文摘
背景。抗菌素耐药性尤其是extended-spectrum所致β-lactamase-producing肠杆菌科(ESBL-PE)已成为一个全球性的公共卫生问题。在全球范围内,这些隔离仍然是最重要的几个原因感染和死亡率有关。他们迅速蔓延在埃塞俄比亚与缺乏定期监测和抗生素管理程序。隔离不同地区的ESBL-PE埃塞俄比亚搜索详尽。然而,发布数据的联合估计ESBL-PE并不在埃塞俄比亚进行。出于这个原因,我们系统地回顾了实验室研究总结的整体汇集流行隔离从各种人类标本中恢复过来。方法。进行了一个详尽的文献检索使用的主要电子数据库包括PubMed、网络科学、MEDLINE、EMBASE, CINAHL,谷歌学者,Cochrane图书馆,斯高帕斯,威利在线图书馆来识别潜在的相关研究没有日期限制。原始文章地址确定了研究问题,筛选,包括使用棱镜遵循图。在Microsoft Excel数据提取形式准备,数据质量评估用九分乔安娜·布里格斯研究所重要的评估工具。然后,数据池的出口占据16.0软件分析评估结果的措施。在95%置信区间估计结果措施是使用Der-Simonian-Laird执行随机模型。最后,结果通过文本、数字和表。结果。一个全面的电子数据库文献检索取得了共有86篇文章。总,68年原创文章评审过程后被排除在外。总共18 1191个细菌分离株的研究从7919年恢复各种临床样本大小包括了系统回顾和荟萃分析。在这项研究中,汇集ESBL-PE患病率为18%(95%置信区间CI: 9-26)。总(50%)的综述文章使用磁盘组合测试进行了研究。同样的,大肠杆菌和K。肺炎(50%)的主要隔离ESBL-PE除了等隔离沙门氏菌种虫害和志贺氏杆菌spp。结论。这一荟萃分析显示低ESBL-PE在埃塞俄比亚的联合估计。
1。介绍
抗菌素耐药性(AMR)可能由细菌引起,病毒,真菌,寄生虫仍然是全球公共卫生问题(1]。AMR的进化显著威胁有效的预防和控制策略等一系列感染尿路感染、血液感染,伤口感染,肺炎,由于耐药菌株的流行全球负责罹患卫生保健相关和社区获得性感染病。Extended-spectrum beta-lactamase-producing肠杆菌科(ESBL-PE),特别是革兰氏阴性杆菌等大肠杆菌和肺炎克雷伯菌,是全球主要的健康威胁由于其模式的多药耐药性2]。
可怜的药品监管和控制系统在世界许多地区已经导致了一个广泛的滥用和过度使用抗菌药物在人类和动物设置(3]。这些活动共同支持耐药菌株的传播到社区和随后的临床设置降低治疗效果。这是因为耐药致病菌株能够扩散和传播任何地方当感染预防和控制措施是不够的2,4]。ESBL-producing病原体主要是革兰氏阴性细菌构成巨大挑战的全球卫生界从事诊断、治疗,感染预防和控制,以及一个新的抗菌剂的发展解决的严重影响AMR (5]。干预旨在减轻收购ESBL的诱发因素,复杂的治疗由于multiresistance,没有先进的诊断实验室共同打击ESBLs阻碍了医疗质量。因此,这些生物一直是最重要的一个医院的代理人,社区获得性感染,许多临床指南和研究的焦点6]。
肠杆菌科革兰氏阴性,nonspore-forming兼性厌氧杆菌,是医院和社区获得性感染的重要原因。尽管ESBLs主要是发现大肠杆菌和克雷伯氏菌其他病原体如spp肠杆菌属spp。普罗透斯spp。枸橼酸杆菌属spp。摩根氏菌属spp。Providenciaspp。,沙门氏菌种虫害也能产生ESBLs导致数十名感染。β内酰胺酶酶生产仍是最常见的耐药机制β内酰胺抗生素(7,8]。这是因为细菌的β-lactamases能够灭活β内酰胺抗生素水解,随后导致无效的方案作为治疗药物。后来,各种类别的病原体会产生抗药性β内酰胺抗生素如头孢菌素、monobactams,碳青霉烯。除非和其他早期筛查提示,ESBL-producing生物会有严重的巨大后果包括治疗失败,实验室检测和感染控制问题(9]。
