重要的比较孤儿和Nonorphan基因在水稻之间的特征(栽培稻L。)基因组

文摘

微卫星是短串联重复序列的基因组DNA六个基地之一。微卫星高度多态和基因功能和重组的扮演着至关重要的角色,他们是一个有吸引力的主题研究进化和遗传和育种的动物和植物。孤儿基因没有已知的同源染色体在现有数据库。使用生物信息学计算和统计分析,我们发现19日26孤儿基因在水稻(栽培稻ssp。Japanica简历。Nipponbare)蛋白质组。我们发现一个更大比例的孤儿基因表达后性成熟比nonorphan基因和环境压力。孤儿基因一般长度较短的蛋白质和基因内区大小,并更快的发展。此外,孤儿基因较少PROSITE模式更大模式尺寸比nonorphan基因。平均微卫星内容和三核苷酸重复孤儿基因的比例也明显高于nonorphan基因。微卫星发现少PROSITE模式在孤儿基因。综上所述,这些孤儿基因特征,表明微卫星发挥重要作用在孤儿基因进化和表达。

引用

1. 研究。李,a . b .各地t . Fahima a .胆汁酸和大肠一举一动,“微卫星:基因分布、假定的功能和突变机制:复习一下,”分子生态学,11卷,不。12日,第2465 - 2453页,2002年。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
2. 诉诉西蒙兹和a . m .劳埃德,”一个微卫星位点的分析拟南芥:突变动力学和应用程序”,遗传学,卷165,不。3、1475 - 1488年,2003页。视图:谷歌学术搜索
3. a·c·弗朗茨·l·c·教皇,p . j .木匠et al .,“可靠的微卫星的pcr欧亚獾(梅莱斯梅莱斯利用粪便DNA。”分子生态学,12卷,不。6,1649 - 1661年,2003页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
4. a . Selvi n v Nair n . Balasundaram和t . Mohapatra”评价玉米微卫星标记在甘蔗遗传多样性分析和指纹”基因组,46卷,不。3、394 - 403年,2003页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
5. c . m . Ruitberg d·j·里德和j·m·巴特勒,“STRBase:人类身份的短串联重复序列DNA数据库测试社区,”核酸的研究卷,29号1,第322 - 320页,2001。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
6. d .黄问:杨、c . Yu和r·杨“x连锁的发展四聚物的微卫星标记HumDXS6803和HumDXS9895法医的目的,“法医科学国际,卷133,不。3、246 - 249年,2003页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
7. 厄克特,c·p·金普顿t·j·唐斯p·吉尔,“短串联重复序列的变化sequences-a调查的12个微卫星位点作为法医鉴定标记,”国际医学杂志》的法律,卷107,不。1,13-20,1994页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
8. h . Ellegren“微卫星:简单与复杂的演化序列,”自然遗传学评论,5卷,不。6,435 - 445年,2004页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
9. 大肠一举一动,“进化genome-phenome多样性的环境压力下,“美国国家科学院院刊》上的美利坚合众国,卷98,不。11日,第6240 - 6233页,2001年。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
10. d .字段和c .遗嘱”丰富的微卫星多态性酿酒酵母,不同的微卫星分布在8个原核生物和酿酒酵母,由于强烈的突变压力和多种选择性力量,”美国国家科学院院刊》上的美利坚合众国,卷95,不。4、1647 - 1652年,1998页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
11. t . Domazet-Loso d .陶,“孤儿基因的进化分析果蝇”,基因组研究,13卷,不。10日,2213 - 2219年,2003页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
12. m长,大肠Betran、k·桑顿和w·王,“新基因的起源:年轻和年老的一瞥,“自然遗传学评论,4卷,不。11日,第875 - 865页,2003年。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
13. 刘问:元,欧阳,j . et al .,“TIGR水稻基因组注释资源:水稻基因组注释和创建资源植物生物学家,”核酸的研究没有,卷。31日。1,第233 - 229页,2003。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
14. 菊池,佐藤晴k . t .经营et al .,“集合、映射和注释的超过28000 cDNA克隆粳稻大米。”科学,卷301,不。5631年,第379 - 376页,2003年。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
15. a . Bairoch“PROSITE:字典网站和模式的蛋白质,”核酸的研究补充卷。19日,第2245 - 2241页,1991年。视图:谷歌学术搜索
16. a . Gattiker大肠Gasteiger, a . Bairoch”ScanProsite: PROSITE扫描工具的参考实现,”应用生物信息学,1卷,不。2、107 - 108年,2002页。视图:谷歌学术搜索
17. s . Temnykh g . DeClerck a . Lukashova l . Lipovich s Cartinhour和s . McCouch”计算和实验分析的微卫星在大米(栽培稻L。):频率、长度变化、转座子协会、和遗传标记的潜力。”基因组研究,11卷,不。8,1441 - 1452年,2001页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
