快速识别病原体的脓毒症患者的阳性血培养:回顾和荟萃分析的性能Sepsityper工具包

文摘

脓毒症是死亡的主要原因之一,和快速识别(ID)血流感染是强制执行适当的抗生素治疗。MALDI-TOF质谱的出现对病原体的快速ID是微生物学的一个重大突破。最近,该方法结合萃取的方法直接从阳性血培养病原体。本文总结了到目前为止的结果与商业Sepsityper样品制备设备,目前批准在体外诊断使用。从21日报道,总结数据Sepsityper工具包允许可靠的ID在物种水平的3320阳性血培养瓶的80%。革兰氏阴性细菌导致更高的ID利率一致(90%)相比,革兰氏阳性细菌(76%)或酵母(66%)。属水平上没有相关曾被报道的日志(分数)截止1.6。Sepsityper工具包是一个简单的和可再生的方法,扩展了MALDI-TOF技术阳性血培养标本和缩短了结果几个小时甚至几天的时间。结合抗生素管理程序,这种快速的ID允许更快的优化抗生素治疗脓毒症患者相比,传统的工作流。

1。介绍

脓毒症是死亡的主要原因之一,在世界上,估计每年全世界发病率高达1900万人(1]。在脓毒症的诊断和治疗已经改善了过去几十年(2),和指导方针来帮助医生这个复杂的综合征(3),死亡率严重脓毒症或脓毒性休克的重症监护室(ICU)仍然非常高(20 - 50%)。早期感染控制的适当使用抗生素的基石之一的目标定向脓毒症治疗,因为治疗脓毒症患者的存活率减少按小时(4]。但病人的治疗用抗生素不同于其他医学治疗(如高血压或糖尿病)概念的观点。同时治疗高血压仅限于一个病人和没有影响其他病人,任何抗生素治疗诱发细菌的选择压力,这可能导致耐药菌株并不局限于治疗病人,但将扩散到环境5]。随着越来越多的病原体对许多抗生素产生耐药性,治疗ICU医生面临的挑战是致病病原体的抗生素疗程来拯救病人的生命,同时在个别病人使用抗生素的努力,未来的治疗,否则会影响其他病人(3]。

由于病原体的信息和对抗生素的敏感性达到临床医生的延迟几天,目前的实践要求抗生素的“盲”开始,根据医师的经验,可能的感染,和电阻模式在各自的医院。覆盖尽可能多的病原体,在ICU医生往往首先广谱抗生素,有时用两种或两种以上的抗生素的组合。然而,一些研究已经表明,在大多数情况下,联合疗法并不优于单一疗法(6- - - - - -8]。此外,抗生素治疗的早期deescalation通常是可能的和推荐的现有指南(3,8,9),甚至可能减少死亡率严重脓毒症和脓毒性休克10]。这里的挑战是要告知医生迅速的病原体他或她正在处理,所以治疗可进行必要的调整。

识别微生物的微生物实验室已经从根本上改变了微生物的常规鉴定Matrix-Assisted激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS) [11- - - - - -13]。快速识别(ID)的细菌(11,12)和酵母(13)是现在不可能耗时的亚文化的例程和随后的表型鉴定方法,这部分回到早期微生物学的先驱,像罗伯特•科赫。本文概述了利用这种新技术可能带来的快速识别病原体在脓毒症患者阳性血培养。

2。在脓毒症中使用血培养

血培养是脓毒症管理的一个重要组成部分。现有指南给出一个明确的建议:“优化识别诱发生物,我们建议至少获得两组血培养(包括有氧和厌氧瓶)抗菌疗法之前,至少有一个经皮画,一个通过每个血管访问设备,除非设备最近(< 48 h)插入。“(3]虽然只有30 - 60%的血培养在脓毒症成为积极的(14,15),这个方法是一个证据级别最高的脓毒症患者的诊断3]。血培养的时间积极的变化,在很大程度上取决于病原体负载,病原体的类型,及其增长能力(16,17]。影响的其他因素包括血液培养的体积,感染的幼童腹壁薄弱,品牌使用的血培养瓶、培养瓶的时间达到一个孵化器,和患者抗生素采样前的预处理。所以积极的平均时间是15个小时左右,但个别瓶子可能会积极几小时至几天(16,17]。

