抗生素耐药及分子流行病学特征链球菌agalactiae从广州孕妇身上分离出来的

摘要

链球菌agalactiae孕妇的定植可能导致产后宫内感染和危及生命的新生儿感染。制定预防和治疗疾病的策略美国agalactiae感染，我们对抗生素抗性进行了综合分析和基于分子的流行病学调查美国agalactiae在这项研究中。七十二年美国agalactiae从孕妇收集的菌株进行抗生素敏感性试验;然后将筛选出的红霉素不敏感株和克林霉素不敏感株分别进行大环内酯类和克林霉素耐药基因检测。采用聚合酶链反应进行抗性基因检测、血清分型和毒力基因测定。采用多位点序列分型法分析菌株间的克隆关系。采用基质辅助激光解吸/电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)质谱峰分析鉴别特异性序列类型(STs)。在本研究中，对红霉素和克林霉素不敏感的菌株分别占69.4%和47.2%;多药耐药率为66.7%。所有红霉素不敏感品系均含有抗性基因，而克林霉素不敏感品系仅占52.9%LINB.基因。红霉素抗性主要介导ERMB.要么mefA / E基因。检测出4种血清型，最常见的血清型是III型(52.8%)，其次是Ib(22.2%)、Ia(18.0%)和II型(4.2%)。所有菌株被分为18个STs，这些STs被分配到9个克隆复合体中。主要STs主要分布在ST19/ III型、ST17/ III型、ST485/ Ia型、ST862/ III型和ST651/ III型血清型。对毒力基因的分析得出7个聚类，其中bca-循环流化床-scpB-lmb实验室（61.6％）是主要的毒力基因簇。在该区域分布的所有ST菌株中，仅ST17菌株在7620Da处具有质量峰。该研究的结果有利于殖民化的流行病学比较美国agalactiae在不同的地区，可能有助于制定预防的策略美国agalactiae在广州感染。此外，我们的结果表明，MALDI-TOF MS可用于ST17菌株的快速鉴定。

1.介绍

链球菌agalactiae是一种微生物，其在健康女性的胃肠和泌尿道中常见地殖民[1，2］．美国agalactiae孕妇的定植是宫内感染或分娩时传播的主要原因[3.]，可导致严重的新生儿传染病，如肺炎、败血症和脑膜炎[4，5］．许多国家已经发布了预防孕产妇和新生儿的准则美国agalactiae感染(6- - - - - -8］．这些指南一般建议怀孕的妇女美国agalactiae定殖应接受产时抗生素预防(IAP)，以减少这些感染的发生率[9，10.］．目前，还没有官方的指导方针美国agalactiae中国的筛查和预防[5，11.］．但是，近年来，美国agalactiae已成为中国妇产科和新生儿学的重要病原体[12.］．在中国大陆，美国agalactiae孕妇的定植率为3.7 ~ 14.5%，新生儿浸润率为3.7 ~ 14.5%美国agalactiae每1000个活产疾病为0.55-1.79个，病情风险从6.5到7.1％13.］．IAP的一线抗生素是青霉素[9，10.];然而，由于某些人对其过敏，因此MacRolides（例如，红霉素）和林膦酰胺（例如，Clindamycin）用作替代抗生素[14.］．不幸的是，抵抗力美国agalactiae对大环内酯和林膦酰胺在全世界正在增加[4，9，11.，15.，16.］．先前的研究表明ERMB，ERMTR.， 和mefA / E基因参与抗大溴化物的抵抗力[17.]，和LINB.基因已与对林膦酰胺的抗性有关，适度敏感性对大环内酯进行18.］．

荚膜多糖是一种重要的毒力因子美国agalactiae，导致侵袭性感染[16.，19.］．根据CPS的不同抗原性[20.，21.]或通过多重聚合酶链反应(PCR)分析[9，22.]，美国agalactiae可以分为10个血清型（IA，IB和II至IX）。其中五（IA，IB，II，III和V）是主要类型美国agalactiae导致侵入性感染[16.，23.］．了解血清型分布对开发基于cps的多价疫苗至关重要[16.，21.］．近年来，有关定殖菌血清型分布的报道较少美国agalactiae在中国 [11.，16.，24.，25.］．虽然在血清型分布上存在一些地区差异美国agalactiae在这些研究中，观察到类似的常见血清型（III，IA，V和IB）。几项研究表明毒力美国agalactiae不仅取决于CPS，还取决于暴露在表面的细菌蛋白[26.- - - - - -29.］．流行病学研究中应用了多种分子分型方法，如脉冲场凝胶电泳(PFGE)、多态DNA随机扩增和多位点序列分型(MLST)，其中MLST是一种可靠、方便的方法，可在不同实验室交换数据[30.］．MLST与血清分型相结合是一种有价值的方法美国agalactiae打字。例如，发现属于血清型III的ST17菌株是“超高潜力”美国agalactiae，显然与新生儿侵袭性疾病有关[31.，32.］．近年来，全基因组测序(WGS)已被广泛应用于基因组研究美国agalactiae［9，33.]，例如准确的血清型[34.]，在硅毒力调查和抗微生物易感性测试中[33.，35.]和形态和进化分析[36.］．但目前由于WGS成本高，不适合大样本分析[34.］．

近年来，基质辅助激光解吸/电离飞行时间质谱（MALDI-TOF MS），被描述为“临床微生物学中的旋转”技术[32.]已广泛用于基于蛋白质指纹的细菌鉴定[37.，38.]，由于其精度，速度和高吞吐量。该技术还可以在物种和亚种的一些系统发育谱系中找到特征蛋白质组学生物标志物[38.，39.］．例如，据报道，“超高潜力”美国agalactiaeMALDI-TOF MS可快速检测ST17和新出现的ST-1克隆[39.］．

