古细菌病毒,不是古细菌噬菌体:一个考古挖掘

文摘

病毒感染域的成员细菌,真核生物,古生菌。而那些感染域真核生物几乎是普遍称为“病毒”,那些领域细菌,在很大程度上,而不是被称为“噬菌体”或“噬菌体。“应该域的病毒古生菌因此被称为“古细菌噬菌体”、“古细菌病毒,”或其他构造?这里我们提供文档的发布,病毒的通用描述符域古生菌。虽然起初使用的术语“噬菌体”或同等几乎只在古细菌病毒文学,有近30年的趋势远离这种用法,与一些持久性的“噬菌体”来描述“脑袋和尾巴”古细菌病毒,“Halophage”来描述病毒嗜盐的古生菌,使用“前噬菌体”而不是“前病毒”,等等。我们推测在1980年代早期的根源从“噬菌体”过渡到“病毒”来描述这些传染性病原体,考虑引入“古细菌病毒”的时间(可以看作类似于“细菌病毒”),确定众多提出替代“古细菌病毒,并提供讨论的一般优点,“噬菌体。“我们完全确定超过一打不同域的病毒古生菌描述和文档的时间他们的介绍和使用。

1。介绍

…大多数病毒感染与感染细菌古生菌毫无共同之处,尽管他们仍视为“噬菌体”许多病毒学家,只是因为古菌和细菌都是原核生物(没有核)。(1]

由于历史原因,噬菌体被广泛用于指病毒细菌(有时甚至古生菌)。这样的命名法的问题是它人为地将virosphere划分为两个阵营,病毒细菌和古菌的一方面的真核生物和病毒。(2]

病毒传染性病原体自治之间交替,使壳体化状态称为病毒粒子,“基因包”(3],unencapsidated,胞内的州被称为感染(1),感染细胞(3),或更全面,如“Virocells”或“Ribovirocells”[4,5]。众多差异病毒的病毒粒子形态、基因组的架构,和感染策略6),病毒也可能分化作为宿主范围的函数(7]。虽然可以描述一个病毒的宿主范围的物种甚至亚种或细胞宿主菌株感染的能力,还可以区分易感宿主更广泛。例如,一个人可以,虽然有些模棱两可,区分那些宏观与那些主机而不是微观,后者承载什么可以被描述为病毒的微生物,或VoMs [8]。

是那些微生物感染的病毒中微观真核生物连同那些感染原核生物。而真核生物的病毒几乎完全被描述为,即,为病毒、原核生物的病毒一直背负着更复杂的命名的历史。我们看的命名约定适用于后者,一些重点考虑的相对优势“噬菌体”一词描述符尤其是病毒的域古生菌。我们同意我们观察一个共识在附近的字段使用术语“病毒”以及资格“Archae——”或“热点”——例如,“古细菌病毒”——逻辑和合理,呼应,例如,相当普遍使用“细菌病毒”代替“噬菌体”或“噬菌体。“大约一半的大约40年来,这些病毒研究,然而,明确“古细菌病毒”发表文献中并不存在。没有这句话前1990年代早期反映了替代只有1990年的“原始细菌”[9)“古生菌“(10该细胞组)的描述符。

这里我们考虑古细菌病毒的一般命名的历史中找到出版的文献。除了探索的时机引入“古细菌病毒,”这个词我们也考虑从“噬菌体”过渡到“病毒”见过大约十年前以及使用各种相关术语包括“原始细菌,”“Halophage”和“前噬菌体。”总结的一些术语,用来描述古细菌病毒,以及我们已经能够确定的日期介绍到文学,呈现在图1。整体使用literature-particularly见日报的文章“病毒”和“噬菌体”这些术语(包括变化)以及“前噬菌体”和“Halophage”,记录在表1(见补充材料网上http://dx.doi.org/10.1155/2013/251245表2)以及(补充材料)。

