文摘
评估引入动物种群的生存能力是一个复杂的任务。重新引入通常进行少量的个体,从而限制监测的可能性,因为可能的负面影响生存和繁殖的密切监测。此外,重新研究的一部分社会经济力的相互作用,从而也限制了监测的可能性。同时,人口人口和丰富的知识可以不完整或高不可攀。这里,我们说明了如何结合传统遥测和新颖的非侵入性的遗传方法构造一个详细的一个小生命表重新水獭人口在荷兰。结合适当的capture-mark-recapture矩阵建模方法提供了框架,一般来说,有用的见解等人群。数据表明,(我)男性生存低于女性生存,(ii)引入人口正在增长(估计范围:[1.06,1.42])和似乎可行,(3)提高成人生存领域目前的关键阶段努力经理应该集中注意力,及(iv)建模框架允许我们确定边界条件的关键利率人口将会灭绝。应用在测量方法指导,帮助现场经理重新引入后实施正确的保护策略。
1。介绍
重新引入几乎灭绝或濒危物种的国家如今正变得更接受生物多样性的恢复工具(1]。重新尝试,然而,并非无可争议的2]。一方面,一些利益相关者参与,每个都有自己的优先级(如政府、现场经理,科学家,和一般的和当地公共)使周围重新引入决策过程有时麻烦。另一方面,个人发布的数量通常是有限的,和创建一个新的人口不多,所有再次灭绝的伴随风险(3]。广泛监测发布个人在较长时间内,为了获得指导方针的成功或失败的尝试,因此,至关重要的是(4]。不幸的是,许多重新研究缺少详细观察很长时间跨度的4- - - - - -6),导致困难解释重新尝试的成功或失败,防止现场经理负责重新引入适当的建议。目前,大多数重新引入生物学的推论是由感应,获得事后监测结果的解释或通过探索性比较分析(4]。主要的信息需要一个长期的视角重新人口至关重要的数据,例如,死亡率和招聘。这需要大量的监测,这是一个障碍对于许多项目由于其费用(7]。然而从许多轶事和矛盾的结果4),很明显,急需postrelease监测评估的成功野外放生。
难以捉摸和夜间活动的动物通常很难跟踪,和,因此,很难收集人口信息,特别是当密度很低,这是常有的事,重新的动物。这些动物可以提供一个无线电发射器,但这些通常只能持续有限的时间。另一种方法是使用非侵入性的遗传过程,也就是说,从生物样品中提取DNA,如毛发、粪便或尿液没有处理,采集、甚至观察动物,因为他们提供的机会收集详细信息的人口更长一段(8]。遗传监测,即量化时间变化人口指标或其他人口使用分子标记,生成的数据变得越来越重要监测人为变化对野生物种的影响(9- - - - - -11]。结合遗传监测和非侵入性抽样无创性基因监测提供了一个很好的补充技术研究引入种群的结构,这使得时间过程如死亡率和招聘要监视,尤其是DNA取样,重新开始,不扰乱动物(发布9]。关键统计数据可以计算出从人口数据库来源于观察DNA样本和用于人口生存能力模型。
无创性基因方法已经申请很多目的,最大的贡献从研究关注(i)的识别个人和人口数量的估计,(ii)人口遗传参数的估计(基因流动、人口历史,亲属关系),(3)识别物种的饮食,和交配(iv)的评估系统和行为生态学(cf。表1 (12])。集成的基于dna的观察capture-mark-recapture (CMR)框架(13),尽管多年来被认为是有前途的,才刚刚开始(14- - - - - -16]。CMR模型提供估计的存活率,当结合信息复制、可用于矩阵模型(17预测未来命运的人口和确定这些因素影响人口增长最多。
目前的研究旨在整合的六年的无创性基因研究结果,重新水獭(Lutra Lutra)到荷兰18]CMR和人口生存能力建模方法得到可靠的估计的关键利率重新人口。这使我们能够评估新成立人口的生存能力在长远来看,虽然识别最关键的方面影响每年人口增长,因此,协助现场经理采取适当措施,确保新荷兰水獭人口的可持续发展。
2。材料和方法
2.1。生物学的水獭
欧亚水獭(Lutra Lutra)是一种半水生和主要从mustelid夜间哺乳动物家族19]。大多数的饮食包括鱼和海鲜。有时青蛙或小型哺乳动物吃掉。首选栖息地附近的茂密的植被位于水提供繁殖的宁静和有利的环境。
