丰富的基因组资源和转录概要的分析芒草sinensis在干旱胁迫下基于RNA序列

文摘

芒草×竹是在世界各地广泛栽培作为一个潜在的生物燃料的原料;然而,狭窄的遗传基础和无菌特征已经成为限制其利用率。的祖M。×竹,m . sinensis广泛分布在东亚提供非生物压力耐受性。丰富m . sinensis基因组数据库和资源,我们的转录组测序和注释m . sinensis通过使用一个Illumina公司HiSeq 2000平台。大约3.16亿个高质量的削减从3.49亿原始读取,读取生成和114747 unigenes新创装配后得到。此外,95897例(83.57%)unigenes带注释的至少一个数据库包括NR, Swiss-Prot, KEGG,齿轮,和NT,支持,获得的序列是正确标注。差异表达基因分析表明干旱胁迫15天可能是一个关键时期m . sinensis对干旱胁迫的反应。的高通量转录组测序m . sinensis在干旱胁迫下极大地丰富了当前的基因组可用资源。度的比较不同时期的干旱胁迫下发现了一个丰富的候选人耐旱基因参与监管网络,这将促进进一步的遗传改良和分子的研究m . sinensis。

1。介绍

属芒草是一种有前途的C4多年生非食品生物能源草在纤维素生物燃料的生产(1]。具体地说,芒草×竹,混合产生四倍体之间的交叉芒草sacchariflorus和二倍体芒草sinensis一直集中在欧洲和北美学习作为生物质原料(2- - - - - -7]。然而,它是目前唯一的基因型在大多数国家使用的天然不育和狭窄的遗传基础8,9]。此外,高风险和基因很难改善M。×竹通过繁殖,其生物量生产力的限制,非生物压力的宽容,和在一些极端条件下气候适应10- - - - - -12]。的祖M。×竹,m . sinensis广泛分布在东亚和结果表明,丰富的野生m . sinensis资源分布在中国提供可比的收益率和非生物压力在某些地方(耐性12- - - - - -16]。

干旱是一种常见的环境压力导致不利影响植物发展的几乎所有方面,生长,繁殖,和产量在温带地区,和植物必须适应这种生存压力17,18]。植物抗旱是一个复杂的数量性状,涉及多个途径,监管网络,和细胞隔间(19]。许多drought-induced或drought-repressed基因已确定了不同功能分子和植物基因组分析模型。在拟南芥299 drought-inducible基因被确定在7000年全长cDNA微阵列(20.)和被分为两组,包括功能蛋白质和调节蛋白(21]。73年大米、可靠的基因被证实是引起干旱、高盐度、或冷应激(22]。73个基因的比较分析与识别拟南芥,其中51执行类似的功能和显示出相当程度的干旱胁迫反应在分子水平上的相似性。特别,基因在抗氧化代谢途径中扮演重要角色排毒活性氧可以在干旱胁迫条件下积累。此外,众所周知,植物激素脱落酸(ABA)水平对干旱胁迫的反应至关重要。多个基因参与了ABA的生物合成和分解代谢途径在干旱胁迫响应已确定在模式植物和庄稼。在拟南芥,9 -独联体-epoxycarotenoid加双氧酶(nc)家族基因AtNCED3成绩单正在迅速引起的干旱胁迫,这证明它在干旱stress-inducible ABA的生物合成中扮演着重要的角色23]。CYP707A3强烈补液后引起的脱水条件,ABA分解代谢的主要酶在干旱胁迫的响应(24,25]。值得注意的是,许多stress-inducible基因通过基因转移的引入导致改善植物耐压力(25- - - - - -28]。结果,发现差异表达基因,这些基因功能的分析很重要,进一步我们理解植物干旱胁迫响应的分子机制和宽容的监管,最终促进植物耐旱的增强通过基因操纵。

