文摘
探索相关的rna结合蛋白(RBPs)和可变剪接事件(ase)在糖尿病性视网膜病变(DR)。我们设计了一个综合集成的分析差异表达基因,包括微分RBPs和可变剪接特征相关博士在人类视网膜内皮细胞诱导GSE117238低葡萄糖和高葡萄糖的数据集。总共2320个差异表达基因(度),包括1228个调节基因和1092个表达下调基因。进一步分析筛选了232 RBP基因,和42基因重叠度。我们选择高表达和一致性六RBP基因(付、HNRNPA2B1 CANX, EIF1, CALR,和POLR2A) coexpression分析。通过分析,我们发现八RASGs (MDM2、GOLGA2P7 NFE2L1, KDM4A, FAM111A, CIRBP, IDH1,和MCM7)可以由RBP监管。coexpression网络进行了进一步阐明RBPs以及监管和互动关系。凋亡进展,蛋白质磷酸化,NF-kappaB级联显示的功能富集分析RASGs受RBPs糖尿病视网膜病变密切相关。此外,差异表达的表达RBPs验证中存在的老鼠视网膜微血管内皮细胞和视网膜链脲霉素小鼠模型。结果表明,付家,Hnrnpa2b1,Canx,Calr,Polr2a是说high-glucose-treated视网膜微血管内皮细胞和区别付家,Hnrnpa2b1,Canx,Calr是说差异相比,糖尿病大鼠视网膜从体外实验中控制。RBPs RASGs显示标识的监管网络之间存在的几个信号通路可能参与博士的病理证实RBPs未来的研究应该进一步解决调查RBPs和下游之间的关联,因为他们可以作为潜在的生物标记物和博士的目标。
1。介绍
糖尿病性视网膜病变(DR)是一种常见的和特定的糖尿病微血管并发症和视力损害和失明的主要原因在劳动年龄人口1]。据估计,到2045年将有6.93亿人患有糖尿病,其中35%将有严重的博士学位的博士已经与受损的生活质量,减少身体、情感、和社会福利,以及严重的家庭负担(2]。博士当前的治疗只适用在先进的阶段,通常与不良预后相关,而早期诊断和预防措施是非常重要的防止博士因此,进一步理解的关键机制,可能导致早期识别博士的关键是防止视力退化和发展新的、更有效的治疗方法。
最近的研究表明,遗传和表观遗传障碍等非编码RNA (circRNA [3],lncRNA [4],microrna [5小干扰rna (),6]),m6A mRNA甲基化(7),和可变剪接的发生和进展的一个重要角色可变剪接博士()是一个重要的角色在各种生理和病理过程。在人类中,高通量基因组分析显示,大约95%的multiexon基因进行(8]。通过,成千上万的RNA亚型具有独特的结构特性,定位模式和翻译效率可以表示为蛋白亚型与多元函数(9]。此外,misregulation有关的各种疾病,如中枢神经系统疾病(10)、心脏疾病(11),癌(12),免疫疾病(13),和代谢疾病14]。已有研究也揭示了VEGF的可变剪接(15],TUBD1 [16博士]然而,大多数变异以及潜在的监管机制负责博士的发病机理尚不清楚。
rna结合蛋白(RBPs) mRNA生命周期的监管机构是至关重要的,包括他们的转录、剪接出口和运输退化,deadenylation,存储,沉默,信使核糖核酸的翻译(蛋白质合成)17,18]。随着剪接体复杂,RBPs细胞类型特异的调节有重要作用创造可变剪接(10,19,20.]。以前的研究人员透露的监管作用锌指rna结合蛋白(21)和ELAVL1(或人工抗原R(虚))rna结合蛋白(22博士]然而,到目前为止,还没有研究调查RBPs调节可变剪接事件(ase)博士的进展。
在这项研究中,我们利用生物信息学方法和表达分析技术探讨之间的关系RBPs博士在生物信息学分析技术来全面、深入分析差异表达基因(度)数据集GSE117238然后探讨差异表达RBPs和监管的可变剪接基因(RASGs)在这个数据集。为了进一步澄清红富士苹果的作用,监管网络之间ase和RBPs进行了分析。CANX,我们发现付,HNRNPA2B1 EIF1, CALR,和POLR2A潜在目标,通过博士期间这些RBPs调节下游发展,并提供有价值的线索进行进一步的验证。
2。材料和方法
2.1。检索和公共数据的过程
