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体积 2020年 |文章的ID 7618506 | 11 页面 | https://doi.org/10.1155/2020/7618506

简洁回顾:赖氨酸乙酰化作用的调节机制间充质干细胞分化

学术编辑器:瓦Sorrenti
收到了 2019年11月03
接受 2020年1月02
发表 2020年1月28日

文摘

如今,使用msc吸引了相当多的关注在全球科技领域,自我更新和多向分化潜力糖尿病,肥胖症的治疗,骨修复,神经修复,心肌修复等等。表观遗传学中扮演一个重要的角色在间充质干细胞分化的规定,已成为医学领域的一个研究热点。本文着重于赖氨酸乙酰化改性的作用在MSC分化方向的决心。在这个进步,招聘的赖氨酸乙酰转移酶(kat)和赖氨酸去乙酰酶抑制剂(KDACs)是动态调节的转录机制的核心关键基因控制MSC多向分化。

1。介绍

间充质干细胞(msc),一种成人干细胞的多向分化潜能,可分化成多种中胚层细胞系,包括脂肪细胞、成骨细胞、软骨细胞、肌肉细胞、神经细胞(1- - - - - -4]。基于其多能性,msc代表广泛的细胞来源用于治疗疾病,如糖尿病、肥胖、和自身免疫性疾病,成为全球科技的关注的焦点(5- - - - - -7]。msc的分化是由许多因素(8,9]。表观遗传学,MSC分化的主要调节机制之一,扮演着一个重要的角色在决定细胞命运(10- - - - - -14]。其中,赖氨酸乙酰化作用,一种转译后的修改(天车)的蛋白质,被广泛研究转录的调控15- - - - - -17]。

精确控制蛋白质的生物功能至关重要。赖氨酸乙酰化作用是主要的蛋白质翻译后修饰之一,拥有多个影响蛋白质和代谢组件(18]。它可以调节基因的表达与多向分化和在一定程度上代表msc的多能性。同时,赖氨酸乙酰化的程度也会影响msc的分化方向和生物功能。本文研究最新进展的赖氨酸乙酰化改性方面综述了MSC分化从以上方面。

2。赖氨酸乙酰化作用的简要总结

赖氨酸乙酰化是一个可逆过程的转移乙酰基乙酰辅酶a的E-amino赖氨酸的侧链19]。赖氨酸乙酰化修饰是一种进化保守天车,存在于原核生物和真核生物。赖氨酸乙酰化参与各种重大生理和疾病相关的关键细胞过程,如基因转录和表达、DNA损伤修复、细胞信号传导、蛋白质折叠,自噬20.- - - - - -22]。同时,它影响蛋白质功能通过多种机制,包括蛋白质稳定性、酶活性、亚细胞定位、和其他转译后的修改,以及蛋白质和protein-DNA互动,最终影响细胞周期和细胞分化[23,24]。

组蛋白和非组蛋白的乙酰化作用主要是可逆由赖氨酸乙酰转移酶(KAT)和赖氨酸脱乙酰酶(KDAC),它有时被称为组蛋白乙酰转移酶(HAT)和脱乙酰酶(HDAC)。凯特可以放松核小体的结构,促进转录因子的表达和协同作用。转录因子与DNA分子可以联系,激活特定基因的转录。脱乙酰作用过程中KDACs使子勉强获得转录调控元素抑制转录基因失活(图紧随其后1)。

2.1。赖氨酸乙酰转移酶(kat)和赖氨酸去乙酰酶抑制剂(KDACs)

目前,它表明13 kat已确定在人类蛋白质组(规范),和他们中的大多数可以分为三个家庭:GCN5, p300, MYST19 [18]。此外,还有α微管蛋白N-acetyltransferase 1 (TAT1 / ATAT1),建立凝聚力1同系物1 (ESCO1)和ESCO2,组蛋白乙酰转移酶1 (HAT1 / KAT1),而且没有同源性。除了TAT1,所有经典kat主要定位在细胞核乙酰化组蛋白和非组蛋白的。

