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国际基因组学杂志
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国际基因组学杂志/2011年/文章

研究文章|开放获取

体积 2011年 |文章的ID 286089年 | https://doi.org/10.1155/2011/286089

Arti沙玛,Rajinder辛格Chauhan, ”曲目蓖麻子SSRs的基因组及其利用率在遗传多样性分析麻风树”,国际基因组学杂志, 卷。2011年, 文章的ID286089年, 9 页面, 2011年。 https://doi.org/10.1155/2011/286089

曲目蓖麻子SSRs的基因组及其利用率在遗传多样性分析麻风树

Arti沙玛1和 辛格Rajinder Chauhan1

1生物技术与生物信息学、Jaypee信息技术大学Waknaghat,汇票Dumehar巴尼,Kandaghat,塘鹅173 215,印度

学术编辑器:尼尔·霍尔
收到了 09年2010年8月
修改后的 2011年2月16日
接受 2011年3月09
发表 2011年5月22日

文摘

蓖麻子和麻疯树含籽油工业的重要性,分享分类和生化相似,可以探索识别SSRs的整个基因组序列的蓖麻和利用麻风树。全基因组分析蓖麻确定80986 SSRs的频率1每680个基点。基因组SSRs的分布显示,27%存在non-genic地区73%也出现在假定的基因区域的26% 5′utr,内含子的25%,16%在3′utr和外显子的6%。二核苷酸重复更频繁的在内含子5′utr和3′utr而三核苷酸重复主要的外显子。随机选择302 SSRs的可转让性,从蓖麻子到49j . curcas基因型和8麻疯树以外的物种j . curcas显示,211 (~70%)放大麻疯树其中7.58%显示多态性j . curcas基因型和12.32%麻疯树物种。更高的利率从蓖麻子SSR标记的可转让性麻疯树再加上一个好的级别的图片(多态信息内容)值(0.2j . curcas基因型和0.6麻疯树物种)认为SSRs将有用的种质资源分析,联系映射,多样性和系统发育关系的研究,等等,j . curcas以及其他麻疯树物种。

1。介绍

生物燃料是可再生燃料可以作为替代或除了fossil-derived燃料与众多环境效益。后期,各种石油种子植物适合广泛的农业气候条件一直探索未来燃料来源由于担心化石燃料可能会筋疲力尽,除了他们的环境问题。麻风树是一个有前途的生物能源作物种子含油量在35%以上的石油化工特色适合用于现代内燃机。植物原产于热带美洲的杂合的基因(1- - - - - -4]。属的分类学研究麻疯树显示,j . curcas是一种原始祖先物种由于其形态不同和其他麻疯树物种进化而来j . curcas与生长习性的变化(5]。j . curcas十字架很容易与其他麻疯树物种形成自然杂交复合体(j . curcas-gossypifolia)。

在农作物遗传基础狭窄的一个主要限制在他们的遗传改良的性状(6,7]。先前的研究基于RAPD、SSR和妊娠分析表明,遗传的基础j . curcas是狭窄的8- - - - - -11]。岜沙等。(11)展示了多态性的rapd和ISSRs 61.8和35.5%,分别。他们发现了12个微卫星引物区分有毒和无毒的墨西哥登记入册。Sudheer Pamidimarri等。(12)确定了RAPD、妊娠和SSR标记区分有毒和无毒的品种之一j . curcas。的j . curcas缺乏基本的基因组资源,比如遗传图谱、分子标记,和基因组库,从而迫使其他分子标记的发展,加速遗传改良计划的过程。最近的测序j . curcas基因组将使进一步的进展其基因组学(13]。

SSRs出现1植物基因组中每6 kb [14]。SSRs的功能作用随其位置在基因组14,15]。SSRs的变化在5′utr和3′utr已知影响基因表达(16]。例如,SSRs的5′utr影响基因调控和/或基因转录和SSRs 3′utr可能导致转录滑移(14,15]。大量的SSRs已发现和记录在基因组的转录区域(17,18)基因分型结果与他们的用法作为遗传标记,映射和定位克隆的基因在不同的植物物种19- - - - - -22]。

保护基因的结构和功能位点的记录和利用发展的锚标记如草基因组(23],十字花科[24),和茄属的植物25]。公共基因组序列数据库的可用性提供了一个更容易选择锚标记的识别,包括SSRs使用生物信息学,从而减少成本和时间跨度的发展(26- - - - - -28]。温等。(29日]确定241 EST-SSRs和基因组SSR标记在木薯和演示了他们的转移和多态性j . curcas登记入册。