后积极,大多数(如果不是全部的话)血培养瓶被革兰氏染色加工。根据实验室不同,这可能是立即完成,一天几次,或者在晚上只有一次。革兰氏染色法通常需要不到15分钟,和理想的革兰氏染色法的结果是医生及时沟通。有时,革兰氏染色法的信息类型和病原体的形式允许已经抗生素管理在某种程度上,如果这样的例程是在各自的医院18]。

接下来,阳性血培养琼脂板上,也常常选择基于病原体的革兰氏染色法。这通常需要过夜培养,根据生物更长时间(例如,厌氧菌)。后续识别通常是使用生化测试完成的。自动化系统,如Vitek II (Biomerieux、法国)或凤凰(美国,正欲),至少需要额外的6 - 8小时,但该方法通常是在一夜之间完成。完成识别罕见的生物通常会超过72小时,细菌和真菌(超过60小时16,17]。替代方法的出现像MALDI-TOF女士(19)或分子识别(17,20.从琼脂板已经大大减少识别时间,和MALDI-TOF现在经常在微生物实验室的参考方法。这里,MALDI-TOF直接应用阳性血培养流体提供了一个更快的识别(12到24小时),因此可能直接影响患者的治疗脓毒症(18,19,21,22]。

3所示。直接从血培养病原体的识别

一次血培养瓶是正的,愿为革兰氏染色法和进一步处理常规ID,现在可以提取足够的病原体直接识别MALDI-TOF女士不需要首先在琼脂板生长。据估计,MALDI-TOF女士需要大约10⁵集落形成单位(cfu)有足够的细菌核糖体蛋白质获得一个可靠的蛋白质模式,这是某种特定的病原体。在最初的报告(18,19,21,22),现在有几十的出版物描述如何从阳性血培养中提取细菌蛋白质没有人血蛋白的污染,这将产生负面影响细菌蛋白质模式MALDI-TOF那些报告大多数女士“家酿啤酒”协议仅供研究使用,没有进一步验证临床常规使用。

监管需求的开发过程和质量控制在体外诊断产品逐年增加(23,24]。这些产品的用途是经常与病人的治疗管理,这种姿势监管限制不够内部验证方法的更广泛的可用性(23,24]。传统上,许多研究实验室不花费太多的时间和精力在复杂的审批程序获得监管部门的批准。监管机构,以确保足够的需求高标准的质量管理体系持续增加,特别是所谓的实验室开发的测试可能很快会更难维护(23,24]。尽管成本上升,常规实验室经常使用商业在体外诊断产品,制造商获得监管机构的批准,也负责维护质量。这些产品通常是简单易用,有一致的质量,并允许直接多个实验室的比较结果,这并不总是可能的,如果使用各种不同的家酿酒的方法。

4所示。Sepsityper工具包

商业Sepsityper工具包(力量Daltonik GmbH,不来梅,德国)是一种样品制备方法,使孤立的细菌或真菌阳性血培养。方法包括溶解血细胞,其次是离心分离和洗涤的步骤。最终结果是细菌或真菌的颗粒,进一步处理的标准方法ID使用MALDI-TOF女士(25]。

Medline搜索原始研究论文发表英文直到2014年12月21日报道,透露已测试的Sepsityper提取细菌或酵母(表1)。尽管偶尔偏离说明使用的装备,这些报告都使用相同的提取方法,该方法允许Sepsityper性能的直接比较。这些出版物的结果进行了总结。


作者	一年	参考	血培养系统	克底片。细菌 (% pos ID)。	克pos.细菌 (% pos ID)。	真菌 (% pos ID)。	总monomicrobial样品(% pos ID)。	日志(得分) 截止使用	评论

