隔离与内脏相关的真菌和细菌的热带Wood-Feeding鞘翅目和决心的Lignocellulolytic活动

文摘

甲虫幼虫的内脏真菌之间的关系构成了一个复杂的系统,细菌和昆虫宿主发生。在这项研究中,我们收集了五个家庭的幼虫wood-feeding鞘翅目在哥斯达黎加热带森林,孤立的真菌和细菌的肠道,并确定lignocellulolytic活动的五个不同通路的存在。真菌分离株被分配到三个类群,16日订单,24个家庭,和40个属;木霉属是最丰富的属,发现在所有昆虫的家庭和所有网站。细菌分离株被分配到五门,13个订单,22个家庭,和35属;芽孢杆菌,沙雷氏菌属,和假单胞菌占主导地位的属,存在于所有甲虫类之昆虫的家庭。降解木材相关活动组件的积极成果确定真菌和细菌属的65%和48%,分别。我们的研究结果表明,真菌和细菌数量是高度多样化的物种及其系统组成,尽管微生物群落的结构变化与昆虫寄宿家庭和周围的环境。复发性识别一些lignocellulolytic-positive居民表明,特定的微生物群体中扮演重要的角色为甲虫类之昆虫宿主提供营养需求。

1。介绍

植物细胞壁主要是由木质素、纤维素和半纤维素。在一起,这三种聚合物代表之一,地球上最丰富的可再生能源(1- - - - - -3]。这些聚合物也构成了基本的营养来源的大量陆地昆虫、秩序的鞘翅目或许是最具代表性的(4,5]。甲虫类之昆虫昆虫的适应nutrient-limited饮食,如木材成分,是建立与微生物的关系。这些微生物,高度知名的消化道主机,执行基本功能包括木质生物质消化,营养物质生产,复合解毒(6- - - - - -9]。

最近有越来越兴趣肠道微生物的wood-feeding鞘翅目,因为这从几个角度microbial-host互动是高度相关的。例如,在自然生态系统、甲虫和它们相关的微生物有重要作用作为降解有机物的主要贡献者10,11]。此外,一些种类的甲虫已经成为重要的森林害虫导致大规模的经济损失。因此,更好的理解他们的进食能力是有关建立新的管理策略(12- - - - - -15]。从生物技术的角度来看,甲虫类之昆虫肠道居民代表小说来源生物勘探相关的酶植物生物质转化为生物燃料,生产工业附加值产品,污染物的生物修复(16- - - - - -18]。

大多数的300000种甲虫物种描述到目前为止发生在热带雨林19,20.]。哥斯达黎加雨林,例如,已知物种的港口大约10%和60%的家庭的鞘翅目,包括许多wood-feeding金龟子科甲虫,黑蜣科,天牛,叩头虫科,Tenebrionidae家庭21]。这些昆虫的生命周期是高度季节性,大多数发展阶段发生在雨季。成年人的饲料来源包括粪便,腐肉,和各种植物部分,如根,茎,叶,花,花粉、水果和种子。相反,幼虫的饮食更受限制的根,分解有机物,腐烂的木头11,20.- - - - - -22]。

的基质昆虫饲料是肠道微生物多样性的主要决定因素。然而,也有可能某些微生物适应endointestinal生活方式和发展互惠关系宿主生存所必需的。因此,内共生体的一小部分微生物群落可能是垂直传播(6,7,23]。微生物群体中,真菌和细菌内共生体形成复杂的社区,除了基本的消化功能,还执行非传统的角色,包括维生素和信息素的合成、氮循环,和抵抗病原体,每个对宿主健康具有重要影响[8,15,24,25]。作为回报,昆虫为微生物生长提供了一个稳定的环境和稳定的摄取营养。此外,主机可以进化到三方beetle-fungi-bacteria共生发生(23,26]。这种现象似乎是广泛的,虽然这些交互控制的机制仍知之甚少(4,27]。

大多数以前的研究微生物多样性的甲虫类之昆虫肠道细菌多样性或强调,在较小程度上,真菌多样性,一般从少数获得经济上重要的甲虫物种。此外,一些研究宏基因组分析用于小说lignocellulolytic基因的发现。当前工作的目的是分离和描述可培养的真菌和细菌的组成与勇气wood-feeding幼虫五个家庭的鞘翅目和决定他们lignocellulolytic活动。为此,我们收集到的幼虫在热带潮湿森林在哥斯达黎加的几个国家公园,孤立的从他们的内脏真菌和细菌,进行生物信息学分析,化验的五对木质纤维原料降解相关酶的活动。这个工作代表最初的一步理解现有的关系中真菌、细菌和甲虫主机和周围的环境,在一个国家有一个特别大甲虫类的生物多样性。

2。材料和方法

2.1。昆虫取样

这项研究是在热带潮湿森林进行10个保护区各自允许的哥斯达黎加决议r - cm -正- 40 - 2008 - ot和r - cm -正- 48 - 2008 - ot的国家权威的环境。在每个站点上,大约3公里的自然小径是探索,寻找腐烂倒下的树木在25米两边的道路。采样区域代表近150000²(或0.15公里²每个国家公园)。每一棵倒下的树发现详尽检查wood-feeding甲虫幼虫的画廊的存在,特别是从金龟子科黑蜣科,叩头虫科,天牛,Tenebrionidae家庭。所选国家公园覆盖大部分的自然分布的五个甲虫类之昆虫家庭研究:潮湿的热带森林从0到1300米的高度(表1)。

