之间的相关性LRP1B在胃癌肿瘤突变和变异的负担

文摘

背景。它已经表明,低密度脂蛋白受体相关蛋白1 b (LRP1B)突变与肿瘤突变负担(三甲)和黑色素瘤和非小细胞肺癌患者的预后,而之间的关系LRP1B突变和三甲胃癌需要进一步研究。本研究旨在探索之间的关系LRP1B突变和胃癌的三甲。方法。突变频率的基因在胃癌患者TCGA-STAD数据集分析生物信息学分析。之间的关系LRP1B突变,三甲,胃癌病人的临床特征是进行卡方检验。基于三甲预测能力LRP1B突变状态被ROC曲线评价。结果。LRP1B是十大基因在胃癌基因突变频率高。的突变状态LRP1B胃癌患者与年龄和显著相关TP53和MUC16突变状态。ROC曲线分析的结果显示,突变状态LRP1B可以被认为是一个指标的三甲胃癌患者的程度。结论。本研究提出了三甲和之间的关系LRP1B胃癌的突变,为胃癌的预后和治疗提供新颖的视角。

1。介绍

胃癌是世界上第四个最常见的癌症,第二个癌症相关死亡的主要原因,占所有新癌症病例的6.8%。此外,胃癌患者通常显示预后不良状态。报道,只有5%的胃癌患者存活五年或更长时间后预后,和死亡率占所有癌症的10% (1]。在中国,有679100新的胃癌病例和498000例死亡病例,2015年达到超过一半的全球胃癌死亡率(2]。

近年来,免疫检查点封锁(ICB)疗法,包括抗肿瘤antibody-4和/或anti-pd-1,显示持久的抗肿瘤作用在癌症的治疗3- - - - - -5]。肿瘤突变负担(三甲),定义为突变的总数(产生的突变)发现在肿瘤细胞的DNA,每百万基地被广泛称为生物标志物与临床反应相关,银行独立委员会的治疗黑色素瘤(6- - - - - -8),非小细胞肺癌(9,10),结肠直肠癌、胃癌(11]。三甲检测是基于广泛的下一代测序(上天)或whole-exome测序。最近,几项研究已经报道,一些简单的单基因突变检测等方法可以用来预测三甲(12]。众多研究表明,突变基因integrity-related基因等TP53(13),ATR(14)可能会导致基因组不稳定性,从而导致基因突变率高。此外,这些基因的突变与三甲(已报告6,9,15]。因此,研究关键基因的突变之间的相关性和三甲胃癌免疫治疗的指导有利于在胃癌患者。

低密度脂蛋白受体相关蛋白1 b (LRP1B)是一种公认的肿瘤抑制基因,编码一个内源性ldl受体。LRP1B在许多癌症表达减少,这是一种常见的基因突变在人类癌症15- - - - - -17]。在研究LRP1B,这是发现LRP1B起着重要的作用,可能成为癌症预后的标志在各种癌症的发展包括胃癌(18,19]。此外,重要的关系LRP1B肺癌和黑色素瘤的突变和三甲也被报道(15,20.]。然而,很少有研究之间的关系LRP1B突变和胃癌的三甲。

在这里,我们探讨了变异的状态LRP1B通过分析TCGA-STAD胃癌数据集。胃癌患者的临床特征之间的相关性LRP1B进行了分析。这是评估是否的突变状态LRP1B可能是预测胃癌患者对三甲水平。上面的结果应该是用于指导癌症患者的免疫治疗。

2。材料和方法

2.1。数据下载

胃癌的蒙面体细胞突变数据样本和相应的临床数据从TCGA数据库下载。使用Mmutect2软件(21),441年的突变数据提取样品。然后,372个样本与完整的临床信息被保留供以后分析。

2.2。突变信息的统计分析

R包Maftools(22),GenVisR(23)被用来分析频率和突变类型的突变基因在胃癌和可视化分析结果以柱状图的形式和瀑布图。分布的差异LRP1B变异物种与野生型样品在不同临床特征(性别、年龄、生存状态、年级阶段,T, N, M,喀斯特突变,TP53突变,MUC16卡方检验突变)进行了分析。 被认为是具有统计学意义。