众所周知,很多野生植物显示高宽容表型对非生物压力,如盐、干旱、和氧化压力(29日- - - - - -31日]。基于前面的干旱和耐寒性的测试m . sinensis在欧洲,更广泛的适应M。×竹被发现在这个二倍体物种(10,32),这表明m . sinensis被认为是一种可行的方法对弗罗斯特和干旱高于品种M。×竹(14]。然而,基因识别和涉及的抗旱的分子机制m . sinensis不是很好理解。最近,高通量测序技术RNA基因的发现证明了一个强大的工具,基因表达和生理生化代谢实现非生物胁迫(33,34]。在这项研究中,我们探索了差异表达基因和转录谱m . sinensis基于转录组分析在不同干旱胁迫下阶段,这有助于理解监管机制的变化过程,提供分子依据进一步揭示与抗旱有关的代谢网络。干旱tolerance-related基因中确定本研究旨在提供不同的候选基因m . sinensis遗传改良和作物育种。

2。结果与讨论

2.1。测序分析和新创组装

总共6 RNA样本m . sinensis抗旱基因型“M2010228”使用Illumina公司HiSeq 2000测序平台,和349393396年原始读取生成。过滤和整理原始读取后,共有316200846个高质量的清洁读取组装成114747 unigenes使用三一[35]。unigenes的长度范围从200到12275元,unigenes的平均长度是1288元,总N₅₀是1854元。相比以前的新创组装的M。×竹通过使用深渊和Phrap叠连群获得超过200个基点是更大的在这项研究中,和一叠连群N₅₀长度超过1459个基点。所有unigenes被基因家族聚类分为两类,共有65203个不同的集群识别包含几个类似unigene序列(70%以上)在每个集群,另一共有49544个不同的单例与单unigene(表生成1)。

Illumina公司HiSeq 2000平台,short-read-based技术(36使用),导致大规模基因组和转录组数据的生成nonmodel作物。此外,高通量RNA序列(RNA-Seq)技术更准确和敏感检测低和高水平的基因表达(37]。一般来说,Illumina公司测序平台相比更经济划算,这是罗氏454测序38),已成功地应用在许多植物物种的转录组测序39- - - - - -42]。在这项研究中,52700141年平均清洁读取从每个样本,在干净的读取次数大大比排序基于454平台(43),尽管unigene的平均长度是短。因此,这项研究的结果不仅提供更多宝贵的基因资源m . sinensis而且构造参考两种排序方法之间的比较,可用于进一步发现和基因分子标记的识别。

2.2。Unigene功能注释和分类分析

Unigene注释和分类提供丰富信息表达谱和预测潜在的功能组装。此外,各种数据库的注释可以阐明细胞内代谢途径和生物基因的行为。在这项研究中,114747年获得unigene序列从六个m . sinensis样本对齐蛋白质数据库NR、Swiss-Prot KEGG,齿轮,通过BLASTx和核苷酸数据库NT BLASTn (值< 1e−5)。其中,91894名(80.08%)unigenes重大打击NT数据库;84456年在NR (73.60%);在去64145人(55.90%);在Swiss-Prot 55807例(48.63%);在KEGG 55557例(48.42%);在齿轮和38458年(33.52%)。总共有95897 (83.57%)unigenes注释使用至少一个数据库。