蓖麻子(萝藦与50 - 55%)是一种多年生灌木籽油,主要种植在热带和亚热带地区的印度、中国和巴西。它是分类学的和相关的生化反应j . curcas因为属于大戟科。高水平的同线性,因此,植物物种之间的预期,这可以被利用来开发锚标记。基因组序列的蓖麻子调查SSRs和利用j . curcas和其他麻疯树物种(30.]。多态性的程度,在SSRs公认的基因(5′和3′utr,外显子,内含子)和nongenic基因组区域和SSRs的不同类型和重复主题的数字,是调查。

2。材料和方法

2.1。SSRs蓖麻子基因组的注释

蓖麻子基因组序列(~ 400 Mb),包括25828年的重叠群(4 x覆盖),从j . craig venter研究所网站下载(http://castorbean.tigr.org/)、SSRs被确定使用内部设计的Perl脚本。Perl脚本使用正则表达式来查找SSR FASTA-formatted序列文件和报告的模式序列重叠群ID、SSR主题,重复,每个SSR序列坐标。的最小重复单元定义为六个二核苷酸和五个其他高阶主题,包括三、四、五,和hexanucleotides。FASTA-formatted序列文件被允许搜索所有可能的组合的二核苷酸三核苷酸,tetranucleotide, pentanucleotide重复。蓖麻子基因组序列重叠群窝藏SSRs注释了假定的开放阅读框架,包括5′utr和3′utr, FGenesH使用基因预测算法(http://linux1.softberry.com/berry.phtml?topic=fgenesh&group=programs&subgroup=gfind),因为它被认为是最精确的基因预测工具(31日,32]。SSR主题确定了外显子、内含子3′utr, 5′utr,蓖麻non-genic地区和从侧翼序列每个SSR引物设计重复图案用引物3.0 (http://frodo.wi.mit.edu/primer3/)。目标扩增子大小被设置为300 - 400个基点的最佳退火温度60°C和最佳引物长度20基点。从总SSRs蓖麻子基因组中确定的引物对设计随机选择302 SSRs的重复主题> 10等不同的基因组区域70年从5′utr,从外显子70年,42岁的3′utr, 57个内含子,63年从non-genic地区。

2.2。植物DNA提取、PCR

的j . curcas得到了基因型植物遗传资源的国家统计局(NBPGR),印度新德里(见表S1在补充材料可用线doi: 101155/2011/286089)麻疯树以外的物种,j . curcas从k.T博士。Parthiban森林大学和研究所Mettupalayam、印度泰米尔纳德邦农业大学。一组代表的49个基因型j . curcas和9种麻疯树印度从不同的地理区域,用于多样性分析。总基因组DNA分离展开叶子根据修改CTAB-based过程(33]。DNA的质量检查在1%琼脂糖凝胶。在25日进行PCR反应μL反应体积thermocycler概要文件之后,57-55°C(189标记),52-54°C(112标记),和51°C(1)标志。每个由30 ng基因组DNA, PCR反应不同数量的引物对(0.3 - -0.4μ米),1.5毫米毫克2 +,200年μM核苷酸和0.5单位TaqDNA聚合酶。放大项目包括94°C 5分钟,30周期为45秒94°C,退火温度(57-51°C) 45秒,2分钟72°C,最后7分钟72°C的延伸。十μL的PCR产品是混合2μL 10 x凝胶装入染料(0.2%溴酚蓝,0.2%二甲苯苯胺染料,和30%甘油TA缓冲)和4%的琼脂糖凝胶电泳准备在0.5 x三羟甲基氨基甲烷Borate-EDTA液(此种)缓冲区(0.05米三,0.05硼酸,1毫米,EDTA pH值8.0)。这种凝胶是运行在恒定电压80伏特的1.5到2 h,与溴化乙锭染色,分析使用凝胶文档系统AlphaImager EP(αInnotech Corp .)、美国)。

