文摘
分子诊断技术的进步已经确定的子集尤因和易位Ewing-like肉瘤由变体具有独特的生物学。这些肿瘤患者很可能会有不同的临床特征和治疗结果。然而,这些病人的管理本地和在合作小组试验取决于当地的病理诊断。不知道分子诊断方法是受雇于当地的病理学家或者确切的易位通常被确定。此外,它不知道什么治疗方法用于这些患者或合作试验被认为适合这些患者由专家共识。为了回答这些问题,我们进行了一项国际调查的肿瘤学家和病理学家更好地理解诊断方法用于识别变异易位和影响的发现对治疗和临床试验资格。一个在线调查是分布式肿瘤学家和病理学家主要在北美。141调查完成后,代表28%的反应率。绝大多数的受访者认为EWSR1-ETS基因家族易位(范围61 - 96%)尤因肉瘤并将包括在主臂的尤因肉瘤的临床试验。有一个缺乏共识如何分类和分层BCOR-CCNB3, CIC-DUX4, EWSR1 + non-ETS伙伴融合。 Most respondents were either unsure how their institution tested, or their institution did not perform the test. In cases with atypical Ewing morphology, most respondents favoured additional fusion transcript testing. There is a lack of consensus regarding the classification and stratification of rare molecular subtypes in Ewing sarcoma. It is not clear how these alternative translocations have impacted outcomes for past clinical studies. This suggests a need for molecular confirmation of diagnoses and centralized or minimum standardization of testing for future trial enrolment.
1。介绍
染色体重组的定义分子特性的肉瘤。尤因肉瘤是典型的例子,其特征是t (11;22)(抓起;12)染色体易位导致EWSR1-FLI1转录因子的表达。的患病率EWSR1-FLI1尤因肉瘤约为85% (1]。第二个最常见的易位,发生在10%的尤因肉瘤患者,是t (21;22)(如;12)生成EWSR1-ERG转录因子(1,2]。在罕见的情况下,EWSR1融合ETS-family其他成员,包括ETV1(7第22位)(3),ETV4(17温度系数)4],FEV (2 q35-36) (5]。EWSR1也是13个其他类型的肿瘤转移(6)至少有17个其他融合伙伴(6),常见的伙伴,WT1、ATF1 CREB1, YY1, NFATC2等等7- - - - - -22]。此外,在过去的十年里,描述了两个新的尤因肉瘤组织学变异,结果从一个t (4;19)(q35;问题)和t (10;19)(q35;问题)易位或X染色体臂内倒位生成CIC-DUX4 BCOR-CCNB3融合蛋白,分别为(23,24]。这些肿瘤可能已经包含在先前尤因肉瘤临床研究在一个未知的发病率。
即将到来的肿瘤分类的软组织和骨骼将利用分子诊断和subclassify尤因和Ewing-like肉瘤分为四个类别包括基因易位:尤因肉瘤,EWSR1圆细胞肉瘤与non-ETS合作伙伴中投肉瘤,BCOR肉瘤(图1)。尽管一些研究显示肿瘤之间在临床行为的巨大差异具有典型的尤因肉瘤易位和罕见的重组,太小的病例数达到任何令人信服的结论25- - - - - -28]。有些研究人员认为,这些病人应该被包括在尤因肉瘤的临床试验,但分别分析了由于学习困难较小的子组在一个已经罕见的疾病(29日]。