舒伯特等。	2011年	(25]	Bactec 924	98年 89.8%的物种	358年 86.3%的物种	17 70.6%的物种	473年 86.5%的物种	> 1.5的物种	ID 48小时前相比,传统的方法在18 27混合文化正确识别至少一个隔离误认为是5链球菌作为链球菌引起的肺炎

角等。	2011年	(56]	Bactec外汇 +有氧/ F 厌氧/ F 溶解性/ 10	187年 87.2%属 79.7%的物种	285年 68.4%属 46.3%的物种	- - - - - -	472年 75.8%属 59.5%的物种	> 1.7 > 2.0属的物种	所有属结果将报告为物种的结果今天软件误诊4链球菌作为链球菌引起的肺炎,改正在以后的数据库更新

燕等。	2011年	(41]	Bactec外汇	- - - - - -	- - - - - -	42 100%的物种	42 100%的物种	> 1.9的物种	LOD酵母检测公元前积极瓶:5.9×10⁵CFU /毫升前两个清洗步骤添加Sepsityper协议

巴肯等。	2012年	(34]	Bactec +有氧/ F和 Bactec裂解/ 10	45 97.7%属 91.0%的物种	One hundred. 80.0%属 53%的物种	5 0%属	150年 85.5%属 64.8%的物种	> 1.7属 > 2.0的物种	ID 24 - 130 h速度比传统方法日志(得分)> 1.7足以ID在物种水平,由于整体和谐日常ID是96.6%和94.1%属物种水平五个不一致的结果:3链球菌oralis有链球菌引起的肺炎ID谱技术;两个被常规鉴定方法(16 s测序证实MALDI)

Juiz et al。	2012年	(43]	Bactec	24 95.8%属 95.8%的物种	61年 96.7%属 84.7%的物种	- - - - - -	85年 96.4%属 87.0%的物种	> 1.7属 > 2.0的物种	Sepsityper表现好于另一个内部的样品制备方法没有正确的ID链球菌引起的肺炎

克莱因等。	2012年	(35]	Bactec 9240 Bactec +有氧/ F,厌氧/ F和ped + / F	52 99%的物种	71年 64%的物种	- - - - - -	123年 82.9%的物种	> 1.7物种(如果匹配有机体说几次在列表)	Sepsityper表现好于替代分离器内部方法和凝胶管 ID为革兰氏阴性比革兰氏阳性的误认美国hominis而不是美国epidermidis和美国hominis而不是美国haemolyticus

Lagace-Wiens et al。	2012年	(36]	BacT /警报SA BacT /警报SN	19 100%的物种	40 80%的物种	2 50%的物种	61年 85.2%的物种 88.5%如果> 1.5	> 1.7的物种 > 1.5	日志(得分)> 1.5给100%的一致性程序ID 传统ID平均周转时间为40.9 h相比6.6 h MALDI(如果积极ID)

Loonen et al。	2012年	(31日]	BacT /警报SA BacT /警报SN	47 95.7%属 91.5%的物种	52 65.4%属 42.3%的物种	- - - - - -	99年 79.8%属 65.7%的物种	> 1.7属 > 2.0的物种	Sepsityper表现更好,速度比两种样品制备方法。厌氧菌BacT /警报SN瓶导致不可靠的结果,包含瓶子不适合木炭

她等。	2012年	(38]	Bactec +有氧 Bactec F溶解性厌氧	22 72.7%属 59.1%的物种	37 81.1%属 74.3%的物种	- - - - - -	59 78.0%属 68.4%的物种	> 1.4属 0.3 > 1.6物种(如果改变下一个列表)	公元前相对较少的测试。革兰氏阳性细菌导致ID比革兰氏阴性(由其他研究不同寻常的报告,没有证实)。在直接比较内部方法比Sepsityper表现更好。日志(得分)达标可以降低为正确的物种ID > 1.6,这增加了这两种方法都正确的ID