水獭是孤独的,其领土,尤其是男性,可以很大。寻找食物使动物覆盖大部分的距离,同时增加他们接触道路危险。占主导地位的男性可以解决80公里的河流,重叠的几位女性19]。男性和女性很少干预,除了交配。垃圾大小通常是两个或三个年轻的。出生的幼崽可以全年和母亲呆在一起,直到他们达到成年年龄一到两岁。虽然被囚禁一只水獭可以达到15年,在野外发现的最古老的一个16岁,水獭的寿命很低,4到5年。社区内个人沟通和马克本国范围用带香味的标志、“spraints”,通常在知名网站,在树桩上,在水附近的桥梁或道路的交界处。正是这些气味标记,当新鲜收集,提供DNA的遗传指纹可以获得。
2.2。水獭在荷兰
水獭从荷兰在1989年消失。2002年重新计划开始与野生和圈养水獭,为了开始一个新的,自给自足,常住人口(cf。20.])。从2002年6月到2008年11月,总共有31个动物,来自东欧和北欧,发布了泥炭沼泽低地地区北部的荷兰(附录一个),ca。200公里2在范围和地理上位于52°38 -52 50°N′′, 5°53′6°09′E。该地区由一个马赛克的泥炭草原,芦苇(芦苇南极光),和沼泽林地,主要由柳(柳树spp。)、赤杨(赤杨皮需)和桦树物种(桦木属spp。)分割的小沟渠和池。大部分的周边景观密集耕种的。区域分为三个主要部分:Weerribben和Rottige Meenthe仅仅由泥炭草原、林地和沟渠,Wieden也较大的湖泊存在(图1)。
发布的动物不同的1到5岁之间。在发布之前,组织和血液采集标本DNA指纹分析,所有的动物都装有应答器,无线电发射机是植入腹腔内(由一名兽医汉堡动物园(荷兰阿纳姆))。这项研究是按照荷兰法律进行保护和福利的脊椎动物用于实验和其他科学。
2.3。监控
数据收集在mark-recapture协议需要单独标记(认可)的动物。这里,识别是根据两种方法,而不会(重新)捕捉个人。水獭观察发布遥测或无创性基因取样。后代(本机。)只能观察到无创基因取样(18]。应该注意的是,完整的人口样本网站只包含发布个人和他们的后代。
发布水獭是配备一个无线电发射器,它们的存在和运动可以被记录在项目的初始阶段。每个动物都搜查了每周至少近一年,直到发射器失败了。根据采集的血液样本的分析在释放之前,DNA指纹图谱可以由微卫星分析(附录B)。释放区域的释放和土生土长的人随后跟踪通过应用无创性基因方法和使用DNA作为一个标签(8,9,21]。
新鲜粪便组成的有香味的标志(spraints)定期收集的动物在冬季时期(见[详情18])。DNA提取这些spraints构建DNA样本的人口(附录B)。一个概要文件可以显示一个新的模式或发布水獭的模式相匹配。在后一种情况下,它被认为是一种“resighting”这个人的历史。一个新的概要文件必须来自一个土生土长的水獭,因为没有水獭在场之前第一个被释放了。对于这些土生土长的动物,父母可以被识别。大多数动物几spraints被发现在一年(1-27范围;(18])。
此外,死去的动物一起被报道的死亡原因(主要是交通事故也溺水,被困在笼子里为麝鼠设计和自然原因)。这些死去的人被他们的DNA指纹图谱。在一起,这三种类型的观察(遥测,DNA样本,死个人)允许我们编制详细的个人遇到的历史。遥测和DNA分析的多个观察动物的历史事件中总结:每6个月(从2002年7月到2009年1月)是一个观测时间间隔,他们可以不被活着(1/0),要么不回收死(1/0)(见图2)。遇到历史上每半年间隔,两个地方都需要分析与生活和死亡的联合模型数据与程序的标志(22]。这意味着释放动物遥测和基因数据都使用,每个动物,前两个是半年时间和遗传数据的剩余寿命;而土生土长的人只有遇到历史基于遗传数据。以这种方式,而小数据集的81只动物(31发布和50个土生土长的动物)和13遇到观测了(每个遇到历史是26个0和1的字符串,在奇怪的地方信息总结了resighting活着,甚至把信息放在个人是否恢复死亡)。
2.4。统计分析与RMark
统计分析进行了RMark [24)、马克(R包使用这个程序22]R下界面。
数据包括resightings生活和死去的动物的复苏。这些都是组合成遇到历史作为联合的伯纳姆模型输入数据(25),允许增加精度估计的参数模型相比单独治疗或病死的数据。
的参数我们跟着公约由seb (23),与代表生存的概率从一个场合下,夺回在以下时间间隔的概率考虑到动物存活时间间隔,被恢复的概率死,网站的忠诚。我们的重点是生存需要一个矩阵模型的建设。其他估计不显式地使用,但允许占所有可能的命运的动物模型的假设下,避免混淆。例如,如果一个不知道动物呆在样本的概率区域(),死亡的事件和离开区域都视为死亡率。
