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研究文章|开放获取

体积 2020年 |文章的ID 8919534 | https://doi.org/10.1155/2020/8919534

徐,黄冯Diyuan杨道彭、陆创, ”识别miRNA-mRNA相声在呼吸道合胞病毒(RSV)通过集成miRNAome和转录组分析小儿肺炎有关”,炎症介质, 卷。2020年, 文章的ID8919534, 13 页面, 2020年。 https://doi.org/10.1155/2020/8919534

识别miRNA-mRNA相声在呼吸道合胞病毒(RSV)通过集成miRNAome和转录组分析小儿肺炎有关

徐张,1,2,3 冯黄,1,3 Diyuan杨,1 道彭,2 和 陆创1

1广州妇女儿童医疗中心,广州医科大学,广州,510120年广东,中国

2中法霍夫曼研究所、广州医科大学、广州,510120年广东,中国

3人类病毒学研究所热带疾病控制的教育部重点实验室,广东工程研究中心的抗菌剂和Immunotechnology,中山医学院,中山大学、广州,广东,中国

学术编辑器:托马斯Brzozowski
收到了 2019年12月06
修改后的 2020年2月3日
接受 2020年3月28日
发表 2020年5月01

文摘

呼吸道合胞病毒(RSV)是最常见的呼吸道病毒和与小儿肺炎,导致婴幼儿毛细支气管炎和显著的死亡率。小分子核糖核酸(microrna)是内源性功能的非编码小分子rna基因调控和与宿主免疫反应和疾病进展。在目前的研究中,我们描绘整个血液样本的全球转录组和miRNAome轻微或严重RSV-associated肺炎患儿,旨在识别潜在生物标志物和调查严重RSV-associated小儿肺炎的分子机制。我们发现,全血小分子核糖核酸和mrna的表达谱改变,在严重RSV-associated肺炎患儿截然不同。特别是,四个最重要的调节microrna在严重RSV-associated肺炎患儿hsa - mir - 1271 - 5 - p, hsa-miR-10a-3p, hsa - mir - 125 b - 5 - p,和hsa-miR-30b-3p。严重RSV-associated pneumonia-specific差异表达microrna的目标交互网络也形成了鲜明对比。这些目标基因与基因本体富集分析进行了进一步的分析。我们发现,大多数的目标基因参与炎症和免疫反应,包括NF -κB信号通路,MAPK信号通路,T细胞受体信号。我们的研究结果将有助于生物标记物的鉴定和新药物治疗严重RSV-associated小儿肺炎的设计策略。

1。介绍

肺炎是全球儿童呼吸道疾病导致相当大的发病率和死亡率。据报道,每年儿童肺炎影响近130万(1,2]。小儿肺炎很容易反复出现,通常会导致严重的并发症,由于延迟或不完整的治疗(3]。因此,重要的是要研究的早期识别潜在的发病机理和有效的治疗靶点治疗小儿肺炎。

呼吸道合胞病毒(RSV)是最常见的呼吸道病毒与小儿肺炎(相关联4- - - - - -6]。RSV,否定意思和单链RNA病毒,属于肺炎病毒属的副黏液病毒科家庭(7- - - - - -9]。临床上显著,RSV感染主要发生在儿童和几乎所有的孩子都有RSV感染2和3岁之间(10- - - - - -14]。RSV感染症状的儿童从轻微上呼吸道感染严重的呼吸道感染包括毛细支气管炎或肺炎,导致住院和严重的并发症11,13,15- - - - - -17]。到目前为止,没有特定的抗病毒药物或RSV疫苗被发现了。传统的RSV肺炎诊断也是有限的。因此,理解宿主和病毒相互作用将有助于改善治疗方法和诊断策略。