本研究的目的是了解黄芩对抗生素的耐药性和耐药基因、血清型分布、毒力和基因分型美国agalactiae建立了部分STs的快速筛查方法，为预防和控制血吸虫病的发生提供了依据美国agalactiae感染。

2。材料和方法

2.1。菌株收集和识别

72年nonrepeating美国agalactiae从孕妇（怀孕35-37周）收集了广东省产科和儿童医院的菌株，该儿童医院是广州的主要妇女医疗中心之一，2017年至2017年1月至2017年12月。1013名孕妇被筛选殖民美国agalactiae在此期间，载体率为7.1％（72/1013）。

从孕妇收集的阴道直肠拭子接种在Todd-Hewitt肉汤（Biomérieux，法国）中，并且将肉汤在37℃下孵育5％CO₂静置24小时。然后在含有5%羊血(bioMérieux，法国)的哥伦比亚琼脂上传代，在相同条件下培养18-24 h。最初根据以下几点确定疑似菌株:β- 溶解（或非溶解），殖民地形态和营地测试[6];假设美国agalactiae然后通过MALDI-TOF MS（Vitek®MS，Biomérieux，法国）确认分离物。

２.２.DNA提取

纯粹的美国agalactiae在哥伦比亚琼脂上收获培养物，含有5％绵羊血液。根据制造商的说明，使用小纤维细菌基因组DNA提取套件（Takara，中国）从各分离物中提取基因组DNA。

2.3。血清型

通过多重PCR检测血清分型，如先前由Imperi等报道的[22.]，进行每次孤立的美国agalactiae在这项研究中。那些不能被分类为任何血清型的菌株被指定为不可置换（NT）。

2.4。MLST.

七个家务基因（adhP，ph值，ATR.，glna.，SDHA，glcK， 和TKT.（如前面所述，被扩增以实施MLST [26.］．获得的产品由生工生物技术(上海)有限公司进行sanger测序。等位基因数量和STs通过在线数据获得(http://pubmlst.org/sagalactiae/)．利用MEGA6软件，采用UPGMA方法构建基于7个位点串联序列的系统发育树。

使用EBurst版本3.1估计不同STS之间的关系（http://eeburst.mlst.net.v3/)．注意，只有那些共享的六个相同等位基因被定义为克隆复合物（CC）[40，41.］．此外，为了了解本研究中STs的位置，eBURST图美国agalactiae人口是利用在世界各地发现的所有STs建立的，这些STs在国际数据库(http://pubmlst.org/sagalactiae/）（见截至2018年8月的辅助材料中的表S1）。

2.5。抗生素易感性测试

所有菌株评估对青霉素（10个单位），氨苄青霉素（10个单位）的易感性（10 μg），红霉素（15 μg），clindamycin（2 μ四环素(30克)μg），左氧氟沙星（5 μg），万古霉素（30 μlinezolid(30克)μG)和氯霉素(30μg) (Oxoid, UK)通过磁盘扩散法，根据临床和实验室标准协会(CLSI) 2017年指南的推荐(http://www.clsi.org)．对红霉素不敏感但克林霉素敏感的菌株进行d区试验。链球菌引起的肺炎ATCC 49619用作质量控制应变，以确保结果的可信度。多药电阻美国agalactiae被定义为以前描述的至少三种抗生素的抗生素所获得的非抗生素[42.，43.］．

2.6。大环内酯类和林可酰胺类抗性基因的测定

大胶质剂抗性基因ERMB.，ERMTR.， 和mefA / E对所有红霉素不敏感菌株进行PCR检测，而林可胺类耐药基因LINB.在每个克林霉素抗性菌株中检测到。使用的引物和进行反应的条件如前所述[17.，44.，45.］．

2.7。检测毒力基因

编码表面蛋白的五种主要毒力基因，包括毒素CAMP因子(循环流化床），α- （bca),β子单元(bac）C蛋白，C5A肽酶（scpB）和层粘连蛋白结合蛋白（lmb实验室）使用PCR分析。本研究中使用的具体实验程序已发表于早期[29.］．

2.8。特征质量峰值分析

MALDI-TOF质谱特征质谱分析方法如下:首先，从过夜培养的分离菌株中挑选单个菌落，并在目标平板(VITEK®MSDS, bioMérieux，法国)上涂覆副本。α-Cyano-4-羟基氨基酸（CHCA;Biomérieux，法国）（1 μL)加入待测样品中，待目标板干燥。RUO模式(VITEK®MS RUO，岛津，法国)然后校准大肠杆菌ATCC 8739菌株，每个菌株的质谱数据以3,000da至20,000da的质量范围内收集在阳性线性模式中[46.］．该数据被导入Saramis Premium软件（Biomérieux，法国），并由Lanchpad软件（Shimadzu Biotech，USA）进行了大众峰的比较。

2.9。统计和数据分析

采用Fisher精确检验法评价不同血清型之间抗生素敏感性和耐药基因分布的差异。通过对应分析，分析了CCs、血清型和相关毒力基因谱之间的关系。所有统计分析均采用SPSS 22.0软件进行。一个 -值<0.05认为有统计学意义。

2.10。道德陈述

本研究议定书符合1964年的赫尔辛基宣言。本研究中收集的数据不包括有关患者的信息，该患者被豁免由该研究进行的医院伦理委员会进行了正式的医学伦理批准（ZM2016-280）。

3.结果

3.1。血清型分布

72中检测到四种血清型美国agalactiae分离物和血清型III是最常鉴定的血清型，占52.8％（38/72）。血清型IA，IB和II的比例分别为18.0％（13/72），22.2％（16/72）和4.2％（3/72）。另外两个美国agalactiae分离物是nt。

3.2。MLST.

