方法监测内质网压力和展开的蛋白质反应

文摘

内质网(ER)折叠膜和分泌的蛋白质在细胞中。生理或病理过程干扰内质网的蛋白质折叠导致ER应激和激活一系列信号通路称为展开的蛋白质反应(UPR)。UPR可以促进细胞修复和持续生存通过减少负载展开的蛋白质通过upregulation陪伴和全球蛋白质合成的衰减。研究ER应激和UPR继续快速增长,许多新的调查人员进入现场。也有很多研究人员不直接在急诊室工作压力,但谁想确定这个响应系统中被激活,他们正在研究:因此,它是重要的监测UPR列出一组标准的标准在不同的模型系统。在这里,我们讨论的方法,研究人员可以使用计划和解释实验旨在评估UPR和相关流程是否被激活。我们想强调,没有个人分析是保证是最合适的一个在任何情况下,强烈建议使用多个分析来验证UPR激活。

1。介绍

内质网(ER)是细胞的网站存储和合成、折叠和成熟的分泌和跨膜蛋白。生理或病理过程干扰内质网的蛋白质折叠导致ER应激和激活一系列信号通路称为展开的蛋白质反应(UPR) [1]。这种协同和复杂的细胞反应介导最初由三个分子,PKR-like ER激酶(活跃),激活转录因子6 (ATF6), Inositol-requiring酶1 (IRE1) [2]。ER腔的活跃领域,IRE1 ATF6与ER伴侣蛋白GRP78 (glucose-regulated蛋白);然而,在展开的蛋白质的积累,GRP78分离这些分子,导致他们的激活3]。值得注意的是,激活其他细胞ER压力传感器是调制的因素,除了GRP78的离解。酵母的突变IRE1,删除GRP78结合位点的ER腔的领域,不是持续活跃。此外激活这个突变(GRP78绑定网站删除)是由积累的蛋白质在ER (4,5]。二聚作用的核心stress-sensing区域(CSSR) IRE1 ER腔的域的创建一个共享的中央沟相似肽结合域的主要组织相容性复合体(一起)6- - - - - -8]。是建议MHC-like槽结合部分展开多肽链,促进形成所需的高阶低聚物UPR激活(6- - - - - -8]。事实上腔的酵母IRE1域与蛋白质的相互作用,抑制变性蛋白质的聚合体外(7]。然而,ER腔的哺乳动物IRE1域的碎片没有展开的蛋白质体外相互作用[9]。IRE1和活跃的ER腔的守恒的基本结构主题域所需二聚作用。类似于IRE1, ER腔的活跃领域也可以抑制变性蛋白质的聚合体外(7]。因此IRE1和活跃似乎监管GRP78和直接绑定的蛋白质。激活ATF6也是由两个离散事件的组合:首先通过交互GRP78和第二内部和分子间二硫桥(10,11]。ER ATF6腔的地区有两个高尔基定位信号:GLS1 GLS2。绑定的GRP78面具ATF6 gl在腔的域,和离解GRP78允许ATF6运输到高尔基体(11]。进一步ER ATF6腔的域是二硫键和ER应激减少扮演重要角色易位的高尔基体和后续识别site-1和site 2蛋白酶(S1P和S2P) (10]。这些差异可以解释不同的动力学在IRE1激活,活跃,ATF6各种ER应激诱导物。

活跃磷酸化激活翻译起始因子2α(eIF2),从而减少翻译的速度和蛋白质上的负载ER (12,13]。的磷酸化eIF2矛盾的增加翻译ATF4信使rna产生激活的转录因子表达的几个UPR目标基因(12,14]。ER的激活蛋白激酶IRE1触发其内切核糖核酸酶活性诱导乳沟的X框结合蛋白1 (XBP1) mRNA。XBP1 mRNA然后结扎,但一个个RNA连接酶和翻译产生拼接XBP1蛋白(15]。拼接XBP1的蛋白质是一个高度活跃转录因子以及监管机构对ER折叠的一个关键能力(16]。同时,ATF6释放GRP78和运输到高尔基体裂解释放转录活性片段(17]。裂解ATF6行为与拼接XBP1蛋白诱导表达的基因编码的蛋白质的陪伴和组件ER-associated退化(ERAD)机械18,19]。此外,ER应激可以诱导自噬(20.),分解代谢的细胞程序促进细胞生存在许多地方,但与nonapoptotic诱导细胞死亡有关他人的(21]。