(一)
(b)
(c)
(d)
然而,参与尤因肉瘤合作小组试验只需要局部组织学诊断符合尤因家族肿瘤登记。这意味着需要了解共识的方法是诊断和治疗这些变体易位。许多网站很可能依赖于荧光原位杂交(FISH)使用EWSR1基因分裂探针作为建立分子尤因肉瘤的诊断测试。然而,正如上面提到的,EWSR1至少有17个其他融合伙伴各种软组织肉瘤,包括EWSR1-WT1多小圆细胞肿瘤(DSCRT) EWSR1-CHOP黏液样脂肪肉瘤,EWSR1-CHN在extra-skeletal黏液样软骨肉瘤,EWSR1-ATF1 angiomatoid纤维组织细胞瘤,EWSR1-CREB1在透明细胞肉瘤等等30.]。EWSR1分开探针不能互相区分这些实体和病理学家而不是依靠组织学和免疫组织化学研究。特定的鱼重排基因探针的伙伴,rt - pcr,和下一代测序技术并不普遍可用,很难建立一个明确的分子诊断在大多数情况下。
本研究的目的是为了更好地理解肿瘤学家和病理学家的意见的分类和管理变异染色体重组之前报道像尤因肉瘤在小圆细胞肿瘤。我们寻求理解哪些测试是最常用在临床实践中,这些发现可能通知包容和分层的分子子组为未来尤因肉瘤临床试验。,我们进行了一项国际调查的肿瘤学家和病理学家对他们当前的分类和识别方法的变体易位和他们将如何分层这些罕见的变异易位对未来尤因肉瘤临床试验。
2。材料和方法
一个横断面研究使用了一个描述性的设计。调查的重点调查儿科肿瘤学家和病理学家的观点和经验有关的染色体重组尤因肉瘤和描述染色体易位的景观尤因肉瘤,Ewing-like肉瘤和其他肉瘤窝藏EWSR1易位。
2.1。调查设计与实现
调查项目开发与渴望获得供应商的意见名称和资格登记在尤因肉瘤临床试验基于列表的变体易位在尤因肉瘤。测量仪器是由研究员和儿科肿瘤学家儿童医院在蒙特。调查问卷是由肿瘤学家和病理学家专门从事驾驶软组织肉瘤与修正可读性。一旦最终问卷被批准,练习儿科肿瘤学家和病理学家的电子邮件地址是通过医院网站,获得出版的手稿。儿科肿瘤学家电子邮件链接到一个匿名调查http://surveymonkey.com。儿科肿瘤学家被两次提醒电子邮件响应率最大化。研究协议和调查机构审查委员会批准的爱因斯坦医学院的。
信息确定肿瘤学家和病理学家的人口统计数据,包括具体的学科,当前位置的练习,学术背景,训练,病人体积,实践特点,和时间花在基础科学研究。受访者会收到一临床vignette和被要求进行分类和描述14种不同染色体易位是经典尤因肉瘤要求尤因肉瘤治疗,nonclassic尤因肉瘤要求尤因肉瘤治疗,nonclassic尤因肉瘤要求软组织肉瘤治疗,或不确定。受访者被质疑是否会考虑的特定融合类型资格尤因肉瘤临床试验和诊断测试可以在他们的机构来识别该易位。最后,受访者被问及关于当他们会发现有必要执行鱼或进一步的分子测试时出现的典型尤因肉瘤形态和CD 99积极诗与非典型尤因肉瘤形态或CD 99负染法。
2.2。统计分析
本研究的主要目标是儿科肿瘤学家和病理学家如何分类变异染色体重排之前报道在小圆细胞肿瘤像尤因肉瘤组织学。调查被送到约500肿瘤学家和病理学家。基于之前的调查协议,我们预期反应率约为20%。描述性的数据收集,包括频率,意思是,标准差,值,范围和象限。使用描述性统计结果描述。
3所示。结果
141调查完成后,代表28%的反应率。回应的人,78%是儿科或医疗肿瘤学家和22%是外科病理学家。百分之五十八的儿科或医疗肿瘤学家和96%的外科病理学家表示,他们有一个特殊兴趣肉瘤。大多数受访者从学术实践(90%)位于北美(94%),表明他们6 - 10(31%)或> 15(33%)在这个领域多年的经验完成后的训练。当被要求描述的新诊断骨与软组织恶性肿瘤患者治疗的每一年,大多数受访者回答11至25(31%)或0和10 (25%)。只有不到一半的受访者(46%)表示,他们没有时间花在基础科学研究(见表1被调查者人口)。
