评估BD GeneOhm耐甲氧西林金黄色葡萄球菌和VanR化验快速检测耐甲氧西林的筛查工具金黄色葡萄球菌在三级医院和Vancomycin-Resistant Enterococci在沙特阿拉伯

文摘

目标。本研究的目的是评估双相障碍的诊断性能GeneOhm VanR化验,快速PCR测试检测的存在vanA和/或vanB基因和BDGeneOhm耐甲氧西林金黄色葡萄球菌的性能试验检测葡萄球菌盒式chromosomemec (SCCmec盒式)携带台面式晶体管基因和金黄色葡萄球菌特定的序列位于orfX基因。方法。300复制直肠拭子收集分析了连续VRE的存在的文化和BD PCR。2267复制收集棉签(728鼻和1539腹股沟棉签)和分析存在的耐甲氧西林金黄色葡萄球菌培养法和BD PCR。结果。文化相比,BD GeneOhm VanR化验显示敏感性,特异性,阳性预测值(PPV)以及阴性预测值(NPV)为100%,91.1%,23.5%,和100%,分别。BD GeneOhm耐甲氧西林金黄色葡萄球菌检测显示敏感性,特异性,PPV,和NPV为97.2%,99.4%,89.7%,和99.9%,分别为鼻拭子。对于腹股沟拭子,它是100%,98.7%,分别为61.5%和100%。结论。的BD GeneOhm vanR试验是一个很好的快速排除VRE携带者筛查医院。BD GeneOhm耐甲氧西林金黄色葡萄球菌检测代表一个可靠的筛选试验。的真正力量BD GeneOhm检测耐甲氧西林金黄色葡萄球菌和VRE其异常高的NPV进行测试的理想工具快速排除耐甲氧西林金黄色葡萄球菌和VRE携带者在医院。因此,这将大大缩短病人隔离时间。

1。介绍

耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(耐甲氧西林金黄色葡萄球菌)和vancomycin-resistant肠球菌(VRE)多重耐药生物,特别是频繁的原因院内感染,往往是困难和昂贵的治疗1]。

耐甲氧西林金黄色葡萄球菌主要由吗台面式晶体管基因,编码修改penicillin-binding 2蛋白2 (PBP) [1]。几个研究金黄色葡萄球菌表明,耐甲氧西林金黄色葡萄球菌感染通常遵循之前的运输而不是直接传输发生在入侵过程中工作人员或从重症监护室(ICU)环境(2- - - - - -5),也就是说,耐甲氧西林金黄色葡萄球菌感染之前殖民的MRSA菌株基因的疾病导致至少56%的患者隔离。这些数据支持殖民认为预防ICU患者耐甲氧西林金黄色葡萄球菌能减少耐甲氧西林金黄色葡萄球菌感染的频率,可以协助设计有效的预防战略对耐甲氧西林金黄色葡萄球菌感染(6]。

Enterococci居住在胃肠道和被认为是正常菌群。他们成为重要的病原体在过去的二十年中在很大程度上是由于他们抵抗许多常用的抗生素(7]。大多数肠球菌的感染已被归因于内生来源(个别病人的正常菌群),然而发生传播受污染人员手中,受污染的病人护理设备、和/或环境的表面。治疗一些肠球菌的感染已经成为一个重大的挑战,尤其是对万古霉素耐药菌株的出现(1]。一些基因是负责耐万古霉素(内在或收购)。的vanA和vanB基因是那些主要遇到vancomycin-resistant enterococci (VRE)。他们是可转让的,可以从生物有机体和传播是唯一临床相关。相比之下,vanC基因不转移,一般少严重感染有关,没有与暴发(8]。早期筛查的患者VRE马车来识别那些需要隔离的病人可以有效的感染控制计划的一部分VRE [9,10]。

在大多数实验室传统文化中被认为是黄金标准和鉴定方法筛查VRE和耐甲氧西林金黄色葡萄球菌殖民。因为结果需要周转时间(答)2 - 4天不兼容的主动感染预防和控制,测试,快答和与文化需要在效率和成本效益(11- - - - - -13]。最近介绍了几种快速诊断测试,将会非常有利于减少检测时间(几个小时),因此降低院内传播和感染的风险尤其是高危病人(13- - - - - -18]。