正如上面所讨论的三个近端传感器ER应激是活跃的,ATF6, IRE1。暴露在ER应激激活的近端传感器导致IRE1自身磷酸化丝氨酸724,活跃在980年苏氨酸的自身磷酸化,蛋白水解处理长篇ATF6 [1,2]。90 kDa长篇ATF6处理在高尔基体活跃50 kDa的形式通过连续的劈理site-1和site 2蛋白酶(S1P和S2P) (17]。因此,蛋白水解处理ATF6和磷酸化的活跃和IRE1可以作为标记他们的激活状态。然而,检测裂解ATF6, phospho-PERK phosho-IRE1表达很困难,因为这些都是在非常低的水平,目前缺乏良好的商业抗体检测。在过去的10年中,快速进展在理解UPR的分子机制和基因调节的UPR已确定。大多数这些基因功能的恢复体内平衡,减轻内质网压力。因此,这些基因可以作为特定UPR的标记。在我们的经验中发现的蛋白水解处理ATF6或活跃的磷酸化和IRE1是不可取的。相反,我们建议下游蛋白质的检测目标的ER应激如排骨、爬虫,XBP1, GRP78和ATF4 (http://saturn.med.nyu.edu/research/mp/ronlab/Postings/UPR.detect.html)是一个更健壮的方法检测UPR的激活。ER应激的最常用的指标之一是增加转录因子的表达水平和核易位C / EBP同源蛋白质(切)22,23]。然而,最近报道说,三商用砍抗体给了错误的结果通过免疫印迹和免疫细胞化学检测切(24]。此外,lot-to-lot特异性差异来自同一商业来源(24]。因此,我们建议首先验证的特异性抗体用于检测砍蛋白表达建立ER应激的存在与否。

UPR通路对正常的细胞内稳态和发展至关重要,也许多疾病的发病机制中起重要作用[25,26]。病理生理条件,可以扰乱ER内稳态的例子包括中风、缺血、糖尿病、病毒感染和突变,影响蛋白质折叠(25,26]。尽管ER应激和UPR的重要性正在日益认可,我们仍然只有数量有限的监控UPR的好诊断方法。这种限制会阻碍我们的UPR的完整理解和监测,在某些情况下,它可能会导致混乱。重要的是,没有绝对的标准确定UPR信号,可以适用于任何情况。这是因为有些化验是不适当的,有问题的,也可能不工作在特定的细胞,组织,或模型系统。

2。实验方法检测ER应激

2.1。XBP1 mRNA的拼接

为了应对展开蛋白质的积累,IRE1 oligomerizes膜的平面上,允许transautophosphorylation并列的激酶域。激酶域的transautophosphorylation IRE1激活其不同寻常的效应函数,导致mRNA的非传统的拼接,编码一个名为XBP1的转录因子(15]。在后生动物,26-nucleotide基因内区被激活IRE1拼接出,导致密码子的转变阅读框(图1(一))。XBP1蛋白质编码的拼接mRNA更稳定,是一个强有力的basic-leucine拉链(bZIP)家族的转录因子以及监管机构对ER折叠的一个关键能力(15,16]。XBP1 mRNA的拼接可以通过半定量rt - pcr检测到使用特定的引物XBP1将检测unspliced和拼接亚型。的来引物序列用于检测unspliced和拼接XBP1 mRNA如下表示。

老鼠XBP1
正向引物:TTACGAGAGAAAACTCATGGGC
反向引物:GGGTCCAACTTGTCCAGAATGC
PCR产品:大小unspliced XBP1英国石油(bp)拼接XBP1英国石油公司。

人类XBP1
正向引物:TTACGAGAGAAAACTCATGGCC
反向引物:GGGTCCAAGTTGTCCAGAATGC
PCR产品:大小unspliced XBP1英国石油(bp)拼接XBP1英国石油公司。

鼠标XBP1
正向引物:GAACCAGGAGTTAAGAACACG
反向引物:AGGCAACAGTGTCAGAGTCC
PCR产品:大小unspliced XBP1英国石油(bp)拼接XBP1英国石油公司。

