CMMM 计算和数学方法在医学 1748 - 6718 1748 - 670 x Hindawi 10.1155 / 2021/1522250 1522250 研究文章 之间的相关性 LRP1B在胃癌肿瘤突变和变异的负担 https://orcid.org/0000 - 0003 - 1700 - 1571 Sizhe https://orcid.org/0000 - 0002 - 2762 - 3035 小康 https://orcid.org/0000 - 0001 - 7088 - 9392 https://orcid.org/0000 - 0003 - 3264 - 8795 京ydF4y2Ba 康康舞 https://orcid.org/0000 - 0002 - 5300 - 5249 Kaishun 胃肠外科学系 温州医科大学附属东阳市人民医院 浙江省322100年 中国 2021年 22 9 2021年 2021年 21 7 2021年 3 9 2021年 22 9 2021年 2021年 版权©2021 Sizhe胡锦涛et al。 这是一个开放的文章在知识共享归属许可下发布的,它允许无限制的使用,分布和繁殖在任何媒介,提供最初的工作是正确的引用。

背景。它已经表明,低密度脂蛋白受体相关蛋白1 b ( LRP1B)突变与肿瘤突变负担(三甲)和黑色素瘤和非小细胞肺癌患者的预后,而之间的关系 LRP1B突变和三甲胃癌需要进一步研究。本研究旨在探索之间的关系 LRP1B突变和胃癌的三甲。 方法。突变频率的基因在胃癌患者TCGA-STAD数据集分析生物信息学分析。之间的关系 LRP1B突变,三甲,胃癌病人的临床特征是进行卡方检验。基于三甲预测能力 LRP1B突变状态被ROC曲线评价。 结果 LRP1B是十大基因在胃癌基因突变频率高。的突变状态 LRP1B胃癌患者与年龄和显著相关 TP53 MUC16突变状态。ROC曲线分析的结果显示,突变状态 LRP1B可以被认为是一个指标的三甲胃癌患者的程度。 结论。本研究提出了三甲和之间的关系 LRP1B胃癌的突变,为胃癌的预后和治疗提供新颖的视角。

金华科技发展计划 2021-4-143
1。介绍

胃癌是世界上第四个最常见的癌症,第二个癌症相关死亡的主要原因,占所有新癌症病例的6.8%。此外,胃癌患者通常显示预后不良状态。报道,只有5%的胃癌患者存活五年或更长时间后预后,和死亡率占所有癌症的10% ( 1]。在中国,有679100新的胃癌病例和498000例死亡病例,2015年达到超过一半的全球胃癌死亡率( 2]。

近年来,免疫检查点封锁(ICB)疗法,包括抗肿瘤antibody-4和/或anti-pd-1,显示持久的抗肿瘤作用在癌症的治疗 3- - - - - - 5]。肿瘤突变负担(三甲),定义为突变的总数(产生的突变)发现在肿瘤细胞的DNA,每百万基地被广泛称为生物标志物与临床反应相关,银行独立委员会的治疗黑色素瘤( 6- - - - - - 8),非小细胞肺癌( 9, 10),结肠直肠癌、胃癌( 11]。三甲检测是基于广泛的下一代测序(上天)或whole-exome测序。最近,几项研究已经报道,一些简单的单基因突变检测等方法可以用来预测三甲( 12]。众多研究表明,突变基因integrity-related基因等 TP53( 13), ATR( 14)可能会导致基因组不稳定性,从而导致基因突变率高。此外,这些基因的突变与三甲(已报告 6, 9, 15]。因此,研究关键基因的突变之间的相关性和三甲胃癌免疫治疗的指导有利于在胃癌患者。

低密度脂蛋白受体相关蛋白1 b ( LRP1B)是一种公认的肿瘤抑制基因,编码一个内源性ldl受体。 LRP1B在许多癌症表达减少,这是一种常见的基因突变在人类癌症 15- - - - - - 17]。在研究 LRP1B,这是发现 LRP1B起着重要的作用,可能成为癌症预后的标志在各种癌症的发展包括胃癌( 18, 19]。此外,重要的关系 LRP1B肺癌和黑色素瘤的突变和三甲也被报道( 15, 20.]。然而,很少有研究之间的关系 LRP1B突变和胃癌的三甲。

在这里,我们探讨了变异的状态 LRP1B通过分析TCGA-STAD胃癌数据集。胃癌患者的临床特征之间的相关性 LRP1B进行了分析。这是评估是否的突变状态 LRP1B可能是预测胃癌患者对三甲水平。上面的结果应该是用于指导癌症患者的免疫治疗。

2。材料和方法 2.1。数据下载

胃癌的蒙面体细胞突变数据样本和相应的临床数据从TCGA数据库下载。使用Mmutect2软件( 21),441年的突变数据提取样品。然后,372个样本与完整的临床信息被保留供以后分析。

