). This study provides primary profile of sediment archaea distribution in freshwater lakes and helps to deepen our understanding of lake sediment microbes."> 沉积物的分布模式古生菌鄱阳湖的社区,中国最大的淡水湖gydF4y2Ba - raybet雷竞app,雷竞技官网下载,雷电竞下载苹果

古生菌gydF4y2Ba

古生菌gydF4y2Ba/gydF4y2Ba2016年gydF4y2Ba/gydF4y2Ba文章gydF4y2Ba

研究文章|gydF4y2Ba开放获取gydF4y2Ba

体积gydF4y2Ba 2016年gydF4y2Ba |gydF4y2Ba文章的IDgydF4y2Ba 9278929gydF4y2Ba |gydF4y2Ba https://doi.org/10.1155/2016/9278929gydF4y2Ba

香港、盐田,Fangpeng Liu Jianhua阴,文博口,局域网,帮派通用电气gydF4y2Ba,gydF4y2Ba ”gydF4y2Ba沉积物的分布模式古生菌鄱阳湖的社区,中国最大的淡水湖gydF4y2Ba”,gydF4y2Ba古生菌gydF4y2Ba,gydF4y2Ba 卷。gydF4y2Ba2016年gydF4y2Ba,gydF4y2Ba 文章的IDgydF4y2Ba9278929gydF4y2Ba,gydF4y2Ba 12gydF4y2Ba 页面gydF4y2Ba,gydF4y2Ba 2016年gydF4y2Ba。gydF4y2Ba https://doi.org/10.1155/2016/9278929gydF4y2Ba

沉积物的分布模式古生菌鄱阳湖的社区,中国最大的淡水湖gydF4y2Ba

学术编辑器:gydF4y2Ba威廉·b·惠特曼gydF4y2Ba
收到了gydF4y2Ba 2016年5月26日gydF4y2Ba
修改后的gydF4y2Ba 2016年7月23日gydF4y2Ba
接受gydF4y2Ba 09年2016年8月gydF4y2Ba
发表gydF4y2Ba 2016年12月13日gydF4y2Ba

文摘gydF4y2Ba

古生菌中扮演一个重要的角色在全球geobiochemical循环的各种环境。然而,更知道在淡水湖泊沉积物古生菌的生态作用。因此,研究古菌群落结构和多样性的理解是至关重要的淡水湖泊生态系统的代谢过程。在这项研究中,沉积物理化性质结合结果从16 s rRNA克隆library-sequencing检查沉积物古菌多样性和环境因素驱动沉积物古菌群落结构。从鄱阳湖七个网站选择,包括两个网站从主身体和五湖网站从流入河河口。我们的研究结果显示高多样性古生菌社区在鄱阳湖的沉积物,包括Bathyarchaeota (45.5%)、Euryarchaeota (43.1%)、Woesearchaeota (3.6%)、Pacearchaeota (1.7%)、Thaumarchaeota(1.4%),暂停Lokiarchaeota (0.7%)、Aigarchaeota(0.2%),与非加密古生菌(3.8%)。古生菌社区之间的成分不同网站,和沉积物产权古生菌社区结构和分布产生了较大的影响,尤其是总有机碳(TOC)和金属铅(Pb) (gydF4y2Ba )。这项研究提供了主要的沉积物古生菌分布在淡水湖泊和湖泊沉积物微生物有助于加深我们的理解。gydF4y2Ba

1。介绍gydF4y2Ba

作为生命的第三域,古生菌曾经视为重要的居住者的极端环境中,但是越来越多的证据显示他们在各种nonextreme环境中广泛存在,包括土壤,海洋,和相似性gydF4y2Ba1gydF4y2Ba]。古生菌被发现有一个重要的角色在全球生物地球化学过程,如甲烷生成和甲烷氧化(gydF4y2Ba2gydF4y2Ba],硫酸盐还原[gydF4y2Ba3gydF4y2Ba),和氨的氧化gydF4y2Ba4gydF4y2Ba,gydF4y2Ba5gydF4y2Ba]。在淡水环境中,活跃的古生菌社区负责甲烷释放和氮转换,特别是在海底的水和沉积物(gydF4y2Ba6gydF4y2Ba]。据推测湖泊生态系统贡献将近6 - 16%的天然甲烷排放总量在全球范围内(gydF4y2Ba7gydF4y2Ba]。因此,沉积物古生菌社区的调查是至关重要的了解淡水湖泊生态系统的代谢过程(gydF4y2Ba8gydF4y2Ba]。gydF4y2Ba

湖泊沉积物是一个活跃的高的地方大量的微生物,这是受到有机物降解的变化,各种化学物质的再悬浮和再沉积(gydF4y2Ba9gydF4y2Ba]。与细菌相比,沉积物古生菌的多样性和社区分布在淡水湖泊环境中得到了少得多的关注。一些先前的研究表明古菌群落结构和多样性的变化与几个因素,如沉积物深度、采样地点,和污染gydF4y2Ba10gydF4y2Ba- - - - - -gydF4y2Ba12gydF4y2Ba]。古菌群落不受环境因素的影响而细菌(gydF4y2Ba13gydF4y2Ba];发现几个参数影响湖泊沉积物的古菌的分布。盐度发挥了重要作用控制古生菌的多样性和分布河口沉积物(gydF4y2Ba14gydF4y2Ba,gydF4y2Ba15gydF4y2Ba),粒子大小和水啊gydF4y2Ba2gydF4y2Ba饱和度也塑造了沉积物古生菌分布(gydF4y2Ba16gydF4y2Ba]。然而,穷人culturability古生菌成员的和有限的隔离,分类法是掩盖在许多先前的研究。一些古生菌的常规关系组织命名他们的环境特征或找到订单,经常分散不同的系统发育类群被分子进化方法。此外,调查从许多湖泊沉积物的古菌社区没有关心,和更少的研究已经进行了阐明沉积物古生菌的空间分布和环境影响的社区。gydF4y2Ba