2。王国,Urkingdoms帝国、超界和域

虽然计划生物分类已经存在了几千年,原核生物被显式地引入这样的系统仅在1938年,通过科普兰(36]。这个“新”王国被称为“熟悉的无核原虫类,也使用惠塔克,在1969年,作为他的著名的生物分类系统相比37]。超出了科普兰的four-kingdom系统和维特克相比系统、细胞生物的修改建议上级是杰出的一个王国,在简单的原核生物与真核生物(38),可以指定为帝国或超界10,39),也就是说,Prokaryota (e)和真核生物(e)。当时,病毒同样是杰出的,至少从语义上说,噬菌体(原核生物)的病毒和病毒的一切。对噬菌体和病毒的早期历史的讨论更一般的,看到3,8,40,41]随着引用的引用。

众所周知尤其是微生物学家,相比系统有一种物种三域分类系统(10]。的原核生物王国无核原虫类是,无论对错42,43),进一步分化成域细菌和古生菌和真核生物,后者被称为域真核生物(或真核生物)[44]。注意,域命名古生菌1990年(10)第一次被指定,在1977年,为“urkingdom…古细菌类“伍斯和福克斯9]。从5089页的出版物(重点是他们的):

产甲烷的古代明显表型加上这一事实似乎适合环境的类型,认为存在地球上3 - 4十亿年前让我们暂时这urkingdom的名字古细菌类。

的病毒与每一个领域,一个显而易见的问题是这些感染是否域的成员古生菌应该保留“噬菌体”称号或假设”病毒的更普遍的术语。“这里我们考虑这个问题尤其是出版的历史使用情况,尤其关注相对较长的过渡从“噬菌体”“古细菌病毒。“我们另外考虑整体使用由考试决定个人的出版物。

3所示。方法

无数的方法被用来识别古细菌病毒相关的出版物。在可能的情况下,出版物获得,以各种形式,如果不是已经搜索pdf(可移植文档格式),那么数字扫描和/或光学字符识别(OCR)。文章然后电脑使用Adobe Acrobat搜索功能搜索。散装最初这样做但最终分别对各种术语,因此上下文中可以观察到。条款中引用列表被忽略和术语如“噬菌体”似乎并未与考虑的热点病毒也不考虑(从而导致“不”名称在表1中,补充材料)。注意,通常我们把“病毒”等同于“病毒”以及“病毒”,但还不是“病毒”,考虑使用“噬菌体”以及“病毒”单独和后缀。我们也忽视简单的拼写错误如“Archeal病毒”用于出版物一样“古细菌病毒。”

我们避免出版物描述为包含术语“病毒”如果这个词仅限于在病毒的名称,例如,“Acidianus状病毒”(45]。我们没有相同的“规则”适用于病毒名称包含“噬菌体”,然而,如“甲烷细菌属噬菌体ΨM1”,因为技术上这可能是形容相反,例如,“甲烷细菌属古细菌病毒ΨM1”或简单的“甲烷细菌属病毒ΨM1”。这种偏见的结果是我们认为是一个保守的低估“病毒”的使用以及使用“噬菌体的高估。”而言,考虑使用“噬菌体”在文学,我们认为这种方法是合理尤其是出版物仍将被描述为包含“病毒”如果它还使用“病毒”来描述古细菌病毒以外的特定病毒的名字。这一段的例子开始,另一方面,被指定为不包含“病毒”自引用文本是唯一使用的“病毒”来描述一个古细菌病毒,我们能够找到的nonreferences部分出版。在任何情况下,“病毒”以及“噬菌体”一定是用来描述一个或多个古细菌病毒对这些统计计算。

我们目前的假设是,我们参考列表(补充材料)小于完全完成。显式地错过也引用没有发表在英语作为专利。我们也有可能错过各种章连同整个书籍,尤其是那些话题切向的古细菌病毒。这是正确的材料,我们都无法获得,因此研究以及任何引用,尚未建立索引,也不容易确定之前大约1月1日2013年。694年,引用,检查,并以某种方式记录为参考古细菌病毒。所有这些参考资料小节中列出的补充材料。

正如二氧化硫指数可以寻求信息,小姐的数字搜索也是如此。还有可能的是,相关的上下文是错过了检查过程中个人出版物,但最终决定是否一个术语如“噬菌体”或“病毒”是用于出版物指古细菌病毒,不信,是基于作者的经验(s t . Abedon)。与任何“实验”,由此产生的输出限制在技术、检索和主观判断以及简单的“操作失误”应该被视为代表,在这种情况下,古细菌病毒的文学,而不是一个完整的或错误采样。