倒下的树木的观测频率和昆虫的画廊内根据每个站点的条件不同。因此,样本收集和研究结果归一化单位面积。大部分的昆虫画廊包含昆虫鞘翅类之昆虫只有一个家庭,但是在一些情况下,两个或三个不同的家庭。昆虫幼虫,在第二次或第三次幼虫龄末期,收集,放置在聚乙烯盒子一起喂养的木头,和在环境温度下保存,直到被送到实验室(表2)。最初的识别幼虫家庭进行现场由训练有素的收集器,后来证实了甲虫类之昆虫分类学者研究所的生物多样性。一旦在实验室,幼虫标本冷冻−20°C 10分钟,用乙醇表面消毒,然后解剖在无菌层流罩。

2.2。孤立的细菌和真菌

整个从每个幼虫肠道被放在无菌培养皿中,粉碎,并传播到三个不同的媒体板块。为真菌的隔离我们使用Potato-Dextrose琼脂(PDA、Difco)修改金霉素(120 mg / L)和链霉素(120 mg / L)。孤立的细菌我们使用三分之一的力量Luria-Bertani介质(3 g / L蛋白胨,5 g / L酵母提取物,10 g / L氯化钠,和15克/升琼脂,pH值7.0)和自主研发的介质称为LIGNO (1.5 g / L KH₂阿宝₄,1.75 g / L K₂HPO₄,0.8 g / L KNO₃,0.5 g / L MgSO₄,1毫升/ L CaCl₂0.1米,4 g / L锯末、2 g / L甘蔗渣粉末,和17 g / L琼脂,pH值7.0)。盘子在28°C孵化长达三个星期,定期检查每隔一天可见微生物生长。每个新兴的真菌都转移到新的PDA板修改上面提到的抗生素,而每个新兴菌落山肩到Luria-Bertani介质(Difco)。初步筛选、真菌的形态特征的基础上,进行丢弃冗余隔离来自同一样本(特征如颜色、形状、边界类型、菌丝的密度,presence-absence分泌物,和增长率比较)。第二个筛选是基于分子分类。结果nonredundant隔离被包含在数据库和相关信息保存在国家生物多样性研究所的文化收藏。

2.3。Lignocellulolytic化验

我们检查所有的隔离的存在五种不同途径lignocellulolytic活动可能与退化结构木材相关组件,包括纤维素、木质素,β-D-xylan,β-D-cellobiose,β-D-glucans。这些分析都是由特定的基质中,或直接在微生物文化,水解是由颜色改变。所有的微生物都是为每一个酶的筛选评估至少两次。纤维素的降解是决定用羧甲基纤维素(CMC,σ)作为唯一碳源的培养基与刚果红染色紧随其后。短暂,细菌隔离48 h和真菌都种植了72 h,在CMC 28°C (0.94 g / L KH媒介₂阿宝₄,1.9 g / L K₂HPO₄,1.6 g / L氯化钾,1.43 g / L氯化钠,0.15 g / L NH₄Cl, 0.037 g / L MgSO₄7小时₂啊,0.017 g / L CaCl₂,0.1 g / L酵母提取物,7.5 g / L CMC和15 g / L琼脂,pH值7.0)。这个潜伏期后,microorganism-containing琼脂板上充斥着0.05%刚果红10分钟,直到绑定CMC的染料。氯化钠的反应是固定的(50毫米)5分钟,然后用蒸馏水冲洗。区域的微生物水解CMC是清楚可见晕28]。木质素的氧化降解是决定基于染料的脱色Remazol艳蓝R (RBBRσ)当生长在固体介质(29日- - - - - -31日]。板MEA-RBBR介质(20 g / L麦芽提取物,15 g / L琼脂和0.02% wt / RBBR卷,pH值7.0)注射细菌和真菌隔离和孵化28°C。在14天每日每隔一段,盘子被检查的存在使脱色周围殖民地或菌丝。的决心β葡糖苷酶,β木聚糖酶和纤维二糖水解酶活动是使用基板10毫米4-nitrophenyl执行β4-nitrophenyl -D-glucopyranoside(σ)β-D-xylopyranoside(σ),或4-nitrophenylβ-D-cellobioside(σ)溶解在50 mM乙酸铵缓冲,pH值为5.0,与0.7%的琼脂修改,保持在55°C。一滴这些解决方案是直接放置于细菌菌落或真菌菌丝在室温下孵化30分钟紧随其后。衬底上的微生物酶的催化作用是被黄颜色的发展,产生的释放的p硝基酚组(30.,32]。

