巴西圣保罗州主要城市艾滋病毒/艾滋病感染者的传播性耐药性GydF4y2Ba

摘要GydF4y2Ba

人类免疫缺陷病毒1型(HIV-1)传播的耐药性(TDR)是一个重要的公共卫生问题。在巴西，已描述了低至中等耐药性水平。我们评估了225名来自圣保罗(圣保罗和坎皮纳斯)两个主要城区艾滋病毒参考中心的艾滋病毒1型感染者(抗逆转录病毒naïve)。圣保罗是巴西艾滋病病例最多的州。采用斯坦福校准群体抗性标准(CPR)对TDR进行分析，17例患者出现突变(7.6%，95% CI: 4.5%-11.9%)。76%的TDR基因组(13/17)携带非核苷逆转录酶抑制剂(NNRTI)耐药突变，主要是K103N/S(9/13, 69%)，这可能危及巴西艾滋病毒治疗指南建议的优先一线治疗，该指南推荐基于依非韦伦的组合。此外，6/17(35%)有与对一个或多个类的耐药性相关的多个突变。hiv - 1b是流行亚型(80%);其他亚型包括HIV-1 F和C，马赛克BC, BF，以及A1和CRF02_AG亚型的单例。坎皮纳斯HIV参考中心的TDR病例较多，TDR与分支B感染显著相关(GydF4y2Ba）.GydF4y2Ba

1.介绍GydF4y2Ba

获得免费抗逆转录病毒疗法(ART)是巴西应对艾滋病流行和传播耐药性(TDR)对策的一部分;自从20世纪90年代末引入高效抗逆转录病毒疗法(HAART)以来，它一直是一个令人担忧的问题[GydF4y2Ba1.GydF4y2Ba］.热带病监测是监测遗传耐药性出现的一项重要战略，因为它可能影响抗逆转录病毒疗法的疗效[GydF4y2Ba2.GydF4y2Ba]这一问题在巴西尤为明显，巴西在90年代末在一个不理想的医疗体系中实施了免费抗逆转录病毒治疗计划。这一举措可能会促进传播的耐药性变体的出现，并危及人类免疫缺陷病毒（HIV-1）的治疗[GydF4y2Ba3.GydF4y2Ba］.然而，在巴西进行的大多数研究表明，热带病研究和在发达国家观察到的流行情况类似。最近两项巴西全国调查就涉及到这个问题[GydF4y2Ba4.GydF4y2Ba,GydF4y2Ba5.GydF4y2Ba但也包括了一小部分来自São保罗都会区的代表。我们和其他人分析了未接受治疗的个体的突变[GydF4y2Ba6.GydF4y2Ba–GydF4y2Ba12GydF4y2Ba]; 但为了追踪TDR流行趋势，需要持续监测。GydF4y2Ba

我们分析了ARV naïve艾滋病毒/艾滋病感染者，这些人是从圣保罗州两个主要城市地区的艾滋病毒参考中心招募的，以调查热带病研究的流行情况。这些大都市区集中了圣保罗州44%的已通报艾滋病病例和大约三分之一的巴西艾滋病毒/艾滋病患者。GydF4y2Ba

2.材料和方法GydF4y2Ba

在圣保罗市的国家艾滋病毒参考中心和坎皮纳斯市的市级艾滋病毒参考中心的门诊诊所或自愿咨询和检测(VCT)招募了无症状和naïve接受抗逆转录病毒治疗的艾滋病毒感染者。志愿者的选择由他们的主治医生或VCT咨询人员进行，并进行额外的修订以确认ARV暴露史。临床工作人员对同意参与的个人进行了访谈，以获取风险，审查潜在的抗逆转录病毒疗法(如MTCT或接触后预防)的既往暴露情况，并记录与使用抗逆转录病毒的个人建立伙伴关系(性行为或共用药物用具)的知识。从2008年5月到2009年11月采集了血液样本。简单地说，用QIAamp病毒RNA迷你试剂盒(Qiagen，德国)提取HIV-1 RNA，然后用随机引物和Superscript III酶(Invitrogen，美国)进行逆转录。在低HIV-1 RNA病毒载量或血浆检测阴性的样本中，从外周血单个核细胞(PBMCs)中提取DNA (Qiagen，德国)。巢式PCR产物在ABI 3100基因分析仪(ABI，美国)使用大染料终止子测序，以评估蛋白酶(PR，密码子1至99)和部分逆转录酶(RT，密码子1至235)基因，如前所述[GydF4y2Ba6.GydF4y2Ba］.使用Sequencher 4.7软件(Gene Codes, USA)手工编辑序列。在序列编辑时考虑到抗性相关密码子的DNA碱基(混合)不明确。向HIV参考中心报告了HIV基因型耐药检测结果。TDR是根据校准人口耐药性6.0版(CPR, Stanford Database, SDRM 2009)定义的，该算法专门用于HIV-1传播耐药性突变(DRMs)的流行病学监测[GydF4y2Ba13GydF4y2Ba］.国际抗病毒学会(IAS) 2011年耐药名单[GydF4y2Ba14GydF4y2Ba此外还考虑了对抗逆转录病毒反应的耐药性的影响，该反应考虑了影响抗逆转录病毒易感性的所有突变。通过NCBI基因分型和REGA HIV分型工具对HIV-1进行分型，并利用ModelTest3.7选择的进化模型，采用系统发育方法(PAUP* 4.10b)对HIV-1亚型进行确认，为HIV分子流行病学监测提供依据。该序列可在GenBank获得，登录号为HM533970至HM534205;HQ015155 HQ015157。GydF4y2Ba