BD GeneOhm耐甲氧西林金黄色葡萄球菌检测是多路实时定量PCR检测,是美国食品和药物管理局(FDA)定性在体外鼻殖民的测试直接检测耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(1]。其使用标本替代网站没有被FDA批准。这个试验在临床的使用设置需要确认特别是拭子从鼻子以外的网站19]。它检测到的鳞状细胞癌mec盒(带着台面式晶体管基因)和一个金黄色葡萄球菌特定的序列位于orfX基因,允许歧视之间的耐甲氧西林金黄色葡萄球菌和耐甲氧西林coagulase-negative葡萄球菌(1]。

的BD GeneOhm VanR化验是ce标志在体外测试的快速检测vancomycin-resistant (vanA和vanB)直接从肛周的基因和/或直肠拭子。的BD GeneOhm VanR测定可以作为援助识别、预防和控制vancomycin-resistant殖民在医疗设置(13]。它并不打算诊断VRE感染也不指导或监视VRE治疗。伴随的文化是必要的为确认恢复生物识别(20.]。

国王法赫德专家医院达曼(600床总容量)肿瘤中心,建立骨髓和实体器官移植项目,宽有指导医院筛选新的MRSA和VRE住院。可靠和快速发展的方法识别患者耐甲氧西林金黄色葡萄球菌和殖民VRE是控制的核心代理在医院环境中。为此,我们研究了BD GeneOhm化验的性能来代替文化在实现它之前需要2 - 3天在医院作为快速筛选方法。

2。材料和方法

病人和标本耐甲氧西林金黄色葡萄球菌和VRE筛查。在目前的研究中,2267个重复的棉签收集鼻(728和1539腹股沟棉签)2008年1月至2009年6月从所有新入院。此外,300年重复直肠拭子采集连续2009年1月至2009年6月的所有病人住进了重症监护室。鼻和腹股沟拭子为耐甲氧西林金黄色葡萄球菌的存在进行了分析常规培养法和BD GeneOhm耐甲氧西林金黄色葡萄球菌检测。直肠拭子进行了分析VRE的存在的文化和BD GeneOhm VanR化验。重复的鼻、腹股沟和直肠拭子从每个病人通过护理人员使用洗液CultureSwab液体斯图尔特单一拭子(正)。对于每一个实验,两个棉签在实验室中被随机分离。拭子是用于直接和浓缩肉汤培养,而与其他拭子PCR进行。如果处理的拭子是不可能同一天,棉签一夜之间被储存在4°C。BD GeneOhm耐甲氧西林金黄色葡萄球菌检测是FDA批准的鼻殖民的直接检测耐甲氧西林金黄色葡萄球菌。 However, we used it for both nasal and groin swabs.

2.1。传统文化识别和敏感性检测耐甲氧西林金黄色葡萄球菌

收集棉签被接种到血琼脂板(BA)、甘露醇盐琼脂(MSA),穆勒与苯唑西林4%氯化钠和辛顿(氧化物)琼脂,哥伦比亚多粘菌素萘啶酸杆菌肽琼脂(PNBA),然后接种到盐汤。盘子在37°C孵化24 h。怀疑殖民地被传统的实验室方法,包括革兰氏染色剂,过氧化氢酶试验,凝固酶生产的管法(21]。苯唑西林凝固酶阳性菌株接种在筛板和测试对苯唑西林头孢西丁阀瓣和易感性E以及带。菌株的金黄色葡萄球菌分离直接从琼脂和/或肉汤文化给区≤21毫米以头孢西丁或苯唑西林≥4的麦克风E根据临床和实验室以及被报告为耐甲氧西林金黄色葡萄球菌标准协会(CLSI)指南22]。

2.2。BD GeneOhm耐甲氧西林金黄色葡萄球菌检测

BD GeneOhm耐甲氧西林金黄色葡萄球菌的检测进行了推荐的制造商。拭子折断了的顶端为耐甲氧西林金黄色葡萄球菌样本包含Tris-EDTA样本制备缓冲缓冲管,由制造商提供。样品缓冲管涡后1分钟,50μL的解决方案被转移到裂解管。裂解管在高速涡流5分钟,得到一个快速旋转的离心机将内容孵化前管的底部在95°C一块干燥的加热2分钟。样品保持在2 - 8°C到PCR检测。PCR处理执行由制造商推荐使用智能循环II仪器(美国加利福尼亚州的造父变星)。积极的和消极的控制被包含在每次运行。化验结果解释如下:“底片”,没有DNA检测耐甲氧西林金黄色葡萄球菌;“POS耐甲氧西林金黄色葡萄球菌检测DNA;“未解决”,IC是抑制或试剂失败;“不确定,”有一个I-CORE模块故障。