Meex et al。	2012年	(32]	BacT /警报SN	40 82.5%的物种	67年 58.2%的物种	- - - - - -	107年 67.3%的物种	> 1.8的物种	正确的物种ID接受在任何日志(分数),如果前三个数据库匹配都是相同的没有区别Sepsityper使用皂苷溶菌作用和内部的方法的ID乙型副伤寒沙门氏菌只属水平直接ID的速度比传统方法(24小时)

Saffert et al。	2012年	(37]	Bactec 9240 Bactec +有氧/ F 厌氧/ F ped + / F	35 94%属 83%的物种	64年 80%属 70%的物种	- - - - - -	99年 85%属 75%的物种	> 1.5属 > 1.7的物种	Sepsityper和两个内部方法相比一个草绿色链球菌被确认为链球菌引起的肺炎日志(分数)< 1.5结合革兰氏染色结果会导致另一个9正确ID

陈等人。	2013年	(33]	Bactec +有氧,Bactec F溶解性厌氧,Bactec Myco裂解	106年 99%属 88.7%的物种	75年 96%属 72%的物种	- - - - - -	181年 97.8%属 81.8%的物种	> 1.6属 > 2.0的物种	Sepsityper使用生物型生成更精确的识别与Vitek女士在两个系统只属水平ID沙门氏菌的规范。在21个混合文化,正确的双重身份的生物型5

黑等。	2013年	(28]	BacT /警报3 d FA, BacT /警报3 d PF, BacT SN /警觉	123年 90%的物种	168年 64%的物种	6 0%	297年 74%的物种	> 1.7的物种	大多数ID失败导致公元前瓶木炭;因此BacT /警报瓶木炭不是最优培养基结合Sepsityper

贾马尔et al。	2013年	(46]	Bactec 9240或BacT /警报	53 66%的物种	99年 75年,8%的物种	8 50%的物种	160年 75.6%的物种	> 2.0的物种	不属识别显示数据。积极的定义ID通常是独立的日志(得分)。术语“误诊”而不是“身份不明”是用于ID分数< 1.5,10种不被常规方法但谱

Nonnemann et al。	2013年	(40]	Bactec外汇	53 88.7%属 81%的物种	148年 60%属 44%的物种	22 77%的物种	223年 64%属 56%的物种	> 1.6属 > 1.8的物种	真菌实验中主要是公元前样品较低的截止(物种ID > 1.5)也被应用。结合革兰氏染色法,一个日志(分数)> 1.3没有曾革兰氏阳性结果上升到85%

Tadros和Petrich	2013年	(45]	Bactec有氧/ F、厌氧/ F和ped + / F	19 94.7%属 94.7%的物种	60 93.3%属 66.7%的物种	1 100%属 100%的物种	80年 93.8%属 78%的物种	> 1.7属 > 2.0的物种	一些革兰氏阳性标本物种被排除在分析样本总数也包含7脑脊髓液上升到公元前样品瓶和10个幼童腹壁薄弱

戈顿等。	2014年	(42]	Bactec	- - - - - -	- - - - - -	50 76%属 56%的物种	50 76%属 56%的物种	> 1.6属 > 1.8的物种	公元前100 - 200 cfu酵母飙升到瓶子和Sepsityper正增长后提取较低的日志(分数)(> 1.5)正确的物种ID和重复测量ID在物种水平上升到84% 革兰氏染色法为真菌ID不够!

Hazelton et al。	2014年	(44]	Bactec +有氧/ F,裂解/ 10,厌氧/ F和ped + / F	64年 98.4%的物种	- - - - - -	- - - - - -	64年 98.4%的物种	> 2.0的物种	这项研究的重点是Sepsityper工具包的使用直接BD凤凰的抗生素耐药性测试系统与磁化率97.9%的一致性测试