参与的HIV参考中心和Adolfo Lutz研究所的机构审查委员会批准了这项研究。GydF4y2Ba

3.结果GydF4y2Ba

在参与研究的243名HIV-1感染者中，部分HIV-1GydF4y2Ba波尔GydF4y2Ba230例(95%)个体的序列成功测序(96%来自血浆，4%来自PBMC)。225人符合既往未接触过抗逆转录病毒药物的纳入标准，纳入分析。在研究个体中，6名女性之前曾接触过MTCT预防，记录在采访中。从这些妇女(3/4)中分析的大多数序列显示了一个或多个DRM，但不包括在225例ART naive个体生成的TDR患病率估计中。另外，有一例感染抗逆转录病毒疗法的信息未知，但在前几年有无法检测到的病毒血症史，有几种耐药性突变，因此被排除在分析之外。男男性行为者(MSM)的无保护接触是最常见的传播途径。表格GydF4y2Ba1.GydF4y2Ba描述了来自Campinas和São Paulo站点的研究志愿者的人口统计和实验室数据。GydF4y2Ba


	热带病研究和培训特别规划(GydF4y2Ba)GydF4y2Ba	没有热带病研究和培训特别规划(GydF4y2Ba)GydF4y2Ba	(总GydF4y2Ba)GydF4y2Ba

年龄(岁)GydF4y2Ba	32 (29-40)GydF4y2Ba	34 (29-40)GydF4y2Ba	34 (29-40)GydF4y2Ba
性别（男性）GydF4y2Ba	23 (69.7%)GydF4y2Ba	138例(71.9%)GydF4y2Ba	161例(71.6%)GydF4y2Ba
CD4+ T细胞(细胞数/mmGydF4y2Ba^3.GydF4y2Ba)GydF4y2Ba	461 (322–631)GydF4y2Ba	475年(353 - 623)GydF4y2Ba	463年(344 - 626)GydF4y2Ba
病毒载量(日志GydF4y2Ba_10GydF4y2Ba)GydF4y2Ba	4.1 (3.6 - -4.8)GydF4y2Ba	4.3 (3.6 - -4.7)GydF4y2Ba	4.3 (3.6 - -4.7)GydF4y2Ba
HIV暴露GydF4y2Ba
二甲基砜GydF4y2Ba	20 (61%)GydF4y2Ba	100例(51%)GydF4y2Ba	120例(52%)GydF4y2Ba
异性恋GydF4y2Ba	11 (33%)GydF4y2Ba	76例(41%)GydF4y2Ba	87 (40%)GydF4y2Ba
IDU的GydF4y2Ba	1 (33%)GydF4y2Ba	1 (0.5%)GydF4y2Ba	2 (0.4%)GydF4y2Ba
hiv - 1亚型(部分GydF4y2Ba波尔GydF4y2Ba)GydF4y2Ba
A1GydF4y2Ba	0GydF4y2Ba	1 (0.5%)GydF4y2Ba	1 (0.4%)GydF4y2Ba
BGydF4y2Ba	31 (94%)GydF4y2Ba	149例(78%)GydF4y2Ba	180例(76%)GydF4y2Ba
FGydF4y2Ba	0GydF4y2Ba	14 (7%)GydF4y2Ba	14 (6%)GydF4y2Ba
CGydF4y2Ba	1 (33%)GydF4y2Ba	15 (8%)GydF4y2Ba	16 (7%)GydF4y2Ba
CRF02_AGGydF4y2Ba	0GydF4y2Ba	1 (0.5%)GydF4y2Ba	1 (0.4%)GydF4y2Ba
重组马赛克GydF4y2Ba	1 (33%)GydF4y2Ba	12 (6%)GydF4y2Ba	13 (6%)GydF4y2Ba
监测点GydF4y2Ba
坎皮纳斯GydF4y2Ba	26 (79%)GydF4y2Ba	130例(68%)GydF4y2Ba	156 (69%)GydF4y2Ba
圣保罗GydF4y2Ba	7 (21%)GydF4y2Ba	62例(32%)GydF4y2Ba	69例(31%)GydF4y2Ba

根据斯坦福CPR，在17个序列中检测到TDR突变（7.6%，95%CI:4.5%–11.9%）。坎皮纳斯的TDR患病率为9.6%（15/156），圣保罗的TDR患病率为2.9%（2/69）(GydF4y2Ba).来自圣保罗的两名个体具有更广泛的TDR模式，均具有蛋白酶抑制剂（PI）和NNRTI突变，一名具有核苷逆转录酶抑制剂（NRTI）的额外抗性突变（表1）GydF4y2Ba2.GydF4y2Ba）.在Campinas位点，大部分TDR为nnrti耐药突变(73%，11/15)，其次为PI和NRTI(20%， 3/15)， 2个序列对两种ARV类均有耐药。总体而言，76%(13/17)的至少有一种TDR的序列具有NNRTI耐药性，71%(12/17)的序列对依非韦伦(EFV)的敏感性减弱。K103N/S(53%， 9/17)是最常见的突变。未观察到热带病治疗与传播危险人群或性别之间的关联。此外，建议性伴侣接受抗逆转录病毒治疗的个人有类似数量的热带病治疗(GydF4y2Ba）.通过CPR或IAS列表，Campinas倾向于有更多的TDR病例，TDR与hiv - 1b感染有显著关联(GydF4y2Ba）.GydF4y2Ba


