文摘
背景。目前,异构一类非编码rna (ncRNA)直接调节蛋白编码基因的表达或功能显示有一个影响干细胞的命运决定。然而,详细的监管角色ncRNAs肌原性的和cardiomyogenic分化鼠标C3H10T1/2间充质干细胞(msc)尚不清楚。方法。在这项研究中,5-azacytidine——(5-AZA)治疗C3H10T1/2细胞分化成myocyte-like和cardiomyocyte-like细胞。接下来,ncRNA与肌原性的和cardiomyogenic分化被确认使用高通量RNA序列(RNA-seq)数据。进行了生物信息学分析来识别差异表达ncRNAs和相关的信号通路。结果。Myotube-like 5-AZA治疗后形成的结构是C3H10T1/2细胞。此外,肌原性的和cardiomyogenic differentiation-related基因GATA4,cTnt,MyoD,肌间线蛋白5-AZA治疗后显著调节。完全,1538个差异表达lncRNAs和3398个差异表达mrna的确定,其中包括1175调节和363年下调lncRNAs和2429年调节和969个表达下调mrna。此外,46个差异表达circRNAs,包括25日调节和21 circRNAs使之抑制。此外,差异表达mrna被浓缩进5重要途径,包括粘着斑,ECM-receptor交互,PI3K-AKT信号通路,PPAR信号通路和酪氨酸代谢。结论。的系统视图表达ncRNAs肌原性的和cardiomyogenic分化提供了msc的研究。
1。介绍
间充质干细胞(msc)是一种多能干细胞,现在经常用于再生医学研究,能够自我更新和分化成其他细胞谱系,如肌母细胞(1)、脂肪细胞、软骨细胞、成骨细胞(2],拥有几个特定的特性,这使他们的重要候选人未来的再生治疗。积累的研究表明,移植msc与肌原性的潜在可能骨骼肌再生的道在小鼠模型的急性和慢性肌肉受伤协会(3]。此外,在非缺血型和缺血性心肌病,msc有潜力改善心脏功能,减少梗塞大小(4,5]。许多研究msc用于识别所涉及的机制,药物筛选(6),和基因修正研究。干细胞移植的原理是通过植入cardiomyogenic修复受损组织细胞或基因,期望移植的细胞将有助于产生新的心肌组织。然而,许多挑战必须解决干细胞疗法,包括提高分化效率,改善细胞保留和生存,减少免疫排斥。
许多药物如细胞因子、生长因子和小分子到目前为止应用诱导干细胞进入细胞(7]。具有重要意义,找到一个方法来实现高分化率和低细胞毒性干细胞疗法。5-Azacytidine (5-AZA),脱甲基作用的药物,能够诱导msc cardiomyocytes-like和myocytes-like细胞(8),具体机制还没有清除。据报道,msc的分化是由一系列的信号级联。研究表明,表观遗传修饰扮演重要角色在MSC分化成心肌细胞(9]。5-AZA被认为是其中一个重要的诱导物,激活一些休眠基因通过脱甲基的诱导表达heart-specific标记,这符合肌细胞谱系。然而,这个过程的具体机制尚不清楚。
心脏肌原性的规范和分化是复杂的生物过程由基因调控网络的活动。在分子水平上,新兴研究已经证实长非编码rna的作用(lncRNAs)在控制主要影响干细胞分化和发展的生物过程(10,11]。例如,它是表明lncRNAFendrr和《勇敢的心》(Bvht)对适当的命运至关重要的控制横向中胚层衍生品(12]。lncRNAFendrr扮演监管角色绑定TrxG / MLL复合物和polycomb压制复杂2 (PRC2)Bvht在心肌细胞分化与SUZ12鼠标。在另一项研究中,lncRNA卡门被证明与SUZ12 EZH2, PRC2的两个组成部分,作为上游的mesoderm-specifying基因调控网络(13]。lncRNAs可以作为信号,指导或脚手架染色质和调节基因表达的表观遗传与染色质修饰或改造因素互动(14]。圆形rna (circRNAs)是一类普遍存在于动物细胞非编码rna。circRNAs可以调解的活性小分子核糖核酸(microrna)通过绑定和功能。越来越多的证据表明,circRNAs往往表达异常在不同的生理和病理条件下,可能导致通过microrna干细胞分化和发展(15,16]。
