content of the strain is 71.8 mol%. The above data in combination with the phenotypic distinctiveness of AK-1T clearly indicate that the strain represents a novel species, for which the name Agromyces arachidis sp. nov. is proposed. The type strain is AK-1T (=MTCC 10524T = JCM 19251T)."> 从花生(花生)农田分离的花生农霉菌 - raybet雷竞app,雷竞技官网下载,雷电竞下载苹果
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国际微生物学杂志
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国际微生物学杂志/2013/文章

研究文章|开放获取

体积 2013 |文章的ID 831308 | https://doi.org/10.1155/2013/831308

Chandandeep Kaur, Anil Kumar Pinnaka, Nitin Kumar Singh, Monu Bala, Shanmugam Mayilraj, ＂Agromyces arachidis从花生(落花生hypogaea)作物领域"，国际微生物学杂志, 卷。2013, 文章的ID831308, 6 页, 2013． https://doi.org/10.1155/2013/831308

Agromyces arachidis从花生(落花生hypogaea)作物领域

钱丹迪普·考尔,1 Anil Kumar Pinnaka,1 Nitin Kumar辛格,1 Monu巴拉,1 和 Shanmugam Mayilraj1

1微生物类型培养收集和基因库(MTCC)， CSIR微生物技术研究所(IMTECH)， 39-A区，印度昌迪加尔16036

学术编辑器:卡拉Pruzzo
收到 2013年8月1日
接受 2013年9月25日
发表 2013年11月17日

摘要

一种革兰氏阳性，淡黄色的菌株AK-1T从花生采集的土壤样品中分离得到(落花生hypogaea)该生物的形态和化学分类学特征与其属的分类一致Agromyces．16S rRNA基因序列系统发育分析表明，该菌株为AK-1T与Agromyces aurantiacus（98.6%）其次为Agromyces独奏曲(98.3%),Agromyces tropicus(97.6%),Agromyces ulmi(97.3%),Agromyces flavus(97.2%)和意大利农霉菌(97.0%)，而序列相似性值相对于其他Agromyces有效公布名称的物种数量在95.3 - 96.7之间％.然而，菌株AK-1之间的DNA-DNA杂交值T而其他相关毒株则远远低于提出一个新物种所要求的阈值。DNA 菌株含量为71.8 mol%。以上数据结合AK-1的表型特异性T清楚地表明该菌株代表一种新物种，其名称Agromyces arachidis建议使用sp.nov.菌株，菌株类型为AK-1T(= MTCC 10524TJCM 19251 =T）.

1.介绍

属Agromyces最先由格莱德希尔和小卡西达提出[1]后来由Zgurskaya等人修订[2］．目前，属Agromyces由24个物种组成，其名称已有效公布(http://www.bacterio.net/a/agromyces.html)所有这些物种都是从不同的环境来源中分离出来的：从肥沃的草地、根际、植物到岩画的土壤[1- - - - - -18］．在本研究中，AK-1菌株T，从土壤样品中分离出来，并进行多相分类。16S rRNA基因序列比较表明，该分离物为Agromyces——有机体。本研究的目的是确定该分离物的确切分类位置。

2.材料和方法

应变AK-1T从花生(落花生hypogaea)在印度安得拉邦Srikakulam(18°14′n北纬83°58′e经度)的农田，用胰酶大豆琼脂培养基(TSA;HiMedia)，甘油库存维持在−70°C。参考菌株奥兰提亚库斯(MTCC 11069T),答:独奏曲(MTCC 11074T),热带的(MTCC 11075T),答:ulmi(MTCC 10783T),答:flavus（MTCC 11103）T)，及答:italicus(MTCC 10784T)从印度昌迪加尔微生物技术研究所的微生物类型培养收集和基因库(MTCC)中获得。

菌落和细胞形态按标准方法进行研究[19］．根据厂家说明书使用HiMedia革兰氏染色试剂盒测定革兰氏反应。在添加了不同浓度NaCl的TSA上生长，进行了不同温度(10 ~ 55℃)和NaCl浓度(1 ~ 15%)下的生长等生理试验。pH范围(5.0-12.0)和最适生长pH由Xu等人描述[20.]使用TSB作为基本培养基。对于厌氧病，将培养物在TSA板上划线，并放置在厌氧罐（MART）中，使用由氮气（85%）、二氧化碳（10%）和氢气（5%）组成的厌氧气体混合物，排空厌氧罐并用厌氧氧化装置（MART）冲洗。平板在30°C下培养5天。过氧化氢酶活性、柠檬酸盐利用率（使用西蒙斯柠檬酸盐琼脂）和尿素水解按Cowan和Steel所述进行测定[21］．酪蛋白，明胶，Tween 80，酪氨酸，淀粉和吲哚的水解，甲基红试验，Voges-Proskauer试验，和氧化酶活性的评定由Smibert和Krieg [22］．硝酸盐还原试验如Lányi [23］．VITEK 2-GP卡按照制造商的说明(bioMérieux)使用。使用Smith等人所描述的方法，在最低培养基上测试各种糖的酸生产。24］．