IDGydF4y2Ba^A.GydF4y2Ba	HIV暴露GydF4y2Ba^BGydF4y2Ba	年龄GydF4y2Ba^CGydF4y2Ba/性别GydF4y2Ba^DGydF4y2Ba	艺术疗法GydF4y2Ba^EGydF4y2Ba	CD4+T细胞GydF4y2Ba		病毒载量GydF4y2Ba		最后的时间GydF4y2Ba 六世/ CD4测试GydF4y2Ba^JGydF4y2Ba	电阻突变GydF4y2Ba (CPR)GydF4y2Ba^KGydF4y2Ba	电阻突变GydF4y2Ba (IAS)GydF4y2Ba^LGydF4y2Ba	子类型GydF4y2Ba^MGydF4y2Ba
				(细胞/毫米GydF4y2Ba^3.GydF4y2Ba)GydF4y2Ba		(日志GydF4y2Ba_10GydF4y2Ba)GydF4y2Ba		最后的时间GydF4y2Ba 六世/ CD4测试GydF4y2Ba^JGydF4y2Ba	电阻突变GydF4y2Ba (CPR)GydF4y2Ba^KGydF4y2Ba
				在艺术GydF4y2Ba^FGydF4y2Ba	最后测试GydF4y2Ba^GGydF4y2Ba	在艺术GydF4y2Ba^HGydF4y2Ba	最后测试GydF4y2Ba^我GydF4y2Ba