青霉素类、头孢菌素类抗生素Beta-lactam包括extended-spectrum, monobactams,碳青霉烯类抗生素主要用于治疗ESBL-PE引起的感染。尽管beta-lactam已知最抗生素抗生素,许多临床医生、ESBL-PE仍然是导致全球医院和社区获得性感染。如今,ESBL-PE负责许多感染暴发带来挑战的感染控制问题,减少许多临床结果(7,10]。同样,plasmid-mediated ESBL阻力的成员之一肠杆菌科也容易剧增。在这种情况下,选择抗菌药物治疗感染的将是有限的(11]。
如今,许多病人需求如碳青霉烯抗生素,随后导致特病原体的快速选择。因此,这个惊人的速率增加AMR主要由革兰氏阴性细菌引起有关的原因很多,包括医院成本增加,治疗失败,延长住院时间,增加死亡率(12]。然而,缺乏全面和编译的全国性研究估计的大小ESBL埃塞俄比亚人口缺乏。这是因为调查ESBL-PE在当地情况是基本掌握在当地的临床和流行病学数据的差距。此外,当地流行病学数据使健康专家理解负担实现突破性的感染预防和控制策略来减轻由于ESBL-producing社区和医院感染病原体。因此,本研究旨在系统地审查不同研究ESBL-producing生物和估计的患病率ESBL-PE使用meta-analytical方法在埃塞俄比亚。
2。方法
2.1。研究和设计
这个系统回顾和荟萃分析研究在埃塞俄比亚,一个第二个人口最多的国家尼日利亚在非洲。埃塞俄比亚目前总人口估计超过1.15亿(https://worldpopulationreview.com/countries/ethiopia-population)。任何感兴趣的实验室研究,解决主要结果的extended-spectrum的流行的概念β-lactamase-producing肠杆菌科研究使用标准的细菌从埃塞俄比亚人系统研究方法。因此,系统回顾和荟萃分析研究总结的患病率从各种人类标本细菌隔离恢复发表在任何时间框架没有日期限制。
2.2。文献检索策略
一个详尽的文献搜索策略对extended-spectrum患病率的研究报道β-lactamase-producing肠杆菌科进行了灰色和同行审查文学没有日期限制。电子数据库这样的搜索引擎MEDLINE, PubMed Cochrane图书馆,斯高帕斯,谷歌学者,EMBASE, CINAHL,威利在线图书馆,指数Medicus, Web的科学详尽的搜索来确定潜在的发表的相关研究。专家咨询、参考跟踪潜在的全文,预印本,会议论文集仔细评估完成搜索策略。此外,额外的数据甚至寻求从作者完成信息通过电子邮件联系,特别是对于无法访问/完整的原始研究的文章。此外,建立了定期提醒一些选定的数据库如PubMed和谷歌学术搜索更新本文发表前的搜索策略。此外,谷歌和其他互联网搜索引擎被用来寻找额外的网络或电子材料。因此,搜索被重新运行之前最后的数据分析。
使用的关键字搜索和相关资料用于审查是如何选定的作者。后结果,关键词是医学主题标目(网格)的搜索策略。此外,布尔操作符(或者,而不是)和通配符(∗)定制的作者基于结果的措施。搜索策略是使用关键字如“Extended-spectrum beta-lactamase-producing隔离,”“耐多药细菌”或“抗菌素耐药性”和“埃塞俄比亚、”“ESBL生产肠杆菌科”、“ESBL感染,“Extended-spectrum beta-lactamase-producing肠杆菌科”和“流行”或“流行病学的ESBL”和“埃塞俄比亚。”
2.3。合格标准
之前确定适当相关全文发表在当地或国际期刊,一个选择标准研究资格是由作者开发的清单。
入选标准:所有研究至少满足以下标准包括在审查过程中。这些都是(1]研究报道的患病率ESBL-PE埃塞俄比亚在任何地区(2),进行了一项研究,人类/临床标本(3]。它准确地报道的细菌隔离肠杆菌科包括他们的药敏/电阻测试至少阿莫西林+克拉维酸和其他基于CLSI(第三代头孢菌素13)指南(4],研究与证实ESBL使用表型检测方法和分子技术用于ESBL基因变异检测(5]。报道的数量ESBL-producing隔离肠杆菌科,(6)所有相关免费全文原始研究的文章,发表在英语在本地或在国际期刊包括在审查过程中。