在NR注释,74.3%的值< 1e−30(图1(一))和86%的相似性分布(图> 60%1 (b))。物种分布的所有unigenes确定从六个样品,最常见和重要的注释在数据库匹配两个好的注释禾本科植物物种,其中包括59.5%的注释高粱二色的和28.0%,玉米(图1 (c))。毫不奇怪,unigenes注释这两个物种。包括在Andropogoneae主要农作物如玉米(玉米l .)、高粱(高粱二色的l . Moench)和甘蔗(蔗糖officinaruml .)和物种属芒草。家养和野生草地物种Andropogoneae部落是重要的食物来源,饲料、纤维和燃料(44]。先前的研究表明,高实用的高粱作为一个参考基因组序列Andropogoneae草是广泛用于m . sinensis在全基因组关联分析和QTL定位(16,44- - - - - -46]。Swaminathan et al。47)遗传图谱的构建了一个框架m . sinensis使用单核苷酸变异(SNV)标记是由深RNA基因组的测序和比较高粱玉米和大米(栽培稻)。马等。48)创建高分辨率遗传的映射m . sinensis并透露,高粱的系统发育关系最为密切芒草通过比较几个草地物种的基因组序列。此外,相似的芒草转录的基因模型和est高粱、甘蔗、玉米、大米和Brachypodium distachyon评估的文献等。49)和显示,很大一部分的相似性是导致甘蔗est和高粱基因模型与大多数比赛分享95%以上的身份。在这项研究中,结果unigene注释的m . sinensisRNA-seq显示,大多数基因的注释(59.5%)对齐到高粱数据库,与先前的研究一致的高实用的高粱属作为参考基因组序列芒草支持,在我们的研究中获得的序列注释。

(一)

(b)

(c)

(一)
(b)
(c)

图1

Unigene NR数据库中的注释结果。(一个)显示unigene注释。(b)显示的身份相似分布。(c)显示注释的物种分布unigenes NR数据库中。

直向同源组织的集群(齿轮)的蛋白质比较完整的基因组编码的蛋白质序列,代表主要的系统发育血统。每个齿轮由单个蛋白质或假字组至少3血统,因此对应于一个古老的守恒的域。齿轮分析的结果表明,38458 unigenes注释(图25岁以下类别2),其中主要是分为通用函数预测(14852 unigenes 38.6%);转录(9175 unigenes 23.9%);翻译、核糖体结构和生物起源(8864 unigenes 23.0%);复制、重组和修复(8162 unigenes 21.2%);信号转导机制(6998 unigenes 18.2%);和翻译后修饰、蛋白质周转,女伴函数(6437 unigenes, 16.7%)。此外,还有9442 unigenes(24.6%)分为表明unigenes确定的未知函数类别m . sinensis转录组干旱压力下非常不同的生物功能包括在运输和代谢,细胞过程和信号,信息存储和处理。

图2

功能分类数据库所有unigenes注释的齿轮。总共有38458 unigenes带注释的25岁以下函数类别包括(1)核结构;(2)细胞外结构;(3)RNA加工和修改;(4)染色质结构和动力学;(5)细胞活性;(6)核苷酸运输和代谢;(7)防御机制;(8)细胞骨架;(9)辅酶运输和代谢; (10) energy production and conversion; (11) secondary metabolite biosynthesis, transport, and catabolism; (12) intracellular trafficking, secretion, and vesicular transport; (13) inorganic ion transport and metabolism; (14) lipid transport and metabolism; (15) amino acid transport and metabolism; (16) carbohydrate transport and metabolism; (17) cell wall/membrane/envelop biogenesis; (18) cell cycle control, cell division, and chromosome partitioning; (19) posttranslational modification, protein turnover, and chaperones; (20) signal transduction mechanisms; (21) replication, recombination, and repair; (22) translation, ribosomal structure, and biogenesis; (23) transcription; (24) function unknown; and (25) general function prediction only.

作为一个国际标准化的基因功能分类系统,基因本体论(去)提供了一个动态更新的受控词汇表和一个严格定义的概念来描述基因的性质和他们的产品在任何生物50,51]。总共有64145 (55.9%)unigenes三本体的至少一个注释:分子功能,细胞组件,和生物过程的数据库。相比之下,58%的高粱基因注释(52)是最密切相关的工厂m . sinensis,表明我们的记录程序集提供同等比例的基因产物的功能注释,注释的植物物种尽管目前缺乏一个参考基因组序列。