BR08SP441GydF4y2Ba	二甲基砜GydF4y2Ba	25 / MGydF4y2Ba	TDF/3TC/EFVGydF4y2Ba	312GydF4y2Ba	311GydF4y2Ba	4.40GydF4y2Ba	4.78GydF4y2Ba	厦门市GydF4y2Ba		E138AGydF4y2Ba	BGydF4y2Ba
BR09SP005GydF4y2Ba	二甲基砜GydF4y2Ba	41 / MGydF4y2Ba	AZT / 3 tc / LPVGydF4y2Ba	388GydF4y2Ba	1025GydF4y2Ba	4.77GydF4y2Ba	<1.70GydF4y2Ba	13个月GydF4y2Ba		E138AGydF4y2Ba	BGydF4y2Ba
BR09CA065GydF4y2Ba	二甲基砜GydF4y2Ba	37 / MGydF4y2Ba	TDF/3TC/EFVGydF4y2Ba	248GydF4y2Ba	641GydF4y2Ba	4.43GydF4y2Ba	<1.70GydF4y2Ba	8个月GydF4y2Ba		V82IGydF4y2Ba	BGydF4y2Ba
BR09CA067GydF4y2Ba	二甲基砜GydF4y2Ba	38 / MGydF4y2Ba	AZT / 3 tc / EFVGydF4y2Ba	244GydF4y2Ba	817GydF4y2Ba	4.58GydF4y2Ba	<1.70GydF4y2Ba	31个月GydF4y2Ba		V82IGydF4y2Ba	BGydF4y2Ba
BR09CA071GydF4y2Ba	二甲基砜GydF4y2Ba	29 / MGydF4y2Ba	—GydF4y2Ba	487GydF4y2Ba	562GydF4y2Ba	3.58GydF4y2Ba	2.61GydF4y2Ba	—GydF4y2Ba	K103NGydF4y2Ba	K103NGydF4y2Ba	BGydF4y2Ba
BR09CA075GydF4y2Ba	WSMGydF4y2Ba	66 / FGydF4y2Ba	AZT / 3 tc / EFVGydF4y2Ba	224GydF4y2Ba	378GydF4y2Ba	5.70GydF4y2Ba	<1.70GydF4y2Ba	18个月GydF4y2Ba		E138AGydF4y2Ba	BGydF4y2Ba
BR09CA091GydF4y2Ba	二甲基砜GydF4y2Ba	30 / MGydF4y2Ba	TDF / 3 tc / LPV / rGydF4y2Ba	260GydF4y2Ba	384GydF4y2Ba	4.94GydF4y2Ba	<1.70GydF4y2Ba	26个月GydF4y2Ba	K103NGydF4y2Ba	K103NGydF4y2Ba	BGydF4y2Ba
BR09CA097GydF4y2Ba	WSMGydF4y2Ba	40楼GydF4y2Ba	—GydF4y2Ba	567GydF4y2Ba	567GydF4y2Ba	4.18GydF4y2Ba	4.18GydF4y2Ba	—GydF4y2Ba	G190AGydF4y2Ba	G190AGydF4y2Ba	BGydF4y2Ba
BR09CA175GydF4y2Ba	二甲基砜GydF4y2Ba	29 / MGydF4y2Ba	AZT/3TC/ATV/rGydF4y2Ba	283GydF4y2Ba	164GydF4y2Ba	3.76GydF4y2Ba	3.58GydF4y2Ba	没有抑制GydF4y2Ba	K103NGydF4y2Ba	K103NGydF4y2Ba	BGydF4y2Ba
BR09CA190GydF4y2Ba	WSMGydF4y2Ba	32楼GydF4y2Ba	AZT / 3 tc / EFVGydF4y2Ba	207GydF4y2Ba	609GydF4y2Ba	4.47GydF4y2Ba	<1.70GydF4y2Ba	37个月GydF4y2Ba		E138AGydF4y2Ba	BGydF4y2Ba
BR09CA192GydF4y2Ba	二甲基砜GydF4y2Ba	29 / MGydF4y2Ba	—GydF4y2Ba	751GydF4y2Ba	686GydF4y2Ba	3.74GydF4y2Ba	4．25GydF4y2Ba	—GydF4y2Ba	K103NGydF4y2Ba	K103NGydF4y2Ba	BGydF4y2Ba
BR09CA194GydF4y2Ba	IDU +男男同性恋者GydF4y2Ba	34/米GydF4y2Ba	附加说明GydF4y2Ba	230GydF4y2Ba	230GydF4y2Ba	—GydF4y2Ba	<1.70GydF4y2Ba	附加说明GydF4y2Ba		Q58EGydF4y2Ba	BGydF4y2Ba
BR09CA210GydF4y2Ba	二甲基砜GydF4y2Ba	22/MGydF4y2Ba	—GydF4y2Ba	741GydF4y2Ba	636GydF4y2Ba	5.19GydF4y2Ba	4.90GydF4y2Ba	—GydF4y2Ba	M41L, T215EGydF4y2Ba	M41LGydF4y2Ba	BGydF4y2Ba
BR09CA262GydF4y2Ba	IGNGydF4y2Ba	29楼GydF4y2Ba	附加说明GydF4y2Ba	217GydF4y2Ba	209GydF4y2Ba	5.45GydF4y2Ba	5.24GydF4y2Ba	—GydF4y2Ba		V82I / E138AGydF4y2Ba	CGydF4y2Ba
BR09CA264GydF4y2Ba	二甲基砜GydF4y2Ba	39 / MGydF4y2Ba	AZT / 3 tc / EFVGydF4y2Ba	243GydF4y2Ba	629GydF4y2Ba	4.78GydF4y2Ba	<1.70GydF4y2Ba	37个月GydF4y2Ba		V82IGydF4y2Ba	BGydF4y2Ba
BR09CA271GydF4y2Ba	二甲基砜GydF4y2Ba	29 / MGydF4y2Ba	TDF/3TC/EFVGydF4y2Ba	197GydF4y2Ba	557GydF4y2Ba	4.50GydF4y2Ba	<1.70GydF4y2Ba	26个月GydF4y2Ba	M41LGydF4y2Ba	M41LGydF4y2Ba	BGydF4y2Ba
BR09CA296GydF4y2Ba	二甲基砜GydF4y2Ba	26 / MGydF4y2Ba	TDF / 3 tc / LPV / rGydF4y2Ba	221GydF4y2Ba	723GydF4y2Ba	3.95GydF4y2Ba	<1.70GydF4y2Ba	29个月GydF4y2Ba	K103NGydF4y2Ba	K103NGydF4y2Ba	BGydF4y2Ba
BR09CA298GydF4y2Ba	垃圾GydF4y2Ba	26 / MGydF4y2Ba	—GydF4y2Ba	731GydF4y2Ba	668GydF4y2Ba	4.00GydF4y2Ba	4．65GydF4y2Ba	—GydF4y2Ba	M230LGydF4y2Ba	M230LGydF4y2Ba	BGydF4y2Ba
BR09CA300GydF4y2Ba	二甲基砜GydF4y2Ba	21/MGydF4y2Ba	—GydF4y2Ba	1062GydF4y2Ba	729GydF4y2Ba	3.29GydF4y2Ba	3．20GydF4y2Ba	—GydF4y2Ba		V82IGydF4y2Ba	BGydF4y2Ba
BR09SP310GydF4y2Ba	二甲基砜GydF4y2Ba	27 / MGydF4y2Ba	TDF / 3 tc /、GydF4y2Ba	108GydF4y2Ba	955GydF4y2Ba	5.55GydF4y2Ba	<1.70GydF4y2Ba	15个月GydF4y2Ba		E138AGydF4y2Ba	BGydF4y2Ba
BR09CA343GydF4y2Ba	二甲基砜GydF4y2Ba	34/米GydF4y2Ba	AZT / 3 tc / EFVGydF4y2Ba	335GydF4y2Ba	388GydF4y2Ba	4.41GydF4y2Ba	<1.70GydF4y2Ba	35个月GydF4y2Ba		E138AGydF4y2Ba	BGydF4y2Ba
BR09CA344GydF4y2Ba	WSMGydF4y2Ba	39楼GydF4y2Ba	—GydF4y2Ba	381GydF4y2Ba	454GydF4y2Ba	3．81GydF4y2Ba	4.42GydF4y2Ba	—GydF4y2Ba	K101P, K103SGydF4y2Ba	K101P, K103SGydF4y2Ba	BGydF4y2Ba
BR09CA355GydF4y2Ba	WSMGydF4y2Ba	53楼GydF4y2Ba	TDF/3TC/EFVGydF4y2Ba	318GydF4y2Ba	787GydF4y2Ba	3.52GydF4y2Ba	<1.70GydF4y2Ba	27个月GydF4y2Ba	190米GydF4y2Ba	190米GydF4y2Ba	BGydF4y2Ba
BR09CA369GydF4y2Ba	垃圾GydF4y2Ba	58/MGydF4y2Ba	TDF/3TC/EFVGydF4y2Ba	348GydF4y2Ba	348GydF4y2Ba	4.76GydF4y2Ba	—GydF4y2Ba	厦门市GydF4y2Ba		E138AGydF4y2Ba	高炉GydF4y2Ba
BR09SP588GydF4y2Ba	二甲基砜GydF4y2Ba	33/米GydF4y2Ba	—GydF4y2Ba	517GydF4y2Ba	441GydF4y2Ba	4.49GydF4y2Ba	4.07GydF4y2Ba	—GydF4y2Ba	M46I、L90M/K101P、G190AGydF4y2Ba	M46I、Q58E、L90M/K101P、G190AGydF4y2Ba	BGydF4y2Ba
BR09SP003GydF4y2Ba	pARV +男男同性恋者GydF4y2Ba	41 / MGydF4y2Ba	TDF / 3 tc / DRV / r /、GydF4y2Ba	312GydF4y2Ba	490GydF4y2Ba	4.86GydF4y2Ba	<1.70GydF4y2Ba	三个月GydF4y2Ba	M46i, g73, i84v, l90m / m41l, v75m, f77l, t215d, y188lGydF4y2Ba	M46i, i54v, i84v, l90m / m41l, f77l, y188lGydF4y2Ba	BGydF4y2Ba
BR09CA078GydF4y2Ba	pARV + WSMGydF4y2Ba	40楼GydF4y2Ba	AZT / 3 tc / EFVGydF4y2Ba	297GydF4y2Ba	492GydF4y2Ba	3.57GydF4y2Ba	<1.70GydF4y2Ba	14个月GydF4y2Ba		A72VGydF4y2Ba	BGydF4y2Ba
BR09CA095GydF4y2Ba	pARV +男男同性恋者GydF4y2Ba	32/米GydF4y2Ba	—GydF4y2Ba	631GydF4y2Ba	658GydF4y2Ba	2.68GydF4y2Ba	3.07GydF4y2Ba	—GydF4y2Ba	K103N, L90MGydF4y2Ba	K103N, L90MGydF4y2Ba	BGydF4y2Ba
BR09CA187GydF4y2Ba	pARV + WSMGydF4y2Ba	25楼GydF4y2Ba	—GydF4y2Ba	656GydF4y2Ba	592GydF4y2Ba	3.93GydF4y2Ba	4.24GydF4y2Ba	—GydF4y2Ba		V82IGydF4y2Ba	BGydF4y2Ba
BR09CA280GydF4y2Ba	pARVGydF4y2Ba	28 / MGydF4y2Ba	—GydF4y2Ba	632GydF4y2Ba	395GydF4y2Ba	3.61GydF4y2Ba	4.19GydF4y2Ba	—GydF4y2Ba	K103NGydF4y2Ba	K103NGydF4y2Ba	BGydF4y2Ba
BR09CA372GydF4y2Ba	pARV +男男同性恋者GydF4y2Ba	29 / MGydF4y2Ba	TDF / 3 tc / ATV / rGydF4y2Ba	273GydF4y2Ba	774GydF4y2Ba	4.73GydF4y2Ba	<1.70GydF4y2Ba	37个月GydF4y2Ba	K103NGydF4y2Ba	K103NGydF4y2Ba	BGydF4y2Ba
BR09CA197GydF4y2Ba	pARV + WSMGydF4y2Ba	47楼GydF4y2Ba	—GydF4y2Ba	附加说明GydF4y2Ba	附加说明GydF4y2Ba	附加说明GydF4y2Ba	附加说明GydF4y2Ba	—GydF4y2Ba	T215S, I85VGydF4y2Ba		BGydF4y2Ba
BR09SP253GydF4y2Ba	pARV + WSMGydF4y2Ba	47楼GydF4y2Ba	—GydF4y2Ba	1142GydF4y2Ba	1334GydF4y2Ba	2.06GydF4y2Ba	2.70GydF4y2Ba			V82IGydF4y2Ba	BGydF4y2Ba