作为中国最大的淡水水库之一,鄱阳湖地区气候调节起着至关重要的作用,保持生态和经济发展。鄱阳湖是一个典型的吞吐量主要接收水从五湖支流(傅Gan河,河流,秀河,鑫河,河Rao),最后流入长江。然而,鄱阳湖水文条件,近年来发生了巨大的变化,而整体水域也降低了。与此同时,富营养化和污染造成的农业、水产养殖、工业活动威胁水安全(gydF4y2Ba17gydF4y2Ba- - - - - -gydF4y2Ba19gydF4y2Ba]。流入河中作出了重要的贡献,鄱阳湖富营养化和污染;五支流中,氮化镓、鑫和饶河流被工厂污染排放(磷酸铜和矿山饶和鑫河的上游)和城市废弃物(上游赣江南昌城市)(gydF4y2Ba20.gydF4y2Ba]。许多研究水文状况进行调查,水质和生物多样性的鱼类,鸟类,植物,和bacterioplankton鄱阳湖的社区gydF4y2Ba21gydF4y2Ba- - - - - -gydF4y2Ba25gydF4y2Ba]。古菌群落的分布及其生态作用并不担心在鄱阳湖。本研究的目的是描述鄱阳湖沉积物的古菌群落结构和估计表面沉积物性质的影响古菌群落的空间分布。本研究主要试图解读总古生菌社区鄱阳湖沉积物。gydF4y2Ba

2。材料和方法gydF4y2Ba

2.1。采样地点的描述gydF4y2Ba

中央湖和支流河口都包括在这项研究中。虽然鄱阳湖水域非常巨大,两个部分可以划分根据水文条件。北部是一个水与深和快速通道电流,而南部水域辽阔,缓慢的电流。为研究(图7个采样地点选择gydF4y2Ba1gydF4y2Ba):两个网站来自北部和南部中心区的鄱阳湖,名叫NP(北鄱阳湖)和SP(南鄱阳湖),和其他五个网站来自支流河口,名叫XH(秀河),RH (Rao河),XJ(鑫河),跳频(Fu河),和GJ(赣江)。这些选定的采样地点的坐标和水深度如表所示gydF4y2Ba1gydF4y2Ba。gydF4y2Ba


网站gydF4y2Ba 经度和纬度gydF4y2Ba 水深度(米)gydF4y2Ba AFDM (%)gydF4y2Ba SM (%)gydF4y2Ba pH值gydF4y2Ba TOC (ggydF4y2Ba 公斤gydF4y2Ba−1gydF4y2Ba)gydF4y2Ba TN (ggydF4y2Ba 公斤gydF4y2Ba−1gydF4y2Ba)gydF4y2Ba TP (ggydF4y2Ba 公斤gydF4y2Ba−1gydF4y2Ba)gydF4y2Ba C: NgydF4y2Ba N: PgydF4y2Ba

NPgydF4y2Ba 116°11′E, 29°12′NgydF4y2Ba 5.5gydF4y2Ba 3.4±0.4gydF4y2Ba 27.7±2.6gydF4y2Ba 6.2±0.3gydF4y2Ba 9.3±0.8gydF4y2Ba 0.9±0.2gydF4y2Ba 0.6±0.1gydF4y2Ba 11.3±1.6gydF4y2Ba 1.4±0.1gydF4y2Ba
XHgydF4y2Ba 116°00′E 29°11′NgydF4y2Ba 1。5gydF4y2Ba 4.8±0.8gydF4y2Ba 37.1±1.4gydF4y2Ba 6.4±0.2gydF4y2Ba 7.9±0.5gydF4y2Ba 0.9±0.1gydF4y2Ba 0.5±0.0gydF4y2Ba 10.6±1.5gydF4y2Ba 1.4±0.1gydF4y2Ba
RHgydF4y2Ba 116°40′E, 28°59′NgydF4y2Ba 3所示。5gydF4y2Ba 6.0±0.2gydF4y2Ba 48.2±2.4gydF4y2Ba 6.5±0.1gydF4y2Ba 11.9±0.5gydF4y2Ba 1.1±0.1gydF4y2Ba 1.0±0.0gydF4y2Ba 10.2±1.8gydF4y2Ba 1.5±0.3gydF4y2Ba
SPgydF4y2Ba 116°16′E, 28°55′NgydF4y2Ba 1。0 6.7±0.6gydF4y2Ba 35.5±4.8gydF4y2Ba 6.5±0.3gydF4y2Ba 11.2±3.5gydF4y2Ba 1.0±0.5gydF4y2Ba 0.5±0.1gydF4y2Ba 9.5±1.3gydF4y2Ba 1.6±0.2gydF4y2Ba
跳频gydF4y2Ba 116°09年′E, 28°39′NgydF4y2Ba 4.5gydF4y2Ba 4.8±0.6gydF4y2Ba 33.0±0.9gydF4y2Ba 6.0±0.1gydF4y2Ba 6.6±1.2gydF4y2Ba 0.4±0.1gydF4y2Ba 0.4±0.1gydF4y2Ba 9.7±1.3gydF4y2Ba 1.5±0.3gydF4y2Ba
XJgydF4y2Ba 116°24′E, 28°43′NgydF4y2Ba 1。0 6.5±0.6gydF4y2Ba 48.1±2.2gydF4y2Ba 6.3±0.1gydF4y2Ba 12.3±0.7gydF4y2Ba 0.9±0.1gydF4y2Ba 1.0±0.0gydF4y2Ba 11.1±0.1gydF4y2Ba 1.2±0.2gydF4y2Ba
GJgydF4y2Ba 116°22′E, 28°48′NgydF4y2Ba 11.5gydF4y2Ba 5.1±0.1gydF4y2Ba 52.6±8.6gydF4y2Ba 6.4±0.1gydF4y2Ba 9.9±0.6gydF4y2Ba 0.8±0.1gydF4y2Ba 0.7±0.0gydF4y2Ba 10.9±0.2gydF4y2Ba 1.1±0.1gydF4y2Ba