促进肌肉再生,改善我们的理解是很重要的信号通路和分子调控电路如ncRNAs控制干细胞的分化的肌肉和心脏的血统。C3H10T1/2细胞系孤立从影响小鼠胚胎有几个特点,类似于msc。之前的研究表明,低浓度的DNA甲基化抑制剂5-AZA C3H10T1/2细胞转化为骨骼肌、脂肪细胞、软骨细胞(17]。由于C3H10T1/2细胞体外的可用性,成肌细胞分化过程是一个有用的系统研究ncRNAs的生物功能。在这项研究中,ncRNAs在肌原性的表达谱和cardiomyogenic分化msc的识别和特征采取高通量的优势RNA-sequencing (RNA-Seq)。我们的发现可能导致更有效的治疗方法的发展肌肉杜氏肌萎缩症等疾病和心脏疾病。
2。材料和方法
2.1。分化C3H10T1/2
C3H10T1/2鼠标多能间充质祖细胞从细胞银行获得中国科学院(中国上海)。短暂,C3H10T1/2杜尔贝科修改鹰的培养基培养(DMEM)补充10%胎牛血清的边后卫,2毫米谷酰胺,100 U /毫升青霉素,100μg(链霉素(1%笔/喉炎)37°C的5%股份2。细胞被播种在six-well板的密度5000细胞/毫升诱导肌原性的和cardiomyogenic分化前24小时。然后,细胞被孵化与5-AZA (Sigma-Aldrich) 10, 20和30μ分别mol / L和孵化24、48岁和72小时。然后,这些细胞被替换为新的增长媒体和孵化有限公司2孵化器7-21天。媒介取代每2 - 3天,观察细胞的形态变化。试剂浓度和诱导时间点在图所示1。
2.2。RNA制备和基因表达分析
从未经处理的总RNA提取,5-AZA C3H10T1/2细胞样本(20μmol / L)通过使用试剂盒(美国生活表达载体技术,卡尔斯巴德,CA)根据制造商的指示。互补脱氧核糖核酸制备使用互补脱氧核糖核酸合成装备(WI Promega,麦迪逊,美国)。实时定量PCR(存在)的mRNA表达进行分析如前所述与正常化GAPDH (glyceraldehyde-3-phosphate脱氢酶)和执行SYBR supermix(豆类、志贺、日本)。用于基因扩增的引物如表所示1。天7、14和21日cardiomyocyte-specific标记(GATA-4,cTnt,α-MHC,Nkx2.5,MEF2c)和myogenic-specific标记(MyoD,Myogenin,肌间线蛋白)未经处理和5-AZA C3H10T1/2细胞被qPCR治疗。每个信使rna的表达相对于GAPDH是基于阈值的计算周期(CT) 。
2.3。RNA序列
RNA提取两个未经处理和两个20μmol / L 5-AZA C3H10T1/2治疗细胞样品用试剂盒。RNA从每个样本(C3h10_1 C3h10_2,未经处理的;C3h10_101 C3h10_102, 20μM 5-AZA 5-AZA治疗)是量化和合格的安捷伦2100生物分析仪(美国安捷伦科技,帕洛阿尔托,CA)和NanoDrop(热费希尔科学Inc .)。RNA的完整性对于每个样本评估使用标准变性琼脂糖凝胶电泳。1μg总RNA RIN的每个样本值高于7用于图书馆准备。图书馆与不同的实验组,每组多路复用和加载Illumina公司HiSeq仪器根据制造商的指示(Illumina公司、圣地亚哥、钙、美国)。GENEWIZ序列进行了处理和分析。
2.4。中存在测试RNA-Seq
我们选择8 lncRNAs和3 circRNAs RNA-seq差异表达的(8 lncRNAs 5调节3表达下调,3 circRNAs 2调节,和1表达下调)中存在的验证。从未经处理和提取的总RNA 5-AZA-treated C3H10T1/2细胞样品(20μmol / L)通过使用试剂盒(美国生活表达载体技术,卡尔斯巴德,CA)根据制造商的指示。互补脱氧核糖核酸是由互补脱氧核糖核酸合成装备(RevertAid第一链cDNA合成装备,热科学、中国)。lncRNA和circRNA表达式分析了使用罗氏(Roche LightCycler96)中存在,如前所述,标准化与GAPDH (glyceraldehyde-3-phosphate脱氢酶)和执行SYBR绿色我(RiboBio、广州、中国)。每个信使rna的表达相对于GAPDH是基于阈值的计算周期(CT) 。实验设计的引物如表所示2。
