研究文章

从高通量表观基因组学数据预测模型的基因调控

表2

编码数据集和细胞株用于分析:ChIP-Seq数据RNA聚合酶II (RNAPII) CTCF和各种组蛋白标记,数据DNase我过敏的网站(DNase-Seq),甲基化数据从减少表示酸性亚硫酸盐测序(methyl-RRBS)和测序的聚(+完整的细胞RNA (RNA-Seq)。HMEC和HSMM细胞RNAPII ChIP-Seq数据是我们分析时不可用。数据集生成广泛研究所(广泛),冷泉港实验室(3),华盛顿大学(UW)、德克萨斯大学奥斯汀分校(UT-A)和哈森阿尔法(HA)。

因素/马克 对1 对2
细胞系 细胞系
K562 GM12878 软件还 HMEC

CTCF 广泛的 广泛的 广泛的 广泛的
H3K27ac 广泛的 广泛的 广泛的 广泛的
H3K27me3 广泛的 广泛的 广泛的 广泛的
H3K36me3 广泛的 广泛的 广泛的 广泛的
H3K4me1 广泛的 广泛的 广泛的 广泛的
H3K4me2 广泛的 广泛的 广泛的 广泛的
H3K4me3 广泛的 广泛的 广泛的 广泛的
H3K9ac 广泛的 广泛的 广泛的 广泛的
H4K20me1 广泛的 广泛的 广泛的 广泛的
RNAPII UT-A UT-A - - - - - - - - - - - -
DNase-Seq 威斯康辛大学 威斯康辛大学 威斯康辛大学 威斯康辛大学
Methyl-RRBS
RNA-Seq 3 3 3 3