小分子核糖核酸(microrna)大约20-25-nucleotide-long小rna在转录和转录后的基因调控功能18- - - - - -21]。microrna属于最丰富的小RNA的家庭保存在所有真核生物和发挥全球监管作用在控制细胞增殖,细胞分化,体内平衡,疾病进展和炎症反应22,23]。改变microrna的表达一直在报道诊断潜在的各种疾病,包括自身免疫性疾病、癌症和传染病。值得注意的是,集成的microrna的表达谱分析以及mRNA表达水平已成功用于识别最突出的microrna的之间的相互作用和信使rna (24- - - - - -27]。集成的microrna和mRNA测序分析将进一步突出microrna的重要作用在调节信号通路网络。因此,探索潜在的驱动力和细胞通路参与肺炎引起的严重的RSV感染,我们相比microrna的mRNA表达谱在整个血液样本严重RSV-associated肺炎的儿童和儿童有轻度RSV感染,使用高通量测序。我们旨在识别候选诊断生物标记对儿童有严重RSV-associated肺炎和检查的功能microrna在宿主防御反应或炎症反应在RSV-infected孩子。

2。材料和方法

2.1。病人

儿童全血EDTA样本来自RSV感染,在广州治疗妇女和儿童的医疗中心。研究从3月1日2019年9月30日,2019年,包括23个样本儿童有轻度RSV-associated肺炎(表示轻微的研究)和23个严重RSV-associated肺炎患儿(表示严重的研究)(表1)。RSV感染被诊断使用即时逆转录-聚合酶链反应(rt - pcr)在鼻咽拭子,入学时获得的。RSV-associated小儿肺炎患者临床症状和体征,诊断放射检查,确诊病因。入选标准为研究参与者(1)婴儿1 - 12个月(2)RSV-associated肺炎确认7天内出现症状和(3)从参与者的监护人书面知情同意。儿童研究中被排除在外,如果(1)有证据与其他有机体除了RSV感染的,(2)使用糖皮质激素作为治疗的一部分,在这项研究之前,和(3)有重要的潜在并发症(严重营养不良、慢性心脏或慢性肺疾病)。肺炎严重程度分类根据英国胸协会指南(28]。严重病例的存在至少一个以下症状:呼吸 呼吸/分钟,中度到严重的衰退,鼻阔口,黄萎病,呼噜的,不能喂,动脉 。46名患者参与的研究中,发现群6例(3轻微和3严重)是用于高通量测序。识别潜在的严重RSV-associated肺炎诊断microrna的生物标志物,我们集中在调节microrna在严重RSV-associated肺炎的儿童,和更多的样本(一个单独的验证批40 20轻微和20个严重患者)进行验证。伦理委员会批准的这项研究是在广州市妇女儿童医疗中心(编号201940301),并从所有监护人书面知情同意了。
临床信息 轻度( ) 严重的( ) 价值
男性的性别, (%) 14 (60.9%) 13 (56.5%) 0.765
年龄(个月) 0.813
潜在的并发症, (%) 2 (8.7%) 8 (34.8%) 0.074
临床表现, (%)
发烧 23 (100%) 23 (100%) 1.000
体格检查, (%)
呼吸急促一个 0 (0%) 20 (87.0%) 0.000
实验室检查b
白血细胞(×109/ L)c 0.893
c反应蛋白(CRP)d(毫克/升) 9.00 (5.00 - -19.79) 14.20 (11.00 - -19.00) 0.030
放射学, (%)
Patchypacitye 23 (100%) 23 (100%) 1.000
管理
氧气疗法, (%) 0 (0%) 20 (87.0%) 0.000
呼吸机支持, (%) 0 (0%) 3 (13.0%) 0.233
喘息的时间f(天) 0.000
住院时间(天) 7.00 (5.00 - -8.00) 11.00 (8.00 - -16.00) 0.000
数据提出了数量(百分比),中等(25 th -第75个百分位),或 偏差,在适当的地方,与卡方测试相比,independent-samples - - - - - -测试和Mann-Whitney 分别测试。对所有分析,2-tailed 值计算由IBM SPSS 25.0统计。被定义为统计意义 。 一个呼吸 次/分钟。b数据提取第一个测试儿童入学。c正常的参考价值 。 d正常参考值是mg / L (0 - 3)。e胸片和CT扫描来判断病人的全过程。f喘息时间从发病到解脱。
表1
轻微和严重RSV-associated小儿肺炎患者的特点。
2.2。RNA提取