72.美国agalactiae本研究中的分离株，71分为18个独特的STS。剩余菌株的等位基因组合是adhP(1)，ph值(1)，ATR.(4),glna.（2），SDHA(1)，glcK(3)TKT.（4）。由于数据库没有用于此等位基因组合的分配的ST，因此该应变不能通过MLST归类。如图所示1，最常检测到的ST为ST19（30.6％），其次是ST17（11.1％），ST485（8.3％），ST862（8.3％），ST12（6.9％），ST651（6.9％）和ST27（5.6％)．其他STS（ST8，ST23，ST24，ST28，ST86，ST138，ST328，ST824，ST885，ST890和ST929）的比例分别小于3.0％。

使用eBurst工具，构造了一个人口快照以显示所有已知STS的群集（STS = 1311的数量;在整个中看到补充材料中的表S1）美国agalactiaeMLST数据库，以及本研究分类的st与全球流行st之间的关系(见图)2）被阐明了。通过EBurst分析，将18个ST分配给9CCS（CC8，CC17，CC19，CC23，CC24，CC61，CC103，CC328和CC485），CC19是最普遍的（45.8％）。EBurst分析显示CC17，CC61，CC103，CC328和CC485接近CC19。有趣的是，CC19和CC8接近CC1，而CC24接近CC23。

3.3。抗生素敏感性和抗性基因

所有菌株均对青霉素、氨苄西林、万古霉素和利奈唑胺敏感。如表所示1，红霉素，Clindamycin，四环素，左氧氟沙星和氯霉素和氯霉素的非排尿率分别为69.4％，47.2％，90.3％，37.5％和31.9％。值得注意的是，66.7％（48/72）美国agalactiae分离株耐多药(MDR)(见耐药联合补充材料表S2)。本研究未发现对克林霉素和左氧氟沙星中度敏感的菌株。换句话说，克林霉素和左氧氟沙星的不敏感率与耐药率相等。19株对红霉素不敏感，克林霉素敏感，其中8株d区试验阳性。

测定了50株红霉素不敏感菌株的大环内酯类耐药基因美国agalactiae并且在每个菌株中检测到至少一种大胶质植物抗性基因。主要普遍的抗性基因是ERMB.（62.0％），然后是mefA / E（54.0％）和ERMTR.(18.0%)(见表1)．34株克林霉素耐药株中，18株(52.9%)携带克林霉素LINB.基因（见表1)．

总的来说，两组在抗生素敏感性方面没有显著差异，ERMB.，mefA / E,和LINB.抗性基因，除了ERMTR.基因( -值= 0.001)，在不同血清型分离株中(见表1)．

3.4。毒力基因

如图所示1,bca在所有菌株中检测到基因，以及循环流化床常检出基因，占91.7%(66/72)。流行的scpB，lmb实验室， 和bac毒力基因分别为77.8％（56/72），70.5％（55/72）和16.7％（12/72）。有趣的是，这lmb实验室在几乎所有的过程中检测到基因scpB基因阳性菌株。基于每个毒力基因的存在或不存在，将所有72个菌株聚集成七种毒力基因曲线（见表2)．这bca-循环流化床-scpB-lmb实验室（61.6％），bca-循环流化床（12.5％），和bca-循环流化床-bac（9.7％）模式是主要的毒力基因曲线。只有五种菌株（6.9％）含有所有五种毒力基因。

3.5。特征质量峰值分析

MALDI-TOF MS分析显示不同st之间的质量峰存在差异。相对于其他st，所有ST17菌株(n= 8)在7620 Da的质量峰处被鉴定(见补充材料中的图S1)。也就是说，7620da的质量峰是ST17菌株的特征质量峰。

3.6。各种分子特征的关系美国agalactiae菌株

根据UPGMA的树状图美国agalactiae从广州孕妇中分离的菌株分为两个主要分支(见图)2)，即CC1和CC23(见图1)，它们被进一步划分为不同的子分支，代表不同的STs(参见图)2)．有趣的是，一些STs与特定血清型密切相关(见图)2)．例如，ST17、ST651和ST862菌株属于血清型，ST485和ST885分别属于血清型Ia和II。

对应分析表明，CCs与毒力基因谱之间存在显著的对应(χ²= 106.52, -值<0.001)和血清型及毒力基因谱(χ² = 51.61, -值= 0.001）（见图3.)．例如，bca-循环流化床-scpB-lmb实验室配置文件分布在CC17和CC23中bca-非洲金融共同体-bac配置文件分布在CC103中，bca-循环流化床配置文件分布在血清型Ia，和bca-scpB-lmb实验室配置文件在血清型II中分发。

除此之外，所有红霉素无精度的分离株（n = 50, including ST27, ST19, ST885, ST28, ST86, ST138, ST651, ST862, ST12, ST929, ST17, ST23, and ST890) carried at least one macrolide resistance gene. Of these strains, 42.0% (21/50) carried theERMB.基因，24.0%(12/50)携带mefA / E16.0%(8/50)的人同时携带ERMB.和mefA / E4.0%(2/50)同时携带两种基因ERMB.和ERMTR.基因和14.0％（7/50）携带mefA / E和ERMTR.基因（见表3.)．在所有主要普遍的STS（ST12，ST17，ST19，ST27，ST651和ST862）中发现了红霉素非测量菌株（参见表3.),除了ST485。其中一些主要流行的STs明显与特异性大环内酯抗性基因有关。所有的ST12、ST17、ST651和ST862红霉素不敏感菌株均携带该病毒ERMB.基因（见表3.和图1)．然而，只有31.3％（5/16）的ST19红霉素非空心菌物分离株ERMB.基因。这mefA / E与其他主要流行STs (ST12、ST17、ST27、ST651和ST862)相比，ST19基因与红霉素不敏感性显著相关(χ²= 11.99, -值= 0.018)，81.3%(13/16)的ST19红霉素不敏感株携带mefA / E基因（见表3.和图1)．在主要流行的st中，仅发现部分ST19红霉素不敏感菌株携带该病毒ERMTR.基因（见表3.和图1)．如前所述，在所有克林霉素耐药菌株中，只有52.9%(18/34)携带该病毒LINB.基因。有趣的是，这LINB.基因主要分布在ST19(88.9%， 8/9)、ST651(100%， 3/3)、ST862(100%， 4/4)、ST824(100%， 1/1)和ST328(100%， 1/1)耐克林霉素菌株中。但是,没有LINB.基因在ST17，ST890，ST885和ST28抗霉素抗性隔离物中发现。