所有注释unigenes的分布在这三个类别如图3。在23个不同的生物过程,代谢过程(57.9%)、细胞过程(57.0%),和单个有机体过程(33.2%)是三个最丰富的类别去回应刺激和生物的规定,表明积极的地窖和代谢功能m . sinensis当暴露在干旱胁迫。经常在地窖组件类细胞(72.9%),部分细胞(72.9%)、细胞器(62.9%),和膜(28.5%)。根据分子功能组,绑定(52.5%)和催化活性(49.2%)被发现,描述的两类主要分布在协议与活跃的代谢功能检查组织。借助功能分类,大量unigenes被分配给一个各种各样的实验得到注释。我们的注释提供了基础和宝贵的资源用于基因表达谱分析,基因定位和基因隔离实验芒草物种。此外,主要去分类通过新创转录组分析确定基本的生物过程,地窖组件,和分子功能类似于以前的研究报道m . sinensis,高粱二色的,(52),Hemarthria(53),这表明我们的记录是一个全面的代表芒草转录组内Andropogoneae部落。

图3

功能分类的unigenes注释数据库。64145 unigenes注释在23种不同类别的生物过程,17细胞组件类别,和16个分子功能类别。

基因相互作用网络的细胞可以很好理解KEGG途径分析。在这项研究中,所有的分析了unigenes KEGG通路中的数据库和55557 unigenes被映射到20大类包括128个不同的KEGG通路(图4)。大部分的分配基因参与代谢过程(50235 90.4%),如氨基酸代谢、碳水化合物代谢、核酸代谢、能量代谢、脂质代谢,多糖的生物合成和代谢,这表明大量的基因引起的干旱胁迫下各种代谢活动。此外,很大一部分unigenes参与遗传信息处理通路(26942 48.5%),包括转录、翻译、折叠、排序和退化,复制和修复。此外,一些unigenes分为有机系统(4377 7.9%),细胞过程(4522 8.1%),和环境信息处理(3625年6.5%)。unigenes的注释提供了大量的信息基地参与抗旱过程和植物干旱的反应途径,提供一个有效的指导未来的基因表达,基因网络分析和调节代谢网络标识。

图4

KEGG通路unigenes确认从六个分类m . sinensis样本。A指代谢范畴,指的是基因信息处理类别,C是指有机体的系统类别,E D指环境信息处理类别,是指细胞过程类别。

为了进行预测的蛋白质编码区(CDs),首先对齐所有unigenes BLASTx (值< 0.00001)蛋白质数据库在NR的优先顺序,Swiss-Prot, KEGG,和齿轮。排名最高的蛋白质在爆炸结果来决定unigenes的编码区序列,和编码区序列翻译成氨基酸序列与标准密码子表。Unigenes无法对齐EST-Scan任何数据库扫描,产生核苷酸序列(5→3)的方向和氨基酸序列预测编码区。在这项研究中,84633名(73.8%)unigenes预测中cd 114747组装(图5),其中81904(96.8%)对齐到四以前讨论数据库和另外2729(3.3%)没有爆炸击中被EST-Scan预测。

(一)

(b)

(一)
(b)

图5

的长度分布预测cd。(一)的长度分布所有unigenes爆炸cd。(b)由EST-Scan cd扫描的长度分布。

2.3。差异表达基因分析

总数5324调节和3276个差异表达基因表达下调(度)发现通过转录组比较有实力的(M0)与干旱胁迫M20102208 5天(M1)的基因型”。“度的数字中发现M0和M2 3467调节和4175下调;829年M0和M3,调节和4683年下调;4370年M0和M4,调节和3792年下调;和M0和M5 7536调节和5297个表达下调(图6(一))。结果表明,调节度的数量随干旱胁迫处理时间的延长,当干旱胁迫处理持续15天,调节度就有829。然而,调节度的数量增加时,植物被暴露在干旱发辫20天,30天。

(一)

(b)

(一)
(b)