蛋白质是由脱乙酰酶催化的脱乙酰作用。目前,18种KDACs被发现在人类蛋白质组。根据KDAC域的同源性,它可以分为四种类型:一级KDACs (HDAC1, HDAC2 HDAC3, HDAC8),二类KDACs(类活动花絮:HDAC4, HDAC5、HDAC7 HDAC9;IIb类:HDAC6 HDAC10),第三类KDACs (SirT 1 - 7),和第四类(包括只有一个成员,HDAC11) [25,26]。第四类我和KDACs主要分布在细胞核的细胞,和二类KDACs分布在细胞质和细胞核,细胞质与出口后信号激活(27]。同样,第三类KDACs,也称为sirtuin蛋白去乙酰酶抑制剂,位于不同的细胞隔间:sirtuin蛋白1 (SIRT1)和SIRT6细胞核,SIRT7核仁,SIRT2在细胞质中,线粒体和SIRT3 SIRT4, SIRT5 [28]。此外,一级,二级和四级KDACs zinc-dependent酶,而第三类hdac需要NAD +代数余子式的催化活性。因此,KDACs也可以分为两类:zinc-dependent hdac河畔+端依赖sirtuin蛋白去乙酰酶抑制剂(29日]。Zinc-dependent hdac拥有一个高度保守的脱乙酰酶域,通常称为古典hdac或古典KDACs(表1)。


家庭 缩写 亚细胞定位

凯特 GCN5 GCN5 (KAT2A) PCAF (KAT2B)
P300 海关与边境保护局(KAT3A) P300 (KAT3B)
神秘岛 Tip60 (KAT5) MOZ (KAT6A)
MORF (KAT6B) HBO1 (KAT7)、财政部(KAT8)
其他 ESCO1、ESCO2 HAT1
TAT1 细胞质

KDACs 课上我 HDAC1、HDAC2 HDAC3 HDAC8
二类 类活动花絮 HDAC4、HDAC5 HDAC7 HDAC9
IIb类 HDAC6, HDAC10 细胞质
第四类 HDAC11
第三类(SIRT) SIRT1, SIRT6
SIRT2 细胞质
SIRT3, SIRT4 SIRT5 线粒体
SIRT7 核仁

2.2。功能性赖氨酸乙酰化网络

大约70%的已知的乙酰化网站的目标是kat CBP和/或p300。乙酰化蛋白的乙酰化作用在大多数是由五个kat催化(CBP, p300, GCN5、PCAF TIP60) (27]。同样,网络受KDACs,超过2/5的乙酰化网站SIRT1的目标,和超过60%的sirtuin蛋白脱乙酰酶的目标。符合sirtuins蛋白在细胞的位置,有许多核蛋白质组成的SIRT1的目标,如转录监管机构,而SIRT3目标位于线粒体,与大多数SIRT3目标参与线粒体代谢的调节。相比之下,KAT-regulated网络含有更多的转录监管机构,用更少的蛋白质参与新陈代谢。

乙酰辅酶A(乙酰辅酶A, ACA)是一种细胞功能的关键代谢物,包括能源生产在细胞质中的线粒体和脂类的生物合成。乙酰化作用直接相关ACA的水平。ACA在细胞可以在本地的具体生产影响蛋白质的乙酰化作用。例如,核ac、ACSS2和PDC调节组蛋白乙酰化作用由当地生产ACA,从而影响基因转录(30.]。在酵母中,线粒体ACA的消费只有消除了线粒体蛋白质除了核蛋白质乙酰化作用31日]。在老鼠身上,ACA的羧化酶1 (ACC1)和ACC2 ACA转换成丙二酰辅酶A,导致增加蛋白质乙酰化作用,这可能是通过增加水平的ACA (32]。通过遗传和严格的饮食方法,研究人员证实ACA的波动水平之间的相关性和乙酰化水平的变化,这进一步表明,ACA是许多乙酰化事件的限制因素(33]。

2.3。细胞的赖氨酸乙酰化作用的角色

蛋白质乙酰化与许多细胞过程和人类疾病有关。线的突变在几个kat KDACs,如KAT6A SMC3(编码染色体蛋白质3),和HDAC8 (SMC3脱乙酰酶编码组蛋白脱乙酰酶8日),发育迟缓,相关异常,智力残疾(34,35]。研究发现,乙酰化作用也与癌症密切相关,炎症,免疫和neurometabolic疾病如糖尿病(36- - - - - -38]。凯特和KDACs管制在各种癌症给了我们一个明确的暗示,异常乙酰化作用发生,它可能被治疗纠正KDAC抑制剂治疗(39,40]。目前,许多小分子抑制剂KDACs和凯特有吸引力的治疗候选人(38]。