为进行细胞脂肪酸分析，将菌株培养在TSA培养基上温度36 h;脂肪酸皂化，甲基化，并使用MIDI(夏洛克微生物鉴定系统，版本4.0)的标准协议提取。脂肪酸由GC (Hewlett Packard 6890)分析，并使用Sasser描述的微生物鉴定系统TSBA50数据库进行鉴定[25和Pandey等[26］．在胰蛋白酶大豆肉汤中培养4株后，制备了用于其他化学分类分析的冻干细胞天30°C。根据Schleifer的说法，肽聚糖的结构是通过使用纯化细胞壁的水解物来确定的[27］．根据Schleifer和Kandler的描述，用一维上升TLC分离诊断氨基酸[28]，经过修改，使用纤维素薄层色谱(默克5577)代替纸层析。使用Minnikin等人描述的方法提取和分析极性脂质和甲萘醌[29和Kroppenstedt [30.］．

基因组DNA提取、扩增和测序如Mayilraj等人先前所述[31].使用EzTaxon服务器将16S rRNA基因的完整序列与代表性相关分类群的序列对齐(http://www.eztaxon.org/) ［32］．AK-1的16S rRNA基因序列T以及从EzTaxon服务器检索到的具有代表性的近缘物种，并使用MEGA 5.0版本进行比对[32］．利用邻域连接算法、最大简约算法和最大似然算法构建系统发育树。采用Bootstrap分析来评估分支的置信限。采用膜过滤法进行DNA-DNA杂交[33］．的 用分光光度法测定基因组DNA的含量(Lambda 35;Perkin Elmer)，采用热变性法[34］．