图6

度的数量在不同干旱胁迫下时间点。(一)度确定的比较有实力的(M0)和不同干旱胁迫处理(M1, M2, M3, M4、M5)。(b)度比较确定的连续两个治疗方法。

获得度的动态变化资料m . sinensis在干旱胁迫下,另一组进行了比较(图6 (b))。结果表明,干旱胁迫处理从0天(M0) 5天(M1), 5天(M1) 10天(M2), (M3)和15天到20天(M4)是最大的三个关键步骤的变化度的数量,而从(M2) 10天到15天(M3)和20天(M4) 30天(M5)相对稳定阶段,度的数量没有明显的变化。特别是从20到30天,总共2411度表明被发现m . sinensis暴露在干旱胁迫30天几乎没有分子调控或增长反应和植物叶片表现出明显的衰老表型。

表达变化从RNA-seq观察提供了一个良好的记录档案中样本的变化表示[49]。理解时态表达的变化调节基因在干旱胁迫下会给洞察与干旱胁迫适应相关的基因m . sinensis。相似度的比较后确定从干旱胁迫处理的不同阶段,从M0和M1度高度不同其他的比较(约25%)相似,而从M0和M3度65.0%匹配M0和M2,和从M0和M4有76.9%的相似度从M0和M5(图7)。结果与以前的结果高度一致的动态变化比较植物暴露在30天的干旱胁迫处理分为三个主要时期,也就是说,0-day 5天轻微的压力,5天到15天介质压力,15天到30天沉重的压力。

(一)

(b)

(一)
(b)

图7

不同时间点之间的相似度的比较干旱胁迫下。(一)度确定从M0和M1, M0和M2, M0和M3。(b)度确定从M0和M1, M0和M4, M0和M5。

在每个定义阶段,预计将有一个特定的函数的差异表达基因。更重要的是,有大量的基因表现出调制模拟干旱胁迫下表达。有趣的是,函数之间的调节度介质应力分析,我们发现15天干旱胁迫处理后,显著高表达基因的细胞色素c氧化酶主要是功能,而stag-green相关基因SORBIDRAFT [54),一般10天的治疗后高度表达。这表明耐旱基因可能参与更多的监管机制和可能负责模拟干旱胁迫下植物表型。此外,各种功能相关的增长和发展包括假定的泛素羧基末端水解酶总科,假定的AP2 / EREBP转录因子超家族,甲基转移酶ZRP4, germin-like蛋白质亚科,脂氧合酶和ATP合酶高表达在最初的轻微的压力和沉重的压力。这些结果表明,干旱胁迫15天可能是一个关键时期m . sinensis抗旱分子机制规定,当相对土壤含水量达到51.61%,15天,植物叶片的叶绿素开始降低反应压力。

此外,植物内源ABA水平是至关重要的对各种ABA-dependent应激反应,特别是干旱和盐压力。最近,与ABA的生物合成和分解代谢的分子基础,越来越担心ABA生物合成和降解酶基因的配置文件对干旱胁迫响应的识别至关重要的监管网络。参与类胡萝卜素生物合成途径,9 -独联体-epoxycarotenoid加双氧酶(nc)是ABA的生物合成的关键酶,最初发现于玉米胎生14干旱stress-inducible基因突变体中起着至关重要的作用[55]。另一方面,脱落酸8羟化酶(CYP707A)是一种重要的酶基因ABA的分解代谢氧化途径在干旱胁迫反应,属于一类细胞色素P450单氧酶(24]。在这项研究中,我们关注的动态表达谱上述两个度组确定的干旱胁迫响应机制m . sinensis(表2)。结果表明,在干旱胁迫下数控基因表达下调的微分表达式m . sinensis和表达的最高15天。干旱胁迫诱导的数控成绩单正在迅速促进ABA积累和提高耐旱的植物23]。然而,在所有的时间,我们没有发现数控调节微分表达式,表明为期5天的干旱胁迫处理在这项研究中发现数控基因可能会迟到,因为短链脱氢酶/还原酶(ABA2)检测调节5天。CYP707A,度调节和表达下调5天以下时期代表,当植物接受压力信号分子、ABA的分解代谢过程减慢ABA积累迫使耐旱,这可能是一个重要的机制m . sinensis耐旱(图8)。各种作物可以调节干旱胁迫响应以不同的方式,尽管我们表明m . sinensis增强了抗旱下调ABA通过微分表达式模式分解代谢途径;功能需要进一步的研究验证在敲除突变体或转基因植物。