2.3。统计分析

PowerMarker 3.25版(34]和Gen-AlEx version 6.1 [35在每个轨迹)被用来衡量可变性:观察到的杂合性(HO),预期的杂合性(他),多态信息含量(PIC),偏离哈迪温伯格平衡(HW)。偏离哈迪温伯格连锁不平衡(HW)和测试评估使用确切概率测试和顺序Bonferroni调整。多态信息含量(PIC)每个微卫星位点的确定如堰所述36]: P 我 C = 1 − Σ 2 ,在那里 的频率是 等位基因的基因型检测。成对相似性矩阵生成Jaccard的相似性系数(37)通过使用SIMQUAL NTSYS-pc的格式(38]。扩增子在基因型的存在与否是得分为1或0,分别。系统树图是由使用未加权的两组与算术平均法(UPGMA) SAHN NTSYS-pc显示模块的表现型分类法的表示基因的关系揭示了相似系数(39]。

3所示。结果

计算分析25828重叠群(4 x报道)蓖麻基因组5,80986 SSRs的频率1每680个基点。SSRs的位置在公认的基因(外显子、内含子utr)和non-genic地区推断蓖麻子基因组的注释25828叠连群FGenesH基因预测算法。总共有31221个基因预测在25828年叠连群蓖麻子。

3.1。发生和分布蓖麻子SSRs的基因组

在不同地区丰富的SSRs蓖麻子基因组显示,73%是位于non-genic公认的基因区域和27%的地区。比较公认的基因区域的SSR密度显示SSRs更频繁的5′utr(26%)和内含子(25%),其次是3′utr(16%)和外显子(6%)。蓖麻子SSRs的基因组的分析显示,51% SSRs二核苷酸重复,29%三核苷酸,tetranucleotide 12%, 8% pentanucleotide重复。二核苷酸重复non-genic更频繁的地区(基因组),内含子,5′utr和3′utr,而三核苷酸重复更常见的外显子。tetra和pentanucleotide重复随机分布。二核苷酸重复、SSRs(在)n重复主题(43%)是很常见的重复图案从7至48。重复图案不同的频率在不同的基因组区域例如(在)n和(AG)n主要在5′utr(助教)n和(AATA)n(3′utr)n和(TC)n在内含子,(在)n(助教)n在non-genic区域。分析三核苷酸重复频率的总SSRs表示他们的优势在TCT的顺序/棉酚/公司治理文化/ TTC。三核苷酸重复运行的特定氨基酸。最常见的氨基酸运行发现蓖麻SSRs的丝氨酸(TCT)n(16.5%)、谷氨酸(棉酚)n(13.6%)、精氨酸(公司治理文化)n(12.3%)和苯丙氨酸(TTC)n(9.7%)。