2.4。分子分析

所有的隔离都生长在培养皿中包含相同的媒体用于保存。真菌DNA的提取、400毫克的菌丝与研钵和研杵在液态氮,进一步提取使用DNeasy植物工具包(美国试剂盒),包括一个预处理步骤组成的孵化与400年60°C一小时μL(裂解缓冲和30μ蛋白酶K L(20毫克/毫升,西格玛奥德里奇,美国)。细菌DNA提取指令后NucleoSpin组织DNA提取工具(Macherey-Nagel,德国)。真菌ITS1 - 5.8 - s - its2区域放大,从总DNA使用PCR引物的5′ITS1 -TCCGTAGGTGAACCTGCGG-3′和反向引物5′ITS4 -TCCTCCGCTTATTGATATGC-3′(33)使用以下反应计划:95°C 10分钟,35周期在94°C 1分钟,1分钟54°C, 72°C 1分钟,10分钟的额外扩展在72°C。16 s rRNA基因放大使用引物27 f - 1492 r (34]以下项目:95°C 94°C的10分钟和35周期为1分钟,1分钟52°C和72°C, 1分钟和10分钟在72°C扩展。PCR产物纯化使用NucleoSpin提取II工具包(Macherey-Nagel、德国)根据制造商的协议。桑格测序的样品进行测序设施达纳法伯癌症研究所的哈佛大学,波士顿,马萨诸塞州,使用上述正向和反向引物对真菌和引物27 785 r f和细菌。的序列组装使用Seqman程序DNASTAR Lasergene 8.0(加入基因库:GU827479-GU827553 HM770962-HM771112)。

2.5。分类

细菌的分类任务序列是由比较数据库对16 s rRNA参考集10实现分类器工具的核糖体数据库项目,这16 s rRNA序列分配给相应的分类层次结构基于朴素贝叶斯rRNA分类器(35]。真菌的分类是推断通过对比its1 - 5.8 - s - its2序列对Warcup真菌的小火车1,策划参考数据集的分类器工具实现核糖体数据库项目(35]。每一个真菌分类的任务是验证对索引Fungorum (http://www.indexfungorum.org/)和适当的纠正在同义词或当前名称标识。

2.6。生态分析

微生物群落的分析都使用了素食包中实现统计编程环境和语言R (36]。为此,水平的分类学分类的表顺序,类,亚门,门,门的真菌隔离转换为分类两两距离的函数taxa2dist和使用步骤长度之间的连续变量分类,组内每个分类的数量成正比的水平。这个距离矩阵被用来构造一个层次聚类树的函数hclust距离和UPGMA方法。第二个矩阵的丰度分布真菌隔离/昆虫幼虫的家庭的家庭准备行,真菌订单列,细胞包含在每个分类项隔离。这个矩阵被用来计算Bray-Curtis昆虫真菌群落之间的距离的函数vegdist。这种方法的优点是,Bray-Curtis措施避免双零问题:占缺席不相似性指标样本单位(37]。生成的距离矩阵用于集群之间的相似性与幼虫的微生物组成家庭hclust函数。这个函数塔巴斯科是用来显示紧凑集成社区信息,策划的真菌分类关系行,昆虫之间的相似之处的微生物组成的列,和各自的丰度分布的热图36]。这个函数cca是用来执行典型对应分析与甲虫类之昆虫相关的社区家庭。执行一个类似的过程来分析社区组成的细菌检测差异和国家公园。

3所示。结果

3.1。真菌和细菌的分类构成孤立

在这项研究中,我们分离的真菌菌株92和135菌株从五个家庭的鞘翅目幼虫吃腐烂的木头在热带潮湿森林哥斯达黎加的10个国家公园。92年真菌隔离被分配到三个类群,16个订单,24科40属(一个不同的属每2.3隔离)。接合菌纲内,我们孤立的成员毛霉菌目和担子菌纲内的成员订单伞菌目,Polyporales, Trichosporonales。大多数真菌分离的胃肠道幼虫属于子囊菌纲(总额的89%)。他们分布在12个订单,肉座菌目是占主导地位的;它由近55%的隔离(表3)。属木霉属是最丰富;它是唯一一个与所有五个家庭的鞘翅目和还存在于每个国家公园取样。

大多数真菌订单和属稀疏表示,68%的订单和55%的属发现与一个特定的甲虫类之昆虫家族在一个特定的网站。所有昆虫的家庭也提出了独特的真菌隔离/网站,与Tenebrionidae是唯一甲虫类之昆虫家族所有的隔离系统不同。关于采样站点,显示最多的独特phylotypes Tenorio国家公园,但毛孢子菌病布兰卡港国家公园包含过去的多样的隔离。

135个细菌隔离在五门分类,13个订单,22个家庭,和35属(一个每3.8隔离不同属),包括放线菌的成员,变形菌门,厚壁菌门,Flavobacteria, Fusobacteria。大约82%的细菌属于γ变形菌门和厚壁菌门,分别占44%和38%的隔离。在γ变形菌门,属沙雷氏菌属和假单胞菌被丰富,存在于所有寄宿家庭的研究。在厚壁菌门,属芽孢杆菌显然是最主要的。这一属,占20%的分离,是一种常见的肠道所有昆虫的居民家庭和出席几乎所有的网站(表采样4)。

这一研究获得的剩余的细菌类表示。例如,成员放线菌占11%的隔离而α- - -β变形菌门、Flavobacteria Fusobacteria代表不到6%的隔离。当计算的隔离的百分比是特定于一个站点和寄宿家庭,结果表明,42%的分离表现出这一特点,而剩下的58%的属范围更广泛的主站点。少量的属中发现了一个网站,但在不同的寄宿家庭(即,根瘤菌在Hitoy Cerere国家公园);人与相同的甲虫家庭但是在不同站点(例如,Leucobacter黑蜣科)。独特的phylotypes /网站的分析结果和昆虫的家人表明Hitoy Cerere国家公园和叩头虫科,分别提出了单一细菌分离株的最高百分比。