我们发现IRE1-dependent拼接XBP1的mRNA ER应激条件下通过使用各种突变体的IRE1(数字1(一)和1 (b))。各种哺乳动物细胞系可用于确定XBP1的拼接。遵循这一方法,细胞应该播种six-well板块和转染表示IRE1突变体。转染后24小时,细胞受到ER应激刺激,例如,衣霉素,thapsigargin或Brefeldin不同时间点6-48小时不等。三种化学物质通常用于实验诱导ER应激:衣霉素(σ),thapsigargin(σ),和Brefeldin (BFA)(σ)。虽然这些化学物质目标的不同组件,它们共同影响干扰ER功能,从而导致ER蛋白质错误折叠。衣霉素抑制N-linked糖基化,而thapsigargin块ER钙腺苷三磷酸酶泵,导致ER钙商店的损耗。Brefeldin干扰蛋白质运输从内质网到高尔基体通过抑制交通在高尔基体,从而导致蛋白质积累在ER。浓度和时间的治疗取决于系统被研究和需要决定单独为每个系统。细胞收获和总RNA是孤立的使用RNeasy工具包(试剂盒)或试剂盒试剂(英杰公司)根据制造商的指示。 Reverse transcription (RT) is carried out with 2 g RNA和低聚糖dT(英杰公司)使用20 U上标二世逆转录酶(表达载体)。标准条件的rt - pcr可以用于确定XBP1的unspliced和拼接亚型(图1 (b))。ER stress-mediated IRE1 XBP1的拼接需要激活,如果IRE1的功能被破坏,ER stress-mediated XBP1的拼接是减毒(图1 (b))。

2.2。UPR目标基因的mRNA水平

ER应激反应是一种自动调整的程序移植大量的基因,扩大的折叠能力,如ER陪伴和ERAD组件(1]。映射的启动子的ER应激反应基因,如毕普/ GRP78、GRP94, calreticulin,爬虫,EDEM1, HRD1,已经确定了三个cis-acting响应元素,即分散(ER应激反应元素),ERSE-II II) (ER应激反应元素,和UPRE(展开蛋白质反应元素)(27- - - - - -31日]。序列CCAAT-N9-CCACG爱尔兰克尔特语有一个共识,这是必要且充分的至少三个主要的感应ER监护人(GRP78、GRP94和calreticulin) (28,31日]。爬虫,其中最高度诱导基因在UPR不仅有一个启动子,其中包含爱尔兰克尔特语也是一种cis- - - - - -代理ATTGG-N序列元素₁-CCACG称为ESRE-II [27]。UPRE包含TGA的共识序列CGTGG/最初识别作为DNA序列受细菌表达ATF6 [29日]。ATF6损失导致减少UPRE含有基因的激活,如EDEM1和HRD1 [19]。我们建议确定真正的UPR目标基因的转录水平的感应据报道发生在ER应激条件,其包含至少一个启动子区域的三个cis-acting响应元素,即分散,UPRE或ERSE-II。

在我们的实验室中,感应UPR目标基因的信使rna已经检测到多种哺乳动物细胞系使用实时rt - pcr(图1 (c))。细胞通常诱导进行ER应激通过与衣霉素孵化,thapsigargin或Brefeldin a的浓度和时间的治疗取决于系统被研究和需要决定单独为每个系统。在这些实验中细胞ER应激诱导处理代理如Tg、Tm、论坛和总RNA分离使用RNeasy工具包(试剂盒)或试剂盒试剂(英杰公司)根据制造商的指示。逆转录(RT) 2g RNA和低聚糖dT(英杰公司)使用20 U上标二世逆转录酶(表达载体)。实时PCR实验中,混合互补产品和2×TaqMan大师混合和20×TaqMan基因表达分析(应用生物系统公司)和接受40 PCR循环StepOnePlus仪器(应用生物系统公司)。相对表达与ΔΔCT评估方法。我们想指出,其他方法检测mRNA水平如northern、核糖核酸酶保护化验,常规rt - pcr也可以使用。我们喜欢实时rt - pcr和TaqMan化学(也称为“fluorogenic核酸酶化学”),因为它的敏感性,特异性,速度,和易于处理。表1提供了一个列表的TaqMan化验(应用生物系统公司)工作可再生产地在我们的经验中发现几个UPR的记录标记。

2.3。免疫印迹和免疫组织化学UPR目标基因

我们建议确定了UPR目标基因的蛋白质含量的感应据报道发生在ER应激的相关条件。激活的UPR被发现在各种病理状态的大脑包括缺血和退化性疾病。增加活跃的磷酸化作用已被证明脑缺血和再灌注后通过免疫组织化学分析(32]。几个后期主要人类阿尔茨海默氏症的大脑组织的研究表明ER应激的形式增强ER伴侣蛋白表达和免疫组织化学反应的特定标记UPR [33,34]。最近我们发现GRP78的表达增加,切,在急性XBP1,活跃,和慢性多发性硬化症(MS)损伤的免疫组织化学和dual-immunofluorescent分析(35]。图2(一个)免疫组织化学染色显示固定冷冻石蜡包埋(FFPE)脑组织部分病人显示女士upregulation砍,GRP78, XBP1。特定的抗体使用详细的表1。FFPE组织用于优先冻块在我们手中,产生更高质量的染色背景和更少的染色较低的工件。deparaffinization后,所有部分都是在室温下孵化10分钟在甲醇3%过氧化氢(Sigma-Aldrich、都柏林),阻止内生氧化酵素。剁碎,GRP78染色,抗原检索是通过孵化部分pH值在0.01 M Tris-EDTA 9 (Sigma-Aldrich、都柏林)为2分钟至开足马力压力锅。检索抗原XBP1染色之前,组织放置在0.01 M柠檬酸pH值9 (Sigma-Aldrich、都柏林)之前用微波炉加热20分钟在700年瓦特三洋微波炉。切,GRP78,或者XBP1抗体检测在室温下孵化后30分钟peroxidase-labeled设想anti-mouse或anti-rabbit抗体(Dako、伊利、英国),3,——diaminobenzidine (DAB)作为发色体(Dako、伊利、英国)。