从全血中提取RNA样本使用试剂盒试剂(新英格兰生物学实验室)根据制造商的协议。提取的总rna用于microrna与信使核糖核酸的高通量测序( 温和的, 严重)或定量实时聚合酶链反应( 温和的, 严重的)。

2.3。高通量测序

microrna的测序进行如前所述使用NEBNext多路小核糖核酸库预备组Illumina公司指南(29日),信使RNA图书馆构建使用NEBNext超RNA库准备包Illumina公司(新英格兰生物学实验室)根据制造商的协议(30.]。我们选择mrna表达的不同的标准 和效果 ,和microrna表达的不同选择的标准 和效果 。

2.4。实时定量PCR(存在)

如前所述(执行中存在的实验29日,31日]。总之,孤立的rna被用来合成cDNA PrimeScript RT试剂盒(豆类)。引物的序列表列出逆转录2。中存在的实验进行一个Bio-Rad CFX96实时PCR检测系统(Bio-Rad)使用SYBR预混料交货Taq(豆类)与特定的引物。U6作为内生控制。microrna的相对表达规范化U6使用2- - - - - -ΔΔCq方法。引物的序列qPCR表中列出3。
microrna的 反转录引物序列(5 - - - - - -3 )
hsa - mir - 1260 b GTCGTATCCAGTGCAGGGTCCGAGGTATTCGCACTGGATACGACGGTG
hsa - mir - 331 - 3 - p GTCGTATCCAGTGCAGGGTCCGAGGTATTCGCACTGGATACGACTCTAG
hsa - mir - 4326 GTCGTATCCAGTGCAGGGTCCGAGGTATTCGCACTGGATACGACGTCTGG
hsa - mir - 766 - 3 - p GTCGTATCCAGTGCAGGGTCCGAGGTATTCGCACTGGATACGACGCTGAG
hsa - mir - 4781 - 3 - p GTCGTATCCAGTGCAGGGTCCGAGGTATTCGCACTGGATACGACCTCTAG
hsa - mir - 556 - 5 - p GTCGTATCCAGTGCAGGGTCCGAGGTATTCGCACTGGATACGACCTCATA
hsa - mir - 6833 - 3 - p GTCGTATCCAGTGCAGGGTCCGAGGTATTCGCACTGGATACGACCTGAGG
hsa - mir - 1271 - 5 - p GTCGTATCCAGTGCAGGGTCCGAGGTATTCGCACTGGATACGACTGAGTG
hsa-miR-10a-3p GTCGTATCCAGTGCAGGGTCCGAGGTATTCGCACTGGATACGACTATTCC
hsa - mir - 125 b - 5 - p GTCGTATCCAGTGCAGGGTCCGAGGTATTCGCACTGGATACGACTCACAA
hsa - mir - 3143 GTCGTATCCAGTGCAGGGTCCGAGGTATTCGCACTGGATACGACCGAAAG
hsa - mir - 100 - 5 - p GTCGTATCCAGTGCAGGGTCCGAGGTATTCGCACTGGATACGACCACAAG
hsa-miR-30b-3p GTCGTATCCAGTGCAGGGTCCGAGGTATTCGCACTGGATACGACGAAGTA
hsa - mir - 542 - 3 - p GTCGTATCCAGTGCAGGGTCCGAGGTATTCGCACTGGATACGACTTTCAG
表2
特定逆转录引物序列用于microrna。
microrna或U6 引物名称 序列
hsa - mir - 1260 b hsa - mir - 1260 - b - f ATCCCACCACTGCCACCAT
hsa - mir - 1260 - b - r GTGCAGGGTCCGAGGT
hsa - mir - 331 - 3 - p hsa - mir - 331 - 3 - p - f GCCCCTGGGCCTATCCTAGAA
hsa - mir - 331 - 3 - p - r GTGCAGGGTCCGAGGT
hsa - mir - 4326 hsa - mir - 4326 f TGTTCCTCTGTCTCCCAGAC
hsa - mir - 4326 r GTGCAGGGTCCGAGGT
hsa - mir - 766 - 3 - p hsa - mir - 766 - 3 - p - f ACTCCAGCCCCACAGCCTCAGC
hsa - mir - 766 - 3 - p - r GTGCAGGGTCCGAGGT
hsa - mir - 4781 - 3 - p hsa - mir - 4781 - 3 - p - f AATGTTGGAATCCTCGCTAGAG
hsa - mir - 4781 - 3 - p - r GTGCAGGGTCCGAGGT
hsa - mir - 556 - 5 - p hsa - mir - 556 - 5 - p - f GATGAGCTCATTGTAATATGAG
hsa - mir - 556 - 5 - p - r GTGCAGGGTCCGAGGT
hsa - mir - 6833 - 3 - p hsa - mir - 6833 - 3 - p - f TTTCTCTCTCCACTTCCTCAG
hsa - mir - 6833 - 3 - p - r GTGCAGGGTCCGAGGT
hsa - mir - 1271 - 5 - p hsa - mir - 1271 - 5 - p - f CTTGGCACCTAGCAAGCACTCA
hsa - mir - 1271 - 5 - p - r GTGCAGGGTCCGAGGT
hsa-miR-10a-3p hsa-miR-10a-3p-F CAAATTCGTATCTAGGGGAATA
hsa-miR-10a-3p-R GTGCAGGGTCCGAGGT
hsa - mir - 125 b - 5 - p hsa - mir - 125 b - 5 - p - f TCCCTGAGACCCTAACTTGTGA
hsa - mir - 125 b - 5 - p - r GTGCAGGGTCCGAGGT
hsa - mir - 3143 hsa - mir - 3143 f ATAACATTGTAAAGCGCTTCTTTCG
hsa - mir - 3143 r GTGCAGGGTCCGAGGT
hsa - mir - 100 - 5 - p hsa - mir - 100 - 5 - p - f AACCCGTAGATCCGAACTTGTG
hsa - mir - 100 - 5 - p - r GTGCAGGGTCCGAGGT
hsa-miR-30b-3p hsa-miR-30b-3p-F CTGGGAGGTGGATGTTTACTTC
hsa-miR-30b-3p-R GTGCAGGGTCCGAGGT
hsa - mir - 542 - 3 - p hsa - mir - 542 - 3 - p - f TGTGACAGATTGATAACTGAAA
hsa - mir - 542 - 3 - p - r GTGCAGGGTCCGAGGT
U6 U6-F CAGCACATATACTAAAATTGGAACG
U6-R ACGAATTTGCGTGTCATCC
表3
qPCR引物。
2.5。数据分析