3.2。Lignocellulolytic活动的决心

近65%的真菌属和48%的细菌属提出积极的结果至少在一个五lignocellulolytic活动评估、羧甲基纤维素降解是最常见的活动中观察到两组(表5)。一般来说,真菌显示材料降解木质纤维素的能力比细菌,属等木霉属,Bionectria,和栓菌属在所有执行的化验显示积极的结果。在细菌,芽孢杆菌,肠杆菌属,和不动杆菌一些最丰富的属幼虫肠道孤立,阳性4的5酶活动化验:纤维素酶,β葡糖苷酶,β木聚糖酶和纤维二糖水解酶的活动。然而,这些属和其他细菌群筛选能够降解Remazol艳蓝分子,而30%的真菌属阳性这lignin-related退化活动。

3.3。比较肠道居民家庭之间的鞘翅目

我们进行社会分析素食来洞察如何甲虫家庭相关的肠道微生物组成。这种方法集群环境中根据Bray-Curtis丰度分布的隔离距离,考虑他们的系统发育关系。结果表明,分离的真菌成分与天牛幼虫,金龟子科,和黑蜣科聚在一起;天牛和黑蜣科共享一个子囊菌类的担子菌类和三个订单顺序,而金龟子科和黑蜣科在常见的四个订单。第二个集群是由真菌微生物群隔绝Tenebrionidae叩头虫科;他们共享两个订单子囊菌类和担子菌类(图之一1)。细菌的分析数据显示,微生物组成与金龟子科和黑蜣科同一集群的一部分,形成隔离属于共享β- - -γ变形菌门、放线菌和壁厚菌门。第二个集群是由Tenebrionidae叩头虫科,共享隔离分配给Pseudomonadales天牛,Enterobacteriales, Bacillales(图2)。此外,我们执行典型对应分析探索甲虫类之昆虫宿主的微生物群落之间的关系。这个分析的结果一致与Bray-Curtis聚类结果对真菌和细菌社区(图S1在网上补充材料http://dx.doi.org/10.1155/2015/285018)。

4所示。讨论

我们收集五个家庭的幼虫wood-feeding鞘翅目在哥斯达黎加的热带森林的物种组成,目的是评估可培养的真菌和细菌存在于他们的勇气和识别微生物有关lignocellulolytic活动。本研究的主要局限是cultivation-dependent方法,基于人工媒体,只涉及一小部分总微生物多样性的出现在这个特定的利基。这种方法的积极的权衡与lignocellulose-degrading几个孤立的识别功能,可以进一步用于各自的酶特性,直接降解化验从农业和林业残留,对工业废水的处理以及生物勘探小说代谢物与其他生物技术的应用程序。尽管隔离方法固有的偏见,我们的研究结果表明,肠道微生物群wood-feeding热带甲虫提供了一个相对高的微生物多样性丰富、系统组成,以及lignocellulolytic活动。

订单代表肉座菌目真菌分离株的总数的60%左右。在这一群体中,属木霉属是最丰富的,包括近四分之一的真菌。这个属是一个常见的甲虫幼虫肠道居民无论寄宿家庭或地理位置。这种优势的原因是不清楚;然而,一个可能的解释是,一些物种属于这个真菌属包含大量的糖苷水解酶,氧化物酶、漆酶、酶和酚氧化酶类,以及其他相关的降解木质纤维素材料。这个功能可能会提供一些优势使用顽固的高分子材料经过胃肠道(16,38- - - - - -40]。

此外,我们的数据表明,内脏wood-feeding幼虫来自环境的高表达的肉座菌目,也观察到类似的研究在哥斯达黎加的其他地方进行41]。这是有关生物勘探的目的,因为wood-feeding甲虫可能构成的良好来源木霉属,绿僵菌属,Metacordyceps,Bionectria和其他真菌属具有广泛的生物技术的应用程序(42- - - - - -45]。剩下的订单提出丰度较低,在大多数情况下,是由一个属。然而,许多属显示能力降低lignocellulose-related己糖和戊糖,也显示在其他研究[46- - - - - -50]。在担子菌纲,属栓菌属显示积极的结果在所有lignocellulolytic化验相关结构的降解木材组件。白腐菌是一种已知的模型为研究降解木质素的独立生存的条件和在这个工作报告在其协会wood-feeding昆虫的肠道微生物群(51,52]。

很难知道这些真菌隔离是真正内共生体的肠道的甲虫类之昆虫幼虫或暂时的居民与宿主食习惯有关。因此,也有可能这些可以共生的微生物,寄生虫和兼性内共生体。他们甚至可能用昆虫作为传播机制(15,53]。然而,很明显,整体分类gut-inhabiting微生物的组成和比例lignocellulolytic-positive真菌似乎特别的幼虫微环境。这个社区内共生的结构区别于真菌成分观察其他wood-related隐居等真菌种群活体植物组织。他们也由子囊菌纲的成员,但他们呈现不同的真菌丰度分布的家庭(54,55];腐烂的日志是主导主要由担子菌(56- - - - - -58]。