数据GSE117238下载的顺序读取存档(SRA)。SRA运行文件转换为fastq格式与NCBI SRA工具fastq-dump [23]。原始读取被剪掉劣质基地使用FASTX-Toolkit (v.0.0.13;http://hannonlab.cshl.edu/fastx_toolkit/)。然后,使用FastQC清洁读取进行评估(http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc)[24]。
2.2。读校准和度分析
干净的读取是一致的人类基因组GRch38 tophat2 [25),允许4不匹配。独特的映射读取最终应用于计算外显子的阅读数量和每千碱基读取每百万为每个基因片段映射(RPKM)。使用RPKM基因的表达水平进行评估。磨边机的软件(26),它是专门设计来分析基因的微分表达式,应用于屏幕的RNA-Seq数据度(24]。结果分析了基于褶皱的变化( 或≤0.5)和错误发现率( )评估是否差异表达基因。
2.3。可变剪接分析
红富士苹果和调节可变剪接事件(ras)样本之间的定义和量化使用ABLas管道如前所述[27,28]。总之,ABLas检测十类型的ase是基于拼接结读,包括外显子跳过(ES),选择5拼接网站(投产),选择3拼接的网站(A3SS),基因内区保留(IR),互斥外显子(得到),互斥5utr (5 pmxe),互斥3utr (3 pmxe),盒外显子,A3SS&ES, A5SS&ES [29日]。
样本配对比较,选择确切概率法确定统计学意义,利用样本的选择读和模式读取输入数据。我们计算的变化比率或者拼接读和既定拼接读之间的样品相比,它被定义为消除比率。的破坏 和值≤0.05被设置为阈值消除检测。重复比较,学生的 - - - - - -测试是用来评估的意义比改变的事件。这些事件,这是重要的截止值为0.05,被认为是ras (30.]。
2.4。Coexpression分析
调查RBP表达式之间的监管模式和可变剪接(percent-splice-inψ),我们计算皮尔逊相关系数(PCC)他们和分类之间的关系分为三类:正相关,负相关,noncorrelated基于PCC的值(23]。
2.5。功能富集分析
基因本体论(去)基因和基因组的条款和《京都议定书》百科全书(KEGG)通路被确定使用KOBAS 2.0服务器分析生物过程和分子度的函数,红富士苹果,RBPs。Benjamini-Hochberg罗斯福控制过程和超几何测试被用来定义每个术语的浓缩。Reactome2通路分析也应用于功能富集分析选择集的基因。一个值< 0.005被认为是截止准则(23]。
2.6。细胞培养和HG的治疗
老鼠视网膜微血管内皮细胞株,mRMVECs从Qingqi购买公司(中国上海)和培养6-well板块包含DMEM (Gibco沃尔瑟姆,MA)补充10%的边后卫(Gibco沃尔瑟姆,MA)在湿润的气氛中含5%股份有限公司2/ 95%空气在37°C。为使细胞消化与trypsin-EDTA解决方案。mRMVECs被稀释 /毫升和孵化与低葡萄糖媒体直到汇合的。与PBS洗涤后,这些细胞被进一步培养48 h葡萄糖(葡萄糖低,LG)在5.5毫米和25毫米葡萄糖(血糖高,HG)媒体。
2.7。糖尿病小鼠模型诱导链脲霉素(STZ)
建立糖尿病小鼠模型,50毫克/公斤的STZ,新鲜溶解在柠檬酸缓冲(50毫米,pH值4.5),腹腔内注射是在每天5 d到8-week-old雄性C57BL / 6 j小鼠(至关重要的河实验室,北京);同样体积的柠檬酸缓冲没有STZ是用于一个对照组。如果血液建立的模型被认为是成功的 更易与L。8周后,眼睛是无核的,和视网膜组织被孤立。
所有的动物都被安置在一个环境温度 ,相对湿度的 ,光/暗周期的12/12的人力资源。所有动物研究(包括鼠标安乐死过程)进行符合山东大学齐鲁医院机构动物保健法规和下午声明。申请格式伦理审批涉及动物研究批准12月22日,2020年,批准号码是dwll - 2020 - 028。
2.8。中存在
总RNA提取mRMVECs和视网膜标本使用试剂盒试剂(表达载体,沃尔瑟姆,MA)和反向转录成互补DNA使用ReverTra Ace qPCR RT工具包(TOYOBO,大阪,日本),制造商的介绍。PCR是由PCR仪器和SYBR®绿色实时PCR反应混合液(TOYOBO、大阪、日本);引物的序列表中列出1。检测基因的表达被标准化由2 - GAPDH和分析ΔΔCt方法。