2.5。免疫细胞化学
实验前一天,消毒小圆玻璃幻灯片放到12-well板和涂有明胶。凝胶涂层干后被删除。细胞转移到12-well板在一个合适的密度和培养过夜。这些细胞被固定为4%多聚甲醛缓冲(PFA, Solarbio,北京)1 h。删除固定解决方案后,细胞与PBS洗。0.1% Triton x - 100 (BioFroxx、德国)和被用来使细胞膜的渗透性。与1%牛血清样本密封在PBS专辑(BSA, Solarbio,北京)60分钟,和肌间线蛋白Ab-AF5334, TNNT2 Ab-DF6261, MyoD1 Ab-AF7733,和GATA4 Ab-AF5245被稀释到1% BSA 1: 100一夜之间和治疗在4°C。删除后的主要抗体,细胞与PBS洗两次。二次抗体的细胞被孵化(Alexa萤石®488 AffiniPure山羊Anti-Rabbit免疫球蛋白(H + L), Yeasen,上海,中国)2 H,然后孵化与赫斯特33342年(中国Beyotime C1025) 5分钟。在每一步,细胞与PBS仔细洗3次。 For quantification, a fluorescence microscope (Leica DMi8, Leica Microsystems Heidelberg GmbH, Germany) was used to capture at least 8 nonoverlapping images of each marker. Cells positive for secondary antibody staining were counted as a percentage of the total cell count. The Colocalization_Finder plug-in of ImageJ (National Institutes of Health, Bethesda, MD, USA) was used to analyze the positive rate of cells. Each experiment was repeated more than five times. Data are expressed as 偏差。
2.6。生物信息学分析
数据处理Trimmomatic (v0.30)去除技术序列和获得高质量的清洁数据。DESeq Bioconductor包被用来执行微分表达式分析。的价值的基因被Benjamini设置为< 0.05和调整,业务的方法控制错误发现率。基因本体论(去)条款和KEGG(京都基因和基因组的百科全书)分析被用来标注一个富豪榜的基因和相关信号通路。我们还执行GSEA基因的差异表达分析,进一步探索目标基因富集的通路。CPC(编码潜在计算器)被用来做蛋白质编码潜力预测。Cytoscape lncRNA-mRNA coexpression网络分析是由软件。的差异表达circRNAs检测采用负二项分布测试基于DESeq软件包。通过分析遗传成分的circRNAs, circRNAs在基因组的分布调查。生物信息学分析由Oebiotech。
3所示。结果
3.1。形态和特征的小鼠间充质干细胞和5-AZA治疗增加Myodifferentiation和心肌细胞分化
C3H10T1/2鼠标msc(图2())中培养six-well盘子和对待5-AZA 10, 20和30μM,分别培养24小时。7 - 8天后细胞的形态发生显著变化的文化。如图2(b),立方体状C3H10T1/2细胞被拉伸到spindle-like细胞,显示在同一个方向,安排与更高的折射。值得注意的是,myotube-like结构逐渐出现在这些spindle-like细胞后另一个14天的文化。基本上,大约20 - 30%的field-initiated myotube-like结构,成熟细胞的特点后21天5-AZA治疗(数字2(c)和2(d))。