细菌分离株的分类组成分析显示存在的七个主要系统类、codominatedγ变形菌门和厚壁菌门。这一发现与类似的研究结果是一致的(6,13,14,44,59]。在γ变形菌门,最丰富的属肠杆菌属、沙雷氏菌属、不动杆菌和假单胞菌。有趣的是,沙雷氏菌属和假单胞菌被隔绝所有五个甲虫类之昆虫家庭研究;肠杆菌属和不动杆菌中四的五昆虫家庭,他们表现出积极的结果lignocellulolytic化验,除了木质素降解。类似的特征与木质纤维素的降解和发酵代谢被观察到芽孢杆菌,厚壁菌门(内最丰富的属11,60]。在一起,这些结果支持了这样的观点,即某些种类的真菌和细菌,如木霉属,沙雷氏菌属,假单胞菌,和芽孢杆菌,可以常见肠道的居民wood-feeding幼虫在热带森林,表明某些亲和力之间可能已经开发出甲虫主机及其微生物群(41,61年- - - - - -64年]。

当比较甲虫的真菌和细菌物种组成家庭,Bray-Curtis距离的情节和典型对应分析产生生理上有意义的集群组微生物成分相似的环境。第一个真菌集群与天牛的微生物群与勇气,黑蜣科和金龟子科。这符合高多样性的隔离观察的天牛,共享成员的真菌类群担子菌类和子囊菌类黑蜣科和接合菌门和金龟子科子囊菌类。集群由Tenebrionidae-Elateridae共享的,在一个较低的比例,担子菌类和子囊菌类的成员。细菌微生物群与黑蜣科和金龟子科也形成一个集群,共享成员的五个主要细菌演化支;微生物群的天牛,叩头虫科,Tenebrionidae共享成员的γ变形菌门和厚壁菌门。

提出的聚类分析表明,天牛细菌、真菌的多样性而不是高而黑蜣科和叩头虫科表现出高多样性的温和细菌和真菌的多样性。金龟子科和Tenebrionidae包含类似的成分。这些结果表明,甲虫主机的性质具有重要影响的系统发育多样性相关的微生物群,许多因素可以影响它的配置。这些因素可能包括主人的生物学、肠道隔间的物理和化学特性,的食性昆虫,昆虫与环境相关的微生物多样性是生活23,26,65年,66年]。

我们的研究结果一致表明,真菌和细菌数量与甲虫幼虫的勇气是高度多样化的物种的数量获得和系统组成。这些微生物居民可以形成复杂的联盟,将是实现协同作用提供许多甲虫宿主的营养需求。其中的一些功能包括木质纤维原料的退化和发酵,如图所示的高百分比的真菌和细菌属提出积极的活动或其他蛋白质和代谢物的生产所必需的昆虫的发展(25,44,67年- - - - - -69年]。此外,特定的底物亲和力可以预期根据肠道居民的本质。例如,成员的担子可能降低较大的聚合物分子,子囊菌类消耗不同的木质纤维素的成分,而细菌降解和发酵较小的单体和二聚的真菌产生的己糖和戊糖。细菌还可能使用这些糖生产其他营养物质和代谢产物。因此,当前工作提出了新的行调查有关微生物的存在联盟代理协同提供主机的营养需求,生态和进化过程的性质,有助于确保健身的昆虫,和规则的机制之间的相互作用真菌、细菌和甲虫主机。

利益冲突

作者宣称没有利益冲突有关。

确认

作者承认以下人员的贡献在开发这个项目:路易斯·吉尔勒莫Acosta的野外采样和早期的昆虫识别;天使索利斯、卡洛斯·埃尔南德斯和埃琳娜Ulate一些成人标本的鉴定;豪尔赫·布兰科真菌隔离;当归Acuna和Beatriz里维拉DNA提取和酶化验;曼努埃尔·费雷尔和塞萨尔马特奥建议lignocellulolytic活动的决心;安娜曾格瓦拉和吉赛尔Tamayo整体支持;这个杂志的编辑和评论员的关键评论。这项研究是由国家科学技术委员会的支持(CONICIT阵线- 027 - 2007),CSIC和CRUSA基金会(2007 CR0034)和佛罗里达州冰&农场有限公司他们感谢ACLAC ACOPAC, ACOSA,雅图,ACLAP, ACCVC, ACAT, ACAHN, ACG, ACLAC国家保护区和CONAGEBIO样本收集发放许可证(r - cm -正- 40 - 2008 - ot, r - cm -正- 48 - 2008 - ot)。