数据拟合模型,我们假定的参数(a)网站忠诚是1因为我们能够识别动物在这个地区的任何地方,甚至当他们离开发布区域,因为只有一个(重新)水獭人口在荷兰,(b)所有参数是时间无关的,因为低的动物数量的年,和(c)和可以依靠性和阶段(定义的时候释放,释放或出生以来时间)或性在性别和阶段或阶段是固定不变的。
我们建立了(st)年龄结构模型,因为事先没有明显不同年龄年轻水獭的生存是否不同于成人的生存。因为这个原因我们开始通过考虑动物的三个阶段:少年(从出生到一岁),亚成体(一至两岁),和成人(2年以上)。这是有可能的,因为动物释放时的年龄,和本地。我们可以估计最可能的出生日期基于第一个遇到的推断祖先的父母。本机。至少,他们开始生产spraints之前6个月大。我们也认为只有两个年龄类(做一个区分为个人不到一岁,年龄超过一年),允许一个(普通的)亚成体和成人的生存概率。拟合模型为每个参数组合导致拟合32个不同模型(四种可能的依赖年代(性别、舞台、性*阶段,或常数),四个p(一样年代),两个r(性依赖或常数))。
造型过程的第一步是找到最一般和生物相关模型(在这里年代(~性*阶段)p(~性*阶段)r(~性)见下表1)和测试的质量调整,指出,如果这充分符合数据,那么也嵌套模型。马克估计Burnham模型计算的可能性最大化假设数据可以适当地表示为多项式分布。如果变化大于所能解释的模型结构和多项假设,他们被称为overdispersed。这发生在相互依赖的数据或参数的假设同质个体相同的组是违反了。结果差异的参数是低估了,和模型选择支持复杂的模型。这些影响可以占overdispersion的可靠估计。我们使用方差膨胀因子c-hat()[26]。如果大于3,数据显示一个相对重要的overdispersion [27];较低的值并不是问题。
拟合优度检验通常是用参数引导过程(26]。为模型参数的值发现被用来生成一个新的数据集(模拟遇到历史)根据模型的假设,以便模拟数据没有overdispersion。为每个模拟偏差和其他调整标准计算,按升序排列,相比的测试模型。模拟异常的百分比比观察到异常的概率给我们测试模型缺乏合适的礼物。此外,这种方法为我们提供了一个衡量overdispersion的大小的数据,“方差信息准则”或调整。这是除以观察获得的和的意思从。这个调整值随后被用于有一个更好的模型适合[28]
通常,模型拟合模型的选择是基于Akaike信息标准修正为小样本大小(AICc):模型与最小AICc是最好的(29日]。overdispersion时,然而,有证据表明,模型的选择是基于准可能性Akaike信息准则(QAICc)提出的巴克和白28]。让l模型的可能性,通货膨胀的标准,观察的数量参数的数量;我们有
我们也使用QAICc权重的相对比例的“支持”从给定的数据模型在整个组模型。这些权重总和。模型与有一个坏的支持数据26]。
2.5。矩阵模型开发
下一步是确定人口发展长期的考虑到人口参数,繁殖和生存。我们建立一个stage-structured只雌性(Leslie矩阵模型17),考虑到他们开的种群动态有足够的雄性使雌性受精(18]。基于生存分析的结果,我们开发一个矩阵模型对三个或两个阶段(见附录C,(C.1))。我们假设1:1出生性别比,密度人口增长率的独立环境的承载能力是最有可能没有达到18),和一个birth-flow人口(人口繁殖季节是连续的,女性水獭全年都可以有宝宝;(19])。我们用一年的时间步,因为每年我们容易获得生存和生育能力从我们的数据集参数的估计。
中使用的生育率估计,矩阵模型,是基于野外观察期间(每年18]。从基因和人口数据库相结合,可以估计(i)确定每成功交配,后代的数量(2)繁殖的总数对,和(3)的成年女性的数量没有重现。生育是计算新的后代总数除以总数量的成年女性,繁殖和非复制。我们执行一个引导过程的主导特征值来评估范围的平均值这瀑布每年人口增长因素。1000年模拟是基于区间跨度的(意思是- 2 *的SE)的(意思是+ 2 *的SE)生育(),青少年(),和成人的生存()。
2.6。弹性分析
