识别和分析小说中氨基酸序列重复炭疽杆菌str。埃姆斯蛋白质组使用的计算工具

文摘

我们已经确定了四个重复十域在蛋白质编码的小说炭疽杆菌str。埃姆斯蛋白质组在网上使用自动化的方法。“重复”对应于一个地区组成不到55-amino-acid残留蛋白质序列中不止一次发生,有时出现在串联。“域”对应于一个保守地区大于55-amino-acid残留,可能出现单个或多个副本的蛋白质序列。这些对应于(1)57-amino-acid-residue PxV域,(2)122 -氨基-酸残留FxF域,(3)111 -氨基-酸残留YEFF域,(4)109 -氨基-酸残留IMxxH域,(5)103 -氨基-酸残留VxxT域,84(6)-氨基-酸渣:ExW域,(7)104 -氨基-酸残留NTGFIG域,(8)36-amino-acid-residue NxGK重复,95(9)-氨基-酸残留VYV域,(10)75 -氨基-酸残留KEWE域,59-amino-acid-residue AFL域(11),(12)53-amino-acid-residue RIDVK重复,(13)(a) 41-amino-acid-residue AGQF重复和(b) 42-amino-acid-residue GSAL重复。一个重复或域类型的特征是特定的保守序列图案。我们讨论这些重复的存在和域从其他基因组及其可能的蛋白质二级结构。

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