针对多样化的交互相关的非编码RNA的预测目前的计算模型

---

非编码RNA（ncRNA的）指的是一种不具有蛋白质编码容量内源小RNA分子。近年来，大量的研究已进行了研究细胞生物学非编码RNA的作用，积累的证据表明，这些RNA分子并不构成转录噪音，但在细胞功能的重要作用，如转录和转录后调控，表观遗传调控，器官或组织发育，细胞分化，细胞周期控制，细胞运输，代谢过程，和染色体动力学。他们放松管制很大程度上有助于人类复杂疾病的各种病症，包括乳腺癌，肝癌，前列腺癌，结肠癌，膀胱癌，甲状腺癌，肺癌，卵巢癌，白血病，阿尔茨海默氏症，糖尿病和艾滋病。计算模型的发展来预测各种复杂的ncRNA相关的相互作用可能显著受益的ncRNA功能的推论，非编码RNA病协会的鉴定，非编码RNA的生物标志物，药物靶标相互作用的鉴定和药物设计的检测。

接下来几页的论文描述了在预测与ncrna相关的各种相互作用的计算模型领域的最新发现。它们只是目前ncrna计算模型的研究、新兴趋势和应用的一小部分。特刊包括八篇研究论文和一篇评论论文。研究论文包括ncRNA的鉴定与注释(4篇)、mirna -靶标相互作用预测(1篇)、ncRNA功能预测(1篇)、mirna -转录因子相互作用预测(1篇)、蛋白-蛋白相互作用预测(1篇)。以下是对这些论文的简要描述。

G. Wan等。分析RNA-SEQ数据和芯片起组蛋白修饰的数据以识别所述纸张lncRNA基因的转录和组蛋白修饰H3K4me3的或的H3K27me3之间的关系“在阿尔茨海默氏病lncRNA基因通过组蛋白修饰的转录调控。”

J. Qu等。检测254小的非编码RNA在基因组平菇并分析了它们的进化保守性在食用菌的基因组序列的论文“非编码小RNA的鉴定和特性平菇“。

一种基于元路线预测方法RMLM在论文“用于人类miRNA-目标协会一种基于元路线预测方法”，由罗等人J.显影。预测潜在的miRNA靶相互作用。作者还开发RMLMSe，在其中使用的序列信息，以提高RMLM的性能。

L.江等人。雇反向传播（BP）神经一起用于造纸微小RNA（miRNA）的前体的识别98维新颖特征网络“BP网络有助于改善前miRNA识别不同物种”。作者证明了该方法的总预测精度接近13.17％，大于国家的最先进的miRNA前体预测软件工具。

由Y.胡等人给予命名Gene2Function注释基因参考到功能（GeneRIFs）的框架。在论文“诠释了人类基因组与基因本体论和本体论疾病的功能。”

在“人核糖体RNA来源的居民MicroRNAs作为胞质癌应激信息的传递者”这篇论文中，M-fold、TargetScan和GeneCoDia3被用于研究rRNA和miRNA对细胞应激的RNA关系。作者在人类rRNA中检测到17个与已知miRNA相同的RNA序列，这些序列被称为rRNA宿主miRNA类似物(rmiRNAs)。

论文“Ens-PPI:使用PSSM的自协方差变换预测蛋白质相互作用的新集成分类器”由Z.-G。Gao等人提出了一种基于轮作森林(RF)算法和从位置特异性评分矩阵中提取的自协方差(AC)特征的新预测因子。该方法在酵母蛋白-蛋白相互作用数据集上实现了很好的预测性能，幽门螺旋杆菌，和独立的数据集。

Q. Zhao等在《MicroRNA与转录因子动态交互作用对基因表达的影响》一文中构建了mirna介导的前馈环(FFLs)计算模型。基于miRNA和TF在基因表达上的不同动态相互作用，作者介绍了具有两个门功能(以及门和或门)的四种可能的FFLs结构拓扑。

最后,在回顾论文“长非编码RNA标识:比较长非编码基于机器学习的工具记录歧视”,美国汉et al .,几种流行的方法编码等lncRNA识别潜在的计算器(CPC), Coding-Potential评估工具(CPAT) Coding-Non-Coding指数(CNCI),预测长非编码RNA和基于一种改进的信使RNAķ对-mer方案(PLEK)、长链非编码RNA识别(LncRNA-ID)、lncr扫描- svm、lncRNA-MFDL、LncRNApred进行了总结，并介绍了它们的优缺点和应用范围。

致谢

我们要感谢谁提交了他们的工作考虑到这个特殊的问题，也是评审的努力和建设性的批评作者。陈星的工作是由中国的下批准号：国家自然科学基金的支持。11301517和11631014。

陈星
慧明鹏
正音

版权

版权所有©2016陈星等人。这是下发布的开放式访问文章知识共享署名许可，其允许在任何介质无限制地使用，分发和再现时，所提供的原始工作正确的引用。