2.2.1。质量控制

除了前面提到的PCR为每个运行控制,参考耐甲氧西林金黄色葡萄球菌菌株(写明ATCC 4300)和一个参考MSSA应变(写明ATCC 29213)包含在每个试验和使用混合氧化物燃料琼脂上的一天。

2.3。传统文化识别和VRE的敏感性测试

直肠拭子文化第一次接种到哥伦比亚PNBA然后到盐汤。盘子在35°C孵化环境空气和检查增长在24和48小时。肉汤文化孕育在35°C。任何怀疑殖民地被常规实验室方法,包括革兰氏染色剂,过氧化氢酶试验、胆汁七叶灵琼脂(BEA)测试和bv(万古霉素筛选琼脂包含6 ug /毫升的万古霉素的使用在脑心浸液(BHI)琼脂)(21]。黑色的殖民地(esculin-positive)然后亚文化到纯净的血琼脂板。24小时孵化后,一个明确的增长或大于1的殖民地出席的bv琼脂表明接种Enterococci可能是一个VRE [23]。识别(粪E / E。都有效证实了)上执行GP vitek - 2系统(bioMerieux;医生比色身份证)。敏感性测试进行确认使用万古霉素肠球菌的分离株(0.016 - 256μ0.016 g / mL)和teicoplanin (256μg / mL)E以及带。中等收入国家的决心和万古霉素耐药性的解释(MIC≥32μg / mL)是根据临床和实验室标准协会(CLSI)指南21]。teicoplanin的解释结果,中间和耐麦克风是以前公布为孤立的分配范(麦克风≥16μg / mL)或范B(麦克风< 16μg / mL) (13]。

2.3.1。BD GeneOhm VanR化验

对BD GeneOhm VanR化验,化验后是由制造商所描述的协议和其他地方(13]。拭子的尖端被折断成VanR样本包含Tris-EDTA样本制备缓冲缓冲管,由制造商提供。样品缓冲管涡后1分钟,50μL的解决方案被转移到裂解管。裂解管在高速涡流5分钟,得到一个快速旋转的离心机将内容孵化前管的底部在95°C一块干燥的加热2分钟。样品保持在2 - 8°C到PCR检测。PCR处理执行由制造商推荐使用智能循环II仪器(美国加利福尼亚州的造父变星)。积极的和消极的控制被包含在每次运行。化验结果解释如下:“负面”,没有vanA或vanBDNA检测;“积极的”,vanA和vanBDNA检测;“假定POS”,vanBDNA检测;“POS”,vanA检测到;“未解决”,IC是抑制或试剂失败;“无效的试验运行,”PCR控制(正面或负面)失败;“不确定,”有一个I-CORE模块故障。

2.3.2。质量控制

除了前面提到的PCR为每个运行控制,参考VRE应变(粪大肠写明ATCC 51299)和一个参考粪大肠万古霉素敏感菌株(写明ATCC 29212)包含在每个试验和使用bv琼脂上的一天。

2.4。解决不和谐的结果

如果任何BD GeneOhm耐甲氧西林金黄色葡萄球菌和VRE悬而未决,通常会显示一些PCR抑制。使用冷冻溶菌产物的实验重复一次推荐的装备方向。未解决的标本重复被排除在决赛后分析。唯一的样本的BD GeneOhm -耐甲氧西林金黄色葡萄球菌,但文化是耐甲氧西林金黄色葡萄球菌阳性,原始冻溶菌产物和相应的隔离BD GeneOhm耐甲氧西林金黄色葡萄球菌检测再做测试。BD GeneOhm阳性样本,文化负,被接种300再次检查μL细胞悬液的样品缓冲包括拭子成盐浓缩肉汤。其次是孵化18 - 24小时在空中35°C和亚文化到适当的培养基。