4。讨论

母美国agalactiae殖民化可以导致产后宫内感染和侵袭性新生儿疾病[3.- - - - - -5］．系统审查和荟萃分析透露载体率美国agalactiae(95% CI 8,12)，其中亚洲国家为7%，非亚洲国家为19% [24.］．在这项研究中，运输率美国agalactiae在广州孕妇中占7.1%。虽然携带率与亚洲地区的平均携带率无明显差异，但有必要调查流行情况年代agalactiae考虑到中国庞大的人口和有限的殖民研究数据美国agalactiae．

以前的报告显示了殖民化的表型和基因型特征的差异美国agalactiae来自不同的地理区域[16.，28.，47.］．因此，确定定殖菌株的群体结构(如遗传多样性、毒力因素和抗生素耐药性)是了解的关键美国agalactiae一个地区的疾病[9］．本研究是南方广州孕妇殖民分离株分子流行病学特征的第一次综合调查。

血清学分型的美国agalactiae在确定分离株的致病性时至关重要[48.］．在该研究中，通过分子血清型鉴定了四种血清型（IA，IB，II和III）。总体而言，广州殖民分离株中的三个主要血清型是III，IB和IA（93.0％），其在其他中国城市的主要血清型，如东莞（85.7％）[11.]及北京(66.1%)[16.］．然而，其他报告中许多其他地区的主要血清型，包括巴西的Ia、II和Ib血清型(65.4%)[49.]和血清型III、V和Ia在多伦多(67.0%)[9]及上海(79.6%)[21.和我们研究中的是不同的。据报道，孕妇血清型分离株的定植是新生儿感染的高风险因素[12.，21.］．值得注意的是，我们地区最常见的血清型（血清型）（52.8％）的比例类似于东莞（54.9％）报道的（54.9％）[11.]，但明显高于上海(华东地区占35.9%)[21.]北京（华北地区，占32.1％）[16.］．这些数据表明，华南地区血清型III孤立的患病率可能高于中国其他地区的血清型。cps美国agalactiae是血清分型的基础，也是疫苗研究的重要靶点。在研制共轭多价疫苗时，只涵盖了五种血清型(Ia、Ib、II、III和V) [50.，51.］．幸运的是，除了两种NT菌株外，本研究中的所有分离株在含有五种血清型的多糖缀合物的疫苗组合覆盖。在以前的研究中也报告了NT菌株[2，21.，52.]，并可能与CPS基因座的突变有关[9，53.］．

分子流行病学研究揭示了定殖的分布特征美国agalactiae血统。在这项研究中，鉴定了18个不同的STs，然后将它们归为9个CCs。广州菌株具有较高的遗传多样性。然而，CC19、CC485和CC17这三种常见的CCs占73.6%。CC19是本地区无症状孕妇中最常见的CC，与全球趋势相似[2，14.，47.］．有趣的是，MLST分析显示，一些牛主导亚型已经开始蔓延。ST485之前被认为在人类中不可检测，但最近，孕妇在中国的孕妇大大增加（2.5％-14.13％）[16.，33.，54.］．此外，一些研究表明ST485是高致病性的，可能导致先兆流产、胎膜早破和早发性疾病(EOD) [33.，55.］．值得注意的是，ST485已成为我们地区的领先STS（占8.6％）。尽管先前CC61和CC67的所有亚型报告为牛菌株[47.，53.] ST929，它可能导致孕妇患者造成威胁性堕胎，首先报告为2017年CC67的新亚型[33.］．此外，我们研究中的2.8％的殖民化分离株属于ST929。eurst人口快照（截至2018年8月，STS = 1311的数量）（见图2）显示与ST485和ST929相关的不同CCS，其先前分别分组为CC103和CC67 [33.］．这种差异可以通过观察到的高遗传多样性和动态性质来解释美国agalactiae资料库里的资料[53.］．

本研究的主要目标之一是探讨殖民化的基因抗生素抗性美国agalactiae．在本研究中，所有菌株均对青霉素敏感，青霉素是治疗和预防该病的一线抗生素美国agalactiae感染 [10.，11.］．然而，值得注意的是，我们区域的耐多药菌株比例很高。红霉素和克林霉素长期以来被认为是青霉素过敏妇女IAP的有效替代品[9，17.］．然而，我们地区红霉素和Clindamycin的抵抗率分别为66.7％和47.2％。最近，在其他中国城市中也已经观察到这种高抗性率，例如北京[16.)、上海(29.[东莞[11.］．总体而言，我国对红霉素和克林霉素的耐药率高于其他地区[2，9，18.，56.］．因此，如果使用红霉素或克林霉素作为替代抗生素，应提前进行药敏试验。红霉素耐药通常与三种大环内酯耐药基因有关:ERMB.，ERMTR.， 和mefA / E［17.，57.］．虽然红霉素的抵抗率美国agalactiae中国不同城市的抗疫机制也不尽相同。在本研究中，红霉素耐药主要是由ERMB.要么mef A / E并没有发现携带这种病毒的分离株ERMTR.单独基因。在我们研究中携带抗性基因的红霉素抗性菌株与先前报告中的抗性基因不同[57.］．这LINB.编码吲哚酰胺核苷转移酶的基因，赋予与红霉素和氯硝基霉素的敏感性中等敏感性[17.，18.］．然而LINB.在两种红霉素敏感菌株中检测到基因。这可能是因为LINB.基因未表达，但需要进一步研究来确认这一推理。