4所示。“噬菌体”“病毒”过渡

最早的引用病毒领域古生菌将他们描述为噬菌体或噬菌体。这种用法是合适的,特别是在最初的发现,如不同于细菌宿主的分类还没有欣赏;是,如上所述,“古细菌类”这个术语可以追溯到1977年9),但第一个这样的古细菌病毒出版在1974年Torsvik和邓达斯(11]。这篇论文发表在自然题为“噬菌体Halobacterium salinarum。”

Torsvik和邓达斯纸是紧随其后的是一个在明年出版,1975年,由极冰原et al。12]。这也是在自然题为“Salt-dependent噬菌体感染Halobacterium cutirubrum和h . halobium”。在每种情况下都“病毒”,“病毒,拱…“也根出现在文章中。有一些讽刺,然而,本文紧接着Torsvik和邓达斯描述了噬菌体PM2-presumably,虽然未指定的Pseudoalteromonas的域细菌——“病毒”和“病毒”(46]。相当于使用“噬菌体”以及缺乏使用“病毒”、“病毒”、“拱…”也可以看到在1978年Torsvik和邓达斯(47)和1980年(48)以及1982年鲍林(49]。然而,鲍林并广泛采用“病毒”,尽管我们不认为这个词是相当于“病毒”或“病毒”噬菌体也经常被描述为具有病毒粒子,例如,噬菌体病毒粒子(s) (50,51]。

有些含糊不清地,而不是一个正式的出版的一份报告中,餐厅等。14)提供我们知识是第一个协会的“病毒”,古细菌病毒。在表2,列出“生物的北方大盐湖的手臂,“这个词“Halophages”作为“科学名称”与“细菌病毒”作为一个“共同的名字。Halophages“之后,48页,然后与“Halobacterium halobium”(见表1的脚注,补充材料,后者的全部报价)。感兴趣的,表2,餐厅等人引用后,1975年的一篇文章题为“大盐湖的生活”52]。纸,指的是只“细菌病毒”(44页)连同声明(46页)“病毒寄生虫的细菌也住在湖边。嗜盐细菌“细菌或至少表明,然而,“Halobacterium- - - - - -Halococcus”(44页)。

在1982年的一篇文章,萧贝尔et al。13)《Halobacterium halobium噬菌体ϕH”,“病毒”这个词我们的知识使它首先明确以及主流出现在了古细菌病毒文学。这是摘要的第一句话:“噬菌体ϕH,小说archaebacterium的病毒Halobacterium halobium,就像在大小和形态两个Halobacterium噬菌体。“此外,找到关键词“原始细菌/病毒,“尽管否则“噬菌体”更经常使用“病毒”出版。此外,在两个地点“Archaebacterial噬菌体”一词首次被发现。后者使用似乎反映了福克斯的理由et al。53]中介绍(87页)。

属Halobacterium属于一群生物现在被称为原始细菌在许多方面不同于真细菌和真核生物(福克斯et al ., 1980)…本文第一archaebacterial噬菌体的DNA分析。

相比之下,值得注意的是,这份出版物由福克斯等人不是同年鲍林引用的文章(49),以及缺乏使用“病毒”或“病毒”在参考部分以外,其他的1982年出版。

施纳贝尔et al。13]文章代表的过渡使用的包含“病毒”作为一个描述符,尽管这可能更多地会被视为一种风格问题而不是特别深刻,噬菌体在这个时间点(即。,1982)几十年来被认为是病毒(见,然而,后段)。肯定比一个简单的风格,不过,是第一个使用“Archae…”作为病毒的类型限定符下学习。从1982年开始,第三篇文章也从施纳贝尔和Zillig54),分裂的区别这两个其他1982引用福克斯等的研究。53),指的是“原始细菌”,而用“噬菌体”,但“病毒”和“病毒”。