2.5。统计分析

描述性统计性能特征计算BD GeneOhm耐甲氧西林金黄色葡萄球菌和VanR化验相对于黄金标准直接文化和汤浓缩文化的结果。敏感性,特异性,阳性预测值(PPV)以及阴性预测值(NPV)是根据标准计算公式。商业统计软件包使用SPSS 11.0 (SPSS, Inc .,芝加哥,生病,美国),用于统计评估结果。

3所示。结果

耐甲氧西林金黄色葡萄球菌的检测,共有2283个棉签收集和测试如上所述。32(32)标本中抑制PCR试验初步解决率是1.4%的16(0.7%)解决冻融后的溶解产物和重复PCR检测。剩下的16个未解决的样本排除2267年数据分析结果总拭子。鼻2267拭子(728和1539年腹股沟棉签)进行了测试。728年鼻拭子,35拭子(4.8%)发现耐甲氧西林金黄色葡萄球菌的文化。1539年32棉签腹股沟拭子发现耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(2.1%)的文化。BD GeneOhm耐甲氧西林金黄色葡萄球菌的检测,39鼻拭子(5.4%)是积极的和52腹股沟拭子(3.4%)是积极的。表1和2显示正负样本分布的两种方法。耐甲氧西林金黄色葡萄球菌鼻隔离是被文化和负了PCR(假阴性)。四个鼻(0.5%)和20腹股沟拭子与BD GeneOhm耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(1.3%)是积极的分析,没有发现耐甲氧西林金黄色葡萄球菌在文化(假阳性)。

BD GeneOhm耐甲氧西林金黄色葡萄球菌检测显示敏感性(实际耐甲氧西林金黄色葡萄球菌阳性的比例能正确鉴别),特异性(实际耐甲氧西林金黄色葡萄球菌底片的比例能正确鉴别),PPV(与PCR阳性耐甲氧西林金黄色葡萄球菌的比例是谁正确诊断),和NPV(负面的比例与PCR是正确诊断耐甲氧西林金黄色葡萄球菌)的97.2%,99.4%,89.7%和99.9%,分别从鼻拭子直接检测。从腹股沟直接检测样品,100%,98.7%,61.5%,和100%,分别。表3显示的灵敏度、特异性、PPV和BD GeneOhm耐甲氧西林金黄色葡萄球菌的NPV分析使用鼻和腹股沟拭子。

300年8样本直肠拭子透露VRE文化,和292个样本是负的。8菌株是大肠都有效和他们都是耐万古霉素的敏感teicoplanin(表型B)。VRE的整体流行文化是2.7%。的BD GeneOhm VanR化验检测到vanB基因在34个样本(11.3%)。vanA基因中没有检测到任何样品。26直肠拭子(8.7%)vanB基因的BD GeneOhm VanR分析但没有增长enterococci文化(假+ ve)。正负样本的分布两种方法如表所示4。传统文化相比,BD GeneOhm VanR化验显示灵敏度(实际VRE阳性的比例能正确鉴别),特异性(实际VRE底片的比例能正确鉴别),PPV(积极VRE PCR的比例是正确诊断),和NPV(负面VRE PCR的比例是正确诊断)为100%,91.1%,23.5%,和100%,分别。

4所示。讨论

积极监测文化从患者耐甲氧西林金黄色葡萄球菌的马车和VRE促进早期接触隔离,从而防止传播在医院和降低成本1]。法赫德国王专家hospital-Dammam指导医院广泛筛选新的MRSA和VRE住院。时间结果与传统文化是2 - 4天。快速、准确的工具,确定航空公司是一个关键组成部分,任何感染控制程序以减少传播。在这项研究中,我们评估的检测性能BD GeneOhm VanR化验,快速实时PCR试验检测的存在vanA和/或vanB,BD GeneOhm耐甲氧西林金黄色葡萄球菌检测SCCmec磁带和化验金黄色葡萄球菌特定的序列位于orfX基因,允许歧视之间的耐甲氧西林金黄色葡萄球菌和耐甲氧西林coagulase-negative葡萄球菌。BD GeneOhm耐甲氧西林金黄色葡萄球菌和VanR化验提供快速鉴定MRSA和VRE殖民病人在2小时(13]。