图8

关键酶基因的表达水平差参与干旱胁迫下ABA合成和分解代谢的途径。Unigene18465和Unigene2508功能描述为9 -独联体-epoxycarotenoid加双氧酶1。CL9892.Contig1,CL8871.Contig2,和CL8871.Contig1functions were described as abscisic acid 8羟化酶1。

3所示。实验设计

3.1。干旱处理和样本收集

野生耐旱基因型“M20102208”是来自四川省(高速公路边,N 30°08年 ,E 103°14)。所有的植物都是通过粉末部门从一个人传播。植物被种植在塑料锅(直径20厘米,25厘米高)与土壤混合(50%与50%细砂质壤土)。m . sinensis植物被种植在生长箱30°C / 25°C, 16 h / 8 h(白天/晚上),相对湿度70%,和500年μ摩尔光子米⁻²·年代⁻¹。三个月后,所有的复制受到自然干旱胁迫处理。在治疗之前,所有的锅都是水分和土壤含水量(SWC)是由土壤水分测量设备热带病研究和培训特别规划300(美国圣芭芭拉分校CA)。自然,水压力通过停止应用30天。叶样本收集和立即冻结在液态氮从三个复制在0 - (SWC = 91.57%), 5 - (SWC = 85.55%), 10 - (SWC = 73.12%), 15 - (SWC = 51.61%), 20 - (SWC = 39.89%), 30天(SWC = 26.41%)干旱胁迫治疗RNA的提取。植物总RNA提取使用RNeasy迷你包(美国试剂盒)根据制造商的指示。RNA纯度、浓度和完整性评估使用安捷伦的RNA纳米6000箱2100生物分析仪2100系统(美国安捷伦科技)。RNA隔离和质量评估后,样品被储存在−80°C到cDNA图书馆建设和转录组分析完成。

3.2。图书馆建设和测序

总共5μ总RNA的g /样本被用来构建互补脱氧核糖核酸数据库。在所有六个cDNA序列库m . sinensis建立了使用内下®超™RNA图书馆准备包Illumina公司(美国新英格兰生物学实验室)。最初,总RNA治疗RNase-free DNase我(内)30分钟37°C和聚(A) mRNA从总RNA分离使用poly-T oligo-linked磁珠。净化后,保利(A)包含信使rna是使用片段支离破碎成200 - 250 bp块缓冲区(Ambion)和合成第一链cDNA使用六聚体随机引物和短片段作为模板。产品被接受的前体,两样东西互补脱氧核糖核酸合成的DNA聚合酶(2 H 16°C)。最后,NEBNext适配器使用发夹循环结构的结扎的互补和3DNA片段的末端在准备杂交腺苷酸。随后,cDNA片段被纯化和图书馆的质量评估使用安捷伦生物分析仪2100系统。index-coded样本聚集在芝加哥期货交易所系统使用TruSeq PE集群装备v3-cBot-HS (Illumina公司)。生成集群后,Illumina公司测序(2000年Illumina公司HiSeq paired-end技术平台)RNA-seq六库进行的分析。