确定每个5-AZA浓度的效率为肌原性的感应,我们比较myotube-like结构和死细胞的比例在每个地区5-AZA治疗组。使用30μM 5-AZA治疗并没有导致感应效率最高,而这个浓度导致大量细胞死亡。10到20μM 5-AZA可以诱导形态变化和myotube-like结构有效。所以,没有直接相关性的百分比myotube-like结构和5-AZA的浓度。此外,我们注意到时间轴5-AZA感应过程是一个非常重要的事情,总是显示细胞形态学改变一个星期后,myotube-like三到四星期后出现的文化结构。另外,细胞治疗与5-AZA 72小时,这可能提高感应效率,这个比例接近60 - 70% 5-AZA治疗后21天。
进一步评估myotube-like细胞的增殖和生长特性结构,我们选择myotube-like细胞通过细胞环的工具,subcloned,培养这些细胞又多为两周。我们发现这些细胞仍有能力形成myotube-like细胞(数字2(e)和2(f)),这表明这些细胞分化状态相对稳定和有限的增殖能力。然而,自发收缩并不是所有文化过程中出现。
中存在的mrna表达水平进行检测特定的肌原性的和cardiomyogenic标记包括MyoD,Myogenin,肌间线蛋白,α-MHC,GATA-4,cTnt,Nkx2.5,MEF2c。cardiomyogenic和肌原性的标记基因的相对表达水平确定在0,7,分别和5-AZA治疗后21天。如图2,的表达GATA-4( ),cTnt( ),MyoD( ),和肌间线蛋白( )在5-AZA诱导组明显增加,表明5-AZA扮演重要的监管角色在msc分化成心肌细胞和细胞。然而,的表达水平MEF2C,nkx - 2.5,Myogenin,α-MHC了减少或没有变化(图2)。
确定5-AZA C3H10T1/2形态和特征分化的影响,我们进行了MSC分化和免疫细胞化学实验。诱导肌细胞分化和心肌细胞分化后,这些细胞被染色和肌原性的cardio-myogenic differentiation-related标记肌间线蛋白,GATA4,MyoD1,TNNT2,细胞和心肌细胞的分化细胞的比例确定。结果表明,心原性的和肌原性的特定标记肌间线蛋白,GATA4,MyoD1,TNNT2后被显著调节5-AZA感应(图3)。与对照组相比,积极的肌间线蛋白是 ( ),GATA4是 ( ),MyoD1是 ( ),和TNNT2是 ( )显示上调表达明显(数据未显示)。FITC(+) /赫斯特33342(+)定量分析结果表明,大大促进了肌原性的和cardiomyogenic差异化。
3.2。识别差异表达谱之间的mRNA-lncRNAs未分化和分化msc
全基因组分析的简要概述,mRNA-lncRNA-circRNA研究设计中说明了数据4(一)和4 (b)。来验证两种生物之间的相关性为每个样本重复,我们进行相关系数分析。如图4 (c)之间有高度的相关性指数0.9937,两治疗组:C3h10_1 C3h10_2。两个20μM 5-AZA-treated组:C3h10_101 C3h10_102,相关指数为0.995。这些数据表明两者之间的正相关生物重复5-AZA处理和未经处理的细胞,分别。
(一)
(b)
(c)
通过计算RFPKM值和比较序列,我们筛选3398个差异表达mrna,包括2429调节和969个表达下调mrna,根据错误发现率的标准 和 (图5(一个))。同时,差异基因表达分析确定了层次聚类分析,确认未分化和分化干细胞表现出显著差异表达基因(图5 (b))。
(一)
(b)
(c)
(d)
(e)
与lncRNAs使用相同的测序分析,我们发现了1538个差异表达lncRNAs,表明不同种类的lncRNAs表达式是由肌原性的和心脏发生的分化(图造成的5 (c))。此外,1175年和363年lncRNAs显著识别和表达下调,分别为( , )(图5 (d))。微分lncRNAs发现在这项研究中分为:(i),(2)反义,(iii)双向(iv) intronic, (v)基因间(图5 (e))。