描述性统计图中描述2显示一个异构反应的分类范围14种不同染色体易位在一个蓝色的小圆细胞肉瘤患者发现广泛CD99积极与膜染色。附近有共识的分类规范EWSR1-FLI1易位有超过95%的受访者分类尤因肉瘤。大多数受访者认为EWSR1-ERG EWSR1-FEV, EWSR1-ETV4, EWSR1-ETV1尤因肉瘤。受访者普遍青睐FUS-ERG和FUS-FEV(分别为40%和37%)尤因肉瘤;然而,几乎相同数量的受访者不确定如何将这些融合(分别为37%和39%)。有共识受访者BCOR-CCNB3和CIC-DUX4易位没有尤因肉瘤;然而,有分歧是否应被视为Ewing-like肉瘤尤因肉瘤几乎有一半的受访者分类这些既是Ewing-like肉瘤和易位的约四分之一的受访者归类不尤因肉瘤或不确定如何进行分类。约40%的受访者不知道如何分类EWSR1-NFATC2, EWSR1-SMARCA5 EWSR1-PATZ1, EWSR1-SP3。他们那些分类尤因肉瘤和Ewing-like肉瘤平均分担。最后,大多数的受访者(58%)认为EWSR1-WT1融合蛋白作为指示性不是尤因肉瘤的肿瘤。
数据显示一个类似缺乏共识,给定的易位的存在如何影响包含在尤因肉瘤临床试验(图3)。不足为奇的是,附近又有共识包括EWSR1-FLI1病人在主臂。唯一的其他易位,大多数的受访者将包括在主臂的尤因肉瘤临床试验EWSR1-ERG, EWSR1-ETV1, EWSR1-ETV4, EWSR1-FEV。近一半的受访者不知道他们将如何分类FUS-FEV患者FUS-ERG, EWSR1-PATZ1, EWSR1-SP3 EWSR1-SMARCA5, EWSR1-NFATC2。没有一个明确的共识应该如何分类BCOR-CCNB3和CIC-DUX4易位,多元化的反应倾向,包括这些患者在一个单独的层;然而,大多数受访者认为,这些应该是没有资格或不确定如何划分这些易位。
被机构融合伴侣的可用性测试不同类型的融合(图4)。大多数融合的受访者都不确定他们是如何测试的特定融合或他们的机构不执行测试。EWSR1-FLI1融合,不到一半的被调查者能够识别特定的测试用于识别融合更有利于执行机构独自两色鱼鱼和rt - pcr。
患者典型的形态,CD99积极尤因肉瘤,88%的受访者认为鱼是必要证实诊断(图5)。如果EWSR1分开证实了鱼,大多数的受访者(61%)认为这是不必要的识别的具体融合的合作伙伴。如果EWSR1分开是负数,多数受访者(80%)认为进一步的测试具体融合记录是必要的。
(一)
(b)
在病人与非典型形态或CD99 -尤因肉瘤,几乎所有的受访者(97%)认为鱼是必要的,以确认尤因肉瘤的诊断(图5)。多数受访者(77%)也觉得有必要额外测试的特定融合成绩单如果EWSR1证实了鱼。在病人EWSR1分开是负面的或不提供信息的,绝大多数(84%)的受访者认为额外测试特定的融合转录本是必要的。
4所示。讨论
新颖的分子改变与肿瘤组织学检查代表尤因肉瘤患者,但缺乏规范化EWSR1-ETS基因家族易位,挑战我们的这些肿瘤的诊断和分类方式。在即将到来的第五版的软组织和骨肿瘤分类,它提出了subclassify尤因和Ewing-like肉瘤为四类包括基因易位:尤因肉瘤,EWSR1圆细胞肉瘤与non-ETS合作伙伴中投肉瘤,BCOR肉瘤。尤因肉瘤生物学的新理解,没有一个明确的共识是否特定的分子特征融合成绩单应该在未来所需的诊断和分层尤因肉瘤的临床试验。我们的调查研究提供了几个关键的见解肿瘤学家和病理学家如何看待景观有关的染色体重组尤因肉瘤和其他EWSR1易位,他们的经历用不同的测试方法,以及如何将这些小说分类融合在未来临床试验。