我们使用pheatmap软件执行分层聚类分析。使用的参数化如下:pheatmap(工会、颜色= colorRampPalette(牧师(c(“红”、“白”、“蓝色”)))(100),cluster_cols = F,规模= scale_row_col,传说= T, show_rownames = showname cellwidth = cell_widths主要=“聚类分析差异表达sRNA”)。TPM价值联盟的所有比较组合的微分microrna集每个实验组/样本将用于分层聚类分析。归一化数据行。

microrna的集群使用miRBase注释(miRBase 20日http://www.mirbase.org/)。microrna的靶基因预测使用米兰达和RNAhybrid软件包(https://bibiserv.cebitec.uni-bielefeld.de/rnahybrid/submission.html)。microrna的目标基因的异常表达在posttranscription和目标基因的表达与相应的microrna被选为microrna的目标基于基因表达数据的精度高。microrna的目标基因的调控网络可视化使用Cytoscape软件(版本3.4.0)(http://www.cytoscape.org)。

主成分分析(PCA)与ClustVis软件执行(https://biit.cs.ut.ee/clustvis/)。

microrna的目标基因的蛋白质相互作用网络分析使用搜索工具来检索相互作用的基因(STRING)数据库(http://www.string-db.org/)。的交互识别包括已知的和预测的交互。