3.2。SSRs的可转移性麻疯树及其多态性分析

SSRs的可转让性,从蓖麻子(交叉属放大)麻疯树(j . curcas基因型和其他麻疯树物种)302随机选择SSRs(87从外显子,78年从nongenic地区,71年从内含子和66年从5′和3′utr)显示,273放大蓖麻子的211年43基因型的放大j . curcas。的放大失败j . curcas基因型、Urli-Kanchan KcJK5 Hissar当地,SKN-Big, Hansraj, 2.6%, 2.6%, 4.8%, 6.23%, 7.1%,和7.6%,分别相比,43基因型。六个麻疯树物种产生和211对引物扩增子,除了j . mahotwani,j . multifida和j . glandulifera失败的百分比是4.74%,6.23%,和8.2%,分别。百分之十的SSRs未能放大蓖麻子DNA,这是归因于底漆不匹配。211 SSRs的放大麻疯树,有36.01%的人从外显子,内含子的21.8%,16.6%来自utr, 25.6%来自non-genic地区。16 SSRs的5′utr(5),非基因的区域(5),内含子(3)和外显子多态性(3)显示j . curcas基因型(表1)。每个SSR位点等位基因的数量范围从2到6共有43个等位基因的大小从200个基点,至600基点j . curcas基因型(图S1)。20六SSRs从5′和3′utr(12),内含子(7),4 (4)nongenic区域,3外显子(3)多态在9麻疯树物种(j . maheshwarii,j . multifida,j . gossypifolia,j . podagrica,j . glandulifera,j . curcas j . tanjorensis j .摘要和j . integerrima)(表2)。每个SSR位点的等位基因数的范围从2到7麻疯树物种(图S2)。五个SSRs (JM8、JM10、JM11 JM15,和JM16)显示多态性j . curcas基因型以及麻疯树物种。SSRs的可转移性是最高的j . curcas(~ 70%)和最低的j . glandulifera(58%)与其他物种的可转让性的63 - 68%。多态性高的水平(37.8%)在SSRs从5′utr从内含子紧随其后的是24.3%,18.9%来自non-genic地区,10.8%来自外显子,8.10% 3′utr。SSRs的二核苷酸重复图案表现出更高水平的比三核苷酸重复序列多态性。从37 SSRs,多态j . curcas和其他麻疯树物种,35(94.5%)二核苷酸重复。四,pentanucleotide没有任何重复多态性j . curcas和其他麻疯树物种。
SSR位点 重复的主题 引物序列 重复图案的位置 不。等位基因的检测 何 他 图片
JM1 (助教)22 F: TTTGAGTGCTCCTATTTGGCTAGAA
接待员:CCAAATGACAAGTAGGCAGAACTTT		 5′UTR 3 0.1832 0.1833 0.2
JM2系列 (助教)20. F: GAAATGAGAAGCCTTTACCCTCATT
接待员:AGAGGGAGAAGGGAGAAAGCAGT		 5′UTR 2 0.5114 0.5115 0.4
JM3系列 (在)20. F: TCATCGAATGGTAGAGAACTAATGG
接待员:TTAATTCGGATTCTGAGTCTTGAGG		 5′UTR 2 0.2832 0.2832 0.3
JM4 (在)29日 F: ATTTGATACAGGAGCAGACCTCAAC
接待员:GTGGTGGTTATGGTGGTAAATTTGT		 5′UTR 2 0.1166 0.1166 0.1
JM5 (TTA)22 F: GCAGAAACTCGGTAGAACTGTGAGT
接待员:GGCATAATCTACTGTTATCTCATCCC		 5′UTR 3 0.2998 0.2999 0.2
JM6 (在)24 F: CCAATCGGAGAGTGAAATAGAACAT
接待员:TCTCGAGTTTAAATCTTGGGTATGC		 基因内区 6 0.2149 0.2149 0.2
JM7 (助教)24 F: TGAGAGTGTTACAGAGAGTGTTGCTT
接待员:TGTTACTGCTGAAACATGGAATGAC		 基因内区 4 0.1499 0.1499 0.1
JM8 (TC)23 F: GAATTTAGAAGCCACATTTGAGACG
接待员:CCTATGTAACCCAAGAAAGACGATG		 基因内区 3 0.1499 0.1499 0.1
JM9 (TC)15 F: GTTAGAGAAGGCCAAATTGAAACTG
接待员:ACTTCATTACGTCGAGAGATATCGG		 外显子 2 0.1832 0.1833 0.2
JM10 (棉酚)15 F: TGGAAGACGAATACTATGACGATGA
接待员:CAGGTGCTACTTCTTCTTCTTCAGG		 外显子 2 0.1149 0.115 0.1
JM11 (猫)12 F: GCATGCAAACCCTGAATTATGTACT
接待员:GCTGCTGACTCTGTTTCTCCTTCTA		 外显子 2 0.2149 0.2149 0.2
JM12 (助教)33 F: TTGGCTCATAATAACTCCTCAAAGC
接待员:GCGAGTGCTGTCTAAAGCCTAATTT		 非基因 2 0.1149 0.115 0.1
JM13 (在)25 F: GTCAGTACCTACAAGCTGCCTTCAT
接待员:GCCTTTGGATGAACCTATTCACATA		 非基因 5 0.1832 0.1833 0.2
JM14 (在)34 F: GTTTGGCGATGAGCTAATTGAGATT
接待员:GGCTCGAACCTTTCTGATCTAATGT		 非基因 2 0.2732 0.2732 0.2
JM15 (助教)42 F: TGTAGATAGCCTTAGCTGTGCATTG
接待员:GTACTCTCGAGGGAGTTGATTGTGT		 非基因 2 0.5397 0.5398 0.5
JM16 (助教)38 F: TTGGCTCATAATAACTCCTCAAAGC
接待员:GCGAGTGCTGTCTAAAGCCTAATTT		 非基因 2 0.4481 0.4481 0.4
JM:麻疯树微卫星;F:向前;接待员:逆转。
表1
SSRs用来检测多态性麻风树基因型。
SSR位点 重复的主题 引物序列 重复图案的位置 不。等位基因的检测 何 他 图片
JM8 (TC)23 F: GAATTTAGAAGCCACATTTGAGACG
接待员:CCTATGTAACCCAAGAAAGACGATG		 基因内区 3 0.7654 0.7654 0.7
JM10 (棉酚)15 F: TGGAAGACGAATACTATGACGATGA
接待员:CAGGTGCTACTTCTTCTTCTTCAGG		 外显子 2 0.5925 0.5926 0.5
JM11 (猫)12 F: GCATGCAAACCCTGAATTATGTACT
接待员:GCTGCTGACTCTGTTTCTCCTTCTA		 外显子 2 0.5679 0.5679 0.5
JM15 (助教)42 F: TGTAGATAGCCTTAGCTGTGCATTG
接待员:GTACTCTCGAGGGAGTTGATTGTGT		 非基因 2 0.4938 0.4938 0.4
JM16 (助教)38 F: TTGGCTCATAATAACTCCTCAAAGC
接待员:GCGAGTGCTGTCTAAAGCCTAATTT		 非基因 2 0.6913 0.6914 0.6
JM17 (助教)31日 F: CTTCTCAGCAACATCACATCAAACT
接待员:CGCTAAGTTACATAGGACAAAGGGA		 5′UTR 3 0.6172 0.6173 0.6
JM18 (在)25 F: ATTCAGGCCATCCACATAGTCTAAC
接待员:GACCCTATTGATTGATTTAAGAGCC		 5′UTR 2 0.5925 0.5926 0.5
JM19 (助教)33 F: GCCTTAGTTGTGCATTGCTCTATTT
接待员:ACTCAAACTTATGTCCCAATCGTCT		 5′UTR 2 0.7407 0.7407 0.7
JM20 (助教)23 F: AGATTTAGAAATGGTAATAGGGCGG
接待员:GACCTATCCGTGTCGTGTAGATTT		 5′UTR 7 0.6419 0.642 0.6
JM21 (在)25 F: GCAAGAAATAAGGTACAACCGAAAC
接待员:GTGAGCAATTACCAAAGGAAACAAG		 5′UTR 2 0.6913 0.6914 0.6
JM22 (在)29日 F: ATGCTATCGGAATAGATCCTTCGAG
接待员:TGGTAAACAAGAGTTGAGGGTTAGG		 5′UTR 3 0.4444 0.4444 0.3
JM23 (在)32 F: GAGATGGAAATGATTGGTGTTGAGT
接待员:CGCCTCATCCTCACATTATACACTT		 5′UTR 3 0.7654 0.7654 0.7
JM24 (在)20. F: TGATGGATTGAGAACTGAAGAGGAT
接待员:ACTCTAATTAGGCCCAGATTCCAAC		 5′UTR 4 0.6913 0.6914 0.6
JM25 (CT)20. F: CTGACATATCTTATTGGGTGTGGAA
接待员:TGTAAGAGTATCATCCATTTGCCAG		 5′UTR 2 0.6913 0.6914 0.6
JM26 (TC)18 F: GCCTTTAAGAGATTGATGGCAACTA
接待员:AAGTATTCATATGCCCTAAGCCTCC		 3′UTR 2 0.7160 0.716 0.7
JM27 (助教)24 F: TTGGAGGTTACAATCAATGGCA
接待员:GCATGTGCCCGAATTGAATA		 3′UTR 3 0.7654 0.7654 0.7
JM28 (在)27 F: CCATTTGGTGTTAATCACATGAGTC
接待员:GACAATAGTGATGTTGGATTCCACT		 3′UTR 2 0.7160 0.716 0.7
JM29 (在)25 F: CTGTTTGAGGATCAGACTTTGAAGC
接待员:AAAGAAATAATGAGGAGGGAGGTTG		 基因内区 2 0.7160 0.716 0.7
JM30 (在)25 F: GCATGGAAATTCAATTCTGTGCTAC
接待员:TTTGGTGATGAGGATTGTTGCT		 基因内区 2 0.7160 0.716 0.7
JM31 (ATA)19 F: TGCTCCCAGTAAGCATAAGAAGAAG
接待员:CTTGCTCGGTTACCATTACCATTAC		 基因内区 2 0.7160 0.716 0.7
JM32 (在)22 F: AGCAAGAAACCATACTTCGAGTGTC
接待员:GAGATGCCAACCTTTGTGATTAGTT		 基因内区 2 0.6666 0.6667 0.6
JM33 (GA)21 F: TTCAATAACAGATTTGGCTAGGCTC
接待员:GACAATTGAAAGGTGCAATCCTAGT		 基因内区 3 0.4938 0.4938 0.4
JM34 (在)24 F: CAGACCCATCTGATCATCATTGTAG
接待员:TCCTCAGGTAAATTGCTCATCTTTC		 基因内区 3 0.5679 0.5679 0.5
JM35 (CT)12 F: CAGCGTCCCTCTCTCTCTTCC
接待员:AGGAAGTTGAGGGACCAAATTGTA		 外显子 2 0.6419 0.642 0.6
JM36 (在)29日 F: GAAAGCTAGAAATCAATGAACGCAC
接待员:TCATTTAGTACATTGACCGGAGACA		 非基因 3 0.6419 0.642 0.6
JM37 (AAT)16 F: AATCACATCAGTTGTAACGGCA
接待员:ATAATCTGATGGTTCAGTCAGCTCC		 非基因 3 0.7407 0.7407 0.7
表2
SSRs用来检测多态性麻疯树物种。