BD GeneOhm耐甲氧西林金黄色葡萄球菌检测与文化。BD GeneOhm耐甲氧西林金黄色葡萄球菌检测显示与鼻高特异性和腹股沟样本(99.4%和98.7%,resp)。我们组患者的敏感性也更高(97.2%和100%),而与鲁克et al。24)报告的敏感性较低(84.3%)。这可能是由于收集的标本类型从不同的临床条件和不同的站点。筛查耐甲氧西林金黄色葡萄球菌从腹股沟拭子被认为是修改fda不测试。因此,我们研究了1539份标本遇到至少50样本包含目标分析物和最少100标本,缺乏目标分析物(25]。

身体有一种普遍的共识为多个网站筛选达到最优检测耐甲氧西林金黄色葡萄球菌。考虑到池的标本可能降低成本的分析;主教et al。26]显示敏感性和特异性汇集nose-groin标本与那些与BD GeneOhm耐甲氧西林金黄色葡萄球菌分别分析处理。

PPV在我们的组织中,89.7%与鼻拭子和它与腹股沟棉签减少到61.5%。最近的研究(19,27]报道ppv社区设置范围从63%至94%在医院设置。这项研究的高净现值(腹股沟鼻99.9%和100%)和他人报道(28,29日]表明,这个试验提供了一个快速的方法识别的人不是殖民与耐甲氧西林金黄色葡萄球菌和在这种情况下可能是有用的在医院流行病学或监视活动环境。24拭子检测耐甲氧西林金黄色葡萄球菌的BD GeneOhm耐甲氧西林金黄色葡萄球菌检测和没有恢复文化可能属于病人接受抗生素(30.]。BD GeneOhm耐甲氧西林金黄色葡萄球菌的检测结果有时可能是未解决的,可能需要重新测试,可能会导致延误获得最终结果。这个问题是会见了我们的样品和32的一半都解决后重复测试标本和控制相应的冻溶菌产物。frozen-thaw周期已被证明减少标本的PCR抑制剂物质溶解产物(29日,30.]。我们的耐甲氧西林金黄色葡萄球菌分离株的鼻子没有检测到的BD GeneOhm耐甲氧西林金黄色葡萄球菌检测给假阴性的结果。这也是在一项研究报告由巴特尔等人在哥本哈根(31日),超过三分之一的耐甲氧西林金黄色葡萄球菌分离株没有检测到。他们建议BD GeneOhm耐甲氧西林金黄色葡萄球菌检测评估针对本地MRSA多样性之前建立一个标准的分析,以及由于SCCmec磁带的不断进化,一个持续的全球监测建议为了更新试验(31日]。在目前的研究中,BD GeneOhm耐甲氧西林金黄色葡萄球菌检测有高灵敏度(97%和100%为鼻和腹股沟棉签、职责)。因此,可以在我们医院被认为是可靠的。

在结论中,BD GeneOhm耐甲氧西林金黄色葡萄球菌检测代表一个可靠的筛选试验,当应用于鼻和腹股沟标本。这个试验的真正的力量是它的异常高的NPV(98.9%)进行测试的理想工具快速排除耐甲氧西林金黄色葡萄球菌运营商在医院。因此,这将大大缩短病人隔离时间。

在这项研究中,BD GeneOhm VanR化验检测到范34 B基因样本,其中8个大肠都有效的表型vanB。的BD GeneOhm VanR试验特异性为91.1%,阳性预测值23.5%。这个可怜的阳性预测值与试验也报道了其他工人(32]。这是解释为盛行的范B基因与人类直肠拭子VRE无关。格雷厄姆et al。33高nonenterococcal演示范B运输血液透析患者(45%)、社区成人(63%),和儿童(27%)。这是由于肠道厌氧菌携带的存在范包含转座子Tn 5382和Tn 1549 B。因此,一个积极的范B PCR不好预测,需要文化来区分VRE积极病人从VRE消极病人(即。PCR假阳性),因此,范B基因是唯一一个我们组的患者中发现。依靠一个积极范B导致我们医院会导致不必要的医院资源利用率和感染控制预防措施不窝藏VRE的患者。在这项研究中,BD GeneOhm vanR阴性预测值为100%。我们需要权衡方便快速的负面结果的额外的测试要求。在结论中,BD GeneOhm vanR化验可以用作快速筛选方法vanA和vanB航空公司,考虑到高灵敏度和消极的预测价值。然而,大量的假阳性vanB将需要文化证实这些结果。

确认

作者感谢Ahmad部队和其他工作人员在微生物学部分,国王法赫德专业医院优秀的技术援助。

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