2.3。相关分析LRP1B突变和三甲

根据三甲的定义,TCGA三甲372胃癌样本值计算,和胃癌样本分为high-TMB low-TMB组中值作为阈值。kaplan meier生存分析高,使用R包low-TMB组生存。生存率较分析结果进行了测试,和 被认为是具有统计学意义。

样本的分布不同喀斯特,TP53,MUC16,LRP1B突变状态高,low-TMB组由卡方检验分析,和 被认为是显示分布的显著差异。评估的准确性LRP1B突变状态预测的高和低水平的三甲,曲线下的面积(AUC)被ROC曲线进行了分析和计算。

3所示。结果

3.1。的突变状态LRP1B在胃癌基因组中

前20名基因突变频率被可视化分析突变数据从372年胃癌病人在TCGA-STAD数据集(图1)。LRP1B与7^th20中突变频率最高基因进行突变频率较高(0.176)。调查的作用LRP1B在胃癌突变,我们之间的联系进行了分析LRP1B突变和几个重要的临床病理特点以及一些重要的生物标记基因在胃癌患者。结果显示显著差异( )的突变状态LRP1B之间的 岁和< 60岁。此外,它也表明,LRP1B突变的突变有显著相关性TP53和MUC16(表1)。基于上述分析结果,的频率LRP1B突变是胃癌患者高,分布LRP1B突变是明显不同的病人在不同年龄和不同时期TP53和MUC16突变状态。

3.2。LRP1B突变与三甲相关联

探讨三甲对胃癌预后的影响,进行了生存分析高——和low-TMB团体基于TCGA-STAD数据集,预后的显著差异,结果显示高——和low-TMB组之间,在high-TMB集团相对最佳生存状态(图2)。LRP1B突变已报告与三甲显著相关(15,24]。我们之间的关系进行了分析LPR1B,喀斯特,TP53,MUC16通过统计分析突变和三甲。结果表明,突变状态的分布有显著差异LPR1B,喀斯特,TP53,MUC16基因在胃癌患者高,low-TMB组(表2)。突变喀斯特,TP53,MUC16已经被证明在胃癌的预后起着重要的作用,与三甲密切相关。在此基础上,我们得出的结论是,有一个显著的相关性LRP1B和三甲。

3.3。的突变的预测价值LRP1B在胃癌三甲价值

进一步探索是否LRP1B突变可以有效地预测三甲水平在胃癌患者中,ROC曲线绘制LRP1B表达式基于TCGA-STAD数据库。结果表明,AUC值为0.602,95%置信区间0.550 - -0.655,这表明三甲水平可以有效的预测LRP1B胃癌患者的突变状态(图3)。上述结果表明,LRP1B变异有一定预测作用三甲的水平,这可能会给以后靶向治疗提供新思路和胃癌的免疫治疗。

4所示。讨论

在这项研究中,我们发现LRP1B是排名前20位的基因突变频率在胃癌通过分析突变TCGA-STAD胃癌病人数据集的数据。的相关分析LRP1B突变和胃癌患者的临床特征,它被发现的突变LRP1B随着年龄的增长,密切相关TP53突变,MUC16突变。TP53是最常见的体细胞突变在人类癌症和肿瘤TP53突变在乳腺癌通常执行更高的侵袭性和转移性潜力(25]。据报道的突变频率TP53明显高于胃癌肝转移的患者比没有肝转移的胃癌患者(26]。MUC16编码癌抗原125,一般一个突变基因在胃癌,及其突变与更高的三甲(27]。因此,我们的研究结果暗示LRP1B胃癌的突变可能表明三甲突变和胃癌的发展是密切相关的。

三甲是一种新型的预测生物标志物具有良好反应免疫疗法和定量测量的方法来量化的总数体细胞产生每兆比特癌细胞的基因组DNA (28]。周et al。29日)的影响进行了研究KIAA1211突变和三甲在非小细胞肺癌患者的预后和生存分析,证明三甲水平和高表达KIAA1211与非小细胞肺癌的预后因素,同样的,KIAA1211突变频率与三甲水平呈正相关。在这项研究中,之间的关系LRP1B突变和三甲在胃癌患者TCGA数据库进行了分析,发现LRP1B突变与三甲明显相关。此外,我们发现LRP1B胃癌患者的突变TCGA-STAD数据集可以预测的三甲水平病人在某种程度上通过ROC曲线分析。在先前的研究中,陈等人。30.发现重要的突变LRP1B在黑素瘤和非小细胞肺癌与患者的预后和关联LRP1B突变有更高层次的三甲和更好的免疫治疗疗效。尽管本文分析和讨论了相关性LRP1B和三甲黑色素瘤和非小细胞癌,主要的结论与我们的研究是一致的。总之,LRP1B突变可以在胃癌表明三甲的程度。总之,LRP1B可以作为一个潜在的生物标志物在胃癌患者。

