分化的、黄spp。导致细菌在保加利亚基于生物测井系统

文摘

在过去的20年里,细菌的病原体的番茄和胡椒受到许多研究和重新分类。根据目前的数据,该物种是四(x euvesicatoria,x实验,x gardneri,x perforans)和植物中引起相似症状但拥有不同的表型属性。这项工作提供了完整的代谢特征通过生物测井系统的细菌现货xanthomonads基于一个大的选择的菌株不同vegetable-producing保加利亚地区口音的主要区分属性可用于物种分化代谢。结果相比,数据在文献中以明确每个物种的强大功能和区分变量的。简单的特征如淀粉酶活性和利用率cis-aconitate无法单独服务的差异化。

1。介绍

细菌的番茄和胡椒植物已经被观察到在高湿度地区和温暖的气候。这种疾病造成重大损失,估计每年约10 - 20%,这是经济最重要的疾病在各大洲甜椒和茄属植物lycopersicuml .栽培。在过去的20年里,细菌病原体的发现一直是受到许多研究和重新分类1- - - - - -5]。直到1990年代,它被认为是群菌株引起细菌的地方属于一个单一的物种,黄定pv。实验(6),尽管一些表型和过去截然不同的组织观察。在1990年代,Vauterin et al。3)转移组A和C黄axonopodispv。实验的基础上大量xanthomonads DNA同源性,和B组在物种水平分离实验。首先隔离在前南斯拉夫的D组(7)是给定一个物种的地位黄gardneri(4,5]。提出了一种新的物种A组弱淀粉分解的菌株,黄euvesicatoria。目前,病原体属于四个广泛分布的物种:x euvesicatoria,x实验,x gardneri,x perforans(5,8]。根据当前数据,四个物种引起相似症状但拥有不同表型属性。种特异的引物设计检测每个xanthomonads;然而,对于常规鉴定的目的,更常见的方法是可取的。生物测井系统是基于不同碳源的利用能力已被证明是非常方便的完成诊断。它已经成功地用于不同的细菌包括xanthomonads。本研究旨在提供完整的代谢细菌现货xanthomonads基于一个大的选择的菌株从保加利亚口音主要区分特征可用于物种鉴定代谢。的结果与文献中的数据进行比较,以明确每个物种的强大功能和区分变量的。

2。材料和方法

一百八十四个细菌菌株是本研究的对象。压力来源于不同的辣椒和番茄保加利亚的生产地区。八十三人隔绝胡椒从番茄(1999 - 2012)和七十四年(1985 - 2012)植物和细菌现货的症状。27株来自病原体在杂草的居民阶段(1989 - 1999),在番茄字段。发现的细菌与物种特异性引物PCR扩增黄euvesicatoria(54株辣椒),实验从辣椒(115株:29,从番茄59,从杂草和27)黄gardneri从番茄(15)([9,10],Kizheva et al .,未发表)。Biolog GN2(生物测井公司,海沃德,美国)微型板块被用于获取代谢指纹。细菌在虫孵化琼脂28°C的24小时之前的分析。过程是根据制造商的指示。控制重复性举行第二次测试的盲目的选择压力。结果显示集群分析区分菌株代谢。通过SPSS分析进行分层聚类分析过程通过沃德的方法。分离株之间的相似矩阵计算使用平方欧氏距离[11- - - - - -14]。淀粉酶活性测试淀粉琼脂培养基(15]。文化类型x实验NBIMCC 2427,x euvesicatoriaNBIMCC 8731,x gardneriNBIMCC 8730人使用。

3所示。结果

关键表型特征描述的琼斯et al。5)、淀粉酶活性和利用cis-aconitic酸的分化、黄导致细菌物种的番茄和胡椒,测定(表1)。虽然有些变异物种中观察到,这些属性并不稳定积极的还是消极的。

根据代谢模式生物测井获得的微型板块,环状糊精、N-acetyl-galactosamine核糖醇、肌醇,D-glucosaminic酸、癸二酸、组氨酸没有利用。93%以上的菌株也没有利用i-erythritol, L-rhamnose,山梨糖醇,D-galactonic酸内酯,D-gluconic酸,-hydroxybutyric酸、对羟基苯乙酸、-keto-valeric酸、奎尼酸、砂糖酸,L-leucine, L-ornithine, L-phenylalanine, L-pyroglutamic酸,D-serine,胸苷、苯乙胺,腐胺和利用L-fucose d葡萄糖,蔗糖。保加利亚的反应隔离不同基质(表672)。

Biolog代谢数据分发菌株分为三个集群在70%相似性(图1)。集群的主要组成x实验菌株;第二大集群主要是由株x euvesicatoria;最小的集群由几个miniclusters都由三个、黄物种(图1)。菌株分离在不同的集群分析后的基质的基础上选择往往是利用三个不同的物种(表3;图2)。

4所示。讨论

淀粉酶活性和利用cis-aconitic酸之类的简单特征显示一些差异,根据我们的数据不能完全用于物种分化。

保加利亚的集群基于代谢指纹、黄隔离从番茄、胡椒和杂草显示x euvesicatoria,x实验,x gardneri根据物种分布相对分离。然而,最小的集群包含所有这三个物种和一些x gardneri隔离与大多数的组合在一起x euvesicatoria菌株指不足数量的强烈分化代谢特性的物种之一。详细概述(表数据的利用模式2)表明,没有一个基板包括在生物测井微型板块强烈利用的一个物种,对他人漠不关心,反之亦然。然而,在此基础上的多重比较营养特性,27的基质(表3)可以为物种分化的因果代理细菌的番茄和胡椒。一个显著的特点x gardneri是显著降低营养特性。这个物种通常利用14基质不足x euvesicatoria和x实验。自的反应x gardneri这些碳源总是负面的,这可以很容易地区别于其他两个物种。x euvesicatoria和x实验乍一看似乎更相似。它们可以分化主要根据7底物的反应x euvesicatoria是一致的。x实验是一个多才多艺的物种。保加利亚的反应数据显示菌株对几乎所有的差异化基质可以改变,但最好分开层次聚类分析的基于完整的代谢模式(图1)。