弹性分析是用来确定矩阵元素影响人口发展。,它是表示元素需要关注的角度提高保护的物种。弹性的年度增长率(矩阵的主导特征值)的每个人口率是成比例的变化当参数经历一个非常小的变化,而其他元素被平等的。因为矩阵元素可以被不同的生存和/或繁殖参数公式,我们还必须分析这些低级的弹性参数(见附录C)。
3所示。结果
3.1。统计分析与RMark
模型允许的数据首先分析阶段和性的依赖和和性的依赖r(年代(~性*阶段)p(~性*阶段)r(~性))。5000引导程序模拟表明,该模型没有描述的数据(),这可能是因为捕捉异质性。然而,仅略大于1 (方差)表明通货膨胀是不太重要的。因此,我们跟着巴克和白(建议的过程28)和参数调整的可能性超过这个值,给予更好的模型支持。由于这种调整,模型选择过程是基于准Akaike可能性的信息标准(QAICc;看到(1)以上)。
从一般模型三个阶段(青少年、亚成体和成人),我们安装几个减少模型(见部分2。4),例如,一个两阶段模型(青少年和成人)。似然比检验比较两个通用模型有两个和三个阶段确认(两个阶段)最吝啬的模型拟合最好的(,,)。因此,我们报告在表1只有两阶段模型的结果区分未成年(不到一岁)和成人(一年以上)。此外,只有模型相对高QAICc权重表1。
的两阶段模型,两个模型是最好的支持的数据(最低QAICc)都有一个舞台,sex-dependent生存参数stage-dependent夺回概率在男性和女性都是一样的,和一个常数或sex-dependent恢复参数。这两个模型一起有重量的73%(对所有模型,列重量金额;表1)。在这两个模型在不同QAICc小于2,他们被认为是等价的30.(表)和参数估计2是通过模型平均(cf)。26])。女性比男性有更高的存活率,因为任何年龄组(表2)。相反,年长的动物是夺回超过年轻人无论性(夺回概率)。男性()比女性更容易恢复死()。
3.2。人口增长率和弹性分析
因为土生土长的水獭窝内呆上半年,不产生spraints在这段时间里,我们只能估计净繁殖每年每女性幸存下来的幼仔上半年年()。这意味着数量计算的总数除以水獭出生在每年的累积和成年女性出现在前一年。我们估计价值为1.38 (2.08±SD, 40水獭)后代每成年女性每年至少没有后代/女,最多四个。在模型(2),参数是雌性后代的数量每年每成年女性,因为只有一半的后代是女性(18),一半的价值。该模型在图表示3在附录和发达C导致的矩阵(2)。估计每年的人口增长率1.26矩阵模型。这个值的暗示的动物数量翻倍后三年。引导模拟间隔(如上所述2。5)导致了一个范围[1.06,1.42]暗示nonchanging中的人口可持续发展环境:
产生的公式弹性分析给出了(C.4在附录中。数值计算表明,参数影响最是成年女性生存(,1%的成年女性的存活率将会增加0.59%)。生殖率有影响的。青少年生存最小的影响,可能是因为其价值观已经高(表2)。图4说明年增长率随成年女性的生存和成年生育当青少年生存是固定的。我们给等值线等于0.12和0.946(包括可能的值的范围为不断增长的人口)。的什么地方= 1分离人口下降的地方和区域显示了指数增长。与当前青少年生存率为0.946(图4 (b)),成年女性的生存可以减少低至0.52与生育能力平等,然而人口可能维持本身。相对地,在恒定的成年女性生存,可以0.25和生育能力仍然等于1。
| (一) |
| (b) |
4所示。讨论
4.1。无创基因检测和至关重要的利率
无创基因方法已被证明是一个有价值的工具在野生动物研究9,12,31日]。一个野生动物研究领域,尤其是受益于分子遗传学是动物丰度的评估。历史上,人口估计参数对稀有物种,难以捉摸,困难或昂贵的捕获由于小样本大小是有限的。分子遗传学的进步允许个人识别的样本集合的(主要是毛和粪便)和DNA分子标记为“的使用。“这是应用于种群生物学的研究,在别人,熊(15),美洲狮32),土狼(33],水獭[18],狼獾[34),和狼(35]。
在这项研究中我们用遗传方法进一步运用无创性基因监测,即添加一个组件,在评估引入种群的可行性(cf。9])。通过使用工具从人口统计学和遗传学,我们获得的估计为重新水獭的人口生存和繁殖。使用这些估计在一个矩阵模型框架允许我们评估人口重新引入以来的可行性,确定边界条件的关键利率人口不会任何更可持续。这为我们提供了必要的信息字段管理者如何管理人口;例如,死亡率多大的女性或男性我们还能承受,还是基础设施改变优先在青少年或成人?