2.2。突变信息的统计分析

R包 Maftools( 22), GenVisR( 23)被用来分析频率和突变类型的突变基因在胃癌和可视化分析结果以柱状图的形式和瀑布图。分布的差异 LRP1B变异物种与野生型样品在不同临床特征(性别、年龄、生存状态、年级阶段,T, N, M, 喀斯特突变, TP53突变, MUC16卡方检验突变)进行了分析。 P < 0.05 被认为是具有统计学意义。

2.3。相关分析LRP1B突变和三甲

根据三甲的定义,TCGA三甲372胃癌样本值计算,和胃癌样本分为high-TMB low-TMB组中值作为阈值。kaplan meier生存分析高,使用R包low-TMB组生存。生存率较分析结果进行了测试,和 P < 0.05 被认为是具有统计学意义。

样本的分布不同 喀斯特, TP53, MUC16, LRP1B突变状态高,low-TMB组由卡方检验分析,和 P < 0.05 被认为是显示分布的显著差异。评估的准确性 LRP1B突变状态预测的高和低水平的三甲,曲线下的面积(AUC)被ROC曲线进行了分析和计算。

3所示。结果 3.1。<斜体>的突变状态LRP1B < /斜体>在胃癌基因组中

前20名基因突变频率被可视化分析突变数据从372年胃癌病人在TCGA-STAD数据集(图 1)。 LRP1B与7th20中突变频率最高基因进行突变频率较高(0.176)。调查的作用 LRP1B在胃癌突变,我们之间的联系进行了分析 LRP1B突变和几个重要的临床病理特点以及一些重要的生物标记基因在胃癌患者。结果显示显著差异( P < 0.05 )的突变状态 LRP1B之间的 病人 60 岁和< 60岁。此外,它也表明, LRP1B突变的突变有显著相关性 TP53 MUC16(表 1)。基于上述分析结果,的频率 LRP1B突变是胃癌患者高,分布 LRP1B突变是明显不同的病人在不同年龄和不同时期 TP53 MUC16突变状态。

不同基因的突变频率TCGA-STAD数据集。顶板是同义的概率和每百万基地产生的胃癌患者的数据集,盘子左边显示了前20名基因突变频率在这个数据集,中间板显示了前20名的突变类型高频突变基因在胃癌样本,和板在底部显示了临床信息(阶段、性别)的胃癌样本。只有318突变体样品的信息排名前20位的基因突变频率。

之间的关系 LRP1B基因突变状态和胃癌患者的临床特点。

LRP1B狗( n = 112年 ) LRP1BWT ( n = 260年 ) P 价值
性别
36 (32.1%) 104例(40.0%) 0.187
男性 76例(67.9%) 156例(60.0%)
年龄(年)
年龄 < 60 25 (22.3%) 91例(35.0%) 0.021
年龄 60 87例(77.7%) 169例(65.0%)
事件
是的 39 (34.8%) 90例(34.6%) 1
没有 73例(65.2%) 170例(65.4%)
年级
G1 1 (0.9%) 7 (2.7%) 0.462
G2 36 (32.1%) 90例(34.6%)
G3 75例(67.0%) 163例(62.7%)
阶段
阶段我 14 (12.5%) 31 (11.9%) 0.883
第二阶段 34 (30.4%) 86例(33.1%)
第三阶段 50 (44.6%) 117例(45.0%)
四期 14 (12.5%) 26 (10.0%)
T
T1 7 (6.2%) 10 (3.8%) 0.389
T2 17 (15.2%) 56 (21.5%)
T3 54 (48.2%) 125例(48.1%)
T4 34 (30.4%) 69例(26.5%)
N
N0 39 (34.8%) 78例(30.0%) 0.565
N1 26 (23.2%) 73例(28.1%)
N2 21 (18.8%) 57 (21.9%)
N3 26 (23.2%) 52 (20.0%)
M0 103例(92.0%) 242例(93.1%) 0.872
M1 9 (8.0%) 18 (6.9%)
喀斯特
无足轻重的人 10 (8.9%) 22 (8.5%) 1
野生 102例(91.1%) 238例(91.5%)
TP53
无足轻重的人 62例(55.4%) 112例(43.1%) 0.039
野生 50 (44.6%) 148例(56.9%)
MUC16
无足轻重的人 67例(59.8%) 73例(28.1%) < 0.001
野生 45 (40.2%) 187例(71.9%)
3.2。<斜体> LRP1B < /斜体>突变与三甲相关联

探讨三甲对胃癌预后的影响,进行了生存分析高——和low-TMB团体基于TCGA-STAD数据集,预后的显著差异,结果显示高——和low-TMB组之间,在high-TMB集团相对最佳生存状态(图 2)。 LRP1B突变已报告与三甲显著相关( 15, 24]。我们之间的关系进行了分析 LPR1B, 喀斯特, TP53, MUC16通过统计分析突变和三甲。结果表明,突变状态的分布有显著差异 LPR1B, 喀斯特, TP53, MUC16基因在胃癌患者高,low-TMB组(表 2)。突变 喀斯特, TP53, MUC16已经被证明在胃癌的预后起着重要的作用,与三甲密切相关。在此基础上,我们得出的结论是,有一个显著的相关性 LRP1B和三甲。