本研究发现,LRP1B在胃癌突变更频繁,与三甲明显相关。这一发现可能提供新思路的作用LRP1B突变在胃癌的预后和治疗。尽管这项研究之间的关系的初步研究LRP1B三甲,取得了一些进步,这需要进一步的研究。因此,所扮演的角色LRP1B突变和三甲胃癌患者的免疫治疗后的预后可以在后续研究中进一步探讨。生存分析和其他实验可以用来探索的影响LRP1B和三甲胃癌患者的总生存期和无进展生存率。总之,本研究为后续治疗胃癌提供新的思路,也为后续深入研究奠定了基础。

数据可用性

使用的数据来支持本研究的结果包括在本文中。数据和材料在当前的研究中可从相应的作者以合理的要求。

信息披露

资助者没有参与研究设计、数据收集和分析,决定发表,或准备的手稿。

的利益冲突

作者宣称没有利益冲突。

作者的贡献

所有作者导致数据分析,起草和修改后的文章,给了最后批准的版本发布,并同意负责所有方面的工作。赵Sizhe胡锦涛和小康贡献同样这项工作。

确认

本研究支持的资金从金华科技发展计划(批准号2021-4-143)。

引用

1. h . g . l . y . Lu Li Wu卓,g . Liu和j . Cai”PI3K / Akt信号通路对PRAS40Thr246磷酸化的影响在胃癌细胞,”伊朗公共卫生杂志》上,48卷,不。12日,第2204 - 2196页,2019年。视图:谷歌学术搜索
2. h . Cai c .京张x et al .,“突变的胃癌和临床应用基于目标下一代测序的基因组分析,“转化医学杂志》,17卷,不。1,p。189年,2019。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
3. h . Borghaei l . Paz-Ares l .角et al .,“Nivolumab与多烯紫杉醇在先进nonsquamous非小细胞肺癌,”《新英格兰医学杂志》上,卷373,不。17日,第1639 - 1627页,2015年。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
4. b . Escudier r . j . Motzer p Sharma et al .,“治疗之外发展晚期肾细胞癌患者治疗nivolumab 025年挫败,“欧洲泌尿学,卷72,不。3、368 - 376年,2017页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
5. j . d .吴克诉Chiarion-Sileni, r·冈萨雷斯et al .,“总体存活率与nivolumab和ipilimumab结合先进的黑色素瘤,”《新英格兰医学杂志》上,卷377,不。14日,第1356 - 1345页,2017年。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
6. e . m .范艾伦d .苗族b先令et al .,“基因组相关的应对CTLA-4封锁在转移性黑色素瘤,”科学,卷350,不。6257年,第211 - 207页,2015年。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
7. w·雨果·j·m·Zaretsky l .太阳et al .,“基因组和转录组的特征响应anti-PD-1治疗转移性黑色素瘤,”细胞,卷165,不。1,35-44,2016页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
8. a·斯奈德诉马卡罗夫,t . Merghoub et al .,“遗传基础CTLA-4封锁在黑色素瘤的临床反应,”《新英格兰医学杂志》上,卷371,不。23日,第2199 - 2189页,2014年。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
9. m . d .张春,t·内桑森h . Rizvi et al .,“基因组的特征响应组合免疫治疗在晚期非小细胞肺癌患者,”癌症细胞,33卷,不。5,页843 - 852。2018年e4, e844。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
10. n . a . Rizvi m . d .张春,a·斯奈德et al .,“癌症免疫学。突变景观决定灵敏度PD-1封锁在非小细胞肺癌,”科学,卷348,不。6230年,第128 - 124页,2015年。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
11. d·t·勒j . n . Durham k . n .史密斯et al .,“错配修复缺陷预测反应的固体肿瘤PD-1封锁,“科学,卷357,不。6349年,第413 - 409页,2017年。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
12. g高,w·廖,问:妈,张,陈y, y王,“喀斯特G12D突变预测降低三甲,导致肺腺癌,免疫抑制”肺癌41 - 45卷。149年,页。2020。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
13. m·d·g . Stracquadanio x Wang华莱士et al .,“p53通路的重要性在继承和体细胞遗传癌症基因组,”自然评论。癌症,16卷,不。4、251 - 265年,2016页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
14. j . c . Saldivar、d·科尔特斯和k . a . Cimprich”基本激酶ATR:确保忠实复制的一个具有挑战性的基因组,”自然评论。分子细胞生物学,18卷,不。10日,622 - 636年,2017页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
