维生素D受体基因多态性影响近年来在巴基斯坦的易感性

文摘

背景。维生素D受体(论述)基因调节胰岛素分泌胰腺和充当中介的免疫反应通过维生素d多态性论述导致维生素D的功能改变,导致1型糖尿病(近年来)的倾向。本研究的目的是确定论述基因多态性与近年来在巴基斯坦人。方法。该协会是评估通过选择rs2228570 (FokΙ),rs7975232 (美国心理学协会Ι)和rs731236 (TaqΙ)多态网站102年病人和100个对照组。基因型是由DNA测序和PCR-RFLP。结果。的等位基因和基因型频率FokΙ和美国心理学协会我是内转(显著相关 )发展。在霍英东Ι网站,色氨酸是精氨酸取代由于多态性。小说SNP(资源库acc KT280406)被确定通过测序的基因内区,下游的62个基点美国心理学协会我多态的网站,与近年来发展显著相关。的TaqΙ没有描述任何与近年来在等位基因或基因型的水平( )。CCGC, CCGG、公司和CCTG单体型与疾病发展显著相关( )。然而,CTGG单体型是保护向内转( )。结论。论述多态性被确认为敏感地区近年来在巴基斯坦人口发展。

1。介绍

近年来与几个保护和是一种多基因疾病易感等位基因相互作用[1]。遗传学在近年来发病中扮演着重要角色2,3),显示了一个重要的集群在一个家庭;在兄弟姐妹中,平均风险患病率是6%,与一般人群相比,风险(0.6%4]。

维生素D显示重要的免疫调节特性,有助于预防糖尿病发展近年来动物模型(5]。它激活人类巨噬细胞、抗原呈递细胞成熟和抑制树突状细胞分化以及影响细胞因子的生产与大多数免疫细胞互动(6,7]。减少了维生素D类MHC分子和Fas表达(跨膜细胞表面受体中介)导致胰腺癌的抑制β细胞凋亡(8,9]。此外,它表达A20蛋白表达增加,针对胰腺癌的凋亡作用β肽,增加胰岛素的分泌(9]。

据报道,维生素D代谢活跃和激活核维生素D受体(论述)对其基因组的效果。的论述属于配体依赖性转录因子超家族位于12 q12-q14染色体编码的论述人类基因(10]。它由两个启动子区域,六个翻译外显子拼接或者(外显子1 a-1f),和八个蛋白质编码外显子(外显子2 - 9)11]。基本上,论述包含四个基因多态性的网站是与限制性片段长度多态性(rflp)Taq我在第9外显子,ApaΙ在基因内区8和标准,霍英东我在第2外显子,单核苷酸多态性在3翻译区(12]。在我们之前的研究中,两个单核苷酸多态性:rs1544410论述和rs2476601PTPN22筛选和发现近年来在巴基斯坦人口显著相关(13]。维生素D的基因组行动是由其绑定论述,从而导致基因的转录调控。这种转录调控发生一个非常复杂的机制(14]。

巴基斯坦人口异构和由于cast-specific婚姻变得更加复杂。这种现象产生狭窄的基因池和转移基因突变经常到下一代。因此,当前的研究旨在评估协会的多态性论述与近年来基因。

2。方法

2.1。主题

这项研究是道德经董事会批准提前研究,G.C.大学,拉合尔,巴基斯坦。这个病例对照研究进行内转至患者招募Shalamar医院糖尿病中心的拉合尔(公共部门医院)。书面同意从患者获得/监护人的研究主题。所有患者参加临床已经诊断为近年来的医生根据世卫组织标准如高血糖、胰岛素需求从诊断、复发性感染,高水平的糖尿,增加尿量和干渴,原因不明的体重减轻,在严重的情况下昏迷和困倦15]。总共有102日内转病例和100控制包括在这项研究中。临床特征(性别、年龄、诊断、年龄和阳性家族史以及身体活动包括运动和户外游戏)在采访记录的患者参与了这项研究提出了在桌子上1。所有控制受试者的健康和有一个消极的近年来的家族病史。