在目前的研究中，五种主要的毒力基因美国agalactiae，它们编码参与粘附，侵袭或免疫逃避的表面蛋白质[58.]，被调查了。类似于以前的报告[27.，28.，49.，59.]我们的报告显示了循环流化床，scpB， 和lmb实验室基因分布在大多数菌株中。然而，流行的bca和bac我们研究中的基因与以前的报告不同。我们研究中的所有菌株都陷入了困境bca基因，表明数量bca- 我们地区的姿势显着高于其他地区报告的菌株[29.，49.，59.］．我们的结果表明bac基因仅在血清型III中鉴定（表2)．这一结果与2000年前后的调查结果不同bac基因主要存在于血清型IA，IB和II中[27.，59.］．这些结果表明流行病学分布美国agalactiae毒力基因可能因周期和地区到区域而异。dmitriev a等。用pfge来表明bac-阳性菌株在基因上是同质的[59.］．相反，我们发现了bac基因分布在不同的STs中，提示bac- 阳性菌株是遗传异质的。前一项研究的结果，使用点印迹杂交的研究与我们推断一致[27.］．这表明当PFGE作为确定种群内多样性的主要方法时，忽略了多样性的度量[27.］．我们发现了bca-循环流化床-scpB-lmb实验室图谱是最常见的基因簇(表)2)，分布于所有血清型和大多数CCs。但对应分析表明，CCs与血清型的毒力基因簇分布不同。

ST17菌株属于血清型，被定义为“高毒性”。美国agalactiae，与新生儿的早期发病脑炎和晚期发作疾病相关[39.］．随着广泛筛查和IAP策略的实施，EOD的发生率大大降低[12.，39.］．然而，LOD的发病率保持不变[12.，39.，部分原因是ST17菌株特别能够在阴道菌群中持续存在[39.］．在阴道样本或新生儿中检测“高毒性”ST17菌株应有助于确定新生儿人群中存在高致病风险美国agalactiae感染 [60]，在这样的人群中，抗菌治疗和严格的随访是绝对必要的[60］．在本研究中，ST17是最普遍的STs之一，所有ST17菌株都属于血清型。有必要建立一种快速筛查该地区孕妇ST17菌株的方法。MALDI-TOF MS可以利用特征质谱峰快速区分某些细菌亚型[37.］．以前使用MALDI-TOF MS（BRUKER DALTONIC）的研究证实了7625DA的ST17应变的特征质谱峰值[2，39.］．然而，我们使用VITEK®MS在7620 Da发现了这个峰值。我们推测不同探测系统的特征质量峰略有不同。ST106也被发现有这个峰[2，但我们并没有在本研究中确定这种ST。我们假设MALDI-TOF MS适用于我们区域ST17菌株的快速筛选。

随着WG的成本和生物信息管理基础设施的快速发展而连续降低[34.]，预计未来将进行WGS，以揭示更多微妙的特性美国agalactiae．该研究在其小型样本大小，单中心设计和回顾性的情况下受到限制。我们的下一个实验将包括增加的样本大小。总体而言，这项研究增加了有关殖民化抗生素抗性和分子特征的新信息美国agalactiae在中国。

结论

本研究获得的数据表明，蜚蠊定殖的主要分子流行病学特征美国agalactiae在广州与其他地区的相似。然而，还显示了一些区域特征，特别是高致病ST485和ST929的相对较高的患病率。而且，高承载率bca基因和低携带率bac基因也是显著的特征。本研究有助于不同地区的流行病学比较和产后宫内及新生儿感染的预防。此外，由于本地区定殖菌株的多药耐药率高，基于抗生素耐药性监测的抗感染治疗是必要的。最后，我们假设MALDI-TOF MS适用于广州地区ST17菌株的快速筛选。

数据可用性

用于支持本研究发现的数据可由通讯作者要求提供。

信息披露

融资机构在研究设计和实施或传播研究的研究中没有作用。

利益冲突

提交人声明有关本文的出版物没有利益冲突。

作者的贡献

程兆敏，黄贤章，m.d.， Ph.D.，何敏，m.d.， Ph.D.，设计了本研究。程昭民，曹楠楠，杨晓寒，秦胜，博士完成了实验。柯培峰、周强、兰凯对数据进行了统计分析。程昭民、瞿平华医学博士撰写并修改手稿。所有的作者都对最后的手稿有贡献。所有作者阅读并批准了最终的手稿。

致谢

作者感谢广东省产科和儿童医院微生物实验室的工作人员，以便在菌株收集中援助。这项工作得到了广东省中医药局科研项目的支持（授予No.2011102）和广州科技项目（授予号码。201704020213）。

补充材料

表S1：全球数据集的MLST配置文件美国agalactiae．这些数据包括全部美国agalactiae截至2018年8月，全球发现的STs (XLS 57 kb)。表S2:耐多药菌定殖的抗生素组合美国agalactiae（docx 16 kB）。图S1：不同ST株的特征质谱分析（PDF 271 KB）。（补充材料）