2.9。统计分析
主成分分析(PCA)是由R包factoextra (https://cloud.r-project.org/package=factoextra)来显示样本的聚类与前两个组件。正常化后TPM(每百万)标签的读取每个基因样本,in-house-script (sogen)被用来可视化下一代序列数据和基因注释。pheatmap包(https://cran.r-project.org/web/packages/pheatmap/index.html在R)是用于执行基于欧氏距离的聚类。学生的 - - - - - -测试是用于比较两组(23]。Globaltest [31日,32)是用来测试协会规范化RBPs基因表达水平在不同样本有不同的表型。mRMVECs和老鼠实验的数据 。差异实验2-tailed学生的组织进行了分析 - - - - - -测试使用GraphPad Prism 8.0软件(GraphPad,圣地亚哥,CA)。一个值< 0.05被认为是具有统计学意义。
3所示。结果
3.1。基因差异表达在人类视网膜内皮细胞(HRECs)处理低葡萄糖(LG)和高葡萄糖(HG)
(度)识别差异表达基因的转录谱数据集GSE117238火山克(图所示1(一))。总共2320度HRECs对待LG和HG,包括1228个调节基因和1092个表达下调基因。通过主成分分析(PCA)、组明显集中在不同地区的PCA图(图1 (b))。监督层次聚类,同时构建的热图显示度表达(图3 LG和HG样本1 (c))。GO术语浓缩十大通路富集分析表明,在调节度“酗酒、细胞周期、系统性红斑狼疮、DNA复制,病毒致癌,p53信号通路、转录misregulation在癌症、同源重组,Fanconi贫血通路,和错配修复”(图1 (d)),而“内质网的蛋白加工、氨基糖和糖核苷酸代谢,鞘糖脂,biosynthesis-ganglio系列中,溶酶体,抗原处理和表示,补充凝血级联,矿物质的吸收,甲状腺激素合成、调节脂肪细胞的脂解作用和鞘糖脂biosynthesis-globo系列”丰富的表达下调度(图1 (e))。GO术语(补充图S1A、B)和Reactome分析(补充图S1C, D)进一步执行,DNA复制的调节度明显丰富,有丝分裂,细胞周期等等。的表达下调度明显富集在内质网中,展开的蛋白质反应,展开蛋白质反应,等等。
(一)
(b)
(c)
(d)
(e)
3.2。不同剂量的Glucose-Regulated可变剪接事件(ras)在HRECs和基因
所有的分类作为补充图所示S2答:不同的2853作为LG -发现和HG-treated HRECs;投产、A3SS和ES是最频繁的ase(图2(一个))。由于红外假阳性率高(基因内区保留),我们选择nonintron保留(NIR)接下来的分析。LG样本的主成分分析和HG样本在所有不同的近红外光谱图所示2 (b)。有一个明确的空间分离样品。PSI的热图是构造中显示所有NIR ras HG样品相比,LG样品(图2 (c))。
(一)
(b)
(c)
(d)
(e)
(f)
的分析表明,在HG RASGs样本主要富集在“有丝分裂,有丝分裂细胞周期基因表达、DNA复制,病毒繁殖,信使rna拼接选址,积极的凋亡过程的监管,G2 / M有丝分裂细胞周期的过渡,转录,依赖DNA的,和DNA修复”相比,LG样品(图2 (e))。此外,KEGG分析表明,LG样本和HG样本之间的RASGs主要富集在“细胞周期、细胞凋亡、剪接体,apoptosis-multiple物种,生成信号通路,志贺氏菌病,胰岛素抵抗,胰岛素信号通路,致病性大肠杆菌感染,p53信号通路”(补充图S2B)。
