研究文章|开放获取
尼古拉·l·道斯Jarka Glassey, ”正常化Multicondition cDNA Macroarray数据”,国际基因组学杂志, 卷。2007年, 文章的ID090578年, 12 页面, 2007年。 https://doi.org/10.1155/2007/90578
正常化Multicondition cDNA Macroarray数据
文摘
背景。正常化是一个关键的步骤,从高维DNA阵列数据获取有意义的信息。这是特别重要的,当复杂的生物学假说/问题,这样的功能分析和监管生物系统内相互作用,研究了。非参数,基于全球intensity-dependent正常化方法识别自洽组(SCS)基因在这里提出了这样的系统。结果。SCS正常化介绍及其行为表现出一系列的用户定义的参数影响性能。相比,它是一个标准的全球正常化的降噪方法和信号保留。结论。使用16 macroarray SCS正常化的结果从一个数据集枯草芽孢杆菌实验证实,该方法能够减少不良实验变异而保留重要的生物信息。的缓解和速度实现意味着这种方法可以很容易地适应其他multicondition时间/压力系列单颜色数组数据。
引用
- d·爱德华兹,“非线性归一化和背景校正一个频道互补脱氧核糖核酸微阵列研究,“生物信息学,19卷,不。7,825 - 833年,2003页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
- k . v . Ballman d . e .烧烤,a·l·奥伯格和t . m . Therneau”更快的循环黄土:正常化RNA数组通过线性模型”生物信息学,20卷,不。16,2778 - 2786年,2004页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
- j . Quackenbush“微阵列数据规范化和转换,”自然遗传学,32卷,不。5、补充,496 - 501年,2002页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
- w·吴:戴夫,g . c .曾t·理查兹,e . p .邢和n .卡明斯基”Camparison标准化方法Codelink Bioarray数据,”BMC生物信息学》第六卷,309页,2005年。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
- m·k·克尔·m·马丁和g·a·丘吉尔,“基因表达微阵列数据的方差分析,“计算生物学杂志》上,7卷,不。6,819 - 837年,2000页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
- y Barash, e . Dehan m . Krupsky et al .,“比较分析的算法从寡核苷酸微阵列信号定量,”生物信息学,20卷,不。6,839 - 846年,2004页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
- b . m . Bolstad r·A·伊·m·搁浅地和t . p .速度,“比较规范化方法高密度寡核苷酸阵列数据基于方差和偏差,“生物信息学,19卷,不。2、185 - 193年,2003页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
- t .公园,S.-G。咦,工程学系。Kang Y.-S s . Lee。李,r·西蒙“评价微阵列数据的标准化方法,”BMC生物信息学,4卷,不。33岁的2003人。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
- t·b·开普勒l·克罗斯比,k·t·摩根,“正常化和分析DNA微阵列数据的自洽性和当地回归,”基因组生物学,3卷,不。2002,RESEARCH0037。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
- p . j .公园,m . Pagano和m .伯内蒂,“非参数评分算法识别的基因微阵列数据,”第六届太平洋学报》研讨会上生物运算哈,页52 - 63年,夏威夷,美国2001年1月。视图:谷歌学术搜索
- 黄懿慧杨,s . Dudoit, p .并和t . p .速度、“互补脱氧核糖核酸微阵列数据的规范化,”微阵列:光学技术和信息卷,4266学报学报圣何塞,页141 - 152年,加州,美国,2001年1月。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
- SubtiList Web服务器,http://genolist.pasteur.fr/SubtiList/。
- k .小林,s·d·埃利希,a阿尔贝蒂尼et al .,”至关重要枯草芽孢杆菌基因。”美国国家科学院院刊》上的美利坚合众国,卷100,不。8,4678 - 4683年,2003页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
- z Pragai: e·e·艾伦比n O ' connor et al .,“转录调控的phoPR操纵子的枯草芽孢杆菌”,细菌学期刊,卷186,不。4、1182 - 1190年,2004页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
- m·b·门德斯l . m . Orsaria诉菲利普,m . e . Pedrido和r·r·格劳”小说大师转录因子Spo0A和角色为了生存和孢子形成的枯草芽孢杆菌在低增长的温度。”细菌学期刊,卷186,不。4、989 - 1000年,2004页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
- h . Antelmann r·施密德和m .检验员NAD合成酶纳德(OutB)枯草芽孢杆菌是一个端依赖通用压力蛋白质,”《微生物学字母,卷153,不。2、405 - 409年,1997页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
- n·l·道斯正常化和分析基因表达数据、博士学位论文、参考系,纽卡斯尔大学,纽卡斯尔,英国,2006年。
- z Pragai和c·r·哈伍德”越南河粉和监管之间的相互作用端依赖一般的压力调节子枯草芽孢杆菌”,微生物学,卷148,不。5,1593 - 1602年,2002页。视图:谷歌学术搜索
- n e·e·艾伦比n . O’connor z Pragai, a·c·沃德,a . Wipat和c·r·哈伍德”全基因组转录分析磷酸饥饿stimulon的枯草芽孢杆菌”,细菌学期刊,卷187,不。23日,第8080 - 8063页,2005年。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
- c . Eymann g . Homuth c . Scharf和m .检验员”枯草芽孢杆菌功能基因组学:全球特征严格的响应的蛋白质组和转录组分析,“细菌学期刊,卷184,不。9日,第2520 - 2500页,2002年。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
- k·r·赫斯•张(george w . bush), k·a·巴格利d . n . Stivers称和k·r·库姆斯“微阵列:处理数据和提取可靠的信息的泛滥,“生物技术的发展趋势,19卷,不。11日,第468 - 463页,2001年。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
版权
版权©2007尼古拉·l·道斯和Jarka Glassey。这是一个开放的分布式下文章知识共享归属许可,它允许无限制的使用、分配和复制在任何媒介,提供最初的工作是正确引用。