3.结果与讨论

区分AK-1菌株的详细表型特性T来自该属中关系密切的物种Agromyces汇总于表1大多数化学分类特性，包括脂肪酸组成，都是该属成员的典型特征Agromyces．主要的甲萘醌检测到AK-1菌株T为MK-12(54.13%)，其余为MK-11(14.08%)和MK-13 (31.77%);主要脂肪酸为顺反c型15:0, anteiso-C17:0, iso c15:0, iso c16：0（表2）;细胞壁诊断氨基酸为2,4-二氨基丁酸。主要的脂类是二磷脂酰甘油(DPG)、磷脂酰甘油(PG)、两种未知的磷脂和一种未知的糖脂(图)2）.AK-1菌株16S rRNA基因序列基本完整T(1442个碱基)。16S rRNA基因序列系统发育分析表明，该菌株为AK-1T与奥兰提亚库斯（98.6%）其次为答:独奏曲(98.3%),热带的(97.6%),答:ulmi(97.3%),答:flavus(97.2%)和答:italicus(97.0%)。其余属种的类型菌株相似性显著降低(95.3-96.7)%)。基于16S rRNA基因序列的系统发育分析表明，该菌株为AK-1T在谱系中形成一个单独的分支，包括奥兰提亚库斯,答:独奏曲,热带的,答:ulmi和答:flavus(图1)；这在使用最大简约和最大似然算法构建的系统发育树中也很明显（如图中节点处的闭合圆所示）1)其中菌株作为一个单独的分支恢复。菌株AK-1的DNA-DNA杂交值T与近缘种的比例低于56.2%，远低于70%%用于描述细菌种类的推荐阈值[35].菌株AK-1之间的DNA-DNA相关性水平T和其他Agromyces物种尚未确定，因为已有证据表明，含有3个以上物种的生物% 16S rRNA基因序列不同，属于不同的基因组物种[36］．根据之前的多相数据，菌株AK-1T应该放在属中吗Agromyces在一个新物种中，我们提出了这个名字Agromyces arachidissp. 11月。
特征 AK-1T(MTCC 10524T) 奥兰提亚库斯(MTCC 11069T) 答:独奏曲(MTCC 11074T) 热带的(MTCC 11075T) 答:ulmi(MTCC 10783T) 答:flavus（MTCC 11103）T) 答:italicus(MTCC 10784T)
增长
37°C + + + + − + +
42°C − − + − − − −
 2%氯化钠 − − + + − − +
5%氯化钠 − − + − − − +
 pH值5.0 + − − + + + +
pH值10.0 − + + + − − +
 pH值12.0 − − + + − − +
淀粉水解 + + − + − + −
酪蛋白水解 − − − − − + −
脲酶 − + − − − − −
过氧化氢酶 − + + + − + −
碳水化合物产酸
水杨苷 − + + + + − +
甘露醇 − − − + + + −
蜜二糖 − − − + − − −
半乳糖 − − + + + − +
 阿拉伯糖 + − − + − + −
纤维二糖 + − + + + − +
蔗糖 − + + + + − +
木糖 + − − + + + −
肌醇 − − − − − + −
鼠李糖 − − + + + − +
乳糖 + + − + − − −
海藻糖 + + + + + − −
 甘露糖 − + + + + + +
麦芽糖 − − + + + − +
棉子糖 − + + + + − +
抗生素敏感性(µg/盘)
 呋喃妥因（300） 年代 R R 年代 年代 年代 年代
诺氟沙星(10) R 年代 R R R 年代 R
多粘菌素B (300) 年代 年代 R 年代 年代 年代 R
卡那霉素(30) 年代 年代 R 年代 年代 年代 R
 粘菌素（10） R R R 年代 R 年代 年代
甲氧西林(5) R 年代 R 年代 R 年代 年代
新青二(5) R 年代 R 年代 R 年代 年代
庆大霉素(10) 年代 R 年代 年代 年代 年代 年代
甲氧苄氨嘧啶(5) 年代 年代 R 年代 年代 年代 年代
 土霉素（30） 年代 年代 R 年代 年代 年代 R
 头孢西丁（30） 年代 年代 R 年代 R 年代 年代
生化检测采用VITEK 2GP卡
 精氨酸二氢酶1 − − − − − − +
 亮氨酸芳酰胺酶 + + + + + + +
葡糖苷酶 + + + + − − +
L-Proline arylamidase + + + + − + +
牛乳糖 − + − + − − −
丙氨酸arylamidase + + + + − + +
酪氨酸arylamidase − + + − − + +
L-Lactate碱化 − − − − − − +
水杨苷 − − − − − − +
醌型 MK12
11、13		 MK12 13 MH12 MK12 M12 11 10 MK12 MK12 13
总脂质模式 DPG, PG DPG, PG DPG, PG DPG, PG DPG, PG DPG, PG DPG, PG
DNA G + C mol% 71.8 72.8 73．4 72.7 72.0 70.9 70.8
在pH 8.0和9.0、温度25℃和30℃、果糖产酸条件下，菌株均为阳性;在12°C, 10%， 15% NaCl，赤糖醇，肌醇，山梨糖醇，adonitol，柠檬酸，甲基红，Voges-Proskauer，吲哚，硝酸盐和明胶液化。所有菌株经VITEK 2-GP生化检测:d -苦杏仁苷、磷脂酰肌醇磷脂酶C、d -木糖、 -半乳糖苷酶、α -苯基-芳香酰胺酶、环糊精、l -天冬氨酸芳香酰胺酶、 -galactopyranosidase, 甘露糖苷酶、磷酸酶 -葡萄糖苷酶、l-吡啶芳基酰胺酶、d -山梨糖醇、脲酶、多粘菌素B抗性、d -半乳糖、d -核糖、乳糖、n -乙酰- d -葡萄糖胺、d -麦芽糖、杆菌肽抗性、新生素抗性、6.5% NaCl、d -甘露醇、d -甘露糖、甲基- -D-glucopyranoside, pullulan, d -棉子糖，O/129抗性(比较弧菌)，蔗糖，d -海藻糖，精氨酸二水解酶2和optochin抗性。所有菌株均对三联磺胺、卡那霉素、磺酰胺、新生霉素、氨苄西林和利福平敏感。S:敏感;接待员:阻力。
表1
区分AK-1菌株的差异特征T还有最接近的AK-1T(MTCC 10524T),奥兰提亚库斯(MTCC 11069T),答:独奏曲(MTCC 11074T),热带的(MTCC 11075T),答:ulmi(MTCC 10783T),答:flavus（MTCC 11103）T)，及答:italicus(MTCC 10784T）.
脂肪酸类型 AK-1T(MTCC 10524T) 奥兰提亚库斯(MTCC 11069T) 答:独奏曲(MTCC 11074T) 热带的(MTCC 11075T) 答:ulmi(MTCC 10783T) 答:flavus（MTCC 11103）T) 答:italicus(MTCC 10784T)
iso-C14:0 0．8 0．7 ０．６ 3 2.5 1．4 ０．６
iso-C15:0 9．4 7.7 6．1 3.6 15.5 2.8 ６．３
安泰索C15:0 47.7 32.7 39.5 31.9 58.3 41.5 40.2
iso-C16:0 11．3 11．4 18．1 32.7 1．8 23.6 18．6
C16:0 0．9 2.8 ０．６ 0．5 2.5 0．5 0．7
iso-C17:0 3.3 3 1．8 3.3 3 0．7 1．7
迷人C 17:0 21.86 31.6 31.2 20．6 1．6 23.7 29.2
C18:0 tr ０．６ tr tr 1．5 tr tr
C18:3ω6摄氏度 ND 0．7 ND ND 1．3 0．7 tr
iso-C19:0 ND tr tr ND tr 1．0 ND
本研究的数据。所有菌株中脂肪酸总量<0.5%的脂肪酸未显示或显示为tr:微量。未检测到ND:微量。
表2
AK-1菌株细胞总脂肪酸的百分比T(MTCC 10524T),奥兰提亚库斯(MTCC 11069T),答:独奏曲(MTCC 11074T),热带的(MTCC 11075T),答:ulmi(MTCC 10783T),答:flavus（MTCC 11103）T)，及答:italicus(MTCC 10784T）.