当进行免疫印迹,我们建议执行标准程序来确定善意UPR目标基因的蛋白质含量在蛋白质样品(图2 (b))。表2提供了一个列表的抗体效果最好、最可再生产地在我们的经验中发现几个UPR标记蛋白免疫印迹和免疫组织化学。

2.4。记者化验XBP1和ATF6的活动

UPR的最显著特征是增加transactivation bZIP转录因子的功能,如ATF6 ATF4, XBP1。完善,UPR目标基因的转录诱导ER应激是由cis激活反应元素。有几个记者系统可以用来探测ATF6和XBP1激活。p5xATF6-GL3记者,荧光素酶基因的控制下c-fos最小启动子和五个串联的副本ATF6共识结合位点identifed通过体外凝胶迁移转变化验重组ATF6 [29日]。p4xXBPGL3记者,荧光素酶基因的控制下四个串联的副本XBP1共识结合位点(16]。此外还有其他几种分散记者GRP78的启动子区域,GRP94, Calreticulin, XBP1 [28),和一个ERSE-II记者的爬虫上游启动子荧光素酶报告基因的27]。这些记者应该结合使用相应的突变体启动子的功能cis-elements突变。这些记者的优势是,它们可以用来监控激活内源性ER应激。然而,有一些问题是否这些记者回应主要内生ATF6和/或XBP1,自从XBP1的结合位点与ATF6类似网站,和激活形式的ATF6和XBP1都可以激活记者。此外,ATF6和XBP1二聚化体内ATF6-XBP1异质二聚体具有8番更高的亲和力比XBP1 UPRE为(19]。然而,luciferase-based记者是一个非常敏感的方法来检测ER应激激活ATF6无论是措施,XBP1,或两者兼而有之。

各种哺乳动物细胞系可用于确定XBP1的活动/ ATF6使用这些记者结构。细胞应该播种six-well盘子和优化转染的转染方法24小时后。每个好应该包含的转染混合物的荧光素酶报告基因和一个内部控制转染效率(Renilla荧光素酶或正常化牛乳糖)。内部控制质粒并不是对ER应激。细胞诱导、转染后24小时进行ER应激通过与合适的衣霉素浓度孵化,thapsigargin或Brefeldin不同时间点从6-48小时。细胞然后收获和萤火虫荧光素酶存在于细胞溶解产物测量以及适当的内部控制(Renilla荧光素酶牛乳糖)。结果应该规范化的内部控制每个点确定褶皱记者活动的感应。

2.5。检测ER IRE1激活和ATF6易位的原子核与荧光显微镜

ER stress-dependent拼接XBP1的用于开发荧光记者通过融合XBP1序列构造金星绿色荧光蛋白的变异使IRE1的激活被监控(36,37]。XBP1的设计金星记者如图3(一个)。在这种构造,该基因编码金星是克隆下游26-nt ER stress-specific内含子的人类呢XBP1(36]。在正常情况下,没有拼接融合基因的信使rna,及其翻译终止之间的关节附近的终止密码子XBP1和金星基因。然而,在ER应激,26-nt基因内区拼接,导致一个框架嵌合XBP1的转变金星信使rna,类似于内生XBP1 mRNA。翻译的拼接信使rna产生XBP1 -金星融合蛋白和细胞经历ER应激可以被监视的荧光活性金星。作为金星表达式只能从XBP1-GFP mRNA的拼接形式出现,它的存在信号IRE1的激活。经XBP1-GFP记者进入细胞,转染衣霉素治疗结果在核探测荧光,而微不足道的荧光检测到任何舱在正常情况下(36,37]。此外,金星表达在衣霉素治疗已被证明在拼接化验与程度的UPR内含子的剪接XBP1 / GFP mRNA [36,37]。我们使用293 t细胞检测激活IRE1使用两种不同的XBP1 -金星记者质粒:F-XBP1 -金星和F-XBP1ΔDBD -金星(图3(一个))。F-XBP1ΔDBD -金星构造,dna结合域(DBD) XBP1的删除。F-XBP1ΔDBD -金星构造建议使用的超表达F-XBP1ΔDBD -金星不影响诱导UPR目标基因,可以用来检测激活IRE1类似F-XBP1 -金星构造。F-XBP1ΔDBD -金星构建转基因小鼠模型已经被用来生成一个用于监视ER应激(稍后讨论)。转染后24小时,细胞诱导进行ER应激通过与合适的衣霉素浓度孵化,24小时。在细胞转染F-XBP1 -金星构造,衣霉素治疗导致的核(图中绿色荧光3 (b))。然而在细胞转染F-XBP1ΔDBD -金星构造,衣霉素治疗导致的细胞溶质(图中绿色荧光3 (b))。很重要的一点要注意的是,过度的F-XBP1 -金星构造干扰感应UPR目标基因的显性负的方式(36]。然而,主要缺点是相对大量的细胞中表达GFP需要可视化的显微镜。因此,将会有一个时间滞后之间的实际IRE1激活及其检测绿色荧光蛋白的积累。