的同步时间的引入“病毒”和“原始细菌,”和变异,到那时一直从否则几乎无法分辨“噬菌体”文学未必是巧合。除了福克斯等。53)已经发表在《华尔街日报》科学1980年,因此广泛传播以及在1982年之前,可以说(匿名、个人通信),“这是因为Zillig是坚定地认为,古生菌病毒没有噬菌体。因为卡尔伍斯的影响,作为原始细菌在德国举行第一次会议,在这个时候(6 - 1981)。慕尼黑(Carl出席)……在研究所Zillig和施纳贝尔工作。”传送到我们Stedman(个人沟通),“1981年的会议是在马克斯·普朗克生化研究所,(实际上只是在Martinsried慕尼黑外),Wolfram Zillig(部门负责人)和从施纳贝尔(和她的丈夫拉尔夫)担任集团的领导人。“古细菌类的概念似乎是很重要的一部分的谈话中那些然后”的理念引入病毒”将成为热点病毒文学。

这些趋势在使用持续第二年,1983年。一篇由Rohrmann et al。55),名为“噬菌体Halobacterium halobium:病毒dna和蛋白质”,术语“病毒”(“两者之间的差异大小的蛋白质病毒,除了限制酶片段模式,表明[原文如此]这两个病毒并不密切相关。”)。也用“古细菌类”(“这些结果表明,这些halophages,主机是包括在原始细菌…”)。本文并没有引用福克斯等。53]但引用早期虽然不那么著名的文章由同一群,标题是,简单,“古细菌类”56]。

进一步虽然没有完成趋势远离使用“噬菌体”作为描述符发表的一篇文章中看到这些病毒的Janekovic et al。57),也在1983年和Zillig作为中间作者。本文引用了福克斯等。53),以及更早伍斯和福克斯9),名为“TTV1、TTV2 TTV3,家庭极其高温的病毒,厌氧,硫减少archaebacterium,Thermoproteus tenax出版”。有趣的是,语源上至少有两个原因。(1)这是第一个古细菌病毒的纸Halobacterium种虫害不作为主机。有关这一点,这是第一个病毒Crenarchaeota被描述的王国,与王国Euryarchaeota [10),属Halobacterium属于后者。(2)有一个指示(45页)“粒子也类似于真核生物的病毒,而不是“正常”的噬菌体。“特别是”,这些病毒和噬菌体日期,包括halobacteriophageϕH在许多方面类似于噬菌体的真细菌。”

我们因此有了一个新的主机属王国以及新范式古细菌病毒的本质,至少在某些情况下,有些发散从出现在细菌的病毒。这是可能的组合新颖角度的变化,提供了一些依据,描述这些传染性病原体的域古生菌“噬菌体”而不是描述他们是”病毒。“特别是,观察病毒粒子之间的亲属关系,没有phage-like暗示的病毒被称为域古生菌和病毒,否则简单地描述为“病毒”,也就是说,真核病毒。

符合这个角度来看,尽管将过渡的日期比表示这里大约十年后,这2012人气Felisberto-Rodrigues et al。58]:

尽管已知病毒感染古生菌自1970年代初以来[11),他们只有被详细研究了最近。认为这些病毒构成各种噬菌体与脑袋和尾巴(Caudovirales),强化了最初的发现,被孤立样本的分析挑战Zillig和同事从极端环境中,富含hyperthermophilic古生菌,包括冰岛硫质喷气孔(59]。这些分析显示存在大量病毒形态类型的多样性,包括病毒的线性,纺锤形,球形和更多的异国情调的形式,例如和bottle-shapes下降。

5。“噬菌体”来描述的古细菌病毒

使用“噬菌体”作为病毒的描述符的域古生菌的速度将继续每年至少有一个引用。在这一点上,考虑这些出版物不太相关的过渡到“古细菌病毒”只是为了记录持续使用。我们因此提出这些出版物主要在图形和表格形式(图2表1,同时,补充材料、职责)。在后者,我们提供绝对数字用法,通过历年以及相对数字。

在图2,特别是2000后的绝对数字出版物使用“病毒”(图2(一个))以及相关的一些出版物的数量稳步下降,使用“噬菌体”分数总数的出版物考虑古细菌病毒(图2 (c))。事实上,尽管“噬菌体”坚持这种文学,大多数相同的出版物也利用“病毒”,这是三个季度的情况单独或多个出版物,我们已经检查了自1997年以来(图2 (d))。我们的推测,一个司机正在进行的从“噬菌体”过渡到“病毒”,除了核心作者的个人偏好在地里干活,是包含术语“病毒”在许多古细菌病毒分离株的名字,等硫化叶菌1 (SSV1)或纺锤状病毒Haloarcula hispanica多形性病毒1 (HHPV1),例如,所总结的Krupovic et al。60]。