AFDM:无灰干质量;SM:沉积物水分;TOC:总有机碳;TN:总氮;TP:总磷;C: N意味着总有机碳氮比。gydF4y2Ba
所有的数据是均值±SD所示格式。gydF4y2Ba
明显不同的值在网站标有不同字母(方差分析基于图基测试,gydF4y2Ba < 0.05)。gydF4y2Ba
2.2。样本收集和预处理gydF4y2Ba

表层沉积物样品(0 - 5厘米)从选定的网站收集的2014年5月鄱阳湖。三个样本收集每个站点在无菌的条件下,搁置在一个容器,并立即送往实验室。对于每一个站点,三个样品均化混合在一起。之后,样品被分成两半。一半是立即处理沉积物理化参数的测量;和另一半是存储在无菌聚丙烯管−80°C的分子分析。gydF4y2Ba

2.3。理化分析gydF4y2Ba

pH值测量用酸度计(缝匠肌PB-10、德国)1:2.5 (wt /卷)水的沉积物。沉积物水分(SM)获得的减肥30克样品70°C烤12 - 24小时后达到恒重。沉积物无灰干质量(AFDM)计算的减肥5克样品4 h后在550°C BF51800马弗炉(热费舍尔,美国)。沉积物样本及时冻干探测地球化学特征。总有机碳(TOC)、总氮(TN)和总磷(TP)内容,分别分析了Walkley-Black湿氧化过程,micro-Kjeldahl方法,磷钼酸蓝色法(gydF4y2Ba26gydF4y2Ba]。重金属的浓度,包括铜(铜)、锌(锌)、铅(Pb)和镉(Cd)被微波消化法量化。渗和干的短暂,0.5 g的沉积物被添加在9毫升浓硝酸+ 3毫升浓盐酸在175°C 10分钟(美国环保局2007)。冷却后,提取在3000转离心5分钟;上层清液进行了分析使用一个AA800原子吸收分光光度计(PerkinElmer)。gydF4y2Ba

2.4。微生物分析gydF4y2Ba

基因组DNA提取的0.5 g沉积物(湿重)使用权力土壤®DNA隔离设备(美国该款)后,制造商的指示。获得的DNA作为模板来放大热点使用通用引物组16 s rRNA的基因,也就是说,Arch109F (5′-ACKGCTCAGTAACACGT-3′)和Arch915R (5′-GTGCTCCCCCGCCAATTCCTT-3′) (gydF4y2Ba27gydF4y2Ba]。PCR反应混合物(25gydF4y2BaμgydF4y2BaL)由一个单位的聚合酶(Tiangen有限公司,北京),核苷酸,2.5的0.16毫米gydF4y2BaμgydF4y2BaL 10 x PCR缓冲,MgCl 3毫米gydF4y2Ba2gydF4y2Ba,0.1gydF4y2BaμgydF4y2Ba2.5 M的底漆,gydF4y2BaμgydF4y2BaL(大约10 ng)的DNA模板。PCR扩增程序包含一个初始变性在95°C 5分钟,30 95°C的周期为1分钟,退火在56°C 1分钟,在72°C扩展了1.5分钟,最终扩展10分钟在72°C。PCR扩增子被检查在1%琼脂糖凝胶电泳和扩增子的长度(大约800个基点)确认。使用凝胶萃取纯化PCR扩增子终于工具包(Tiangen有限公司,北京)。gydF4y2Ba

纯化PCR扩增子被用于克隆图书馆建设使用pMD18-T向量系统(豆类、日本)后,制造商的协议。结扎产品随后被转化成gydF4y2Ba大肠杆菌gydF4y2BaDH5gydF4y2BaαgydF4y2Ba细胞,它允许蓝白色筛选。转化株镀在磅中含氨苄青霉素(100毫克毫升gydF4y2Ba−1gydF4y2Ba)、半乳糖苷(20毫克毫升gydF4y2Ba−1gydF4y2Ba毫升)和IPTG(200毫克gydF4y2Ba−1gydF4y2Ba)。积极克隆经PCR扩增引物M13-47 (5′-CGCCAGGGTTTTCCCAGTCACGAC-3′)和RV-M (5′-GAGCGGATAACAATTTCACACAGG-3′)。筛选阳性克隆用于测序的北京基因组研究所(BGI)。gydF4y2Ba

获得的原始序列进行了分析使用柏勒罗丰(gydF4y2Bahttp://comp-bio.anu.edu.au/bellerophon/bellerophon.plgydF4y2Ba)去除嵌合体序列。然后,剩下的序列被聚集到操作分类单元(辣子鸡)3%的散度实现Mothur软件包v1.36.1 [gydF4y2Ba28gydF4y2Ba]。然后,代表序列查询使用爆炸计划(gydF4y2Bahttp://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgigydF4y2Ba)在NCBI(国家生物技术信息中心)和分类器(gydF4y2Bahttp://rdp.cme.msu.edu/classifier/classifier.jspgydF4y2Ba在RDB(核糖体数据库项目)。最相似的序列从资源库中提取数据库。系统发育树neighbor-joining,包括获得的序列和他们的近亲,建立了使用大型软件5.0 (gydF4y2Bahttp://www.megasoftware.net/gydF4y2Ba)[gydF4y2Ba29日gydF4y2Ba]。gydF4y2Ba