所有SSRs成功转移到j . curcas和其他麻疯树物种,50%而重复单元包含15到30 20% SSRs的重复单位> 30。SSRs的大多数成功的放大和多态性包含超过15个重复单位(表3)。多态SSRs的照片值j . curcas基因型和麻疯树物种变化从0.1到0.5,平均0.2和0.3到0.7,平均为0.5,分别。SSRs的二核苷酸重复图案显示更高的等位基因数(平均2.7轨迹)紧随其后的三核苷酸(平均2.3等位基因位点)。可能理解多态性SSR标记的重复单位长度之间的关系j . curcas基因型和麻疯树物种,线形图是绘制之间重复单位长度和数量的等位基因检测(图1)。宽SSRs的等位基因的变异与16和25重复图案被认为比SSRs较低或高数量的重复图案。SSR的例外的观察是,JM15,含有最大数量的重复单位(助教)42只有两个等位基因,而SSR、JM20较低的重复图案(助教)23显示最多的等位基因(7)。
重复单位 SSRs测试(%) SSRs与放大(%)1 多态SSRs (%)2
10 - 15 11 3.00 1.89
16 - 20 13 12.26 3.31
21 - 25日 14 18.20 6.16
26 - 30日 26 20.20 3.31
31-35 22 9.00 1.89
36-40 8 3.20 0.47
> 40 6 4.00 0.47
1放大计算百分比为:SSRs放大从相应的重复单元X100 /总没有。SSRs的检测放大从相应的重复单元。
2多态性计算百分比为:从相应的重复单元X100 SSRs的多态/总没有。SSRs的放大从相应的重复单元。
表3
放大和多态性在SSRs的程度不同的重复单位j . curcas。