ATF6激活监管关键一步是交通从内质网到高尔基体的,由S1P和S2P蛋白酶处理的地方38,39]。ATF6细胞质碎片,从而从膜中解放出来,把进入细胞核,激活靶基因的转录38,39]。GFP-ATF6融合蛋白,凡从ER细胞核通过ER应激反应的高尔基体,可用于监测ATF6激活的荧光显微镜(38,39]。然而,这种方法的一个局限是,超表达有时可以改变蛋白质的亚细胞定位和动力学贩运。这个问题已经解决在一定程度上缩短CMV启动子的表达GFP-ATF6有5 430个碱基对的缺失的一面。简短的启动子具有活动大大低于完整的启动子和GFP-ATF6表示完全使用简短的CMV启动子是局部ER和把原子核与内生ATF6 [39]。检测GFP-ATF6,转染293 t细胞与pCMVshort-EGFP-ATF6 (WT) pCMVshort-EGFP-ATF6 (S1P^{- - - - - -})和pCMVshort-EGFP-ATF6 (S2P^{- - - - - -})质粒。pCMVshort-EGFP-ATF6 (S1P^{- - - - - -})和pCMVshort-EGFP-ATF6 (S2P^{- - - - - -})有一个突变,废除S1P或S2P的乳沟,分别。细胞,转染后24小时服用1克/毫升衣霉素。如图4(一),野生型GFP-ATF6通过高尔基体转移到细胞核。EGFP-ATF6 (S1P^{- - - - - -})和EGFP-ATF6 (S2P^{- - - - - -})293年局部t细胞类似于野生型GFP-ATF6(图4 (b):a - c)。与野生型相比GFP-ATF6(图4 (b):a、d、g) GFP-ATF6_ (S1P^{- - - - - -})(图4 (b):b、e、h)和EGFP-ATF6 (S2P^{- - - - - -})(图4 (b):c、f i)保持与高尔基体甚至衣霉素治疗后4小时。这些结果说明S1P乳沟,S2P GFP-ATF6的处理至关重要,只有加工产品,GFP-ATF6,可以进入细胞核。GFP的优点是它的固有荧光允许易位ATF6在单个活细胞和持续跟踪整个过程随着时间的使用记录,例如,延时摄影。

2.6。使用转基因模型

ER应激与人类神经疾病,如帕金森病、阿尔茨海默氏症,以及其他障碍(25]。的贡献和休闲各种疾病过程中ER应激的影响不清楚。此外,组件所需的ER应激信号也在开发过程中(40,41]。体内ER应激的研究将提供重要的信息和有用的病理学和发育生物学。两个不同的转基因小鼠模型描述了监测体内ER应激。第一个模型,称为“呃压力激发了指标”(ERAI),被融合XBP1和构造金星绿色荧光蛋白的一种变体(描述的部分2.4)[36]。这只老鼠模型可以作为一个特定的和ER应激的敏感指标在开发过程中体内和疾病,以及分析药物对ER函数的影响。然而,这种ERAI模型检测激活IRE1只有ATF6,不透露任何信息和激活。该模型的其他限制包括缺乏ERAI表达式在某些细胞类型和无法检测微弱的ER应激信号。