参考

1. N.-Y.王，K.A.Patas，H.S.Seo等，“B组链球菌富含重复蛋白质促进与纤维蛋白原和阴道殖民的相互作用”传染病杂志，卷。210，没有。6，pp。982-991,2014。查看在：出版商网站|谷歌学术搜索
2. L. Loucif, D. E. Benouareth, A. A. Bentorki, C. Abat, and j - m。分子流行病学和分布的血清型、基因型和抗生素耐药基因链球菌agalactiae来自Guelma，Algeria和Marseille，法国的临床孤立株，“欧洲临床微生物学与传染病杂志第34卷第3期12, pp. 2339-2348, 2015。查看在：出版商网站|谷歌学术搜索
3. K.A.Patras和V.Nizet，“B组链球菌母体殖民化和新生病：分子机制和预防方法”儿科的边疆，第6卷，第1-17页，2018。查看在：出版商网站|谷歌学术搜索
4. B. Rojo-Bezares, j.m. Azcona-gutiérrez, C. Martin, m.s. Jareño, C. Torres, Y. Sáenz，”链球菌agalactiae来自孕妇：抗生素和重金属阻力机制和分子打字，“流行病学和感染，卷。144，没有。15，pp。3205-3214,2016。查看在：出版商网站|谷歌学术搜索
5. W.JI，H刘，Z.Jin等，“中国婴儿侵袭性群中侵袭性群体疾病负担和抗微生物抗性：”国家潜在观察研究的议定书“，”BMC传染病，第十七卷，第二期1, p. 377, 2017。查看在：出版商网站|谷歌学术搜索
6. J. R. Verani, L. McGee和S. J. Schrag，“围产期B组链球菌疾病的预防——美国疾病控制与预防中心修订的指南，2010，”MMWR建议和报告，卷。59，pp。1-36,2010。查看在：谷歌学术搜索
7. S.Mukhopadhyay，E.C.Eichenwald和K.M.Puolopo，“新生儿早期发病败血症评估良好的婴儿：CDC GBS指南变化的预计影响，”荔枝学杂志第33卷第3期3, pp. 198-205, 2013。查看在：出版商网站|谷歌学术搜索
8. D. Money, V. M. Allen, M. H. Yudin等，“新生儿早期B群链球菌病的预防”，加拿大妇产科杂志，卷。35，不。10，pp。939-948,2013。查看在：出版商网站|谷歌学术搜索
9. S. Teatero, P. Ferrieri, I. Martin, W. Demczuk, A. McGeer, N. Fittipaldi，“从殖民地孕妇中恢复的B组链球菌菌株的血清型分布、种群结构和耐药性”，临床微生物学杂志，第55卷，第55期2, pp. 412-422, 2017。查看在：出版商网站|谷歌学术搜索
10. G. Piccinelli, P. Fernandes, C. Bonfanti, F. Caccuri, A. Caruso，和M. A. De Francesco，“在体外活性的红霉素抗红霉素耐药性链球菌agalactiae，“抗菌药物和化疗，第58卷，第2期3, pp. 1693-1698, 2014。查看在：出版商网站|谷歌学术搜索
11. W.JI，L. Zhang，Z.Guo等，“B组患者群中的患病患者和抗生素敏感性在孕妇中，东莞东莞，中国东莞的6年期”普罗斯一体，第12卷，第2期文章编号e0183083, 2017。查看在：出版商网站|谷歌学术搜索
12. 刘军，徐瑞，钟宏等，“广州地区新生儿GBS血清型及ST 17样基因型的流行病学分析，”微生物发病机理，卷。120，pp。213-218,2018。查看在：出版商网站|谷歌学术搜索
13. J. Huang，X.-Z.林，朱和C.陈，“孕妇B组链球菌感染的流行病学”，中国大陆患病患者患者，“儿科和新生儿学，第60卷，第2期5，第487-495页，2019。查看在：出版商网站|谷歌学术搜索
14. G. Gherardi, M. Imperi, L. Baldassarri等，“意大利B组链球菌中血清型、表面蛋白和抗生素耐药性的分子流行病学和分布”，临床微生物学杂志第45卷第5期9，第2909-2916页，2007。查看在：出版商网站|谷歌学术搜索
15. S. M. Garland，E.Cottrill，L. Markowski等，“B组抗菌药物抗菌剂：澳大利亚经验”医学微生物学杂志，第60卷，第2期2, pp. 230-235, 2011。查看在：出版商网站|谷歌学术搜索
16. P. Wang，J. J. Tong，X.H.Ma等，“血清型，抗生素敏感性和多基因座序列类型型材链球菌agalactiae隔离在北京，中国，“普罗斯一体，卷。10，没有。3，物品ID E0120035,2015。查看在：出版商网站|谷歌学术搜索
17. S. E. Gygax, J. A. Schuyler, L. E. Kimmel, J. P. Trama, E. Mordechai，和M. E. Adelson，“B组链球菌临床分离株的红霉素和克林霉素耐药”，抗菌药物和化疗，第50卷，第5期。5，页1875-1877,2006。查看在：出版商网站|谷歌学术搜索
18. S. M.Mousavi，M.Nasaj，S. M. Hosseini等，“B组群应变分布和抗生素抗性模式调查（链球菌agalactiae)。”GMS Hygiene和感染控制，卷。2016年11日。查看在：谷歌学术搜索
19. H. M. Kang，H. J. Lee，H. Lee等，“B组链球菌的基因型表征从韩国侵入性疾病中分离出来”，“儿科传染病杂志，卷。36，不。10，pp。E242-E247,2017。查看在：出版商网站|谷歌学术搜索
20. K. Yao，K.Poulsen，D. Maione等，“囊型基因打字链球菌agalactiae与乳胶凝集的血清型相比，“临床微生物学杂志，卷。51，没有。2，pp。503-507,2013。查看在：出版商网站|谷歌学术搜索