的潜在通路分析的功能和microrna的目标基因,基因本体论(去)分类浓缩使用在线软件是由大卫6.8 (https://david.ncifcrf.gov/)。

2.6。统计分析

比较严重的RSV和温和RSV组使用双尾学生的表现 - - - - - -测试和分类在统计上有显著差异 值< 0.05 ( ),< 0.01 ( ),和< 0.001 ( )。

3所示。结果

3.1。比较之间的差异表达microrna和mrna的孩子轻微或严重RSV-Associated肺炎

比较的全血microrna的儿童严重RSV -和轻度RSV-associated肺炎,我们发现一个明显的microrna的峰值在20 - 24元(图1(一))。此外,microrna组之间的差异表达,168个microrna发生严重RSV-associated肺炎患儿和131年独家microrna发生只在那些轻微RSV-associated肺炎(图1 (b))。microrna的聚类分析,13个microrna是调节和7在所有样本(图表达下调2(一个)), (图2 (b))。

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(一)
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(b)
图1
microrna的微分表达式从轻微和严重的儿童全血RSV-associated肺炎。(一)高通量测序分析小分子rna的分布在整个儿童的血样RSV-associated肺炎。microrna的峰值出现在20 - 24元。(b)之间的差异表达microrna文氏图严重RSV-infected和轻度RSV-infected孩子。轻度:轻度RSV-associated肺炎的儿童;严重:严重RSV-associated肺炎患儿。
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(一)
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(b)
图2
差异表达microrna在严重RSV-associated肺炎的儿童相比,儿童有轻度RSV-associated肺炎。(一)分层聚类分析差异表达的microrna。(b)火山的情节差异表达microrna。轻度:轻度RSV-associated肺炎的儿童;严重:严重RSV-associated肺炎患儿。M1、M2和M3代表三个不同的轻度RSV-associated肺炎的儿童。S1、S2和S3代表三个不同的儿童严重RSV-associated肺炎。

在高通量测序分析,我们确定了543个调节表达下调的基因和361儿童患有严重肺炎RSV-associated相比有轻微RSV-associated肺炎(图3(一个)), (图3 (b))。

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(一)
(b)”name=
(b)
图3
高通量测序的差异表达mrna。(一)分层聚类分析差异表达的mrna。(b)火山的情节差异表达mrna。轻度:轻度RSV-associated肺炎的儿童;严重:严重RSV-associated肺炎患儿。
3.2。选中的microrna的验证和识别潜在的诊断microrna的生物标志物

通过中存在microrna表达的差异进一步验证。五个microrna,即hsa - mir - 1271 - 5 - p, hsa-miR-10a-3p, hsa - mir - 125 b - 5 - p, hsa - mir - 100 - 5 - p,和hsa-miR-30b-3p升高严重RSV-associated儿童肺炎。此外,6 microrna包括hsa - mir - 1260 b、hsa - mir - 331 - 3 - p, hsa - mir - 4326, hsa - mir - 766 - 3 - p, hsa - mir - 556 - 5 - p,和hsa - mir - 6833 - 3 - p,表达下调在样本严重RSV-associated肺炎患儿相比,样本儿童有轻度RSV-associated肺炎(图4(一)),这是与我们的高通量测序数据一致。基于15个样本的结果严重RSV-associated肺炎患儿和15个样本从轻微RSV-infected孩子,我们发现hsa - mir - 1271 - 5 - p, hsa-miR-10a-3p, hsa - mir - 125 b - 5 - p,和hsa-miR-30b-3p显著增加样本严重RSV-associated肺炎患儿(图4 (b))。值得注意的是,当我们进行主成分分析(PCA)的表达式hsa - mir - 1271 - 5 - p, hsa-miR-10a-3p, hsa - mir - 125 b - 5 - p,和hsa-miR-30b-3p存在结果图4 (b),我们发现样本严重RSV-associated肺炎患儿可以分离样本儿童有轻度RSV-associated肺炎(图4 (c))。总的来说,这些结果表明,hsa - mir - 1271 - 5 - p, hsa-miR-10a-3p, hsa - mir - 125 b - 5 - p,和RSV-associated hsa-miR-30b-3p可能反映了严重肺炎,他们可能是潜在的候选生物标志物严重RSV-associated肺炎。