第二个模型,称为ERSE-LacZ模型,是由使用LacZ报告基因由3个碱基鼠GRP78启动子(42]。两个额外的转基因线已经报道了这个模型。首先,D300LacZ鼠标内部有一个230个基点删除从300−−70,这样可以排除已知的ER stress-inducible GRP78的子元素,包括分散cAMP-response元素(CRE) (42]。第二,D170LacZ鼠标有100个基点内部删除跨越170−−70,这消除了只有三个串联的副本分散(42]。野生型ERSE-LacZ模型概括内生GRP78的表达谱与早期胚胎中表达最高的心这是依赖于存在分散GRP78的启动子区域。使用ERSE-LacZ模型时,推荐使用野生型GRP78发起人连同ERSE-deleted GRP78启动子。ERSE-deleted GRP78特异性启动子作为一个重要的控制体内ERSE-mediated ER应激。然而,这个系统没有透露任何关于三种不同武器的UPR的信息。ERSE-LacZ模型的一个明显的限制是可能的干涉信号不能直接与ER应激因为GRP78的表达是受其他转录因子的协调功能,可以分散以外的行为。因此,虽然ERAI和ERSE-lacZ小鼠模型有其独特的优势和缺陷,他们可以互补提供新颖的见解的复杂性ER应激信号在多细胞生物体内。

3所示。结束语

除了维护ER的体内平衡功能,ER应激反应参与许多细胞过程。已经表明,ER压力感应在B细胞的分化成antibody-secreting浆细胞,可能由于需要增加分泌细胞的能力。此外,ER应激激活与一些人类疾病包括阿尔茨海默氏症、糖尿病和动脉粥样硬化。上述实验方法应该证明有用的那些研究ER应激在体外和体内。进一步说,这些实验策略可能成为开发新方法和UPR可以改善我们的理解。尽管如此,它是有用的建立指导方针可接受化验,可以可靠地监控UPR在许多实验系统。

缩写

ATF4:	激活转录因子4
ATF6:	激活转录因子6
毕普:	结合免疫球蛋白的蛋白质
论坛:	Brefeldin一
bZIP:	基本亮氨酸拉链域
切:	CAAT /增强子结合蛋白(C / EBP)同源蛋白质
巨细胞病毒:	巨细胞病毒
CRE:	cAMP-response元素
eIF2:	真核起始因子2
ERAD:	ER-associated退化机械
EDEM1:	呃降解增强剂,甘露糖苷酶alpha-like 1
分散:	ER应激反应元素
ERAI:	ER压力激发了指标
FFPE:	固定冷冻石蜡包埋
GRP78:	葡萄糖调节蛋白78
GRP94:	含有葡萄糖相关蛋白质94
绿色荧光蛋白:	绿色荧光蛋白
爬虫:	homocysteine-induced ER蛋白质
HRD1:	β-还原酶降解1
IRE1:	Inositol-requiring酶1
女士:	多发性硬化症
聚合酶链反应:	聚合酶链反应
好处:	PKR-like ER激酶
RT:	反转录
S1P:	Site-1蛋白酶
S2P:	site 2蛋白酶
TG:	Thapsigargin
TM:	衣霉素
UPR:	展开的蛋白质反应。

确认

作者向同事道歉的主要由于空间限制不能引用的引用。工作在实验室已经从科学基金会赠款支持爱尔兰,爱尔兰健康研究委员会和企业。传出这个出版研究的财政支持爱尔兰科学基金会资助下数字06 / RFP / BIC002和05 / IN3 / B851为。女士从佛罗里达大学的实验室是由爱尔兰和爱尔兰国立大学的基金会办公室,高威。作者欣然承认Aoife倪Mhaille博士的贡献(NUIG)和斯蒂芬博士McQuaid贝尔法斯特女王大学的人类女士组织进行免疫组织化学染色。人类组织样本由英国多发性硬化组织银行,由大不列颠及北爱尔兰多发性硬化症协会,207495年注册的慈善机构。人体组织也从回顾获得女士组织存储在神经病理学,皇家集团医院的信任,英国贝尔法斯特。