3.3。微分信使rna的功能注释和路径分析
了解相关的生物过程,我们进行基因本体论(去)和《京都议定书》百科全书的基因和基因组学(KEGG)路径分析。去KEGG富集分析显示有更多与心肌分化相关基因( )。去分析显示大量mrna表达参与调节功能,包括心脏增长,横纹肌细胞发展,调节骨骼肌收缩的力量,横纹肌薄丝,Z盘,肌钙蛋白复杂,肌肉alpha-actinin绑定和等(图6(一))。路径分析表明,mRNA表达参与显著调节通路,包括粘着斑,ECM-receptor交互,PI3K-AKT信号通路,PPAR信号通路,酪氨酸代谢(图6 (b))。
(一)
(b)
3.4。识别差异表达circRNAs肌原性的和Cardiomyogenic circRNA-Targeted msc分化和分析差异表达基因
高通量测序技术用于检测circRNAs的表达谱,和2228 circRNAs识别(图7(一)与已知的数据库circBase(相比)http://www.circbase.org/)。此外,我们发现总共有46 circRNAs差异表达,其中25 - 21 lncRNAs显著识别和表达下调,分别为( , )(图7 (b))。此外,微分circRNA表达式分析确定了层次聚类分析,确认未分化和分化干细胞表现出显著差异表达circRNAs概要(图7 (c))。
(一)
(b)
(c)
来分析泽和预测的假定的功能差异表达circRNAs肌原性的分化的msc、类别和KEGG通路circRNA-host基因(数据分析8(一个)和8 (b))。我们分析了调节目标的差异表达基因mrna的circRNA-targeted决定他们的分子功能的差异。目标mrna被发现在生物调控中起到至关重要的作用,催化活性,发展过程,包括干扰素β细胞反应和代谢过程,蛋白质的细胞外基质,钙粘着蛋白绑定。此外,调节KEGG通路circRNA-targeted差异表达基因被发现主要参与focal粘附和一个utophagy。
(一)
(b)
3.5。GSEA分析
去通路参与整个基因表达水平的GSEA进一步探索和验证。如表所示,20大大丰富通路被确定( ,表3),包括肌肉收缩(去:0006936),肌原纤维(去:0030016),肌节组织(:0045214)和调节肌肉收缩(去:0006937)( , )。此外,肌肉收缩(去:0006936),肌节组织(去:0045214),肌原纤维(去:0030016)和调节肌肉收缩(:0006937)被显示在图9。
(一)
(b)
(c)
(d)
3.6。所选lncRNAs和circRNAs验证中存在
为了验证的核糖核酸测序结果lncRNAs circRNAs,我们选择8 lncRNAs和3 circRNAs完全。我们的数据表明,5 lncRNAs与RNA-seq实验的结果是一致的,它包括3调节lncRNAs: NONMMU052382.2 ( ),NONMMU077900.1 ( ),和NONMMU021401.2 ( )和2表达下调lncRNAs: NONMMU033845.2 ( )和NONMMU014226.2 ( )(图10 ())。此外,2 3 circRNAs与RNA-seq实验的结果是一致的,其中mmu_circ_0000943 ( )是调节和mmu_circ_0000377 ( )表达下调( , ;图10 (b))。
(一)
(b)
4所示。讨论
C3H10T1/2细胞分化成细胞的潜力,并使用小分子5-AZA epigenetically调节心肌细胞表观遗传基因表达模式在目前的研究评估。纤维母细胞形态,5-AZA治疗后,逐渐扩大myotubular-like结构。为了提高效率,我们使用一个方法“细胞环”接群众myotube-like细胞的细胞克隆。然而,这种方法更有可能是一个非常有效的方法来改善细胞纯度比细胞数量。我们发现这些myotube-like细胞仍有能力形成myotube-like结构,表明这些细胞分化状态相对稳定和有限的增殖能力。没有跳动的心肌细胞中观察到我们所有的实验小组。