统计模型用于分析数据的野外观察显示overdispersion Burnham模型的假设。这个模型中,像所有mark-recapture模型,假定每一动物种群中次t具有相同的概率夺回。因为每个个体的观察spraints数1到27之间的不同(18),这种假设是最有可能违反了。因此,我们决定使用每个个人只有一个resighting每半年间隔。即便如此overdispersion在场,但在某种程度上,根据巴克和白28)可以占,从而防止偏见overadjusted模型的支持。
我们模拟种群动态的使用一个简单的莱斯利矩阵。我们观察到,人口的年增长率()1.26是更敏感的成人生存比生育能力。后者的结果发现按照比约克隆德和Arrendal36在瑞典水獭社区。因此,垃圾大小和幼崽的生存能力更重要的人口增长比成年女性生存女性能够多次交配一次她的生活。
每年的增长率,决定与矩阵模型,比1大。如果我们把生存和生育的变化估计考虑引导模式,每年增长率的范围变得(),这意味着不断增长的人口。这是证实了这样的意识到人口增长在我们”的意思是“模仿水獭人口(18]。
我们的方法应该同样适用于其他难以捉摸的食肉动物物种。最近,其他研究人员已经或多或少地应用同样的方法(14,15)来估计小熊人口的增长率。De Barba et al。15)使用CMR估计作为广泛使用的涡模型输入(37]。我们故意决定建立自己的矩阵模型,因为这允许我们将交配在更高级的模型结构和近交衰退(Seignobosc,预科)。Marucco et al。16]总结完整无损的必需品CMR遗传分析和强调了需要(我)一个适当的抽样方案的设计,(2)建立遗传协议,和(3)检查CMR的假设模型。如果这些需求之一失败,CMR分析的结果将产生不可靠的估计。第一个要求很难实现在重新研究,因为在大多数情况下没有执行复制和抽样受到现场条件。关于第三个要求,CMR模型假设所有人平等的探测概率和对个人敏感检测异质性(IDH)这很容易导致低估的人口数量16,38]。
4.2。荷兰水獭恢复项目
尽管数量有限的观察由于人口规模小,我们的基因CMR-modelling方法给了宝贵的见解如何管理水獭重新计划。结果显示“女性占优势的生存。接近成年的男性发病率较高的恢复死亡,主要是交通事故的受害者,比接近成年的雌性(18]。交配的人口结构,几占统治地位的雄性光顾释放区域(18),下属音和亚成体雄性的边界区域或离开。接近成年的女性,另一方面,在该地区接近母亲的领土。这些观察引起改变最初的发布计划:新版本的水獭应该首先专注于释放女性在邻近地区由于男性会按时来了。
我们使用一个简单的模型(图3)计算增长率造成人口的投影矩阵。然而,这并不考虑抵消效果,可以在人口但不可见。特别是,近亲繁殖,由于增加人口成员之间的亲属关系(18),可能就会有问题,在下一年。因此,它应该被包括在建模过程。此外,生物有关这个人口能获得详细的改善与社会结构的矩阵模型。例如,人口中的交配行为建议一夫多妻制,很少有男性交配与几个女性而一些从来没有伴侣18]。集成的近亲繁殖和一夫多妻制的模型允许我们研究他们的长期影响人口增长和再分配在不同性别和年龄段。
尽管它的简单模型产生了适用的结果,可以帮助定位的保护应采取的决定,重新计划。一些已知结果定性(防止车祸是必要的),但是我们提供定量的背景支持实施这些措施,给一个上限每年死亡率假设我们想维持人口。成年女性扮演着重要的角色在种群动态,即使他们的死亡率很低,他们仍然严重暴露于交通事故。因此,需要防止接近危险的道路是真实的。
附录
答:信息发布的动物
应该注意的是,开始的时候释放没有出现在研究区水獭。最近的人口位于德国,从研究区以东大约300公里。在表3水獭发布的特点。
b基因的方法
读者被称为详情Koelewijn et al。18]。这里我们提供一个总结的最关键步骤的过程中获得的遗传资料。
责任。样品收集
在冬天我们的调查进行了半年(第一次10月3月底)连续的从2002年到2008年。每年冬天我们检查整个时期释放区域水獭活动(spraints,脚印,着陆地点,跟踪)。在11月和12月,我们首先做了一个调查覆盖整个释放区域步行,自行车,船在10 - 15公里2每一天。从1月到3月,我们进行了第二次调查。我们试图覆盖整个释放区域至少两次,随后访问承诺网站由现场经理表示。我们使用全球定位系统(GPS)来记录spraints的位置,因此,确定空间组织的人口。如果可能的地区访问的前一天收集和旧spraints显著增加的机会找到新的spraints第二天。当无法使用这一策略遇到spraints似乎收集新鲜的时代。减少DNA降解,spraints早上收集。样本立即投入10毫升塑料瓶含有99%的酒精和送往实验室,在那里,他们储存在−20°C到DNA提取和分析。