141病理学家和肿瘤学家的这一调查显示,尽管有一个共识,应考虑与EWSR1-ETS肿瘤基因家族易位尤因肉瘤,缺乏共识关于如何分类稀有尤因肉瘤变异,EWSR1+与non-ETS伙伴肉瘤,中投和BCOR肉瘤。有几个原因可以解释缺乏共识关于这些融合的分类。这些是罕见的融合在一个罕见的癌症,合计占不到2%的所有报告病例(2,3,5,23,24,29日,31日- - - - - -39]。此外,只有42%的受访者认为是肉瘤有一个特别的兴趣。例如,FUS-ERG和FUS-FEV融合通常分为尤因肉瘤;然而,受访者对分类感到更自信这是尤因肉瘤相比其他珍稀EWSR1-FLI1-related基因变异。傅年代EWSR1高度相关,都是成员的场效应晶体管(EWS付/ TLS, TAF15) RNA结合蛋白家族,而FLI1及其相关基因是ETS家族成员的DNA结合蛋白质,和“FET-ETS”融合在一起代表几乎所有尤因肉瘤的病例。付家,代表“肉瘤融合”,与TLS交替使用,或“翻译在肉瘤,”这可能带来了一些困惑在我们的受访者在熟悉这些融合。许多受访者可能还不熟悉付家的子集,因为他们的机构可以只使用EWSR1分解鱼检测诊断,从而错过这些都融合在一起。
的融合分为EWSR1圆细胞肉瘤与non-ETS伙伴(EWSR1-NFATC2, EWSR1-SMARCA5 EWSR1-PATZ1, EWSR1-SP3)受访者进行分类是一个困难的小组。删除那些不确定如何将这些融合,受访者分裂是否分类这些尤因肉瘤和Ewing-like肉瘤。这种困惑是可以理解的,因为这些融合代表最稀有的变异,因为他们只有在小案例系列报道或案例报告29日,32- - - - - -35]。现在还不知道应该如何分类这些肿瘤以及他们是否应对尤因肉瘤的治疗方法。DNA甲基化分析的EWSR1-NFATC2 fusion-positive肿瘤显示模式,种族隔离在一个同质集群有别于尤因肉瘤样EWS-ETS易位,提供证据证明这个子类具有独特的生物学(40]。进一步的分子分析和甲基化研究将有助于了解这种独特的融合。
大约一半的受访者支持标签BCOR-CCNB3和CIC-DUX4 fusion-positive Ewing-like肉瘤肿瘤,而另一半是不确定或支持标签这些尤因肉瘤。类似于EWSR1圆细胞融合的肉瘤与non-ETS伙伴子集,这可能是因为中投和BCOR肉瘤是罕见的,不会拿起使用形态、免疫组织化学、EWSR1分解鱼。BCOR-CCNB3和CIC-DUX4 fusion-positive肿瘤代表一群蓝色的小圆细胞肿瘤组织学上类似于尤因肉瘤的但没有EWSR1基因重组。BCOR肉瘤具有X染色体的臂内倒位,导致建立一个BCOR-CCNB3发票(x)(侯;赛)融合基因24]。替代BCOR合作伙伴已报告包括BCOR-MAML3 t (4;x)(侯;问)和ZC3H7-BCOR t (x;22)(侯;q13.2) [41]。患者的生存BCOR-CCNB3重组类似于尤因肉瘤,5年生存率72%和76.5%两个小案例系列(25,42]。CIC-DUX4 t (4;19)和t (10;19)易位是最常见的融合报道患者EWSR1 /付-蓝色的小圆细胞肿瘤(43]。肿瘤患者窝藏这种融合特别激进的疾病过程,5年存活率为43%,而77%匹配尤因肉瘤组(43]。虽然很明显,那些BCOR-CCNB3融合受益Ewing-type疗法,患者CIC-DUX4融合有坏的结果可能受益于替代治疗方法。