排除标准:这项研究是排除如果[1)没有确认ESBL生产使用表型和基因型的方法如双圆盘协同测试(DDST),组合盘测试(CDT),最低抑制浓度(MIC), epsilometric测试(电性能测试)和分子方法如聚合酶链反应(PCR) (2),如果与不完全信息关于这项研究的主要目的或结果测量(3外执行埃塞俄比亚[],研究4]。研究文章完全无法挽回的请求作者的电子邮件,重复研究,研究从非人类样本包括兽医、环境、和食品被排除在外。
2.4。数据筛选、提取和管理
加强监控,在线记录各种数据库和目录出口适当尾注引用软件版本8.2(美国汤森路透,斯坦福,CT)。然后,记录合并成一个文件夹来识别和移除重复的文章的帮助下尾注或手动跟踪方式有几种可能性每条引文样式。然后,数据筛选是由三对夫妇的评论者(Teklehaimanot Kiros与引理Workineh Tegenaw Tiruneh与Tahir Eyayu,和Shewaneh Damtie与Debaka Belete)谁独立屏幕上所有相关文章的标题和摘要从文献检索数据库基于预定义的合格标准。作者设计了一个数据提取形式采用首选Cochrane协作和报告项目的系统回顾和荟萃分析(棱镜),2009的清单14(补充file1:表S1棱镜清单)最后定制他们的研究协议解决所有纳入研究的特征。数据提取格式包括主要是第一作者,研究ID、研究设计、研究、出版年,研究网站,抽样技术,样本大小,人口特征,研究参与者的年龄,ESBL-PE的患病率,诊断方法,样品类型和类型的ESBL隔离。在/不完整的数据不足的情况下,作者独立审查文章的全文进行进一步的信息和澄清。有分歧通过讨论解决,直到达成共识。然后,提取数据从每一篇文章总结成一个电子表格。每个研究引用和数据仔细反复核对以确保没有重叠的数据。研究选择过程,提出了在首选项报告系统评价和荟萃分析(棱镜)流程图15]。最后,总共有18个合格的文章包括在这项研究。
2.5。研究人群
这项研究的参与者包括所有年龄组,性别(男/女),任何民族生活在埃塞俄比亚。
2.6。结果测量
感兴趣的主要结果是普遍的ESBL-PE隔离各种临床标本的检测到埃塞俄比亚。
2.7。质量评估
关键评价的研究是由分配评论者,确保数据的准确性和一致性。质量的研究是使用标准的关键评估工具评估由乔安娜·布里格斯研究所(JBI)阿德莱德大学,澳大利亚(16]。评价的主要目的是要仔细评估研究的方法学质量偏差的可能性在其设计和统计分析。JBI患病率研究评价检查表有9个重要的问题。的问题(Q1-Q9)重点抽样框架的适用性、抽样技术,样本大小,研究对象和统计分析。在所有情况下,分数的两位作者(TK和TT)咨询与第三作者(TE)的差异是最终决定。总得分介于0和9之间。最后,研究五分及以上为“是”被包含在系统回顾和荟萃分析。
2.8。数据综合、分析和报告
提取的数据从Microsoft Excel占据软件进口的混合估计结果的措施。数据处理和统计分析使用占据软件版本16(美国德克萨斯大学站)17]。Der-Simonian-Laird随机模型应用于估计的总患病率ESBL-PE埃塞俄比亚人口在95%置信水平。该模型建议调整变化之间的异质性的存在研究[18]。异质性是检查使用我2测试统计数据。我2测试数据是更好和更可靠的测试测量的可变性的研究。我2≤25%建议更多的同质性,25% <我2建议适度的异质性≤75%,我2建议高异质性(> 75%19]。进行了亚组分析的基础上,研究区域的研究。最后,所有统计测试相应值小于0.05,95%可信区间被认为是重要的。文本所呈现的结果的结果,总结表,和数字(森林情节)。这个系统回顾和荟萃分析被注册在普洛斯彼罗为“CRD42019148720。”
3所示。结果
3.1。特征描述ESBL-PE纳入研究的特征