恢复16 s rRNA序列被存入EMBL(欧洲核苷酸归档数据库加入数字LN896486-LN896691之下。gydF4y2Ba

2.5。统计分析gydF4y2Ba

不同的沉积物环境变量中抽样网站评估用单向方差分析SPSS 19.0软件包。统计学意义时报道的水平gydF4y2Ba 。构造稀疏曲线和计算多样性指数序列被聚集到辣子鸡散度3%使用Mothur程序。LIBSHUFF比较不同的克隆库也在Mothur进行。调查沉积物古生菌社区和环境变量之间的关系,冗余与蒙特卡罗分析(RDA)测试是使用Windows 5.0的Canoco程序。热图是R项目(R-3.0.2)生产的“热图”包。此外,皮尔森系数主要古细菌类群之间的相关性,不同的指标,使用SPSS 19.0和沉积物变量计算。gydF4y2Ba

3所示。结果gydF4y2Ba

3.1。沉积物理化特性gydF4y2Ba

从鄱阳湖沉积物样品的物理化学性质是异构的网站之一。最明显的区别是揭示了AFDM(无灰干质量),SM(沉积物水分),TP(总磷)(方差分析,gydF4y2Ba ),而其他参数包括TOC(总有机碳),TN(总氮),pH值,和C: N和N: P是类似的网站(表中gydF4y2Ba1gydF4y2Ba)。值得注意的是,网站NP的这些参数值最低,与网站RH和XJ显然不同。gydF4y2Ba

相比之下,鄱阳湖的区域背景值gydF4y2Ba30.gydF4y2Ba),更高的内容四个金属透露了这项研究。锌从所有7个站点的内容明显超过背景值和Pb大多数网站的内容也超过背景值除了网站NP和GJ。铜和Cd的内容在网站相似,和更高的值发生在网站RH, XJ, GJ(图gydF4y2Ba2gydF4y2Ba)。这些结果表明潜在的鄱阳湖金属污染的地区。gydF4y2Ba

3.2。古菌群落的多样性gydF4y2Ba

在这项研究中,七个古生菌16 s rRNA基因的克隆库从鄱阳湖沉积物是构造和特点。获得的422个克隆进行测序,然后生成的序列集群使用97%的序列相似性截止到206年辣子鸡。每个克隆的OTU数字图书馆不同从13到56,克隆和积极的变化从23到90年。香农和辛普森指数显示高古菌多样性在所有样本,除了网站1(表gydF4y2Ba2gydF4y2Ba)。报道,曹国伟1和ACE值都展示了低估了古生菌多样性(表gydF4y2Ba2gydF4y2Ba)。然而,主导地位和均匀度显示不同,从沉积物样品古生菌社区的稳定结构。gydF4y2Ba


数量的辣子鸡gydF4y2Ba 克隆的数量gydF4y2Ba 主导地位gydF4y2Ba 香农指数gydF4y2Ba 辛普森指数gydF4y2Ba 均匀度gydF4y2Ba 报道gydF4y2Ba 曹国伟1gydF4y2Ba 王牌gydF4y2Ba

NPgydF4y2Ba 13gydF4y2Ba 23gydF4y2Ba 0.12gydF4y2Ba 2.34gydF4y2Ba 0.88gydF4y2Ba 0.80gydF4y2Ba 0.61gydF4y2Ba 23.50gydF4y2Ba 28.31gydF4y2Ba
XHgydF4y2Ba 30.gydF4y2Ba 56gydF4y2Ba 0.06gydF4y2Ba 3.15gydF4y2Ba 0.94gydF4y2Ba 0.77gydF4y2Ba 0.66gydF4y2Ba 62.67gydF4y2Ba 100.76gydF4y2Ba
RHgydF4y2Ba 33gydF4y2Ba 66年gydF4y2Ba 0.06gydF4y2Ba 3.19gydF4y2Ba 0.94gydF4y2Ba 0.73gydF4y2Ba 0.68gydF4y2Ba 88.00gydF4y2Ba 137.42gydF4y2Ba
SPgydF4y2Ba 46gydF4y2Ba 66年gydF4y2Ba 0.04gydF4y2Ba 3.59gydF4y2Ba 0.96gydF4y2Ba 0.78gydF4y2Ba 0.44gydF4y2Ba 179.00gydF4y2Ba 402.13gydF4y2Ba
跳频gydF4y2Ba 56gydF4y2Ba 90年gydF4y2Ba 0.04gydF4y2Ba 3.74gydF4y2Ba 0.96gydF4y2Ba 0.75gydF4y2Ba 0.53gydF4y2Ba 116.57gydF4y2Ba 299.74gydF4y2Ba
XJgydF4y2Ba 34gydF4y2Ba 62年gydF4y2Ba 0.05gydF4y2Ba 3.24gydF4y2Ba 0.95gydF4y2Ba 0.75gydF4y2Ba 0.63gydF4y2Ba 70.50gydF4y2Ba 141.78gydF4y2Ba
GJgydF4y2Ba 46gydF4y2Ba 59gydF4y2Ba 0.03gydF4y2Ba 3.69gydF4y2Ba 0.97gydF4y2Ba 0.87gydF4y2Ba 0.34gydF4y2Ba 163.17gydF4y2Ba 162.00gydF4y2Ba

所有辣子鸡可能隶属于七门和非保密古生菌。七门包括Bathyarchaeota (45.5%)、Euryarchaeota (43.1%)、Woesearchaeota (3.6%)、Pacearchaeota (1.7%)、Thaumarchaeota(1.4%),暂停Lokiarchaeota(0.7%),和Aigarchaeota (0.2%)。非保密古生菌仍克隆总数的3.8%(图表示gydF4y2Ba3gydF4y2Ba)。门Bathyarchaeota主要有三个不同集群拓扑,包括(杂项Crenarchaeotal集团,MCG) MCG-1 (21.6%)、MCG-2(20.9%),和MCG-3 (3.1%)。一些之前描述组包含,如MCG 5 b组,8组,4组,5组和组群11日15(图gydF4y2Ba3gydF4y2Ba)。门Euryarchaeota可以分为六个订单,Methanomicrobiales (20.4%)、Methanosarcinales (16.6%)、Thermoplasmatales (3.1%)、Methanocellales (1.7%)、Methanobacteriales(1.2%),和Halobacteriales(0.2%)都包括(图gydF4y2Ba3gydF4y2Ba)。gydF4y2Ba