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(一)
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(b)
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(c)
图4
验证中存在的差异表达microrna的表达水平。(a)的相对数量之间的微分表达式分析了14个microrna组。每一组数字:温和:5;严重:5。(b)显著调节microrna的量化(a)。每一组数字:温和:15;严重:15。数据显示为 从三个独立的实验。 和 (学生的 - - - - - -测试)。ns:不重要。(c)的主成分分析(PCA) (b)的显著调节microrna。温和:轻度RSV-associated肺炎的儿童;严重:严重RSV-associated肺炎患儿。
3.3。预测和识别目标基因的差异表达microrna

进一步研究的可能分子机制差异表达microrna在严重RSV-associated小儿肺炎,我们进行RNA序列和转录组分析和集成microrna的概要文件。我们结合了差异表达mrna和microrna microrna的目标预测获得真正的microrna的目标。结果,543年调节+ 361形成microrna的目标基因表达下调基因对表达式的逆相关性(图5(一个))。此外,543年的microrna的目标调节microrna基因对被识别,而361年microrna的表达下调的目标确定了基因对microrna(图5 (b))。我们建造了一个这些重叠基因的蛋白质相互作用网络,节点代表的蛋白质和边缘描述它们的关联(图6)。当我们选择这些基因注释时,我们发现,大多数的这些基因参与信号转导和炎症和免疫反应(包括先天免疫反应)(数据6和7(一)),这表明严重的RSV感染引起积极的炎症和免疫反应,导致肺炎的儿童。值得注意的是,大部分的这些基因与NF -κB信号通路,MAPK信号通路,T细胞受体信号通路(图7 (b)),包括TNFRSF19, HMOX1、TLR4 LCK, ZAP70。我们进一步建立了microrna基因调控网络从上面的microrna基因对使用Cytoscape软件(图8)。这些基因可能反映了严重的机制RSV-associated肺炎、NF -κB和MAPK信号通路发挥着重要作用。

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(一)
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(b)
图5
重叠基因mrna表达的microrna的目标和不同的预测。(一)层次重叠基因的聚类分析。(b) mRNA项调节和表达下调基因重叠。轻度:轻度RSV-associated肺炎的儿童;严重:严重RSV-associated肺炎患儿。M1, M2, M3, S1, S2和S3是相同的病人如图3。

图6
目标基因的蛋白质相互作用网络。蛋白质相互作用网络是使用字符串的在线工具。交互所需的最低分数是0.7(高信心)。红色节点代表免疫反应。蓝色节点代表炎症反应。黄色节点代表信号转导。绿色节点代表细胞粘附。白色节点代表基因从其他途径。
(一)”name=
(一)
(b)”name=
(b)
图7
去浓缩microrna的目标基因。(a)的目标之间的microrna基因组织的浓缩。(b)从NF -目标基因κB信号通路,MAPK信号通路,T细胞受体信号通路。

图8
网络监管microrna的目标基因。监管microrna基因网络使用Cytoscape软件进行了分析。广场和圆圈表示microrna和目标基因,分别。橙色节点代表基因调节严重RSV-associated肺炎、和蓝色节点代表表达下调的基因。