全面的文献检索是主要的电子数据库引擎包括谷歌学者,PubMed、MEDLINE和Web的科学和86的出版物。总,68人被排除在外后密集审查他们的头衔,研究设计,结果,和其他相关特征使用标准清单和质量评估工具(表1)。最后,只有18研究(图1)很可能是合格的,包括在分析中。大多数包括文章报道从埃塞俄比亚中部地区(亚的斯亚贝巴,44.4%),其次是Oromia地区(33.3%)。毫不奇怪,没有报告寻求从远处等其他地区在埃塞俄比亚,Benishangul-Gumuz, Gambella和索马里。文章的出版物显示,年总,6/18(33.3%)和3/18(16.7%)发表在2018年和2019年,分别为(表2)。关于研究设计,大多数的文章在一个中心医院进行横断面研究除了三篇文章,多中心横断面研究涉及国家、地区和私人医疗设施(7,20.,21]。大约55.6%的研究在大学医院进行了包括黑狮子专业医院是中国最大的转诊医院。在这项研究中,最常见的抽样技术,14/18(77.8%)的连续采样技术,而两项研究[22,23)使用了一个简单的随机抽样(SRS)涉及住院和门诊部门。此外,作者所使用的各种临床标本包括血液、尿液、粪便、血液和体液是最常见的(表3)。
3.2。质量评估
质量评估包括对所有研究进行了基于JBI关键评价检查表。它有九个重要问题(Q1-Q9)总得分从0到9。研究平均质量分数介于5和9被包含在系统回顾和荟萃分析(表中1)。
3.3。实验室方法用于检测隔离ESBL-PE在埃塞俄比亚
这一荟萃分析显示,组合盘测试(CDT)和双盘协同测试(DDST)是最常见的诊断方法被许多作者用来屏幕ESBL-producing肠杆菌科从各种人类物种隔离(表样本3)。总(50%)的综述文章单独使用CDT ESBL-PE检测隔离。同样,3/18(16.7%)的文章使用CDT和DDST工具。然而,只有1例(5.6%)研究了使用PCR和电性能测试方法来检测ESBL-producing隔离。不幸的是,没有一个研究使用了肉汤最低抑制浓度(MIC)来识别ESBL-producing革兰氏阴性的隔离肠杆菌科。无论诊断方法利用,只有blaCTX-M编码基因变异被发现(22在这个审查过程。
3.4。在埃塞俄比亚ESBL-PE的联合估计
基于可用的包括合格的研究(图2),整个池ESBL-PE患病率发现18%(95%置信区间ci: 9-26)具有高度的异质性(我2= 99.6%, )。有关β内酰胺酶基因编码ESBL-PE,大多数,17(94.4%)的研究没有确定ESBL-encoding变异基因。只有CTX-M基因被发现在单一的研究包括文章ESBL-encoding基因决定的。
3.5。亚组分析
在这项研究中,根据研究区域进行亚组分析。基于此,中央埃塞俄比亚(28%)(95%置信区间CI: 13日,43)排名第一之后,Amhara地区(12%)(95%置信区间:10,33)和Oromia地区(10%)(95%置信区间CI: 3、18)如图3。
4所示。讨论
抗菌素耐药性,尤其是由于ESBL-PE仍然是一个重大的全球卫生挑战的许多方面的后果。由于ESBL-PE感染的后果是众所周知的在许多发展中国家(22]。临床并发症如血液、泌尿道感染、伤口,呼吸道感染由于ESBL-PE在许多发展中国家正在研究。然而,缺乏先进的诊断设备导致住院时间增加,医院成本,预后不良,甚至死亡3,8,10,34]。一些研究结果表明提高非洲ESBL-PE[进化的4,35- - - - - -39]。研究关于ESBL-PE在人类开始于2005年在埃塞俄比亚(21]。尽管研究趋势增加,他们提供了一个全面的流行病学ESBL-PE进行在这个国家的不同地区6,7,12,21- - - - - -23,26,27,29日,33,40- - - - - -43]。