3.3。古菌群落分布gydF4y2Ba

沉积物古生菌社区显示不同分布模式等七个抽样地点。分析的基础上gydF4y2Ba∫gydF4y2Ba-LIBSHUFF,所有网站可以分为两组由于古生菌社区结构;XH和跳频是一组,另一组(表和所有其他网站gydF4y2Ba3gydF4y2Ba)。基于古生菌的热图分析社区秩序关系水平,所有采样站点可分为三组:从秀河网站XH和跳频和富河是一组;网站NP和SP南北中央湖构成一组;网站RH, XJ, GJ Rao河,甘鑫河,河是一组(图gydF4y2Ba4gydF4y2Ba)。gydF4y2Ba


NPgydF4y2Ba XHgydF4y2Ba RHgydF4y2Ba SPgydF4y2Ba 跳频gydF4y2Ba XJgydF4y2Ba GJgydF4y2Ba

NPgydF4y2Ba 0.0235gydF4y2Ba 0.0071gydF4y2Ba 0.0024gydF4y2Ba 0.0406gydF4y2Ba 0.0057gydF4y2Ba 0.0074gydF4y2Ba
XHgydF4y2Ba 0.0625gydF4y2Ba 0.0410gydF4y2Ba 0.0137gydF4y2Ba 0.0077gydF4y2Ba 0.0364gydF4y2Ba 0.0101gydF4y2Ba
RHgydF4y2Ba 0.0195gydF4y2Ba 0.0247gydF4y2Ba 0.0132gydF4y2Ba 0.0238gydF4y2Ba 0.0091gydF4y2Ba 0.0084gydF4y2Ba
SPgydF4y2Ba 0.0096gydF4y2Ba 0.0098gydF4y2Ba 0.0082gydF4y2Ba 0.0344gydF4y2Ba 0.0063gydF4y2Ba 0.0029gydF4y2Ba
跳频gydF4y2Ba 0.0597gydF4y2Ba 0.0123gydF4y2Ba 0.0366gydF4y2Ba 0.0146gydF4y2Ba 0.0409gydF4y2Ba 0.0157gydF4y2Ba
XJgydF4y2Ba 0.0057gydF4y2Ba 0.0251gydF4y2Ba 0.0037gydF4y2Ba 0.0019gydF4y2Ba 0.0161gydF4y2Ba 0.0016gydF4y2Ba
GJgydF4y2Ba 0.0090gydF4y2Ba 0.0061gydF4y2Ba 0.0025gydF4y2Ba 0.0019gydF4y2Ba 0.0161gydF4y2Ba 0.0014gydF4y2Ba

experiment-wise错误率的0.05,图书馆被认为是明显不同(以粗体显示)如果两个中的哪一个gydF4y2Ba 值生成的个体两两比较低于0.007。gydF4y2Ba

网站XH和跳频都由MCG-2(46.4%和51.1%)和MCG-1 Bathyarchaeota(16.1%和25.6%)。MCG-3 Bathyarchaeota也有相当大比例的网站XH(10.7%),但只有一小部分现场跳频(3.3%)。网站NP和SP从中央湖,最丰富的古菌都属于Methanosarcinales(52.2%和37.9%)和Methanomicrobiales Euryarchaeota(30.4%和19.7%)。虽然类群MCG-1和MCG-2也有相当大的比例在网站SP(10.6%和15.2%),只有一小部分被发现在网站NP(4.4%和0)。RH的古生菌的社区网站,XJ,和GJ一直由MCG-1 (34.9%, 19.4%, 27.6%), Methanomicrobiales(25.8%, 50.0%, 18.6%),和Methanosarcinales(15.2%, 14.5%, 22.0%),和他们的总覆盖率在68.3%和83.9%之间(图转移gydF4y2Ba4gydF4y2Ba)。gydF4y2Ba

3.4。影响因素对古生菌的社区gydF4y2Ba

皮尔森相关系数是用来调查湖泊沉积物之间的相关性属性和古菌群落(表gydF4y2Ba4gydF4y2Ba)。然而,只有少数数据显著相关。沉积物古菌群落均匀水深度呈正相关但负相关金属铅的水平(gydF4y2Ba )。古生菌的王牌值社区表现出非凡的负相关性的比值C: N (gydF4y2Ba )。的分布Bathyarchaeota正受到几个因素的影响,包括AFDM、TOC、TP和铜。Methanomicrobiales画报的分布与TOC高度显著的相关性,TP,铜、和Cd,而Pacearchaeota说明正相关性C: N。非保密古生菌的分布模式与TP显示负相关,铜和锌。gydF4y2Ba


皮尔森相关gydF4y2Ba AFDMgydF4y2Ba 水深度(米)gydF4y2Ba SMgydF4y2Ba TOC (ggydF4y2Ba 公斤gydF4y2Ba−1gydF4y2Ba)gydF4y2Ba TN (ggydF4y2Ba 公斤gydF4y2Ba−1gydF4y2Ba)gydF4y2Ba TP (ggydF4y2Ba 公斤gydF4y2Ba−1gydF4y2Ba)gydF4y2Ba C: NgydF4y2Ba N: PgydF4y2Ba pH值gydF4y2Ba 铜(gydF4y2BaμgydF4y2BaggydF4y2Ba ggydF4y2Ba−1gydF4y2Ba)gydF4y2Ba 锌(gydF4y2BaμgydF4y2BaggydF4y2Ba ggydF4y2Ba−1gydF4y2Ba)gydF4y2Ba Pb (gydF4y2BaμgydF4y2BaggydF4y2Ba ggydF4y2Ba−1gydF4y2Ba)gydF4y2Ba Cd (gydF4y2BaμgydF4y2BaggydF4y2Ba ggydF4y2Ba−1gydF4y2Ba)gydF4y2Ba