^A.GydF4y2Ba样本ID(巴西BR，采集年份为09，临床地点和样本编号为CA或SP)。GydF4y2Ba
^BGydF4y2Ba暴露为男性MSM(指与其他男性发生性行为)，女性WSM(指与男性发生性行为)，IDU(指静脉注射毒品)，pARV(指与一名或多名使用抗逆转录病毒治疗的伴侣发生性行为)。GydF4y2Ba
^CGydF4y2Ba年龄,GydF4y2Ba^DGydF4y2Ba性别：男性为M，女性为F。GydF4y2Ba
^EGydF4y2Ba将ART治疗作为第一方案或不进行治疗。GydF4y2Ba
^FGydF4y2Ba治疗开始前的CD4+ T细胞(pre-ART)和GydF4y2Ba^GGydF4y2Ba可用的最后CD4(加粗表示CD4值高于接受抗逆转录病毒治疗前时的CD4值);GydF4y2Ba
^HGydF4y2BaART之前的病毒载量(ART之前)和GydF4y2Ba^我GydF4y2Ba最后一个VL可用。（对于检测不到的病毒拷贝，粗体显示/mL，<1.70 日志GydF4y2Ba_10GydF4y2Ba，当时服用了抗逆转录病毒药物)。GydF4y2Ba
^JGydF4y2Ba从开始治疗到最近几个月CD4/VL检测的时间。GydF4y2Ba
^{k, lGydF4y2Ba}观察到抗性突变(Stanford CPR和2011 IAS列表)。GydF4y2Ba
^MGydF4y2Ba病毒亚型在GydF4y2Ba波尔GydF4y2Ba地区。GydF4y2Ba
没有数据N.A.。GydF4y2Ba