补充材料

引用

1. m .天山和C.-P。d .你“克隆和测序的cDNA木质酶Phanerochaete chrysosporium”,自然,卷326,不。6112年,第523 - 520页,1987年。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
2. p . Beguin“降解纤维素的分子生物学,”年度回顾的微生物学,44卷,第248 - 219页,1990年。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
3. j·佩雷斯,j . Munoz-Dorado t . de la茜草属和j·马丁内斯,“生物降解和生物治疗的纤维素,半纤维素和木质素:概述,“国际微生物学,5卷,不。2,53 - 63年,2002页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
4. m·r·鲍姆和t·艾斯纳,”生态。虫子虫子,”科学,卷322,不。2008年情况下5898,pp。满足52 - 53,需求。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
5. “节足动物冯·保留1948年。:动物生物多样性:高级的大纲分类和分类丰富的调查中,“据研究卷,3148年,第103 - 99页,1948年。视图:谷歌学术搜索
6. j . Morales-Jimenez g .祖尼加l . Villa-Tanaca和c . Hernandez-Rodriguez”社区和固氮细菌在红色松节油甲虫,Dendroctonus史书上惊艳(鞘翅目:象甲科:Scolytinae)。”微生物生态学,卷。58岁的没有。4、879 - 891年,2009页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
7. s . m . Geib m . del Mar Jimenez-Gasco j·e·卡尔森m .天山r . Jabbour和k·胡佛,”微生物群落分析探讨传播细菌的生命阶段之间wood-boring甲虫,攻击glabripennis”,微生物生态学,卷。58岁的没有。1,第211 - 199页,2009。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
8. p .恩格尔和n a·莫兰insects-diversity肠道微生物群的结构和功能,“《微生物学检查,37卷,不。5,699 - 735年,2013页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
9. w·施s .谢x Chen等人“食草昆虫的肠道菌群的比较基因组分析揭示了生态环境适应性:生物技术应用,”公共科学图书馆遗传学,9卷,不。1,文章ID e1003131, 2013。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
10. 即Hanski y Cambefort,甲虫生态美国新泽西州普林斯顿大学,普林斯顿大学出版社,1991年。视图:出版商的网站
11. m . Egert瓦格纳,t . Lemke a·布伦和m·w·弗里德里希·“微生物群落结构的humus-feeding幼虫中肠和后肠Pachnoda ephippiat(鞘翅目:金龟子科)。”应用与环境微生物学,卷69,不。11日,第6668 - 6659页,2003年。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
12. r·n·库尔森,”种群动态树皮甲虫。”年度回顾的昆虫学,24卷,不。1,第447 - 417页,1979。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
13. p·d·城堡,即Delalibera Jr .) j .待价而沽,和k . f . Raffa细菌与内脏相关两个wood-boring甲虫:攻击glabripennis和Saperda vestita(天牛),“环境昆虫学,35卷,不。3、625 - 629年,2006页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
14. a . Vasanthakumar j . o .待价而沽,p . d .城堡l·s·鲍尔和k . f . Raffa入侵皮层下甲虫的肠道微生物群,Agrilus planipennisFairmaire,在不同的生活阶段,”环境昆虫学,37卷,不。5,1344 - 1353年,2008页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
15. j . Morales-Jimenez g .祖尼加h . c . Ramirez-Saad和c . Hernandez-Rodriguez内脏相关细菌在整个生命周期的树皮甲虫Dendroctonus rhizophagus托马斯和明亮的降解纤维素(象甲科:Scolytinae)和他们的活动,“微生物生态学,卷64,不。1,第278 - 268页,2012。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
16. r·库马尔·辛格,o . v .辛格“木质生物质生物转化:生化和分子的观点,“工业微生物学和生物技术杂志》上,35卷,不。5,377 - 391年,2008页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
17. c·桑切斯,“木质纤维素的残留物:生物降解和生物转化真菌,”生物技术的进步,27卷,不。2、185 - 194年,2009页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
18. e·d·史卡利,s m . Geib k·胡佛et al .,“宏基因组分析揭示了木质纤维素降解系统微生物群落与wood-feeding甲虫,”《公共科学图书馆•综合》,8卷,不。9篇文章ID e73827 2013。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
19. t·l·欧文,“热带森林:鞘翅目和其他节肢动物物种丰富,“Coleopterists公报,36卷,不。1,第75 - 74页,1982。视图:谷歌学术搜索
20. y露出,l·齐泽克,p . Cuenoud et al .,“热带森林节肢动物多样性,”科学,卷338,不。6113年,第1484 - 1481页,2012年。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
21. a·索利斯Escarabajos de哥斯达黎加:拉斯维加斯项目Mas缩写埃雷迪亚,哥斯达黎加,编辑正,1999。
22. d . Borror和r .白昆虫的野外指南,霍顿•米夫林公司公司,纽约,纽约,美国,1987年。
23. m . Egert Stingl, l . d . Bruun Pommerenke, a·布伦和m·w·弗里德里希”在主要的肠道微生物群落的结构和拓扑的隔间Melolontha Melolontha幼虫(鞘翅目:金龟子科),“应用与环境微生物学,卷71,不。8,4556 - 4566年,2005页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
24. S.-O。Suh, j . v .麦克休d·d·波洛克和m·布莱克威尔”甲虫肠道:hyperdiverse小说酵母的来源,”真菌学的研究,卷109,不。3、261 - 265年,2005页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
25. j·j·斯科特,华盛顿特区。哦,m . c . Yuceer k·d·Klepzig j . Clardy和c r·柯里“细菌保护beetle-fungus互利共生,”科学,卷322,不。5898,63年,页2008。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
