,我们分析了BUB1表达与临床特征之间的相关性。患者年龄超过60岁的没有显示显著增加BUB1表达式( ),以及与性别相关的结果,孩子,N和M阶段( )(图S2A-F)。我与grade1相比,阶段,和T阶段,BUB1显示更高的表达趋势2/3/4年级,阶段ii / iii,和T 2/3/4,但差别也不是很大( )(数据3 (e)和3 (f);图S2D)。值得注意的是,相比之下 μg / l,活着的状态和患肿瘤患者表现出更高水平的BUB1胎蛋白 μg / l,死亡的状态,肿瘤( )(数据3 (g)- - - - - -3(我))。然后,患者分为高、低亚型根据中位数BUB1的表情。我们发现BUB1表达式与血管侵犯相关显著( ),和血管侵犯患者占41.6%高BUB1亚型患者血管侵犯低BUB1亚型(占28.4% )(图3 (j))。我们可视化的突变特性利用“maftools”R包在肝细胞癌。总之,我们发现错义突变占大多数的突变分类,单核苷酸变异(SNP)发生最频繁,和C >类型的SNP类(图S3A)。此外,我们表现出突变基因,包括TP53(图S3B)。因此,我们探索和发现了BUB1 TP53-mutant组表达明显高于在HCC TP53-WT集团使用TIMER2.0数据库( )(图S3C)。

3.5。具备干细胞BUB1亚型的特征

首先,我们下载了调节基因列表在六个人类胚胎干细胞系从MSigDB(表进行测试S7)。如图3 (k),BUB1表达呈正相关,大部分的基因列表中。先前的研究表明,癌症干细胞维持干细胞的生物学特性具备干细胞通过高表达的特定标记(如SOX2、CD44、CD133和MYC)。因此,我们发现有显著的正相关关系,CD133的表达,CD44, SOX2, OCT4、CDC20, FOXM1 NANOG, MYC ( )(图3(左))。随后,GSVA进行分析BUB1 HCC患者的潜在生物学特性。根据MSigDB特征基因集定义、高BUB1亚型明显浓缩在“G2 / M检查站”,“DNA修复”,“细胞周期,”“DNA复制,”和“WNT / MYC NORCH /刺猬/ mTOR信号通路,”建立了特征和通路与肿瘤细胞增殖和具备干细胞(数字3(米)和3 (n))。

3.6。BUB1在肝细胞癌患者预后的价值

我们下一个调查BUB1在肝细胞癌的预后价值。生存分析显示,高、低之间的显著差异,TCGA BUB1亚型,ICGC, GSE14520军团( )(数据4(一)- - - - - -4 (c))。然后,多变量Cox回归分析中进行临床变量。在控制了其他混杂因素,BUB1表达仍是一个独立的预测因子TCGA的总生存期(OS) ( , -1.6, )(图4 (d))和ICGC组( , -1.3, )(图4 (f))。同时,我们建立了一个计算图表,可以更好地预测肝癌患者的生存和可视化的预测结果,这说明列线图BUB1组成的表达和临床表型是有效的,TCGA和ICGC军团(数字4 (e)和4 (g))。校准曲线也具有良好的能力预测和观察之间的列线图(图的数据库S4A,B)。这些结果表明,BUB1独立表达式可以预测肝癌患者的预后。

3.7。验证BUB1具备干细胞特征的外部数据库

BUB1 stemness-associated特性的进一步验证ICGC和GSE14520同志们。BUB1基因表达与stemness-related呈极显著的正相关关系,在ICGC队列(图5(一个))和GSE14520队列(图5 (b))。KEGG去富集分析也证实,在高BUB1基因亚型被浓缩在具备干细胞细胞周期及相关通路在ICGC队列(数字5 (c)和5 (e))和GSE14520队列(数字5 (d)和5 (f))。然后,我们验证了BUB1expression显著升高比正常肝细胞肝癌细胞系(图5 (g))。进一步验证BUB1表达肝细胞癌肿瘤干细胞,我们在继续探索BUB1的mRNA表达模式的肝癌与二者使用相同的特性建立了委员会(图3 d浓缩方法5 (h))。这是曾经Hep3B和显著调节Huh7比控制细胞( ),这是与数据库的验证结果一致(数据吗5(我)和5 (j))。有趣的是,我们得到了相同的结果在曾经的结直肠癌细胞(数字5 (k)和5(左))。

4所示。讨论

肝癌,肝癌的主要类型,对公共卫生是一个持续的挑战。治疗肝癌的预防和治疗复发和转移明显不够,也是无效的。二者有驱动肿瘤发生的自我更新能力和分化异常,和二者负责细胞异质性,抗复发、转移、治疗(32]。获得洞察HCC的具备干细胞特征,WGCNA mRNAsi相关模块进行了探讨,其次是中心基因选择和生存分析(图1)。我们的结果显示具备干细胞BUB1作为生物标志物的潜在价值和生存为肝细胞癌。