为了评估与抗性相关的突变或多态性的影响，我们还使用了2011年IAS更新的突变列表，32个序列(14.2%)至少有一个IAS主要突变(见表)GydF4y2Ba2.GydF4y2Ba）.IAS和CPR标准均用于评估突变与成功治疗的相关性，根据巴西治疗指南，这些患者推荐使用ART。基因分型检测报告可提供给艾滋病毒参考中心，抗逆转录病毒治疗是根据检测报告选择的。直到2012年，对TDR患者的病毒学反应进行评估(见表)GydF4y2Ba2.GydF4y2Ba)在33例耐药突变个体中，18例启动了抗逆转录病毒治疗，16例有临床和实验室资料，部分病例随访37个月。这项随访显示，除一名个体（BR09CA175）外，所有记录了依从性问题的个体在最后一次观察中均受到病毒抑制（表1）GydF4y2Ba2.GydF4y2Ba）.GydF4y2Ba

4.讨论GydF4y2Ba

在参加坎皮纳斯和São保罗参考中心的抗逆转录病毒naïve hiv -1感染者人群中，7.6%的人总体上发现了传播性耐药性。该热带病研究报告的流行率与巴西其他地区使用斯坦福CPR标准进行估计的流行率相似，[GydF4y2Ba4.GydF4y2Ba–GydF4y2Ba12GydF4y2Ba,GydF4y2Ba15GydF4y2Ba]在大多数调查中，TDR发病率稳定甚至下降的原因尚不清楚，但很可能存在一个平台，变异菌株的循环可能达到某种平衡，这取决于多种因素，如ARV治疗使用、治疗组合、依从性和社交网络等在引进治疗方案后，非洲的TDR有了小幅度但持续的增长[GydF4y2Ba2.GydF4y2Ba将允许验证这一假设。GydF4y2Ba

在这项研究中，大多数个体在采集时都有较高的CD4+T细胞计数，中位数为463 细胞/毫米GydF4y2Ba^3.GydF4y2Ba．然而，25%的患者CD4+ T细胞计数低于350个/mmGydF4y2Ba^3.GydF4y2Ba根据当时的《巴西指南》，CD4细胞计数表明接受了抗逆转录病毒治疗。目前，建议在CD4+ T细胞计数低于500细胞/mm时开始治疗GydF4y2Ba^3.GydF4y2Ba．虽然这不是本研究的重点，但也招募了少数接触到预防母婴传播的妇女，但在热带病研究和评估中被排除在外。这些妇女具有显著的耐药性，并构成了应该获得预处理基因型试验的人群片段。GydF4y2Ba

在巴西，目前有20多万名患者在使用抗逆转录病毒疗法，São保罗州有8万名患者。然而，其中一些患者没有受到病毒抑制，这是传播耐药性的一个潜在来源。另一方面，大量未经治疗的个体携带野生型变异(估计至少是治疗个体数量的两倍)，这是另一个艾滋病毒传播来源，可能在记录的传播耐药性的低流行率中发挥重要作用，大多数研究都是一致的。此外，在这些变异的传播潜力中，低适应性或其他生物学限制也可能在观察到的耐药菌株流行中发挥作用。比传播耐药性的点估计更重要的是及时追踪其趋势。基于前哨点顺序评估的热带病研究发展趋势可能是监测热带病研究发展的最佳方法之一。巴西艾滋病规划署进行了一项大规模的热带病研究报告调查[GydF4y2Ba4.GydF4y2Ba]，但在方法、设计和参与地点方面存在差异[GydF4y2Ba8.GydF4y2Ba限制了这些评价的可比性。其他最近的全国性研究[GydF4y2Ba5.GydF4y2Ba，表明了类似的数字，估计为5-15%，采用了世卫组织的艾滋病毒阈值调查方法。对于圣保罗州的遗址，这些研究产生的估计从0到15%不等[GydF4y2Ba4.GydF4y2Ba,GydF4y2Ba5.GydF4y2Ba］.然而，这些研究的样本量很小，从7个到34个个体，这降低了这些研究的强度。这些差异可能还反映了抽样效果、研究设计、确认抗逆转录病毒疗法naïve状况的严格程度以及热带病研究规划的标准等问题。此外，其中一项研究[GydF4y2Ba4.GydF4y2Ba]发现使用抗逆转录病毒治疗的个人与热带病治疗存在伙伴关系。这里也对这一问题进行了评估，在报告伴侣使用抗逆转录病毒疗法的病例中，热带病研究报告的数量相似。GydF4y2Ba

正如对巴西这一地区亚型流行率的预期，HIV-1亚型B在这两个地区最常见。然而，该地区HIV-1 C和BC镶嵌的比例高于此前报道的比例。这在其他地方有进一步的详细说明[GydF4y2Ba16GydF4y2Ba］.此外，还发现了一种单一的CRF02_AG，尽管它是全世界传播最广的HIV重组形式，但在南美洲却相当罕见，有报道称它存在于巴西[GydF4y2Ba17GydF4y2Ba］.在这项研究中，我们发现了对B亚型(GydF4y2Ba)采用CPR或IAS标准，与Sprinz等人一致[GydF4y2Ba4.GydF4y2Ba在那里，热带病治疗主要在B亚型感染者中发现。GydF4y2Ba