KDAC的发现之前,组蛋白脱乙酰酶抑制剂(HDACi)也高级蛋白质乙酰化作用[41,42]。丁酸钠,第一个化合物诱导组蛋白乙酰化作用,Trichostatin (TSA,真菌抗生素),丙戊酸(VPA),和其他几个化合物最初被鉴定为HDACi [43- - - - - -45]。从表观遗传变化严重导致癌症发病和进展,HDACi很快被公认为有前途的抗癌药物(39,46,47]。

HDACi同样促进非组蛋白的乙酰化蛋白质,可确定的交互,本地化和这些蛋白质的稳定性(42]。在细胞水平上,HDACi诱导细胞分化,细胞周期阻滞,衰老,细胞凋亡,活性氧(ROS)生产,和有丝分裂细胞死亡。在活的有机体内,HDACi可以减少侵袭性、血管生成和转移的肿瘤,因此抑制肿瘤的发展。相比之下,CBP, KAT抑制剂发现最近,A485, p300抑制剂,显示抗增殖影响lineage-specific肿瘤细胞系(48];然而,KAT6A KAT6B抑制剂诱导细胞衰老和抑制小鼠淋巴瘤增长(49]。

3所示。乙酰化修饰在msc分化

间充质干细胞(msc)是多能祖细胞有可能分化成多种中胚层的血统,包括脂肪细胞,成骨细胞和软骨细胞。在衰老和骨质疏松症,脂肪形成优于骨生成,这意味着在这些条件下,MSC分化是特异表达的平衡。许多转录因子参与家族选择和终端分化的msc。

赖氨酸乙酰化调节许多细胞分化过程。也是一个主要的骨髓间充质脂肪分化的表观遗传调控监管机制和成骨分化50]。组蛋白乙酰转移酶参与启动转录主要由乙酰基,导致DNA变性。HDAC能扭转乙酰化作用过程在细胞(图2)。

3.1。乙酰化修饰的作用去msc(表2)

脂肪生成
表观遗传标记/酶功能 特定的染色质修饰符 有针对性的干细胞群 分化 参考文献。

脱乙酰作用
HDAC3 3 T3-L1 绑定到主监管机构PPAR减弱脂肪形成γ和衰减PPARγ驱动基因表达的能力 (56,58]
Sirt1 小鼠骨髓 绑定到主监管机构PPAR减弱脂肪形成γ并抑制其目标基因 (62年、63年、65年- 72年)
(66年]

赖氨酸乙酰化改性及其改性酶主要参与脂肪生成的表观遗传调控51- - - - - -53]。赖氨酸乙酰化作用是gene-specific基因在脂肪形成的监管机构,在脂肪生成调节转录网络扮演着不同的角色。

预处理HDAC抑制剂VPA和丁酸钠(正当)抑制脂肪形成的分化的人类脐带血液和脂肪间充质干细胞(54];HDAC抑制剂TSA和suberoylanilide异羟肟酸(萨哈)可以抑制脂肪形成的差异化人力preadipocytes [55];脂肪细胞的分化可能被提升hdac3基因敲除或的表达hdac1小干扰rna(干扰56- - - - - -58]。此外,高表达水平的HDAC5和HDAC6需要足够的脂肪细胞功能(59]。HDAC9已被证实能抑制脂肪形成。对于慢性高脂肪饮食,适当的去受损,和消极的表达调节器的脂肪形成的HDAC9增加。消融的HDAC9老鼠可以防止慢性高脂肪饮食的负面健康影响,包括体重增加,葡萄糖耐量和胰岛素不敏感,12,60,61年]。因此,HDAC抑制肥胖相关疾病的临床目标蕴含着巨大的希望。