图1
Agromyces arachidis T 地衣雷夫松农霉菌 T 基于16srrna基因序列（1442个碱基）的系统发育邻接树显示了AK-1和该属的相关成员2某人（AB278552）用作外组。引导值（以1000次复制的百分比表示）大于70%的数据在节点处给出。填充的圆圈表示在使用最大简约和最大似然算法生成的树中也恢复了相应的节点。Bar，0.005%的序列变异。括号中给出了GenBank登录号。

图2
T AK-1菌株总脂质的二维薄层色谱图，钼磷酸(5% w/v)无水乙醇检测。磷脂酰甘油(PG)，二磷脂酰甘油(DPG)，未知磷脂(PL)，未知糖脂(GL)。
3.1。花生agroomyces arachidis sp. nov.的描述。

Agromyces arachidisSp . Nov. (a.ra ' chi.)dis. n. L. n. arachis，一个植物学属名;n.总称;arachidis，由花生(落花生hypogaea)作物领域)。

细胞是革兰氏阳性，严格需氧，不形成孢子，并发生在直或弯杆。在胰蛋白酶大豆琼脂培养基上，菌落呈黄色、不透明、凸起、全缘、直径1- 2mm，在25℃~ 37℃生长，30℃、pH 6.0 ~ 10.0条件下最适宜;耐1.0% NaCl。应变AK-1T对淀粉水解反应为阳性反应，对酪蛋白水解、脲酶生产、MR-VP反应、硫化氢生产和硝酸盐还原反应为阴性反应。酸是由阿拉伯糖、木糖、菊粉和乳糖产生的;对水杨素、甘露醇、糖二糖、半乳糖、蔗糖、鼠李糖、海藻糖、甘露糖、麦芽糖和棉子糖均为阴性。其他详细特征见表1．主要的极性脂类是磷脂酰甘油(PG)和二磷脂酰甘油(DPG)，两种未知的磷脂(PL)和一种未知的糖脂(GL)。主要的甲萘醌检测到AK-1菌株T是MK-12(54.1%)，而MK-13(31.7%)和MK-11(14.0%)是其他成分。主要的脂肪酸是顺反型脂肪酸15:0, anteiso-C17:0, iso c15:0, iso c16：0．细胞壁水解物中诊断性二氨基酸为2,4-二氨基丁酸。DNA 菌株含量为71.8 mol%。AK-1型菌株T(= MTCC 10524TJCM 19251 =T)，从花生(落花生hypogaea农田，Srikakulam，印度安得拉邦。

致谢

作者感谢Malkit Singh先生提供的出色的技术援助。这项工作得到了印度政府科学和工业研究委员会（CSIR网络项目NWP-006）的支持。这是IMTECH通讯第056/2013号。该基因序列的GenBank登录号为Agromyces arachidis菌株为AK-1TFN868445。

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