研究文章
从高通量表观基因组学数据预测模型的基因调控
表2
编码数据集和细胞株用于分析:ChIP-Seq数据RNA聚合酶II (RNAPII) CTCF和各种组蛋白标记,数据DNase我过敏的网站(DNase-Seq),甲基化数据从减少表示酸性亚硫酸盐测序(methyl-RRBS)和测序的聚(+完整的细胞RNA (RNA-Seq)。HMEC和HSMM细胞RNAPII ChIP-Seq数据是我们分析时不可用。数据集生成广泛研究所(广泛),冷泉港实验室(3),华盛顿大学(UW)、德克萨斯大学奥斯汀分校(UT-A)和哈森阿尔法(HA)。
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| 因素/马克 |
对1 |
对2 |
| 细胞系 |
细胞系 |
| K562 |
GM12878 |
软件还 |
HMEC |
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| CTCF |
广泛的 |
广泛的 |
广泛的 |
广泛的 |
| H3K27ac |
广泛的 |
广泛的 |
广泛的 |
广泛的 |
| H3K27me3 |
广泛的 |
广泛的 |
广泛的 |
广泛的 |
| H3K36me3 |
广泛的 |
广泛的 |
广泛的 |
广泛的 |
| H3K4me1 |
广泛的 |
广泛的 |
广泛的 |
广泛的 |
| H3K4me2 |
广泛的 |
广泛的 |
广泛的 |
广泛的 |
| H3K4me3 |
广泛的 |
广泛的 |
广泛的 |
广泛的 |
| H3K9ac |
广泛的 |
广泛的 |
广泛的 |
广泛的 |
| H4K20me1 |
广泛的 |
广泛的 |
广泛的 |
广泛的 |
| RNAPII |
UT-A |
UT-A |
- - - - - - |
- - - - - - |
| DNase-Seq |
威斯康辛大学 |
威斯康辛大学 |
威斯康辛大学 |
威斯康辛大学 |
| Methyl-RRBS |
哈 |
哈 |
哈 |
哈 |
| RNA-Seq |
3 |
3 |
3 |
3 |
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