此外,5-AZA被发现是一种有效的化学试剂诱导干细胞的分化,是证明了肌原性的和心脏标志物表达的变化。心脏和myogenic-specific标记包括的表达水平GATA4,cTnT,MyoD,肌间线蛋白是显著的调节与先前的研究的数据一致。国际刑事法庭的结果表明,肌原性的心原性的标记,肌间线蛋白,GATA4,MyoD1,TNNT2,明显调节细胞分化诱导5-AZA比未经处理的群msc,表明5-AZA可以促进msc的肌原性的和心脏发生的分化。我们的数据表明,在体外稳定肌原性的和心脏分化模型可以由5-AZA设立。此外,我们注意到的表达水平GATA4增长了100多倍( )5-AZA治疗后。GATA4可以控制多种细胞的分化和生长(18,19]。在心肌细胞分化的过程中,数量GATA4转染骨髓msc高于控制细胞,这表明GATA4增加干细胞向心肌细胞的分化潜能。已经表明,msc可以感应到cardiomyocyte-like TGF -细胞β1或5-AZA [20.]。低剂量治疗的TGF -β1和5-AZA可以缩短诱导时间2周只通过使用5-AZA相比。TGF -β1诱导msc分化效率低于5-AZA,虽然5-AZA细胞诱导过程中表现出明显的中毒现象。肌原性的和心脏分化的详细机制msc需要进一步探索。
干细胞疗法是一个潜在的心脏病的方法(21,22),发病率和死亡率的关键原因之一在世界23]。然而,来自干细胞心肌细胞数量和质量不足已成为一个重大问题来实现一种有效的治疗。研究表明,干细胞的分化成心肌细胞从根本上依赖于复杂的细胞和分子机制(24,25]。经典的基因调控的重点是蛋白质编码基因。ncRNAs最近,包括lncRNAs和circRNAs,已确定为潜在的角色作为特异性基因网络的中央监管机构(26]。lncRNAs被广泛定义为非编码记录超过200个核苷酸长度和监管已成为重要的细胞功能监管机构通过各种功能角色。最近的研究结果表明,多个lncRNAs被确认为心脏血统规范的监管机构和分化27- - - - - -29日]。它介导心脏承诺表观遗传学和干细胞的确定上都发挥着重要作用(核心30.]。然而,一个完整的分析的表达lncRNAs控制的心脏干细胞的分化和功能没有得到充分报道直到现在。
基本上,lncRNAs表达的方式高度依赖于细胞或组织特异性的方法(31日),他们不如蛋白质编码rna守恒在序列水平(32]。许多lncRNAs的表达模式显示在不同的组织各种形式的病理生理的外表和条件。因此,我们使用一个集成的基因组的方法来识别差异表达lncRNAs,和circRNAs 5-AZA诱导心脏和肌原性的分化特征明显的细胞系C3H10T1/2,这使我们能够确定ncRNAs感兴趣的可能为肌原性的进一步研究奠定基础和心脏分化。
通过高通量技术和生物信息学分析,我们发现差异表达,已知的,小说lncRNAs可能发挥作用的肌原性的和心脏分化。首先,我们已经确定了2429年和969年mrna在未分化和分化,表达下调msc在这项研究中。我们的实验结果进一步验证RNA-seq存在。8之间的存在结果表明,随机选择lncRNAs和3 circRNAs, 5 lncRNAs和2 circRNAs RNA-seq符合实验结果,其中3 lncRNAs调节(NONMMU052382.2、NONMMU077900.1和NONMMU021401.2), 2是表达下调(NONMMU033845.2和NONMMU014226.2), 1 circRNA调节(mmu_circ_0000943), 1 circRNA表达下调(mmu_circ_0000377)。实验结果的其他3 lncRNAs (NONMMUT026407.2、NONMMUT033845.2 NONMMUT003617.2)和1 circRNAs (mmu_circ_0001047)是不重要的或不符合RNA-seq的实验结果,这需要进一步的实验验证。