26. j . a . Ceja-Navarro n h .阮,Karaoz et al .,“区分微生物组成、氧梯度和肠道的固氮作用Odontotaenius disjunctus”,ISME日报,8卷,不。1,6 - 18,2014页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
27. j·b·Nardi c . m .蜜蜂l . a . Miller n . h .阮S.-O。Suh, m·布莱克威尔”社区的微生物生活在改变后肠subsocial甲虫的景观,“节肢动物结构和发展,35卷,不。1,57 - 68,2006页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
28. r . m . Teather和p . j .木头,“使用枚举和表征的刚果red-polysaccharide交互从牛瘤胃纤维素分解细菌,”应用与环境微生物学,43卷,不。4、777 - 780年,1982页。视图:谷歌学术搜索
29. b . r . m . Vyas以及和惠普Molitoris”,参与细胞外的H₂O₂端依赖木质素分解白腐真菌的活性平菇Remazol艳蓝的脱色R。”应用与环境微生物学,卷61,不。11日,第3927 - 3919页,1995年。视图:谷歌学术搜索
30. j。博克,d . a . Yernool和d . e . Eveleigh纯化、表征和耐热性的分析了多种纤维素酶CelA和CelB分子Thermotoga neapolitana”,应用与环境微生物学,卷64,不。12日,第4781 - 4774页,1998年。视图:谷歌学术搜索
31. k·m·g·马查多,d . R . Matheus和v . l . R . Bononi“木质素分解酶生产和Remazol艳蓝R由巴西热带担子菌类真菌脱色,”巴西微生物学杂志,36卷,不。3、246 - 252年,2005页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
32. g·t·霍华德和b . a .白色“纤维素酶基因的分子克隆和表达白色瘤胃球菌属8大肠杆菌噬菌体λ”,应用与环境微生物学,54卷,不。7,1752 - 1755年,1988页。视图:谷歌学术搜索
33. n . l .玻璃和g·c·唐纳森,“发展与PCR引物组设计用于从丝状子囊菌放大守恒的基因,”应用与环境微生物学,卷61,不。4、1323 - 1330年,1995页。视图:谷歌学术搜索
34. d .巷”,16 s / 23 s rRNA测序,”核酸技术在细菌分类学、大肠Stachebrandt和m·格拉汉姆·古德费勒。威利奇切斯特,英国,1991年。视图:谷歌学术搜索
35. 问:小王,通用Garrity j . m . Tiedje和j·r·科尔“朴素贝叶斯分类器核糖体rna序列的快速分配到新的细菌分类,“应用与环境微生物学,卷73,不。16,5261 - 5267年,2007页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
36. r . j . Oksanen g·布兰切特Kindt et al .,素食:社区生态包,2014年。
37. p . l . Buttigieg和A . Ramette”在微生物生态学指导统计分析:一个社区主导型,生活的多元数据分析,“《微生物生态学,卷90,不。3、543 - 550年,2014页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
38. d·马丁内斯·r·m·贝尔卡b Henrissat et al .,”biomass-degrading真菌基因组测序和分析木霉属reesei(syn。Hypocrea jecorina),“自然生物技术,26卷,不。5,553 - 560年,2008页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
39. e·d·史卡利k·胡佛,j·e·卡尔森m .天山和s . m . Geib”中肠的转录组分析攻击glabripennis,一个木质纤维素降解cerambycid甲虫。”BMC基因组学第850条,卷。14日,2013年。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
40. p . k .领班,d .布朗,l . Dankmeyer et al .,“转录调节biomass-degrading丝状真菌的酶木霉属reesei”,《生物化学》杂志上,卷278,不。34岁,31988 - 31997年,2003页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
41. g . Vargas-Asensio a . Pinto-Tomas b·里维拉et al .,“揭露哥斯达黎加甲虫的可培养的微生物多样性及其分解植物细胞壁的能力组件,”《公共科学图书馆•综合》,9卷,不。11日文章ID e113303, 2014。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
42. m·p·考夫兰”,真菌和细菌多种纤维素酶的性质与评论他们的生产和应用,“生物技术和基因工程的评论,3卷,不。1,页39 - 110,1985。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
43. l·r·林德p . j . Weimer w·h·Van Zyl i s普里托里厄斯,”微生物纤维素利用率:基本面和生物技术》微生物学和分子生物学的评论,卷66,不。3、506 - 577年,2002页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
44. s . m . Geib t·r·Filley p·g .孵卵的et al .,“在wood-feeding木质素降解昆虫,”美国国家科学院院刊》上的美利坚合众国,卷105,不。35岁,12932 - 12937年,2008页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
45. h .高山和g·斯迪法诺普洛斯,”工程对生物燃料:利用天生的微生物能力或进口生物合成的潜力?”自然评论微生物学,7卷,不。10日,715 - 723年,2009页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
46. k . Yaoi和y Mitsuishi净化、鉴定、克隆和表达小说xyloglucan-specific糖苷酶,oligoxyloglucan减少end-specific cellobiohydrolase,”《生物化学》杂志上,卷277,不。50岁,48276 - 48281年,2002页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
47. l·德:集团、美国Sayadi和m·哈姆迪”木质素过氧化物酶参与黑橄榄油厂废水的脱色地丝菌属candidum”,在应用微生物学字母,40卷,不。1、7 - 11,2005页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
48. y巴巴,a . Shimonaka j .甲贺h .日本久保田公司和t .河野可变剪接产生两个内切葡聚糖酶与一个或两个carbohydrate-binding模块毛霉菌circinelloides”,细菌学期刊,卷187,不。9日,第3051 - 3045页,2005年。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
49. m . Dashtban h . Schraft和w·秦”,真菌生物转化木质纤维素的残留物;机会&视角”国际生物科学杂志》上,5卷,不。6,578 - 595年,2009页。视图:谷歌学术搜索