B.2。监控设计的基本原理
因为我们正在与一个小的孤立的人口(创始人)和来自德国的移民似乎不太可能,我们有效地使用一个封闭的人口。在项目的开始,我们构建了一个参考数据库与创始人的遗传资料。因此,新的遗传资料的发生在随后几年spraints或死去的动物表示成功交配和招聘(图5)。每年监测数据库的基因资料更新与前几年的结果。因为所有潜在的父亲和母亲是已知的,我们应用完全排除亲子关系分析方法(39]。宣布spraint属于一个土生土长如果(A)基因档案不符合现有的前几年的资料和(b)概要文件明确可以分配到一个已知的男性和女性。
B.3。DNA提取
粪便DNA提取使用修改hexadecyltrimethyl溴化铵(CTAB)——基于提取(40,41]。spraint是取出瓶的乙醇和穿上不久滤纸去除大部分的乙醇。接下来,一小部分,一粒葡萄干的大小,放在一个2毫升埃普多夫一起管1毫升的CTAB缓冲区(100毫米Tris-HCl pH8, EDTA 20毫米,1.4 M氯化钠,CTAB 2%),且spraint是单一化用小棒。后添加额外的CTAB缓冲将总量为2毫升,混合是涡不久,瓶上15分钟。这个混合物是离心5分钟和1.5毫升的上层清液转移到一个新的管一起0.5毫升氯仿。经过两轮的提取,DNA被添加0.67毫升异丙醇沉淀1毫升的暂停。由此产生的颗粒在0.18毫升的ATL resuspended缓冲区。Spraint颗粒释放和死个人和组织进一步加工后的协议DNeasy血液和组织工具包(DNA纯化试剂盒)。
B.4。基因类型
我们总共15个微卫星用于个人打字和血统的评估:Lut701, Lut715, Lut717, Lut733, Lut818, Lut832, Lut833 [42],OT04、OT05 OT07、OT14 OT17, OT19, OT22 [43],RI18 [44]。我们只使用tetranucleotide微卫星位点减少口吃乐队和歧义的发生通常发生在二核苷酸位点的得分。
PCR反应进行总量的10μL包含0.3单位Taq(表达载体TaqDNA聚合酶(18038 - 034),大量的PCR缓冲和w1英杰公司协议,每个引物的130海里,200μ每个核苷酸的米,4.25毫米MgCl2, 320μ克/毫升BSA。正向引物被贴上一个解码器- 700或ird - 800标签。使用PCR程序是95°C / 3分钟。(90°C / 30秒。,Ta/30 sec) × 39 cycles, and 72°C/1 min. For most primers Ta was 60°C, except for locus Lut715 (Ta = 58°C), for loci Lut733, Lut782, and Lut818 (Ta = 59°C), for Lut717 (Ta = 61°C), and for locus OT07 (Ta = 62°C). For tissue extracts the same protocol was applied, except that a dilution factor of 10 was applied and 2 μL使用稀释的提取。性识别协议后我们使用DBY7Ggu底漆Hedmark et al。45]。
PCR微卫星位点和性的产品类型在一组6.5%聚丙烯酰胺凝胶含有7 M尿素和1 x此种Li-Cor 4300平台。
B.5。数据分析
为了减少稍事休息的机会,我们应用修改多个管的方法46]。约束与我们当前的协议修改的方法是,我们只能运行ca。50 pcr从一个粪便提取和,因此,必须调整复制的数量在使用所有15个微卫星位点。我们的方法是如下。(1)每个样本对位点LUT715放大三倍。这个位点被选中,是因为良好的,可重复的结果在之前的实验。(2)后续分析的样本丢弃如果有不到三PCR产品。三个PCR产品,样品仍被丢弃的时候,进球后的结果,它导致了三种不同的类型。(3)样本选择放大三倍为其余位点。(4)我们的标准标准接受一个等位基因是它必须至少两次记录。三个独立输入单等位基因相同的轨迹证实纯合子。 