马丁内斯et al。	2014年	(26]	VersaTREK氧化还原	46 86.9%属 80.4%的物种	95年 89.4%属 81.0%的物种	5 60%属 60%的物种	146年 87.7%属 80.1%的物种	> 1.6属 > 1.8的物种	额外的清洗步骤中添加协议厌氧BC文化排斥的设计也至少有一个正确的ID文化在77%的幼童腹壁薄弱误认4草绿色链球菌标本,肺炎链球菌

弗等。	2014年	(27]	Bactec +有氧/ F,标准/ 10有氧/ F, ped + / F,裂解/ 10厌氧/ F, VersaTREK氧化还原	94年 97.8%属 95.7%的物种	225年 95.5%属 81.7%的物种	6 50%属 16%的物种	325年 94.7%属 84.0%的物种	> 1.6属 > 1.8的物种	在两家医院Sepsityper使用;公元前提取现场;颗粒是储存在RT直到装运,MALDI-TOF女士进行了网站

Idelevich et al。	2014年	(39]	Bactec 9240 +有氧/ F, F +厌氧/,Mycosis-IC / F和ped + / F	- - - - - -	- - - - - -	24 62.5%的物种	24 62.5%的物种	> 1.5的物种如果前两个结果是一样的	Sepsityper协议后未经清洗步骤(比较严等。41])。手动拍摄和双谱的蛋白质浓度尝试增加日志(分数)> 1.7, 意味着积极的ID酵母为4.5×10⁷。结果比标准方法早23.5 h Sepsityper颗粒生成的抗生素敏感性资料提前15 h在72.7%的样品

5。工作流的Sepsityper工具包

一毫升血液培养液是从公元前积极瓶子和转移到1.5毫升反应管(埃普多夫,汉堡,德国)。在200年的μL裂解缓冲,样本是涡10 s后跟一个离心一分钟在离心机的最大速度为PCR反应瓶。上层清液被丢弃和颗粒resuspended洗一毫升的缓冲区。第二步离心后,上清液被丢弃和颗粒悬浮在300年μL的蒸馏水。在900年的μL乙醇悬浮液,样品离心两分钟。上层清液被丢弃,被小心翼翼地重复离心后残余乙醇。随后,颗粒悬浮在30岁μL 70%的甲酸。30μ添加L(乙腈,样品vortext并简要离心机。提取微升之一是MALDI目标板上发现和分析根据谱生物型根据制造商标准程序(力量Daltonik GmbH)。一定要提到Sepsityper工作流依赖于后续MALDI-TOF MS鉴定,因此相同的限制这个MALDI-TOF方法对处理和设备的安全。

6。血培养瓶的影响

Sepsityper工具包测试,可以很好的处理各种不同的血培养瓶来自不同商业制造商。大多数研究(总共17)使用Bactec系统(双相障碍诊断、火花、美国)相比,五个研究使用BacT /预警系统(Biomerieux, Nurtingen,德国)。迄今为止,只有两份报告存在血液瓶从另一个制造商(VersaTREK,长途跋涉的诊断系统,克利夫兰)26,27]。作者描述了一个困难BacT /警报系统,特别是血培养瓶含炭(28]。BacT /警报瓶与木炭的数量可能减少积极IDs Sepsityper和应该避免如果快速ID从血液文化是希望28]。这种限制与木炭含有瓶也报道了替代样本制备方法(29日,30.]。目前不清楚为什么Bact /警报和木炭可能不是合适的瓶子。木炭是通过分离步骤,可以推测,木炭吸收所需的微生物,尤其是微生物蛋白质的ID频谱MALDI-TOF系统。这可能会减少所需的颗粒积极ID。厌氧BacT报告/警报SN瓶子是不确定的。这种类型的瓶子(研究报告一个问题31日),而另一份报告获得可靠的结果(32]。然而,研究使用Bactec系统倾向于报告更高的识别利率从阳性血培养相比使用BacT /警报瓶,即使那些charcoal-free(见表1)。