在目前的研究中,一个荟萃分析显示不同分散在埃塞俄比亚和有限的研究揭示了汇集患病率为18%(95%置信区间CI: 9-26)。结果是小于中国的全国性调查(44),东非医院(38)和巴基斯坦(45]报道46%、42%(95%置信区间CI: 34-50),和分别为40%(95%置信区间CI: 34-47)。同时,目前汇集估计显示相对小得多比其他不同的非洲地区的研究包括加纳(49%46)、加蓬和45%47],摩洛哥48.4% [48),和来自印度等亚洲地区49]。此外,ESBL患病率显著高于本研究报道来自喀麦隆54%50),阿富汗51.9%51)、韩国(69.5%52)、马里[63.4 - -96%53- - - - - -55),喀麦隆82.8% (56),分别。当前的相对一致性与此前进行的研究结果表明在德国和美国在2012年的一份报告九个人口普查显示在10 - 15%的范围57和4 - 12%58分别]ESBL发生。在日本等亚洲大陆社区,在ESBL-mediated阻力增加肠杆菌科据报道类似于我们目前的ESBL流行,它介于6.3%和20%在9年的研究(59]。此外,相对整合与目前的发现也报道了Flokas et al。60),14%(95%置信区间CI: 8至21)和研究在非洲,17%(95%置信区间CI: 10-23) [35]。然而,现在汇集的ESBLs患病率肠杆菌科相对高于报告包括玩具等的研究。39在撒哈拉以南的非洲(9.3%),Flokas et al。61年在加纳)9%(95%置信区间CI: 6-13) Tansarli et al。4)< 15%,Sallem et al。62年)执行在非洲的农村地区2007 - 2012年(9.7%)。目前的研究与其他研究的差异可能是由于不同的antibiotic-prescribing实践,包括研究的数量,地理位置,出版年。例如,Flokas et al。60)报道,汇集ESBL-PE率为非洲、东南亚、欧洲、西太平洋,东地中海,和在美洲为76%(95%置信区间CI: 56 - 90), 37%(95%置信区间CI: 31-43), 12%(95%置信区间CI: 2-31), 7%(95%置信区间CI: 5 - 9), 5%(95%置信区间CI: 1 - 12)和2%(95%置信区间CI:鹿),分别。ESBL的差距也发生可以合理化由于社会的社会经济地位的变化,不同的诊断应用的性能诊断方法(63年]。同样,变异可能是由于研究的焦点和测量结果64年]。例如,一些研究“设置关注社区获得性感染,而其他的研究可能关注院内感染(5,21,37,38,65年]。
关于趋势的文章发表,研究ESBL-PE患病率在过去的15年里从5.6%增长到了33.33%,与ESBL-producing埃塞俄比亚大肠杆菌和k .肺炎主要隔离。以类似的方式在突尼斯在研究时期从1999年到2012年,ESBL-PE的患病率从11.7%上升到77.8% (62年,66年- - - - - -69年]。同样,中国2012年的一项研究报道,ESBL-producing大肠杆菌隔离是52.2% (70年),它是1.6%在香港在1990年和1995年的2.6%。与此同时,比例克雷伯氏菌种虫害和肠杆菌属种虫害估计为3%,10%,24%和23%在1990年和1995年,分别为(71年]。此外,在印度的一项研究表明ESBL-producing大肠杆菌从40%上升到61%的研究期间2002 - 2009。但是,ESBL-producing的患病率k .肺炎几乎保持稳定,从38% - -40%在2002 - 2009年研究期间72年]。
在这项研究中,最常用的临床标本所使用的大多数的作者是血液之后,尿液,身体排放,凳子上。这类似于韩国的研究(52)、坦桑尼亚(73年],阿尔及利亚[4,35,39,74年- - - - - -76年)、尼日利亚(77年)、马里(53,54],尼日尔[78年),和喀麦隆(56]。在评估中,90%以上的卫生设施进行了研究,其中三个多中心之间进行健康的直觉7,20.,21]。一些研究也表明,社区ESBL-PE患病率低于医院等患病率在社区研究在突尼斯,范围0.7 - -7.3%和11.7 -77.8%在医院,在埃及,11 - 42.9%范围从社区以及医院(62年,79年]。同样,在肯尼亚(34)、加纳(80年)和南非(36报告了37.4%、49.4%和0.3 - -13%患病率从社区和医院,分别。另一方面,社区比例估计(18.8%)略高于医院(16.4%)已报告从南美洲81年,82年]。ESBLs发生的差异可以影响选择诊断方法。