对治疗效果的影响是TDR的核心问题。TDR患者中NNRTI耐药性的高流行率是一个潜在问题，因为巴西HIV治疗指南建议NNRTI，尤其是基于依法韦伦的HAART，作为首选一线治疗。考虑到NNRTI的低遗传屏障，单一DRM可能由于对整个类别具有高水平的耐药性，这些患者实际上可能通过功能性双重疗法启动ARV，导致部分病毒抑制，这有利于出现进一步的耐药性突变。此外，预计该类别突变的病毒适合度不会降低，并且它们往往会持续存在与其他干扰病毒适应度的突变（如M184V）相比，其持续时间更长且更容易检测到。作为群体测序中可检测突变的持续性并不意味着与整个病毒准种的持续性相同，可以想象，在群体测序中检测到的突变可被视为“前哨突变”这些可能表明存在额外的耐药突变，低于该测序方法的检测限，可能干扰治疗成功[GydF4y2Ba18GydF4y2Ba］.如果这些可检测到的突变标志着其他隐性突变的存在，那么即使医生能够获得预处理基因型，治疗也会打折扣。虽然病例数量较少，但我们的研究记录了相对长期的治疗结果。当医生收到基因型检测结果时，在检测结果后开始HAART的病例受到基因型检测的影响进行治疗。在大多数情况下，选择联合治疗包括不受观察到的DRM影响的药物。这将避免被检测到的突变的直接影响，但不包括神秘的，在少数变异中可能存在的额外抗性。然而，在这些个体中存在热带病研究dr并没有对病毒血症控制产生影响，而且唯一一个没有抑制的治疗病例记录了坚持治疗的问题。GydF4y2Ba

5.结论GydF4y2Ba

我们观察到低至中等水平的传播耐药突变（7.6%），其中大多数降低了对依法韦伦的易感性，这是巴西一线治疗中首选的抗逆转录病毒药物，证实了该国先前的研究结果。重要的是要监测传播的耐药性趋势，并确定可能补贴治疗方案的算法，因为在所有个体开始治疗之前进行基因型检测可能是不现实的。另一方面，针对最易受TDR影响的人群进行基因型检测可能具有成本效益。这将有助于艾滋病毒治疗反应，并有助于减少艾滋病毒对总人口的耐药性传播。GydF4y2Ba

利益冲突GydF4y2Ba

作者声明他们没有利益冲突。GydF4y2Ba

致谢GydF4y2Ba

本文得到了FAPESP(2006/61311-0和2011/21958-2)的资助。作者感谢Andrade RB、Siqueira AFAC、Batista、JG和Silva AJ的贡献。他们感谢参与这项研究的志愿者和艾滋病参考中心的工作人员。作者感谢São保罗艾滋病救助工作组:Almeida RAMB, Vazquez CMP, Ferreira DM, Jamal L, Silva IO, Braga PE, Pereira LC和Hornke L。GydF4y2Ba