18. 名为《m . Morgante、m . Hanafey和w·鲍威尔,“微卫星DNA与nonrepetitive优先相关植物基因组,”自然遗传学,30卷,不。2、194 - 200年,2002页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
19. g·托斯、z Gaspari和j . Jurka”在不同的真核基因组微卫星:调查和分析,“基因组研究,10卷,不。7,967 - 981年,2000页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
20. j . e . Stajich d块,k .布列兹et al .,“Bioperl工具包:生命科学的Perl模块,“基因组研究,12卷,不。10日,1611 - 1618年,2002页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
21. s . f . Altschul t·l·马登a·a·谢弗et al .,“豁裂的爆炸和PSI-BLAST:新一代的蛋白质数据库搜索项目,“核酸的研究,25卷,不。17日,第3402 - 3389页,1997年。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
22. s . f . Altschul w·吉斯•米勒(george w . bush), e·w·迈尔斯和d . j . Lipman“基本的局部比对搜索工具,”分子生物学杂志,卷215,不。3、403 - 410年,1990页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
23. g·m·鲁宾·m·d·扬德尔j . r . Wortman et al .,“比较真核生物的基因组学,”科学,卷287,不。5461年,第2215 - 2204页,2000年。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
24. s . Cruveiller k . Jabbari o .粘土,g .贝尔纳迪”错误地预测基因在水稻吗?”基因卷,333年,第188 - 187页,2004年。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
25. k . Jabbari s Cruveiller o .粘土,j .勒索克斯·g·贝尔纳迪,“大米的新基因:仔细看,“植物科学的趋势,9卷,不。6,281 - 285年,2004页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
26. l . s . Wyrwicz m·冯·Grotthuss j . Pas l . Rychlewski和菊池,“水稻转录组有多独特的?”科学,卷303,不。5655,168年,页2004。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
27. a . b .卡瓦略和a·g·克拉克,“基因重组:内含子大小和自然选择,”自然,卷401,不。6751,344年,页1999。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
28. m长,m·多伊奇w . Wang e . Betran f . g .深色和j .张“新基因起源:证据从实验和计算分析,“遗传,卷118,不。2 - 3、171 - 182年,2003页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
29. d . j . Lipman a . Souvorov e . v . Koonin a . r . Panchenko和t . a . Tatusova”蛋白质保护和序列长度的关系。”BMC进化生物学,卷2,不。1,p。20日,2002。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
30. f . Chamas和e·l·萨班”的角色$5^{\prime }$翻译区(UTR)组织鼠色氨酸羟化酶基因表达的调控压力,”神经化学杂志,卷82,不。3、645 - 654年,2002页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
31. 联合国领导的r . Ganesan s Kervestin d . A .一下mangu s Ghosh和A·雅各布森,”仿 $3^{\prime }$utr促进异常终止和触发器nonsense-mediated mRNA衰变,”自然,卷432,不。7013年,第118 - 112页,2004年。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
32. 学术界。c . Cheng和l .陈“抗冻糖蛋白的进化,”自然,卷401,不。6752年,第444 - 443页,1999年。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
33. y喀什,d .国王和m .梯子平台“简单序列重复定量遗传变异的来源,”遗传学趋势,13卷,不。2、74 - 78年,1997页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
34. b . Charlesworth j·a·科因和n . h·巴顿”性染色体和常染色体的相对利率的进化,”美国博物学家,卷130,不。1,第146 - 113页,1987。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索

版权

版权©2007闻久郭et al。这是一个开放分布式下文章知识共享归属许可,它允许无限制的使用、分配和复制在任何媒介,提供最初的工作是正确引用。