Taxa_SgydF4y2Ba 0.528gydF4y2Ba 0.355gydF4y2Ba 0.881gydF4y2Ba 0.328gydF4y2Ba 0.088gydF4y2Ba 0.276gydF4y2Ba 0.040gydF4y2Ba −0.589gydF4y2Ba 0.442gydF4y2Ba 0.533gydF4y2Ba 0.503gydF4y2Ba 0.121gydF4y2Ba 0.717gydF4y2Ba
香农gydF4y2Ba 0.480gydF4y2Ba 0.366gydF4y2Ba 0.758gydF4y2Ba 0.311gydF4y2Ba 0.291gydF4y2Ba 0.124gydF4y2Ba −0.163gydF4y2Ba −0.289gydF4y2Ba 0.661gydF4y2Ba 0.326gydF4y2Ba 0.538gydF4y2Ba 0.013gydF4y2Ba 0.492gydF4y2Ba
辛普森gydF4y2Ba 0.499gydF4y2Ba 0.323gydF4y2Ba 0.701gydF4y2Ba 0.371gydF4y2Ba 0.395gydF4y2Ba 0.128gydF4y2Ba −0.239gydF4y2Ba −0.147gydF4y2Ba 0.728gydF4y2Ba 0.293gydF4y2Ba 0.580gydF4y2Ba −0.005gydF4y2Ba 0.429gydF4y2Ba
均匀度gydF4y2Ba −0.212gydF4y2Ba 0.778gydF4y2Ba 0.435gydF4y2Ba −0.045gydF4y2Ba −0.064gydF4y2Ba −0.238gydF4y2Ba 0.362gydF4y2Ba −0.495gydF4y2Ba 0.131gydF4y2Ba −0.201gydF4y2Ba −0.065gydF4y2Ba −0.822gydF4y2Ba 0.258gydF4y2Ba
王牌gydF4y2Ba 0.538gydF4y2Ba −0.276gydF4y2Ba −0.090gydF4y2Ba −0.011gydF4y2Ba −0.022gydF4y2Ba −0.342gydF4y2Ba −0.887gydF4y2Ba 0.554gydF4y2Ba 0.076gydF4y2Ba −0.274gydF4y2Ba −0.172gydF4y2Ba 0.165gydF4y2Ba −0.194gydF4y2Ba
BathyarchaeotagydF4y2Ba 0.833gydF4y2Ba −0.335gydF4y2Ba −0.230gydF4y2Ba 0.771gydF4y2Ba 0.395gydF4y2Ba 0.822gydF4y2Ba −0.108gydF4y2Ba −0.104gydF4y2Ba 0.373gydF4y2Ba 0.834gydF4y2Ba 0.665gydF4y2Ba 0.671gydF4y2Ba 0.714gydF4y2Ba
PacearchaeotagydF4y2Ba −0.166gydF4y2Ba 0.334gydF4y2Ba 0.308gydF4y2Ba 0.452gydF4y2Ba 0.174gydF4y2Ba 0.593gydF4y2Ba 0.855gydF4y2Ba −0.438gydF4y2Ba −0.132gydF4y2Ba 0.484gydF4y2Ba 0.315gydF4y2Ba −0.324gydF4y2Ba 0.620gydF4y2Ba
MethanosarcinalesgydF4y2Ba −0.209gydF4y2Ba 0.158gydF4y2Ba −0.321gydF4y2Ba 0.349gydF4y2Ba 0.412gydF4y2Ba −0.024gydF4y2Ba −0.169gydF4y2Ba 0.167gydF4y2Ba 0.562gydF4y2Ba −0.244gydF4y2Ba −0.029gydF4y2Ba −0.725gydF4y2Ba −0.138gydF4y2Ba
MethanocellalesgydF4y2Ba 0.728gydF4y2Ba −0.243gydF4y2Ba 0.137gydF4y2Ba 0.551gydF4y2Ba 0.457gydF4y2Ba −0.040gydF4y2Ba −0.510gydF4y2Ba 0.317gydF4y2Ba 0.624gydF4y2Ba 0.042gydF4y2Ba 0.192gydF4y2Ba −0.062gydF4y2Ba 0.035gydF4y2Ba
MethanomicrobialesgydF4y2Ba 0.321gydF4y2Ba −0.289gydF4y2Ba 0.602gydF4y2Ba 0.798gydF4y2Ba 0.495gydF4y2Ba 0.799gydF4y2Ba 0.277gydF4y2Ba −0.408gydF4y2Ba 0.353gydF4y2Ba 0.856gydF4y2Ba 0.479gydF4y2Ba 0.081gydF4y2Ba 0.765gydF4y2Ba
MethanobacterialesgydF4y2Ba −0.418gydF4y2Ba 0.320gydF4y2Ba 0.025gydF4y2Ba 0.352gydF4y2Ba 0.376gydF4y2Ba 0.506gydF4y2Ba 0.636gydF4y2Ba −0.205gydF4y2Ba −0.079gydF4y2Ba 0.241gydF4y2Ba 0.402gydF4y2Ba −0.370gydF4y2Ba 0.280gydF4y2Ba
WoesearchaeotagydF4y2Ba 0.080gydF4y2Ba 0.747gydF4y2Ba 0.577gydF4y2Ba −0.083gydF4y2Ba −0.383gydF4y2Ba 0.005gydF4y2Ba −0.308gydF4y2Ba −0.135gydF4y2Ba −0.338gydF4y2Ba 0.186gydF4y2Ba 0.355gydF4y2Ba −0.163gydF4y2Ba 0.476gydF4y2Ba
ThermoplasmatagydF4y2Ba 0.171gydF4y2Ba −0.408gydF4y2Ba 0.206gydF4y2Ba 0.125gydF4y2Ba 0.516gydF4y2Ba 0.313gydF4y2Ba −0.089gydF4y2Ba 0.238gydF4y2Ba 0.548gydF4y2Ba 0.285gydF4y2Ba 0.396gydF4y2Ba 0.644gydF4y2Ba −0.003gydF4y2Ba
ThaumarchaeotagydF4y2Ba −0.060gydF4y2Ba 0.719gydF4y2Ba 0.409gydF4y2Ba −0.218gydF4y2Ba −0.234gydF4y2Ba −0.350gydF4y2Ba 0.019gydF4y2Ba −0.475gydF4y2Ba 0.148gydF4y2Ba −0.150gydF4y2Ba 0.003gydF4y2Ba −0.461gydF4y2Ba 0.213gydF4y2Ba
非保密古生菌gydF4y2Ba −0.268gydF4y2Ba −0.267gydF4y2Ba −0.807gydF4y2Ba −0.716gydF4y2Ba −0.545gydF4y2Ba −0.904gydF4y2Ba −0.481gydF4y2Ba 0.492gydF4y2Ba −0.387gydF4y2Ba −0.869gydF4y2Ba −0.936gydF4y2Ba −0.171gydF4y2Ba −0.882gydF4y2Ba