维恩图进一步揭示了232个基因之间的交叉度和RASGs(图2 (d))。的分析表明,基因重叠度和RASGs主要富集在“有丝分裂细胞周期、有丝分裂、DNA复制,G2 / M有丝分裂细胞周期的过渡,染色体隔离,调节细胞周期,细胞分裂,CenH3-containing核小体组装在着丝粒,有丝分裂细胞周期G1 / S过渡,和消极的监管cysteine-type肽链内切酶活动参与凋亡的过程”(图2 (f))。此外,KEGG分析显示,基因重叠度和RASGs主要富集在“细胞周期、p53信号通路、细胞凋亡、致病性大肠杆菌感染、DNA复制、氨基糖和核苷酸糖代谢、单纯疱疹感染progesterone-mediated卵母细胞成熟,和吞噬体和嘧啶代谢”(补充图S2C)。
3.3。差异表达RBPs Coexpressed的可变剪接基因
维恩图解,43度和RBPs交叉基因被发现在LG -和HG-treated HRECs(图3(一个))。通过上述分析,显著差异度的表达和RASGs LG和HG样本之间的被发现。因此,我们进行了反应器和RASGs coexpression分析。尽可能多的RBP基因影响红富士苹果,我们进行了聚类分析的RBP-regulated asg(图3 (b))。
(一)
(b)
(c)
(d)
(e)
(f)
为了阐明分子的含义RBPs红富士苹果,与DR-related RASGs通路的关系进行了分析和可视化图3 (c)和补充图S3b进行的深入分析显示RASGs受RBPs主要是富含“信使RNA拼接选址,基因表达,有丝分裂,DNA复制,RNA拼接,病毒复制、mRNA加工、核信使RNA拼接,通过剪接体,G2 / M有丝分裂细胞周期的过渡,和信使RNA从核出口”(图3 (c))。KEGG分析表明RBP-regulated红富士苹果两个剂量的glucose-treated HRECs主要是富含“细胞周期、剪接体致病性大肠杆菌感染,p53信号通路,胰岛素信号通路,mTOR信号通路,细菌侵入上皮细胞,ubiquitin-mediated蛋白水解作用,胰岛素抵抗,和apoptosis-multiple物种”(补充图S3A)。此外,RBP-regulated ase的Reactome分析主要是富含“基因和蛋白质表达改变interleukin-12 JAK-STAT信号刺激,TP53的监管放松管制,胰岛素样生长因子2 mRNA-binding蛋白质(IGF2BPs /小鬼/ VICKZs)绑定RNA, interleukin-12信号固有细胞凋亡通路,调节TP53表达式和退化,interleukin-12家族信号,细胞周期,和异常的调节有丝分裂细胞周期由于RB1检测”(补充图S3B)。
我们选择高表达和一致性六RBP基因(付、HNRNPA2B1 CANX, EIF1, CALR,和POLR2A)为进一步coexpression分析(数据3 (d)和3 (e))。通过分析,我们发现八RASGs (MDM2、GOLGA2P7 NFE2L1, KDM4A, FAM111A, CIRBP, IDH1,和MCM7)可以由RBP(数字3 (d)和3 (f))。读两RASGs分布(FAM111A和CIRBP)补充图所示S3c . coexpression监管网络进行了进一步阐明RBPs以及监管和互动关系。凋亡进展(33),蛋白质磷酸化(34],NF-kappaB级联(35)显示的去分析RASGs受RBPs(图3 (d))与糖尿病视网膜病变密切相关。
3.4。的验证RBPs使用mRMVECs和STZ诱导糖尿病小鼠
接下来,我们调查是否六RBP基因(付家,Hnrnpa2b1,Canx,Eif1,Calr,Polr2a)改变在高葡萄糖(HG)或低葡萄糖(LG)在体外和在活的有机体内。mRMVECs培养在培养基含有高葡萄糖模拟糖尿病压力。LG相比,HG基因表达增加(图48 h后治疗4);付家和Hnrnpa2b1增加而Canx,Calr,Polr2a减少汞组相比在LG集团( )。接下来,我们决定这六个基因的表达在小鼠视网膜糖尿病归纳。付家和Hnrnpa2b1增加了,Canx和Calr减少糖尿病小鼠视网膜的非糖尿病患者相比,老鼠( )。然而,没有显著差异的表达Eif1和Polr2a在糖尿病小鼠(图5)。四个基因的表达(付家,Hnrnpa2b1,Canx,Calr)糖尿病大鼠的视网膜中与细胞实验是相一致的。
4所示。讨论