涉及多个转录因子家族选择和终端分化的msc。过氧物酶体proliferator-activated受体γ(PPARγ),CCAAT / enhancer-binding蛋白(C / ebp),脂肪细胞分析和differentiation-dependent因子1 /甾醇反应元件结合蛋白1 C (ADD1 / SREBP1c)哺乳动物脂肪细胞分化的关键调节因素也参与光谱选择和终端分化的msc (62年,63年]。研究表明,PPAR的激活γ和C / EBPα通过转录因子之间的相互作用,辅活化因子,coinhibitors。其中,赖氨酸乙酰化和脱乙酰作用发挥重要作用的基因调控。Zhang et al。(2012)发现的分布模式五个关键脂肪形成的乙酰化修饰调控基因,Pref-1 C / EBPβ,C / EBPα,PPARγ2,aP2,在脂肪生成的影响10 t1/2小鼠间充质干细胞(msc)和3 t3-l1 preadipocytes,为了确定角色的赖氨酸乙酰化修饰及其“劳动分工”脂肪细胞的分化。结果表明,检测赖氨酸乙酰化改性是全球稳定整个脂肪生成过程但显示一个独特的和高度动态分布格局为特定的基因。例如,PPARα2和msc aP2基因显示增加组蛋白乙酰化的尾巴H3和H4在脂肪生成,并增加组蛋白乙酰化水平激活PPAR的转录α2,aP2基因(64年]。除了直接绑定到脂质修饰基因,histone-modifying酶也调节脂肪形成互动与脂肪形成的监管机构。例如,SIRT1,哺乳动物的sirtuin蛋白家族的成员代表,减弱脂肪生成绑定到PPAR主要监管因素γ和抑制其目标基因在食物限制(65年- - - - - -71年]。相反,Sirt1的减少而导致PPAR的增加γ乙酰化作用,从而增加C / EBPα表达和促进脂肪生成的发展(72年]。此外,kat p300 / CBP和Tip60促进adipogenic-related基因的激活与PPAR直接互动γ,从而提高其转录过程(73年,74年]。此外,HDAC1已被证明与监管有关的元素BAT-specific基因,导致减少的程度组蛋白H3K27乙酰化作用,从而抑制转录(75年]。HDAC3也参与蝙蝠基因表达的调节和老鼠生热作用76年- - - - - -78年]。有趣的是,不像HDAC1 HDAC3-mediated监管,HDAC9-mediated脂肪形成的基因表达调节不依赖于其脱乙酰酶域,而是伴代数余子式的控制交互模块的蛋白质(76年]。

3.2。乙酰化修饰在成骨分化的msc(表3)

Osteoblastogenesis
表观遗传标记/酶功能 特定的染色质修饰符 非组蛋白的底物或相互作用的蛋白质 微分函数 Ref。

脱乙酰作用
HDAC1, HDAC2 (85年- - - - - -87年,89年]
HDAC3, HDAC7 与RUNX2的交互 (84年,88年]
HDAC4, HDAC5 RUNX2脱乙酰作用;与SMAD3互动 (68年,69年]
HDAC8 H3K9ac (83年]
SIRT1 β-连环蛋白脱乙酰作用 (90年- - - - - -92年]
SIRT3 SOD脱乙酰作用 (89年]

↑:促进分化;↓:抑制分化。

组蛋白乙酰化程度相关的调控基因可能反映了msc的维护和分化状态(79年]。H3K9的乙酰化和H3K14 (H3K9ac H3K14ac)是一个标记基因激活(80年]。在骨髓间充质干细胞的成骨分化(BMMSCs) RUNX2 osteogenesis-related基因的表达和碱性磷酸酶(ALP)逐渐增加,而干细胞的表达相关因素Oct4和Sox2干细胞自我更新显著降低,变化是H3K9ac和H3K14ac密切相关81年]。

在最近的研究中,类我HDAC1 HDAC2, HDAC3, HDAC8和III类SIRT1 SIRT3发挥了重要作用的分化方向BMMSCs [82年- - - - - -89年]。在心肌微环境,BMMSCs可以分化成心肌细胞。在这个过程中,HDAC1的表达明显减少。同时,击倒的HDAC1可以促进BMMSCs直接分化成心肌细胞(90年]。HDAC8降低老鼠的成骨分化BMMSCs通过抑制H3K9的乙酰化和RUNX2的活动83年]。