Three independent typings with the same two alleles at a locus confirmed a heterozygote. Samples, with two heterozygotous and one homozygous typing, were scored as heterozygous with the two alleles appearing in these typings. (5) For loci that were typed twice as homozygous and once as heterozygous or for loci that were scored as homozygous for different alleles, three additional independent typings were performed. When among the six typings an allele was recorded at least twice, the sample was accepted as heterozygote. If an allele appeared only once among the six typings, the sample was accepted as a possible homozygote. (6) Those samples that could not be appropriately typed after six typing attempts were discarded. (7) When the genotypes of two samples were the same at all loci except one, and the only mismatch at that locus may have been due to allelic dropout; we considered the two samples to be the same multilocus genotype if the geographical locations of these samples were close to each other. When the only mismatch was an unambiguous different typing, the samples were considered as “possibly” different. (8) The obtained consensus genotypes were compared with the reference database and, if possible, assigned to known individuals. (9) In case of new profiles, we tried to assess parentage. Final parentage was assessed on 15 loci with complete exclusion as the criterion [39]。
c模型开发
因为亚成体和成人水獭存活率没有显著不同(见部分3),我们模仿birth-flow人口在两个阶段,即少年海獭的数量(年龄不到一年)和成人水獭一年以上的时间。人口的矩阵一个定义在(C.1)。这是按照结构化图表示的阶段3。公式用于矩阵的条目的定义为卡斯韦尔(17]:
如果没有环境参数的变化,假设人口增长年率等于主导特征值()的人口矩阵一个。如果比一个大,人口的增长指数在环境没有限制因素。矩阵一个包括每个年龄组的生存概率来和生殖的性活跃成年人引起新青少年。
的存活率和的估计计算程序标志(见表2)。应该注意的是,青少年平均半年老当他们首次发现;因此,他们应该存活半年少年(概率)一年半成人(概率在一年的时间步。因此,总生存在那一年。
生育率(每年每个成年女性的雌性后代数量)估计根据卡斯韦尔(17,页24 - 25日)和他的公式birth-flow人口: 在哪里平均每个成年女性的后代数量更正为生存上半年年,他们的生活,然后呢的概率是一个土生土长的水獭在前六个月,和我们只能估计合并后的价值,即平均净的后代数量达到一个半年的年龄每成年女性。注意的因素2是因为雌性因为模型和假设1:1性别比例幼崽(18]。
矩阵元素的灵敏度(元素的行和列)被定义为和弹性如下:
的一些元素是其他参数的函数(如青少年生存作为的一部分,不能单独出现,但),我们也为低水平计算弹性参数的隐函数微分矩阵的特征方程一个(见[47]);例如,我们表示青少年生存的弹性。
弹性分析提供了以下低级参数的表达式,,:
确认
现场管理组织Staatsbosbeheer Fryske赫亚,Vereniging Natuurmonumenten都承认他们的好客和帮助。这个项目是不可能没有许多人的帮助下参与捕捉野生水獭在白俄罗斯,拉脱维亚和波兰的协调下,荷兰水獭站基础(儿子)的帮助,没有阿尔弗雷德Melissen让水獭可以从欧洲育种程序。资金是来自农业部,自然和食品质量(bo - 02 - 013;活跃的物种政策管理)。