一个间隙4 q删除马赛克互补环形染色体与先天性畸形儿童,线性皮肤色素沉着,和肝肿大

文摘

间质缺失4问很少报道,大小不同,genotype-phenotype相关性有限。这里,全基因组全息阵列分析确定了21.6 Mb的拷贝数损失4 q12-q21.1病人诊断为先天性畸形,线性皮肤色素沉着,和肝肿大。一个额外的小环形染色体通过G-banding 5/30细胞检查中发现。确认环形染色体的起源是通过鱼分析环形染色体包含材料的确认删除染色体4的区域,因此补充21.6 Mb删除。进一步的微阵列研究的渊源者使用不同的微阵列平台没有镶嵌性的证据。这个例子强调了一个集成的重要性方法细胞遗传学分析和演示的G-banding值检测镶嵌性,是目前微阵列平台无法检测低水平马赛克。

1。介绍

微阵列分析是先天性畸形的一线测试和/或发育迟缓的遗传学实验室,但其他技术可以有用的除了这种方法取决于病人的临床特征和异常检测的类型。间隙删除4 q与变异性的大小已报告之前,基因的内容,和表型;但是删除免费赠送环形染色体没有之前报道的文献在产后上下文。

2。案例展示

病人被称为微阵列分析在6个月的年龄。他面对upslanting睑裂,朝天鼻和耳垂,发散斜视,畸形足,肝肿大线性肤色,发育迟缓。他的心脏评估是正常,身高和体重都在2 nd-9th百分位数。

全基因组aCGH分析从外周血中提取的DNA进行了使用罗氏135 K WG CGH v.3.1平台(图1)。这确定了21.6 Mb删除:加勒比海盗4 [HG19] q12q21.1 x1 (56288188 _77876928)。

这一发现证实了使用一个单独的芯片平台,Affymetrix 750 K SNP数组(图2)。

由于病人的线性皮肤色素沉着,一个初始30-cell G-banding屏幕从淋巴细胞文化进行了与微阵列分析排除镶嵌性的可能性。25/30的细胞包含一个间隙检查删除4号染色体的长臂,和5/30的细胞(16.7%)被发现包含一个环形染色体除了删除染色体4。没有任何证据表明镶嵌性从微阵列平台。

煽动鱼分析证实环形染色体的起源。整个染色体描绘证明了环起源于染色体4(图3)。

BlueGnome鱼探针rp11 - 158016为该地区4 q13.1确认删除和4问材料从这个地区在环形染色体(图4)。

父母的核型分析和鱼发现新创的重排。

这三种细胞遗传学技术的结合产生了以下最终ISCN:46,XY,德尔(4)(q12q21.1) .arr [HG19] 4 q12q21.1 (56288188 _77876928) x1dn [)/ 47,XY,德尔(4)(q12q21.1) + r (4) (q12q21.1) dn []。

22个月,病人被拉站,几句话。

3所示。讨论

删除的区域包含129个基因,其中没有一个有明确的文学与患者的表型。EPHA5,一个基因与神经发展,尤其是突触形成在小鼠模型1]。这种基因有haploinsufficiency (HI)得分5.72%,这表明这个基因预测剂量效应。UBA6 (ubiquitin-like modifier-activating酶6)一直在与一个角色相关联的神经发育和行为障碍的小鼠模型,嗨分数的26.21%,因此可能有剂量效应(2]。

只有一个类似马赛克的互补环形染色体4之前已经报道过(3]。删除的区域大约22 Mb在4 q11q13.3互补环形染色体被G-banding在13 9细胞和鱼。这是产前在超声波扫描,没有发现没有异常妊娠结局的信息。

患者出删除本地区(但没有互补的环形染色体)已报告了中度到重度精神发育迟滞,小面部异常,生长迟缓(4]。一些患者也有花斑的特质被映射到KIT基因(5在4 q12);然而Hemati et al。6]报道工具包haploinsufficiency患者和无斑驳病这表明设备的角色不一定是一个简单的剂量效应。这个基因中没有删除我们的病人;因此线性肤色很可能促使屏幕镶嵌现象是由于病人的镶嵌状态而不是遗传的内容删除。之前没有类似的删除已报告在我们的实验室。

较小的删除也被记录在协会有轻度智力残疾,和UBA6也提出作为一个候选基因(7]。

解密数据库显示病人(ref . 288886)和类似的删除(21.48 Mb)和智力缺陷记录为“可能致病”和多种先天性畸形和较小的患者,19 Mb,删除(ref . 275438)和未知的继承和致病性。参见图5比较报告的病人。

搜索的DGV基因组变异(数据库)表示,这个地区没有发现拷贝数亏损在正常个体。

这个大删除4问可能会导致患者的表型,尽管任何基因剂量效应尚未被证实。一般来说,大型删除4问有那么严重的表型可能会考虑到大量的基因将符合这个病人的相对温和的特性。互补的环形染色体可以弥补缺失可能导致温和表型根据镶嵌性在不同组织的水平。目前还不清楚如果表型是由于补偿镶嵌性或纯粹的基因内容删除。因为这是第二次补充环报告这个地区,它表明这个地区可能会容易重组和其他患者环互补染色体可能是低估了。

这个例子强调了一个集成的细胞遗传学分析方法的重要性,和微阵列分析没有检测到低水平镶嵌性(< 20%)的r(4)在这种情况下,我们建议,如果一个病人表型的镶嵌性的说明G-banded得分和微阵列分析应该并行执行。

信息披露

早期版本的工作提出了作为一个在2014年利物浦acg会议海报。

的利益冲突

作者宣称没有利益冲突。

引用

1. g . Das Yu, r .回族k . Reuhl n w·盖尔和r·周”EphA5 EphA6:神经和脊柱形态的规定,“细胞和生物科学》第六卷,没有。1,货号。48岁的2016人。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
2. p·c·w·李,J.-C。Dodart l . Aron et al .,“改变社会行为和神经发展在老鼠身上缺乏uba6-use1泛素转移系统,”分子细胞,50卷,不。2、172 - 184年,2013页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
3. a . Capalbo l . Sinibaldi l . Bernardini et al .,“间质4 q删除关联到一个马赛克补充额外标记染色体在产前诊断,”产前诊断,33卷,不。8,782 - 796年,2013页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
4. 藤本,k . s . Reddy, r .是“间质删除染色体4,德尔(4)(q12q21.1),在一个智障男孩花斑的特征,由于母亲的插入,ins (8; 4)”美国医学遗传学》杂志上,卷75,不。1,第81 - 78页,1998。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
5. a . Schinzel c·p·Braegger l . Brecevic f . dut f . Binkert,“间质删除德尔(4)(q12q21.1),由于新创不平衡易位在一个2岁的女孩:进一步证明,花斑的特征映射到近端4 q12,”医学遗传学杂志,34卷,不。8,692 - 695年,1997页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
6. p . Hemati c·杜Souich, c . f . Boerkoel”4 q12-4q21.21删除genotype-phenotype相关性和工具包haploinsufficiency没有斑驳病的存在,”美国医学遗传学杂志》,部分,卷167,不。1,第237 - 231页,2015。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
7. 即Quintela f·巴罗斯,m . Fernandez-Prieto et al .,“间隙微小缺失包括染色体带4 q13.2 UBA6基因的智力障碍和行为障碍,原因可能是“美国医学遗传学杂志》,部分,卷167,不。12日,第3120 - 3113页,2015年。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索

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