糖尿病性视网膜病变(DR)是一种慢性和严重的眼部并发症与糖尿病(DM)有关。其基本病理机制并不完全清楚。最近的研究试图确定可变剪接的失调(AS)与开发这个严重的糖尿病并发症的风险。作为调节转录后的基因表达模式水平和扩大转录组和蛋白质组多样性。然而,失衡在拼接过程中影响估计有50%的致病突变(36]。我们所知,只有很少有研究报道的功能如博士(16,37,38]。佩兰等人,江等人发现可变剪接的VEGF基因导致2亚型,proangiogenic的亚型(VEGFxxxa)和反血管增生亚型(VEGFxxxb);VEGFxxxb博士具有抗血管新生作用和保护患者高血糖通过抑制视网膜内皮细胞的增殖和迁移(37,38]。此外,另一项研究表明,TUBD1最相关的可变剪接基因可用于区分博士严重患者和糖尿病患者没有博士没有coexpression TUBD1 a和b(还有Vab)亚型与博士开发的风险显著相关,特别是增生性视网膜病变,而TUBD1的coexpression亚型a, b, d (Vabd)与风险有关开发nonproliferative视网膜病变(16]。这些调查表明在塑造的角色对博士的易感性。
在目前的研究中,我们应用生物信息学方法来识别度通过使用之前报道基因表达数据从HRECs接受不同剂量的葡萄糖。我们发现调节主要富集在p53基因信号通路和细胞周期通路。表达下调基因主要集中在氨基糖和核苷酸糖代谢、溶酶体等。这些功能通路密切相关博士我们进一步分析了数据集的事件。功能富集分析表明,主要功能p53通路的信号通路,细胞凋亡,胰岛素抵抗等。Coregulation RASGs网络和RBPs进一步确定了能够参与博士(图的病理变化3 (d));FAM111A、CIRBP GOLGA2P7, MDM2、NFE2L1 KDM4A MCM7, IDH1(图3 (f))是最相关的RASGs。这些基因的可变剪接异常高葡萄糖治疗HRECs直接相关。Fam111a被发现在视网膜的表达下调STZ-induced大鼠与正常大鼠相比(39]。Stress-inducible基因Cirbp已被证明是通常在大多数类型的视网膜细胞诱导糖尿病小鼠视网膜STZ-induced [40]。PI3K通过灭活失活AKT、MDM2、p53信号通路防止vitreous-induced增殖,迁移,和人类视网膜色素上皮细胞的收缩41]。调节小说lncRNAMSTRG.15047.3可能与附近uplocated CBFTA2T2独联体监管方式,反式调节细胞周期,通过新血管形成MCM7在糖尿病患者房水和血清样本,与正常对照组相比,(42]。长等。43)发现,高葡萄糖促进VEGF的分泌在糖尿病肾病的启动子表达下调MCM7基因表达下调mir - 93。这些RASGs为我们的进一步研究提供了理论依据调查进展博士作为调节的机制。
是一个高度动态和复杂的过程,受cis-acting因素,trans-acting因素,转录环境,核心剪接体(44]。RBP结合cis-elements trans-acting因素在内含子和外显子和调节拼接选址(通过促进或抑制定义交互45,46]。系统识别相应的拼接监管机构及其同源结合位点更全面的理解至关重要的可变剪接的作用和调节网络47]。因此,了解RBPs,以及体验的拼接检测到变异细胞在正常和疾病的生理条件,是至关重要的解开博士的分子机制。
RBPs的功能途径主要是富含信使RNA拼接选址,RNA拼接,核RNA拼接,通过剪接体,等等。功能分析的结果表明,RBPs可能有一个调节的作用在coexpression博士的分析进行了探讨监管和交互关系选择RBPs(付、HNRNPA2B1 CANX, EIF1, CALR,和POLR2A)及其监管RASGs (MDM2、GOLGA2P7 NFE2L1, KDM4A, FAM111A, CIRBP, IDH1,和MCM7)。通过进一步的功能富集分析,凋亡进展,蛋白质磷酸化,NF-kappaB级联是糖尿病性视网膜病变密切相关。这六个RBPs通过搜索相关文献,我们发现,HNRNPA2B1 CALR, EIF1,和POLR2A TR-hnRNPA2B1复杂博士已经报告给相关抑制增殖,迁移和管形成HRECs高血糖通过STAT-4 / mir - 223 - 3 - p / FBXW7信号通路(48]。Calr表达改变与糖尿病视网膜病变大鼠的视网膜相比健康控制大鼠(49]。中PPARα绑定的基因,EIF1是重叠基因pemafibrate-induced基因;pemafibrate-treated HUVECs显示减少炎症反应和保护作用对糖尿病性视网膜病变(50]。Hebsgaard等人发现了一个积极的控制探针POLR2A增生性糖尿病视网膜病变(PDR)患者(51]。