2.2。DNA隔离和SNP的选择

血液样本(3毫升)从EDTA-coated管,每个主题收集和DNA被修改后的有机萃取法提取(16]。提取的DNA是储存在−20°C(海尔)进行进一步的遗传分析。DNA进行了量化nanodrop(热2000)。三个多态的网站霍英东我,美国心理学协会我和Taq我是选择利用人类基因组单体型图数据库(http://hapmap.ncbi.nlm.nih.gov/ 4.0)和SNP浏览器软件(应用生物系统公司)。

2.3。聚合酶链反应

放大了DNA聚合酶链反应(PCR)在25μl反应混合物通过使用已经报道的引物(Israni et al ., (17])。使用引物如下:霍英东我(rs2228570)正向引物(F): 5-AGCTGGCCCTGGCACTGACTCTGGCTCT-3和反向引物(R): 3-ATGGAAACACCTTGCTTCTTCTCCCTC-5 ,为Taq我(rs731236),美国心理学协会我(rs7975232), KT280406 F: 5-CAGAGCATGGACAGGGAGCAA-3R: 3-GCAACTCCTCATGGCTGAGGTCTC-5 。PCR进行30周期,由最初的变性5分钟在94°C,变性在94°C 45 s,退火在68°C (霍英东我)和65°C (Taq我和美国心理学协会45 s I), 30年代在72°C扩展之后,最终在72°C扩展了10分钟。

2.4。论述基因分型

论述多用于霍英东我,美国心理学协会我和Taq我是由DNA测序和限制片段长度多态性(RFLP),而对于KT280406,所有样本测序引物。反应混合物的测序,10μl准备包含3μl纯化PCR产品,1μl的底漆,1μl大染料混合物,1μl 5 x反应缓冲区,和4μl DEPC水。产品被放大后PCR条件:初始变性在95°C 2分钟之后,重复35周期95°C的变性30年代,退火在50°C 15 s,和扩展为4分钟60°C,在结束最后扩展60°C 5分钟。通过使用异丙醇,放大PCR产品沉淀。产品颗粒溶解在12μl甲酰胺和孵化5分钟在95°C和迅速冷却。样本加载ABI棱镜遗传分析仪3130 XL感兴趣的序列片段。样品被测序可视化软件3.7 v和生物编辑软件,和确定突变(补充数据可以在网上https://doi.org/10.1155/2017/4171254, ,和)和经NCBI BLAST(补充图)。

根据制造商的指示,PCR-RFLP PCR产品使用限制性内切酶消化;BseGI (霍英东我)(Fermentas、德国),美国心理学协会我和Taq我(Vivantis)。简单地说,10μl的PCR产品是混合2μl探戈的缓冲区,1μ限制性内切酶的l, 12μl DEPC水。管是在55孵化°C 5 h (霍英东我),55°C 3 h (Taq我),在37°C 16 h (美国心理学协会我);其次是限制性内切酶的热失活在80°C (霍英东我),80°C (Taq我),65°C (美国心理学协会我为20分钟)。消化样品在凝胶上运行在2%琼脂糖凝胶和可视化文档系统(BioDoc-It成像系统,图1)。

2.5。统计分析

所有数据的控制通过了哈迪温伯格平衡( )。卡方检验是用来确定等位基因和基因型频率。连锁不平衡计算和单体型与近年来研究他们的协会SHEsis (http://analysis.bio-x.cn/SHEsisMain.htm)。氨基酸序列的变化是由调整序列在大型6软件。

3所示。结果

的等位基因和基因型频率论述基因在霍英东我,美国心理学协会我和Taq我多态网站在102年评估内转至病人和100个对照组,表中给出2。在病人和控制,霍英东我,美国心理学协会我,Taq我和KT280406验证( 哈迪温伯格平衡(HWE))。

在遗传分析中,“C”被确认为一个风险等位基因( )霍英东我(rs2228570),而风险CC基因型( )使人口近年来发展的风险。等位基因“T”美国心理学协会我(rs7975232)被发现与近年来显著( ),但在基因层面上“TT”和“TG,“重大发现协会近年来与研究SNP ( )。观察无显著差异Taq我在病人和等位基因和基因型频率控制( )。小说SNP被确认为测序的结果如图2大约有62英国石油的下游美国心理学协会我多态网站并提交NCBI(资源库Acc KT280406数量);检测到突变G到c .这本小说SNP在4.18%的患者中确认时未找到的控制。