图1
j . curcas 麻疯树 每个位点的等位基因数为SSRs不同的重复单位基因型(黑)物种(灰色)。
3.3。遗传多样性分析中j . curcas基因型和麻疯树物种

于主要的等位基因频率范围从0.4到0.9j . curcas基因型和0.1到0.5麻疯树物种。观察到的杂合性(HO)范围从0.1到0.5 ( 米 e 一个 n = 0 。 2 )j . curcas基因型和0.4到0.7 ( 米 e 一个 n = 0 。 6 )麻疯树物种,和预期的(他)杂合性范围从0.1到0.5 ( 米 e 一个 n = 0 。 2 )j . curcas基因型和0.4到0.7 ( 米 e 一个 n = 0 。 6 )麻疯树物种。哈迪温伯格概率测试显示没有明显的偏离预期的基因型比例 ( > 。 0 0 4 ) 。没有任何证据表明基因座之间的连锁不平衡 ( > 。 0 0 1 ) 修正后为多个测试。

不同基因型之间的系统发育关系j . curcas和9种麻疯树被推断基于SSRs的分析。Jaccard的遗传系数j . curcas基因型不同的从1.08到9.02。最高的基因相异系数(9.02)16多态SSRs之间的观察j . curcas基因型,而最小值(1.08)之间的测量8个组合。生成的Jaccard的系数UPGMA聚类分析的系统树图j . curcas基因型,说明总体遗传基因型之间的关系(图2)。聚类分析显示6个不同的集群组成j . curcas基因型。的j . curcas基因型1 (Urli-Kanchan), 32 (Hissar本地)仍是离群值,形成第一和第六集群,分别。