众所周知,AFP水平,肿瘤,或血管侵犯是肝细胞癌的预后指标(1,33- - - - - -35]。其中,血管侵犯是肿瘤复发和转移的主要因素。使用标记的研究反映了侵略性的肿瘤特征,如血管化、P53过度,和胆汁/干细胞标记,并发现似乎足以影响的现实操作系统,可行的活组织检查,识别患者可能受益于积极的治疗34]。我们最初分析肝细胞癌的临床特征和mRNAsi之间的关系,发现肝癌组织表现出更高的mRNAsi病理肿瘤等级升高,血管侵犯,和更高的mRNAsi预测较短的操作系统,这是按照研究卵巢癌、结肠癌、食道癌(9,12,36]。

然后,我们构建了一个使用WGCNA coexpression网络计算的关键模块mRNAsi在肝细胞癌高度相关。结果表明,青绿色和蓝色模块权重最高的正面和负面的。去蓝色和KEGG表明基因模块尤为丰富在细胞周期的调控。这些结果表明,基因在蓝色的模块可能发挥作用在提高二者的自我更新和增殖能力,并参与调节细胞周期基因或蛋白质可能anti-CSC治疗的目标。此外,当与PPI网络和Cytoscape软件相结合,BUB1基因被确认为中心,可能作为一种潜在的stemness-associated生物标志物和在肝细胞癌与不良预后相关。

BUB1是一种丝氨酸/苏氨酸激酶,防止错误在有丝分裂染色体隔离(15,16]。囊的有丝分裂检查点的核心组件,BUB1对染色体congression至关重要,着丝粒的位置14,15]。此外,多项研究表明,抑制主轴检查站癌症治疗可能是一种可行的方法。以前的研究已经表明BUB1基因突变导致染色体的高速率管理信息系统种族隔离,伴随着生长缺陷和过早衰老16]。这些研究透露,BUB1起着至关重要的作用在改变细胞进展,包括二者。然而,研究的角色BUB1具备干细胞特征的肝细胞癌二者仍知之甚少。进一步探索BUB1的作用在癌症的发展过程中,我们进行了pan-cancer研究使用TIMER2.0从TCGA军团,公布BUB1调节在许多癌症。在体外,我们发现肝癌细胞株BUB1表达水平高于正常肝细胞株。高BUB1亚型有mRNAsi价值高于低BUB1亚型,这意味着高BUB1亚型有更多的内在异质性和protumorigenic作用比低BUB1亚型。据报道,耗尽BUB1可以减少癌症干细胞的潜力在乳腺癌细胞系,导致抑制异种移植小鼠的形成(37]。同样,高BUB1 mRNAsi得分明显较高的表达与肝细胞癌的积极进展,肿瘤分级和血管侵犯等,反映BUB1是导致肝癌的进展。此外,高BUB1表达亚型预测短生存比低表达亚型,与卵巢癌的研究一致36),胃癌38),和胰腺导管腺癌11]。这些结果表明,高BUB1表达式与具备干细胞部分可能导致肝癌的贫穷的结果。最近的研究试图建立形态学和免疫组织化学模式可能是重要的个性化治疗评估临床现实更好的分类(34,39]。在Tsujikawa和他的同事们的研究中,他们发现胆道/干细胞marker-positive组表现出更积极的特性,如肿瘤分化差、增加门静脉侵犯的频率,以及组织三组之间的最短时间复发(39]。因此,免疫组织化学分析可以反映肿瘤侵犯。BUB1可能作为一种潜在的生物标志物的活检样本morphophenotypic分析和HCC的总体生存相关。而且可能更可行的活检与常规抗体识别咄咄逼人的肝癌患者,在欠发达的机构更有利。

具备干细胞BUB1之间的关系和可能与各种机制。在胶质母细胞瘤(GBM), BUB1高度表达(40,41)高表达与预后不良相关和抗辐射性GBM患者。从力学上看,FOXM1 BUB1直接监管的转录因子(41]。根据GSVA分析,在高BUB1基因亚型集群主要在G2M检查点的标志,E2F目标,和DNA修复,这表明BUB1扮演着一个重要的角色在维持细胞生长和生存能力,可能通过调节细胞周期影响癌症具备干细胞特性。研究发现BUB1可以促进有丝分裂检查点的形成复杂的(MCC)和使磷酸化CDC20,为轴点信号是必要的。其中任何一个的失活机制将导致检查点缺陷,导致染色体管理信息系统隔离和非整倍性,这与癌症相关联(42]。此外,BUB1-BUB3复杂与端粒重复绑定因子1 (TRF1)和促进了BLM解旋酶的招聘维护和促进端粒复制(43]。此外,转化生长因子-β(TGF -β)信号转导调节细胞增殖和分化,可能受BUB1 [44]。在骨肉瘤,抑制BUB1明显抑制细胞增殖,细胞迁移和入侵通过阻断ERK信号通路和PI3K / Akt (45]。我们的研究结果证实,BUB1起着至关重要的作用在MYC的规定,Wnt,切口,大幅和刺猬通路,具备干细胞相关信号(6,8]。这可能表明一个的概率BUB1在肝细胞癌二者的监管机制。因此,一个合理的结论可以得出,BUB1不仅可以调节二者的细胞周期,但也影响细胞stemness-related具备干细胞途径促进癌症恶化,提高能力。换句话说,BUB1可能发挥作用在加强二者的自我更新和增殖特性。