50. d·a·里贝罗j•科t·m·阿尔瓦雷斯et al .,“检查参与组成分泌腺特异echinulatum甘蔗蔗渣,”《公共科学图书馆•综合》,7卷,不。12篇文章ID e50571 2012。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
51. o . Borokhov和美国Rothenburger快速染料脱色的方法筛选潜在的木材防腐剂,“应用与环境微生物学,卷66,不。12日,第5459 - 5457页,2000年。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
52. e . Abadulla t . Tzanov K.-H s·科斯塔。Robra, a . Cavaco-Paulo和通用Gubitz纺织染料的脱色和解毒漆酶栓菌属物种”,应用与环境微生物学,卷66,不。8,3357 - 3362年,2000页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
53. t . j . Dreaden j·m·戴维斯,z . w . de啤酒et al .,属“发展史的美味甲虫共生体Raffaelea”,真菌生物学,卷118,不。12日,第978 - 970页,2014年。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
54. t . s . Suryanarayanan t . s . Murali, g .文卡特斯“真菌内生菌的存在和分布在降水梯度,热带森林“加拿大植物学杂志》,卷80,不。8,818 - 826年,2002页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
55. a·e·阿诺德和f . Lutzoni叶面真菌内生菌的多样性和宿主范围:叶子热带生物多样性热点吗?”生态,卷88,不。3、541 - 549年,2007页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
56. j . Heilmann-Clausen和l . Boddy抑制和刺激的影响在社区中木材腐朽真菌:渗出液从殖民木影响经济增长的其他物种,”微生物生态学卷,49号3、399 - 406年,2005页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
57. a . Kubartova e . Ottosson a Dahlberg, j . Stenlid”模式中的真菌社区之间和腐烂的日志,发现到454年测序,”分子生态学,21卷,不。18日,第4532 - 4514页,2012年。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
58. l·普瑞维特y Kang m . l . Kakumanu和m·威廉姆斯,“真菌和细菌群落演替不同期间为三种木材腐烂森林土,“微生物生态学,卷68,不。2、212 - 221年,2014页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
59. n·m·里德,s l·艾迪生l . j .麦克唐纳和g -“生物多样性的活跃的和不活跃的肠道菌群的细菌wood-feeding蚕蛾甲虫幼虫(Prionoplus网状带),“应用与环境微生物学,卷77,不。19日,7000 - 7006年,2011页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
60. r·e·Kibblewhite-Accinelli c . c . Lee m . r .史密斯,k . Wagschal w·j·沃茨和d . w . s . Wong“克隆地衣芽孢杆菌木聚糖酶基因,重组酶的特征。”目前微生物学卷,57号4、301 - 305年,2008页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
61. t·l·a·t·罗德。Mikell Jr .)和m . h .等”的lignin-degrading活动的调查粘质沙雷氏菌:生化筛查和超微结构的证据。”加拿大《微生物学第41卷。。7,592 - 600年,1995页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
62. t·纳吉k . Emami c·m·g·a·丰特斯l·m·a·费雷拉d·r·汉弗里和h·j·吉尔伯特膜结合α葡萄糖醛酸酶从假单胞菌cellulosa水解4 -O-methyl-D-glucuronoxylooligosaccharides但不是4 -O-methyl-D-glucuronoxylan。”细菌学期刊,卷184,不。17日,第4929 - 4925页,2002年。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
63. j . Weslien l . b . Djupstrom m·施罗德和o . Widenfalk”之间的长期优先影响昆虫和真菌殖民腐烂的木头,“《动物生态学》杂志上,卷80,不。6,1155 - 1162年,2011页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
64. r·t·琼斯·l·g·桑切斯,n .菲勒”cross-taxon insect-associated细菌多样性分析。”《公共科学图书馆•综合》,8卷,不。4篇文章ID e61218 2013。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
65. t . Lemke Stingl, m . Egert m·w·弗里德里希·a·布伦,“物理化学条件和微生物活动高度碱性的humus-feeding幼虫肠道Pachnoda ephippiata(鞘翅目:金龟子科),“应用与环境微生物学,卷69,不。11日,第6658 - 6650页,2003年。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
66. s . m . Geib m . d . m . Jimenez-Gasco j·e·卡尔森m .天山和k·胡佛,“主机树种对纤维素酶活性的影响和细菌群落组成在肠道的亚洲天牛幼虫,”环境昆虫学,38卷,不。3、686 - 699年,2009页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
67. a . e . Cazemier j . c . Verdoes f·a·g·Reubsaet j .惠普Hackstein c . van der漂移和h . j . m . Op窝阵营,“Promicromonospora pachnodae sp. 11月,(半)纤维素分解后肠菌群的一员的圣甲虫的幼虫Pachnoda marginata”,安东尼·范·列文虎克,卷83,不。2、135 - 148年,2003页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
68. f . a . Genta r·j·狄龙w·r·Terra和c·费雷拉,“潜在的肠道微生物群作用在细胞壁消化和葡萄糖苷解毒Tenebrio莫利托幼虫。”昆虫生理学杂志,52卷,不。6,593 - 601年,2006页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
69. 华盛顿特区。哦,j·j·斯科特,c·r·柯里和j . Clardy Mycangimycin,从共生生物多烯过氧化物链霉菌属sp。”有机的信,11卷,不。3、633 - 636年,2009页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索

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