文摘

客观的。CLEC16A基因遗传易感性有关T1DM的种族差异。本研究调查CLEC16A基因多态性之间的关系和T1DM的中国孩子。方法。131中国儿童T1DM被选为研究,和121名健康成人献血者被选为正常对照组。PCR和质谱用于研究17 CLEC16A等位基因的分布在患者和控制。CLEC16A基因多态性和T1DM之间的关系进行了研究。结果。两个多态性的分布(rs12921922 rs12931878) CLEC16A T1DM和健康对照组明显不同,而其他CLEC16A多态性的分布没有显著差异。rs12921922的等位基因C和T T等位基因的频率显著增加患者与健康对照组。rs12931878的等位基因A和c,一个等位基因的频率在T1DM患者与健康对照组显著增加。结论。两个CLEC16A基因的多态性与增加易感性T1DM在中国儿童,揭示,这是另一个新基因,与易感性T1DM在多个人群。

1。介绍

1型糖尿病(T1DM)是一种多基因的慢性自身免疫性疾病,到目前为止,超过50个基因被发现与疾病(1]。在这些基因中,相关性对T1DM的易感性与HLA之间,PTPN22, CTLA4,胰岛素基因已被证明在不同民族2- - - - - -4]。2007年,Hakonarson et al。5)进行了全基因组关联研究识别小说T1DM易感基因在大样本的欧洲后裔。他们的研究结果进一步证实了先前确定T1DM易感基因。同时,研究结果也证明了相关性T1DM的变异染色体16 p13 223 kb的片段。这只包含CLEC16A基因片段(也称为KIAA0350),表明指出遗传变异来自这个基因。CLEC16A基因的全长237597个基点,包含24个外显子。结果Hakonarson et al。5)表明,三个位点在CLEC16A基因的非编码区,即rs2903692 rs725613, rs17673553, T1DM遗传易感性有显著相关性。2009年,Awata et al。6)透露,T1DM发病机理也CLEC16A相关基因在日本的人口。这些结果表明CLEC16A基因和T1DM的发病机制之间的关系。在这项研究中,CLEC16A基因和遗传易感性之间的关系在中国儿童1型糖尿病调查131年中国儿童T1DM使用飞行时间质谱技术。(技术支持是由Bioyong技术有限公司,北京)。我们旨在阐明CLEC16A基因之间的关系,在中国孩子T1DM的遗传发病机理。

2。数据和方法

2.1。一般信息

从2006年8月到2009年2月,131名无关T1DM的孩子在北京儿童医院接受治疗了。年龄中位数为8.6年(P₂₅- - - - - -P_75年:-11 - 2.4年)。有69名男生和62名女生。所有病人会见了1999名1型糖尿病的诊断标准(7]。无关的同时,121名健康成人献血者招募为控制和所有签署同意书。控制没有历史或糖尿病家族史或自身免疫性疾病。

2.2。方法

2.2.1。引物

的引物和反应条件的多元聚合酶链反应(PCR),如表所示1和单碱基延伸反应设计使用iPLEX黄金技术和Sequenom MassARRAY分子阵列平台。

2.2.2。聚合酶链反应

多重PCR进行的PCR引物设计的iPLEX黄金、和反应条件建议通过iPLEX黄金。具体的反应条件如下:PCR反应的反应总额为5μL,包括1.75μL无菌蒸馏水,0.625μL 10 x MgCl PCR缓冲(包含15毫米₂),0.325μL (MgCl 25毫米₂,0.1μL 25毫米的核苷酸,1μL的0.5μ0.2 M引物混合,μ5 U / LμL HotStar Taq, 1μL的DNA。在94°C 15分钟变性后,反应了以下热周期:变性在94°C的20分钟,在56°C退火30秒,在72°C 1分钟和扩展。45个周期后,产品进一步扩展在72°C 3分钟。

2.2.3。人类虾碱性磷酸酶(SAP)酶消化

中残留的核苷酸PCR反应是由SAP酶消化,防止干扰后续的单碱基延伸反应。具体的过程和反应条件如下:酶消化反应的总量是2μL,包括1.53μL无菌蒸馏水,0.17μL 10 x SAP缓冲区,和0.3μL SAP的酶。反应混合物放置在37°C水浴40分钟,其次是85°C水浴5分钟。

2.2.4。单碱基延伸反应

与单碱基延伸PCR引物设计的iPLEX黄金,常规PCR反应的核苷酸ddNTP。单碱基放大然后进行PCR条件下建议iPLEX黄金。具体的程序和条件如下。总反应体积是2μL,包括0.755μL无菌蒸馏水,0.2μL 10 x iPlex缓冲区,0.2μL iPlex终止的缓冲区,和0.041μL iPlex酶。在94°C的变性后30秒,反应了以下热周期:变性在94°C 5秒,退火在52°C 5秒,5秒和扩展在80°C。在每一个周期中,退火和延伸步骤重复5次。40个循环后,在72°C产品进一步扩展了180秒,然后产品纯化。质量系统后被Sequenom提供的标准校准,样本加载到飞行时间质谱分析,数据收集和自动进行进一步分析。