工具书类GydF4y2Ba

M.Petrella、B.Brenner、H.Loemba和M.A.Wainberg，“艾滋病毒耐药性和在资源贫乏国家引入抗逆转录病毒疗法的影响，”GydF4y2Ba耐药性的更新GydF4y2Ba，第4卷，第4期。6，页339-346,2001。GydF4y2Ba视图:GydF4y2Ba出版商的网站GydF4y2Ba|GydF4y2Ba谷歌学术搜索GydF4y2Ba
《世界卫生组织艾滋病毒耐药性报告》，2012年，GydF4y2Bahttp://apps.who.int/iris/bitstream/10665/75183/1/9789241503938_eng.pdfGydF4y2Ba．GydF4y2Ba
M. Wadman，“专家们对廉价艾滋病药物在非洲可能产生的影响存在分歧，”GydF4y2Ba自然GydF4y2Ba，第410卷，第6829号，第615-6162001页。GydF4y2Ba视图:GydF4y2Ba谷歌学术搜索GydF4y2Ba
E. Sprinz, E. M. Netto, M. Patelli等人，“巴西1型HIV感染者的初级抗逆转录病毒耐药性”，GydF4y2Ba艾滋病研究和人类逆转录病毒GydF4y2Ba，第25卷，第861-867页，2009。GydF4y2Ba视图:GydF4y2Ba谷歌学术搜索GydF4y2Ba
L.A.Inocencio，A.A.Pereira，M.C.Sucupira等人，“巴西艾滋病毒耐药性监测网络：对最近被诊断为艾滋病毒感染者的调查，”GydF4y2Ba国际艾滋病协会杂志GydF4y2Ba，第12卷，第20页，2009。GydF4y2Ba视图:GydF4y2Ba谷歌学术搜索GydF4y2Ba
J. L. De Paula Ferreira, M. Thomaz, R. Rodrigues et al.，“巴西库里提巴新发现的HIV-1感染的分子特征:最近感染的男性中C分支的优势。”GydF4y2Ba奥斯瓦尔多·克鲁兹研究所的纪念GydF4y2Ba号，第103卷。8，第800-808页，2008。GydF4y2Ba视图:GydF4y2Ba谷歌学术搜索GydF4y2Ba
R.Rodrigues，L.C.Scherer，C.M.Oliveira等人，“在巴西南部新诊断的个体中，初级抗逆转录病毒耐药性突变的低患病率和HIV-1分支C at聚合酶基因的优势，”GydF4y2Ba病毒的研究GydF4y2Ba，第116卷，第116期1-2，页201-207,2006。GydF4y2Ba视图:GydF4y2Ba出版商的网站GydF4y2Ba|GydF4y2Ba谷歌学术搜索GydF4y2Ba
R. M. Brindeiro, R. S. Diaz, E. C. Sabino等人，“巴西艾滋病病毒耐药性监测网络(HIV- bresnet):对慢性感染者的调查”，GydF4y2Ba艾滋病GydF4y2Ba，第十七卷，第二期7，第1063-1069页，2003。GydF4y2Ba视图:GydF4y2Ba出版商的网站GydF4y2Ba|GydF4y2Ba谷歌学术搜索GydF4y2Ba
B. C. Carvalho, L. P. V. Cardoso, S. Damasceno，和M. M. A. Stefani，“巴西托坎廷斯北部内陆州传播耐药性和HIV 1型C亚型内化的中度流行”，GydF4y2Ba艾滋病研究和人类逆转录病毒GydF4y2Ba，第27卷，第1081-1087页，2011年。GydF4y2Ba视图:GydF4y2Ba谷歌学术搜索GydF4y2Ba
E. Arruda, L. Simões, C. Sucupira等人，“简短交流:在巴西东北部Ceará州的艾滋病毒1型初级抗逆转录病毒耐药中度流行”，GydF4y2Ba艾滋病研究和人类逆转录病毒GydF4y2Ba第27卷第2期2, pp. 153-156, 2011。GydF4y2Ba视图:GydF4y2Ba出版商的网站GydF4y2Ba|GydF4y2Ba谷歌学术搜索GydF4y2Ba
R. M. de Medeiros, D. M. Junqueira, M. C. Matte, N. T. Barcellos, J. a . Chies, and S. E. M. Almeida，“来自巴西最南端drug-naïve人群中HIV-1亚型B、C和CRF31_BC的共循环:主要耐药突变分析”，GydF4y2Ba医学病毒学杂志GydF4y2Ba，第83卷，第1682-1688页，2001。GydF4y2Ba视图:GydF4y2Ba谷歌学术搜索GydF4y2Ba
T. Gräf, C. P. Passaes, L. G. Ferreira等，“来自巴西南部naïve患者的治疗中HIV-1基因多样性和耐药性:HIV-1亚型与暴露类别的关联”，GydF4y2Ba临床病毒学杂志GydF4y2Ba，第51卷，第186-191页，2011年。GydF4y2Ba视图:GydF4y2Ba谷歌学术搜索GydF4y2Ba
R. W. Shafer, S. Y. Rhee, D. Pillay et al，“HIV-1蛋白酶和逆转录酶突变用于耐药性监测”，GydF4y2Ba艾滋病GydF4y2Ba第21卷第2期2，页215-223,2007。GydF4y2Ba视图:GydF4y2Ba出版商的网站GydF4y2Ba|GydF4y2Ba谷歌学术搜索GydF4y2Ba
V. A. Johnson, V. Calvez, H. F. Günthard等，“2011年HIV-1耐药突变的更新，”GydF4y2Ba抗病毒医学专题GydF4y2Ba，第19卷，第156-164页，2011。GydF4y2Ba视图:GydF4y2Ba谷歌学术搜索GydF4y2Ba
a . M. Lança, J. K. B. Colares, J. L. P. Ferreira等，“在Ribeirão Preto，巴西，开展HAART的前瞻性队列患者中HIV-1倾向和CD4 T淋巴细胞恢复，”GydF4y2BaMemórias do Instituto Oswaldo CruzGydF4y2Ba， 2012, vol. 107, pp. 96-101。GydF4y2Ba视图:GydF4y2Ba谷歌学术搜索GydF4y2Ba
L.F.M.Brígido，J.L.P.Ferreira，V.C.Almeida等人，“巴西南部艾滋病毒1型C型传播到巴西圣保罗州，”GydF4y2Ba艾滋病研究和人类逆转录病毒GydF4y2Ba， vol. 27, pp. 339-344, 2011。GydF4y2Ba视图:GydF4y2Ba谷歌学术搜索GydF4y2Ba
W. a . Eyer-Silva和M. G. Morgado，“在巴西东南部里约热内卢de Janeiro州内的一个小城市进行的人类免疫缺陷病毒1型多样性调查揭示的CRF02_AG株的本地水平传播”，GydF4y2Ba奥斯瓦尔多·克鲁兹研究所的纪念GydF4y2Ba第102卷第1期7，第809-815页，2007。GydF4y2Ba视图:GydF4y2Ba谷歌学术搜索GydF4y2Ba
M. Pingen, M. Nijhuis, J. A. de Bruijn, C. A. B. Boucher，和A. M. J. Wensing，“传播耐药HIV-1的进化途径”，GydF4y2Ba抗菌化疗杂志GydF4y2Ba第66期7, pp. 1467-1480, 2011。GydF4y2Ba视图:GydF4y2Ba出版商的网站GydF4y2Ba|GydF4y2Ba谷歌学术搜索GydF4y2Ba

病毒学进展GydF4y2Ba