综合管道的开源软件用于cpu架构:在大规模使用单核苷酸多态性的识别

文摘

EST序列的大量数据可以从一个物种有机体以及几个属内物种提供了一个简单的源识别的内部和种间单核苷酸多态性(snp)。在生物模型的情况下,可用的数据很多,鉴于沉积EST数据冗余度。有几个可用的生物信息学工具,可以用来挖掘这些数据;然而,使用它们需要一定水平的专业知识:按顺序使用的工具必须伴随格式转换等步骤序列的聚类和装配成为耗时的工作即使是中等大小的数据集。我们在这里报告一个管道的开源软件扩展到运行在多个CPU架构,可用于矿井大型EST数据集单核苷酸多态性分析和识别限制性位点SNP,这样划算帽化验可以开发SNP基因分型的遗传和育种应用程序。国际半干旱热带作物研究所(ICRISAT),管道已经运行在西沙实现高性能系统组成的四双AMD Opteron处理器与MPICH运行Linux。管道可以通过用户友好的web接口访问http://hpc.icrisat.cgiar.org/PBSWeb,可以在要求的学术使用。我们已经验证了由矿业开发管道鹰嘴豆为种间SNP est序列,发展SNP基因分型的帽子化验,确认限制消化模式在序列水平。

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