15. w·h . Chen Chong,吴,y姚明,m .毛和x王,”协会LRP1B突变与肿瘤突变负担和结果在黑色素瘤和非小细胞肺癌患者免疫核对基准点封锁,“免疫学前沿,10卷,p。1113年,2019年。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
16. 小凳子,m . Labussiere a . Alentorn y·施密特y玛丽,和m .参。”LRP1B删除与胶质母细胞瘤患者的不良预后有关,”神经科学杂志》上,卷358,不。1 - 2、440 - 443年,2015页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
17. r . Beroukhim c . h . Mermel d·波特et al .,“体细胞人类改造的景观在人类癌症,”自然,卷463,不。7283年,第905 - 899页,2010年。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
18. 赵j .赵c, r . et al .,“临床病理的特点和基因组分析肺blastomatoid癌肉瘤,”BMC癌症,20卷,不。1,p。248年,2020。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
19. l . h . Wang沈、李y和j . Lv”综合描述癌症基因识别关键分子生物标志物在胃腺癌,”临床病理学杂志,卷73,不。9日,第586 - 579页,2020年。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
20. 局域网,h . Li y刘et al .,“勘误表”体细胞突变LRP1B与肺癌患者的肿瘤突变负担”(132年肺癌(6月)(2019)154 - 156],”肺癌,第138卷,第142页,2019年。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
21. d . i t .佐藤便雅悯,l·利希滕斯坦c·斯图尔特和k . Cibulskis调用体细胞SNVs和Mutect2 Indels,2019,https://www.biorxiv.org/content/10.1101/861054v1。
22. 林a Mayakonda特区,y Assenov, c·布特就和惠普Koeffler”Maftools:高效、综合分析体细胞变异的癌症,”基因组研究,28卷,不。11日,第1756 - 1747页,2018年。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
23. z l . Skidmore a·h·瓦格纳R . Lesurf et al .,“GenVisR:基因组可视化在R,”生物信息学,32卷,不。19日,3012 - 3014年,2016页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
24. w . f . Liu, j .梁l .朱和c罗,“LRP1B突变:一种新的独立预后因子和预测肝细胞癌肿瘤突变负担,”癌症杂志》,12卷,不。13日,4039 - 4048年,2021页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
25. l . Silwal-Pandit h . m . Vollan d·a·奎格利诉Kristensen和a·兰格”更正:TP53突变谱在乳腺癌亚型具体,不同预后相关性,”临床癌症研究,21卷,不。6,1502年,页2015。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
26. 碇,n . a . Serizawa Mitani s, m .山本和t . Furukawa先生“Near-comprehensive排序的癌症相关的基因在胃癌手术切除转移性肝肿瘤,”美国病理学杂志》上,卷189,不。4、784 - 796年,2019页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
27. p . Schuetz斯特凡·r·m·默克et al .,“Procalcitonin-guided算法对不同类型的抗生素治疗急性呼吸道感染根据以往的试验,”专家评估的抗感染治疗,16卷,不。7,555 - 564年,2018页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
28. y夸克,a . n . Seo h·e·李和h·s·李,“胃癌肿瘤免疫反应和免疫疗法”,病理学和转化医学》杂志上,54卷,不。1、特尔,2020页。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
29. m·周j .风扇z李et al .,“肿瘤预后的影响突变负担和突变在小细胞肺癌KIAA1211,”呼吸系统的研究,20卷,不。1,p。248年,2019。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索
30. w·h . Chen Chong,吴,y姚明,m .毛和x王,“勘误表:协会LRP1B突变与肿瘤突变负担和结果在黑色素瘤和非小细胞肺癌患者免疫核对基准点封锁,“免疫学前沿,10卷,p。1523年,2019年。视图:出版商的网站|谷歌学术搜索

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