等RBPs付CANX,没有报道与付家博士是肿瘤形成和神经退化有关,和付家蛋白质已被确认为胞内夹杂物在神经退行性疾病的重要组成部分,包括ALS和额颞叶大叶性变性(52]。博士不仅是糖尿病引起的微血管并发症也是神经退行性疾病(53]。我们建议付可能与视网膜神经节细胞诱导的疾病作为一种伴侣蛋白,博士CANX密切相关的功能内质网(ER)如ER-phagy和ER-retention [54- - - - - -56]。先前的研究表明,ER应激引起视网膜血管和神经元的损伤(博士57]。因此,我们假设CANX可能与ER应激引起的高葡萄糖有关条件。虽然上述研究主要集中在另一个六RBPs病理作用,我们的研究结果显示,RBP在红富士苹果的规定确实有重要的作用。这些异常RBPs提供了更多的思路和方法对我们的后续研究苹果的规定。
最后,我们调查是否六RBP基因(付家,Hnrnpa2b1,Canx,Eif1,Calr,Polr2a在高葡萄糖或低葡萄糖)改变在体外和在活的有机体内。存在分析(数据4和5)表明,付家,Hnrnpa2b1,Canx,Calr,Polr2amRMVECs的显著差异付家,Hnrnpa2b1,Canx,Calr糖尿病小鼠模型的显著性差异有博士(两个月)与对照组相比。结果表明,这些基因可能是触发因素diabetes-induced视网膜病理。
我们研究的一个限制是,我们不进行进一步验证在人类探索RBP表达式的不同标本。然而,许多需要未来的临床前的研究在动物模型。识别糖尿病性视网膜病变的机制在动物模型将帮助我们找到潜在的治疗靶点。额外的问题出现在我们的研究仍有待回答,包括监管机制引起高血糖的RBP在红富士苹果,这些机制的影响。
5。结论
总的来说,这是第一个研究,阐明RBPs之间coexpression网络及其监管的红富士苹果在博士的发展和预测RBPs(付、HNRNPA2B1 CANX, EIF1, CALR,和POLR2A)博士的潜在目标,它作用于关键ase (MDM2、GOLGA2P7 NFE2L1, KDM4A, FAM111A, CIRBP, IDH1,和MCM7)调节许多病理通路(凋亡进展,蛋白质磷酸化和NF-kappaB级联)。RBP基因(付家,Hnrnpa2b1,Canx,Calr),这中差异表达high-glucose-treated mRMVECs和糖尿病老鼠,可能作为新的分子干预博士的目标。
数据可用性
使用的数据来支持本研究的发现可以从相应的作者。
的利益冲突
作者宣称没有利益冲突。
作者的贡献
Hongran赵进行概念化、调查和原创作品。回香港了软件和验证。王Bozhao参与审查和编辑稿件。四会吴邦国委员长和陈Tianran进行数据采集。燕崔进行概念化、监督和资金收购。
确认
作者想表达他们的感谢赫兹和CC Ablife inc .)对他们的帮助在生物信息学的性能。我们要感谢BMCSCI (http://www.bmcscience.com)进行编辑和审查该手稿为英语。这项研究支持的山东省自然科学基金(ZR2020MH174)和齐鲁卫生和卫生项目领导人员。
补充材料
图S1:功能通路的基因差异表达分析高血糖(HG)和低血糖(LG)在人类视网膜内皮细胞(HRECs)。(A, B)的去分析差异表达基因(度),分别分成,和表达下调的基因。(C, D) Reactome度的分析,分别分成,和表达下调的基因。图S2:可变剪接事件(ase)的转录组分析HRECs对待LG和HG。(A)分类的所有发现红富士苹果。 - - - - - -轴:ase数量。(B)监管的KEGG分析可变剪接基因(RASGs) HG样品相比,LG样本。(C)基因的KEGG分析重叠度和RASGs。图S3:微分分析rna结合蛋白(RBPs)和RASGs HG和LG之间。(A)的KEGG分析RBPs调节可变剪接事件LG样品和HG样本。(B)的Reactome分析RBPs调节可变剪接事件LG样品和HG样本。(C)分布的两个RASGs阅读。(补充材料)