4所示。讨论

人类RSV的常见原因住院和儿童急性呼吸道感染(12,32]。RSV-associated呼吸道感染通常是被认为是温和的和自限性。然而,RSV感染可引起严重肺炎死亡率高和永久在某些病人肺损伤。RSV可以持续感染人类,尤其是儿童3,33]。RSV-associated治疗肺炎的支柱仍然是基于有限没有明显有效的抗病毒药物的批准。仍有严重缺乏准确的评估工具和生物标志物RSV-associated肺炎。目前,常见的评估方法RSV肺炎的严重程度是基于临床特点。然而,这些方法都是过期,无法提供一个严重RSV-associated肺炎的有效识别。此外,底层机制的儿童严重RSV-associated肺炎的发病机制仍不完全清楚。因此,重要的是要调查严重RSV-associated肺炎和识别的机制严重RSV-associated小儿肺炎的生物标志物。在目前的研究中,我们探索的潜在角色microrna在儿童严重RSV-associated肺炎和microrna和转录组的反应明显不同,而轻度RSV-associated肺炎的儿童。microrna和转录组反应RSV-associated肺炎可能反映了相关疾病的病理,并提供一个更好的理解。

microrna是一个全球性的监管网络,据报道控制体内平衡,细胞增殖,细胞分化,疾病进展和炎症反应。改变microrna的概要文件和诊断的潜力与各种疾病,自身免疫性疾病,传染性疾病(34,35]。microrna的概要文件从RSV-infected biofluids、全血和组织样本已经在先前的研究评估(36- - - - - -40]。然而,先前的研究旨在发现生物标志物RSV感染,和没有人关注microrna的概要文件严重RSV-associated肺炎患者。在我们的研究中,通过比较样本从轻微RSV-infected孩子,我们可以分析严重RSV-associated小儿肺炎的microrna的表达谱。此外,据我们所知,这是第一个研究集成microrna测定和转录组测序RSV-associated小儿肺炎。microrna和转录组测序相结合将使我们能够更好地理解潜在的驱动力和细胞通路参与严重RSV-associated小儿肺炎。

使用高通量测序,我们发现,168年和131年microrna在血液样本差异表达严重RSV-associated小儿肺炎和血液样本的轻度RSV-associated小儿肺炎。其中,有13个调节microrna在6和7表达下调microrna样品通过了褶皱改变过滤器。那些最伟大的差异和upregulation样本严重RSV-associated肺炎患儿选择进行进一步的验证。的表达水平特别是hsa - mir - 1271 - 5 - p, hsa-miR-10a-3p, hsa - mir - 125 b - 5 - p,和hsa-miR-30b-3p严重RSV-associated小儿肺炎的15个样品是明显高于相应的表达水平在15温和RSV-infected控制,表明这些microrna可以考虑好严重RSV-associated肺炎诊断生物标记。然而,基于有限的区域来源登记样品在这项研究中,更多的实验应该执行额外的样品确认中标识的microrna的诊断功能的研究。

进一步探索的可能分子机制差异表达microrna在严重RSV-associated小儿肺炎,我们进行RNA序列和转录组分析和集成microrna的概要文件。通过浓缩microrna的目标基因的分析,我们发现大部分目标基因参与了NF -κB和MAPK信号通路。值得注意的是,NF -κB和MAPK信号通路是至关重要的组件的许多人类的免疫反应(41,42]。炎症反应涉及的各种受体MAPK信号通路整合一个危险和/或损伤信号转导NF -κB激活(43]。许多促炎细胞因子的分泌巨噬细胞和树突细胞(dc)依赖于NF -κB信号通路,这表明激活NF -κB信号将导致增加炎症细胞因子的生产,这可能会导致肺炎(41,44- - - - - -47]。此外,NF -κB是一个重要的免疫细胞,如中性粒细胞凋亡转录因子,它扮演着一个重要的角色在伤口修复感染和炎症(45]。因此,激活NF -κB信号在严重的RSV感染可能导致严重的并发症。然而,底层机制的关键目标基因的研究仍有待澄清。NF -κB信号通路受到关注发展的治疗,这将创建一个新的策略严重RSV-associated小儿肺炎的治疗。

数据可用性

使用的数据来支持本研究的结果包括在本文中。

的利益冲突

作者宣称没有利益冲突。

作者的贡献

徐张、冯黄和杨Diyuan贡献同样这项工作。

确认

我们感谢LetPub (http://www.letpub.com)的语言帮助在准备这个手稿。这项研究得到了国家自然科学基金(81701990)和国家科技重大项目(2018 zx10101004003001)。

引用

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