在0.05水平相关性显著;gydF4y2Ba 相关在0.01水平具有重要意义。gydF4y2Ba

RDA的局限影响确认结果,虽然在前两个物理化学因素RDA轴,分别解释了总方差的61.69%和11.26%沉积物古生菌组成(图gydF4y2Ba5gydF4y2Ba)。然而,只有TOC和Pb通过意义测试(gydF4y2Ba )。XH古菌群落分布和FH显然是不同于其他网站,和TOC含量低是主要原因。RDA结果也表现出广泛的Pb对XH的古菌群落分布的影响,RH, XJ。gydF4y2Ba

4所示。讨论gydF4y2Ba

水生沉积物物质转化和能量代谢的重要网站。因此,微生物群落组成上的信息是至关重要的水生生态系统的代谢过程的更好理解。到目前为止,古生菌社区淡水湖泊沉积物中发现并不是如此不同细菌社区。基因的系统发育分析沉积物古生菌16 s rRNA库显示高多样性在鄱阳湖,和大多数古生菌社区属于常见的河流和湖泊沉积物组。类似于先前的报道,最常发现古生菌的研究是由Bathyarchaeota (MCG) Thaumarchaeota, Methanosarcinales, Methanomicrobiales, Methanobacteriales, Thermoplasmatales [gydF4y2Ba31日gydF4y2Ba]。来自13个高原淡水湖泊的沉积物古生菌社区由16个分类类群和类;MCG和Thermoplasmata是最主要的组织(gydF4y2Ba13gydF4y2Ba]。刘等人报道了沉积物古生菌从太湖湖社区DGGE-sequencing方法,发现大多数的热点序列是隶属于Methanosarcinaceae Methanocorpusculaceae,而一小部分隶属于Crenarchaeota [gydF4y2Ba32gydF4y2Ba]。基伍湖和湖泊沉积物中流血,Methanobacteriales, Methanosarcinales,和Thermoplasmata都起到了重要的作用,整个古菌群落;Crenarchaeota和Thaumarchaeota共同承担一小部分与Euryarchaeota [gydF4y2Ba33gydF4y2Ba,gydF4y2Ba34gydF4y2Ba]。gydF4y2Ba

我们的研究揭示古生菌的空间异质性社区在鄱阳湖的沉积物。XH和跳频的古菌群落结构不同,从其他网站,这是由MCG-2和MCG-1 Bathyarchaeota(图gydF4y2Ba5gydF4y2Ba)。Bathyarchaeota (MCG)由大量phylotypes从缺氧环境,可分为17个亚组(gydF4y2Ba35gydF4y2Ba]。栖息地的广泛Bathyarchaeota成员,一个明显的特性,这一点可能的原因在许多环境中占据主导地位。Bathyarchaeota被认为有一个有机异养生活方式,可以降低埋在地下沉积物中有机碳和碎屑蛋白(gydF4y2Ba36gydF4y2Ba,gydF4y2Ba37gydF4y2Ba]。这一点是符合本研究的观测的分布与AFDM和TOC Bathyarchaeota显著相关。Bathyarchaeota还发现有methyl-coenzyme M还原酶(MCR)复杂,最近参与甲烷代谢,是唯一一组外门Euryarchaeota甲烷代谢[gydF4y2Ba38gydF4y2Ba]。其他团体像Aigarchaeota、暂停Lokiarchaeota和非保密古生菌在网站XH和跳频也有更高的比例。最目前提出的类群,Aigarchaeota和暂停Lokiarchaeota可能都参与厌氧碳循环(gydF4y2Ba39gydF4y2Ba]。Pacearchaeota从盐沉积物和Woesearchaeota之前报道,但在一些湖泊表层水他们也发现(gydF4y2Ba40gydF4y2Ba]。gydF4y2Ba