引用

1. d·罗恩和p·沃尔特”信号集成在内质网的蛋白质反应,”自然评论分子细胞生物学,8卷,不。7,519 - 529年,2007页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
2. m·施罗德和r·j·考夫曼”哺乳动物的蛋白质反应,”年度回顾生物化学卷,74年,第789 - 739页,2005年。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
3. Malhotra和r·j·j·d·考夫曼,内质网和展开的蛋白质反应,”在细胞和发育生物学研讨会,18卷,不。6,716 - 731年,2007页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
4. d . Oikawa y Kimata、竹内m和k . Kohno“内质网压力传感器的一个重要dimer-forming次区域Ire1,”生物化学杂志,卷391,不。1,第142 - 135页,2005。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
5. d . Oikawa y Kimata, k . Kohno”Self-association毕普离解并不是足够的ER应激激活的传感器Ire1,”《细胞科学,卷120,不。9日,第1688 - 1681页,2007年。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
6. j。j摇篮,j . s . Finer-Moore f . r .爸爸,r·m·斯特劳德和p·沃尔特,“在传感的机理展开蛋白质在内质网中,“美国国家科学院院刊》上的美利坚合众国,卷102,不。52岁,18773 - 18784年,2005页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
7. y Kimata、y Ishiwata-Kimata t Ito et al .,“两个监管措施ER-stress传感器Ire1涉及其集群形成和相互作用的蛋白质,”细胞生物学杂志,卷179,不。1,第86 - 75页,2007。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
8. j .周c . y .刘,s . h . et al .,“人类IRE1的晶体结构腔的域显示一个守恒二聚接口所需的激活的蛋白质反应,”美国国家科学院院刊》上的美利坚合众国,卷103,不。39岁,14343 - 14348年,2006页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
9. d . Oikawa y Kimata、k . Kohno和t . Iwawaki”哺乳动物IRE1的激活$\alpha$在ER压力取决于毕普的分裂,而不是直接互动展开蛋白质,”实验细胞研究,卷315,不。15日,第2504 - 2496页,2009年。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
10. s . Nadanaka t·冈田克也、h .吉田和k·森”二硫桥的作用形成的腔的域的ATF6传感内质网压力,”分子和细胞生物学,27卷,不。3、1027 - 1043年,2007页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
11. l . j .沈x Chen Hendershot, r . Prywes”ER应激调节ATF6本地化的离解毕普/ GRP78绑定,高尔基体的暴露定位信号,”细胞发育,3卷,不。1,第111 - 99页,2002。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
12. 惠普哈丁,y, a . Bertolotti h .曾和d·罗恩,“活跃是在展开转化调控和细胞生存所必需的蛋白质反应,”分子细胞,5卷,不。5,897 - 904年,2000页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
13. H.-Y。江和r . c . Wek”的磷酸化$\alpha$亚基的真核起始因子2 (eIF2$\alpha$)减少蛋白质合成,增强了细胞凋亡蛋白酶体抑制,”生物化学杂志,卷280,不。14日,第14202 - 14189页,2005年。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
14. 惠普哈丁,y, h .曾庆红et al。”一个集成的压力反应调节氨基酸代谢和抗氧化应激,”分子细胞,11卷,不。3、619 - 633年,2003页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
15. m . Calfon h .曾庆红,f .铀源et al .,“IRE1夫妇内质网负载处理XBP-1 mRNA的分泌能力,”自然,卷415,不。6867年,第96 - 92页,2002年。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
16. A.-H。李:n Iwakoshi, l·h·格里姆彻”XBP-1调节内质网的一个子集居民伴侣蛋白基因在展开的蛋白质反应,”分子和细胞生物学,23卷,不。21日,第7459 - 7448页,2003年。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
17. 吉田k阴霾,h, h .昭t . Yura呢,和k·森“哺乳动物转录因子ATF6合成为一个跨膜蛋白和蛋白水解作用激活内质网应激,”细胞的分子生物学,10卷,不。11日,第3799 - 3787页,1999年。视图:谷歌学术搜索
18. d . t . j . Wu资助,ATF6 Dubois et al。。$\mathrm{一个}$优化长期内质网功能保护细胞免受慢性压力,”细胞发育,13卷,不。3、351 - 364年,2007页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
19. 山本k, t .佐藤,t .松井et al .,“转录诱导哺乳动物ER质量控制蛋白质是由单一或ATF6联合行动$\mathrm{一个}$,XBP1。”细胞发育,13卷,不。3、365 - 376年,2007页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
20. 理事长绪方m . siv。日野,齐藤et al。”自噬激活内质网后对细胞的生存压力,”分子和细胞生物学,26卷,不。24日,第9231 - 9220页,2006年。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
21. b . Levine和g .获得”,自噬在衰老,疾病和死亡:细胞死亡骗子的真实身份,“细胞死亡和分化,16卷,不。1、1 - 2,2009页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
22. X.-Z。b·劳森,j·w·布鲁尔et al .,”来自内质网压力诱导的信号C / EBP-homologous蛋白质(切/ GADD153),“分子和细胞生物学,16卷,不。8,4273 - 4280年,1996页。视图:谷歌学术搜索