由于没有集中的权威管理古细菌病毒的命名和中央控制是否描述的名称作为病毒和噬菌体,“病毒”这些名称的使用不仅有助于推动越来越多地使用“病毒”的古细菌病毒文学也可以代表这一趋势的结果。特别是控制病毒的“规则”命名的范围从正式的指导方针建议(61年)个人发现的一念之间,例如,“玉米热狗”细菌病毒的名称(62年),都可以通过使用什么否则影响目前的趋势在一个字段。这也是可想而知的特定实例的保留或包含“噬菌体”这个词来形容古细菌病毒的结果由编辑或审稿人的要求,例如,似乎这样的标题1999阿诺德et al。63年)百科全书文章(k . Stedman个人通信)。

6。“Archaebacterial病毒”“古细菌病毒”过渡

描述符的存在,“古细菌病毒”这个词的同义词是总结部分在图1,以及大量的拼写的变化。在这些术语描述此类病毒的一个子集。后者包括“Halophage”(也可以呈现在图1)、“Haloarchaeophage”(同上),“Haloarchaeal病毒”以及“Crenarchaeal病毒”和“Euryarchaeal病毒”加上额外的变化。值得注意的是,后者构造三个概念的术语“热点”和“病毒”,同样是“古细菌病毒”本身。尽管如此,尽管使用术语“古细菌病毒”现在占主导地位在出版物今天,情况并不总是如此(表2、补充材料)。

正如上面我们有考虑的,首先是有一个过渡使用“噬菌体”使用“病毒”现在是已知的,至少在某种程度上,古细菌病毒。这种转变发生在1980年代初,它似乎coincided-as以上程度,讨论了“原始细菌”一词引入文献考虑他们的病毒。过渡到“古细菌病毒”的必要性,然而,可能不会发生,直到“古生菌”,因此“热点”出现,直到1990年才发明前(10]。然后,过渡到现在的熟悉的“古细菌病毒”是真实发生过的呢?答案,也显示在图1再一次,我们所知,是1993,发布nol et al。20.]。突出的过渡方面,出版,请注意“古细菌噬菌体”也是由这些作者使用。第一个使用术语“病毒”和“热点”在同一个句子中也可以找到在nol等人的论文,从1991年(64年)(1981页):“病毒和病毒样颗粒的存在被描述在不同的代表古域…”

考虑到四十跨度自1974年出版第一古细菌病毒(11),使用“古细菌病毒”因此是今年20岁,已经使用了大约一半的古细菌病毒的文学。参见表2(补充材料),考虑各种同义词“古细菌病毒,使用日期,和相关的出版物。后者也在表1中列出所有的(补充材料)。

7所示。为什么不噬菌体?

显然是一个偏好在archaeoviral文学描述域的病毒古生菌“病毒”而不是“噬菌体”(图2),特别是在“古细菌病毒”(表2、补充材料)。即便如此,这个选择是合法的,特别是考虑到优先使用的“噬菌体”病毒原核生物的描述吗?也就是说,为什么不“噬菌体”?而不是直接解决后一个问题,我们认为其交谈:为什么“噬菌体”?

“噬菌体”一词似乎第一次被应用到噬菌体来描述宏观现象,不一定是病毒起源的始终,也就是说,赖氨酸的细菌培养,尤其是,他们从一种浑浊的状态。这种转变可以被合理地描述为一个“吃”或“吞噬”的希腊起源“噬菌体”,或者是“发展以牺牲别的”65年]。这种“牺牲”很容易看到phage-infected细菌培养,是否在汤或斑块的形成。事实上,这种宏观上可见的破坏细胞并不局限于噬菌体的病毒。什么是噬菌体所特有的,不像其他病毒,噬菌体被发现在细胞培养的环境中,细菌的,而不是只有随后研究了在这种情况下(例如,组织培养)。

对比细菌噬菌体,第一古细菌病毒被发现,至少在最初的时候,不具体的上下文内的破坏细胞培养(11,页680 - 681):