7所示。日志的影响(分数)用于积极的ID

所有研究使用生物型系统(力量Daltonik GmbH,不来梅,德国),由Microflex MALDI-TOF女士硬件结合谱生物型软件包和数据库(力量Daltonik GmbH,不来梅,德国)在几个不同的发布版本。一项研究[33]也Sepsityper装备的性能相比Vitek女士系统(Biomerieux)性能的生物型。女士MALDI-TOF系统为试管使用在欧洲监管机构的批准,并在美国FDA清除版本存在。也在世界上许多其他国家使用这两种方法。

日志(分数)截止值推荐在这些出版物的生物型软件对于病原体识别从琼脂板”可接受识别物种水平“如果分数≥2.0,是一个“可接受鉴定到属水平”如果分数≥1.7。大多数研究使用快速的Sepsityper ID从阳性血培养在某种程度上偏离这些日志(分数)推荐琼脂板上。许多研究人员使用正确种类的ID值1.7[低34- - - - - -37),1.6 (27,38),甚至1.5 [25,39)或结合其他标准日志(分数)较低。一些作者要求前两个(39列出]或三种病原体匹配结果是相同的(32]或有物种列表中出现几次可能的病原体(35];别人看着日志(分数)的差异至少0.3最好的病原体之间的匹配和下一个可能的候选人38]。一般,那些低日志(分数)被认为是可靠的调查,在很少情况下导致假阳性ID在物种水平(详情见下文)。因为它是不可能使用一个日志发表论文(分数)在所有,我们接受了各自的作者最后ID作为一个正确的识别。我们的方法的基本原理是,每个实验室使用自己的“黄金标准”定义为期末ID,并且每个Sepsityper工具包的结果相比黄金标准。所以正确报告为ID的结果Sepsityper工具包是正确的与MALDI-TOF ID的结果相比孤立在琼脂板上,传统生化方法,或16 s rDNA测序的怀疑。在现实世界中,Sepsityper装备总是与实验室的经验,结合使用和额外的信息(革兰氏染色法)。我们承认的事实,这可能会有一些影响的结果,认为这是限制审查。

根据这些报道,最近发布的MALDI生物型软件版本“MBT罗盘”和新软件模块Sepsityper装备有一个日志(分数)的1.6作为积极的ID。此外,截止一般数据库的改进,如差异化的病原菌可能污染物(例如,链球菌引起的肺炎从其他链球菌种虫害或金黄色葡萄球菌从其他葡萄球菌spp),最近被实施。进一步提高识别算法的软件为革兰氏染色阳性血培养可能包括信息排除明显不匹配从列表中建议的病原体。两项研究报道大量增加正确的ID与非常低的日志(分数)使用这种方法(37,40革兰氏染色法)而另一项研究使用了信息消除曾在低分数(27]。

8。Sepsityper的性能

如前所述,已发表的研究的荟萃分析需要考虑不同的方法积极的病原体识别,和一个直接比较正确数字出版的ID的种或属水平上的不同的研究是一个典型的情况“比较苹果和梨。“此外,一些报告在他们的数据不一致,并不总是单独报告革兰氏阳性和革兰氏阴性细菌,或血培养瓶包括幼童腹壁薄弱的总数,而其他人只报道数据monomicrobial血培养。仔细看看原始数据,如果可用,需要考虑这些差异。因此数字和百分比表中列出1有时可能会偏离这些数字公布各自的论文的摘要或文本。

21日发表研究测试3320积极monomicrobial血培养标本。其中,2648年导致了一个可靠的ID在物种水平(79.8%)。这是ID数据报告基于一个标准日志(分数)> 1.7。如果报告没有作者ID数据截止,数据在上级日志(分数)报道了(例如,1.8)。情况下,作者只做报告数据较低的日志(分数),这些数据被接受,如果作者在他们的研究报告说,他们感到自信积极的ID的物种级别(例如,看到25,38,39])。

报告数据对革兰氏阴性细菌用于18研究。总共1127积极monomicrobial血培养瓶与革兰氏阴性细菌,Sepsityper方法允许1010个样本的正确ID (89.6%)。