聚类分析根据27基质(表的选择3)将菌株划分为三个不同的组对应于他们的物种(图2),说明了基于这些代谢高概率的物种分化特性。虽然不能保证识别使用这种模式,一般三个物种可以成功区分的基础上选定的区分基质。

代谢数据显示相似以及不同数据相比,在文献[2- - - - - -4,16]。

光利用率的差异六基板之间的保加利亚隔离观察x euvesicatoria琼斯和隔离研究et al。4]。N-acetyl-D-glucosamine, D-galactose、麦芽糖和bromosuccinic酸没有强烈利用所有保加利亚菌株与14 - 19%的人懦弱积极和消极的3 - 8%。乳酸和-glycerol-phosphate没有强烈的负面,但利用2%的菌株和弱利用82%和55%,分别。然而,N-acetyl-D-glucosamine D-galactose, L-serine也没有利用所有菌株研究Vauterin et al。3)积极Vauterin菌株之间的差异和我们的不到10%。

伟大的保加利亚分离株之间的差异观察x euvesicatoria琼斯和隔离研究et al。4在三种基质的数据。糖原、丙二酸和L-serine利用琼斯的菌株是负78%,17%,15%的菌株,分别。而80%的保加利亚菌株仍然利用L-serine, 55%的我们的分离丙二酸的反应只是弱阳性。丙二酸也在碳源与变量反应如上所述Vauterin et al。3)积极Vauterin菌株之间的差异和我们的~ 30%。其他基质如蜜二糖和保加利亚乳酸利用更紧张比研究Vauterin et al。3),和我们所有的隔离没有显示强阳性反应,天门冬氨酸、肌苷、尿苷,glucose-1-phosphate, glucose-6-phosphate反对Vauterin的。

x实验隔离从保加利亚体现光的差异十基质相比,数据在文献[2]。而不是积极的,仅为47%,77%,和85%的保加利亚菌株被强烈积极tween40,单甲琥珀酸,琥珀酸,分别。在3%和6%之间的隔离是负同样的基质。1%至5%的菌株是强烈积极和10%和18%只弱阳性甲基D-glucoside,-hydroxybutyric酸、衣康酸、glucuronamide、天冬酰胺、肌苷、尿苷,而不是所有所负2]。巨大的差异观察L-arabinose的利用率,尿刊酸,-glycerol-phosphate、glucose-1-phosphate glucose-6-phosphate积极的为14%,18%,50%,47%,和33%的菌株,分别,而不是不喜欢作为唯一碳源。大量的菌株(29%至42%)给尿刊酸,也有弱阳性反应-glycerol-phosphate、glucose-1-phosphate glucose-6-phosphate。然而,最近的研究x实验来自坦桑尼亚的隔离(16]表示积极的反应,这些菌株glucose-6-phosphate而不是Bouzar et al .的数据(2]。

坦桑尼亚隔离体现其碳源的偏好(之前公布的数据显示16]。保加利亚隔离不同于这些菌株对12底物的反应。而我们的大多数菌株(60 - 78%)仍积极和蜜二糖18 - 28%是弱阳性,单甲琥珀酸,D-alanine,丙氨酸,L-alanyl-glycine,甘油,只有一些是积极的glycyl-L-glutamic酸弱强烈(41%和30%),cis-aconitic酸弱强烈(20%和36%),乳酸弱强烈(17%和50%),L-proline弱强烈(14%和21%)、天门冬氨酸弱强烈(27%和23%),羟基L-proline弱强烈(34%和31%),和glucose-6-phosphate弱强烈(33%和36%),和反应甲基D-glucoside和肌苷为主的正面和负面的只有1%和3%的菌株,分别。

最大的保加利亚菌株之间的差异x gardneri和文献中的数据。保加利亚菌株表现出不同的偏好从文学中描述的十一个基质。根据琼斯et al。5),x gardneri没有使用D-alanine、丙氨酸和羟基L-proline。我们百分之七的菌株利用乙酸、alaninamide和天门冬氨酸;27 - 33%醋酸显示弱阳性反应,alaninamide, D-alanine,和丙氨酸;和7 - 13%是弱阳性天门冬氨酸和羟基L-proline。L-fucose声明是强烈首选碳源(5];然而,只有27%的菌株弱阳性,13%是负的。Methyl-pyruvate tween40没有利用保加利亚菌株的27%和40%,分别为和67%的菌株-琥珀酸,bromosuccinic酸,succinamic酸,L-serine琼斯与et al。(5]。

而不是消极的反应,一个伟大的保加利亚菌株利用的一部分-D-lactose阳性(40%),乳果糖(47%的积极和13%的弱阳性),D-raffinose(20%的积极和40%的弱阳性),柠檬酸(20%的积极和13%的弱阳性),和L-glutamic酸阳性(27%)。

保加利亚的差异体现、黄菌株相比,文献中的数据(2,3,5)可以由于各种原因相关的地理区域,气候条件,使用品种。然而,来自不同地区的大型研究提供更为准确的评估的可能性的严格和变量细菌特性。

虽然x euvesicatoria,x实验,x gardneri不能区分的基础上简单的特征如淀粉酶活性和利用cis-aconitate或个人生化测试的基础上,比较多种营养属性包含在生物测井系统可以为物种分化的因果代理的细菌。

利益冲突

作者宣称没有利益冲突有关的出版。

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