SIRT1可以直接调节因子Sox2 BMMSCs保持自我更新和多潜能。其活动的减少降低Sox2的表达,从而导致BMMSCs的自我更新和分化能力的退化。SIRT1激活可以剂量依赖性促进BMMSCs克隆的能力和分化成成骨的脂肪形成的分化(91年]。类似地,SIRT1可以调节基因的转录BMMSC脱去乙酰基的分化β连环蛋白积累在细胞核中(92年]。此外,SIRT1促进软骨分化的过程BMMSCs通过激活Sox9的脱乙酰作用和NF -κB (93年]。

组蛋白脱乙酰酶抑制剂对BMMSCs的分化有强烈的影响。治疗组蛋白脱乙酰酶抑制剂BMMSCs VPA和正当增加组蛋白H3和H4乙酰化作用,显著提升肝脏特异性基因表达水平,表明BMMSCs代理促进分化成肝通过抑制脱乙酰酶(94年]。同时,正当抑制鼠BMMSCs HDAC2的表达,其招聘顺利阳性基因可能会进一步诱导高水平的H3K9ac H4ac,促进顺利阳性基因的表达和诱导BMMSCs分化成平滑肌(95年]。另一个组蛋白脱乙酰酶抑制剂,TSA,显著抑制减少Oct4、Sox2, Nanog稳定多能性基因的表达在BMMSCs [96年]。其他的研究已经发现,TSA治疗增加组蛋白H3的乙酰化水平,抑制脂肪形成的差异化BMMSCs [97年]。

此外,棕褐色等人研究了H3K9ac修改基因启动子区域的hBMMSCs在全基因组水平。结果表明,改性H3K9的hBMMSCs相关与mRNA表达的启动子区域。功能分析显示,hBMMSCs自我更新。可以由多个关键的细胞内信号转导途径H3K9修改(98年]。hBMMSCs成骨分化的过程中,整体的浓缩H3K9ac在基因的启动子区域逐渐减少(99年]。在体外,hBMMSCs chondrogenic分化显著增加的染色质标记H3K9ac在启动子和5 端区域的基因(One hundred.]。这些结果表明,基因激活和沉默影响H3K9ac可能自我更新的关键,msc的多能性维护和成骨分化。

3.3。乙酰化修饰的作用在msc分化成软骨细胞

在软骨组织再生医学、赖氨酸乙酰化参与调节软骨细胞分化和终端间充质干细胞的分化。软骨组织是一个vascularless软骨细胞和细胞外基质组成的组织。因此,软骨组织修复能力有限(101年]。间充质干细胞(msc)是有前途的替代来源的软骨细胞,因为它们长期自我更新和多向分化潜能。间充质干细胞向软骨细胞分化的过程本质上是一个chondrocyte-specific表型的基因表达间充质干细胞基因组。各种信号通路包括转化生长因子-β1 (TGF -β1)/ SMAD通路和Wnt /β连环蛋白通路已被证明是相关过程(102年- - - - - -107年]。赖氨酸乙酰化起着重要的作用在调节cartilage-specific基因的表达(108年- - - - - -111年]。组蛋白修饰控制软骨形成的关键基因的表达通过改变染色质的空间结构,最终调节干细胞软骨形成的过程。

组蛋白修饰在调节中扮演一个重要的角色chondrogenic早期分化的间充质干细胞(112年]。共激活剂P300组蛋白乙酰基转移酶活性,可以直接调节组蛋白乙酰化作用的Sox9并激活Sox9软骨形成。P300还可以与环磷酸腺苷效应结合蛋白(分子)形成共激活剂和Sox9加强Col2al chondrocyte-specific表型基因的表达。因此,组蛋白乙酰化修饰与P300可以调节chondrocyte-specific Sox9基因的表达和Col2al113年- - - - - -115年]。HDAC1不仅可以直接绑定到的启动子区域β连环蛋白抑制的表达β-catenin基因也降低β连环蛋白脱乙酰酶通过域之间的交互和脱去乙酰基β连环蛋白的蛋白质,它的差别导致了对这些古典Wnt /β连环蛋白信号通路和促进软骨的小鼠间充质干细胞诱导分化过程TGF -β1 (116年]。HDAC4还可以促进猪软骨形成synovial-derived间充质干细胞(SDSCs)诱导TGF -β1;与此同时,HDAC4可以抑制X肥厚性表型的表达(SDSCs) [117年]。