数据可用于17项研究对革兰氏阳性细菌。2005年积极monomicrobial血培养瓶包含革兰氏阳性细菌,Sepsityper方法能够正确ID的1525个样本(76.1%)。

十二个真菌研究还报告数据。其中,一些只有不到10例。四个研究包括超过20个样品(39- - - - - -42]。共有188个样品Sepsityper方法发现124积极酵母id (65.9%)。

个人研究大范围的结果,开始积极的ID (56%42)上升至100% (41]。两人都是研究专注于酵母与相对较小的样本大小。一些研究报告非常高(≥95%)ID (33,43,44]。其他研究报告低百分比的ID,但大多数是在介于98%和70之间(表中1)。

通常可以说Sepsityper革兰氏阴性的装备性能更好比革兰氏阳性细菌。在革兰氏阴性细菌,积极ID率一般在90%以上,通常高于95% (27,31日,33- - - - - -36,43- - - - - -45]。在两个研究中,革兰氏阳性细菌被发现更可靠的比革兰氏阴性细菌(38,46]。一项研究[38),而低数量的整体情况,因此,结果可能有偏见。

革兰氏阳性细菌与Sepsityper更难识别。革兰氏阳性细菌的原因并不总是允许直接从阳性血培养积极的ID还不理解。人们可以推测更健壮的细胞壁蛋白提取效果下降,和缓慢增长的一些物种可能会导致一个非常小的颗粒后提取。但即使是革兰氏阳性细菌,一些研究人员报告成功的ID在90%左右或更多的阳性血培养(33,43,45]。

似乎更具挑战性在酵母获得可靠的ID。几种方法被增加的积极酵母做了试验。一项研究中引入了两个额外的清洗步骤,这似乎消除nonyeast蛋白质,导致好的酵母蛋白质谱(41]。另一组使用两倍的蛋白质包含上层清液谱技术目标。这单独或结合其他激光枪MALDI-TOF导致增加正确的id上的id已经建立的常规程序(39]。与这些修改,酵母的总体积极的ID率约为三分之二的测试样本。

同时进行审查,使用Sepsityper工具包发表另一篇论文,艾格力et al .,有相似的标识率为革兰氏阴性率低(92.6%),但ID革兰氏阳性(64%)比其他研究的荟萃分析的结果(47]。

9。替代协议直接鉴定阳性血培养

选择,实验室开发的方法从血液中提取文化在过去几年已经出版。这些方法都有不同的方法去除人类细胞成分和丰富的微生物培养液。皂苷(22)或氯化铵(48)被描述为溶解血细胞之前浓缩血培养的微生物液体。从血细胞分离微生物可以执行与差速离心分离器和凝胶管(19,49]。同时,简单逐步沉积血细胞和微生物被描述的18,21,43,50]。一些方法更多(5 - 10毫升)血培养体积开始(43,51- - - - - -54]。虽然这可能会增加机会获得更大的微生物颗粒的MALDI-TOF ID,它还增加了复杂性的方法,例如,需要不止一个离心机。

尽管大多数的替代方法已报告要想成功,这些方法被用于同样的方式在不同的实验室,在标准条件下对样品制备或数据解释。“家酿啤酒”方法被科学家应用开发和优化他们的条件。这使得很难比较和归纳这些研究结果;特别是时间结果存在着很大的差别取决于应用程序。弗等人尝试了对比研究使用Sepsityper工具包和那些单独优化样品制备过程(27]。这种比较表明,两种方法给类似的结果在大多数细菌(例如,76.7%正确ID为革兰氏阳性球菌使用Sepsityper和76.3%使用各种实验室开发方法)。然而,两个群体之间分布的样本是倾斜的,和一个研究使用346 91.3%的酵母标本的正确ID有强烈影响队列使用实验室开发方法(53]。这样的整体精度比较有利于实验室的开发方法(78.2%比84.7%)。有趣的是,使用更多的血培养体积开始提取过程并不总是导致一个更好的准确性(54]。