蛋白质对齐显示,色氨酸会变成精氨酸FokΙ等位基因的改变而没有氨基酸发生的变化Taq我的网站。

单体型分析描述单为近年来保护和敏感。四个基因多态性,单CCGC, CCGG,公司,CCTG内转(显著相关 )。然而,CTGG和CTTG更高的频率控制(0.933,0.067,resp)相比病人(0.051,0.000,resp。);所以他们预防近年来发展 ),如表所示3。修正的八只给意义CTTG单体型预防近年来发展。

连锁不平衡(LD)的遗传变异可能揭示了基因重组(D)之间的单核苷酸多态性位点。强大的LD中描述论述基因(rs2228570、rs7975232 KT280406)和89.8% ( )重组。rs7975232之间的相关性、rs2228570 KT280406透露,这些单核苷酸多态性不是彼此可以很好地预测( )(图3)。

4所示。讨论

本研究的结果显示之间的关联的存在论述- - - - - -霍英东我,论述- - - - - -美国心理学协会我多态性,近年来在巴基斯坦人口。该协会的论述在四个多态基因多态性网站(FokΙ,美国心理学协会ΙKT280406,TaqΙ)近年来在本研究研究。在最近的研究中,美国心理学协会我确实违反HWE ( )。这可能是因为巴基斯坦是一个多元文化的国家与特定的传统的几代人。在这些传统,最常见的一种传统intercaste婚姻缺乏随机交配,最终减少基因重组。这些也可能HWE侵犯的原因。

目前的研究报道FokΙ多态性显著( )增加疾病发展的机会在巴基斯坦人口。然而,的频率FokΙ“C”等位基因是高情况下在匈牙利18]。达尔马提亚和日本人口的结果是符合我们的研究的结果FokΙ限制网站与近年来显著相关(19,20.]。与当前的结果相比,结果在两个亚种群的西班牙和伊朗报道没有联系FokΙ多态性与近年来。此外,据报道,CT等位基因的频率较高的情况下比控制在伊朗人口(21,22]。

没有观察到显著的基因型的协会之间ApaΙ多态性和近年来在当前的研究中;然而( 人口),在台湾,一个重要的协会之间的报道ApaΙ多态性和近年来的发病23]。符合目前的观察,研究希腊,芬兰和挪威报道,之间不存在关联美国心理学协会Ι多态性与近年来的发展24- - - - - -26]。

目前的研究表明,C等位基因TaqΙ是经常出现在案例和控制,和之间不存在关联Taq巴基斯坦人口Ι多态性和近年来发展。与我们的研究中,据报道,T等位基因是更常见的在79.5%的健康受试者相比患病,和之间存在显著相关TaqΙ多态性和近年来27]。遗传异质性的影响TaqΙ多态性在罗马尼亚近年来个人和与近年来显著相关(20.,28]。

的影响论述基因多态性对其功能还没有完全理解,这被认为是不同的SNP基因功能的相互作用导致变更(25]。目前的研究显示,单体型频率CTGG和CTTGTaq我- - - - - -霍英东我- - - - - -美国心理学协会I-KT280406显著和防止疾病的发展。CCGG、公司和CCTG显著相关( ),参与了疾病的发展。符合目前的观察,报道20单体型在德国人口显著相关,作为保护标记而CTG总部,有条件现金转移支付不相关的单体型内转(29日]。

rs2228570之间的重要的协会,rs731236、rs7975232 rs1544410和近年来在台湾的发展,印度、匈牙利、德国、日本、克罗地亚、荷兰、智利、西班牙(18,22,23,29日- - - - - -33]。然而,在巴西,芬兰、罗马尼亚、美国和挪威,人口缺乏与rs731236内转至协会,rs2228570, rs7975232, rs1544410 [17- - - - - -28,34,35]。

5。结论

我们的病例对照研究证明论述多态性的霍英东我,美国心理学协会我和KT280406地区容易在巴基斯坦人口近年来发展。应该进行进一步的研究来确定基因在糖尿病发病的作用,以便易感社区可以有针对性。

的利益冲突

作者宣称没有利益冲突。

确认

作者感谢高等教育委员会(HEC),巴基斯坦这个研究的资助。作者感谢世贸组织实验室(uva)和拉合尔Shalimar医院员工和管理层的合作进行这项研究。

补充材料

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