在调查的鞭毛h . salinarium,噬菌体粒子在一些粗略的观察纯化鞭毛的准备。Phage-containing准备时没有产生斑块以指数增长h . salinarium细胞。紫外线诱导的尝试h . salinarium文化导致正常死亡曲线没有任何伴随的噬菌体生产。维护批文化,从孤立的h . salinarium殖民地,对数期的增长,通过文化的串行传输日志阶段新媒体,导致最终消散的文化。溶菌作用可能发生在第一次转让或被推迟超过六转移。

这些最初的古细菌病毒甚至因此被描述为噬菌体,域古生菌尚未定义,这样吗h . salinarium被认为是一种细菌。因此它是合法的研究人员研究这些病毒不过不感觉对噬菌体的概念,而是明确地将这些病毒与病毒的大的现象吗?这个问题的答案是,这并不是说使用术语“古细菌病毒”应由噬菌体的研究质疑,而是“噬菌体”作为描述符应该被容忍,甚至升值病毒学家由于其历史根源和无处不在的使用。不应该有需求,换句话说,仿真的使用术语“噬菌体”其他的病毒学家,这些人是否选择研究真核生物的病毒,古生菌,甚至细菌。事实上,很明显,那些研究的病毒古生菌喜欢“病毒”“噬菌体”作为描述符的传染性病原体(图2)。

这些后者语句当然不应该被解释为任何倡导回避,尤其是文学内部的细菌病毒,使用“噬菌体”来描述细菌病毒。事实上,它的使用,如在摘要和标题,艾滋病有帮助其他噬菌体,生物学家一致认为,细菌病毒的研究人员鉴定噬菌体出版物。不过是很重要的承认和合法性,在许多或者大多数情况下,更大的合法性的“病毒”一词作为一个通用描述符的非细胞,但使壳体化传染性病原体。例如,从Prangishvili [65年,551页:

它不需要d 'Herelle长意识到噬菌体是相同类型的生物实体作为植物和动物的病毒。在这一点上,它可能会被有利于淡化这个词“噬菌体”和支持而不是更普遍的术语“细菌病毒”。在任何情况下,d 'Herelle概念的噬菌体的病毒细菌很久以后才被广泛接受,在1930年代末。

病毒被发现普遍的方式,相当于噬菌体,即上下文内的溶解和/或破坏细胞培养,那么它可能是合法的描述或至少首先描述了病毒噬菌体。历史上,然而,这并非如此。因此早于噬菌体和病毒的概念因此拥有更大的合法性的描述符今天普遍被称为病毒,也就是说,比噬菌体的概念。

8。病毒,跟踪病毒、原病毒和Haloviruses

额外的考虑在前一节中所涵盖的思想是“噬菌体”的概念并不等同于“病毒。“当然有重叠,特别是对于我们如何思考的病毒领域细菌。重要的是抵制诱惑,不去用“噬菌体”只是作为一种避免过于重复的使用”病毒。“如果原核宿主的病毒不是一个细菌病毒不是一个噬菌体。因此,这将是怀疑称之为病毒噬菌体。

同样,重要的是要记住,“尾随噬菌体”的概念是不完全相同的“噬菌体。“有特定的噬菌体具有反面随着噬菌体缺乏反面,例如,(22,66年,67年]。因此没有逻辑遵循,如果病毒噬菌体具有一个尾巴,也考虑到有许多的热点病毒也有尾巴,如果病毒拥有尾巴那噬菌体,即相当于噬菌体和细菌病毒。也可以考虑缺乏完整的重叠的概念“前噬菌体”和“前病毒,”与“前噬菌体”合法用来描述前病毒只有在使用“噬菌体”也将是一个合理的描述的病毒。在这些情况下,在一定程度上,这一趋势中存在人员限制应用程序的术语“噬菌体”在描述古细菌病毒(图2),然后主要是合理的避免使用“噬菌体”甚至在古细菌病毒作为一个合格的术语文学。特别是,“噬菌体”作为“跟踪病毒”的同义词不一个有用的速记。