二者可以通过特定的生物标记在细胞表面分离,如CD133, CD44, SOX2 [6]。相关分析指出BUB1明显与经典的具备干细胞生物标记(即积极相关。、CD44、SOX2和NANOG)。人类胚胎干细胞(色调)细胞能够分化成多种细胞系,巴塔查里亚B和他的同事使用高质量的微阵列来识别并提供一套独特的“具备干细胞”签名的调节在人类胚胎干细胞系[646]。我们下载这些与BUB1基因,探索他们的相关性,我们得到了相似的结果。这些发现表明样品具有高具备干细胞生物标志物表达水平可能高BUB1表达水平。或者,在二者BUB1表达水平高于正常癌细胞。的帮助下GEVA,有趣的是,我们发现P53的KEGG信号通路显著高浓缩BUB1亚型。我们都知道,TP53肝癌是最常见的突变。TP53突变可以不仅失去了肿瘤抑制功能,而且促进肿瘤发生和促进二者的自我更新和分化(47]。此外,人们已经发现,驾驶细胞过早衰老,P53取决于BUB1绑定(48,49]。因此,我们研究了一个更高的BUB1 TP53-mutant组表达水平比WT-TP53集团,暗示细胞过表达BUB1促进肿瘤发生与TP53突变在HCC可能有联系。

更重要的是,我们使用3 d纤维蛋白凝胶丰富肝曾经,也有类似的特征二者和验证BUB1表达高于控制细胞,在结肠曾经一样。同时,二者的生物标记物,如CD44和SOX2在继续调节。在我们的研究中我们有提到一些缺陷。首先,BUB1的预后效果需要确认更多的样本和前瞻性群组包含后续数据的患者。然后,需要更多的基础研究,系统地阐明BUB1的底层具备干细胞的分子机制在体外和在活的有机体内。

综上所述,使用coexpression分析,BUB1被确认为一个潜在的stemness-associated生物标志物与肝细胞癌预后有关。BUB1在肝细胞癌的高表达可能是原因之一,二者保持具备干细胞特性。因此,我们提供的证据表明,BUB1可能作为一种新的治疗CSCs-target在肝细胞癌,如BUB1-specific抑制剂,有助于更好地理解CSCs-related肝癌转移和复发的分子机制。然而,我们从生物信息学分析和有限的实验结论需要更多的基础研究来验证。

数据可用性

可用的数据支持了本文的结论,TCGA的数据库(https://portal.gdc.cancer.gov),ICGC数据库(http://www.icgc.org),地理数据库(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo)。原始数据支持了本文的结论都包含在本文附带和补充材料。进一步询问可以针对相应的作者。

信息披露

这些资金来源没有参与研究设计、数据收集和分析,决定发表,或准备的手稿。

的利益冲突

作者宣称没有利益冲突。

作者的贡献

张芯瑜设计和构想。张芯瑜,RKZ LXZ进行实验,分析数据,并起草了手稿。HZW分析数据,修订后的手稿。RYP和MZ执行统计分析。HLZ和ZWY准备数据。液化石油气和兆瓦提供建议和技术支持。JL回顾和修订后的手稿。所有作者造成了和批准提交的版本。洋洋张、张Ruike, Lingxiu曾庆红的贡献同样这项工作。

确认

我们愿意承认TCGA的贡献,ICGC,地理网络。本研究由以下项目:国家自然科学基金(82072753),武汉大学(排名2042021 kf0206),武汉大学中南医院(没有。znpy2019006)。

补充材料

图S1:决心WGCNA对振动能量的。(A)的无标度分析适合各种不足的权力指数和平均连通性( )。(B)连接分布时的柱状图 。(C)检查时免费的拓扑 。(D)散点图绿松石的MEs模块。图S2: BUB1差异表达与肝细胞癌临床特点:年龄(A)、性别(B)、儿童(C)、T (D)阶段,阶段(E), (F)和N阶段。图S3:肝癌的突变特性。(一)突变HCC的景观。(B)前30名突变基因在肝细胞癌。(C)之间的相关性TP53突变并使用TIMER2.0 BUB1表达式。补充图S4:列线图的校准曲线,TCGA数据库中(A)和(B) ICGC数据库。表S1: mRNAsi分数TCGA HCC患者的数据库。表S2: mRNAsi亚型TCGA HCC患者的数据库。表S3: TCGA的肝细胞癌患者临床病理的特点,ICGC,地理组。表S4: 737个基因在蓝色WGCNA模块。表S5: 112个基因参与PPI ( ; )。表S6: Cytoscape MCODE方法的结果。表S7:具备干细胞的签名在MSigDB:基因调节和共同6测试人类胚胎干细胞系。(补充材料)

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