3.3。RNA序列分析和Drought-Induced转录组变化

生读(加入数字SRP095822 NCBI数据库SRA)从六个图书馆从sequencing-received图像数据。原始读取被过滤删除那些只有适配器,低质量的读取,未知或读取长度小于20基点。序列重复的计算后,Q20, GC清洁读取的内容,RNA-seq的新创装配进行了使用三一(http://trinityrnaseq.github.io),它是专门针对高通量转录RNA-Seq数据没有参考基因组的组装(35]。unigenes是由三一生成模块和序列拼接的过程和冗余消除了。unigenes注释是对以下蛋白质数据库:NR (nonredundant NCBI蛋白质序列),KOG /齿轮同源蛋白质组(集群),Swiss-Prot(手工注释和综述了蛋白质序列数据库),和KEGG数据库使用直接同源BLASTx搜索(值< 1e−5)。蛋白质功能注释的信息可以预测这些数据库中最相似的蛋白质。如果数据库的结果相互矛盾,NR的优先顺序,Swiss-Prot, KEGG,齿轮之后在决定序列unigenes方向。KEGG通路的分子相互作用数据库记录网络细胞和变异的特定于特定的生物。去进行功能注释与NR注释提供了一个动态更新的受控词汇表和一个严格定义的概念,全面描述基因使用BLAST2GO程序的属性。

3.4。差异表达基因和途径分析

基因表达水平被唯一地映射读取次数计算每千碱基外显子片段每百万可映射读取(FPKM)使用袖扣(http://cufflinks.cbcb.umd.edu/)。与多个基因替代成绩单,最长的记录被选中来计算FPKM。每个基因的表达水平计算,微分表达式进行了分析。错误发现率(罗斯福)作为一种统计方法被用来确定的门槛多重假设检验,价值分析,罗斯福的阈值≤0.001和的绝对值log2比率≥1被用来判断基因表达差异的重要性。工具edgeR23用于识别显著了,读计数的值基因表达下调基因。差异表达基因(度)被用于去KEGG富集分析。首先,所有的度在去抨击数据库(http://www.geneontology.org/)和基因数据计算每项一步一步发现者0.86版(http://search.cpan.org/dist/GO-TermFinder/)。去条款定义为明显丰富度方面,如果纠正值≤0.05。通路富集分析确定显著富集代谢途径和信号转导途径在度相比,整个基因组背景。无论是去和KEGG通路值≤0.05度大大丰富。

4所示。结论

RNA高通量测序技术被证明是一个强大的工具,基因的发现、基因表达、生理生化代谢实现非生物胁迫。通过使用Illumina公司HiSeq 2000平台序列m . sinensis在干旱胁迫下,大约3.16亿个高质量的减少读取生成从3.49亿年生读和114747 unigenes新创装配后得到削减。此外,95897例(83.57%)unigenes带注释的至少一个数据库包括NR, Swiss-Prot, KEGG,齿轮,走,和NT,和大多数的注释(59.5%)对齐到高粱数据库,与先前的研究一致的高实用的高粱属作为参考基因组序列芒草支持,在我们的研究中获得的序列注释。不同压力下差异表达基因分析表明干旱胁迫时间15天(土壤含水量达到51.61%)可能是一个关键时期m . sinensis对干旱胁迫的反应。m . sinensis扮演着一个重要的角色在提高遗传基础,属非生物压力,耐性和气候适应作为一个非食品生物能源作物。因此,转录组测序m . sinensis这里报道为基因识别提供了有用的信息,极大地丰富了基因组可用资源。度的比较在不同时期的干旱胁迫使我们能够识别大量的候选基因参与抗旱管理网络,这将促进进一步的发展进一步的遗传和分子机制所需的特征m . sinensis育种计划。

的利益冲突

作者宣称没有利益冲突。

作者的贡献

鑫泉张、黄Linkai和肖马构思项目和设计实验。张帮聂,原来,陆唐进行实验。聂,中杰霁,Linkai黄写的论文。所有作者讨论的结果和评论手稿。

确认

这项工作是支持的专项基金(没有的现代农用工业技术研究系统。CARS-34)和基本草原资源调查研究在中国(2017 fy100602)。

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