浓缩的分析去KEGG表明显著调节相关基因是心脏和肌肉分化、代谢过程、发展过程和催化活性。这表明不同的基因表达是由心原性的和肌原性的分化造成的。去分析表明,许多基因表达参与了upregulation函数,包括心脏增长,横纹肌细胞发展,调节骨骼肌收缩的力量,横纹肌薄丝,Z盘,肌钙蛋白复杂,和肌肉alpha-actinin绑定。此外,我们还假定粘着斑,ECM-receptor交互,PI3K-AKT信号通路,PPAR信号通路,酪氨酸代谢可能参与的过程。
GSEA结果进一步证实了所确定的途径(如肌肉收缩(去:0006936),肌节组织(去:0045214),肌原纤维(去:0030016)和调节肌肉收缩(去:0006937))。GSEA分析表明,C3H10T1/2显示明显的成肌细胞分化诱导后的特点,结果表明,途径确实与肌肉收缩有关。这些新颖的生物过程被GSEA帮助我们更好地理解lncRNAs调节的分子机制msc的存在。最后,去浓缩的基础上分析,KEGG路径分析,和GSEA结果,我们发现有明显的相似之处不同的分析结果。
同时,差异表达lncRNAs未分化和分化干细胞被RNA序列分析评估。此外,1175年和363年lncRNAs显著识别和表达下调,分别。有比小说更知道lncRNAs中差异表达lncRNAs,表明数百lncRNAs参与心脏和肌肉分化的过程。这些lncRNAs广泛分布在所有染色体,其中sense-overlapping和intergenomic lncRNAs lncRNAs占绝大多数。此外,许多lncRNAs短,守恒的表达水平较低,小于蛋白质编码记录(33]。我们的结果表明,许多lncRNAs大量的mrna有显著相关性。一起,1538个差异表达lncRNAs 5-AZA-stimulated期间被发现在这个研究在C3H10T1/2细胞分化为21天。尽管还需要更多的研究来证明的具体作用和机制lncRNAs cardiomyogenic分化,lncRNAs似乎是一个有效的候选人未来的肌原性的和cardiomyogenic分化或心脏疾病治疗。
近年来,一些研究已经进行的表达谱circRNAs肌原性的和cardiomyogenic分化的干细胞。共有46个差异表达circRNAs,包括25日调节和21个表达下调circRNAs在目前的研究。这些circRNAs的后续功能分析将有助于理解肌原性的和心脏干细胞的分化。最近,它已经被提出,circRNAs可以容纳microrna并发现富含功能性miRNA-binding网站(34]。此外,去和路径分析表明,这些目标mrna发挥重要作用在生物监管、催化活性、发育过程、代谢过程,包括干扰素-细胞反应β、蛋白质的细胞外基质和钙粘蛋白结合的反应。此外,KEGG通路的upregulation针对circRNA差异表达基因主要参与粘着斑和自噬。
总之,我们已经描述了lncRNAs的表达谱和circRNAs可能影响肌原性的和cardiomyogenic小鼠间充质干细胞的分化。我们的发现可能为未来的研究提供一个理论依据ncRNA调节肌原性的和心脏分化。这一结果为进一步实验研究提供了一个基础的功能和机制lncRNAs和circRNAs干细胞分化。有必要进行后续调查了解更多信息ncRNA肌原性的和心脏分化的作用。我们推测,差异表达ncRNAs,包括lncRNAs circRNAs,能代表新分子的目标肌肉疾病的临床治疗。
5。结论
综上所述,我们的研究发现显著差异表达的ncRNAs肌原性的和msc的肌原性的分化。目前的研究提供了一个系统的视角的表达ncRNAs在肌原性的和cardiomyogenic msc分化。这项工作提供了令人信服的证据,确定lncRNAs和circRNAs干细胞的潜在生物标志物进行肌原性的和心脏分化。然而,进一步的研究目标验证和功能分析这些lncRNAs circRNAs可以帮助提供确凿的证据来解释lncRNAs的监管机制和circRNAs分化过程中鼠标msc。
数据可用性
生成的数据集和/或分析在当前研究过程包含在这篇文章,可以获得相应的作者在合理的请求。RNA-Seq分析数据存入地理公共数据库存储库(加入GSE168981)。
的利益冲突
作者宣称没有利益冲突,关于这篇文章的出版。
确认
这项工作是支持的优先级的学术程序开发江苏高等教育机构(PAPD)和江苏省卫生和计划生育委员会研究项目(H201619)。