NP和SP的古生菌社区中央湖泊显示相似的结构;最丰富的克隆属于Methanosarcinales Methanomicrobiales Euryarchaeota。Methanosarcinales和Methanomicrobiales是最丰富的淡水沉积物Euryarchaeota团体,产甲烷和methanotrophic phylotypes (ANME-2a 2 b)包括(gydF4y2Ba15gydF4y2Ba]。Methanomicrobiales的主导地位和Methanosarcinales沉积物的古菌的研究社区不是一个单独的事件,和其他类似的结果也被报道在淡水湖泊,如日本琵琶湖(gydF4y2Ba41gydF4y2Ba],湖Soyang [gydF4y2Ba42gydF4y2Ba,湖Dagow [gydF4y2Ba43gydF4y2Ba]。Methanosarcinales Methanomicrobiales通常将能量从厌氧甲烷氧化(急性中耳炎),加上细菌硫酸盐还原(gydF4y2Ba44gydF4y2Ba]。因此,这些订单的比例通常增加必要的硫酸盐和有机碳的可用性(gydF4y2Ba45gydF4y2Ba,gydF4y2Ba46gydF4y2Ba]。这一点也被验证在这项研究中,大量的Methanomicrobiales与TOC含量呈正相关。此外,Methanomicrobiales和Methanobacteriales可以使用HgydF4y2Ba2gydF4y2Ba/公司gydF4y2Ba2gydF4y2Ba作为甲烷生成的衬底,而Methanosarcinales可以利用许多不同的基质(如HgydF4y2Ba2gydF4y2Ba/公司gydF4y2Ba2gydF4y2Ba、甲基化合物和醋酸)[gydF4y2Ba47gydF4y2Ba]。因此,大量的甲烷八叠球菌属、Methanobacteriales Methanomicrobiales在这项研究可能表明他们的生长基质不是有限的,和有机碳的高度富营养化或陆地有机碳的大量涌入可能会改变产烷生物丰度以及CHgydF4y2Ba4gydF4y2Ba生产速度(gydF4y2Ba48gydF4y2Ba]。gydF4y2Ba

沉积物属性(AFDM, SM TP、铜、和Cd)从RH, XJ, GJ明显高于其他网站(图gydF4y2Ba4gydF4y2Ba);与此同时,从这三个网站古菌群落结构是相同的。MCG-1、Methanomicrobiales Methanosarcinales是最主要的古生菌组在这三个网站,Thermoplasmatales还显示偏好在XJ, GJ, RH, Thaumarchaeota主要分布在GJ。MCG-1、Methanomicrobiales Methanosarcinales都有一个广阔的栖息地在各种水环境中。Thermoplasmatales往往是与产甲烷活动(gydF4y2Ba49gydF4y2Ba,gydF4y2Ba50gydF4y2Ba淡水湖泊沉积物[]和及时发现gydF4y2Ba33gydF4y2Ba,gydF4y2Ba51gydF4y2Ba]。Thermoplasmatales有一个显著的比例在鄱阳湖沉积物的研究中,这可能强调活动的甲烷生成。新的基因组阅读Thermoplasmatales细胞显示的基因编码细胞外protein-degrading酶和蛋白质沉积碎屑可能使他们生存(gydF4y2Ba37gydF4y2Ba]。其他报告建议的一些成员Thermoplasmatales可能代表一个新秩序的产甲烷菌利用甲胺(gydF4y2Ba52gydF4y2Ba,gydF4y2Ba53gydF4y2Ba]。最近提出的门在湖泊沉积物Thaumarchaeota古生菌社区已经零星报道(gydF4y2Ba54gydF4y2Ba- - - - - -gydF4y2Ba56gydF4y2Ba]。Thaumarchaeota的存在在这个研究主要包含Nitrososphaerales(以前I.1b Thaumarchaea土壤组)和Nitrosopumilales(以前MGI, Thaumarchaea海洋集团I.1a),这证明了活跃的鄱阳湖沉积物中氨氧化和古生菌社区有一个重要的角色在全球氮循环生物地球化学(gydF4y2Ba57gydF4y2Ba]。gydF4y2Ba

沉积物微生物群落往往是影响沉积物属性,和社区组成结构都从泥沙养分有效性和环境压力。但许多研究表明,沉积物古生菌社区相比,不受环境因素影响细菌社区(gydF4y2Ba13gydF4y2Ba]。仍然有一些研究者也报道了多种沉积物古生菌社区与环境变量。沉积物古生菌的群落结构可能受到污染(gydF4y2Ba58gydF4y2Ba),沉积物深度(gydF4y2Ba34gydF4y2Ba,gydF4y2Ba53gydF4y2Ba),和盐度(gydF4y2Ba59gydF4y2Ba]。古菌群落分布非常受沉积物属性在这个研究。社区的均匀度是影响水深度和Pb,当王牌影响C: N。水深可能影响沉积物的降水过程和影响了许多沉积物参数(gydF4y2Ba34gydF4y2Ba,gydF4y2Ba53gydF4y2Ba),虽然Pb的压力选择特殊古生菌组和减少了平衡。C: N的影响反映了沉积物中氮的短缺,限制了古细菌的多样性。TOC和铅的内容可以塑造古生菌的分布格局社区中不同站点的鄱阳湖。TOC古生菌社区的影响可以解释为TOC的观念影响了大量的主要古生菌组,Methanomicrobiales和Methanocellales(图gydF4y2Ba5gydF4y2Ba、表gydF4y2Ba3gydF4y2Ba)。Pb含量低的网站NP和GJ可能也是由于Halobacteriales的存在,哪有能力减少铅的浓度,铬、锌、镍离子从媒体高盐度(gydF4y2Ba60gydF4y2Ba]。gydF4y2Ba

总之,高多样性古生菌社区被发现在鄱阳湖沉积物,并观察相当大的影响力古生菌通过TOC和金属铅分布模式。Bathyarchaeota (MCG)和Euryarchaeota(尤其是Methanomicrobiales和Methanosarcinales)是最主要的类群在鄱阳湖沉积物,但他们的样本之间的比例不同。古菌群落的其他组件Woesearchaeota、Pacearchaeota Thaumarchaeota,暂停Lokiarchaeota, Aigarchaeota和非保密古生菌。gydF4y2Ba

相互竞争的利益gydF4y2Ba

作者宣称没有利益冲突有关的出版。gydF4y2Ba

确认gydF4y2Ba

这项工作是由中国国家自然科学基金(没有。31060082也没有。31260110)和开放的重点实验室的基础鄱阳湖环境与资源(PYH2015-13)。gydF4y2Ba

补充材料gydF4y2Ba

补充文件显示详细的系统树的所有序列发现在这项研究中。图S1强调微克(Bathyarchaeota)集团,而图S2展出其他群体除了微克。gydF4y2Ba

  1. 补充材料gydF4y2Ba

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