在这个调查中,没有一个明确的共识关于如何分层和融合,包括未来尤因肉瘤的临床试验。有普遍认为EWSR1-ETS基因家族融合应该包括在主臂未来尤因肉瘤的临床试验。受访者大多是确定如何分类FUS-ETS基因家族融合和EWSR1圆细胞肉瘤non-ETS合作伙伴,这是符合他们的困难这些肿瘤分类和解释他们的罕见的演讲。没有明确的共识如何分层CIC-DUX4或BCOR-CCNB3肿瘤。虽然多数认为他们应该包含在一个单独的层,约20%为每个亚型觉得这些患者不应包括在内。这两种亚型可以成功地治疗Ewing-type疗法,有强大的论点,为未来的包含在尤因肉瘤临床试验。
分子诊断学的发展已经证明,尤因肉瘤的肿瘤家族代表肿瘤的异质群体是由他们的染色体易位。200年的小圆细胞肿瘤EWSR1鱼分析欠,rt - pcr融合是用来识别罕见的变体。大多数(66.5%)EWSR1-ETS基因家族易位,虽然CIC-DUX4, BCOR-CCNB3, SYT-SSX, EWSR1-WT1易位被确定在一个更小的子集(0.5 - -3%)44),突出,许多这些罕见的易位可能错过,没有先进的分子检测。我们的许多受访者表示,他们不知道什么是测试可用的或他们的机构不执行测试需要识别这些罕见的变异易位。分解鱼EWSR1基因的探针是不足以建立一个分子诊断和将付小姐易位没有EWSR1基因易位。85年的一项研究,蓝色小圆细胞肿瘤,8.2%的病例怀着一个付基因重排和分解鱼错过了一个额外的4 EWSR1-ERG易位,强调这种方法的局限性(45]。分解鱼可能错误地分类小圆肿瘤融合的不同与EWSR1 ETS-family成员,如DSRCT或透明细胞肉瘤,尤因肉瘤。
最近的儿童肿瘤协会尤因肉瘤3期临床试验(AEWS1221),在2014年12月,激活需要一个当地的组织学诊断符合资格的尤因家族肿瘤研究。translocation-positive肉瘤,肿瘤生物学的共识是由底层易位和产生的融合蛋白。这意味着融合蛋白在一个大的方式响应有助于治疗。因此,它将似乎鼓励病人通过融合类型是有意义的。的确,在很多方面,这个调查支持了这种想法,因为大多数的受访者认为患者的各种EWSR1-ETS融合应该在尤因肉瘤临床研究积累。相比之下,只有少数受访者认为患者选择融合应该积累与受访者分给无资格主臂,和积累在不同地层或不确定。然而,从这个调查很清楚,没有一个统一的分子检测方法在这些患者需要注意,只有25%的受访者病理学家。因此,这项研究强调了需要进行集中测试,或至少,一个统一的测试方法在报名之前未来合作研究。
本研究的局限性包括高的nonrespondents受访者可能导致选择性偏差。可能只有那些肿瘤学家和病理学家已经对该主题感兴趣会有什么样的反应。这种偏见的影响,推断,可以从这个研究是有限的。我们不能提供一个全面的评估从所有供应商提供保健尤因和Ewing-like肉瘤患者,可用的诊断工具。我们的研究也是地区偏见,从北美90%的受访者,使我们的研究结果的普遍性北美以外的机构,特别是在资源有限的环境中,具有挑战性。最后,我们不包括分裂地区的差异在这个调查,我们认为这些细微差别很难代表。然而,分开的差异也与现有治疗方案的疗效的差异。
5。结论
总之,我们的研究表明,有明显缺乏共识关于哪些分子亚型应该分类,包括对未来尤因肉瘤临床试验。大多数受访者认为,EWSR1-ETS融合应该在尤因的主要部门积累的研究虽然没有共识资格替代融合。还有一个关于诊断跨机构缺乏一致性。还不清楚这些替代融合影响报告了过去尤因肉瘤的临床研究结果。这些发现符合集中测试的需要和/或统一的分子检测方法对病人登记对未来尤因肉瘤临床试验尤其是光即将更新的骨与软组织肿瘤的分类。
数据可用性
使用的数据来支持本研究的发现可以从相应的作者。
的利益冲突
从拜耳·Janeway已收到咨询费。Lessnick是科学顾问Salarius制药和专利相关NKX2.2和GSTM4尤因肉瘤。
确认
作者感谢所有的肿瘤学家和病理学家参与和回应我们的调查。这项工作是支持的游过美国和促进基金会。儿童肿瘤协会提供的额外支持NCTN操作中心,批准号U01CA180886。
补充材料
尤因易位调查结果。(补充材料)