生存分析的高,TCGA-STAD low-TMB团体的数据集。

基因突变与三甲之间的相关性。

低三甲( n = 186年 ) 高三甲( n = 186年 ) P 价值
喀斯特
无足轻重的人 7 (3.8%) 25 (13.4%) 0.001
野生 179例(96.2%) 161例(86.6%)
TP53
无足轻重的人 75例(40.3%) 99例(53.2%) 0.016
野生 111例(59.7%) 87例(46.8%)
LRP1B
无足轻重的人 32 (17.2%) 80例(43.0%) < 0.001
野生 154例(82.8%) 106例(57.0%)
MUC16
无足轻重的人 36 (19.4%) 104例(55.9%) < 0.001
野生 150例(80.6%) 82例(44.1%)
3.3。突变的预测价值<斜体> LRP1B < /斜体>三甲胃癌的价值

进一步探索是否 LRP1B突变可以有效地预测三甲水平在胃癌患者中,ROC曲线绘制 LRP1B表达式基于TCGA-STAD数据库。结果表明,AUC值为0.602,95%置信区间0.550 - -0.655,这表明三甲水平可以有效的预测 LRP1B胃癌患者的突变状态(图 3)。上述结果表明, LRP1B变异有一定预测作用三甲的水平,这可能会给以后靶向治疗提供新思路和胃癌的免疫治疗。

的预测价值 LRP1B胃癌患者的突变的三甲TCGA-STAD数据集。

4所示。讨论

在这项研究中,我们发现 LRP1B是排名前20位的基因突变频率在胃癌通过分析突变TCGA-STAD胃癌病人数据集的数据。的相关分析 LRP1B突变和胃癌患者的临床特征,它被发现的突变 LRP1B随着年龄的增长,密切相关 TP53突变, MUC16突变。 TP53是最常见的体细胞突变在人类癌症和肿瘤 TP53突变在乳腺癌通常执行更高的侵袭性和转移性潜力( 25]。据报道的突变频率 TP53明显高于胃癌肝转移的患者比没有肝转移的胃癌患者( 26]。 MUC16编码癌抗原125,一般一个突变基因在胃癌,及其突变与更高的三甲( 27]。因此,我们的研究结果暗示 LRP1B胃癌的突变可能表明三甲突变和胃癌的发展是密切相关的。

三甲是一种新型的预测生物标志物具有良好反应免疫疗法和定量测量的方法来量化的总数体细胞产生每兆比特癌细胞的基因组DNA ( 28]。周et al。 29日)的影响进行了研究 KIAA1211突变和三甲在非小细胞肺癌患者的预后和生存分析,证明三甲水平和高表达 KIAA1211与非小细胞肺癌的预后因素,同样的, KIAA1211突变频率与三甲水平呈正相关。在这项研究中,之间的关系 LRP1B突变和三甲在胃癌患者TCGA数据库进行了分析,发现 LRP1B突变与三甲明显相关。此外,我们发现 LRP1B胃癌患者的突变TCGA-STAD数据集可以预测的三甲水平病人在某种程度上通过ROC曲线分析。在先前的研究中,陈等人。 30.发现重要的突变 LRP1B在黑素瘤和非小细胞肺癌与患者的预后和关联 LRP1B突变有更高层次的三甲和更好的免疫治疗疗效。尽管本文分析和讨论了相关性 LRP1B和三甲黑色素瘤和非小细胞癌,主要的结论与我们的研究是一致的。总之, LRP1B突变可以在胃癌表明三甲的程度。总之, LRP1B可以作为一个潜在的生物标志物在胃癌患者。

本研究发现, LRP1B在胃癌突变更频繁,与三甲明显相关。这一发现可能提供新思路的作用 LRP1B突变在胃癌的预后和治疗。尽管这项研究之间的关系的初步研究 LRP1B三甲,取得了一些进步,这需要进一步的研究。因此,所扮演的角色 LRP1B突变和三甲胃癌患者的免疫治疗后的预后可以在后续研究中进一步探讨。生存分析和其他实验可以用来探索的影响 LRP1B和三甲胃癌患者的总生存期和无进展生存率。总之,本研究为后续治疗胃癌提供新的思路,也为后续深入研究奠定了基础。

数据可用性

使用的数据来支持本研究的结果包括在本文中。数据和材料在当前的研究中可从相应的作者以合理的要求。

信息披露

资助者没有参与研究设计、数据收集和分析,决定发表,或准备的手稿。

的利益冲突

作者宣称没有利益冲突。

作者的贡献

所有作者导致数据分析,起草和修改后的文章,给了最后批准的版本发布,并同意负责所有方面的工作。赵Sizhe胡锦涛和小康贡献同样这项工作。

确认

本研究支持的资金从金华科技发展计划(批准号2021-4-143)。

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