各种ESBL识别方法被用于这些综述文章如双盘协同测试,组合盘测试,聚合酶链反应(PCR)、电性能测试。但是其他类似的研究在国外使用pulsed-field凝胶电泳等分子技术(10,39,60,83年]。在大多数综述文章,nonmolecular测试包括磁盘组合测试,双盘协同测试和电性能测试是使用最广泛的测试在这个国家的不同地区筛选ESBL隔离来自异构临床标本。这意味着缺乏先进的诊断工具,如PCR和DNA测序在埃塞俄比亚一直ESBL-encoding主要问题解决常见的变体基因。不仅在埃塞俄比亚也在几个非洲国家,subdetection测试主要用于识别ESBL流感流行期间负责任的菌株都在医院一样井在社区环境中(39,45,84年]。因此,诊断测试的差异被认为是一个因素的临床差异ESBL比例(10,21,45,85年]。出于这个原因,只有一个研究[31日)使用PCR测序,其余使用纯粹的表型筛查工具进行。在目前的研究中,只CTX-M ESBL基因。然而,许多文件表明,阶级”“ESBL基因是最常见的基因在医院和社区设置(10,41]。例如,CTX-M-15基因被发现在很多研究中,通常与其他类型的相关基因如CTX-M [64年)、TEM和SHV [64年]。CTX-M集团寻求并被认为是普遍在50%的表现ESBL菌株特性研究可以使用pcr分子检测方法(82年,86年]。
4.1。本研究的优点和局限性
这项研究提供了一个通用的图片的患病率ESBL-PE在埃塞俄比亚。因为它是第一个荟萃分析研究,预计为卫生保健提供者提供当地知识和卫生政策制定者。然而,由于缺乏发表的研究从某些地区或地点埃塞俄比亚,估计结果的措施可能不代表国家图由于ESBL-PE AMR的负担。此外,本研究主要关注ESBL-producing生物检测从人类标本。但是,隔离从非人类的起源并不是解决这些东西也都是本研究的另一个限制。
5。结论
总之,汇集流行ESBL-PE探测到的各种临床标本在埃塞俄比亚相对较低。这一荟萃分析表明ESBL隔离在埃塞俄比亚的回声。AMR尤其是ESBL-producing隔离引起的肠杆菌科仍然是一个全球公共卫生问题。多嘴的研究特别是基因变异编码ESBL-PE要求综合积极监测系统可以支持总结和说明进行流行病学ESBLs在埃塞俄比亚的照片。此外,战略干预抵御抗菌素耐药性包括有效的感染预防和控制和合理使用抗生素应该实现通过使用数据甚至从世界其他地区包含ESBL-PE的进一步传播。必须采取果断措施阻止与院内ESBL-PE殖民率较高;否则,使用碳青霉烯治疗社区和院内感染随后将导致carbapenemase-producing病原体的出现。
缩写
| AMR: | 抗菌素耐药性 |
| CDT: | 组合盘测试 |
| DDST: | 双圆盘协同测试 |
| ESBL-PE: | Extended-spectrum beta-lactamase-producing肠杆菌科 |
| 聚合酶链反应: | 聚合酶链反应 |
| 泌尿道感染: | 尿路感染。 |
数据可用性
使用的数据来支持本研究的结果包括在本文中。
的利益冲突
作者宣称没有利益冲突。
作者的贡献
TK是主要研究员,研究构思,设计,参与数据提取,进行数据分析,起草和定稿出版的手稿。LW, TT, TE、DB和SD协助数据提取和回顾了初始和最终草案的手稿。所有作者阅读文章的最后草稿和批准出版。
确认
作者要感谢工作人员在医学实验室德勃雷他泊大学科学的实质性的支持和建议。
补充材料
棱镜清单表S1:支持信息。(补充材料)