23. X.-Z。小王和d·罗恩,“应激磷酸化和激活的转录因子砍(GADD153) p38激酶地图,”科学,卷272,不。5266年,第1349 - 1347页,1996年。视图:谷歌学术搜索
24. l . Haataja t . Gurlo C.-J。黄,p·c·巴特勒,“许多商用切表达的抗体检测标记的内质网应激特异性评估失败,”细胞生物化学和生物物理学,51卷,不。2 - 3、105 - 107年,2008页。视图:谷歌学术搜索
25. j·h·林·沃尔特和t . s . b .日圆,内质网应激在疾病发病机理,“年度回顾病理:疾病的机制,3卷,第425 - 399页,2008年。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
26. 金,w . Xu和j·c·里德“细胞死亡和内质网压力:疾病相关性和治疗机会,”自然评论药物发现,7卷,不。12日,第1030 - 1013页,2008年。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
27. k . Kokame h·加藤,t . Miyata”识别ERSE-II,一个新的cis-acting元素负责ATF6-dependent哺乳动物展开的蛋白质反应,”生物化学杂志,卷276,不。12日,第9205 - 9199页,2001年。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
28. 罗伊b和a . s . Lee,哺乳动物的内质网应激反应元素包含一个进化守恒的三重结构与小说stress-inducible复杂的相互作用,”核酸的研究,27卷,不。6,1437 - 1443年,1999页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
29. 沈j . y . Wang, n . Arenzana w . Tirasophon r·j·考夫曼和r . Prywes”激活ATF6和ATF6 DNA结合位点的内质网应激反应,”生物化学杂志,卷275,不。35岁,27013 - 27020年,2000页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
30. k .山本h .吉田k . Kokame r·j·考夫曼和k·森“微分ATF6贡献和XBP1的激活内质网逆境应答cis-acting元素分散,UPRE ERSE-II,”生物化学杂志,卷136,不。3、343 - 350年,2004页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
31. h .吉田k阴霾,h昭,t . Yura呢,和k·森”cis激活内质网应激反应的识别元素负责转录诱导哺乳动物glucose-regulated蛋白质:基本亮氨酸拉链转录因子的参与,“生物化学杂志,卷273,不。50岁,33741 - 33749年,1998页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
32. t . Hayashi a .齐藤s Okuno et al .,“氧化损伤的内质网参与缺血性神经元细胞死亡,”脑血流量和新陈代谢杂志》上,23卷,不。10日,1117 - 1128年,2003页。视图:谷歌学术搜索
33. Unterberger, r . Hoftberger e·盖尔皮h .闪烁,h公司,和t . Voigtlander“内质网压力特性突出在阿尔茨海默病而不是朊病毒疾病的体内,“神经病理学和实验神经学杂志》上,卷65,不。4、348 - 357年,2006页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
34. j·j·m·Hoozemans r . Veerhuis e . s . Van Haastert et al .,”展开的蛋白质反应被激活在阿尔茨海默氏症,”Acta Neuropathologica,卷110,不。2、165 - 172年,2005页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
35. a . n . Mhaille s McQuaid a Windebank et al .,“增加内质网应激相关信号通路的分子的表达在多发性硬化病变,“神经病理学和实验神经学杂志》上,卷67,不。3、200 - 211年,2008页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
36. t . Iwawaki r·雅佳、k . Kohno和m .三浦”转基因小鼠模型,以监测内质网压力,”自然医学,10卷,不。1,第102 - 98页,2004。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
37. r·布鲁斯s . a . Omori f·韦伯et al .,”B - t细胞发展涉及活动展开的蛋白质反应途径,”生物化学杂志,卷283,不。26日,第17961 - 17954页,2008年。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
38. x陈、j .沈和r . Prywes”的腔的领域ATF6感官内质网(ER)压力和易位ATF6从内质网到高尔基体的原因,“生物化学杂志,卷277,不。15日,第13052 - 13045页,2002年。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
39. s Nadanaka h .吉田f·卡诺,m .日本村田公司和英国森“哺乳动物的蛋白质的活化反应符合质量管理体系操作在内质网中,“细胞的分子生物学,15卷,不。6,2537 - 2548年,2004页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
40. a . m . Reimold n . n . Iwakoshi j .酱油et al .,“浆细胞分化需要转录因子XBP-1。”自然,卷412,不。6844年,第307 - 300页,2001年。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
41. x沈,r·e·埃利斯k .李et al .,“互补信号通路调节的蛋白质反应和需要秀丽隐杆线虫发展。”细胞,卷107,不。7,893 - 903年,2001页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
42. c .毛观测。Tai, y呗,c . Poizat和a . s .李”体内的Grp78 /毕普转录调控胚胎心脏:内质网应激反应元素的作用和GATA-4,”生物化学杂志,卷281,不。13日,8877 - 8887年,2006页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索

版权

版权©2010 Afshin Samali等。这是一个开放的分布式下文章知识共享归属许可,它允许无限制的使用、分配和复制在任何媒介,提供最初的工作是正确引用。