21. “孕妇分离B组链球菌的血清型分布和耐药基因谱研究:一项中国多中心队列研究”，学院号，第124卷。9, pp. 794-799, 2016。查看在：出版商网站|谷歌学术搜索
22. M. Imperi, M. Pataracchia, G. Alfarone, L. Baldassarri, G. Orefici，和R. Creti，“多重PCR方法用于直接鉴定荚膜类型(Ia到IX)链球菌agalactiae，“微生物方法杂志，卷。80，不。2，pp。212-214，2010。查看在：出版商网站|谷歌学术搜索
23. K. M. Edmond，C.Kortsalioudaki，S. Scott等人，“B组患儿B组患者小于3个月的婴儿：系统审查和荟萃分析”柳叶瓶，第379卷，no. 2第2 - 3页，2012。查看在：出版商网站|谷歌学术搜索
24. J. Huang，李，L.Li，X. Wang，Z. Yao和X. Ye，孕妇B组链球菌患病率和抗菌易感性的令人惊叹的区域差异：系统审查和荟萃分析，“全球抗菌抗性杂志CHINESS， 2016, vol. 7, pp. 169-177。查看在：出版商网站|谷歌学术搜索
25. 李士生，温国文，曹旭东等，“分子特性链球菌agalactiae在母婴审理队列研究中：对疫苗开发和洞察术语的影响，“疫苗，卷。36，不。15，pp。1941-1948,2018。查看在：出版商网站|谷歌学术搜索
26. A. Rosenau，K. Martins，S. Amor等，“评估能力链球菌agalactiae从生殖器官和新生儿标本分离的菌株与人纤维蛋白原结合，并与fbsA和fbsB基因特征相关，”感染和免疫，卷。75，不。3，pp。1310-1317,2007。查看在：出版商网站|谷歌学术搜索
27. T. C. Smith, S. A. Roehl, P. Pillai, S. Li, C. F. Marrs，和B. Foxman，“在定殖和入侵分离株中，新的和以前研究过的毒力基因的分布链球菌agalactiae，“流行病学和感染，卷。135，不。6，pp。1046-1054,2007。查看在：出版商网站|谷歌学术搜索
28. E. E.UDO，S.S.Boswihi和N.Al-Sweih，“B组链球菌的基因型和毒力基因在孕妇医院，科威特，”医学原则与实践第22卷第2期5，第453-457页，2013。查看在：出版商网站|谷歌学术搜索
29. 蒋慧，陈敏，李涛等，“分子表征链球菌agalactiae导致中国上海社区和医院获得性感染，”微生物学前沿，卷。7日，2016年。查看在：出版商网站|谷歌学术搜索
30. N. Jones，J.F. Bohnsack，S. Takahashi等，“B组链球菌的多点序列键入系统”临床微生物学杂志，卷。41，没有。6，pp。2530-2536，2003。查看在：出版商网站|谷歌学术搜索
31. F.-Y。C. Lin, a . Whiting, E. Adderson等，“新生儿血清型B群链球菌入侵和定植菌株的系统发育谱系:一项多中心前瞻性研究，”临床微生物学杂志，第44卷，第5期。4，第1257-1261页，2006。查看在：出版商网站|谷歌学术搜索
32. B. Perichon, N. Szili, L. du Merle et al.，“高毒性PI-2b菌毛表达的调控链球菌agalactiae乳中BM110。”普罗斯一体，第12卷，第2期1、文章编号e0169840, 2017。查看在：出版商网站|谷歌学术搜索
33. L. Li，R. Wang，Y. Huang等，“致病性高发病率链球菌agalactiaeST485孕妇/产褥期患者的菌株和超毒性人体CC67菌株的分离，“微生物学前沿， 2018年第9卷第50页。查看在：出版商网站|谷歌学术搜索
34. G. Kapatai，D. Patel，A. Efstratiou等，“分子血清型方法的比较”链球菌agalactiae从基因组序列BMC基因组学，卷。18，不。2017年1日。查看在：出版商网站|谷歌学术搜索
35. B. J. Metcalf, S. Chochua, R. E. Gertz等人，“短读全基因组测序用于确定抗菌药物耐药性机制和当前侵袭性疾病的荚膜血清型链球菌agalactiae在美国发现的，”临床微生物学与感染，卷。23，不。8，pp。574.E7-574.E14，2017。查看在：出版商网站|谷歌学术搜索
36. N.Van der Mee-Marquet，S.M. Diene，L.Barbera等，“人类传染病携带的预言分析为B组链球菌种群的演变提供了新的洞察力，”临床微生物学与感染，卷。24，不。5，pp。514-521,2018。查看在：出版商网站|谷歌学术搜索
37. C.-h.Yang，S. Sauer，A.Freiwald等，“通过质谱和计算分析”细菌的分类和鉴定“普罗斯一体，第3卷，第2期。7、Article ID e2843,2008。查看在：谷歌学术搜索
38. H.C.Lin，J.J.Lu，L.C.Lin等，“鉴定与侵袭性ST1相关的蛋白质组学生物标志物，Maldi-Tof MS的血清型VI组链球菌，”微生物学，免疫学和感染杂志号，第52卷。1，页81-89,2019。查看在：出版商网站|谷歌学术搜索
39. M.-f.Lartigue，M. Kostrzewa，M.Salloum等人，“快速检测”高毒力“B组Bresphotococcus ST-17，并通过MALDI-TOF质谱法，新兴ST-1克隆，”微生物方法杂志，第86卷，第86期2，页262-265,2011。查看在：出版商网站|谷歌学术搜索
40. C. Beauruelle，A. Pastuszka，P. Horvath等，“Crispr：追随阴道崩晕的有用的遗传特征，B组链球菌，”微生物学前沿，第8卷，第1981页，2017年。查看在：出版商网站|谷歌学术搜索