2.3。统计分析

定量数据被一个检查测试和显著性水平α被设定为0.05。95%的置信区间(CIs)等位基因频率的计算。逻辑回归公式和软件在Windows使用SPSS11.5统计分析。

3所示。结果

在17 CLEC16A基因的单核苷酸多态性位点,两个位点(rs12921922和rs12931878)显示频率分布之间的显著差异T1DM和健康对照组。剩下的15个基因座的频率分布显示T1DM和健康对照组之间没有显著差异。

4所示。讨论

1型糖尿病(T1DM)是一种慢性自身免疫性疾病,多基因遗传和环境因素之间的相互作用的结果。在过去,研究表明,HLA-complex, CLTA4,胰岛素,PTPN22基因参与T1DM的遗传发病机理(8]。值得提到的是,大样本的研究表明,欧洲人的基因座与T1DM、PTPN22是唯一一个没有被复制到东亚人。最近,白种人的全基因组关联研究(GWAS)由WTCCC (Wellcome Trust病例控制协会)取得新突破T1DM的遗传发病机制的理解。利用全基因组关联研究技术,单核苷酸多态性在500 kb (Affymetrix基因芯片)和单核苷酸多态性在550 kb的范围进行了研究9),和一个新的染色体区域16 p13,可能与T1DM有关,被确认。

CLEC16A是唯一233 kb的基因片段的染色体16 p13。CLEC16A的基因产物是一个c型凝集素,但编码蛋白的功能尚不清楚。研究表明,该基因产物表达在几乎所有免疫细胞,包括树突细胞、B淋巴细胞和自然杀伤细胞,细胞T1DM的发病机制中发挥重要作用。CLEC16A广泛表达的基因产物在那些免疫细胞表明CLEC16A的基因突变可以通过修改参与T1DM的发病机制的免疫功能(10,11]。

Awata et al。6]发现T1DM发病机理也CLEC16A相关基因在日本的人口。在他们的全基因组关联研究(GWAS), CLEC16A基因评估具体注意rs2903692轨迹。结果表明,G等位基因的频率显著增加T1DM患者(或1.28,95%可信区间(1.05 - -1.57),),这表明rs2903692 CLEC16A基因的位点是日本人口与T1DM易感性显著相关。Awata et al。6进一步检查,轨迹在发病年龄的青少年(年龄< 20年)和成人,发现的单核苷酸多态性位点在两组之间没有显著差异(数据没有显示)。除了发现日本人口,T1DM的易感性和之间的相关性不同的多态性CLEC16A基因被发现在其他民族。马丁内斯et al。12]分析了西班牙T1DM病人和532名健康对照组309例,发现G等位基因的rs2903692轨迹CLEC16A基因易感性有关T1DM(健康对照组分别为63%和58%,)。Zoledziewska et al。13意大利撒丁岛的T1DM)研究了1037例患者和1706名健康控制和显示一个等位基因rs725613,轨迹CLEC16A基因的易感性有关T1DM(健康对照组分别为47%和43%,或= 1.15,)。

在我们目前的研究中,基于以前的轨迹研究和文献,17 CLEC16A基因位点的选择进行分析和CLEC16A基因之间的关系,在分析了中国儿童T1DM易感性。(技术支持是由Bioyong技术有限公司,北京)。结果表明,在17 CLEC16A基因的多态性位点,只有两个位点的频率,即rs12921922 rs12931878, T1DM患者显著增加,如表所示2。在其他位点等位基因的频率分布显示患者和健康对照组之间无显著差异,如表所示3。在rs12921922 T等位基因的频率是90.8%的患者和85%的健康控制,统计上的显著差异(;< 0.05),表明在rs12921922 T等位基因之间的相关性,T1DM的易感性。同样,在rs12931878等位基因的频率为90.1%患者和健康对照组的84.0%,也是一个统计上的显著差异(;< 0.05),表明在rs12931878等位基因之间的相关性和T1DM易感性。CLEC16A基因位点的关联与增加易感性T1DM报道在其他国家,包括日本rs2903692,和西班牙语人口,rs725613在意大利撒丁岛的人口,(如表所示4)和rs12708716在美国、英国、挪威、比利时、瑞典人口,在中国人口T1DM易感性无关。样品不是足够大的可能原因之一,而等位基因频率的差异等其他原因或连杆结构在中国,日本,欧洲人口也占了结果。

总之,目前的研究已经阐明,CLEC16A基因与T1DM易感性在高加索,日本和中国的人口,这表明,除了先前已知的基因,包括HLA、胰岛素基因,PTPN22 CTLA4, CLEC16A基因是一个新发现的T1DM易感性基因。然而,目前的结果表明,易感性位点是在不同的民族和不同的地理区域。未来的研究需要更多的样本尺寸较大的民族进一步证实这一结论。

确认

本研究支持格兰特的年轻的北京局科技。作者感谢教授桂珍倪和程朱的建设性建议。