一般的消耗品成本任何实验室开发的测试最可能低于一个商业产品像Sepsityper;然而看只有化学品的成本将是一个不完整的评估相关的整个成本这样一个样本提取方法。总成本的很大一部分是由劳动力成本的实验室。此外,个人的一种新方法的验证,以及所需的设备维护质量控制,将进一步促进“家酿啤酒”方法的成本。同时一些实验室愿意省钱在消费品方面,别人不愿意或能够建立一个实验室质量控制系统开发测试上述增加监管要求。从科学的角度来看,Sepsityper和实验室开发方法相似的结果,并决定实施一个或另一个单独的实验室。

10。Sepsityper有多安全?

产品的潜在风险是微生物的误认其次是错误的治疗病人。因此安全Sepsityper样品制备设备需要结合生物型的安全评估。

基于21日发表报告,使用Sepsityper样品制备设备没有提出任何安全隐患的产品的预期用途。在很多研究中,没有曾物种水平相比,使用实验室标准,不同的不同的出版物和通常要么生化ID,从琼脂板或MALDI-TOF ID,或者偶尔16 s rDNA测序。在一些研究中,曾发生物种水平。误认最初认为,如果结果得到Sepsityper / MALDI-TOF有别于传统生化ID。然而,在某些情况下,核糖体测序的微生物表明传统的标识是错误的和MALDI-TOF鉴定是正确的。在其他情况下,微生物在物种水平问题都难以辨认一些早期版本的生物型数据库。例如沙门氏菌种虫害一般不确定物种只属水平,和一些生物的草绿色链球菌组,就像链球菌,总是认定链球菌引起的肺炎丢失的风险降到最低,这更危险的病原体在病人。然而,这是一个生物型系统的限制,而不是由于Sepsityper。

事实上,的健壮性Sepsityper样品制备设备结合生物型识别方法是如此强烈,大多数研究降低日志(分数)正确识别远低于推荐的生物型软件。这减少了产品的功效,不增加安全风险的方法。日志(分数)年代低至1.5被用于一些研究。基于发表的文献评价,似乎是安全的,表示(在提高产品的功效)使用日志(分数)低于推荐生物型鉴定从固体媒体文化。这是事实的理由获得的微生物的日志(分数)直接从阳性血培养总是相比减少日志(分数)从琼脂板上。原因是血液的背景文化衍生峰(主要是白细胞蛋白质)不能完全被任何方法。这种背景下的未指明的山峰“稀释”的具体信息,因此降低了生物的日志(分数)从血培养分离。低碎屑的应用程序不是妥协,而是逻辑的算法已被证明是有效的在许多出版物中描述的这篇评论。这些研究的结果,一个特定的生物型的血培养模块的软件开发,现在Sepsityper工作流的一部分。

11。总结

Sepsityper样品制备设备允许足够的隔离微生物从阳性血培养有足够材料后续代MALDI-TOF-based蛋白质指纹模式识别。基于这些模式,生物型软件可以识别未知的生物体通过比较参考数据库的模式。这可能是细菌和酵母。的功效(比例的正确识别建立参考方法相比利用固相的亚文化微生物文化板块),Sepsityper工具包的最佳性能能够达到与革兰氏阴性细菌。革兰氏阳性细菌物种一贯的低比例的正确识别,然而该方法给出了一个正确的ID在75%的样本。正确识别三分之二的血培养的酵母是可能的测试。

该方法方便需要大约30分钟,这取决于数量的样品处理。用户更快的识别的优势微生物,而接种阳性血培养对固相文化板块。使用Sepsityper样品制备设备导致的减少总时间从8 - >结果48小时(在一些研究> 100小时),根据微生物生长速率对固相文化板块。这时间更快的结果是病人的优势,因为,结合抗生素管理程序,优化抗生素治疗通常可以管理的基础上,一个物种/属识别潜在的微生物(55]。

利益冲突

尼尔斯·g·morgenthal博士和马库斯Kostrzewa是受雇于力量Daltonik GmbH是一家。

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