41. 孙洁，方伟，柯斌等，“不明显链球菌agalactiae成鱼/商业罗非鱼的感染，”科学报告，卷。6，不。1，p。26319,2016。查看在：出版商网站|谷歌学术搜索
42. 郭德辉，曹昕，李树华等，“中国新生儿B组链球菌定植的流行、耐药性、血清型和分子特征研究”，美国感染控制杂志，卷。46，没有。3，PP。E19-E24,2018。查看在：出版商网站|谷歌学术搜索
43. A.-P。magorakos, A. Srinivasan, R. B. Carey等，“多重耐药、广泛耐药和泛耐药细菌:获得性耐药临时标准定义的国际专家建议，”临床微生物学与感染，卷。18，不。3，pp。268-281,2012。查看在：出版商网站|谷歌学术搜索
44. L. Zhou，S.-J.yu，w. gao，k。 -姚明，A.-D.沉，y。 -杨阳，“血管型分布和抗生素抗性来自儿科患者的北京上呼吸道感染的儿科患者”疫苗，第29卷，第2期44, pp. 7704-7710, 2011。查看在：出版商网站|谷歌学术搜索
45. B. Bozdogan，L. Berrezouga，M.S.Kuo等人，“一种新的抗性基因，LINB，通过肠球菌在肠球菌HM1025中的核酸核糖赋予林冠化抗性抗性，”抗菌药物和化疗，卷。43，不。4，PP。925-929,1999。查看在：出版商网站|谷歌学术搜索
46. P. E. B. Verwer，W. B. Leeuwen，V. Girard等，“歧视曲霉属真菌兰特从aspergillus fumigatus通过拉曼光谱和MALDI-TOF MS，“欧洲临床微生物学与传染病杂志第33卷第3期2，pp。245-251,2013。查看在：出版商网站|谷歌学术搜索
47. S. Shabayek和B. Spellerberg，“B组链球菌定植、分子特征和流行病学”，微生物学前沿，卷。9，p。437,2018。查看在：出版商网站|谷歌学术搜索
48. M. Mukesi，B.C.C.Iweriebor，L.C. Obi等，“流行和囊型分布链球菌agalactiae在纳米比亚和南非，"BMC传染病第19卷第2期1，p。179年，2019年。查看在：出版商网站|谷歌学术搜索
49. V. G. Dutra，V.M. Alves，A. N. Olendzki等，“链球菌agalactiae在巴西:血清型分布、毒力决定因素和抗菌素敏感性，”BMC传染病， 2014年第14卷，第323页。查看在：出版商网站|谷歌学术搜索
50. M. Kobayashi，S. J.Schrag，M. R. Alderson等，“世卫组织B组链球菌疫苗发展谘询：2016年4月27日至28日举行的会议报告，”疫苗，第37卷，第2期50, pp. 7307-7314, 2019。查看在：出版商网站|谷歌学术搜索
51. S. M.林，Y.Zhi，K.Ahn，S. Lim和H. S.SEO，“B组链球菌疫苗发育的状态”临床和实验疫苗研究，卷。7，不。1，pp.76-81,2018。查看在：出版商网站|谷歌学术搜索
52. M. Morozumi，T. Wajima，M.akata，S.Iwata和K. Ubukata，B组中分子的分子特征与日本侵袭感染的成人分离的B组链球菌，“临床微生物学杂志第54卷第5期11, pp. 2695 - 2700,2016。查看在：出版商网站|谷歌学术搜索
53. G. A.Carvalho-Castro，J.R.Silva，L.V.Paiva等，“分子流行病学链球菌agalactiae从巴西奶牛群的乳腺炎中分离出来，巴西微生物学杂志，第48卷，第48期3, pp. 551-559, 2017。查看在：出版商网站|谷歌学术搜索
54. B. Lu，D. Wang，H. Zhou等，“B组中菌群和α样蛋白基因的分布在北京北京，中国孕妇中殖民，”欧洲临床微生物学与传染病杂志第34卷第3期6，pp。1173-1179，2015。查看在：出版商网站|谷歌学术搜索
55. Wang R.， Li L.， Huang T. et al.，“human Phylogenetic, comparative genomic and structural analyses of human链球菌agalactiaeST485在中国，“BMC基因组学第19卷第2期1, p. 716, 2018。查看在：出版商网站|谷歌学术搜索
56. P.A.Nakamura，R.B.B.B.Schuab，F.P.Neves，C.F.Pereira，G. R.Paula和R.R.Barros，“抗微生物抗性抗药性曲线和抗性抗性分离物的遗传表征链球菌agalactiae，“Memórias做了oswaldo cruz，卷。106，没有。2，pp。119-122，2011。查看在：出版商网站|谷歌学术搜索
57. B. Lu，D. Li，Y. Cui，W. Sui，L. Huang和X. Lu，北京北京孕妇B组链球菌流行病学，“临床微生物学与感染，第20卷，第2期。6, pp. 372 - 372, 2014。查看在：出版商网站|谷歌学术搜索
58. F. P. Lin, R. Lan, V. Sintchenko et al.，“计算细菌全基因组系统发育谱分析揭示了潜在的毒力基因链球菌agalactiae，“普罗斯一体，卷。6，不。4，物品ID E17964，2011。查看在：出版商网站|谷歌学术搜索
59. A. Dmitriev，Y. Y. Hu，A. D. Shen，A. Suvorov和Y.H. Yang，B组链球菌临床菌株的染色体分析;发酵糖阳性菌株是遗传均匀的，“有限元微生物学，卷。208，没有。1，pp。93-98,2002。查看在：出版商网站|谷歌学术搜索
60. M.-C。A. Billoët等，“高毒性”B群链球菌ST-17克隆的快速检测”，微生物和感染，第8卷，第2期7，页1714-1722,2006。查看在：出版商网站|谷歌学术搜索

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