术语“Halophage”相比之下少是有问题的,特别是当作为一个通用术语,如“环境halophages”虽然我们的知识是不受任何管理机构,如ICTV。即使在这里,不过,它可以比完全避免“噬菌体”的概念,通过使用“Halovirus”而不是“Halophage”,因为“Halovirus”意味着病毒是古细菌和细菌。的确,正如噬菌体原只有一个子集的前病毒,尾随噬菌体只有一个子集的跟踪病毒和噬菌体只有一个子集的病毒,halophages只能被认为是代表haloviruses的子集。虽然复杂,但也可以使用短语“Haloarchaeal病毒”或其等价的如果有需要区分haloviruses宿主的领域而言,与,例如,“Halobacterial病毒。”

9。结论

域的病毒古生菌被确定之前,升值的存在域古生菌本身。引入了物种三域分类系统分类之前,因此它是合理的描述这些病毒噬菌体的细菌,也就是说,噬菌体。后发现的古细菌类的概念似乎是有转变不仅从“细菌”(噬菌体),但也从使用“噬菌体”在描述这些病毒,这种转变正式开始,特别是在1980年代早期(图2表1和2,supplementry材料)。一看到进一步使用运动在1990年代初的“古细菌病毒”作为描述符(表2、补充材料)。

运动远离“噬菌体”尚未完全在考虑古细菌病毒和我们认为有很多司机对保留“噬菌体”或其衍生品来形容他们。这些驱动程序包括无意使用(一篇文章否则使用“病毒”,但在一个或几个地方“噬菌体”被替换,在某些情况下似乎意外),未能充分区分“噬菌体”和“病毒”的概念应用于古细菌病毒,通常使用术语“噬菌体”来描述,脑袋和尾巴病毒,使用“噬菌体”的上下文中“Halophage”(表1,补充材料,尽管“Halovirus”或“Haloarchaeal病毒”是合法的,甚至更好的替代品),和使用的上下文中“噬菌体”“前噬菌体”(表1,补充材料,“前病毒”会比古细菌病毒的情况下)。此外,也许一个特例是使用“噬菌体”来描述特定的古细菌病毒隔离,如“甲烷细菌属噬菌体ΨM1”。也重要的阻碍从“噬菌体”过渡到“病毒”古细菌病毒文学一直是一起把噬菌体和古细菌病毒的重要数据库(68年]。

替代“古细菌病毒”和“细菌病毒”和“真核病毒”提出了作者的数量。这些包括archaeovirus、bacteriovirus eukaryovirus所显示拉乌尔和Forterre [30.)以及太阳系et al。(31日),archeovirus的细微变化,bacteriovirus,和eukaryavirus Forterre和Prangishvili32]或archeovirus、bacteriovirus eukaryovirus作为提供冰镇et al。(69年),和bacterioviruses archaealviruses, eukaryalviruses Comeau et al。70年]。参见archaebacteriophage与eubacteriophage [71年]。当我们欣赏这些方法的统一本质,我们并不提倡他们一般采用如果会以牺牲“噬菌体”(或“噬菌体”),“古细菌病毒,”或简单的“病毒”病毒的描述符,域的成员细菌,古生菌,真核生物,分别。

在出版物中,讨论了古细菌病毒,我们还是觉得应该限制使用“噬菌体”的“古细菌病毒”病毒的域古生菌和“噬菌体”病毒的域细菌,或者各种“病毒——”提出替代方案如上立即上市。我们建议这仅仅为了限制歧义在文学、古细菌病毒具有明显区别因此保持一方面古细菌病毒和细菌病毒。相比之下,在细菌病毒文学,或指特定的噬菌体(例如,T4噬菌体或噬菌体),它既不可能也不必然的放弃或减少使用“噬菌体”或“噬菌体”病毒的一般描述符的域细菌。

确认

我们应感谢肯Stedman以及匿名审稿人的建议。为了确认潜在的利益冲突,我们注意到s t Abedon“拥有”的urlhttp://www.phage.org/,http://www.bacteriophages.org/,http://www.thebacteriophages.org/,http://www.archaealviruses.org/。本研究作者想把漆黑的,就是Inkblotch,黑色silkie(见“旅行鸡”http://www.biologyaspoetry.com/terms/birds.html),她失去了她的旧伤以及老年生活的过程中完成。作者也注意可悲的是卡尔伍斯的流逝。

补充材料

引用

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