图2
j . curcas 基于等位基因系统树图分享49基因型的遗传距离的基础上Jaccard的相似系数。

4所示。讨论

基因组资源蓖麻子已经成功地用于SSR标记的开发和利用j . curcas和其他麻疯树物种,从而建立的SSR标记是一个宝贵的遗传资源调查和比较映射在大戟科的关系。全基因组序列的可用性和比较基因组学已经打开了几个途径通过计算锚制造商的识别方法,从而避免冗长、昂贵和耗时的技术基因或者是图书馆建设的SSRs的识别。高可转让性蓖麻子SSRs的(70%)j . curcas和其他麻疯树物种显示更高水平的两种植物之间的序列的身份。的可转让性EST-SSRs(44.63%)和从木薯基因组SSRs的(29.67%)已经实现j . curcas(29日]。结构和功能的高水平同线性也为其他位点蓖麻子和被观察到j . curcas如脂肪酸生物合成的生物合成有关的基因(Sharma & Chauhan未发表)。SSRs的分布在不同的基因区域的蓖麻子显示SSRs更普遍的5′utr,类似于基因组SSRs的分布答:芥,b·拉伯和o .漂白亚麻纤维卷(18,40- - - - - -45]。相反的基因组答:芥和o .漂白亚麻纤维卷在哪里(AG)n(在)n(交流)n重复更丰富,蓖麻子基因组包含更多的()n二核苷酸重复,这是类似的b·拉伯基因组(41,44,45]。三核苷酸SSRs的其实更频繁的地区蓖麻子基因组类似于其他基因组。多数的三核苷酸重复在蓖麻子基因组的编码区域,这可能编码氨基酸。频繁发生的三核苷酸编码地区SSRs归因于他们的优势在密码子使用而抑制non-trinucleotide SSRs的编码区域的可能的风险可能是由于参与移码突变(15,44,46]。尽管有偏见的分布在几个真核基因组密码子重复已经证明(15,41,44,46,47),然而,代表特定的氨基酸变化。最常见的氨基酸中运行答:芥是丝氨酸、脯氨酸、甘氨酸、谷氨酸、谷氨酰胺、天冬氨酸,和那些在吗o .漂白亚麻纤维卷丙氨酸、甘氨酸、脯氨酸,丝氨酸,精氨酸,谷氨酸41]。最常见的氨基酸中运行芸苔属植物拉伯丝氨酸、谷氨酸、天冬氨酸、甘氨酸、赖氨酸、天(45]。Wheras最常见的氨基酸在蓖麻子SSRs运行是丝氨酸、谷氨酸、精氨酸和苯丙氨酸,这也是最常见的氨基酸在SSRs运行其他植物基因组的46,48,49]。

据报道,较长的SSRs的重复图案更丰富检测多态性(43,50- - - - - -54]。例如,沙玛和Chauhan [55确定一个SSR具有悠久重复主题(TTC)31日在玉米显示高的铁转运体基因多态性在玉米近交比起其他重复图案。相反,我们发现,16 - 30的重复图案重复长度多态性显示高于不再重复主题> 30重复单位。其他的研究也发现没有关系或弱相关性SSR多态性和重复单位长度56- - - - - -58]。高多态性已发现在SSRs二核苷酸重复图案在珍珠粟(59和白车轴草60]。

总体中检测到低水平的遗传多样性j . curcas基因型相比,麻疯树物种。岜沙和Sujatha9]报道低水平的多样性在印度登记入册j . curcas指示一个狭窄的遗传基础。Ganesh Ram等。(1)已经表明,与26个RAPD引物多态性是相当高(80.2%),8麻疯树物种相比,j . curcas基因型。太阳等。(10)报道,一个带有两个等位基因和14.3%的SSR多态性与7妊娠引物j . curcas。

这项研究得出结论,SSRs的二核苷酸重复主题,从5′UTR区域重复16 - 30的单位长度,表现出较高的多态性表明额外的引物可以从那些SSRs设计更高的检测概率蓖麻子和多态性j . curcas和其他麻疯树物种(表S2)。开发的SSR标记在本研究中是非常有用的对于种质资源分析,种群遗传结构和分类关系j . curcas和相关类群。

承认

作者感谢生物学系,科技部,印度政府为r s Chauhan提供研究资助。

补充材料

补充材料包含的列表j . curcas基因型是本研究中使用的采购从植物遗传资源的国家统计局(NBPGR),印度新德里和额外的引物列表对蓖麻籽窝藏SSRs可用于可转让性和多态性在麻疯树调查。

  1. 补充材料

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