软骨损伤通常是伴随着骨骼病变的发生。多个地方因素参与调节的生理重建软骨,和失去平衡这些因素可能会导致更高的软骨分解代谢。Wnt通路分子已成为骨和软骨的主要监管机构。激活Wnt /β连环蛋白诱发在软骨内稳态失衡102年,118年]。在体外软骨形成使用C3H10T1/2细胞的实验表明,信使rna和蛋白质水平的β连环蛋白中抑制软骨形成,而HDAC1表达水平的升高。相反的表达模式之间β连环蛋白和HDAC1表明可能有新的监管机制参与软骨形成这两个因素之间(116年]。

4所示。结论和展望

赖氨酸乙酰化调节许多细胞发育和分化过程。

复杂和微妙的内部环境的生物,表观遗传调控经常不工作在一个单一的方法。不同的组蛋白修饰可以相互作用,发挥协同作用。组蛋白修饰也可以加上DNA甲基化生产复杂的表观遗传的影响。表观遗传修饰的网络监管模式也参与脂肪形成的差异化的精细调控msc。msc的成骨的平衡和脂肪形成的分化是由DNA甲基化和组蛋白乙酰化作用在C / EBP的启动子区域α(119年,120年]。在成骨分化,C / EBP的甲基化α启动子区域防止PPAR的绑定γ进一步与HDAC1绑定到这个区域,减少组蛋白乙酰化水平,和PPARγ建立了DNA甲基化在C / EBP的启动子区域α和组蛋白乙酰化作用的桥梁120年]。组蛋白修饰因子YY1和转录辅激活p300可以改变chondrocyte-specific基因的表达在BMMSCs ChM-I通过调节组蛋白乙酰化水平,抑制YY1和增加p300和hypomethylation启动子区域。基本的转录因子的表达特异性3 (Sp3)维护ChM-I但没有函数的表达式以同样的方式在hypermethylated细胞,这表明有协同负监管ChM-1由组氨酸脱乙酰作用和甲基化在BMMSC软骨分化(121年]。

RUNX2在BMMSCs调节成骨分化,两个转录activation-related H3K9ac和H3K4me3修改水平和招聘RUNX2启动子区域的升高,而H3K9me3修改水平与转录镇压观察RUNX2的启动子区域。招聘减少,RUNX2启动子区域的甲基化程度降低(97年]。这些研究结果表明,不同的表观遗传修饰可以协同调节BMMSCs的分化过程。

表观遗传调节器影响成人组织干细胞的功能主要是通过调节组织主监管机构的功能。然而,对于我们来说,它仍然是遥远的特定角色个人表观遗传因素;更重要的是,他们的成人干细胞联合活动和交流是不清楚。比如,我们面临许多技术挑战在活的有机体内代的专门研究模型及其分子调节机制的成人干细胞的起源,以及缺乏干细胞特异性诱导表观遗传分析目标菌株和传统方法从非常少量和强大的计算方法来理解生成的大量数据。

近年来,各种各样的表观遗传修饰参与发现了msc的分化。基于这些修改,药物开发有效地调节这些修改,提供精确的msc分化条件,使msc分化方向可控和可预测的。目前,某些小分子药物,可以调节干细胞分化和增殖检测和发展阶段,可以参与管理的各个方面编程和开发信号通路(122年]。这些结果也承诺价值研究间充质干细胞的分化机制和临床应用来源于骨髓,脂肪,脐带血。

总之,赖氨酸乙酰化的规定中扮演一个重要的角色在MSC脂肪形成和分化的过程中,但具体机制尚未完全理解,和一个新的监管修改网络需要被发现。进一步的研究在这一领域将为MSC分化的命运提供的线索,将有广阔的应用前景在临床组织工程和细胞治疗。

的利益冲突

作者证实不存在利益冲突。

确认

这项工作得到了国家重大科研项目的资助(2015 cb943102)和中国国家自然科学基金(31572365)和陕西省重点科技创新团队的共同基金(2017 kct-24)和中国国家自然科学基金会(U1804106)和基础研究基金为中央大学(245201971)。

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